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基于SSR标记的54个大蒜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建
1
作者 帅正彬 孙悦 +4 位作者 郭江洪 张怡 黄志 孙勃 柴丹 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期267-277,285,共12页
【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13... 【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13个,平均有效等位基因数(Ne)为1.4791;Shannon信息指数(I)在0.1453~0.6903之间,平均值为0.4359;基因多样性指数(H)变幅在0.0640~0.4971之间,平均值为0.2853,表明供试材料具有较为丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析结果表明,54份大蒜在遗传相似系数0.63处被分为3个类群,第一类群包含7份种质;第二亚类仅包含3份种质;第三亚类包含44份种质,在遗传相似系数0.828分成了10个亚类。聚类结果与PCoA分析结果基本一致。此外,利用筛选的SSR引物构建了54份大蒜种质的指纹图谱二维码。【结论】结果为大蒜种质资源的鉴定、保护与利用提供了有力支撑,为分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 大蒜 SSR标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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采用ARTP诱变技术筛选降解秸秆能力强的黑木耳菌株
2
作者 韩闯 王凤利 +3 位作者 岳欣 赵彦姝 戴肖东 马庆芳 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第4期107-112,共6页
为获得高效降解秸秆的黑木耳菌株,采用ARTP诱变育种技术,以黑木耳黑威15号菌株的原生质体为诱变材料,共得到134株诱变菌株。通过拮抗试验筛选到84株突变菌株,然后进行刚果红染色和胞外降解酶活性测定试验,最后筛选出纤维素降解能力优于... 为获得高效降解秸秆的黑木耳菌株,采用ARTP诱变育种技术,以黑木耳黑威15号菌株的原生质体为诱变材料,共得到134株诱变菌株。通过拮抗试验筛选到84株突变菌株,然后进行刚果红染色和胞外降解酶活性测定试验,最后筛选出纤维素降解能力优于出发菌株的正突变菌株3株(26、119和134)。通过ISSR分子标记试验,结果显示,这3个菌株与母本均存在遗传差异。研究结果对高效降解秸秆的黑木耳新品种选育以及栽培基质创新具有科学指导意义。 展开更多
关键词 黑木耳 ARTP诱变 胞外酶 ISSR标记
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玉米大斑病菌基因组SSR位点分析及其多态性引物筛选
3
作者 强强 畅引东 +2 位作者 孙瑛健 贾仡伟 张作刚 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期438-446,共9页
【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行... 【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索;采用Primer 3.0设计SSR引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR多态性引物进行筛选和验证。【结果】在玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12046个SSR位点,SSR位点平均密度为276.9个·Mb^(-1)。其中:三核苷酸重复型SSR最多,占总SSR数量的31.38%;五核苷酸重复型SSR最少,占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型,其中,C/G重复类型最多,SSR位点数量为2299个,占比19.09%,AC/GT次之(1669个,占比13.86%)。SSR位点的重复次数主要集中在5~16次,占总SSR数量的91.38%;重复10次的SSR位点数量最多,占总SSR数量的18.40%;SSR长度范围为10~300 bp,其中,10~20 bp占比最多,占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点,具有开发多态性SSR引物的潜力;筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 基因组 简单重复序列 分子标记 多态性引物
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狼尾草属叶绿体基因组特征与分子标记开发 被引量：1
4
作者 江转转 陈红 +1 位作者 鲍红艳 代雨童 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页
【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草... 【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草属叶绿体完整基因组序列,利用生物信息学手段分析其重复序列、密码子偏好性、多态性、共线性并开发简单重复序列(SSR)分子标记。【结果】4种狼尾草属植物的叶绿体基因组长度及GC含量都较为接近且密码子偏倚程度不高;边界扩张分析显示各区域间收缩不显著;共线性分析表明4种狼尾草植物的种间共线性较强;基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明白草P.flaccidum和御谷P.glaucum、象草P.purpureum和狼尾草P.alopecuroides的亲缘关系最近。5对SSR分子标记在狼尾草属植物中有较高的实用性,引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。SSR1、SSR3和SSR4在4种狼尾草属植物中显示出较高的保守性,SSR1的种间保守性最高。【结论】4种狼尾草叶绿体基因组较为保守,且白草与御谷、象草与狼尾草的亲缘关系最为接近,同时引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。 展开更多
关键词 狼尾草属 叶绿体基因组 分子标记 简单重复序列(SSR)
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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析
5
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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原生质体融合获得羊肚菌黑色栽培种与黄色非栽培种间杂交高产菌株
6
作者 廖武俊 钟啟萍 +2 位作者 李荣光 霍达 霍光华 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第2期349-359,共11页
【目的】目前限制江西地区羊肚菌产业发展的主要问题为产量低、高产难重复及优质菌种少,而解决这些问题的关键在于菌种。本研究旨在选育适合江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。【方法】根据遗传与环境互作理论,有针对性的选择江西本土采... 【目的】目前限制江西地区羊肚菌产业发展的主要问题为产量低、高产难重复及优质菌种少,而解决这些问题的关键在于菌种。本研究旨在选育适合江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。【方法】根据遗传与环境互作理论,有针对性的选择江西本土采集到的野生黄色羊肚菌JFRL01-161和在江西鹰潭地区商业栽培的梯棱羊肚菌JFRL01-107、六妹羊肚菌JFRL01-217作为原始菌种,通过20 g/L溶壁酶+10 g/L蜗牛酶组成的复合酶溶解细胞壁制取原生质体,再通过高温和紫外双灭活获得2种灭活原生质体,将不同灭活的原生质体进行两两融合获得融合子。对得到的融合子进行拮抗试验,栽培品比以及区间简单重复序列标记(ISSR)鉴定确定种源关系。【结果】经原生质体融合共获得融合菌株16株,即A11、A37、A39、B7、B12、B17、B18、B25、B26、B29、C1、C2、C5、C6、C11和C12;其中菌株A11、A37、A39和B18出菇并形成产量,特别是融合菌株A11产量达到351.90g/m^(2),显著高于亲本JFRL01-107产量264.51g/m^(2),年度重复栽培验证试验确认A11产量可达527.8g/m^(2),亲本JFRL01-107产量为262.4 g/m^(2)。非加权算数平均聚类系统发生树(UPGMA)显示A11分别与亲本JFRL01-161(相似水平系数0.24)和JFRL01-107(相似系数水平0.696)处于不同分支,证明融合菌株A11是不同于两亲本的新菌株。【结论】融合菌株A11产量显著高于亲本,经过重复栽培试验确认其种质稳定,经ISSR确定是不同于亲本的菌株,因此融合菌株A11可作为适应江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。 展开更多
关键词 羊肚菌 高产羊肚菌新菌株A11 紫外和热双灭活 原生质体融合 区间简单重复序列标记分析
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基于SSR标记的197份谷子遗传多样性分析
7
作者 温蕊 赵雅杰 +2 位作者 贾祎明 金晓蕾 张永虎 《西北农业学报》 北大核心 2025年第6期980-990,共11页
通过分析197份谷子种质的遗传多样性,拓展谷子种质创新利用途径,加快育种进程。利用筛选出的12对引物对197份谷子种质进行分子标记试验,分析谷子种质资源遗传多样性、群体结构、遗传分化关系以及亲缘关系。结果表明:谷子种质中共检测到... 通过分析197份谷子种质的遗传多样性,拓展谷子种质创新利用途径,加快育种进程。利用筛选出的12对引物对197份谷子种质进行分子标记试验,分析谷子种质资源遗传多样性、群体结构、遗传分化关系以及亲缘关系。结果表明:谷子种质中共检测到173个等位基因(N_(a)),平均每对引物检测出14.417个;Shannon’s多样性指数(I)平均为1.621,其中7对引物达到1.5以上;PIC平均值为0.628,8对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。分子方差分析(AMOVA)结果表明197份谷子种质的群体间变异为12.0%,群体内变异达88.0%。群体间遗传分化指数为0.034~0.756,均值为0.141。PCoA分析将197份谷子种质分为四大类。第一主成分和第二主成分分别可以解释总变量的23.08%和20.33%。选用的12对引物能很好地反映谷子种质的遗传多样性(PIC>0.5);197份谷子种质群体间存在中等程度的遗传分化(F_(st)=0.141)和广泛的基因交流(N m=3.462)。 展开更多
关键词 谷子 SSR分子标记 遗传多样性 遗传分化 基因流
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基于SSR标记与农艺性状对三七集团选择群体的评价 被引量：2
8
作者 李满桥 王前 +6 位作者 李葵秀 俎峰 陈中坚 王勇 魏富刚 杨生超 刘冠泽 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1673-1684,共12页
三七为人参属多年生草本植物,生长和繁育周期长,群体间的遗传多样性低,但群体内单株间表型变异大,人参皂苷含量差异尤为明显。本研究根据三七中5种人参皂苷(三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Re、人参皂苷Rd)含量构建了1... 三七为人参属多年生草本植物,生长和繁育周期长,群体间的遗传多样性低,但群体内单株间表型变异大,人参皂苷含量差异尤为明显。本研究根据三七中5种人参皂苷(三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Re、人参皂苷Rd)含量构建了11份集团群体(SL1~SL11),对当代和第一代集团群体人参皂苷含量进行了比较分析。同时,基于三七基因组,使用MISA软件进行全基因组水平SSR标记开发,鉴定到255239个SSR标记,筛选出17对多态性SSR标记。使用SSR标记对第一代群体进行遗传多样性评价。结果表明,11份第一代集团群体观察杂合度Ho较高(0.4583~0.6042),遗传分化程度低(Fst=0.0447),且具有较高基因流(Nm=11.6189);第一代群体间总皂苷含量无显著性差异而三七皂苷R1变异系数高于总皂苷和其他单体皂苷,且群体SL8三七皂苷R1含量显著高于其他群体。综上,本研究以皂苷含量为目标性状构建了高皂苷含量的集团群体,并利用SSR标记评价了群体遗传多样性,构建的三七皂苷R1高含量群体可作为后续育种材料。 展开更多
关键词 三七 集团群体 SSR标记 人参皂苷
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大顶苦瓜种质资源的遗传多样性分析与指纹图谱构建 被引量：2
9
作者 杨天文 王静 +5 位作者 李炯 徐彬其 程蛟文 洪宇 曹毅 崔竣杰 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期103-114,共12页
为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中... 为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中,二核苷酸SSR标记的多态性最好,适用于进一步从中筛选苦瓜SSR核心标记。在遗传相似系数0.80处,40个SSR标记将26份大顶苦瓜种质分为3个类群,第一类群包含18份种质,果形以短圆锥形为主;第二类群包含5份种质,果形以长圆锥形为主;第三类群包含3份种质,其果形与大顶苦瓜相似,但含有非大顶苦瓜种质背景。利用MC05_69594、MC04_50530、MC06_87314和MC10_146038这4个SSR核心标记可对26份大顶苦瓜种质进行有效鉴定,并为每份大顶苦瓜种质建立独特的QR编码指纹图谱,其中,1号大顶和3号大顶疑为相似材料。构建的大顶苦瓜指纹图谱可以为大顶苦瓜种质鉴定与育种利用提供科学依据。 展开更多
关键词 大顶苦瓜 简单重复序列标记 遗传多样性 种质鉴定 指纹图谱
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水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量：1
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作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页
水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多
关键词 水芹 简单重复序列(SSR)分子标记 聚类分析 遗传多样性
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SSR分子标记在玉米研究中的应用 被引量：1
11
作者 王若丁 钟鹏 +8 位作者 王建丽 高海娟 孙蕊 李伟 徐艳霞 杨曌 李莎莎 王晓龙 刘丽 《饲料博览》 CAS 2024年第1期76-80,共5页
SSR简单重复序列也称微卫星DNA,是由特异性的引物进行PCR扩增分析的一种分子标记技术。简要介绍了SSR分子标记的原理,分析了SSR分子标记在玉米的种质资源、品种纯度鉴定、真伪鉴定、遗传多样性、种质性状等方面的应用。通过研究表明:能... SSR简单重复序列也称微卫星DNA,是由特异性的引物进行PCR扩增分析的一种分子标记技术。简要介绍了SSR分子标记的原理,分析了SSR分子标记在玉米的种质资源、品种纯度鉴定、真伪鉴定、遗传多样性、种质性状等方面的应用。通过研究表明:能够利用SSR分子标记技术对玉米的品种纯度鉴定、真伪性鉴定、遗传结构、亲缘关系、优劣群体的划分、种质性状等方面进行分析,同时也能为以后研究玉米的遗传连锁图谱构建、分子标记辅助育种、基因定位和种质资源等方面提供参考。 展开更多
关键词 SSR 分子标记 玉米 遗传多样性
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基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
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作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 Internal transcribed spacer 2(ITS2) sequence-related amplified polymorphism(SRAP) inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(DAMD) sequence characterized amplified regions(SCAR)
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14份杏种质的ISSR分析 被引量：26
13
作者 冯晨静 张元慧 +4 位作者 徐秀英 师国洪 刘威生 孟庆瑞 杨建民 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期52-55,62,共5页
以冀光为试材,研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对杏ISSR扩增结果的影响.同时,从42对ISSR引物中筛选出12对扩增条带清晰、多态性好的引物进行扩增,并运用UPGMA聚类分析法,分析了12份杏种质的亲缘关系及多样性.结果表明:在20 μL... 以冀光为试材,研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对杏ISSR扩增结果的影响.同时,从42对ISSR引物中筛选出12对扩增条带清晰、多态性好的引物进行扩增,并运用UPGMA聚类分析法,分析了12份杏种质的亲缘关系及多样性.结果表明:在20 μL的反应体系中,模板DNA含量在10～80 ng均能得到较好的扩增;dNTP用量对扩增无明显影响;而引物、Mg2+的最适浓度分别为0.25 μmol/L、0.25 mmol/L;Taq酶在0.5～4 U均能得到好的扩增条带;退火温度在50～52.1℃范围内均能得到清晰的条带;并在此基础上建立了杏ISSR反应体系.当相似系数在0.444～0.452之间时,将12份杏材料划分为3类:①普通杏(Amentaca vulgaris),西伯利亚杏(A.sibirica),辽杏(A.mandshurica),藏杏(A.holosericea)类型;②仁用杏品种一窝蜂;③紫杏(A. dasycarpa). 展开更多
关键词 杏 ISSR(inter-simple sequence repeat) 品种鉴定 亲缘关系 反应体系
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云南省苹果棉蚜种群遗传多样性的ISSR分析 被引量：3
14
作者 刘佳妮 李正跃 +3 位作者 桂富荣 陈斌 于亮 李世吉 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期136-140,共5页
苹果棉蚜是世界性检疫害虫,在云南省苹果主要产区造成严重的危害.从100条ISSR(Inter-si mple Sequence Repeat)引物中共筛选出4条多态性和重复性好的引物,研究了云南省昆明市、丽江市、昭通市3个苹果主产区共57个采样点的苹果棉蚜种群... 苹果棉蚜是世界性检疫害虫,在云南省苹果主要产区造成严重的危害.从100条ISSR(Inter-si mple Sequence Repeat)引物中共筛选出4条多态性和重复性好的引物,研究了云南省昆明市、丽江市、昭通市3个苹果主产区共57个采样点的苹果棉蚜种群间及种群内的遗传多样性.4条引物在苹果棉蚜DNA中共扩增出49个位点,多态位点百分率为75.51%.由Shannon信息指数和Nei s指数估算的种群间遗传分化系数为42.48%和17.53%,种群内遗传分化系数分别为57.52%和83.17%,表明苹果棉蚜大部分遗传变异主要存在于种群内部.各种群的遗传距离聚类分析表明,昆明种群与昭通种群的亲缘关系较丽江种群为近.研究结果为我国苹果棉蚜的遗传防治研究提供了分子依据,为进一步研究苹果棉蚜的分子进化提供了背景资料. 展开更多
关键词 苹果棉蚜 ISSR(inter-simple sequence repeat)标记 遗传多样性
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根据SSR标记划分优质蛋白玉米自交系的杂种优势群 被引量：52
15
作者 番兴明 张世煌 +2 位作者 谭静 李明顺 李新海 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期105-110,共6页
利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的... 利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的 SSR引物 ,在供试材料中检测到 134个等位基因变异 ,平均多态性信息量为 0 .5 5。根据扩增谱带建立 0、 1型数据 ,计算 2 2个自交系间的遗传相似值 ,然后做聚类分析。结果表明 ,供试的 18个 QPM自交系可划分为 5群 :第一群与旅大红骨种质的遗传距离较近 ,包括 CML 14 9、 CA339、 CML 15 4、长 6 31/o2、中系 0 96 /o2、CML 16 6和 CML 16 4。第二群接近四平头种质 ,包括 CML 14 0、 YML 2 3、 YML 2 9和 CML 194。第三群接近瑞得种质 ,包括忻 910 1/o2和齐 2 0 5。第四群与兰卡斯特种质的距离较近 ,包括 YML 12和 YML 10 2。第五群与四个主要杂种优势类群的距离都比较远 ,包括 CML 14 7、 CML 16 1和 CML 171。 SSR标记划群与田间产量配合力划分结果及系谱分析基本一致。 展开更多
关键词 SSR标记 蛋白玉米 自交系 杂种优势 遗传相似系数
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SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析 被引量：45
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作者 赵庆勇 朱镇 +4 位作者 张亚东 赵凌 陈涛 张巧凤 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期141-147,共7页
利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片... 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数(PIC值)变化范围为0.064～0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361～0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。 展开更多
关键词 粳稻 微卫星标记 分子标记 聚类分析 遗传距离 杂种优势
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布 被引量：20
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作者 李成云 李进斌 +2 位作者 周晓罡 董爱荣 许明辉 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期269-273,共5页
利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度... 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记 水稻
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利用SSR标记分析玉米群体遗传变异的取样方法 被引量：35
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作者 刘雪 李明顺 +3 位作者 李新海 田清震 白丽 张世煌 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期858-863,共6页
针对4种多株叶片混合DNA取样方法,利用SSR标记分析了Pob69和Pob70群体的遗传变异,探讨建立玉米群体遗传多样性分析的技术体系。从2个群体中分别提取50个单株叶片DNA和5、10、15、20个单株叶片混合样本DNA,用均匀分布在玉米染色体上的17... 针对4种多株叶片混合DNA取样方法,利用SSR标记分析了Pob69和Pob70群体的遗传变异,探讨建立玉米群体遗传多样性分析的技术体系。从2个群体中分别提取50个单株叶片DNA和5、10、15、20个单株叶片混合样本DNA,用均匀分布在玉米染色体上的17对SSR引物对不同处理的混合DNA样本进行扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,比较了采用不同取样方法的叶片DNA扩增的等位基因数目、多态性信息量和遗传多样性指数,表明用10株叶片混合提取的DNA样本可以代替相同数目(10个)的单株DNA的混合样本。该技术策略可以进一步减少工作量,提高效率,已用于研究大量玉米群体的遗传关系。 展开更多
关键词 玉米群体 SSR标记 遗传多样性 DNA样本
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应用形态、等位酶和SSR标记研究水稻矮仔占衍生品种的遗传差异 被引量：19
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作者 余汉勇 魏兴华 +2 位作者 王一平 袁筱萍 汤圣祥 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期477-482,共6页
选取我国水稻矮仔占衍生品种 2 4份 ,应用形态学、等位酶和微卫星 (SSR)标记 ,分析矮仔占衍生品种的遗传差异。聚类分析表明 3种方法在鉴别品种的遗传差异上存在较大差异。形态性状和SSR标记均能有效地鉴别 2 4份衍生品种 ,而等位酶仅... 选取我国水稻矮仔占衍生品种 2 4份 ,应用形态学、等位酶和微卫星 (SSR)标记 ,分析矮仔占衍生品种的遗传差异。聚类分析表明 3种方法在鉴别品种的遗传差异上存在较大差异。形态性状和SSR标记均能有效地鉴别 2 4份衍生品种 ,而等位酶仅能鉴别其中 17份。从形态学性状看 ,以香药糯与其他品种的遗传差异最大 ,SSR分析以香药糯、珍珠矮 11和辐陆选与其他品种的遗传差异较大 ,而等位酶分析 ,则以团结 1号与其他品种的差异最大。三类标记的遗传距离间虽存在有一定的相关性 ,但相关系数较小 (0 .2 17～ 0 .4 94 ) ,其中 ,形态学性状与SSR标记间相关极显著 (r =0 .4 94 ,P =0 0 0 2 ) ,等位酶与其他两类标记的相关性均不显著。研究结果还表明 ,系统选育和辐射选育的品种与亲本间有可能存在较大的遗传差异。 展开更多
关键词 水稻 矮仔占衍生品种 遗传差异 形态学 等位酶 微卫星标记 相关性
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基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 被引量：15
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作者 王忠良 丁燏 +5 位作者 许尤厚 简纪常 鲁义善 王蓓 陈刚 吴灶和 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期687-693,共7页
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频... 为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 简单重复序列 转录组 分子标记
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