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牦牛和普通牛DRB1*Intron1-exon2序列变异分析 被引量:3
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作者 田知利 陈杰 +5 位作者 胡江 罗玉柱 刘秀 李少斌 郭淑珍 牟永娟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期72-79,共8页
为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因... 为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料,通过检测DRB1基因在牦牛和普通牛群体中的变异,分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用PCR-SSCP方法检测BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子部分序列多态性。DRB1基因第1内含子区检测到4处SNPs及1处插入/缺失突变,第2外显子区检测到17处SNPs,两区域均表现为高度多态;单倍型连锁分析发现21种intron 1-exon 2单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象,A-A1、A-B1、B-A1和B-B1单倍型在牦牛和普通牛中频率较高;聚类分析表明,牦牛DRB1基因第2外显子区碱基序列与普通牛及山羊的同源性最高,系统进化情况与它们亲缘关系远近一致。牦牛和普通牛BoLA-DRB1基因第1内含子及第2外显子多态性丰富,可作为牦牛和普通牛BoLADRB1的遗传标记。 展开更多
关键词 牦牛 普通牛 DRB1基因 intron l EXON 2 多态性
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云南元江普通野生稻群体Wx基因(CT)_n重复序列和第1内含子G/T位碱基分析 被引量:3
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作者 孙一丁 陆辉 许明辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期647-649,654,共4页
对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序... 对云南元江普通野生稻90个个体Wx基因区段内的重复序列(CT)n和第1内含子供体+1位碱基G/T分别进行了比较分析。结果表明云南元江普通野生稻3个居群中的90个单株在重复序列(CT)n和G/T位点纯合一致,没有多态性;其G/T位点碱基均为G;其重复序列(CT)n基因型与云南地方籼稻品种优势基因型相似但又有所区别。本研究结果为云南元江普通野生稻Wx基因利用和在稻种进化上的地位提供了信息。 展开更多
关键词 云南 普通野生稻 WX基因 微卫星重复序列 G/T碱基 遗传多样性
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乳腺癌组织SPRY4-IT1表达水平及其对患者远期生存的预测价值 被引量:3
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作者 王焱 仰大贵 杨令芝 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期93-97,共5页
目的探讨乳腺癌组织SPRY4内含转录因子1(SPRY4-IT1)表达水平及其对远期生存的预测价值。方法采用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测99例乳腺癌组织及配对癌旁组织SPRY4-IT1的表达。利用受试者工作特征曲线(ROC)确定SPRY4-IT1最... 目的探讨乳腺癌组织SPRY4内含转录因子1(SPRY4-IT1)表达水平及其对远期生存的预测价值。方法采用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测99例乳腺癌组织及配对癌旁组织SPRY4-IT1的表达。利用受试者工作特征曲线(ROC)确定SPRY4-IT1最佳临界值及对乳腺癌的诊断效能;Kaplan-Meier法绘制不同SPRY4-IT1表达乳腺癌患者总体生存和无瘤生存曲线,Cox多因素回归模型分析乳腺癌预后的独立危险因素。结果乳腺癌组织SPRY4-IT1表达水平明显高于癌旁组织,差异具有统计学意义(P<0.05)。SPRY4-IT1最佳临界值为1.57,诊断乳腺癌的AUC为0.876,敏感度为78.6%,特异度为94.2%。SPRY4-IT1高表达与TNM分期、淋巴结转移、分子分型和增殖标志物Ki-67有关(均P<0.05),与年龄、肿瘤大小无关(均P>0.05)。乳腺癌患者中,SPRY4-IT1低表达组总生存率和无病生存率明显高于SPRY4-IT1高表达组,差异具有统计学意义(均P<0.05)。Luminal型乳腺癌中,SPRY4-IT1低表达组总生存率和无病生存率明显高于SPRY4-IT1高表达组(均P<0.05);三阴型乳腺癌中,SPRY4-IT1低表达组和高表达组总生存率、无病生存率比较差异无统计学意义(均P>0.05)。淋巴结转移、Ki-67阳性、SPRY4-IT1高表达是影响乳腺癌总体生存和无病生存的独立危险因素(均P<0.05)。结论 SPRY4-IT1在乳腺癌组织中表达升高,高表达SPRY4-IT1可以作为乳腺癌不良预后的预测因子。 展开更多
关键词 乳腺癌 SPRY4内含转录因子1 预后
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八肋游仆虫Rab家族新成员Eo-rab-1 N基因的克隆与序列分析 被引量:7
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作者 李凌燕 柴宝峰 +2 位作者 梁爱华 孙永华 王伟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期437-442,共6页
Rab蛋白家族属于小分子GTP结合蛋白家族Ras超家族中最大的亚家族,主要在囊泡运输中起作用。实验运用PCR、RT-PCR等技术,从八肋游仆虫中克隆到一种新的tab基因。序列分析结果表明:在大核中,该基因全长884bp,除去两端的端粒与非编码... Rab蛋白家族属于小分子GTP结合蛋白家族Ras超家族中最大的亚家族,主要在囊泡运输中起作用。实验运用PCR、RT-PCR等技术,从八肋游仆虫中克隆到一种新的tab基因。序列分析结果表明:在大核中,该基因全长884bp,除去两端的端粒与非编码区,该基因在大核中由723bp组成。从小核中克隆相应的基因片段,此基因片段序列与大核中序列一致,表明该基因在小核中无内部删除序列的存在。通过RT-PCR,从mRNA获得的该基因的开放读框为663bp,表明该基因在转录过程中有内含子的删除。大核基因序列和cDNA序列比较,发现60bp的内含子序列位于大核基因的153~212bp之间,并符合一类内含子GU-AG剪切规则。在遗传密码使用上,该基因内部含有2个TGA,在游仆虫中编码半胱氨酸。同时首次发现,八肋游仆虫基因使用TAG作为终止密码子。NCBI上序列比对表明该基因翻译的蛋白与其他物种Rabl蛋白的同源性达49%~52%,因此我们将它命名为Eo-rab-1N,GenBank登录号为DQl05562。Eo-rab-1N与其他物种的Rab1蛋白构建进化树,发现该蛋白的进化与物种的进化保持一致,表明该基因在细胞中具有重要功能。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 Eo—rab-1N基因 基因克隆 内含子
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延黄牛ALDH1A1基因内含子4多态性及其与肉用性状的相关性分析
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作者 胡忠昌 曹阳 +3 位作者 吴健 秦立红 金海国 赵玉民 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第11期3153-3159,共7页
试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1(acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1)基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛,采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性(SN... 试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1(acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1)基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛,采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性(SNP),运用SPSS 19.0软件分析ALDH1A1基因内含子4SNP与延黄牛肉用性状(体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围、体重、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪)的关联性。结果显示,延黄牛ALDH1A1基因内含子4存在C/T突变位点,该位点的突变引起了编码氨基酸(谷氨酰胺,Q)的改变;共发现3种基因型:TT、TC和CC,2种等位基因:T和C,其中TC为优势等位基因型,C为优势等位基因。卡方适合性检验结果发现,该SNP在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。群体遗传参数分析发现,该突变位点的杂合度(He)相对较低,表明其在延黄牛群体中的变异较小,该位点属于中度多态(0.25<PIC<0.5),说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明,延黄牛体尺和肉质性状指标在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。结果表明,ALDH1A1基因内含子4在延黄牛中存在突变,能否作为延黄牛肉用性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。 展开更多
关键词 ALDH1A 1基因 延黄牛 内含子4 多态性 肉用性状
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棉花GhFAD2-1基因5’UTR内含子的克隆与序列分析
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作者 孙亮 文凤 +2 位作者 刘峰 张新宇 孙杰 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期1-8,共8页
【目的】对棉花^(Δ12)-油酸去饱和酶基因Gh FAD2-1 5'UTR区的内含子进行克隆和序列分析,为研究Gh FAD2-1的表达调控奠定基础。【方法】利用5'RACE技术,克隆Gh FAD2-1的5'UTR序列,结合棉花基因组序列,克隆Gh FAD2-1 5'... 【目的】对棉花^(Δ12)-油酸去饱和酶基因Gh FAD2-1 5'UTR区的内含子进行克隆和序列分析,为研究Gh FAD2-1的表达调控奠定基础。【方法】利用5'RACE技术,克隆Gh FAD2-1的5'UTR序列,结合棉花基因组序列,克隆Gh FAD2-1 5'UTR内含子,并利用PLACE等生物信息学软件对其顺式作用原件进行分析。【结果】棉花A、D基因组的Gh FAD2-1 5'UTR中各含一内含子序列,全长分别为1 103 bp、1 111 bp;Gh FAD2-1成熟mRNA的5'UTR为77bp,转录的起点碱基为T;5'UTR内含子两个剪切位点分别AA-GG、CA-GC。该内含子包括一些典型的与光响应相关的作用元件,以及与激素和胁迫因素相关的应答元件等。【结论】克隆获得了棉花A、D基因组的Gh FAD2-1基因5'UTR内含子序列;明确其转录的起点碱基及5'UTR内含子的剪切位点,为进一步在分子水平上研究Gh FAD2-1功能及其表达调控规律,为植物的遗传改良奠定了基础。 展开更多
关键词 棉花 GhFAD2-1基因 5'UTR内含子 克隆 序列分析
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刚地弓形虫醛缩酶基因及其内含子的分析 被引量:3
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作者 余南 何蔼 +2 位作者 李卓雅 郑斌 詹希美 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2005年第7期580-583,共4页
目的刚地弓形虫醛缩酶是其速殖子入侵宿主细胞过程中的一个重要分子,本研究对该酶基因序列及其内含子进行实验和分析。方法提取刚地弓形虫RH株速殖子基因组DNA和总RNA,采用PCR技术分别从基因组DNA和cDNA中扩增编码果糖1,6-二磷酸醛缩酶... 目的刚地弓形虫醛缩酶是其速殖子入侵宿主细胞过程中的一个重要分子,本研究对该酶基因序列及其内含子进行实验和分析。方法提取刚地弓形虫RH株速殖子基因组DNA和总RNA,采用PCR技术分别从基因组DNA和cDNA中扩增编码果糖1,6-二磷酸醛缩酶的基因,并克隆到T载体上,经测序鉴定后对其基因组序列和cDNA序列进行比较分析。通过NCBI数据库资源对醛缩酶内含子的分布及大小进行比较分析。结果根据醛缩酶基因设计的引物从基因组DNA扩增得到的片段长度为1315bp,从cDNA扩增得到的片段为993bp。比对结果显示来源于基因组DNA的序列在对应于编码序列起始密码子下游109bp后有一个322bp的内含子。通过在线工具收集得到NCBI及EMBL数据库中来源于不同物种的32种醛缩酶数据,分析显示推断氨基酸序列具有保守性。结论编码刚地弓形虫(Toxoplasmagondii)RH株果糖1,6-二磷酸醛缩酶基因编码区内存在一个322bp的内含子。醛缩酶氨基酸序列保守性较高。内含子在不同进化等级之间插入位置数目及大小两方面均存在明显的增加趋势。 展开更多
关键词 刚地弓形虫 果糖1 6-二磷酸醛缩酶 内含子
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