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基于Gibbs采样与遗传算法的模体识别
1
作者
刘文远
田陆芳
+1 位作者
王常武
王宝文
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第14期180-182,共3页
借鉴Gibbs采样思想,将序列峰值所对应的候选模体作为遗传算法的初始种群,提出一种改进的模体识别算法。将模体在序列中的出现次数作为变量加入到适应度函数中,使其更符合生物数据的特性。在算法变异操作中加入IUPAC简并码保持种群的多...
借鉴Gibbs采样思想,将序列峰值所对应的候选模体作为遗传算法的初始种群,提出一种改进的模体识别算法。将模体在序列中的出现次数作为变量加入到适应度函数中,使其更符合生物数据的特性。在算法变异操作中加入IUPAC简并码保持种群的多样性。对DBTSS数据库中的真实数据进行测试,结果表明该算法具有较高的识别精度和较快的搜索速度。
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关键词
模体识别
遗传算法
GIBBS采样
iupac简并码
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职称材料
题名
基于Gibbs采样与遗传算法的模体识别
1
作者
刘文远
田陆芳
王常武
王宝文
机构
燕山大学信息科学与工程学院
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第14期180-182,共3页
基金
河北省教育厅自然科学研究计划基金资助项目(2009339)
文摘
借鉴Gibbs采样思想,将序列峰值所对应的候选模体作为遗传算法的初始种群,提出一种改进的模体识别算法。将模体在序列中的出现次数作为变量加入到适应度函数中,使其更符合生物数据的特性。在算法变异操作中加入IUPAC简并码保持种群的多样性。对DBTSS数据库中的真实数据进行测试,结果表明该算法具有较高的识别精度和较快的搜索速度。
关键词
模体识别
遗传算法
GIBBS采样
iupac简并码
Keywords
motif identification
Genetic Algorithm（GA）
Gibbs sampling
iupac
degenerate code
分类号
TP393.06 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Gibbs采样与遗传算法的模体识别
刘文远
田陆芳
王常武
王宝文
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011
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