基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究

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作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页

目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多

关键词 北苍术 关苍术 internal transcribed spacer 2(ITS2) Sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region dna(DAMD) Sequence characterized amplified regions(SCAR)

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中华按蚊和嗜人按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异 被引量：29

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作者 马雅军 瞿逢伊 +1 位作者 徐建农 郑哲民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期234-236,共3页

目的：比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）内转录间隔２区（ＩＴＳ２）序列差异。方法：通过对ＰＣＲ扩增的ｒＤＮＡＩＴＳ２片段进行克隆测序，每种蚊测定３个克隆片段序列，比较其差异。结果：中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤ... 目的：比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）内转录间隔２区（ＩＴＳ２）序列差异。方法：通过对ＰＣＲ扩增的ｒＤＮＡＩＴＳ２片段进行克隆测序，每种蚊测定３个克隆片段序列，比较其差异。结果：中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡＩＴＳ２序列长度分别为４６８和４５２ｂｐ，ＧＣ含量分别为４４．８７％和４９．１２％，两者序列差异为２８．８％。 展开更多

关键词 中华按蚊 嗜人按蚊 dna 核糖体 ITS2

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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量：58

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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页

核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多

关键词 外生菌根菌 Rdna 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列

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基于rDNA ITS序列分析的桑黄真菌菌株分子鉴定 被引量：10

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作者 谢丽源 张勇 +3 位作者 邓科君 彭卫红 甘炳成 李洪军 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第9期182-186,共5页

对6份桑黄真菌菌株的rDNA ITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析,并与GenBank中获得的桑黄基源物种相关序列进行同源性比对,进一步将从GenBank检索获得的桑黄基源物种的ITS序列、复合外组ITS序列连同6份桑黄菌ITS序列一起作系统发育... 对6份桑黄真菌菌株的rDNA ITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析,并与GenBank中获得的桑黄基源物种相关序列进行同源性比对,进一步将从GenBank检索获得的桑黄基源物种的ITS序列、复合外组ITS序列连同6份桑黄菌ITS序列一起作系统发育分析。结果表明:Sh-03、04、05、06与Phellinus linteus亲缘关系最近,Sh-01与Phellinus baumii亲缘关系最近,Sh-02与Phellinus baumii、Phellinus linteus、Phellinus igniarius的亲缘关系相差甚远,为一错误菌种。本实验的研究结果可以提供一种准确可靠且简单易行的桑黄真菌分子鉴定技术。 展开更多

关键词 桑黄 PHELLINUS baumii PHELLINUS linteus PHELLINUS igniarius Rdna ITS 分子鉴定

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几种帘形目贝类rDNA ITS序列的比较 被引量：4

5

作者 刘相全 包振民 +3 位作者 胡景杰 王师 方建光 王如才 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期435-440,共6页

扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类（外群）核糖体DNA的转录间隔区（ITS）序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2... 扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类（外群）核糖体DNA的转录间隔区（ITS）序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2,以及ITS1与ITS2的连接序列进行聚类,结果表明：2种蛤仔聚为一枝,表现出较近的亲缘关系,帘蛤科的3种贝类聚在一起,再与同属帘形目的缢蛏相聚。研究的结果揭示了帘形目贝类的系统发生关系。 展开更多

关键词 帘形目 核糖体dna 转录间隔区 系统发生

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毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析 被引量：6

6

作者 张姮 康林 +1 位作者 高必达 陈冬美 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期21-23,42,共4页

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647bp,其中ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2分别有16、7和7个变... 提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647bp,其中ITS-1,5.8SrDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符. 展开更多

关键词 毒麦属 ITS序列 Rdna

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基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系 被引量：4

7

作者 许志强 葛家春 +2 位作者 李晓晖 霍光明 潘建林 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2009年第1期16-20,共5页

通过测定核糖体转录间隔区ITSI以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科（Unionidae）6种常见贝类——褶纹冠蚌（Cristaria plicata）、三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）、背角无齿蚌（Anodneta woodiana woodiana）、扭蚌（Arconaia lanceolata... 通过测定核糖体转录间隔区ITSI以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科（Unionidae）6种常见贝类——褶纹冠蚌（Cristaria plicata）、三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）、背角无齿蚌（Anodneta woodiana woodiana）、扭蚌（Arconaia lanceolata）、圆顶珠蚌（Unio douglasiae）以及背瘤丽蚌（Lamprotula leui）的系统发生关系．结果显示：6种蚌的ITSI序列长度介于354～439bp之间，平均G＋C百分含量为52．7％；ITS2序列长度介于287～354bp之间，平均G＋C百分含量为512％．对6种贝类的相关序列进行比对，ITSI的比对长度包括501个位点，其中有364个变异位点和99个简约信息位点；ITS2的比对长度包括381个位点，其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝（Mizuhopecten yessoensis）为外群，采用邻接法（NJ）分析6种贝类的系统发生关系，贝类明显聚合为3个类群：类群Ⅰ包括三角帆蚌（H．caulingu）和背瘤丽蚌（L．leai）．类群Ⅱ包括扭蚌（A．lanceolata）和圆顶珠蚌（U．douglasiae），类群Ⅲ由背角无齿蚌（A．woodiana uoodiana）和褶纹冠蚌（C．plicata）组成。 展开更多

关键词 蚌科 核糖体转录间隔区 系统发生

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血卵涡鞭虫核糖体18SrDNA和ITS1-5．8SrDNA-ITS2序列测定与系统发育分析 被引量：3

8

作者 施慧 谢建军 +1 位作者 王庚申 许文军 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期560-565,共6页

血卵涡鞭虫是一类寄生性的原生动物，是近年来引起三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）、“牛奶病”及锯缘青蟹（Scylla serrata）“黄水病”的一种主要病原，该虫对宿主感染时间长，流行范围广、发病率、死亡率较高，危害严重，给... 血卵涡鞭虫是一类寄生性的原生动物，是近年来引起三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）、“牛奶病”及锯缘青蟹（Scylla serrata）“黄水病”的一种主要病原，该虫对宿主感染时间长，流行范围广、发病率、死亡率较高，危害严重，给梭子蟹和青蟹的养殖业造成了巨大的经济损失。 展开更多

关键词 血卵涡鞭虫 18S Rdna基因 弼基因 系统发育分析

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基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系 被引量：5

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作者 卢松茂 陈振东 +2 位作者 林秀香 郑少缘 余智城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期62-67,共6页

芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进... 芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树。系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在I组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.asparagi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.asparagi的系统学关系最远。 展开更多

关键词 天门冬拟茎点霉 拟茎点霉属 核糖体dna内转录间隔区 分子系统学

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中药络石藤及其习用品的DNA条形码鉴定 被引量：6

10

作者 宫璐 黄志海 +4 位作者 张靖 白俊其 苏贺 张晓柠 徐文 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第8期1413-1418,共6页

目的:本研究应用ITS2序列鉴定区分络石藤及其习用品广东络石藤、地瓜藤、薜荔藤和扶芳藤。方法:提取以上5种中药基原植物基因组DNA,扩增不同样品的ITS2序列。采用隐马尔科夫模型HMMer进行序列注释,Clustal W法进行序列比对,K2P模型计算... 目的:本研究应用ITS2序列鉴定区分络石藤及其习用品广东络石藤、地瓜藤、薜荔藤和扶芳藤。方法:提取以上5种中药基原植物基因组DNA,扩增不同样品的ITS2序列。采用隐马尔科夫模型HMMer进行序列注释,Clustal W法进行序列比对,K2P模型计算种内和种间遗传距离分析,邻接法和最大似然法构建进化树。结果:5个物种的ITS2序列长度各不相同,在220-243 bp之间。遗传距离分析显示,5个物种的最大种内遗传距离为0.038,最小种间遗传距离为0.113,最大种内遗传距离大于最小种间遗传距离。同时5个物种可以在进化树上区分开来。结论:ITS2序列可以用于中药络石藤及其习用品的分子鉴定,为准确区分该类药材提供新的技术手段。 展开更多

关键词 络石藤 鉴定 ITS2 条形码

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贵州2种地方鲫鱼群体rDNA ITS-1序列分析 被引量：2

11

作者 郭健康 安苗 +1 位作者 周其椿 曹恒源 《贵州农业科学》 CAS 2015年第11期28-31,共4页

为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明：24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基... 为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明：24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基插入和1个碱基缺失,其GC含量（70.8%）明显高于AT含量（29.2%）。14尾普安鲫ITS-1序列长度仅有1种为337-339bp,共检测到18个多态位点,存在1个碱基缺失和1个碱基插入,其GC含量为71.2%,远远高于AT含量（28.8%）。所有序列共产生11种单倍型,单倍型的平均遗传距离（P）以及平均核苷酸差异系数（K）草海鲫低于普安鲫;Tajima’s D和Fu and Li’s D中性检验表明,草海鲫未经历种群扩张,而普安鲫可能经历种群扩张。普安鲫遗传多样性较草海鲫丰富。 展开更多

关键词 鲫鱼 第一内转录间隔区 遗传多样性 普安 草海

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灵芝菌株的DNA指纹分析 被引量：8

12

作者 罗联忠 林树钱 +1 位作者 谢宝贵 林志彬 《食用菌学报》 2005年第3期7-13,共7页

CTAB法提取灵芝菌丝体总DNA,再以核糖体DNA转录间隔区(ITSⅡ、IGRⅠ-PCR RFLP)结合随机引物扩增多态性(RAPD)标记分析30个灵芝菌株间的亲缘关系。结果表明,ITSⅡI、GRⅠ-PCR RFLP产生了47条带,其中42条显示出多态性,通过聚类分析将30个... CTAB法提取灵芝菌丝体总DNA,再以核糖体DNA转录间隔区(ITSⅡ、IGRⅠ-PCR RFLP)结合随机引物扩增多态性(RAPD)标记分析30个灵芝菌株间的亲缘关系。结果表明,ITSⅡI、GRⅠ-PCR RFLP产生了47条带,其中42条显示出多态性,通过聚类分析将30个菌株分成七大类,包括紫芝、黑灵芝、树舌灵芝、薄树灵芝四大类,以及另外三个无法确定具体归属的类群,但没能将赤芝与松杉灵芝区分开。RAPD从247个随机引物中筛选出8个随机引物,共检测到69个多态性位点并全部显示出多态性,通过聚类分析将供试的30个灵芝菌株全部区分开。 展开更多

关键词 灵芝 核糖体dna转录间隔区 随机引物扩增多态性

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硬软蒺藜rDNA-ITS基因序列的测定和比较 被引量：2

13

作者 张素军 瞿伟菁 李进 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2006年第5期792-795,共4页

用CTAB法提取总DNA,合成位于18 S rDNA和26 S rDNA上的两条各20 bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestrisL.)和软蒺藜(Atriplex centralasiaticaIljin)的核糖体RNA基因—rDNA内转录间... 用CTAB法提取总DNA,合成位于18 S rDNA和26 S rDNA上的两条各20 bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestrisL.)和软蒺藜(Atriplex centralasiaticaIljin)的核糖体RNA基因—rDNA内转录间隔区(ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)的序列643 bp和607bp,其碱基总差异率为36.16%,其中,ITS1的碱基差异率为55.81%;5.8 S的碱基差异率为6.59%;ITS2的碱基差异率为56.77%。这种差异,以及基因序列本身,为硬软蒺藜的区别和种质资源鉴定提供了分子依据。 展开更多

关键词 硬蒺藜 软蒺藜 核糖体dna内转录间隔区 PCR扩增 种质鉴定

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DNA条形码基因ITS和LSU在红曲菌分类鉴定中的比较分析 被引量：1

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作者 李志强 林风 吴丽云 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第1期154-159,共6页

为评估DNA条形码基因核糖体内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)在红曲菌分类鉴定中的有效性,从NCBI的GenBank数据库中下载现阶段红曲菌属所有物种的ITS和LSU基因序列,采用系统发育和遗传距离的方法对其进行分析,并用该研究所保存的... 为评估DNA条形码基因核糖体内转录间隔区(ITS)和核糖体大亚基(LSU)在红曲菌分类鉴定中的有效性,从NCBI的GenBank数据库中下载现阶段红曲菌属所有物种的ITS和LSU基因序列,采用系统发育和遗传距离的方法对其进行分析,并用该研究所保存的部分红曲菌株的DNA序列进行验证。结果表明,同种红曲菌的不同菌株在基于ITS序列的邻接树中分别聚为单系;紫色红曲菌(Monascus purpureus)、佛罗里达红曲菌(Monascus floridanus)和蜂蜜红曲菌(Monascus mellicola)的同种不同菌株在基于LSU序列的邻接树中分别聚为单系。新月红曲菌(Monascus lunisporas)的ITS和LSU序列以及红色红曲菌(Monascus ruber)和累西腓红曲菌(Monascus recifensis)的LSU序列的条形码间隙不明显,其他红曲菌的ITS和LSU序列条形码间隙明显。同种红曲菌ITS序列的最小及最大种间遗传距离均高于LSU序列。研究表明ITS基因在红曲菌的分类鉴定中具有高效性,LSU基因在红曲菌分类鉴定中的分辨力有限。 展开更多

关键词 dna条形码 红曲菌 内转录间隔区 核糖体大亚基 比较分析

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长爪沙鼠源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列测定及分析 被引量：1

15

作者 李自慧 冯宪敏 +3 位作者 卢思奇 张帆 王凤云 黄松 《首都医科大学学报》 CAS 2006年第1期135-136,共2页

关键词 长爪沙鼠 肺孢子虫 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna) 内转录间隔区(ITS)

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竹子DNA提取方法改良及ITS-RFLP分析的初步研究 被引量：5

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作者 张汉尧 刘小珍 +1 位作者 龚秀会 杨宇明 《江西林业科技》 2006年第3期3-5,共3页

通过对传统方法的比较、改进,形成一种快速、简易的适用于竹子DNA提取的方法。另外,通过PCR扩增和7种限制性内切酶(AluⅠ、BbeⅠ、BbvⅠ、DpnⅠ、EagⅠ、hindⅢ和RsaⅠ)酶切,对云南世博园内的灰香竹、秀叶箭竹、云南箭竹和滑竹等4个竹种... 通过对传统方法的比较、改进,形成一种快速、简易的适用于竹子DNA提取的方法。另外,通过PCR扩增和7种限制性内切酶(AluⅠ、BbeⅠ、BbvⅠ、DpnⅠ、EagⅠ、hindⅢ和RsaⅠ)酶切,对云南世博园内的灰香竹、秀叶箭竹、云南箭竹和滑竹等4个竹种rDNA-ITS进行分析,发现竹子种间甚至是属间的rDNA-ITS序列的RFLP图谱差异很小,不适宜用来作竹子种属鉴定的标准。 展开更多

关键词 dna提取 改良 竹种 内部转录间隔区ITS 分子鉴定 分类

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长爪沙鼠和新西兰白兔源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列的测定与分析

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作者 李自慧 卢思奇 +3 位作者 冯宪敏 张帆 王凤云 黄松 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期975-977,共3页

目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感... 目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感染情况;提取肺孢子虫总DNA,设计合成引物进行PCR扩增;纯化扩增产物后克隆测序;与登录Gen-Bank的大鼠源肺孢子虫相关序列进行比较分析。结果长爪沙鼠源肺孢子虫的ITS1、5.8S rDNA和ITS2基因序列长分别为158、157和172bp,新西兰白兔源肺孢子虫的相应序列分别为129、158和178bp。结论本实验测得的长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列以往未曾报道,此结果为肺孢子虫的遗传学研究提供了新的资料。 展开更多

关键词 肺孢子虫 内转录间隔区(ITS) 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna)

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华南虎绦虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与序列分析 被引量：4

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作者 张新高 侯杰 +2 位作者 陈武 程田 林瑞庆 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2011年第8期205-209,共5页

以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落... 以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关绦虫ITS序列进行对比分析,结果显示,采自广州动物园华南虎的2条绦虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为1387bp,序列相似性为100%,与猬迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、舌形属绦虫(Diphyllobothrium ligula)、宽节双叶槽绦虫(Diphyllobothriumlatum)的ITS及5.8S rDNA序列相似性分别为96.7%、66.5%、71.5%,结果显示,此次分离的绦虫属于迭宫属的猬迭宫绦虫,所测得的华南虎猬迭宫绦虫的ITS序列为首次报道。 展开更多

关键词 华南虎 绦虫 核糖体dna 内转录间隔区序列 鉴定

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藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用 被引量：4

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作者 袁文勇 汤晓蕙 +1 位作者 周顺平 俞卫东 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期516-519,共4页

目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被... 目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。 展开更多

关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻类 dna 核糖体 第二内转录间隔区 扩增片段长度多态性分析 溺死

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不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 被引量：5

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作者 向极钎 李锡香 +3 位作者 王萌 殷红清 帅超群 朱云芬 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第19期4737-4740,共4页

堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因（nr DNA）的内转录间隔区（ITS）序列比较分析,并构建其系统发育树。结... 堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因（nr DNA）的内转录间隔区（ITS）序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠（Cardamine hirsuta L.）可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0-0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。 展开更多

关键词 碎米荠(Cardamine hirsuta L.) 核糖体nr dna 内转录间隔区(ITS) 序列分析

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