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题名百脉根Hsp70s基因家族的生物信息学分析
被引量：8
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作者
杨芳
杨仕梅
罗雪
吴佳海
宋莉
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机构
贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院
贵州省农业科学院
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出处
《山地农业生物学报》
2020年第5期1-8,共8页
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基金
国家自然科学基金项目(31660685)。
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文摘
热激蛋白(HSPs)是细胞受逆境诱导产生的一类具有稳定蛋白质结构、修复变性蛋白和维护生物膜稳定等功能的分子伴侣,同时,在缓解植物高温伤害和提高热耐受性等方面有重要的调控作用。根据百脉根基因组数据,利用生物信息学方法对百脉根Hsp70基因(LjHsp70s)家族的基因结构、染色体分布、选择压力、顺式作用元件、表达特性和系统进化等进行分析。结果表明,LjHsp70s家族有18个成员,分为4类,它们的内含子和外显子数量为1~8,含有多个保守基序,分布在6条染色体上,编码602~703个氨基酸,均编码酸性亲水蛋白;含有激素、光照及胁迫等响应顺式作用元件,LjHsp70s在百脉根的根、茎、叶等部位均有表达,但其表达量不同;该家族基因在进化过程中主要受负选择作用,进化上较为保守,家族成员与拟南芥和烟草的Hsp70基因可分为6组,但是百脉根LjHsp70s基因仅存在于4个亚族中,表明其与拟南芥、烟草的Hsp70s基因家族成员之间进化关系密切,同时也存在一定差异。LjHsp70s基因在百脉根的各个部位均有表达,对百脉根生长发育过程起着重要的作用,研究结果为解析百脉根LjHsp70s基因功能提供了依据。
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关键词
百脉根
lihsp70s基因结构
热激蛋白
生物信息学
功能预测
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Keywords
Lotus japonicus
LjHsp 70 s gene structure
heat shock protein
bioinformatics
function prediction
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分类号
Q811.4
[生物学—生物工程]
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