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肺癌A549细胞源性外泌体中lncRNA DUXAP8对肺癌细胞生长和肿瘤免疫逃逸的作用及其机制
1
作者 何小双 徐丽娜 +6 位作者 崔梅 赵宇 王蓓 黄征 王玉超 辛雯艳 邬超 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期958-967,共10页
目的:探讨肺癌A549细胞源性外泌体(Exo)中长链非编码RNA(lncRNA)DUXAP8对肺癌细胞生长和免疫逃逸的影响,并阐明其作用机制。方法:培养人肺癌细胞系A549细胞,提取其Exo并鉴定。采用PKH67标记的Exo处理A549细胞,观察A549细胞摄取Exo情况... 目的:探讨肺癌A549细胞源性外泌体(Exo)中长链非编码RNA(lncRNA)DUXAP8对肺癌细胞生长和免疫逃逸的影响,并阐明其作用机制。方法:培养人肺癌细胞系A549细胞,提取其Exo并鉴定。采用PKH67标记的Exo处理A549细胞,观察A549细胞摄取Exo情况。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测Exo处理前后A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平。将A549细胞分为对照组(不处理)、Exo组(Exo处理A549细胞)、Exo+sh-NC组(Exo处理A549细胞后,转染sh-NC至A549细胞)和Exo+sh-DUXAP8组(Exo处理A549细胞后,转染sh-DUXAP8至A549细胞)。RT-qPCR法检测各组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平,平板集落形成实验检测各组A549细胞克隆形成能力,5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(EdU)法检测各组A549细胞增殖能力。各组A549细胞与人外周血淋巴细胞共培养后,流式细胞术检测各组人外周血淋巴细胞中活化的CD8+T淋巴细胞百分率,3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)法检测各组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率。结果:Exo囊泡直径为50~150 nm,且分化簇63(CD63)、分化簇9(CD9)、肿瘤易感基因101(TSG101)和热休克蛋白70(HSP70)外泌体特异性标志物蛋白表达阳性,说明Exo提取成功。A549细胞能够很好地摄取PKH67标记的Exo。RT-qPCR法,与单独培养的A549细胞比较,Exo处理后,A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平升高(P<0.05)。与对照组比较,Exo组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平升高(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平降低(P<0.05),Exo+sh-NC组lncRNA DUXAP8表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。平板集落形成实验,与对照组比较,Exo组A549细胞中集落形成数增加(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中集落形成数减少(P<0.05),Exo+sh-NC组A549细胞中集落形成数差异无统计学意义(P>0.05)。EdU染色,与对照组比较,Exo组A549细胞中EdU阳性细胞率升高(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中EdU阳性细胞率降低(P<0.05),Exo+sh-NC组A549细胞中EdU阳性细胞率差异无统计学意义(P>0.05)。流式细胞术,与对照组比较,Exo组人外周血淋巴细胞中活化CD8+T淋巴细胞百分率降低(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组人外周血淋巴细胞中活化CD8+T淋巴细胞百分率升高(P<0.05),Exo+sh-NC组人外周血淋巴细胞中活化的CD8+T淋巴细胞百分率差异无统计学意义(P>0.05)。MTT法,与对照组比较,Exo组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率降低(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率升高(P<0.05),Exo+sh-NC组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率差异无统计学意义(P>0.05)。结论:肺癌A549细胞源性Exo lncRNA DUXAP8促进肺癌细胞增殖和肿瘤免疫逃逸。 展开更多
关键词 肺肿瘤 外泌体 长链非编码rna DUXAP8 细胞增殖 免疫逃逸
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子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA的表达谱分析
2
作者 李瑞 郭依琳 +4 位作者 王璐 许星月 卢富华 李梦琦 赵虎 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第3期223-229,共7页
目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序... 目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序技术分析circRNA表达谱,并对差异表达circRNA来源的母基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,行数据库预测构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。对差异表达最显著的circRNA分析其与临床病理特征的关系,行子宫颈癌细胞系转染circRNA小干扰RNA(siRNA),分为circ RNA敲低组和阴性对照(si-NC)组,并采用活细胞计数(CCK-8)方法检测子宫颈癌SiHa细胞和HeLa细胞的增殖情况。结果:①共检测到2039个差异表达circRNA,差异表达circRNA来源的母基因主要富集在泛素介导的蛋白质水解、MAPK信号通路、内吞作用、细胞凋亡等信号通路。②筛选出转移组中差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,即hsa_circ_0067492、hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718。qRT-PCR技术验证显示,hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718在淋巴结转移的子宫颈癌组织中均高表达(P<0.01)。hsa_circ_0004904可与hsa-miR-3916等微小RNA(miRNA)相互作用、hsa_circ_0085465可与hsa-miR-4659b-3p等miRNA相互作用、hsa_circ_0007718可与hsa-miR-127-5p等miRNA相互作用。③hsa_circ_0004904的高表达与低表达在有无淋巴结转移和脉管癌栓中差异有统计学意义(P<0.05)。与si-NC组相比,沉默hsa_circ_0004904转染24、48、72 h后,SiHa细胞和HeLa细胞的增殖能力均明显降低(P<0.05)。结论:伴有淋巴结转移的子宫颈癌中存在差异表达的circRNA,沉默后可显著抑制子宫颈癌细胞的增殖,其可能参与了淋巴结转移的发生发展,有望成为淋巴结转移的特异性生物标志物。 展开更多
关键词 子宫颈癌 环状rna 淋巴结转移 竞争性内源性rna 非编码rna
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非编码RNA在中耳胆脂瘤中的研究进展
3
作者 王建涛 朱庆文 王宝山 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第4期597-602,共6页
中耳胆脂瘤是耳鼻喉科常见疾病,近年来,其临床重要性日益凸显。数据显示,该病的年发病率为10/10万。目前临床上尚无有效的非手术治疗方法,且术后复发率高达40%。若未及时诊断和干预,可导致各种颅内、外并发症。胆脂瘤形成的发病机制研... 中耳胆脂瘤是耳鼻喉科常见疾病,近年来,其临床重要性日益凸显。数据显示,该病的年发病率为10/10万。目前临床上尚无有效的非手术治疗方法,且术后复发率高达40%。若未及时诊断和干预,可导致各种颅内、外并发症。胆脂瘤形成的发病机制研究多聚焦于细胞增殖、细胞凋亡及骨破坏等方面。多种非编码RNA因其在基因表达、细胞周期调节和疾病发生发展中的关键作用而备受关注,其中microRNA、长链非编码RNA和环状RNA的研究尤为深入。本文对非编码RNA在中耳胆脂瘤中的作用机制研究进展作一综述。 展开更多
关键词 中耳胆脂瘤 非编码rna MICROrna 环状rna 长链非编码rna
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长非编码RNA在相分离调控中的作用
4
作者 杨新玲 张栋栋 常晓彤 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期384-392,共9页
相分离是细胞内生物分子由单一均相混合物形成2种不相溶的液滴凝聚体过程,是细胞内分子凝聚体和无膜细胞器形成的主要驱动力。相分离不仅在多种生理活动中发挥重要的动态调控作用,而且调控神经退行性疾病和癌症等多种疾病的发生发展。... 相分离是细胞内生物分子由单一均相混合物形成2种不相溶的液滴凝聚体过程,是细胞内分子凝聚体和无膜细胞器形成的主要驱动力。相分离不仅在多种生理活动中发挥重要的动态调控作用,而且调控神经退行性疾病和癌症等多种疾病的发生发展。已有研究发现,长非编码RNA(lncRNA)与相分离密切相关,这为理解lncRNA的作用机制打开了新的视角,成为近年来非编码RNA领域的研究热点。本文重点介绍了LncRNA SLERT作为分子伴侣与DDX21蛋白相互作用,影响核仁纤维中心区/高密度纤维区(FC/DFCs)的相分离;LINC00657(NORAD)与PUM蛋白形成NP小体,驱动PUM蛋白的相分离而抑制其活性,促进基因组的稳定性;dilncRNA调控DNA损伤应答小RNAs(DDRNA)、p53结合蛋白1(53BP1)的相分离,lncRNA LINP1相分离液滴与Ku蛋白结合促进DNA损伤修复;LncRNA SNHG9、MELTF-AS1、MALR分别驱动LATS1、YBX1、ILF3蛋白质的相分离发挥促癌lncRNAs作用,GIRGL、LncFASA分别调控CAPRIN1、PRDX1的相分离在癌症发展中发挥抑癌基因作用;lncRNA XIST通过相分离驱动X染色体失活的研究。总之,本文综述了lncRNAs通过调节相分离在细胞核无膜细胞器的形成、基因组稳定性与DNA损伤修复、肿瘤发生发展和X染色体失活等病理生理过程中的最新研究进展。本文表明长非编码RNA可通过调节相分离,参与多种病理生理过程,有望为相分离介导的疾病的治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 相分离 长非编码rna 无膜细胞器 DNA损伤修复 癌症 X染色体失活
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CRISPR/Cas9技术:探索lncRNA的自身功能以及在癌症进程中的作用
5
作者 李欣 胡莹 王玉明 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期364-375,共12页
CRISPR/Cas系统的出现极大推动了基因编辑领域的进步,特别是CRISPR/Cas9系统,已成为生物医学研究的核心工具。长非编码RNA(lncRNA)在基因调控、细胞分化和多种疾病的发展过程中发挥关键作用,尤其在癌症研究中,lncRNA作为癌症生物标志物... CRISPR/Cas系统的出现极大推动了基因编辑领域的进步,特别是CRISPR/Cas9系统,已成为生物医学研究的核心工具。长非编码RNA(lncRNA)在基因调控、细胞分化和多种疾病的发展过程中发挥关键作用,尤其在癌症研究中,lncRNA作为癌症生物标志物和治疗靶点,具有重要的应用前景。然而,由于lncRNA普遍具有低丰度和保守性差等特点,限制了传统手段对其功能的研究。CRISPR/Cas9技术为lncRNA的研究提供了一个高效、灵活且精确的工具,显著加速了该领域的进展。本文首先回顾了CRISPR/Cas9系统的基本原理及其在基因编辑中的广泛应用,包括CRISPR敲除、敲入、干扰和激活等多种功能系统。这些技术不仅可以筛选特定生物过程中的关键lncRNA,还能够用于基因功能研究,探索其在疾病中的作用。本文重点分析了CRISPR/Cas9技术在研究lncRNA功能和调控机制,以及其在肿瘤研究中的关键应用。此外,文章还总结了通过CRISPR/Cas9进行全基因组筛选以识别功能性lncRNA的方法,并探讨了这些lncRNA在癌症细胞增殖、迁移、侵袭以及耐药性中的作用。CRISPR/Cas9敲除系统可以高效敲除lncRNA基因,揭示其在基因调控中的具体功能。同时,CRISPR激活和干扰技术为非编码基因的研究提供了新的思路,通过调控lncRNA的表达水平,进一步探索其在癌症等疾病中的临床应用。文章还探讨了CRISPR技术在未来lncRNA研究中的潜力,尤其是在解决基因组复杂性、靶向效率和脱靶效应等技术难题方面的进展。综上所述,CRISPR/Cas9技术不仅为研究lncRNA提供了强有力的工具,也为未来开发新的癌症诊断和治疗手段提供了新的思路和机会。 展开更多
关键词 成簇的规则间隔短回文重复序列(CRISPR/Cas9) 长非编码rna 基因调控 癌症
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长非编码RNA对α-烯醇化酶的调控作用 被引量：1
6
作者 祝纯远 李菲 王玉平 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期89-98,共10页
α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节EN... α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节ENO1:在细胞核中,作用于ENO 1基因启动子,调节ENO1的转录;在细胞质中,与ENO 1 mRNA直接或间接作用,以及通过对微小核糖核酸的海绵吸附作用影响ENO1翻译;此外,在细胞质中lncRNA与ENO1蛋白直接结合以及作为支架分子诱导ENO1形成聚合物,影响ENO1的稳定性和功能。在肿瘤中,lncRNA异常表达,调节ENO1的过表达和功能,促进肿瘤细胞的增殖和转移。目前,对lncRNA与ENO1之间的相互作用已有了一定的了解,仍需进一步揭示其具体的分子机制和生物学功能,以及lncRNA在临床治疗中的潜在应用。本文综述了长非编码RNA对ENO1的调控作用,重点介绍了16个已发现的lncRNA对ENO1的调节。深入认识lncRNA对ENO1的调节作用,将有助于了解肿瘤细胞中ENO1的调控网络,开辟治疗肿瘤的新靶点。 展开更多
关键词 α-烯醇化酶 糖酵解 长非编码rna 肿瘤
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盐池滩羊背最长肌中与肌肉发育和肉质形成相关lncRNA的筛选与功能分析 被引量：1
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作者 刘依兰 胡亚美 +2 位作者 李惠侠 卢佳伟 刘媛 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第2期284-295,共12页
盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品... 盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品,通过转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)筛选出可能在调控滩羊肌肉发育和肉质形成方面发挥重要作用的基因和长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。结果表明,两组LDM间共有504条mRNA和1483条lncRNA差异显著(P<0.05),还预测到了103个差异显著的潜在lncRNA-mRNA顺式调控关系对(P<0.05)。随后根据差异表达mRNA功能分析筛选出MSTN、CDKN1A、FHL 1等骨骼肌发育相关基因和LPL、SCD等骨骼肌代谢相关基因,根据差异表达lncRNA靶基因功能分析筛选出13个可能与肌肉发育相关(ADDIN CNKISM.UserStyleLNC.17926.1、LNC.981.1、LNC.16284.1等)和8个可能与骨骼肌代谢相关(LNC.15496.1、LNC.18149.1等)的lncRNA。随机选取2组均表达的5个lncRNA和4个mRNA进行qPCR验证,结果与RNA-seq一致,佐证了测序结果的可靠性。本研究为今后探究滩羊肌肉发育、肉质形成机制和开展分子育种打下了坚实基础,为改良国内其他绵羊品种的产肉性能提供了科学依据。 展开更多
关键词 滩羊 肌肉发育 肉质 长非编码rna 转录物组测序
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长链非编码RNA编码微肽的鉴定和功能研究进展
8
作者 黄桂英 王李伟 +3 位作者 刘嘉茵 王松 陈吉龙 池晓娟 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2025年第1期89-99,共11页
随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞... 随着翻译组测序、多肽组学和生物信息学分析等技术的快速发展,人们发现大量长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)含有可编码功能性微肽的短开放阅读框。这些由lncRNA编码的微肽不仅参与调控骨骼肌的生理功能、胚胎发育和神经细胞发育,还对多种癌症的发生与发展、炎症反应及心血管疾病产生影响。研究这些微肽的功能对于深入理解生命活动的调控机制具有重要的科学意义,也为相关疾病的防治提供新的思路与方向。概述了鉴定lncRNA编码微肽的常用方法,以及这些微肽功能的最新研究进展,以期为后续研究提供参考。 展开更多
关键词 长链非编码rna 短开放阅读框 微肽 鉴定 功能
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长链非编码RNA通过Notch信号通路调控骨代谢
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作者 何玉婷 翁凯鸿 +2 位作者 李发林 翁锡全 元宇 《中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志》 北大核心 2025年第3期374-383,共10页
骨代谢的平衡取决于骨吸收与骨形成之间的动态平衡,骨代谢失衡将诱发骨质疏松症等多种骨代谢疾病。Notch信号通路参与骨吸收与骨形成的调控,在维持骨代谢平衡中发挥重要作用。研究表明,长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)不仅... 骨代谢的平衡取决于骨吸收与骨形成之间的动态平衡,骨代谢失衡将诱发骨质疏松症等多种骨代谢疾病。Notch信号通路参与骨吸收与骨形成的调控,在维持骨代谢平衡中发挥重要作用。研究表明,长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)不仅通过调控骨髓间充质干细胞、成骨细胞、破骨细胞等骨组织细胞的增殖与分化广泛参与骨代谢的调节,也通过Notch信号通路调控骨代谢。但目前lncRNA通过Notch信号通路调控骨代谢的确切机制尚未阐明。本文主要概述Notch信号通路及lncRNA在骨代谢调控中的作用及探讨lncRNA通过Notch信号通路调控骨代谢的可能机制,为lncRNA调控骨代谢疾病的机制研究及骨代谢疾病的靶向治疗提供理论基础。 展开更多
关键词 长链非编码rna NOTCH 骨代谢 骨质疏松症
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西方蜜蜂lncRNA13922的时空表达谱与潜在调控作用分析
10
作者 董舒楠 曹瑞华 +9 位作者 陈颖 荆欣 臧贺 孙恺玥 刘锋 徐细建 骆群 陈大福 邱剑丰 郭睿 《昆虫学报》 北大核心 2025年第4期397-406,共10页
【目的】通过测定lncRNA13922在西方蜜蜂Apis mellifera工蜂不同发育阶段和成虫组织的表达谱,并解析lncRNA13922的调控方式和作用,为进一步探究lncRNA13922的调控功能和机制提供科学依据。【方法】通过RT-PCR验证lncRNA13922在西方蜜蜂... 【目的】通过测定lncRNA13922在西方蜜蜂Apis mellifera工蜂不同发育阶段和成虫组织的表达谱,并解析lncRNA13922的调控方式和作用,为进一步探究lncRNA13922的调控功能和机制提供科学依据。【方法】通过RT-PCR验证lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫不同组织(触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺)中的表达量;采用RT-qPCR检测lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂不同发育阶段(卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫)和工蜂成虫组织(触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺)中的相对表达量;通过Pearson相关性分析预测与西方蜜蜂lncRNA13922共表达的mRNA;利用miRDeep2将lncRNA13922的核苷酸序列比对到miRBase数据库,再通过miRPara来预测miRNA前体;联用Miranda,RNAhybrid和TargetScan软件分别预测lncRNA13922靶向的miRNA及miRNA靶向的mRNA,取交集作为可靠的靶标集合;根据靶向关系构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,进而利用相关软件对靶mRNA进行GO和KEGG数据库注释。【结果】lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫的触角、脑、中肠、脂肪体、咽下腺、表皮和毒腺均能被扩增出符合预期大小(约127 bp)的目的片段。lncRNA13922在西方蜜蜂卵、3日龄幼虫、1和2日龄预蛹及4日龄蛹中差异表达,在卵中的表达量最高,且显著高于3日龄幼虫及1和2日龄预蛹中的表达量;lncRNA13922在1,2,6,12,15和17日龄成虫体内均有表达,但表达量存在差异;lncRNA13922在2日龄成虫体内的表达量最高且显著高于1和17日龄成虫体内的表达量。lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫上述7种组织中差异表达,在毒腺中的表达量最高,且显著高于脑、中肠、脂肪体和咽下腺中的表达量。lncRNA13922与29条mRNA潜在共表达且它们的表达量具有正相关关系,与12条mRNA潜在共表达且它们的表达量具有负相关关系。lncRNA13922可作为2个miRNA的潜在前体。lncRNA13922可靶向75个miRNA进而靶向1833条mRNA。上述靶mRNA涉及细胞部分和细胞等603个GO条目与内吞作用和嘌呤代谢等56条KEGG通路。【结论】西方蜜蜂lncRNA13922在工蜂的不同发育阶段和成虫不同组织中动态差异表达,并通过反式作用、miRNA前体和ceRNA作用网络潜在参与调控发育过程。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 长链非编码rna 反式作用 内源性竞争rna 时空表达谱
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基于TCGA数据库构建免疫相关LncRNA的胰腺癌预后风险评估模型
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作者 高振朝 宋轶群 +3 位作者 陈鑫龙 朱泽恩 王铮 钱伟琨 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期663-670,共8页
目的筛选癌症基因组图谱(TCGA)数据库胰腺癌数据集中与免疫相关的长链非编码RNA(LncRNA),构建与免疫相关LncRNA的胰腺癌预后风险评估模型,探索预后相关潜在分子机制。方法首先通过TCGA数据库获取171例胰腺癌样本RNA-seq数据及其临床信息... 目的筛选癌症基因组图谱(TCGA)数据库胰腺癌数据集中与免疫相关的长链非编码RNA(LncRNA),构建与免疫相关LncRNA的胰腺癌预后风险评估模型,探索预后相关潜在分子机制。方法首先通过TCGA数据库获取171例胰腺癌样本RNA-seq数据及其临床信息,并利用两个经典的免疫相关基因数据集GO0006955/IMMUNE RESPONSE和GO0002376/IMMUNE SYSTERM PROCESS以及基因注释信息识别免疫相关LncRNA;其次利用单因素Cox回归分析筛选与胰腺癌预后相关免疫LncRNA,并用多因素Cox回归分析和进行模型优化,以建立基于免疫相关LncRNA的胰腺癌预后风险的评估模型;最后使用风险模型进行生存分析、临床相关性分析、预后列线图模型绘制、免疫细胞浸润分析以及通路富集分析。结果筛选出119个胰腺癌中与免疫相关的LncRNA,鉴定出5个免疫相关LncRNA(AC064836.3、LINC00941、ZNF236-DT、TMEM161B-AS1和AC068580.2)用于建立胰腺癌预后风险评估模型。根据预后风险评估模型将胰腺癌患者分为低风险组(n=86例)和高风险组(n=85例),高风险组相较于低风险组表现出对免疫相关信号通路的明显负向富集趋势,发现低风险组胰腺癌患者5年总生存期较高风险组显著增加。低风险免疫相关LncRNA(AC064836.3、ZNF236-DT和TMEM161B-AS1)的表达量随着胰腺癌患者的临床分期的升高而逐渐降低。患者年龄(P=0.031,风险比及95%置信区间为1.025/1.002~1.048)和预后风险评分(P<0.001,风险比及95%置信区间为1.801/1.465~2.215)可作为胰腺癌总生存期的独立预后危险因素。此外,相较于常见临床特征的疾病预测能力,预后风险评估模型具有更好的预测效率(曲线下面积=0.695)。类固醇的生物合成、磷酸戊糖途径、细胞间连接、细胞骨架重排等与胰腺癌细胞能量代谢及侵袭迁移相关通路在高风险组中被显著激活;同时,高风险组胰腺癌患者肿瘤组织中有更低水平的抗肿瘤活性的幼稚B细胞、浆细胞和中性粒细胞,而其巨噬细胞浸润水平显著高于低风险组。结论基于5个免疫相关LncRNA构建的预后风险评估模型可以有效预测胰腺癌患者的生存状态、临床特征、分子通路与免疫细胞浸润差异情况;同时,依托该模型,可前瞻性预测胰腺癌患者预后情况,增强了风险预测模型的实用性。 展开更多
关键词 胰腺癌 预后 长链非编码rna(Lncrna) 免疫反应
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意大利蜜蜂lncRNA15837的调控作用和表达模式分析
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作者 宋宇轩 李坤泽 +8 位作者 臧贺 刘小玉 吴陶 徐细建 刘锋 骆群 邱剑丰 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 北大核心 2025年第2期144-153,共10页
【目的】本研究旨在通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA15837的调控方式和作用,并检测lncRNA15837在工蜂不同发育阶段和成虫不同组织及幼虫应答蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis侵染中的表达模式,为深入探究lncRNA15837的调... 【目的】本研究旨在通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA15837的调控方式和作用,并检测lncRNA15837在工蜂不同发育阶段和成虫不同组织及幼虫应答蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis侵染中的表达模式,为深入探究lncRNA15837的调控功能与机制提供参考和依据。【方法】基于已获得的意大利蜜蜂7和10日龄工蜂成虫中肠高质量转录组数据,利用Miranda,RNAhybrid和TargetScan软件预测lncRNA15837靶向的miRNA及miRNA靶向的mRNA,再通过Cytoscape v3.7.1软件构建并可视化竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。使用Blast工具将靶mRNA比对至GO和KEGG数据库以获得相应的功能和通路注释。通过RT-PCR验证lncRNA15837在刚出房工蜂成虫不同组织(触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺)中的表达。利用RT-qPCR检测lncRNA15837在工蜂的不同发育阶段(卵、3日龄幼虫、1和2日龄预蛹、4日龄蛹及1,2,6,12,15和18日龄工蜂成虫)、刚出房工蜂成虫不同组织(触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺)和3日龄幼虫感染蜜蜂球囊菌后4,5和6日龄幼虫肠道中的表达量。【结果】LncRNA15837可靶向ame-miR-21-x和ame-miR-0046-3p等29个miRNA,进而靶向1559条mRNA,形成1个复杂的ceRNA网络;上述靶mRNA可注释到436个GO条目,其中114条靶mRNA涉及139个分子功能相关条目,115条靶mRNA涉及257个生物学进程相关条目,67条靶mRNA涉及40个细胞组分相关条目;可注释到224条KEGG通路,其中28条靶mRNA注释到内吞、吞噬细胞和溶酶体等细胞免疫通路,以及157条靶mRNA注释到JAK-STAT,Toll和Imd,NF-kappa B和Toll样受体信号通路等体液免疫通路;lncRNA15837在工蜂卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫中差异表达,在1日龄预蛹中的表达量最低,而在3日龄幼虫中的表达量最高;lncRNA15837在刚出房工蜂成虫的触角、毒腺、脑、中肠、咽下腺、脂肪体和表皮中均有表达但表达量存在差异,在脂肪体中的表达量最低,而在毒腺中的表达量最高;相较于未接种对照组,lncRNA15837的表达量在蜜蜂球囊菌接种组4日龄幼虫肠道中表达量上调,在5和6日龄幼虫肠道中显著上调。【结论】意大利蜜蜂lncRNA15837通过ceRNA网络潜在调控胞吞作用、吞噬细胞和溶酶体等细胞免疫通路和JAK-STAT、Toll和Imd、NF-kappa B和Toll样受体信号通路等体液免疫通路;lncRNA15837在工蜂的3日龄幼虫和工蜂成虫毒腺中特异性高表达;工蜂幼虫肠道中lncRNA15837的表达被蜜蜂球囊菌侵染所激活,提示lncRNA15837是意大利蜜蜂幼虫应答蜜蜂球囊菌侵染的潜在调控因子。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 竞争性内源rna 长链非编码rna 时空表达谱 蜜蜂球囊菌
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梓醇调控涎腺上皮细胞lnc-NONHSAT071210表达治疗干燥综合征模型小鼠的作用机制
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作者 何伟倩 吴春凤 +2 位作者 李小芬 刘媛 郭予洁 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第4期798-802,共5页
目的:观察梓醇对干燥综合征(SS)模型小鼠的治疗作用,并通过体外实验探讨其作用机制。方法:8周龄NOD小鼠给予100 mg/kg梓醇灌胃8周,检测血清中IFN-γ和IL-17表达,观察小鼠唾液腺病理;50μmol/L梓醇处理lnc-NONHSAT071210 shRNA转染的唾... 目的:观察梓醇对干燥综合征(SS)模型小鼠的治疗作用,并通过体外实验探讨其作用机制。方法:8周龄NOD小鼠给予100 mg/kg梓醇灌胃8周,检测血清中IFN-γ和IL-17表达,观察小鼠唾液腺病理;50μmol/L梓醇处理lnc-NONHSAT071210 shRNA转染的唾液腺上皮细胞系,检测lnc-NONHSAT071210表达;再以10 ng/ml IFN-γ干预细胞,lnc-NONHSAT071210 shRNA及梓醇处理72 h,检测细胞增殖及IL-17和IFN-γ表达。结果:与对照组相比,梓醇组小鼠血清中IFN-γ及IL-17表达下降(P<0.05),唾液腺病理淋巴细胞浸润减少,腺体结构破坏减轻;与IFN-γ干预组相比,梓醇处理后唾液腺上皮细胞增殖水平升高,IFN-γ及IL-17表达下降(P<0.05);梓醇处理后,lnc-NONHSAT071210表达下降(P<0.05),且梓醇及lnc-NONHSAT071210 shRNA共同干预后,IFN-γ及IL-17表达下降更为显著(P<0.01)。结论:梓醇可抑制SS模型小鼠血清炎症因子表达和唾液腺淋巴细胞浸润程度,通过调节lnc-NONHSAT071210抑制涎腺导管上皮细炎症反应,抑制SS进展。 展开更多
关键词 NOD小鼠 梓醇 干燥综合征 涎腺上皮细胞 长链非编码rna
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嗜水气单胞菌非编码RNA的功能研究
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作者 王嘉璐 蔡彤璇 +4 位作者 陈甜梦 李娜 刘瑶瑶 赵宝华 刘东 《天津师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期13-21,共9页
为了探究原核生物嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)中非编码RNA(sRNA)的功能,以嗜水气单胞菌A.hydrophila ATCC 7966菌株为实验材料,采用转录组测序技术进行转录组学分析,预测得到非编码RNA,构建了sRNA基因缺失突变体(△sRNA),并对△... 为了探究原核生物嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)中非编码RNA(sRNA)的功能,以嗜水气单胞菌A.hydrophila ATCC 7966菌株为实验材料,采用转录组测序技术进行转录组学分析,预测得到非编码RNA,构建了sRNA基因缺失突变体(△sRNA),并对△sRNA的生理特性和致病性进行测定.结果显示:△sRNA菌株与野生型菌株的生长状况、运动能力和溶血现象基本一致,且在高渗环境下2种菌株受到的抑制程度相同;同野生型菌株相比,△sRNA菌株的生物被膜形成能力与蛋白酶活性均显著降低(P<0.01),且△sRNA菌株对青霉素和红霉素的敏感度增强;sRNA基因的缺失导致A.hydrophila的致病性降低. 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 转录组测序 非编码rna 基因敲除 致病性
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LncRNA KCNQ1OT1调控miR-875-5p/ELK4轴对口腔鳞状细胞癌细胞迁移及侵袭的影响
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作者 马子涵 石婉莹 +2 位作者 朱江 许腾 宋冬惠 《实用口腔医学杂志》 北大核心 2025年第3期365-371,共7页
目的:探究长链非编码RNA KCNQ1OT1(LncRNA KCNQ1OT1)调控微小RNA-875-5p(miR-875-5p)/ETS样转录因子4(ELK4)轴对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞迁移及侵袭的影响。方法:qRT-PCR法用于检测OSCC细胞系(HSC-3、PE/CA-PJ15、HN13)和组织中LncRNA ... 目的:探究长链非编码RNA KCNQ1OT1(LncRNA KCNQ1OT1)调控微小RNA-875-5p(miR-875-5p)/ETS样转录因子4(ELK4)轴对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞迁移及侵袭的影响。方法:qRT-PCR法用于检测OSCC细胞系(HSC-3、PE/CA-PJ15、HN13)和组织中LncRNA KCNQ1OT1、miR-875-5p、ELK4 mRNA水平;双荧光素酶实验检测LncRNA KCNQ1OT1与miR-875-5p、miR-875-5p与ELK4的靶向关系;将HSC-3细胞分为Control组、sh-NC、sh-KCNQ1OT1、sh-KCNQ1OT1+anti-NC、sh-KCNQ1OT1+anti-miR-875-5p、miR-NC、miR-875-5p mimic、miR-875-5p mimic+pcDNA-NC、miR-875-5p mimic+ELK4;分别检测HSC-3细胞迁移、侵袭能力。用免疫印迹检测ELK4、MMP-2、MMP-9、上皮间质转化(EMT)(E-Cadherin、N-Cadherin、Vimentin)蛋白表达;裸鼠移植瘤实验验证LncRNA KCNQ1OT1对OSCC移植瘤的影响。结果:OSCC组织、癌细胞系中LncRNA KCNQ1OT1、ELK4 mRNA表达上升,miR-875-5p表达降低(P<0.05)。数据库预测显示,miR-875-5p分别与LncRNA KCNQ1OT1、ELK4靶向结合。与sh-NC组比较,sh-KCNQ1OT1组细胞迁移数、侵袭细胞数量、LncRNA KCNQ1OT1、ELK4、MMP-2、MMP-9、N-Cadherin、Vimentin表达降低,miR-875-5p、E-Cadherin表达升高(P<0.05);与sh-KCNQ1OT1+anti-NC组比较,sh-KCNQ1OT1+anti-miR-875-5p组miR-875-5p、E-Cadherin表达下降,细胞迁移数、侵袭细胞数量、ELK4、MMP-2、MMP-9、N-Cadherin、Vimentin表达上升(P<0.05)。与miR-NC组比较,miR-875-5p mimic组miR-875-5p、E-Cadherin表达水平升高,细胞迁移数、侵袭细胞数量、ELK4、MMP-2、MMP-9、N-Cadherin、Vimentin表达降低(P<0.05);与miR-875-5p mimic+pcDNA-NC组比较,miR-875-5p mimic+ELK4组细胞迁移数、侵袭细胞数量、ELK4、MMP-2、MMP-9、N-Cadherin、Vimentin表达上升,E-Cadherin表达降低(P<0.05)。sh-KCNQ1OT1组比sh-NC组移植瘤体积、重量减小,LncRNA KCNQ1OT1、ELK4 mRNA和蛋白表达量比sh-NC组低,miR-875-5p表达量比sh-NC组高(P<0.05)。结论:抑制Lnc RNA KCNQ1OT1能够靶向miR-875-5p/ELK4轴抑制OSCC细胞迁移、侵袭与EMT。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 长链非编码rna KCNQ1OT1 微小rna-875-5p/ETS样转录因子4轴 迁移 侵袭
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LncRNA EFRL在同型半胱氨酸致动脉粥样硬化巨噬细胞胞葬中的作用及机制研究
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作者 杨佳琪 张正皓 +6 位作者 马芳 夏童童 刘虹麟 熊建团 马胜超 姜怡邓 郝银菊 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第7期577-584,共8页
目的探究胞葬作用相关长链非编码RNA(EFRL)在同型半胱氨酸(Hcy)致动脉粥样硬化(AS)巨噬细胞胞葬作用中的影响及其作用机制。方法体外培养RAW264.7巨噬细胞,设立对照组(0μmol/L Hcy)和Hcy干预组(100μmol/L Hcy),Hcy干预的巨噬细胞转染... 目的探究胞葬作用相关长链非编码RNA(EFRL)在同型半胱氨酸(Hcy)致动脉粥样硬化(AS)巨噬细胞胞葬作用中的影响及其作用机制。方法体外培养RAW264.7巨噬细胞,设立对照组(0μmol/L Hcy)和Hcy干预组(100μmol/L Hcy),Hcy干预的巨噬细胞转染锁核苷酸(GapmeR)后设置EFRL敲低阴性对照组(Hcy联合LNA-NC)和EFRL敲低组(Hcy联合LNA-EFRL);高通量测序获得差异性表达LncRNA MSTRG.88917.16(EFRL),基因组浏览器(UCSC)分析保守性,转录本蛋白编码潜能预测工具(CPC)和转录本蛋白编码能力预测软件(CPAT)分析编码蛋白能力,基因本体数据库(GO)和基因组破译方面的数据库(KEGG)分析相关生物学功能;核质分离法和RNA-FISH检测EFRL在巨噬细胞中定位;实时定量PCR检测Hcy干预的巨噬细胞中EFRL及靶基因遗传性痉挛性截瘫4型基因(SPAST)的表达水平;流式细胞术检测紫外线诱导的Jurkat细胞凋亡率;免疫荧光技术结合体外巨噬细胞胞葬实验分析巨噬细胞胞葬作用;ELISA检测炎症相关因子白细胞介素1β(IL-1β)、IL-18含量。结果鉴定新的LncRNA MSTRG.88917.16并命名为EFRL(Efferocytosis Relatived LncRNA,胞葬作用相关长链非编码RNA);UCSC、CPC、CPAT明确EFRL保守性高且不具备编码蛋白能力,GO、KEGG功能富集分析显示EFRL可能参与巨噬细胞胞葬作用;核质分离法和RNA-FISH检测EFRL定位于巨噬细胞细胞核;与对照组相比,Hcy组中EFRL及靶基因SPAST表达水平增高;与对照组(0 min)相比较,实验组(15、30 min)凋亡率Annexin V>85%;与Hcy联合LNA-NC组相比,Hcy联合LNA-EFRL组中巨噬细胞胞葬作用增强,介导的炎症因子含量降低;与Hcy联合LNA-NC组相比,Hcy联合LNA-EFRL组中SPAST表达水平降低。结论降低EFRL的表达能够缓解Hcy抑制巨噬细胞胞葬作用的过程,其机制与EFRL调控下游靶基因SPAST有关。 展开更多
关键词 胞葬作用 同型半胱氨酸(Hcy) 动脉粥样硬化(AS) 长链非编码rna
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LncRNA 18850对猪流行性腹泻病毒复制的影响
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作者 余昕雅 何海健 +5 位作者 王磊 倪语晨 杜静 周莹珊 董婉玉 王晓杜 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第3期1366-1375,共10页
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 bp且缺乏蛋白质编码能力的RNA,已有研究表明lncRNA在病毒复制过程中具有重要的生物学作用。本研究分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染细胞的lncRNA表达变化及其对PEDV复制的影响。转录组测序PED... 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 bp且缺乏蛋白质编码能力的RNA,已有研究表明lncRNA在病毒复制过程中具有重要的生物学作用。本研究分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染细胞的lncRNA表达变化及其对PEDV复制的影响。转录组测序PEDV感染Vero-E6细胞24h的样品中lncRNA,构建lncRNA 18850过表达质粒,Western blot、qPCR以及TCID 50等方法分析lncRNA 18850过表达对PEDV复制的影响,转录组测序分析lncRNA 18850过表达的Vero-E6细胞差异基因表达,生物信息学分析lncRNA 18850靶向基因及差异蛋白互作关系。结果显示,PEDV感染Vero-E6细胞24和48 h lncRNA 18850的表达量均呈极显著上升(P<0.01);lncRNA 18850的过表达可显著促进PEDV的复制(P<0.05);LIF、IL11、EPHA2、CCND1、DUSP5、CCN 2基因与lncRNA 18850存在靶向关系。PEDV感染可上调Vero-E6细胞内lncRNA 18850的表达,lncRNA 18850可能通过靶向调控多个基因而促进病毒的复制,本研究为深入探析PEDV的复制机制及潜在靶向治疗策略提供了新的视角。 展开更多
关键词 长链非编码rna 猪流行性腹泻病毒 转录组测序 Apelin信号通路
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lncRNA对骨骼肌卫星细胞发育的调控研究进展 被引量：1
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作者 李健 魏亚楠 +4 位作者 李法磊 张慧琳 李东伟 刘勇 徐高骁 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期2187-2197,共11页
骨骼肌是畜禽的主要产品、人类重要的肉食品和蛋白质来源,也是养殖业重要的经济性状。位于肌膜和基膜之间的骨骼肌卫星细胞(SCs)是骨骼肌的干细胞,其增殖与分化的调控在动物出生后机体骨骼肌发育、维持和损伤后再生修复等生命活动中都... 骨骼肌是畜禽的主要产品、人类重要的肉食品和蛋白质来源,也是养殖业重要的经济性状。位于肌膜和基膜之间的骨骼肌卫星细胞(SCs)是骨骼肌的干细胞,其增殖与分化的调控在动物出生后机体骨骼肌发育、维持和损伤后再生修复等生命活动中都发挥着至关重要的作用,与动物肌肉产量和品质密切相关。长链非编码RNA(lncRNA)是广泛存在于真核细胞的细胞核、细胞器、细胞质和细胞膜内的一类长度>200 nt的具有较低或无编码能力的RNA分子,通过作为竞争性内源RNA(ceRNA),发挥靶微小RNA(miRNA)分子吸附海绵作用,参与基因表达调控、表观遗传调控、细胞周期与分化调控及器官发育等多种生物学过程。近年来,随着转录组学、蛋白质组学、代谢组学等技术的发展,不断有新的与调控牛、羊、猪、猴、鸡及鼠等动物骨骼肌发育有关的lncRNA被发现和报道。lncRNA具有调控SCs的激活、增殖、分化及脂质代谢等肌肉发育的作用。作者对骨骼肌SCs增殖、分化过程中关键lncRNA、上下游靶点、信号通路及作用机制进行了综述,并对lncRNA调控骨骼肌SCs的增殖、分化的分子机制和技术研究提出了展望,旨在为畜禽肌肉发育、产肉性能和肉品质改良提供一定的理论参考。 展开更多
关键词 骨骼肌卫星细胞 长链非编码rna 成肌分化 增殖 调控因子
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长链非编码RNA MALAT1对缺血性视网膜病变新生血管形成的调控作用研究进展
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作者 李兆金(综述) 底煜(审校) 《中华实验眼科杂志》 北大核心 2025年第1期92-96,共5页
缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,... 缺血性视网膜病变(IRs)伴新生血管形成常严重损伤视力甚至导致失明。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)MALAT1与调控视网膜细胞发育过程中的蛋白编码基因共表达。近年来的研究也证实了MALAT1在IRs中表达上调,具有诱导氧化应激和炎症反应,促进血管内皮细胞增殖、迁移及血管生成,改变表观遗传修饰等作用,在视网膜新生血管形成的发病机制和调控中起着重要作用。本文从IRs的发病机制,MALAT1在视网膜中的表达和功能及其在血管生成、氧化应激、炎症、血管内皮损伤、表观遗传调控、细胞周期等方面的作用总结MALAT1在IRs中的研究现状,探讨其在视网膜新生血管形成发生和发展中的作用,更深入地了解MALAT1在IRs新生血管形成中的作用机制将有助于开发其靶向治疗策略。 展开更多
关键词 长链非编码rna 表观遗传 氧化应激 肺腺癌转移相关转录本1 缺血性视网膜病变
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非编码RNA调控巨噬细胞极化在变应性鼻炎中研究进展
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作者 朱倩 茅光耀 +1 位作者 叶军 孔旭辉 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第2期166-171,共6页
变应性鼻炎(AR)是一种由免疫系统异常激活引起的慢性非特异性鼻黏膜炎性疾病。其中,巨噬细胞极化状态的改变对AR的发生发展有着重要的作用。现已发现非编码RNA在巨噬细胞极化中发挥关键作用。本文对非编码RNA调控巨噬细胞极化在AR发病... 变应性鼻炎(AR)是一种由免疫系统异常激活引起的慢性非特异性鼻黏膜炎性疾病。其中,巨噬细胞极化状态的改变对AR的发生发展有着重要的作用。现已发现非编码RNA在巨噬细胞极化中发挥关键作用。本文对非编码RNA调控巨噬细胞极化在AR发病中研究进展进行综述,以期为AR诊治提供新的思路和新靶点。 展开更多
关键词 变应性鼻炎(AR) 巨噬细胞极化 非编码rna 综述
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