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结核分枝杆菌Mtub-39位点多态性与下游基因表达关系的研究
被引量：
2
1
作者
周爱萍
徐志弘
+2 位作者
孙青
姚玉峰
吴兴福
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期1415-1420,共6页
目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻...
目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻基因启动子区域。通过PCR方法扩增该区域并与分枝杆菌启动子探针载体pMC210连接,重组质粒测序正确后,用电穿孔方法转化耻垢分枝杆菌mc2155。采用Real-Time PCR技术检测报告基因lacZ的转录水平,验证MIRU位点多态性对其下游基因表达的影响。结果 Mtub-39位点核心区域内含有其下游基因的启动子。成功构建了分别带有1、3、5个拷贝重复序列的Mtub-39位点的重组质粒。Real-Time PCR结果显示,有多态性的Mtub-39位点(pMC210-Mtub-39-N158、pMC210-Mtub-39-N139及pMC210-Mtub-39-N146)对报告基因lacZ的转录调控差异有统计学意义(P=0.006 5)。结论 Mtub-39位点的多态性能明显影响下游基因启动子的活性进而调节其表达。
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关键词
结核分枝杆菌
mtb散在分布重复单位位点
pMC210
启动子
在线阅读
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职称材料
MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用
2
作者
张少杰
陈华强
+8 位作者
马超
芦孟欣
周洁
刘家辰
姬祥
陈旭
刘忠华
袁俐
曹旭东
《石河子大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2018年第5期581-586,共6页
目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实...
目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实验室保存的结核杆菌临床分离株基因组DNA为模板,采用PCR技术与核酸凝胶电泳技术,分别对7个MIRU位点进行检测,计算分辨指数,应用ntsys2.10e软件对菌株基因型进行聚类分析。结果石河子市33株临床分离株有22种基因型,均与结核杆菌标准株(H37Rv)不同;在石河子地区结核杆菌临床分离株的7个MIRU位点中,分辨率高的位点有1个(MIRU26);中等有2个(MIRU10,MIRU16);低的有3个(MIRU23,MIRU39,MIRU40);有一个位点分辨率为0(MIRU27);石河子地区分离株总HGI指数为:0.966。结论本实验选取的7个MIRU位点中有3个(MIRU26,MIRU10和MIRU16)可用于石河子地区结核杆菌临床分离株初步基因分型。
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关键词
结核杆菌
基因分型
结核杆菌
散
在分布
重复
单位
在线阅读
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职称材料
题名
结核分枝杆菌Mtub-39位点多态性与下游基因表达关系的研究
被引量：
2
1
作者
周爱萍
徐志弘
孙青
姚玉峰
吴兴福
机构
上海交通大学基础医学院病原生物学教研室
西藏民族学院医学院
苏州市第五人民医院检验科
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期1415-1420,共6页
基金
国家重点基础研究发展计划("九七三"计划)(2009CB522605)
国家自然科学基金(31200109)~~
文摘
目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻基因启动子区域。通过PCR方法扩增该区域并与分枝杆菌启动子探针载体pMC210连接,重组质粒测序正确后,用电穿孔方法转化耻垢分枝杆菌mc2155。采用Real-Time PCR技术检测报告基因lacZ的转录水平,验证MIRU位点多态性对其下游基因表达的影响。结果 Mtub-39位点核心区域内含有其下游基因的启动子。成功构建了分别带有1、3、5个拷贝重复序列的Mtub-39位点的重组质粒。Real-Time PCR结果显示,有多态性的Mtub-39位点(pMC210-Mtub-39-N158、pMC210-Mtub-39-N139及pMC210-Mtub-39-N146)对报告基因lacZ的转录调控差异有统计学意义(P=0.006 5)。结论 Mtub-39位点的多态性能明显影响下游基因启动子的活性进而调节其表达。
关键词
结核分枝杆菌
mtb散在分布重复单位位点
pMC210
启动子
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
mycobacterial interspersed repetitive units locus
pMC210
promoter
分类号
R378.911 [医药卫生—病原生物学]
Q786 [生物学—分子生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用
2
作者
张少杰
陈华强
马超
芦孟欣
周洁
刘家辰
姬祥
陈旭
刘忠华
袁俐
曹旭东
机构
石河子大学医学院/新疆地方与民族高发病教育部重点实验室
石河子大学生命科学与技术学院
新疆生产建设兵团疾控中心检验科
上海市肺科医院
出处
《石河子大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2018年第5期581-586,共6页
基金
国家大学生创新创业训练计划项目(201710759022)
国家重点研发计划(2017YFD0500300)
文摘
目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实验室保存的结核杆菌临床分离株基因组DNA为模板,采用PCR技术与核酸凝胶电泳技术,分别对7个MIRU位点进行检测,计算分辨指数,应用ntsys2.10e软件对菌株基因型进行聚类分析。结果石河子市33株临床分离株有22种基因型,均与结核杆菌标准株(H37Rv)不同;在石河子地区结核杆菌临床分离株的7个MIRU位点中,分辨率高的位点有1个(MIRU26);中等有2个(MIRU10,MIRU16);低的有3个(MIRU23,MIRU39,MIRU40);有一个位点分辨率为0(MIRU27);石河子地区分离株总HGI指数为:0.966。结论本实验选取的7个MIRU位点中有3个(MIRU26,MIRU10和MIRU16)可用于石河子地区结核杆菌临床分离株初步基因分型。
关键词
结核杆菌
基因分型
结核杆菌
散
在分布
重复
单位
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
genotyping
MIRU
分类号
R378.911 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结核分枝杆菌Mtub-39位点多态性与下游基因表达关系的研究
周爱萍
徐志弘
孙青
姚玉峰
吴兴福
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用
张少杰
陈华强
马超
芦孟欣
周洁
刘家辰
姬祥
陈旭
刘忠华
袁俐
曹旭东
《石河子大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2018
0
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