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福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析 被引量:8
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作者 姜志勇 牛东红 +2 位作者 陈慧 沈和定 李家乐 《海洋渔业》 CSCD 2007年第4期314-318,共5页
采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,... 采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。 展开更多
关键词 缢蛏 its-1 its-2 遗传多样性
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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量:4
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作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBan... 对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(its-1) 基因克隆 基因序列
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基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析 被引量:5
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作者 顾小龙 孙秀梅 +3 位作者 刘红彬 崔平 索勋 方素芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1123-1128,共6页
利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩... 利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩增ITS-1区后克隆、测序。将测序结果与GenBank发布的兔球虫ITS-1序列进行比对和遗传距离分析,绘制系统进化树。结果显示:大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫河北株ITS-1序列分别长320、330、351、336和341bp。5种兔球虫河北株与GenBank中同种兔球虫ITS-1序列相似性分别为96.9%、97.3%、96.9%、99.1%和99.4%。兔球虫形成单系群,该单系群分为2个姐妹谱,与卵囊残体有无相对应,其它形态学和生物学特征与系统进化无相关性。研究结果表明外残体的有无可作为兔球虫进化分类的特征。 展开更多
关键词 艾美耳球虫 核糖体DNA 内转录间隔区1(its-1) 系统进化分析
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金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析 被引量:2
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作者 徐田军 刘楚吾 +1 位作者 刘丽 吴勇 《南方水产》 CAS 2006年第5期61-64,共4页
以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(... 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。 展开更多
关键词 金焰笛鲷 内转录间隔区(its-1) 序列分析
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肠艾美尔球虫单卵囊分离及ITS-1序列测定 被引量:3
5
作者 方素芳 顾小龙 崔平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期307-308,312,共3页
[目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1(ITS-1),PCR产物直接测序... [目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1(ITS-1),PCR产物直接测序。[结果]成功分离出肠艾美尔球虫,PCR扩增出434bp清晰条带,且最低能检测出27个孢子化卵囊。[结论]该研究结果为球虫虫种及虫株的准确鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 肠艾美尔球虫 单卵囊分离 its-1序列 PCR 测定
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基于ITS-1基因序列探讨许氏帆蚌和三角帆蚌的分类地位 被引量:2
6
作者 吴红松 欧阳珊 +2 位作者 吴小平 赵大显 阮禄章 《南昌大学学报(工科版)》 CAS 2008年第3期234-237,共4页
测定并比较了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和许氏帆蚌(Hyriopsis schlegerii)的ITS-1序列,以背瘤丽蚌(Lamprotula leai)为外类群,利用PHYLIP3.65软件中的最大简约法和邻接法构建了它们的系统发育树。结果表明,许氏帆蚌和三角帆蚌没有... 测定并比较了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和许氏帆蚌(Hyriopsis schlegerii)的ITS-1序列,以背瘤丽蚌(Lamprotula leai)为外类群,利用PHYLIP3.65软件中的最大简约法和邻接法构建了它们的系统发育树。结果表明,许氏帆蚌和三角帆蚌没有表现出种间差异,应属于同一物种。 展开更多
关键词 三角帆蚌 许氏帆蚌 its-1 系统发育
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基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究 被引量:6
7
作者 张源真 王伟 姜志强 《现代农业科技》 2012年第8期318-320,共3页
通过PCR扩增获得了3种中国黄渤海海域的鳚亚目鱼类的线粒体ITS-1基因,并以条斑马鲛为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统... 通过PCR扩增获得了3种中国黄渤海海域的鳚亚目鱼类的线粒体ITS-1基因,并以条斑马鲛为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树。结果表明:在鳚亚目鱼类的ITS-1片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有49 bp变异位点,转换/颠换值为1.0;3种鱼ITS-1长度为375~562 bp,其中方氏云鳚的最长,为532~562 bp,六线鳚的最短,为375 bp;锦鳚科的方氏云鳚和云鳚聚为一支;方氏云鳚和云鳚种间遗传距离只有0.02,亲缘关系最近。 展开更多
关键词 鳚亚目 线粒体DNA its-1基因序列 系统发育
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杉木rDNAITS- 1 区的克隆及序列测定 被引量:7
8
作者 尤勇 洪菊生 《林业科学》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期121-124,共4页
The rDNA internal transcribed spacer 1(ITS-1) regions of two Chinese fir provanences was amplified and cloned by PCR reaction.The PCR reaction was following:97℃ 5 minutes→95℃ 5 minhtes→Adding the Tag polymerase→9... The rDNA internal transcribed spacer 1(ITS-1) regions of two Chinese fir provanences was amplified and cloned by PCR reaction.The PCR reaction was following:97℃ 5 minutes→95℃ 5 minhtes→Adding the Tag polymerase→94℃ l?min 56℃ 1?min,72℃ 2?min;thirty\|six cycles→72 ℃ 10?min.High quality DNA template is necessary for the amplification of ITS-1 sequence,during the PCR reaction,ten minutes denaturation time and 56℃ annealing temperature are beneficial to amplification.The ITS-1 fragment was ligated to PUC19 plasmid,digested with Hind Ⅱ and transformed into competence cells of E.coli JM83 strain,the cloned strains harboring recombinant plasmid were obtained,those recombinant plasmids were used to sequence for ITS-1 fragment.Sequence analysis indicated that the sequence length is 273 bp,the using percentage of A\,T\,C\,G within ITS1 sequence of Chinese fir were 27.5%\,23%\,21.6%\,27.9% respectively and the G/C content of ITS1 sequence was 48.35%.Comparing with other plants,the G/C content of Chinese fir was less than other plants,whose ITS1 regions have been sequenced.As to ITSI sequence,there was no difference among two Chinese fir provenances,sequence analysis disclosed there were two repeat sequences [AAAG] n and [TTG] nappeared within ITS1 sequence of Chinese fir. 展开更多
关键词 杉木 RDNA 亲缘关系 克隆 序列测定 分类 染色体
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TRANSPORTATION INEQUALITIES FOR WEAKLY DEPENDENT SEQUENCES
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作者 马宇韬 《Acta Mathematica Scientia》 SCIE CSCD 2011年第4期1494-1502,共9页
In [3], they gave necessary and sufficient condition for T 1 C and then as applications T 1 C for weakly dependent sequences was established. In this note, based on Gozlan-L′eonard characterization for W 1 H -inequal... In [3], they gave necessary and sufficient condition for T 1 C and then as applications T 1 C for weakly dependent sequences was established. In this note, based on Gozlan-L′eonard characterization for W 1 H -inequalities, we extends this result to W 1 H inequalities. 展开更多
关键词 W 1 H inequality T p (C)-inequality weakly dependent sequences tensorization
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广西地区1株牛细小病毒1型分离鉴定及遗传进化分析
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作者 吴奥祺 罗宇航 +10 位作者 任同伟 王豪 董覃婷 覃一峰 韦祖樟 欧阳康 陈樱 黄伟坚 潘艳 李凤梅 谢江 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4540-4549,共10页
【目的】了解广西地区牛细小病毒1型(Bovine parvovirus 1,BPV1)的生物学特性及遗传变异情况,为BPV1的防控提供理论依据和支撑。【方法】试验从广西地区养牛场采集409份犊牛腹泻粪便样本,通过BPV1特异引物进行PCR检测,使用牛鼻甲骨细胞(... 【目的】了解广西地区牛细小病毒1型(Bovine parvovirus 1,BPV1)的生物学特性及遗传变异情况,为BPV1的防控提供理论依据和支撑。【方法】试验从广西地区养牛场采集409份犊牛腹泻粪便样本,通过BPV1特异引物进行PCR检测,使用牛鼻甲骨细胞(BT)对阳性样品进行病毒分离。收集产生细胞病变效应(cytopathic effect,CPE)的BT细胞上清液,通过PCR扩增、间接免疫荧光(indirect immunofluorescence assay,IFA)、电镜观察等方法进行病毒鉴定。测定BPV1分离株感染BT细胞后不同时间病毒半数组织培养感染剂量(median tissue culture infectious dose,TCID_(50)),绘制病毒多步生长曲线。利用高通量测序获得病毒全基因组序列并对其进行遗传进化分析。【结果】409份粪便样本检测到1例BPV1阳性,阳性率为0.24%。病料接种BT细胞盲传至第3代,可观察到细胞圆缩、弯曲、形成细胞团块、溶解等现象。PCR扩增结果显示,产生CPE细胞上清经PCR扩增可出现特异性条带;电镜可观察到圆形、无囊膜、直径约24 nm的病毒粒子;IFA结果显示,接种分离株的BT细胞内可观察到特异性绿色荧光,成功分离到1株BPV1,命名为GXBS2209。第6代分离株病毒滴度为10^(5.75)TCID_(50)/mL,多步生长曲线显示分离株感染BT细胞后病毒滴度在120 h达到峰值,随后逐渐下降。测序结果显示,分离株基因组全长为5515 bp(GenBank登录号:PP158225),与美国Bovine parvovirus株全基因组序列相似性最高,为98.7%。遗传进化分析结果显示,分离株与Bovine parvovirus株处于同一分支,亲缘关系最近。分离株与参考毒株NS1、VP2基因核苷酸序列相似性分别为98.8%~99.4%、94.4%~98.1%,氨基酸序列相似性分别为98.8%~99.5%、90.3%~99.4%;NS1和VP2序列中各有2和3个氨基酸位点替换。【结论】本研究成功分离到1株BPV1,并对其全基因序列进行分析,为后续BPV1的致病机理、疫苗研究以及疾病防控奠定了基础。 展开更多
关键词 牛细小病毒1型(BPV1) 病毒分离 序列分析
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Isolation and sequence analysis of a Dof protein gene(PtDof1) in Populus
11
作者 XIN Bei CHEN Xiao-yang +2 位作者 OUYANG Kun-xi PIAN Rui-qi LI Wei 《Forestry Studies in China》 CAS 2009年第2期93-98,共6页
Both cDNA and DNA clones of PtDof1 (GenBank Accession No. FJ402844 and FJ402845) were isolated from plants grown in tissue culture ofPopulus tornentosa. The DNA sequence is 1597 bp including two exons and one intron... Both cDNA and DNA clones of PtDof1 (GenBank Accession No. FJ402844 and FJ402845) were isolated from plants grown in tissue culture ofPopulus tornentosa. The DNA sequence is 1597 bp including two exons and one intron. The cDNA is 969 bp in length with a 765 bp open reading frame which is capable of encoding 255 amino acids. The deduced amino acids sequence of the PtDofl protein shares 65%, 56% and 55% identity with Vitis vinifera (CAO48618), Nicotiana tabacum (CAA08755) and Glycine max (ABI 16022) Dof protein by blast analysis in GenBank. Phylogenic analysis suggests PtDof1 gene could belong to the Dofgene family. PtDofl protein contains an unusual conserved single zinc finger with the pattern of C-X2-C-X21-C-X2-C, which may play a functional role in tissue-specific expression and possibly the auxin response of endogenous plant genes. 展开更多
关键词 Populus tomentosa Dof gene family PtDof1 cloning and sequencing
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Characterizations of Chinese isolates of Coxiella burnetii in the com1 gene sequence
12
作者 余全 张国全 《Journal of Medical Colleges of PLA(China)》 CAS 2002年第2期116-119,共4页
Objective: To know some genetical characterizations of Coxiella burnetii Chinese isolates by comparing the coml gene sequence. Methods: com1 gene sequences of Chinese isolates were amplified, se-quenced, and analyzed ... Objective: To know some genetical characterizations of Coxiella burnetii Chinese isolates by comparing the coml gene sequence. Methods: com1 gene sequences of Chinese isolates were amplified, se-quenced, and analyzed by comparing our result and the previous published data. Results: Three different com1 sequences were identified in 7 Chinese isolates. Sequence comparison indicated that the isolates harboring the QpRS plasmid could be defined as a new group and, in addition, the isolates carrying the same plas-mid type showed similar com1 gene sequence. Conclusion: Study suggests that the classification of the group based on the coml gene sequence is highly associated with the plasmid type of the isolates and, however, little related to disease forms and geographical origins of the isolates. 展开更多
关键词 Coxiella burnetii com1 gene sequence analysis
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草黄口蘑多糖对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性分子机制研究
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作者 赵倪慧 蒋琳 +3 位作者 张丁 段江波 丁祥 侯怡铃 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期27-37,共11页
多糖作为口蘑属真菌的主要功能成分之一,具有免疫调节、抗氧化及抗肿瘤等活性。为明确草黄口蘑多糖的结构特征及其对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性相关分子机制,该研究以草黄口蘑子实体经热水浸提法提取的草黄口蘑多糖[Tricholoma lascivum (F... 多糖作为口蘑属真菌的主要功能成分之一,具有免疫调节、抗氧化及抗肿瘤等活性。为明确草黄口蘑多糖的结构特征及其对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性相关分子机制,该研究以草黄口蘑子实体经热水浸提法提取的草黄口蘑多糖[Tricholoma lascivum (Fr.)Gillet polysaccharide,TLG-1]为实验材料,初步解析TLG-1结构,以S180荷瘤小鼠为模型检测体内抗肿瘤活性,并采用转录组测序技术对S180肿瘤组织总RNA进行测序分析。结果表明,TLG-1重均分子质量为13 442 Da,由木糖、甘露糖、葡萄糖和半乳糖4种单糖组成,其比例为1.57∶1.45∶2.84∶4.14。TLG-1可显著抑制荷瘤小鼠S180肿瘤的生长(P<0.01),抑瘤率为53.8%。转录组测序分析显示,TLG-1能显著上调mt-Co1、Prlr、Foxa1以及下调Pitx2、Rplp1、Eef1a1及Lgals1等基因,影响S180肿瘤细胞的代谢途径,调控细胞周期并抑制上皮间质转化过程。基因本体富集分析表明,TLG-1可激活细胞因子介导的信号通路,引发细胞免疫。京都基因与基因组百科全书富集分析显示,在Jak-STAT信号通路中的Il21、Il12rb2、Il12b、Il2ra、Il2rb、Il2rg、Il15ra和Ifng等基因显著上调,通过转换肿瘤相关巨噬细胞表型及分泌干扰素-γ等,增强小鼠抗肿瘤免疫应答。该研究结果为草黄口蘑多糖的开发和利用提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 草黄口蘑多糖TLG-1 抗肿瘤 S180 转录组测序技术 JAK-STAT信号通路
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迫-1甲引信工作过程仿真模拟
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作者 贺磊 傅裕 +2 位作者 岳通 丰婧 王海斌 《兵工自动化》 北大核心 2024年第10期56-61,共6页
为研究迫-1甲引信运动和作用过程,对其引信工作进行仿真模拟。使用多体系统动力学仿真软件MSC.ADAMS建立引信虚拟样机模型,模拟其运动过程并得到击针对针刺雷管的撞击动能;使用显式动力学仿真软件Ansys Workbench LS-DYNA对引信传爆序... 为研究迫-1甲引信运动和作用过程,对其引信工作进行仿真模拟。使用多体系统动力学仿真软件MSC.ADAMS建立引信虚拟样机模型,模拟其运动过程并得到击针对针刺雷管的撞击动能;使用显式动力学仿真软件Ansys Workbench LS-DYNA对引信传爆序列爆轰作用过程进行仿真模拟,验证针刺雷管→导爆管→传爆管→主装药之间传爆的可靠性。仿真结果表明,该仿真模拟可为迫-1甲引信的改进或智能化改造提供数据支撑。 展开更多
关键词 迫-1甲引信 虚拟样机 传爆序列 显式动力学 仿真
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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析
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作者 黄丽清 段安琴 +2 位作者 郑海英 杨春艳 尚江华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1807-1818,共12页
【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵... 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 SFRP 1基因 序列分析 真核表达载体 组织表达
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猫1型疱疹病毒分离鉴定及部分生物学特性分析
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作者 郑焕琴 姜晓敏 +5 位作者 岳红 王宝岩 刘洋 张兴晓 张建龙 朱洪伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期3040-3048,共9页
本试验旨在从临床样品中得到猫1型疱疹病毒(feline herpesvirus-1,FHV-1)分离株,为FHV-1疫苗候选毒株的研究奠定基础。从宠物医院采集疑似感染FHV-1的猫的眼鼻拭子,用猫肾细胞(Crandell reese feline kidney,CRFK)进行病毒分离,并进行... 本试验旨在从临床样品中得到猫1型疱疹病毒(feline herpesvirus-1,FHV-1)分离株,为FHV-1疫苗候选毒株的研究奠定基础。从宠物医院采集疑似感染FHV-1的猫的眼鼻拭子,用猫肾细胞(Crandell reese feline kidney,CRFK)进行病毒分离,并进行分离株的遗传进化分析、形态学电镜观察以及动物回归试验等系统评价。结果显示:用CRFK细胞对临床样品进行分离培养,经PCR和间接免疫荧光方法鉴定为FHV-1,并命名为“FHV-ZH2202”株。经高通量测序以及基因参考组装拼接获得病毒的全基因组序列后,将其与国内流行毒株进行SNP分析,发现非同义突变SNP主要集中分布在UL22和US7基因。通过构建系统发育树对FHV-ZH2202与国内外流行株进行分析,FHV-ZH2202株与国内外流行株在UL22基因的同源性较高,但对于US7基因具有相对较远的亲缘性。动物回归试验结果表明,FHV-ZH2202株感染组猫全部发病,出现打喷嚏、眼鼻分泌物等典型症状,但无死亡病例出现。感染后第2天开始,感染组猫通过眼鼻向外界排毒,持续6~8 d。本研究成功分离到1株FHV-1病毒,并对其部分生物学特性进行了鉴定,证明FHV-ZH2202株具有一定的致病性,为FHV-1疫苗候选毒株的研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 1型疱疹病毒 分离鉴定 生物学特性分析 高通量测序 动物回归试验
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传统发酵乳源短乳杆菌HQ1-1基因组特征与糖代谢表型分析
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作者 吴青海 三月 +5 位作者 萨初拉 郭煜 王力伟 王莉梅 杨静 其布日 《食品与发酵科技》 CAS 2024年第6期1-7,21,共8页
该文探究传统发酵乳源短乳杆菌(Lactobacillus brevis)HQ1-1的基因组基本特征和糖代谢表型。经PacBio平台对短乳杆菌HQ1-1进行全基因组测序,并对基因组进行功能分类和注释。结果显示,短乳杆菌HQ1-1包含1条长度为2376708bp的环状染色体和... 该文探究传统发酵乳源短乳杆菌(Lactobacillus brevis)HQ1-1的基因组基本特征和糖代谢表型。经PacBio平台对短乳杆菌HQ1-1进行全基因组测序,并对基因组进行功能分类和注释。结果显示,短乳杆菌HQ1-1包含1条长度为2376708bp的环状染色体和7个大小不同的质粒DNA,编码2268个基因。通过KEGG数据库注释到参与代谢过程的基因有860个,其中,碳水化合物代谢相关基因的数量为142个,占比为16.51%。进一步用CAZy数据库注释到了糖苷水解酶类基因114个,占碳水化合物相关基因总数的45.24%。通过OmniLog微阵列表型芯片分析发现,短乳杆菌HQ1-1对L-阿拉伯糖、D-木糖、D-核糖、L-来苏糖等碳源的利用效率相对更高。因此,发酵乳源短乳杆菌HQ1-1基因组中包含碳水化合物代谢相关基因的数量较多,能够利用多种碳源。该文全面阐述了短乳杆菌HQ1-1基因组特征和代谢表型,为今后开发功能性发酵食品提供新型乳酸菌发酵剂。 展开更多
关键词 传统发酵乳 短乳杆菌HQ1-1 全基因组测序 功能基因 糖代谢表型
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Chelex-100法提取甘薯小象甲DNA及云南地区甘薯小象甲的分子鉴定 被引量:4
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作者 徐可成 董跃丽 +3 位作者 杨子祥 韦永贵 黄琼 孙跃先 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期154-159,共6页
甘薯小象甲是国内外重要的检疫性害虫,除本身为害薯块外,引起的伤口还会诱致病菌侵入,使受害薯块发生恶臭和苦味无法食用。准确鉴定云南地区的甘薯小象甲,特别是研究其遗传变异可为检疫提供依据。本研究采集了云南元谋县甘薯小象甲,采用... 甘薯小象甲是国内外重要的检疫性害虫,除本身为害薯块外,引起的伤口还会诱致病菌侵入,使受害薯块发生恶臭和苦味无法食用。准确鉴定云南地区的甘薯小象甲,特别是研究其遗传变异可为检疫提供依据。本研究采集了云南元谋县甘薯小象甲,采用Chelex-100法快速提取甘薯小象甲基因组DNA,分别对雌雄成虫rDNA ITS-1序列进行系统发育分析,首次发现云南元谋县的甘薯小象甲属于东亚分支的东南亚亚支,与我国之前报道的甘薯小象甲属于东亚分支的东北亚亚支不同,说明云南元谋县的甘薯小象甲种群来源与中国广东、福建、浙江和重庆的种群来源不同。 展开更多
关键词 甘薯小象甲 Chelex-100法 its-1 系统发育
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鸭RIG-1基因的PCR扩增及其序列分析 被引量:6
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作者 程玉强 焦培荣 +6 位作者 韦良孟 钟自富 廖顺娣 袁润余 贾宝琴 罗开健 廖明 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第6期15-21,共7页
维甲酸诱导基因1(RIG-1)是细胞质中侦测病原相关分子模式的识别受体。论文旨在扩增北京鸭RIG-1编码基因,并对其进行序列分析。通过PCR方法,从北京鸭脾脏中扩增得到RIG-1基因cDNA,并使用LaserGene分子生物学分析软件进行序列分析。结果... 维甲酸诱导基因1(RIG-1)是细胞质中侦测病原相关分子模式的识别受体。论文旨在扩增北京鸭RIG-1编码基因,并对其进行序列分析。通过PCR方法,从北京鸭脾脏中扩增得到RIG-1基因cDNA,并使用LaserGene分子生物学分析软件进行序列分析。结果发现北京鸭的RIG-1基因cDNA开放阅读框全长2 802bp,编码933个氨基酸。结构预测发现鸭RIG-1结构与哺乳动物类似,N端有两个串联CARD区,中间为DExD/H解旋酶区,C端为抑制区,各功能区起重要作用的氨基酸较为保守。同源性及进化树分析发现鸭RIG-1与鹅和斑马鱼的同源性最高分别为93.7%、78.4%,与哺乳动物同源性高于50%,与其他鱼类的同源性低于50%。成功扩增出北京鸭RIG-1基因cDNA编码序列,为鸭RIG-1的深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 维甲酸诱导基因1 聚合酶链反应 序列分析 天然免疫
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问号钩端螺旋体属lipL32/1-ompL1/1融合基因的真核表达及其表达产物的免疫反应性 被引量:3
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作者 严杰 钊守凤 +4 位作者 毛亚飞 阮萍 罗依惠 李淑萍 李立伟 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2005年第1期33-37,42,共6页
目的 :构建问号钩端螺旋体 (简称钩体 )的融合基因 lip L32 / 1- omp L1/ 1真核表达系统并鉴定表达产物的免疫反应性。方法 :采用连接引物 PCR构建融合基因 lip L32 / 1- omp L1/ 1,克隆测序后构建 lip L32 / 1- omp L1/ 1的毕赤酵母真... 目的 :构建问号钩端螺旋体 (简称钩体 )的融合基因 lip L32 / 1- omp L1/ 1真核表达系统并鉴定表达产物的免疫反应性。方法 :采用连接引物 PCR构建融合基因 lip L32 / 1- omp L1/ 1,克隆测序后构建 lip L32 / 1- omp L1/ 1的毕赤酵母真核表达系统 p PIC9K- lip L32 / 1- omp L1/ 1- P.pastoris GS115。用 MM和 MD平板分离 His+ Mut+型菌落 ,YPD平板筛选出 G4 18高抗性的 His+ Mut+ 转化子。以酵母裂解酶处理的高拷贝转化子 His+ Mut+ 克隆裂解产物为模板 ,5 'AOX1和 3'AOX1为引物 ,用 PCR检测所构建的毕赤酵母工程菌株染色体 DNA中的目的融合基因。在 BMMY培养基中用甲醇诱导目的重组蛋白 r L ip L32 / 1- r Omp L1/ 1表达。采用硫酸铵沉淀 ,Ni- NTA亲和层析提纯培养物上清液中的 r L ip L 32 / 1- r Omp L1/ 1。采用 SDS- PAGE和 Western blot分别检测 r L ip L 32 / 1- r Omp L 1/ 1的产量及其免疫反应性。结果 :获得的 lip L32 / 1- omp L1/ 1融合基因约为 1794 bp。其核苷酸和氨基酸序列与原始lip L32 / 1和 omp L1/ 1基因型比较 ,相似性分别高达 99.94 %和 10 0 %。所构建的真核表达系统可分泌 r Lip L32 / 1-r Omp L1/ 1,SDS- PAGE后位于预期位置处 ,产量约占上清总蛋白的 4 0 %。r Lip L32 / 展开更多
关键词 钩端螺旋体 问号 lipL32/1基因 ompL1/1基因 序列同源性 核酸 序列同源性 氨基酸 真核表达 克隆 分子 zipL32/1-ompL1/1融合基因/免疫学
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