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小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
高梅
辛健康
姜山
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期979-988,共10页
植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息...
植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)LysM型类受体激酶基因家族成员进行鉴定及分析。通过分析小立碗藓LYK家族成员的基本物理信息、基因结构、染色体定位及系统发生关系,初步探讨了其LYK基因结构、进化与功能间的联系。结果表明:(1)小立碗藓中共有21个LYK基因,其氨基酸序列大小在625~755 aa之间,分子量为69.54~82.02 kDa,等电点在5.98~7.78之间。(2)将小立碗藓所有LYK蛋白与3种典型模式植物(水稻、拟南芥和蒺藜苜蓿)的LYK蛋白共同构建系统进化树,所有LYK蛋白被分为4个亚组(LYK-I、LYK-Ⅱ、LYR-I和LYR-Ⅱ)。小立碗藓各亚组内成员的基因结构、保守域特征显示出较为相似的特征,由此推测其可能具有相同或相似的功能。(3)染色体定位发现21个LYK基因集中分布于4条染色体上并出现小型基因簇,这可能与基因功能相联系。该文分析了小立碗藓LysM型类受体蛋白激酶基因家族的基本信息,可为后续深入研究其LYK基因家族成员的生理生化功能奠定基础。
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关键词
小立碗藓
lysm
型
类
受体
激酶
基因家族
生物信息学
基因结构
染色体定位
系统进化关系
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职称材料
百脉根LysM型受体LcLRK1参与菌根真菌丛枝形成
被引量：
1
2
作者
韩亚超
谢贤安
+1 位作者
耿聪
赵斌
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期38-48,共11页
从日本百脉根(Lotus corniculatus)中克隆到一个可能与菌根因子识别相关的Lc LRK1基因,通过设计简并引物并利用RACE PCR手段,在百脉根中扩增得到Lc LRK1基因全长序列。通过生物信息学的方法,对Lc LRK1基因进行结构分析和预测;接种Rhizop...
从日本百脉根(Lotus corniculatus)中克隆到一个可能与菌根因子识别相关的Lc LRK1基因,通过设计简并引物并利用RACE PCR手段,在百脉根中扩增得到Lc LRK1基因全长序列。通过生物信息学的方法,对Lc LRK1基因进行结构分析和预测;接种Rhizophagus irregularis,检测Lc LRK1基因在百脉根不同组织中的表达水平;构建Pro Lc LRK1∶∶GUS重组载体,观察Lc LRK1基因在根中的表达部位;最后通过RNA干扰(RNAi)技术进行Lc LRK1基因沉默。结果表明:Lc LRK1编码一个Lys M型受体激酶,由3个胞外Lys M结构、1个跨膜结构域与1个胞内激酶结构域组成;Lc LRK1在AM共生早期表达水平明显增强,并在根的表皮细胞及根毛基部表达;Lc LRK1基因沉默后抑制了早期丛枝的形成;相对于对照组,在Lc LRK1RNAi的植株中AM真菌的侵染率明显下降,丛枝数目也明显降低。证实Lc LRK1基因与菌根真菌信号分子识别相关,并且影响AM真菌丛枝的形成。
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关键词
日本百脉根
菌根因子
LcLRK1基因
根内球囊霉
lysm型受体激酶
RNA干扰
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职称材料
题名
小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
高梅
辛健康
姜山
机构
贵州师范大学生命科学学院
贵州师范大学国际教育学院
出处
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期979-988,共10页
基金
国家自然科学基金(30860158,31560508,31260426)。
文摘
植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)LysM型类受体激酶基因家族成员进行鉴定及分析。通过分析小立碗藓LYK家族成员的基本物理信息、基因结构、染色体定位及系统发生关系,初步探讨了其LYK基因结构、进化与功能间的联系。结果表明:(1)小立碗藓中共有21个LYK基因,其氨基酸序列大小在625~755 aa之间,分子量为69.54~82.02 kDa,等电点在5.98~7.78之间。(2)将小立碗藓所有LYK蛋白与3种典型模式植物(水稻、拟南芥和蒺藜苜蓿)的LYK蛋白共同构建系统进化树,所有LYK蛋白被分为4个亚组(LYK-I、LYK-Ⅱ、LYR-I和LYR-Ⅱ)。小立碗藓各亚组内成员的基因结构、保守域特征显示出较为相似的特征,由此推测其可能具有相同或相似的功能。(3)染色体定位发现21个LYK基因集中分布于4条染色体上并出现小型基因簇,这可能与基因功能相联系。该文分析了小立碗藓LysM型类受体蛋白激酶基因家族的基本信息,可为后续深入研究其LYK基因家族成员的生理生化功能奠定基础。
关键词
小立碗藓
lysm
型
类
受体
激酶
基因家族
生物信息学
基因结构
染色体定位
系统进化关系
Keywords
Physcomitrella patens
lysin motif receptor-like kinase
gene family
bioinformatics
gene structure
chromosome location
phylogenetic relationship
分类号
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
百脉根LysM型受体LcLRK1参与菌根真菌丛枝形成
被引量：
1
2
作者
韩亚超
谢贤安
耿聪
赵斌
机构
阜阳职业技术学院生化工程学院
华中农业大学生命科学技术学院
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第3期38-48,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31270159)
教育部高等学校青年骨干教师国内访问学者项目(201312045)
+2 种基金
安徽省高等学校自然科学研究项目(KJ2015A433)
安徽省教育厅质量工程项目(2013jxtd055
2015jxtd062)
文摘
从日本百脉根(Lotus corniculatus)中克隆到一个可能与菌根因子识别相关的Lc LRK1基因,通过设计简并引物并利用RACE PCR手段,在百脉根中扩增得到Lc LRK1基因全长序列。通过生物信息学的方法,对Lc LRK1基因进行结构分析和预测;接种Rhizophagus irregularis,检测Lc LRK1基因在百脉根不同组织中的表达水平;构建Pro Lc LRK1∶∶GUS重组载体,观察Lc LRK1基因在根中的表达部位;最后通过RNA干扰(RNAi)技术进行Lc LRK1基因沉默。结果表明:Lc LRK1编码一个Lys M型受体激酶,由3个胞外Lys M结构、1个跨膜结构域与1个胞内激酶结构域组成;Lc LRK1在AM共生早期表达水平明显增强,并在根的表皮细胞及根毛基部表达;Lc LRK1基因沉默后抑制了早期丛枝的形成;相对于对照组,在Lc LRK1RNAi的植株中AM真菌的侵染率明显下降,丛枝数目也明显降低。证实Lc LRK1基因与菌根真菌信号分子识别相关,并且影响AM真菌丛枝的形成。
关键词
日本百脉根
菌根因子
LcLRK1基因
根内球囊霉
lysm型受体激酶
RNA干扰
Keywords
Lotus corniculatus
Myc-factor
LcLRK1 gene
Rhiaophagus irregularis
lysm
re-ceptor kinase
RNA interference（RNAi）
分类号
S [农业科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析
高梅
辛健康
姜山
《广西植物》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
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职称材料
2
百脉根LysM型受体LcLRK1参与菌根真菌丛枝形成
韩亚超
谢贤安
耿聪
赵斌
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
1
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