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R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究
被引量：
2
1
作者
林春娇
杨立荣
+1 位作者
徐刚
吴坚平
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第10期191-198,共8页
对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据。采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck验证结构模型的合理...
对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据。采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck验证结构模型的合理性。使用Surflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用。序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71%。Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合。模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn203外大部分都比较保守。分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是位点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Asn具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应。利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln。突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用。
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关键词
R
-
2
-
卤
代
酸
脱卤
酶
同源模建
分子对接
假单胞菌ZJU
2
6
对映体选择性
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职称材料
嗜热古细菌Sulfolobus tokodaii脱卤酶在D-乳酸生产中的应用
被引量：
4
2
作者
解桂秋
潘东
+2 位作者
何文龙
高贵
高仁钧
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期698-703,共6页
将来源于嗜热古菌Sulfolobus tokodaii的脱卤酶(L-HADST)基因克隆到载体p ET28b,转化大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,在蛋白的N末端带有6个组氨酸融合标签,纯化后经聚丙烯酰胺凝胶电泳显示融合蛋白的分子量约为25000.融合蛋白催化2-氯丙酸(2...
将来源于嗜热古菌Sulfolobus tokodaii的脱卤酶(L-HADST)基因克隆到载体p ET28b,转化大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,在蛋白的N末端带有6个组氨酸融合标签,纯化后经聚丙烯酰胺凝胶电泳显示融合蛋白的分子量约为25000.融合蛋白催化2-氯丙酸(2-CPA)的最适反应温度为70℃,最适p H值为9.5.以外消旋2-CPA为底物生产D-乳酸,利用HPLC检测反应液中2-CPA及乳酸的变化,发现L-HADST只催化L-2-CPA脱氯反应.对酶催化反应条件进行了优化,结果表明,在p H值为9.5,温度为60℃的条件下,当反应体系中缓冲液浓度为3 mol/L,底物浓度为0.5 mol/L,酶浓度为3×104U/L时有较高的底物转化率及乳酸生成量.依据条件优化结果可知,影响反应速度的因素有底物浓度、缓冲液浓度以及酶浓度,其中底物浓度变化对转换率的影响最明显.
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关键词
l-2-卤代酸脱卤酶
2
-
氯丙
酸
乳
酸
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职称材料
题名
R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究
被引量：
2
1
作者
林春娇
杨立荣
徐刚
吴坚平
机构
浙江大学化学工程与生物工程学系
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第10期191-198,共8页
基金
国家自然科学基金重点项目(20936002)
国家高技术研究发展计划"863"计划(2010AA101502)
+1 种基金
国家重点基础研究发展计划"973"计划(2011CB710800)
国家科技支撑计划重点项目(2008BAI63B07)
文摘
对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据。采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck验证结构模型的合理性。使用Surflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用。序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71%。Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合。模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn203外大部分都比较保守。分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是位点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Asn具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应。利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln。突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用。
关键词
R
-
2
-
卤
代
酸
脱卤
酶
同源模建
分子对接
假单胞菌ZJU
2
6
对映体选择性
Keywords
R
-
2
-
haloacid dehalogenase Homology modeling Molecular docking Pseudomonas sp.ZJU
2
6 Enantioselectivity
分类号
Q55 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
嗜热古细菌Sulfolobus tokodaii脱卤酶在D-乳酸生产中的应用
被引量：
4
2
作者
解桂秋
潘东
何文龙
高贵
高仁钧
机构
吉林大学药学院
吉林大学生命科学学院、分子酶学工程教育部重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期698-703,共6页
基金
国家自然科学基金(批准号:20772046)
吉林省科技研究和发展计划项目(批准号:201105011)资助~~
文摘
将来源于嗜热古菌Sulfolobus tokodaii的脱卤酶(L-HADST)基因克隆到载体p ET28b,转化大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,在蛋白的N末端带有6个组氨酸融合标签,纯化后经聚丙烯酰胺凝胶电泳显示融合蛋白的分子量约为25000.融合蛋白催化2-氯丙酸(2-CPA)的最适反应温度为70℃,最适p H值为9.5.以外消旋2-CPA为底物生产D-乳酸,利用HPLC检测反应液中2-CPA及乳酸的变化,发现L-HADST只催化L-2-CPA脱氯反应.对酶催化反应条件进行了优化,结果表明,在p H值为9.5,温度为60℃的条件下,当反应体系中缓冲液浓度为3 mol/L,底物浓度为0.5 mol/L,酶浓度为3×104U/L时有较高的底物转化率及乳酸生成量.依据条件优化结果可知,影响反应速度的因素有底物浓度、缓冲液浓度以及酶浓度,其中底物浓度变化对转换率的影响最明显.
关键词
l-2-卤代酸脱卤酶
2
-
氯丙
酸
乳
酸
Keywords
l-
2
-
Haloacid dehalogenase
2
-
Chloropropionic acid
Lactic acid
分类号
O621.25 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究
林春娇
杨立荣
徐刚
吴坚平
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
嗜热古细菌Sulfolobus tokodaii脱卤酶在D-乳酸生产中的应用
解桂秋
潘东
何文龙
高贵
高仁钧
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
4
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