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水牛LPIN 1基因克隆及序列分析
被引量：
2
1
作者
段安琴
庞春英
+4 位作者
邓廷贤
陆杏蓉
马小娅
梁莎莎
梁贤威
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第10期2653-2660,共8页
试验旨在克隆获得水牛脂素1(LPIN1)基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析...
试验旨在克隆获得水牛脂素1(LPIN1)基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析方法预测及分析蛋白质理化性质、二级结构及三级结构等。结果表明,水牛LPIN1基因编码区长2 793bp,编码930个氨基酸。MegAlign软件分析显示,水牛LPIN1基因核苷酸序列与水牛(预测)、牦牛、黄牛、山羊、藏羚羊、绵羊、猪、骆驼、人和小鼠LPIN1基因的同源性分别为99.6%、97.9%、97.7%、97.5%、97.4%、97.1%、89.9%、89.8%、86.2%和83.5%;水牛lipin1蛋白氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、藏羚羊、骆驼、猪及人的同源性分别为99%、99%、99%、99%、94%、94%及90%。应用Mega 5.0软件构建系统进化树发现,水牛与黄牛的亲缘关系最近,其次为绵羊和山羊,LPIN1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。对lipin1蛋白分析发现,其二级结构由α-螺旋、β-折叠、T-转角和无规则卷曲组成;蛋白呈弱酸性,无信号肽,亚细胞主要定位于细胞核中,存在Lipin_N、LNS2和AF1Q等结构域,其中Lipin_N、LNS2为保守结构域。
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关键词
水牛
脂素
1
基因(
lpin
1
)
克隆
生物信息学分析
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题名
水牛LPIN 1基因克隆及序列分析
被引量：
2
1
作者
段安琴
庞春英
邓廷贤
陆杏蓉
马小娅
梁莎莎
梁贤威
机构
中国农业科学院广西水牛研究所
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第10期2653-2660,共8页
基金
国家自然科学基金地区基金(31660649)
广西自然科学基金(2017GXNSFBA198022)
+3 种基金
科技部国际科技合作项目(2014DFA31970)
广西科技重大专项(桂科AA16450002)
广西水牛研究所基本业务费项目(水牛基1705003)
桂渔牧科201633009
文摘
试验旨在克隆获得水牛脂素1(LPIN1)基因,并对其进行生物信息学分析,为揭示该基因在水牛脂肪沉积、生殖发育和泌乳调控中的作用奠定基础。本研究以水牛卵巢组织cDNA为模板,PCR扩增获得了LPIN1基因CDS区全长后测序,并结合生物信息学分析方法预测及分析蛋白质理化性质、二级结构及三级结构等。结果表明,水牛LPIN1基因编码区长2 793bp,编码930个氨基酸。MegAlign软件分析显示,水牛LPIN1基因核苷酸序列与水牛(预测)、牦牛、黄牛、山羊、藏羚羊、绵羊、猪、骆驼、人和小鼠LPIN1基因的同源性分别为99.6%、97.9%、97.7%、97.5%、97.4%、97.1%、89.9%、89.8%、86.2%和83.5%;水牛lipin1蛋白氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、藏羚羊、骆驼、猪及人的同源性分别为99%、99%、99%、99%、94%、94%及90%。应用Mega 5.0软件构建系统进化树发现,水牛与黄牛的亲缘关系最近,其次为绵羊和山羊,LPIN1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。对lipin1蛋白分析发现,其二级结构由α-螺旋、β-折叠、T-转角和无规则卷曲组成;蛋白呈弱酸性,无信号肽,亚细胞主要定位于细胞核中,存在Lipin_N、LNS2和AF1Q等结构域,其中Lipin_N、LNS2为保守结构域。
关键词
水牛
脂素
1
基因(
lpin
1
)
克隆
生物信息学分析
Keywords
buffalo
lpin 1 gene
cloning
bioinformatics analysis
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
水牛LPIN 1基因克隆及序列分析
段安琴
庞春英
邓廷贤
陆杏蓉
马小娅
梁莎莎
梁贤威
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018
2
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