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7个苹果KNOX转录因子基因克隆、表达和蛋白互作分析
被引量：
1
1
作者
卢苗
李佩
+6 位作者
荣钰莹
张梦涵
贾鹏
栾好安
齐国辉
张雪梅
董庆龙
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期841-851,共11页
【目的】KNOTTED1likehomeobox(KNOX)蛋白在植物生长发育等多个生物学过程中发挥着重要作用。以紫弘富士为材料,分离了多个苹果(Malusdomestica)KONX基因,研究其结构域、进化分析、组织表达、非生物胁迫响应及其与MdOFP相互作用情况。...
【目的】KNOTTED1likehomeobox(KNOX)蛋白在植物生长发育等多个生物学过程中发挥着重要作用。以紫弘富士为材料,分离了多个苹果(Malusdomestica)KONX基因,研究其结构域、进化分析、组织表达、非生物胁迫响应及其与MdOFP相互作用情况。【方法】使用RT-PCR技术克隆获得7个MdKNOX基因并进行生物信息学分析。利用Array技术检测MdKNOX基因在苹果不同组织中的表达模式。使用RT-qPCR技术检测MdKNOX基因在盐胁迫和渗透胁迫下的表达模式。通过Y2H实验检测了MdKNOX蛋白与MdOFP蛋白的互作情况。【结果】测序结果表明,获得了7个KNOX转录因子cDNA:MdKNOX1、MdKNOX2、MdKNOX5、MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和Md-KNOX22(GenBank登录号:MG021644~MG021650)。结构域分析表明,获得的7个MdKNOX蛋白序列均含有MEI-NOX、HD和ELK结构域。进化分析表明,MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5属于KNOXⅡ亚组;MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和MdKNOX22属于KNOXⅠ亚组。启动子顺式作用元件分析结果表明,7个MdKNOX基因启动子上包含多个顺式作用元件。Array分析结果显示,MdKNOX基因具有不同的组织表达模式。实时荧光定量PCR分析结果表明,盐胁迫处理下,MdKNOX13的相对表达水平上调,而MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5的相对表达水平下调;渗透胁迫处理下,MdKNOX2的转录水平下调。酵母双杂交结果显示,MdKNOX1/22蛋白能与MdOFP6蛋白相互作用,MdKNOX5蛋白能与多个MdOFP蛋白相互作用,且MdKNOX5蛋白与MdOFP蛋白相互作用,HD区域是互作必需的。【结论】这些结果为苹果KNOX转录因子在生长、发育和逆境下生物学功能的解析、调控网络的构建提供了强有力的理论基础和参考。
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关键词
苹果
knox转录因子
基因克隆
表达分析
蛋白互作
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职称材料
甘薯KNOX基因家族成员鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
2
作者
薛薇
张会永
+1 位作者
周玶吉
徐豪峰
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期976-986,共11页
【目的】挖掘甘薯KNOX基因家族并探究其在干旱胁迫条件下的功能。【方法】采用生物信息学方法研究甘薯KNOX基因家族的蛋白理化性质、系统进化、保守结构、顺势作用元件、蛋白互作等,并通过转录组数据分析KNOX基因在甘薯不同组织部位的...
【目的】挖掘甘薯KNOX基因家族并探究其在干旱胁迫条件下的功能。【方法】采用生物信息学方法研究甘薯KNOX基因家族的蛋白理化性质、系统进化、保守结构、顺势作用元件、蛋白互作等,并通过转录组数据分析KNOX基因在甘薯不同组织部位的表达模式,同时使用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)研究甘薯IbKNOXs基因在干旱胁迫下的响应程度。【结果】从甘薯基因组中鉴定出16个KNOX基因,IbKNOX蛋白均含有4个典型的保守结构域,但在Motif类型和数量上呈现差异。IbKNOX蛋白主要以酸性、亲水不稳定核蛋白为主。甘薯KNOX基因在染色体上分布较为均匀,除3号染色体外,其余染色体均只含有1个KNOX基因,且与水稻和拟南芥存在多对共线基因对。启动子分析显示,甘薯IbKNOX基因存在多种顺式作用元件,涉及光、激素、生长及胁迫响应元件,其中光响应元件的数量最多。IbKNOX基因在甘薯不同组织部位具有典型的组织表达特异性,甘薯IbKNOX6与IbKNOX14和IbKNOX3蛋白存在相互作用;qRT-PCR结果显示,干旱胁迫后甘薯IbKNOX基因的表达水平发生变化,大多数基因表达上调。【结论】甘薯IbKNOX基因具有响应干旱胁迫的功能,为其在干旱胁迫中的响应机制提供理论基础。
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关键词
knox转录因子
甘薯
干旱胁迫
表达水平
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职称材料
题名
7个苹果KNOX转录因子基因克隆、表达和蛋白互作分析
被引量：
1
1
作者
卢苗
李佩
荣钰莹
张梦涵
贾鹏
栾好安
齐国辉
张雪梅
董庆龙
机构
河北农业大学林学院
出处
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期841-851,共11页
基金
河北省自然科学基金项目(C2022204086)
河北省重点研发计划项目(20326812D)
+1 种基金
河北省现代农业产业技术体系苹果产业创新团队(HBCT2021100211)
河北省自然科学基金项目(C2022204016)。
文摘
【目的】KNOTTED1likehomeobox(KNOX)蛋白在植物生长发育等多个生物学过程中发挥着重要作用。以紫弘富士为材料,分离了多个苹果(Malusdomestica)KONX基因,研究其结构域、进化分析、组织表达、非生物胁迫响应及其与MdOFP相互作用情况。【方法】使用RT-PCR技术克隆获得7个MdKNOX基因并进行生物信息学分析。利用Array技术检测MdKNOX基因在苹果不同组织中的表达模式。使用RT-qPCR技术检测MdKNOX基因在盐胁迫和渗透胁迫下的表达模式。通过Y2H实验检测了MdKNOX蛋白与MdOFP蛋白的互作情况。【结果】测序结果表明,获得了7个KNOX转录因子cDNA:MdKNOX1、MdKNOX2、MdKNOX5、MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和Md-KNOX22(GenBank登录号:MG021644~MG021650)。结构域分析表明,获得的7个MdKNOX蛋白序列均含有MEI-NOX、HD和ELK结构域。进化分析表明,MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5属于KNOXⅡ亚组;MdKNOX10、MdKNOX13、MdKNOX16和MdKNOX22属于KNOXⅠ亚组。启动子顺式作用元件分析结果表明,7个MdKNOX基因启动子上包含多个顺式作用元件。Array分析结果显示,MdKNOX基因具有不同的组织表达模式。实时荧光定量PCR分析结果表明,盐胁迫处理下,MdKNOX13的相对表达水平上调,而MdKNOX1、MdKNOX2和MdKNOX5的相对表达水平下调;渗透胁迫处理下,MdKNOX2的转录水平下调。酵母双杂交结果显示,MdKNOX1/22蛋白能与MdOFP6蛋白相互作用,MdKNOX5蛋白能与多个MdOFP蛋白相互作用,且MdKNOX5蛋白与MdOFP蛋白相互作用,HD区域是互作必需的。【结论】这些结果为苹果KNOX转录因子在生长、发育和逆境下生物学功能的解析、调控网络的构建提供了强有力的理论基础和参考。
关键词
苹果
knox转录因子
基因克隆
表达分析
蛋白互作
Keywords
Apple
knox
transcription factor
Gene clone
Expression analysis
Protein interaction
分类号
S661.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
甘薯KNOX基因家族成员鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
2
作者
薛薇
张会永
周玶吉
徐豪峰
机构
保定职业技术学院
河北农业大学园林与旅游学院
华裕农业科技有限公司
出处
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期976-986,共11页
基金
2021年河北省高等学校科学技术研究青年基金项目(QN2021302)。
文摘
【目的】挖掘甘薯KNOX基因家族并探究其在干旱胁迫条件下的功能。【方法】采用生物信息学方法研究甘薯KNOX基因家族的蛋白理化性质、系统进化、保守结构、顺势作用元件、蛋白互作等,并通过转录组数据分析KNOX基因在甘薯不同组织部位的表达模式,同时使用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)研究甘薯IbKNOXs基因在干旱胁迫下的响应程度。【结果】从甘薯基因组中鉴定出16个KNOX基因,IbKNOX蛋白均含有4个典型的保守结构域,但在Motif类型和数量上呈现差异。IbKNOX蛋白主要以酸性、亲水不稳定核蛋白为主。甘薯KNOX基因在染色体上分布较为均匀,除3号染色体外,其余染色体均只含有1个KNOX基因,且与水稻和拟南芥存在多对共线基因对。启动子分析显示,甘薯IbKNOX基因存在多种顺式作用元件,涉及光、激素、生长及胁迫响应元件,其中光响应元件的数量最多。IbKNOX基因在甘薯不同组织部位具有典型的组织表达特异性,甘薯IbKNOX6与IbKNOX14和IbKNOX3蛋白存在相互作用;qRT-PCR结果显示,干旱胁迫后甘薯IbKNOX基因的表达水平发生变化,大多数基因表达上调。【结论】甘薯IbKNOX基因具有响应干旱胁迫的功能,为其在干旱胁迫中的响应机制提供理论基础。
关键词
knox转录因子
甘薯
干旱胁迫
表达水平
Keywords
knox
transcription factor
Ipomoea batatas
Drought stress
Expression level
分类号
S531 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
7个苹果KNOX转录因子基因克隆、表达和蛋白互作分析
卢苗
李佩
荣钰莹
张梦涵
贾鹏
栾好安
齐国辉
张雪梅
董庆龙
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
甘薯KNOX基因家族成员鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
薛薇
张会永
周玶吉
徐豪峰
《西南农业学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
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