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基于全球视域的中医药调控Notch通路文献计量学及可视化分析 被引量:2
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作者 尚辉 冉立成 +6 位作者 陈融 宋亚文 王亚军 陈丽荣 杨通 郭明亮 何慧 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第4期1072-1083,共12页
目的 基于文献计量学分析国内外中医药调控Notch信号通路防治疾病的研究概况、热点方向与前沿趋势。方法 基于Citespace与Vosviewer文献计量软件对中国知网数据库(CNKI)及科学核心集数据库(WoSCC)中关于中医药调控notch信号通路的中、... 目的 基于文献计量学分析国内外中医药调控Notch信号通路防治疾病的研究概况、热点方向与前沿趋势。方法 基于Citespace与Vosviewer文献计量软件对中国知网数据库(CNKI)及科学核心集数据库(WoSCC)中关于中医药调控notch信号通路的中、英文文献进行可视化分析。结果 截至2024年1月,共发表中、英文各362篇与85篇相关文献,从2013年开始该领域文献发表数量呈波动性递增趋势;中国是发文最多的国家;湖南中医药大学为中文数据库发文最多的机构,北京中医药大学为英文文献库发文最多的机构;结合各研究团队的研究方向及关键词聚类、突现分析梳理出中医药调控Notch信号通路的研究热点聚焦在脑缺血、骨髓抑制以及肝纤维化等疾病中。哮喘、结直肠癌等疾病成为近几年新兴的研究方向,中医药疗法抑制卵巢癌细胞增殖、缓解恶性肿瘤化疗后的毒副反应是该领域前沿研究趋势之一。结论 近年来中医药靶向Notch信号通路防治疾病发展迅速,各研究团队获得丰富的研究成果,研究热点呈现多样化趋势,对此深入探索可为中医药治疗多种疾病的分子机制提供有力证据。 展开更多
关键词 中医药 NOTCH信号通路 文献计量学 可视化分析 Citespace Vosviewer
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猪源大肠杆菌高致病性毒力岛结构基因进化分析及其对TNF/NF-κB通路的影响 被引量:1
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作者 王浩 王世玉 +5 位作者 肖金龙 沈珏 潘天灵 张靖松 肖鹏 高洪 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期392-403,共12页
旨在研究猪源大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)高致病性毒力岛(high pathogenicity island, HPI)结构基因的进化趋势及其对TNF/NF-κB通路的影响。本研究运用MEGA等软件分析HPI结构基因的遗传进化,使用R语言功能包挖掘E.coli感染细胞... 旨在研究猪源大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)高致病性毒力岛(high pathogenicity island, HPI)结构基因的进化趋势及其对TNF/NF-κB通路的影响。本研究运用MEGA等软件分析HPI结构基因的遗传进化,使用R语言功能包挖掘E.coli感染细胞的基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO),并进行差异基因富集分析;使用分子对接预测HPI-Ybt与TNF/NF-κB通路相关蛋白的结合;将E.coli及前期构建的HPI缺陷株E.coliΔHPI感染IPEC-J2细胞,运用qPCR、ELISA和Western blot对TNF/NF-κB通路中的关键调控点进行检测。系统进化树分析显示,分离株YUNNAN001的intb基因与GQ891729.1亲缘关系最近,而与CQ903045.1亲缘关系较远。KEGG富集发现TNF和NF-κB通路均参与了E.coli感染,且共同基因有10个;火山图及热图富集显示,E.coli感染显著促进了TNF/NF-κB通路中PTGS2、NF-κB、TRAF6等的表达(P<0.05),分子对接显示,HPI-Ybt能与同属于TNF/NF-κB通路的10个蛋白相结合,其中与MAP3K14、TNFAIP3的结合最强;感染E.coli组的NF-κB、PTGS2、TNF-α、TRAF6、TRIF、ATF4、cxcl2和IL-6 mRNA水平显著高于E.coliΔHPI组(P<0.01),且相对于E.coliΔHPI组,E.coli组显著激活了TNF/NF-κB通路蛋白的表达;此外,与E.coliΔHPI组相比,E.coli感染显著升高了NF-κB和IL-6的水平(P<0.01)。结果提示,E.coli-HPI通过合成Ybt结合TNF/NF-κB通路中的关键蛋白,进而激活TNF/NF-κB通路。 展开更多
关键词 大肠杆菌 高致病性毒力岛 耶尔森杆菌素 进化分析 TNF/NF-κB信号通路
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RELN信号通路基因与基于聚类分析模型的孤独症语言发育的关系 被引量:3
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作者 沈屹东 董慧茜 +2 位作者 赵靖平 夏昆 欧建君 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期858-864,共7页
目的:孤独症是一种病因未明的神经发育性疾病,患者临床异质性过高是目前孤独症病因研究面临的主要问题之一。本研究根据儿童孤独症患者语言发育情况建立分类模型,利用其降低异质性,探讨孤独症患者语言发育与RELN信号通路基因(RELN、VLDL... 目的:孤独症是一种病因未明的神经发育性疾病,患者临床异质性过高是目前孤独症病因研究面临的主要问题之一。本研究根据儿童孤独症患者语言发育情况建立分类模型,利用其降低异质性,探讨孤独症患者语言发育与RELN信号通路基因(RELN、VLDLR、LRP8、DAB1、CDK5、FYN)单核苷酸多态性的关系。方法:本研究病例组儿童招募自湖南、山东、河南三省共5个医疗及自闭症培训机构,依据招募先后分为两部分(第1部分为训练样本,招募时间为2006年10月至2011年5月,第2部分为验证样本,招募时间为2011年7月至2012年5月)。将孤独症患者语言发育进程里程碑指标中“能够说第1个字的年龄”(X_(1))和“从能够说第1个字到第1个词组之间的时间”(X_(2))作为参数,应用两步聚类法对训练样本的374例孤独症患者进行聚类分析,根据聚类结果建立Bayes判别方程,而后使用该方程对验证样本的310例孤独症患者进行语言发育亚组划分,分析RELN通路上相关基因单核苷酸多态性与各亚组之间的关系。结果:聚类分析将第1部分374例样本分为3类,第1类患者X_(1)为(11.83±4.37)个月,X_(2)为(24.55±8.67)个月;第2类患者X_(1)为(12.17±3.46)个月,X_(2)为(7.07±3.79)个月;第3类患者X_(1)为(30.94±7.60)个月,X_(2)为(4.73±4.80)个月。依据聚类结果建立相应的判别方程:Y_(A)=−14.442+0.525X_(1)+0.810X_(2);Y_(B)=−4.964+0.477X_(1)+0.264X_(2);Y_(C)=−19.843+1.175X_(1)+0.241X_(2)。交叉核实法显示方程误判概率为3.8%。在对验证样本进行亚组划分前,纳入分析的341个单核苷酸多态性位点等位基因频率均未通过校正后的检验水准(P>2.44×10^(−5));而亚组划分后,第2类患者LRP8基因rs1288502位点等位基因频率在病例组与对照组间差异有统计学意义(P=6.45×10^(−6))。结论:通过孤独症患者语言发育情况建立的判别方程在分析RELN信号通路基因与孤独症的关系时有助于降低样本异质性,且RELN信号通路相关基因中LRP8基因与孤独症患者特定类型的语言发育相关。 展开更多
关键词 孤独症 RELN信号通路 聚类分析 判别分析 单核苷酸多态性
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S1PR1介导细胞因子释放的信号通路的数学建模及其分析
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作者 邹秀芬 牛丽丽 金锁钦 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第1期7-14,共8页
基于流感病毒H3N2的高通量数据,建立了S1PR1介导的细胞因子释放的信号通路的非线性常微分方程组模型,并用基于梯度的差分进化算法(DMGBDE)来识别模型中的参数.数值模拟结果表明:所建立的数学模型能够很好地吻合实验数据.进一步的计算分... 基于流感病毒H3N2的高通量数据,建立了S1PR1介导的细胞因子释放的信号通路的非线性常微分方程组模型,并用基于梯度的差分进化算法(DMGBDE)来识别模型中的参数.数值模拟结果表明:所建立的数学模型能够很好地吻合实验数据.进一步的计算分析表明细胞因子在病毒感染后出现症状和未出现症状的2类人群中呈现显著不同的动力学过程和稳态水平.参数敏感性分析揭示了病毒感染人体后是否会出现严重临床症状的重要因素.这些结果可为阐明流感病毒感染致病的分子生物学机制提供理论指导. 展开更多
关键词 细胞因子 信号通路 数学建模 非线性优化 敏感性分析
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紫檀芪通过靶向PPARα信号通路促进铁死亡抑制食管鳞癌细胞生长 被引量:1
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作者 杨艺 史文杰 +3 位作者 李姗 张悦 闵远骞 禄保平 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期2354-2360,共7页
目的 研究紫檀芪(Pterostilbene,PTS)抑制食管鳞癌细胞生长的分子机制。方法 软琼脂集落形成实验检测PTS对食管鳞癌细胞KYSE150锚定非依赖生长能力的影响。TMT标记定量蛋白质组学分析PTS对KYSE150蛋白质组的影响,GO和KEGG对差异蛋白富... 目的 研究紫檀芪(Pterostilbene,PTS)抑制食管鳞癌细胞生长的分子机制。方法 软琼脂集落形成实验检测PTS对食管鳞癌细胞KYSE150锚定非依赖生长能力的影响。TMT标记定量蛋白质组学分析PTS对KYSE150蛋白质组的影响,GO和KEGG对差异蛋白富集分析,通过STRING数据库分析差异信号通路相互作用。计算机建立PTS与PPARα的分子对接模型。透射电镜观察PTS对KYSE150细胞形态的影响。Western blot检测PTS对PPARα信号通路和铁死亡相关蛋白表达的影响。结果PTS抑制KYSE150细胞的克隆形成能力。蛋白质组学分析共鉴定到差异表达蛋白249个,其中上调蛋白175个,下调蛋白74个。差异蛋白富集分析显示PPAR信号通路与不饱和脂肪酸的合成、丙酮酸盐代谢等多条代谢相关信号通路有关。透射电镜观察到PTS造成KYSE150细胞线粒体体积变小,嵴减少。PTS抑制PPARα信号通路和铁死亡相关蛋白的表达。结论PTS通过抑制PPARα信号通路促进食管鳞癌细胞铁死亡。 展开更多
关键词 紫檀芪 蛋白质组学 食管鳞癌 PPARα信号通路 铁死亡 生信分析
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生长激素受体信号相关因子在斑马鱼中的比较表达分析及GHR信号通路体内研究模型的建立(英文) 被引量:6
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作者 Abu Shufian Ishtiaq Ahmed 于力群 +1 位作者 朱作言 孙永华 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期727-738,共12页
GHR信号通路在动物出生后的生长中扮演着重要角色。实验利用斑马鱼模型研究了GHR信号相关基因在成体组织、胚胎发育以及幼体期的表达情况,这些基因包括gh、ghra、ghrb、jak2a、jak2b、stat5.1、stat5.2、igf1、c-fos、socs1和socs2。值... GHR信号通路在动物出生后的生长中扮演着重要角色。实验利用斑马鱼模型研究了GHR信号相关基因在成体组织、胚胎发育以及幼体期的表达情况,这些基因包括gh、ghra、ghrb、jak2a、jak2b、stat5.1、stat5.2、igf1、c-fos、socs1和socs2。值得关注的是,上述的大部分基因都存在母源性表达,且它们的合子表达均起始在体节早期之前。这说明在有功能性的脑垂体形成之前和完善的循环系统建立之前,GH及GH信号相关因子就已经存在于早期胚胎中,因此GH很可能是控制胚胎发育的一系列自分泌/旁分泌生长因子中的一员。同时,我们发现成体组织的socs表达水平与GH信号靶基因igf1和c-fos的表达呈某种程度的负相关。我们利用实时定量PCR技术和荧光素酶分析技术,通过注射GH和GHR表达载体,在斑马鱼胚胎中分析了它们促进GH信号靶基因c-fos和igf1转录活性以及GH应激启动子spi2.1活性的能力。由此,研究利用斑马鱼胚胎建立一个体内研究模型来评估发育过程中的GH信号激活(GHSA)。在受精后1天(dpf)和3dpf斑马鱼胚胎中,单独过表达gh或ghr均可以显著刺激GHSA,这表明在1dpf的斑马鱼胚胎中即存在功能性的GH和GHR蛋白表达,而这一时期是在功能性垂体的形成之前的。gh以及ghr的协同过表达则可以显著放大gh或ghr单独过表达的GHSA效果。 展开更多
关键词 生长激素 生长激素受体 GHR信号通路 斑马鱼 转录分析
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MAPK信号通路2个结构变异多态性及其与香猪生长性状的关联分析 被引量:2
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作者 孙镘熹 陈芳 +6 位作者 王志勇 刘畅 黄世会 李升 牛熙 王嘉福 冉雪琴 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第7期2448-2456,共9页
试验旨在探究丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路中MAPK10、MEF2C基因结构变异的遗传多样性及其与香猪生长性状的关联性,以期为贵州香猪的育种改良提供理论依据。采用PCR技术对233头香猪2个结构变异(st... 试验旨在探究丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路中MAPK10、MEF2C基因结构变异的遗传多样性及其与香猪生长性状的关联性,以期为贵州香猪的育种改良提供理论依据。采用PCR技术对233头香猪2个结构变异(structure variation,SV)位点(MAPK10-I8-sv273和MEF2C-I1-sv71)进行群体基因变异研究,利用Origin软件绘制香猪的生长曲线,利用在线软件计算出多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、纯合度(Ho)及有效等位基因数(Ne),并利用SPSS 26.0软件分析基因分型结果与香猪生长性状的关联性。结果显示,2个结构变异位点在香猪群体中存在多态性,均有3种基因型:DD、ID和II,2种等位基因:D和I。其中,MAPK10-I8-sv273的D等位基因频率明显高于I等位基因,DD基因型频率最高(0.65),且DD基因型个体的平均日增重、体高和生长速度均大于II基因型个体,表明该位点D等位基因具有提高香猪生长性能的遗传效应;MEF2C-I1-sv71的I等位基因频率高于D等位基因,II基因型频率最高(0.51),II基因型个体的平均日增重、胸围、总体生长速度均大于DD基因型个体,表明该位点的I等位基因可提高香猪的生长性能。综上,结构变异MAPK10-I8-sv273和MEF2C-I1-sv71与香猪的生长发育相关,可作为生长性状选育的候选分子标记。 展开更多
关键词 香猪 MAPK信号通路 结构变异 生长性状 关联分析
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基于GEO数据分析参与MERS-CoV感染致病的信号传导通路和关键分子 被引量:1
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作者 师浩桐 张淑婷 +2 位作者 樊卫萍 李军锋 姚红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期703-708,711,共7页
目的基于基因表达谱芯片数据,筛选和分析中东呼吸综合症病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)感染人类呼吸道上皮细胞后的差异基因,确定参与致病的信号传导通路和关键分子。方法在美国国立生物技术信息中心的Ge... 目的基于基因表达谱芯片数据,筛选和分析中东呼吸综合症病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)感染人类呼吸道上皮细胞后的差异基因,确定参与致病的信号传导通路和关键分子。方法在美国国立生物技术信息中心的Gene Expression Omnibus(GEO)数据库搜选MERS-CoV病毒感染支气管上皮细胞表达谱数据,使用在线分析工具GEOR分析MERS-CoV感染支气管上皮细胞正常组和感染组各种基因的表达情况,以具有统计学意义的在表达量上升或下降2倍以上的差异基因为研究对象,使用基因功能分析注释工具DAVID对差异基因进行基因本体分析和信号传导通路分析,使用STRING构建基因间相互作用网络,利用cytoscape筛选相互作用网络的关键基因。结果对比感染与未感染组的基因表达,筛选到了差异基因1553个,其中上调基因850个,下调基因703个。基因功能富集分析结果提示这些差异基因涉及免疫反应,炎症反应,凋亡过程,支气管纤毛形成和运动等多条信号传导通路。结论研究MERS-CoV感染肺部支气管细胞基因表达谱,发现在细胞中起重要作用的多条信号通路的异常,筛选到多个关键基因,这些信号通路可能在病毒致病过程中起到重要作用。本研究将为揭示MERS-CoV致病的分子机制提供帮助,为确定新的治疗靶标和策略提供数据。 展开更多
关键词 中东呼吸综合征冠状病毒 差异基因 生物信息分析 信号通路
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多组学分析水稻耐盐碱性研究进展
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作者 刘猷红 唐傲 +5 位作者 董文军 孟英 张喜娟 刘凯 王南博 冷春旭 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第12期1-8,共8页
盐碱胁迫是制约全球水稻生产的重要因素之一,培育耐盐碱水稻品种成为水稻育种热点,然而水稻对盐碱胁迫的响应是一个多信号通路参与的复杂调控网络,受多种因素制约,导致对水稻耐盐碱分子机制的研究还不够深入,突破性的品种还未出现。近年... 盐碱胁迫是制约全球水稻生产的重要因素之一,培育耐盐碱水稻品种成为水稻育种热点,然而水稻对盐碱胁迫的响应是一个多信号通路参与的复杂调控网络,受多种因素制约,导致对水稻耐盐碱分子机制的研究还不够深入,突破性的品种还未出现。近年来,随着高通量多组学测序方法的不断创新,以高灵敏度和大规模为特点的组学分析技术开始大量应用于水稻盐碱胁迫分析。通过分析整合多组学数据,对水稻响应盐碱胁迫和代谢途径的调控机制有更清晰完整的理解。本文综述水稻盐碱胁迫的基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观遗传学等方面的研究进展,多角度系统揭示水稻盐碱胁迫响应的分子机制和调控通路,有效提高筛选鉴定关键耐盐碱基因的准确性,精准阐释关键基因的表达模式和代谢通路,以期通过整合多组学数据,加快水稻对盐碱胁迫响应机制的破解,为培育耐盐碱水稻品种奠定理论基础,对保障我国粮食安全和改良生态环境具有重要的意义。 展开更多
关键词 盐碱胁迫 多组学分析 水稻 耐盐碱基因 耐盐碱性 信号通路
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伸展摇蚊(Chironomus tentans)转录组测序及胰岛素信号通路关键基因序列分析 被引量:1
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作者 张成林 古文 +3 位作者 汪贞 石利利 王蕾 杨家新 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1646-1656,共11页
为了探索基于胰岛素信号通路的无脊椎动物内分泌干扰性基因标志物,以伸展摇蚊(Chironomus tentans)为模式生物,在转录组测序基础上识别胰岛素信号通路中的关键基因,并针对InR、Pdk、Akt、FoxO等上游基因进行了cDNA全长扩增和氨基酸序列... 为了探索基于胰岛素信号通路的无脊椎动物内分泌干扰性基因标志物,以伸展摇蚊(Chironomus tentans)为模式生物,在转录组测序基础上识别胰岛素信号通路中的关键基因,并针对InR、Pdk、Akt、FoxO等上游基因进行了cDNA全长扩增和氨基酸序列的多物种比对。基于该研究获取的cDNA全长序列,伸展摇蚊InR、Pdk、Akt、FoxO基因可分别编码含1436、522、520、470个氨基酸的蛋白序列,序列同源性比对、系统发育树分析结果验证了其进化保守性。伸展摇蚊Ⅰ~Ⅳ龄幼虫、蛹、雌性成虫、雄性成虫中基因相对表达量的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结果表明,InR、Pdk、Akt、FoxO在伸展摇蚊体内的表达趋势相似。Ⅰ龄和Ⅳ龄幼虫的基因表达峰值提示胰岛素信号在Ⅰ龄和Ⅳ龄幼虫中诱导了较快的生长发育速率;雌性成虫InR、Pdk、Akt、FoxO的表达显著高于雄性,这可能与胰岛素信号参与雌性生殖系统发育有关。 展开更多
关键词 胰岛素信号通路 转录组学 序列分析 QRT-PCR
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基于慢性阻塞性肺疾病潜在治疗靶点的孟德尔随机化和GEO数据库识别分析
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作者 蒋先伟 王明航 +2 位作者 李慧茹 董晓升 刘元元 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期1072-1083,共12页
目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理... 目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理和归一化处理,并筛选出差异表达基因(DEGs)。MR分析COPD与相关表达数量性状位点(eQTL)的因果关系,再与DEGs取交集来确定潜在关键靶点。采用基因集合富集分析(GSEA)、基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析探讨关键靶点的功能作用和途径,外部数据集对其表达进行验证。结果:共筛选出1 571个DEGs,其中表达上调基因820个,表达下调基因751个。MR分析最终筛选出286个COPD相关基因,通过与DEGs取交集得出3个上调基因,包括二酰甘油激酶γ(DGKG)、重肽神经丝蛋白(NEFH)和Fc受体样B(FCRLB);6个下调基因,包括金属还原酶4(STEAP4)、含普列克底物蛋白家族F成员2(PLEKHF2)、分化簇3D(CD3D)、转胶蛋白2(TAGLN2)、三基序蛋白22(TRIM22)和核糖体蛋白L9(RPL9)。生物学功能分析结果主要涉及铁输入细胞、氧化还原酶活性、原发性免疫缺陷症和辅助性T(Th) 1及Th2细胞分化等途径。MR分析结果证实了上述靶点与COPD之间的因果关系。外部验证集分析,与健康对照组比较,COPD样本组中FCRLB基因表达水平升高(P<0.01),CD3D和RPL9基因表达水平降低(P<0.05或P<0.01),与MR分析结果一致,证明了本研究的可靠性。结论:DGKG、NEFH、FCRLB、STEAP4、PLEKHF2、CD3D、TAGLN2、TRIM22和RPL9COPD可能是COPD患者疾病发生发展过程中的重要调控因子及临床诊疗靶点。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病 孟德尔随机化 基因本体论功能富集分析 京都基因和基因组百科全书信号通路富集分析 生物标志物 生物信息学
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红鳍东方鲀的MAPK信号通路分析 被引量:1
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作者 王冠 胡子文 +4 位作者 周金旭 王盛南 李鑫 仇雪梅 王秀利 《河北渔业》 2021年第9期1-8,13,F0002,F0003,共11页
为研究红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)不同生长阶段生长发育差异的分子机制,基于13与15月龄红鳍东方鲀的脑与肌肉组织转录组数据,以及在两时期间KEGG通路分析中差异显著的MAPK信号通路,结合基因互作分析对这期间发生的生物过程进行生物... 为研究红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)不同生长阶段生长发育差异的分子机制,基于13与15月龄红鳍东方鲀的脑与肌肉组织转录组数据,以及在两时期间KEGG通路分析中差异显著的MAPK信号通路,结合基因互作分析对这期间发生的生物过程进行生物信息学方面的关联预测。结果表明:MAPK信号通路通过调节fos和jun及其下游基因,促进这期间肌肉和骨骼发育,使红鳍东方鲀在两时期间生长。而fos和jun在两组织均上调,但在脑中抑制fos和jun的基因上调程度更高,而在肌肉中则较低。MAPK信号通路介导的egr 1、c/ebpβ、ctgf等基因与骨骼发育相关,在此期间可能伴随着红鳍东方鲀骨骼的生长。MAPK信号通路还调节tgf-β、ctgf、pai 1等与组织纤维化相关的基因,在转录层面上纤维化过程在肌肉中持续而在脑中减弱,可能促进了肌肉与骨骼的发育。MAPK信号通路还可能影响脂质代谢,即脑中γ-氨基丁酸相关基因下调有促进脂肪积累的作用,该过程伴随着基础代谢降低。肌肉中核受体亚家族D组(nr 1 d)基因的下调促进了脂质吸收,mstn b基因可能调节了这个过程。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀(Takifugu rubripes) 组织差异基因 MAPK信号通路 生物信息分析
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阿尔茨海默病遗传及信号通路研究进展 被引量:9
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作者 周阳 王啸晨(综述) +1 位作者 严丽荣 韩邦兴(审校) 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第6期994-1000,共7页
阿尔茨海默氏病(AD)是以β-淀粉样蛋白斑、淀粉样血管病、神经纤维缠结为特征的常见的神经退变性疾病。AD依照年龄可分早发性AD(EOAD,发病年龄<65)和迟发性AD(LOAD,发病年龄>65)。EOAD主要由APP、PSEN1和PSEN2基因突变引起,在AD... 阿尔茨海默氏病(AD)是以β-淀粉样蛋白斑、淀粉样血管病、神经纤维缠结为特征的常见的神经退变性疾病。AD依照年龄可分早发性AD(EOAD,发病年龄<65)和迟发性AD(LOAD,发病年龄>65)。EOAD主要由APP、PSEN1和PSEN2基因突变引起,在AD中约占5%。LOAD遗传率高(79%),由遗传和环境因素相互作用引起的。全基因组关联(GWAS)研究表明除APOE外,有30多个风险位点(易感基因)跟LOAD相关:CR1、CD33、EPHA1、PCDH11X、MS4A、TREM2、CLU、SORL1、ABCA7、A2M、PICALM、CTSD、BIN1、DNMBP、CD2AP、GAB2、PLAU、TNK1、CALHM1、TOMM40、INPP5D、PTK2B、MEF2C、FERMT2、SLC24H4-RIN3、NME8、CELF1、CASS4、ZCWPW1、HLA-DRB5-DBR1和PLD3。这些风险位点涉及炎症反应、脂质代谢、内吞、APP代谢(酶切和运输)、Aβ加工(产生、聚集和清除)、突触功能障碍、线粒体能量代谢、细胞周期、金属离子、Ca^2+失调、氧化应激、脑部特异性糖尿病、中间神经元功能障碍和网络异常等信号通路。尽管参与了上述信号通路,然而在发病机制中的作用尚未完全确定。本文将最新的AD研究结果进行归纳和整理,尝试对其可能的分子机制、信号通路进行探讨,并对现有的研究结果进行深入挖掘,希望有助于AD发病机制的深入研究,找到防治、早期诊断和治疗的途径。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 基因 全基因组关联分析 多态位点 信号通路
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权重基因共表达网络分析发现心肌梗死后心脏重构的关键调控通路与基因 被引量:1
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作者 钟诗龙 余细勇 +2 位作者 郑志伟 杨敏 符永恒 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期1995-1996,共2页
关键词 心脏重构 调控通路 网络分析 慢性心力衰竭 信号通路 可视化分析 氧化磷酸化 连通性
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胰腺上皮内瘤变和胰腺癌组织中TGF-β/Smad信号通路相关蛋白表达 被引量:4
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作者 郑建明 朱明华 +3 位作者 倪灿荣 刘晓红 黄玲 李兆申 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期327-331,共5页
目的探讨转化生长因子(TGF)β/Smad信号传导通路中Smad相关蛋白、TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体在胰腺上皮内瘤变(PanIN)和胰腺癌组织中表达的意义。方法用免疫组化EnVision法和SP法检测266灶不同级别PanINs和121例胰腺癌组织中Smad相关蛋白、... 目的探讨转化生长因子(TGF)β/Smad信号传导通路中Smad相关蛋白、TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体在胰腺上皮内瘤变(PanIN)和胰腺癌组织中表达的意义。方法用免疫组化EnVision法和SP法检测266灶不同级别PanINs和121例胰腺癌组织中Smad相关蛋白、TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体的表达,并联系临床病理学指标进行相关分析。结果高级别PanIN病灶Smad4表达率(60.6%,20/33)低于低级别PanINSmad4表达率(79.8%,186/233)(P<0.05);而高级别PanIN中Smad7,TGFβ1,TGFβRⅡ表达率明显高于低级别PanIN(P<0.05)。胰腺癌组织中,Smad4蛋白表达率在淋巴结转移组和神经受累组低于各自对照组(P<0.05);Smad7、TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体的表达率在淋巴结转移组和神经受累组则分别高于各自对照组(P<0.05)。PanIN和胰腺癌组织中Smad2、4、7蛋白,TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体表达率的差异具有显著性(P<0.01)。结论从低级别PanINs到高级别PanINs再到胰腺癌中,Smad4蛋白表达率逐渐降低,而Smad7、TGFβ1及其Ⅰ、Ⅱ型受体表达率逐渐升高,支持胰腺癌形成的分子模型。 展开更多
关键词 胰腺上皮内瘤变 胰腺癌组织 Smad信号通路 TGF-β1 Smad4 Smad7 Ⅱ型受体 蛋白表达率 信号传导通路 转化生长因子 Vision TGF-βR 相关蛋白 神经受累 病理学指标 Smad2 免疫组化 S-P法 相关分析 分子模型 对照组 转移组
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幅相特性对矢量信号分析性能影响 被引量:5
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作者 陈向民 张辉 《电子测量技术》 2005年第3期1-3,共3页
文中介绍矢量信号分析仪射频到中频的接收通路,分析测量通路通带内的幅度波动特性、群时延波动特性和放大器非线性失真,以及这些因素对数字解调分析的性能影响,并且讨论补偿修正的重要性和方法。
关键词 性能影响 幅相特性 矢量信号分析 波动特性 非线性失真 分析测量 解调分析 放大器 群时延 通路 接收 射频 幅度 通带
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基于通路扰动相似性建模的抗类风湿关节炎药对分子协同组合发现及机制分析
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作者 孙继佳 王睿瑞 +2 位作者 张磊 刘保成 吕爱平 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第6期2023-2035,共13页
目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深... 目的类风湿关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种发生在滑膜关节及其他器官系统的慢性进行性自身免疫性疾病,中医药治疗类风湿关节炎历史悠久,积累了丰富的临床应用经验,药对是中医临床遣药组方常用的配伍形式,如何从分子机制角度深入探索和发现药对中的不同成分之间的协同组合机制,目前还没有较为有效的定量研究方法。方法通过GEO差异基因分析筛选RA关键基因,并整合已知RA疾病相关靶点信息,利用STRING构建RA疾病PPI网络;选取两种经典药对:独活-桑寄生、黄柏-苍术,使用TCMID、ETCM数据库收集并整理两种药对的主要化学成分,预测并识别出药对中所有成分作用的潜在RA靶点;同时,提出基于通络扰动相似性的建模方法,挖掘药对中具有协同治疗作用的中药小分子组合,并对所作用靶点集进行GO功能注释与KEGG通路富集分析。结果通过GEO差异基因分析及TTD、DrugBank数据库收集与整理,共得到555个与RA相关的靶点基因;通过靶点预测与识别,获得独活-桑寄生药对53个成分及其作用的52个潜在RA靶点,黄柏-苍术药对得到32个成分及28个靶点;利用基于通路扰动相似性的计算方法,发现了独活-桑寄生中15对、黄柏-苍术中17对具有协同性的小分子组合。结论本文提出的基于通路扰动相似性的计算方法,能够阐明有效中药成分在治疗RA中存在的通路协同组合特征,从一个全新角度揭示了中药药对配伍的内在机制和规律,为后续深入研究打下扎实的基础。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 中药药对 差异基因分析 PPI网络 分子指纹 GO功能 kegg通路富集
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基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因
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作者 阮先乐 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第3期61-66,共6页
为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因,从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析,并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作网络,对关键基因构建热图。结果表明,获得共同... 为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因,从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析,并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作网络,对关键基因构建热图。结果表明,获得共同差异表达基因51个,其中上调表达基因1个,下调表达基因50个。上述基因的GO分析结果表明,其细胞组成主要集中在细胞、细胞要素和细胞器上;在分子功能上,上述基因的功能主要集中在结合、催化活性上;在生物过程中,上述基因的功能主要集中在细胞过程、代谢过程和生物调控上。KEGG信号通路分析结果表明,上述基因主要参与植物激素信号转导等通路。在构建的共同差异表达基因的蛋白质网络中,有29个节点。另外,得到10个关键基因、2个关键子网络。研究结果为进一步研究水稻低温胁迫关键基因奠定了基础,也有利于水稻低温育种。 展开更多
关键词 水稻 GEO数据库 低温胁迫 共同差异表达基因 GO功能分析 kegg信号通路分析
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miR-221-3p在PTC中的表达及对BCPAP细胞增殖、凋亡的影响与KEGG、GO分析 被引量:2
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作者 马邺晨 石光清 +1 位作者 邱娟 刘乐 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期21-28,共8页
目的:观察miR-221-3p在乳头状甲状腺癌(PTC)中的表达,分析其与分期、转移的关系,瞬时转染miR-221-3p inhibitor观察其对PTC细胞BCPAP的增殖和凋亡的影响,生物信息学方法分析miR-221-3p可能作用的靶基因、参与的通路及功能.方法:(1)原位... 目的:观察miR-221-3p在乳头状甲状腺癌(PTC)中的表达,分析其与分期、转移的关系,瞬时转染miR-221-3p inhibitor观察其对PTC细胞BCPAP的增殖和凋亡的影响,生物信息学方法分析miR-221-3p可能作用的靶基因、参与的通路及功能.方法:(1)原位杂交法(ISH)检测PTC、滤泡状甲状腺癌(FTC)与正常甲状腺组织中miR-221-3p的表达.(2)miR-221-3p inhibitor瞬时转染BCPAP细胞后与阴性对照组比较,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)法、噻唑蓝(MTT)法、Annexin V-FITC/PI流式法分别检测两组细胞miR-221-3p表达、细胞增殖、凋亡情况.(3)软件预测miR-221-3p的靶基因,进行KEGG及GO富集分析.结果:(1)ISH显示PTC组织中miR-221-3p表达明显上调,与FTC、正常甲状腺组织相比差异有统计学意义(P<0.01);(2)miR-221-3p inhibitor转染细胞后,细胞miR-221-3p表达下降;细胞增殖减慢,细胞凋亡无明显改变.(3)在PTC中,KEGG分析显示miR-221-3p的靶基因参与了Wnt signaling pathway、Pathways in cancer等通路,GO分析显示miR-221-3p具有细胞代谢调控、基因表达调控、RNA代谢调控等生物功能.结论:miR-221-3p在PTC中表达明显上调,可能成为PTC的一种标志物,可能有影响PTC细胞增殖的作用,参与了Wnt signaling pathway、Pathways in cancer等通路,对PTC细胞的代谢、基因表达等功能具有重要影响. 展开更多
关键词 miR-221-3p 乳头状甲状腺癌 原位杂交 kegg通路分析 GO功能富集分析
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NF-κB信号通路在大鼠肝再生中调节肝细胞增殖的机理研究 被引量:1
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作者 王彬彬 常翠芳 +2 位作者 鲁艳平 贾艺峰 徐存拴 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2013年第6期167-171,共5页
为了解大鼠肝再生中肝细胞NF-κB信号通路对肝细胞增殖的调节作用,用Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中NF-κB信号通路相关基因表达变化发现,芯片含138个NF-κB信号通路基因,其中46个基因与大鼠肝再生相关.用Ingenuity Pathway An... 为了解大鼠肝再生中肝细胞NF-κB信号通路对肝细胞增殖的调节作用,用Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中NF-κB信号通路相关基因表达变化发现,芯片含138个NF-κB信号通路基因,其中46个基因与大鼠肝再生相关.用Ingenuity Pathway Analysis 9.0(IPA)软件解析上述基因表达变化预示的该信号通路调节肝细胞增殖作用发现,该通路的白细胞介素-1(IL-1)途径在大鼠肝再生起始阶段促进肝细胞增殖,生长因子(GF)途径在进展阶段促进肝细胞增殖,肿瘤坏死因子-α(TNF-α)途径在起始阶段促进肝细胞增殖,终止阶段抑制肝细胞增殖. 展开更多
关键词 大鼠肝再生 肝细胞增殖 NF-ΚB信号通路 通路创建与分析
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