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基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析 被引量:1
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作者 张振粉 黄荣 +2 位作者 李向阳 姚博 赵桂琴 《草业学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期96-108,共13页
采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分... 采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 illumina miseq高通量测序 燕麦种带细菌 生物信息学分析 PICRUSt FAPROTAX
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性 被引量:1
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作者 董蕴 张苗苗 +3 位作者 邓子文 剧柠 郭壮 赵慧君 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第4期137-141,共5页
该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门(Ascomyc... 该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门(Ascomycota)(96.79%)和担子菌门(Basidiomycota)(2.63%);核心真菌属为毕赤酵母属(Pichia)(37.46%)、曲霉属(Aspergillus)(29.48%)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)(3.92%)、假丝酵母属(Candida)(2.86%)、Starmerella(2.62%)、节担菌属(Wallemia)(2.19%)和镰刀菌属(Fusarium)(1.03%),且核心真菌之间的相关性均不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 利川酱豆 illumina miseq高通量测序技术 真菌多样性 群落结构
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应用Illumina Miseq测序技术分析传统酸马奶细菌多样性 被引量:6
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作者 宋凯 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2021年第16期175-182,共8页
利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属(Lactoba... 利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus),两者相对丰度可达70%~82%。此外,发现牧民手工酿造酸马奶样品的细菌多样性要显著高于农场生产样品,且两者的细菌群落结构存在明显差异。该研究全面了解传统酸马奶的细菌种群分布,为工业化生产提供理论依据及筛选潜在价值的益生菌提供数据参考。 展开更多
关键词 酸马奶 illumina miseq高通量测序 细菌群落 多样性 数理统计
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基于Illumina MiSeq分析贵州凯里酸汤独特风味的优势菌群 被引量:36
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作者 王琪琪 田界先 +3 位作者 潘宗东 杜静 辛健康 张传博 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第14期40-47,共8页
该研究采用高通量测序(Illumina MiSeq)技术对贵州凯里酸汤微生物多样性及群落结构进行了解析。结果表明,在门水平上,白酸汤的优势细菌为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);辣椒红酸汤和番茄红酸汤的优势菌为厚壁菌门(Fir... 该研究采用高通量测序(Illumina MiSeq)技术对贵州凯里酸汤微生物多样性及群落结构进行了解析。结果表明,在门水平上,白酸汤的优势细菌为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);辣椒红酸汤和番茄红酸汤的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)。白酸汤、辣椒红酸汤、番茄红酸汤优势真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,白酸汤的优势细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、葡萄醋酸杆菌属(Gluconacetobacter),优势真菌为毕赤酵母属(Pichia)、假丝酵母属(Candida)、子囊菌门未分类属(Unclassified genus Ascomycota)、双足囊菌属(Dipodascus);辣椒红酸汤和番茄红酸汤的优势细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、未分类属。辣椒红酸汤的优势真菌为Kazachstania、酵母属(Saccharomyces)、双足囊菌属(Dipodascus)、毕赤酵母属(Pichia);番茄红酸汤的优势真菌为Kazachstania、毕赤酵母属(Pichia)。在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,白酸汤中细菌有30个OTUs,真菌有89个OTUs,辣椒红酸汤中细菌有120个OTUs,真菌有127个OTUs,番茄红酸汤中细菌有136个OTUs,真菌有45个OTUs。该结果为白酸汤、辣椒红酸汤、番茄红酸汤生产过程中品质风味形成,产品改进及精准调控生产提供了理论依据。 展开更多
关键词 illumina miseq 白酸汤 红酸汤 厌氧发酵 菌群差异性
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利用Illumina MiSeq测序分析手筑茯砖茶发酵及干燥阶段真菌群落多样性 被引量:6
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作者 陈梦娟 蒋立文 +2 位作者 徐元昊 周红丽 周辉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期126-132,共7页
为了解手筑茯砖茶发酵与干燥过程中真菌种类变化,以发酵(0、4、8、12 d)及干燥阶段(17、22 d)的手筑茯砖茶样品为研究对象,应用Illumina MiSeq技术进行扩增测序,为手筑茯砖茶发酵及干燥阶段样品中真菌多样性研究奠定基础。结果表明:手... 为了解手筑茯砖茶发酵与干燥过程中真菌种类变化,以发酵(0、4、8、12 d)及干燥阶段(17、22 d)的手筑茯砖茶样品为研究对象,应用Illumina MiSeq技术进行扩增测序,为手筑茯砖茶发酵及干燥阶段样品中真菌多样性研究奠定基础。结果表明:手筑茯砖茶的发酵初期真菌群落结构存在较大差异,但随着发酵及干燥的进行真菌多样性整体呈下降趋势。测序及数据清理后共得到990522个有效的Tags,聚类后有186个可操作分类单元,注释到5个门、14个纲、29个目、47个科、65个属。其中0 d的真菌多样性最高,且相对丰度最高的为曲霉属(Aspergillus),达40.59%。其次为德巴利酵母属(Debaryomyces)、散囊菌属(Eurotium)和青霉属(Penicillium)等。而在4、8、12 d及17、22 d茯砖茶样品中,散囊菌属是绝对优势菌属,第4天时其相对丰度已达到97.27%,在这5组样品中其平均相对丰度高达98.81%。本研究采用Illumina MiSeq测序分析更准确、全面地反映手筑茯砖茶发酵与干燥过程中真菌群落结构和多样性动态变化,为手筑茯砖茶工艺的改进及机理的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 手筑茯砖茶 illumina miseq技术 真菌多样性
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应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析来凤地区腌制大头菜叶中微生物多样性 被引量:2
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作者 朱俊喆 邓晓茜 +2 位作者 胡晓淞 李云捷 赵慧君 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第9期134-138,共5页
该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门(Firmicutes,52.28%)和变形菌门(Proteobacteria,38.40%)为主要优势细菌... 该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对腌制大头菜叶样品中微生物多样性进行了研究,进而分析其中的微生物群落组成和差异。结果表明,在门分类水平上,以硬壁菌门(Firmicutes,52.28%)和变形菌门(Proteobacteria,38.40%)为主要优势细菌门;子囊菌门(Ascomycota,88.19%)和担子菌门(Basidiomycota,11.15%)为优势真菌门。在属分类水平上,注释到明确分类地位的细菌属和真菌属分别有382个和31个,其中平均相对含量>1%的分别有12个和8个。在操作分类单元(OTU)水平上,共发现17个核心细菌OTUs和11个核心真菌OTUs。综上,腌制大头菜叶具有较高的微生物多样性,且细菌群落物种数高于真菌。 展开更多
关键词 腌制大头菜叶 illumina miseq高通量测序 细菌 真菌 微生物多样性
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析不同保质期鸡蛋干的微生物群落多样性 被引量:7
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作者 宋思家 黄子彧 +1 位作者 林莹莹 郭慧媛 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第24期24-30,共7页
为探究造成鸡蛋干腐败变质的核心优势微生物及造成鸡蛋干保质期差异的微生物种类,为鸡蛋干的防腐保鲜提供理论依据,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对保质期不同的3组腐败变质鸡蛋干的菌群组成进行分析。结果表明,3组鸡蛋干样品在门... 为探究造成鸡蛋干腐败变质的核心优势微生物及造成鸡蛋干保质期差异的微生物种类,为鸡蛋干的防腐保鲜提供理论依据,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对保质期不同的3组腐败变质鸡蛋干的菌群组成进行分析。结果表明,3组鸡蛋干样品在门水平的优势菌群均为厚壁菌门,该菌门在15 d组、22 d组和29 d组的丰度占比分别为96.73%、87.55%和70.94%;在属水平,15 d组、22 d组和29 d组中相对丰度最高的菌属均为芽孢杆菌属,其在各组中的占比分别为33.14%、47.38%和68.85%,因此,芽孢杆菌属是鸡蛋干的核心致腐微生物。此外,造成鸡蛋干保质期差异的菌属包括乳杆菌属和狭义梭菌属,它们可加速鸡蛋干的腐败变质,是鸡蛋干保质期的限制因素,应在杀菌防腐环节重点关注。 展开更多
关键词 鸡蛋干 illumina miseq测序 微生物多样性 芽孢杆菌属 乳杆菌属 狭义梭菌属
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基于Illumina MiSeq技术分析腌干鱼加工过程中微生物群落多样性 被引量:25
8
作者 吴燕燕 钱茜茜 +3 位作者 李来好 陈胜军 邓建朝 李春生 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1-8,共8页
为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚... 为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变性菌门(Proteobacteria);蓝圆鲹初始菌相中优势细菌为肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcactae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和希瓦氏菌科(Shewanellaceae);海鲈初始菌相中优势菌主要是气单胞菌科(Aeromonadaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、摩式摩根菌科(Moraganellaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)等。传统腌制加工过程中菌相比较单一,优势菌主要是弧菌科(Vibrionaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和动性球菌科(Planococcaceae);而接种乳酸菌发酵后,加工过程中细菌多样性呈现增加趋势,并且乳酸菌成为优势菌,促进了微杆菌科(Exiguobacteracea),葡萄球菌(Staphylococcaceae)等优势菌的繁殖;此外还检测到气单胞菌(Aeromonadaceae)和乳杆菌(Lactobacillaceae)等传统蓝圆鲹腌制加工过程中没有出现的菌。海鲈在腌制加工过程中细菌多样性明显高于蓝圆鲹,乳酸菌法腌制加工过程中细菌多样性明显增加。 展开更多
关键词 腌干鱼 illumina miseq测序 微生物多样性 优势菌
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应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析活性银离子处理饮用水微生物多样性 被引量:8
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作者 辛冰牧 刘亚 +5 位作者 朱德斌 吴元亮 王静 张红 吕志堂 谢琼 《载人航天》 CSCD 2017年第6期824-828,共5页
为观察作为载人航天消毒剂的银离子消毒水所呈现的微生物多样性,采用Illumina MISeq高通量测序技术,对添加不同浓度的活性银离子的市售桶装水和对照水样进行了分析,分组为CK(对照)、L(0.1 mg/L)、M(0.3 mg/L)和H(0.5 mg/L)组,每隔30 d... 为观察作为载人航天消毒剂的银离子消毒水所呈现的微生物多样性,采用Illumina MISeq高通量测序技术,对添加不同浓度的活性银离子的市售桶装水和对照水样进行了分析,分组为CK(对照)、L(0.1 mg/L)、M(0.3 mg/L)和H(0.5 mg/L)组,每隔30 d定期取样,同时以GB 4789-2010进行了菌落总数和大肠菌群数测定和16S r DNA V3-V4区高通量测序,以及生物信息学分析,包括群落结构、多样性、主成分及物种丰度分析。结果表明:CK组30 d菌落计数即达557.3±58.2,活性银离子有较为显著的抑菌效果(L组60 d后1.7±0.6、H组90 d后1.7±0.6);高通量测序数据显示,其群落结构比例最大的是变形菌门,其次是厚壁菌门,然后是放线菌门;beta多样性和主成分分析结果显示鞘氨醇单胞菌属和乳球菌属丰度较高;活性银离子对饮用水有显著的抑菌作用,且可减少细菌群落。 展开更多
关键词 桶装饮用水 illumina miseq 微生物群落 活性银离子
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利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析原料乳的菌群分布 被引量:19
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作者 于国萍 陈媛 +3 位作者 姚宇秀 范美婧 刘鹏 董良伟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第16期186-191,共6页
为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3方面的测定。结果表... 为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3方面的测定。结果表明不同牧场的菌群存在多样性,位于前列的分别是肠球菌属(Enterococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus),同时表明,个别牛场原料乳中有金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和志贺菌(Shigella)的存在。 展开更多
关键词 illuminamiseq高通量测序 原料乳 菌群分布情况
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基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析 被引量:1
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作者 苟萌 胡婕 +1 位作者 张彤彤 剧柠 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期67-75,共9页
不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料... 不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料乳微生物多样性应用中的适用性。结果显示:两个测序平台的原始测序数据经质控后均可满足实验需求;IonS5 XL测序在不同分类水平上的注释物种数、alpha多样性、稀释曲线和物种丰度等级曲线方面的结果优于Illumina MiSeq测序,显示出原料乳中较高的群落丰富度;Illumina MiSeq测序和IonS5 XL测序均检出相同的优势菌门与优势菌属;Venn图和PCA分析显示,Illumina MiSeq测序相较于IonS5 XL测序具有更好的生物学重复性,在测序稳定性方面具有优势。后期如能加大平行样本的统计,针对重复性进行改进,IonS5 XL测序也将在乳品微生物多样性研究中具有很大的应用空间。 展开更多
关键词 16S rRNA 原料乳 illumina miseq测序 IonS5 XL测序
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Illumina MiSeq高通量测序降解黑龙江绥化地区玉米秸秆细菌菌群的研究 被引量:6
12
作者 徐丽萍 姜喆 +1 位作者 葛英亮 孙宏文 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第23期105-110,共6页
以研究黑龙江绥化地区农产废弃物玉米秸秆细菌降解菌群为目的,采用Illumina MiSeq微生物多样性测序的方法,对2015~2017年玉米秸秆的菌群多样性进行测序。采用生物信息学的方法对低温自然降解秸秆细菌群落中主要降解菌进行分析,并筛选了... 以研究黑龙江绥化地区农产废弃物玉米秸秆细菌降解菌群为目的,采用Illumina MiSeq微生物多样性测序的方法,对2015~2017年玉米秸秆的菌群多样性进行测序。采用生物信息学的方法对低温自然降解秸秆细菌群落中主要降解菌进行分析,并筛选了2015~2017年玉米秸秆中两株丰度最高的纤维素降解细菌,经多次分离纯化并结合刚果红染色法验证其低温降解纤维素的功能。结果表明,测序获得61564385 bp,质控后共141219条16S rDNA序列,Silva数据库比对到14门、29纲、70目、136科、282属。其中假单胞菌属(Pseudomonas)、根瘤菌属(Rhizobium)、德沃西亚菌属(Devosia)、黄杆菌属(Flavobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)和链霉菌属(Streptomyces)等是降解秸秆的主要细菌菌株,即该地区玉米秸秆细菌菌群多样性丰富,且研究筛选出的两株细菌具有纤维素降解能力。 展开更多
关键词 illumina miseq测序 玉米秸秆 细菌菌群 降解
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Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性 被引量:10
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作者 李斌 陈亚楠 +1 位作者 孙旭 程爽 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第9期86-92,共7页
采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属(Burkho... 采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)等,优势真菌种为紫红曲霉(Monascus purpureus)、黑曲霉(Aspergillus niger)等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(Weissella)、葡萄球菌属(Staphylococcus)等,优势真菌种为嗜热子囊菌(Thermoascus aurantiacus)、黄曲霉(Aspergillus flavus)、疏绵状嗜热丝孢菌(Thermomyces lanuginosus)等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)等,优势真菌种为少根根霉菌(Rhizopus arhizus)、热带假丝酵母(Candida tropicalis)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)等。 展开更多
关键词 红谷黄酒 酒曲 illumina miseq高通量测序 多样性 群落结构
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应用Illumina MiSeq测序解析O_3-BAC水处理技术生产饮用水中细菌多样性 被引量:1
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作者 葛英亮 于水利 +2 位作者 时文歆 殷祺 翁伟鹏 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2016年第6期52-57,共6页
采用切向流超滤技术(TFF)大量富集浓缩饮用水,提取其基因组DNA,扩增16SrDNA片段的V4+V5区,共获得45 093条序列,序列平均长度395.65bp,经高通量测序和物种注释、评估、组成分析、β-多样性分析、物种差异分析、RDA分析等进行生物信息学分... 采用切向流超滤技术(TFF)大量富集浓缩饮用水,提取其基因组DNA,扩增16SrDNA片段的V4+V5区,共获得45 093条序列,序列平均长度395.65bp,经高通量测序和物种注释、评估、组成分析、β-多样性分析、物种差异分析、RDA分析等进行生物信息学分析,获得饮用水中细菌多样性组成及丰度信息。结果发现,饮用水中可能含有的细菌多样性具有不确定性和随机性,对其影响最大的水质指标为浊度和余氯,经Illumina MiSeq高通量测序获得基因信息的细菌可能存在无活性或者处于VBNC状态的可能,难以采用纯培养方式培养,Illumina MiSeq高通量测序可作为饮用水细菌分析的前置技术加以推广和应用。 展开更多
关键词 illumina miseq O_3-BAC 饮用水 细菌 多样性
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利用Illumina Miseq测序技术分析浏阳霉豆腐制作过程中微生物变化 被引量:5
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作者 胡旺 陈梦娟 +2 位作者 尹含靓 李孝仁 蒋立文 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第24期265-270,共6页
浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了... 浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了分析,研究发现,豆腐细菌数量均在10^(7) CFU/g以上,发酵48 h数量在10^(9) CFU/g以上,5个阶段共有的可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量为113个,不同阶段OTU数具有较大差异,微生物种类及多样性在发酵48 h达到最高值,变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)在样品中占绝对优势,确定的微生物属主要以泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属。不同阶段微生物结构在消长变化,这可为传统产业发展提供科学基础。 展开更多
关键词 浏阳霉豆腐 微生物变化 illumina miseq测序技术 细菌发酵 优势菌属
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应用Illumina Miseq测序分析饮用水源水中病毒多样性 被引量:6
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作者 葛英亮 于水利 时文歆 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期287-292,共6页
以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因... 以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1%,Siphoviridae占23.010 7%,Phycodnaviridae占5.322 2%,Retroviridae占1.691 2%,Mimiviridae占1.960 8%,其中无法注释(norank)占21.572 8%,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据。 展开更多
关键词 illumina miseq测序 饮用水源水 病毒 多样性
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基于Illumina Miseq测序技术分析剁辣椒产地预加工过程中菌群变化 被引量:4
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作者 陈梦娟 蒋立文 +4 位作者 刘洋 王蓉蓉 周辉 赵玲艳 覃业优 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第16期140-147,共8页
基于Illumina Miseq测序技术,对山东、山西的朝天椒(Capsicum annuum L.)和线椒(Capsicum frutescens L.)产地加工过程中细菌16S rDNA和真菌ITS进行测序,解析其细菌及真菌群落结构多样性变化,并探讨不同产地加工工艺的合理性和科学性。... 基于Illumina Miseq测序技术,对山东、山西的朝天椒(Capsicum annuum L.)和线椒(Capsicum frutescens L.)产地加工过程中细菌16S rDNA和真菌ITS进行测序,解析其细菌及真菌群落结构多样性变化,并探讨不同产地加工工艺的合理性和科学性。结果表明:两种辣椒产地原料上附着的细菌和真菌菌群差异显著,经盐渍加工后,两种辣椒中细菌菌群仍存在显著差异(P<0.05),而真菌菌群差异性则随着加工的进行逐步减小。根据可培养微生物计数结果发现,经两次清洗后,线椒样品中可培养细菌和真菌数量分别增至2.6×10^(6)和1.6×10^(6) CFU/g,而朝天椒的可培养细菌和真菌数量分别降至9.0×10^(4)和6.6×10^(3) CFU/g,说明相同设备用于清洗线椒时的适用性低,导致清洗过程中微生物积累。拌盐后的朝天椒和线椒样品中,可培养细菌和真菌数量降至10^(2)~10^(4) CFU/g。该研究揭示了盐渍辣椒加工中微生物的群落结构和多样性变化规律,为提升产地加工水平、设备优化及品质安全与控制提供科学依据。 展开更多
关键词 剁辣椒 预加工 illumina miseq 测序技术 细菌多样性 真菌多样性
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应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性 被引量:5
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作者 孙思雨 陈炼红 王琳琳 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第23期98-103,共6页
为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88... 为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。 展开更多
关键词 牦牛酸奶 传统发酵 illumina miseq测序 多样性
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不同发酵阶段低温大曲中真菌菌群多样性解析
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作者 李俊薇 侯强川 +4 位作者 李斯琳 项云 董孝元 郭壮 李良 《中国酿造》 北大核心 2025年第1期100-104,共5页
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对不同发酵阶段低温大曲的真菌菌群多样性进行解析,探究低温大曲发酵过程中真菌群落结构的演替规律。结果表明,从入库前到拆曲,低温大曲中真菌菌群的超1指数和香农指数分别从156和2.90上升至376和4.29... 采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对不同发酵阶段低温大曲的真菌菌群多样性进行解析,探究低温大曲发酵过程中真菌群落结构的演替规律。结果表明,从入库前到拆曲,低温大曲中真菌菌群的超1指数和香农指数分别从156和2.90上升至376和4.29,均依次在上霉、起潮火和潮火阶段出现显著提升(P<0.05)。马氏距离聚类分析结果显示,在潮火阶段之前,各阶段的低温大曲真菌群落结构各不相同,而在潮火阶段之后,群落结构趋于稳定。低温大曲发酵过程中共注释到9个优势真菌属(平均相对丰度>1.0%),包括覆膜孢酵母菌属(Saccharomycopsis)、威克汉姆酵母菌属(Wickerhamomyces)、曲霉属(Aspergillus)等,入库前,以Wickerhamomyces和Saccharomycopsis为主;上霉后,以Saccharomycopsis和根霉菌属(Rhizopus)为主。整个发酵过程中的核心类群由Wickerhamomyces、Saccharomyces和汉逊酵母菌属(Hanseniaspora)等组成,而入库后的特有类群主要由Rhizopus和Saccharomycopsis等组成。由此可见,上霉、起潮火和潮火阶段对低温大曲中真菌丰富度和多样性的提升具有促进作用,且潮火阶段对大曲中真菌群落结构的稳定亦有着积极影响。 展开更多
关键词 低温大曲 发酵过程 illumina miseq高通量测序 真菌 演替
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利用MiSeq技术研究调味面制食品中优势菌群及细菌多样性分析 被引量:2
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作者 谭艳妮 施法 +5 位作者 李欣蔚 李勇 张健 孙佳星 韩世宁 刘宏生 《中国调味品》 CAS 北大核心 2022年第5期33-38,共6页
为研究调味面制食品中微生物菌群分布的多样性与结构特点,以期把握其特定的致病菌提供理论依据,该试验采用高通量测序技术,研究分析调味面制食品中微生物的多样性,通过GB 4789.2-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验菌落总数测定》... 为研究调味面制食品中微生物菌群分布的多样性与结构特点,以期把握其特定的致病菌提供理论依据,该试验采用高通量测序技术,研究分析调味面制食品中微生物的多样性,通过GB 4789.2-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验菌落总数测定》中的均质拍击法提取调味面制食品中的微生物基因组,并选择Illumina MiSeq测序平台以及可变区域V3-V4进行测序。结果表明,3种调味面制食品中的细菌菌群多样性虽不高,但菌群结构具有一定的相似性,优势菌属为芽孢杆菌属(Bacillus),同时还有铜绿假单胞菌属(Pseudomonas)、明串珠菌属(Leuconostoc)、泛菌属(Pantoea)等。为后续加强食品生产工艺流程卫生,防控微生物污染,保证食品质量安全提供了新思路和新方法。 展开更多
关键词 调味面制食品 illumina miseq测序 细菌多样性 优势菌群
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