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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析 被引量：1
1
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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基于果实性状和ISSR分子标记的荔枝种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
2
作者 刘小英 吴碧君 +3 位作者 曾丽兰 张游南 林革 刘国强 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2216-2229,共14页
【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物... 【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物含量、果形、龟裂片形状、缝合线是否明显等果实性状进行观测,并进行变异分析、多样性分析及相关分析,分别基于果实形状和ISSR分子标记进行聚类分析。最后基于ISSR分子标记检测结果构建DNA指纹图谱。【结果】34份荔枝种质的单果重17.0~57.5 g,可溶性固形物含量13.0%~20.7%,果形有心形、近圆球形、卵圆形、椭圆形、歪心形,龟裂片形状有隆起、锥尖状突起、平滑,缝合线明显或不明显。果实性状的Shannon-Weaver多样性指数为0.67~1.97,其中缝合线是否明显最低,可溶性固形物含量最高。单果重与可溶性固形物含量呈极显著负相关(P<0.01),果形与龟裂片形状呈显著正相关(P<0.05)。基于果实性状的聚类结果显示,在欧氏距离为8时,供试材料被分为四大类,果实性状聚类结果与荔枝种质的果实缝合线是否明显相关性较强,其次是按果形和龟裂片形状进行聚类,且各类群包含不同地区的种质,说明聚类结果与地理分布无明显相关性。17条ISSR引物共扩增出191条条带,其中多态性条带165条,平均多态性比率86.39%,引物UBC835、UBC846和UBC879多态性比率高达100.00%;等位基因数(Na)为1.6875~2.0000,平均为1.8422,有效等位基因数(Ne)为1.2498~1.7177,平均为1.4470,Nei’s基因多样性指数(H')为0.16~0.40,平均为0.26,Shannon’s信息指数(I)为0.2616~0.5746,平均为0.4015。基于ISSR分子标记的聚类结果显示,34份荔枝种质的遗传相似系数为0.5916~0.8691,平均为0.7359,在遗传相似系数0.7100时,供试材料被分成四大类,各类群均包含多个地区的荔枝种质,聚类结果与地理分布无明显相关性,而与果实成熟期存在一定的相关性。ISSR引物UBC857可用于构建34份荔枝种质资源的DNA指纹图谱。【结论】34份荔枝种质果实性状遗传多样性较丰富,但遗传相似系数较高,遗传基础较狭窄。基于果实性状的聚类结果与ISSR分子标记的聚类结果仅部分相同,均与地理分布无明显相关性,分别与荔枝种质的果实缝合线是否明显和果实成熟期存在相关性。引物UBC857可鉴别34份荔枝种质资源。 展开更多
关键词 荔枝 果实性状 issr分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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基于ISSR分子标记的新疆西天山栒子属种质资源遗传多样性分析
3
作者 阿克居力得孜·努尔改里得 李茹雪 +2 位作者 杨禧雨 陆彪 周龙 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第5期905-915,共11页
为探究新疆西天山栒子属各居群之间的遗传多样性水平及亲缘关系,利用ISSR分子标记对新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物进行遗传多样性分析。研究发现,15条ISSR引物共扩增出166个条带,其中多态性条带143个,平均多态性条带比例为86.2... 为探究新疆西天山栒子属各居群之间的遗传多样性水平及亲缘关系,利用ISSR分子标记对新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物进行遗传多样性分析。研究发现,15条ISSR引物共扩增出166个条带,其中多态性条带143个,平均多态性条带比例为86.29%,新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物的Nei′s基因多样性指数和香农信息指数分别为0.2124和0.3254,各居群间遗传分化系数为0.4259,基因流为0.6740,表明栒子属野生居群水平的遗传分化程度极大且各居群间存在一定的基因交流。新疆西天山栒子属植物在整体水平上的遗传差异明显,遗传多样性较高。在居群水平上,特克斯县北山毛溜沟居群的遗传多样性最为丰富。聚类结果显示,绝大部分地理位置相近的居群聚为一类,但也有部分地理位置相近的居群并没有聚在一起。本研究结果可为新疆西天山栒子属种质资源的有效保护及开发利用提供重要参考依据。 展开更多
关键词 新疆西天山 栒子属 遗传多样性 issr分子标记
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基于ISSR分子标记的钻天柳遗传多样性分析
4
作者 张煜 高金辉 +4 位作者 薛永辉 江振 张国财 张和阳 张厚良 《林业科技》 2025年第4期33-39,共7页
2021-2022年在大、小兴安岭设置18个天然分布点及样地,采集50株钻天柳样本。利用改进的CTAB方法提取叶片的基因组DNA,通过ISSR-PCR扩增筛选引物并确定最佳退火温度。结果表明,提取的基因组DNA符合要求,确定了10条引物及相应退火温度。... 2021-2022年在大、小兴安岭设置18个天然分布点及样地,采集50株钻天柳样本。利用改进的CTAB方法提取叶片的基因组DNA,通过ISSR-PCR扩增筛选引物并确定最佳退火温度。结果表明,提取的基因组DNA符合要求,确定了10条引物及相应退火温度。钻天柳居群种群遗传多样性相对丰富,多态条带百分率平均值为91.91%,物种水平为92.22%,有一定遗传变异,且海拔548 m时Shannon信息指数、Nei's基因多样性指数达到最高值。种群间遗传分化系数GST=0.2303,遗传分化明显有基因流,5个天然居群亲缘关系较近,遗传相似度0.8867~0.9651,遗传距离0.0355~0.1203,29株个体分为4大组群。研究认为钻天柳遗传多样性源于遗传变异,其繁育系统和种子传播方式影响遗传结构,地理隔离影响不显著。 展开更多
关键词 钻天柳 issr分子标记 遗传多样性 遗传结构
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基于ISSR分子标记的金花菌遗传多样性分析
5
作者 吴凤 黄显雅 +3 位作者 秦玉燕 周海兰 蒋越华 李菊馨 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2230-2238,共9页
【目的】基于ISSR分子标记对不同地理来源的金花菌进行遗传多样性分析,为金花菌菌种资源的分类鉴定、评价及挖掘利用提供科学依据。【方法】利用ISSR分子标记对湖南益阳、陕西咸阳、广西横州和广西梧州4个不同地理来源的61株金花菌菌株... 【目的】基于ISSR分子标记对不同地理来源的金花菌进行遗传多样性分析,为金花菌菌种资源的分类鉴定、评价及挖掘利用提供科学依据。【方法】利用ISSR分子标记对湖南益阳、陕西咸阳、广西横州和广西梧州4个不同地理来源的61株金花菌菌株进行遗传多样性分析;使用NSYSpc 2.10e计算不同菌株之间的遗传相似系数并进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,使用PopGene 1.32计算遗传多样性相关参数。【结果】使用11条ISSR引物共扩增获得168个位点,其中多态性位点158个,多态性比例为94.0%。UPGMA聚类分析结果显示,61株金花菌菌株之间的遗传相似系数在0.48~1.00;当遗传相似系数为0.60时,61株金花菌菌株被分为5个类群,类群Ⅰ为冠突曲霉(Aspergillus cristatus),类群Ⅱ为谢瓦氏曲霉(Aspergillus chevalieri),类群Ⅲ为假灰绿曲霉(Aspergillus pseudoglaucus),类群Ⅳ为Aspergillus cibarius,类群Ⅴ为赤曲霉(Aspergillus ruber)。4个地理群体的Nei’s遗传一致度在0.7409~0.9967,平均值为0.8607;遗传距离在0.0033~0.3000,平均值为0.1560;其中,陕西咸阳群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最小,Nei’s遗传一致度最高,而广西梧州群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最大,Nei’s遗传一致度最低。61株金花菌菌株的平均Nei’s基因多样性指数(H')为0.2622,平均Shannon’s信息指数(I)为0.4082,群体间遗传分化系数为0.4228,群体基因流值为0.6825。【结论】金花菌菌株具有丰富的遗传多样性,ISSR类群划分与金花菌菌种分类具有一定关联,同一菌种的遗传多样性与地理来源之间不存在明显的相关性。 展开更多
关键词 金花菌 曲霉属 冠突曲霉 issr分子标记 遗传多样性
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ISSR分子标记在筒管玉丝瓜纯度鉴定中的应用
6
作者 李瑞霞 钱春桃 +4 位作者 吴凌晨 王立安 陶启威 倪维晨 席庆 《农业与技术》 2025年第16期19-22,共4页
种质资源是农作物新品种选育的重要物质基础,地方特色品种是种质资源的重要组成,开展地方特色品种提纯复壮及纯度鉴定,对地方品种资源保护和开发具有重要意义。本研究通过对地方特色丝瓜品种进行提纯复壮,并利用ISSR分子标记技术对提纯... 种质资源是农作物新品种选育的重要物质基础,地方特色品种是种质资源的重要组成,开展地方特色品种提纯复壮及纯度鉴定,对地方品种资源保护和开发具有重要意义。本研究通过对地方特色丝瓜品种进行提纯复壮,并利用ISSR分子标记技术对提纯后的“筒管玉”丝瓜进行纯度鉴定。从45个ISSR引物中筛选出能稳定扩增的10条引物;利用10条引物对100株“筒管玉”丝瓜单株样品进行PCR扩增,10条引物共鉴定出9个丝瓜杂株,表明提纯后的“筒管玉”丝瓜纯度在90%以上。通过对鉴定的差异单株分析,筛选出848和8662组引物可用于“筒管玉”丝瓜纯度的快速鉴定。 展开更多
关键词 issr分子标记 丝瓜 纯度鉴定
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小麦抗条锈基因Yr5、Yr9和Yr18分子标记的特异性评估 被引量：1
7
作者 孙振宇 黄亮 +1 位作者 黄苗苗 刘太国 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期45-51,共7页
Yr5、Yr9(1B/1R)、Yr18基因的自身性状或连锁性状在中国小麦育种中具有重要的应用前景。本研究运用以Avocet S为背景的单基因近等基因系及其对应基因的载体品种,对Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H,Y... Yr5、Yr9(1B/1R)、Yr18基因的自身性状或连锁性状在中国小麦育种中具有重要的应用前景。本研究运用以Avocet S为背景的单基因近等基因系及其对应基因的载体品种,对Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H,Yr18基因的分子标记csLV34、cssfr1~cssfr5进行有效性验证。结果表明,Yr5基因的特异性分子标记STS9/10、Yr9(1B/1R)基因的特异性分子标记AF1/4、D15和20H均能够准确识别不同遗传背景材料中的相应抗性基因;Yr18基因分子标记cssfr2能够准确检测Yr18的非载体材料,并检测出Avocet S*6/Yr5、Avocet S*6/Yr24、Avocet S*6/Yr27三个材料具有Yr18的等位变异。这说明Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H能对目的基因进行有效检测,Yr18基因的几个分子标记结合使用不仅能够对目的基因进行有效检测,而且能够识别该位点的等位变异。 展开更多
关键词 抗条锈基因 分子标记 特异性
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一种新颖的末位标记可变的杏种质分子身份证构建方法 被引量：1
8
作者 苑克俊 牛庆霖 《中国果树》 2025年第4期42-50,共9页
针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当... 针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当长度的需要,创建了一种新颖的前4个SSR标记为固定标记、末位标记可变的分子身份证构建方法,其等位基因以图谱特征条带数值的后两位数字作代码,不需要转换为其他数字或字母代码,方法简单易行。对于前4个SSR标记,其图谱带型采用每个标记的两个等位基因代码编码;对于末位标记,基于前4个SSR标记可区分多数种质、末位标记仅需区分少数几种种质的特点,其图谱带型以1个等位基因代码和1个SSR标记代码的组合作为编码;对于前4个SSR标记已区分的种质,其分子身份证末位标记以0000作为编码。新方法分子身份证长度基于试验结果确定为5个标记长度和20位数字长度,能根据需要增加末位标记区分少数种质,且5个标记不受连锁遗传影响,前4个标记的图谱带型还能区分纯合和杂合基因型,是一个理想方案。由于其前4个标记分子身份证编码以及末位标记1个等位基因分子身份证编码使用的是原始的等位基因特征数字,故称之为“等位基因特征数字编码法”。利用该方法成功鉴别包括5个新品种在内的25份种质,试验结果可为利用分子鉴定进行立园、满园、国华、玉华、夏华等杏新品种的品种权保护提供依据。新方法也可在其他果树和农作物上参考应用。 展开更多
关键词 杏 种质 品种 SSR标记 编码方法 分子身份证
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发
9
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL SSR分子标记
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钝叶草种质资源分子标记开发及遗传多样性研究
10
作者 黄春琼 张瑜 +3 位作者 王文强 董荣书 杨虎彪 刘国道 《草地学报》 北大核心 2025年第4期1039-1047,共9页
为了研究不同地理来源钝叶草种质资源间的遗传差异,本研究以13份来自不同国家的钝叶草种质资源为研究对象,利用SRAP标记对其进行遗传多样性分析。结果表明:从100对引物组合中筛选出了21对有多态性条带、且扩增条带清晰稳定的引物。利用... 为了研究不同地理来源钝叶草种质资源间的遗传差异,本研究以13份来自不同国家的钝叶草种质资源为研究对象,利用SRAP标记对其进行遗传多样性分析。结果表明:从100对引物组合中筛选出了21对有多态性条带、且扩增条带清晰稳定的引物。利用这些引物对钝叶草种质进行扩增,共扩增获得161条条带,且均是多态性条带,多态性百分率为100.00%,平均一对引物能检测到7条条带,扩增范围为4~10条。遗传相似性系数为0.4805~0.9286,平均值为0.6452。利用UPMAG法在遗传相似性系数为0.6930时将13份钝叶草种质分为4个类群。主成分分析可将其分为5个类群。本研究结果表明13份钝叶草种质资源的遗传多样性处于上等水平,SRAP标记能有效地评价钝叶草种质的遗传差异,为钝叶草种质的开发利用提供依据。 展开更多
关键词 钝叶草 SRAP 分子标记 遗传多样性
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基于SNP分子标记的128份糯玉米种质遗传多样性和类群结构分析
11
作者 钟昌松 方辉 +7 位作者 卢生乔 覃宏宇 陈坤 周锦国 弓雪 张述宽 刘亚利 黄安霞 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1379-1389,共11页
【目的】分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构,为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。【方法】利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和类群结构,并调查植株、花期和果穗的13个性状,分析不同类... 【目的】分析不同基因型糯玉米种质的遗传多样性和类群结构,为广西糯玉米种质创新利用提供参考依据。【方法】利用10K芯片对128份糯玉米种质进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和类群结构,并调查植株、花期和果穗的13个性状,分析不同类群种质的性状差异。【结果】7561个SNP分子标记基本均匀覆盖整个玉米基因组,主要等位基因频率(MAF)为0.500~0.969,平均为0.702;基因多样性(GD)为0.061~0.500,平均为0.388;多态信息含量(PIC)为0.059~0.375,平均为0.307。聚类分析和PCoA分析均可将128份糯玉米种质划分为3个类群,分别为地方种类群、京科—中糯类群、本地糯类群;地方种类群和本地糯类类群的GD分别为0.354和0.343,PIC分别为0.282和0.280,低于京科—中糯类群的GD(0.377)和PIC(0.298),表明地方种类群和本地糯类类群的遗传多样性较低,且类群划分结果具有一定的地理和生态区域特征;甜糯玉米与糯玉米划分在同一类群,其原因是甜糯玉米是从糯玉米中选育的一种新型鲜食玉米。分子方差分析(AMOVA)结果显示,不同类群间存在明显的遗传变异,占总遗传变异的10.8%,自交系间的遗传变异为73.1%,自交系内的遗传变异为16.1%。相关分析结果显示,花期对京科-中糯类种质具有较突出的负向调控作用,而株高、穗位高等植株性状对本地糯类种质的正向调控作用较大。对于京科-中糯类温带种质,花期延迟对雄花性状及穗行数和穗粗等果穗性状有负调控作用,这可能是亚热带生态气候环境对温带血缘种质影响的结果。而对于本地糯类热带种质,株高、穗位高对果穗穗行数和行粒数正向调控作用更大,但过高的穗位高也易导致产量性状穗粗下降。【结论】不同类型的糯玉米种质遗传多样性存在一定差异,具有一定的地理和生态区域特点,在植株、花期和果穗等性状的相关性和互作机制也存在明显差异。 展开更多
关键词 糯玉米 遗传多样性 SNP分子标记
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基于SNP分子标记的95个热带亚热带玉米自交系遗传多样性分析
12
作者 王兵伟 何静丹 +5 位作者 郑加兴 韦绍丽 周步进 覃嘉明 黄安霞 时成俏 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1545-1553,I0003,共10页
【目的】对95个热带亚热带血缘玉米自交系的群体结构和遗传多样性进行分析,为热带亚热带血缘种质的创新和精准利用提供参考。【方法】利用10K玉米SNP育种芯片对95个玉米自交系进行全基因组分型扫描,所得数据进行质控后利用PowerMarker V... 【目的】对95个热带亚热带血缘玉米自交系的群体结构和遗传多样性进行分析,为热带亚热带血缘种质的创新和精准利用提供参考。【方法】利用10K玉米SNP育种芯片对95个玉米自交系进行全基因组分型扫描,所得数据进行质控后利用PowerMarker V3.25计算遗传多样性指标,利用MEGA X计算遗传距离并采用邻接法进行聚类分析,使用R包计算群体间遗传分化系数(Fst)并进行非度量多维尺度(NMDS)分析。【结果】从95个玉米自交系中检测到7812个高质量SNP分子标记位点,分布于玉米10条染色体上。95个自交系间的遗传距离变化范围为0.001~0.482,平均值为0.356。根据遗传距离信息将95个玉米自交系划分为A、B、C 3个类群,A群有5个自交系,B群有17个自交系,C群有73个自交系;C群又可分为5个亚群,每个亚群均有各自代表性的自交系材料,聚类分析结果与育种实践基本吻合。基于SNP分子标记位点进行统计,95个玉米自交系的平均杂合率为1.4%,基因多样性均值为0.3718,杂合度难测值均值为0.0139,最小等位基因频率均值为0.2886,多态信息含量均值为0.3004。A群的Fst(0.1491)最高,B群和C群的Fst(0.1422和0.1400)接近。NMDS分析也将95个自交系分成3个群,与聚类分析结果相对应。【结论】95个热带亚热带玉米种质具有较丰富的遗传多样性,被划分为3个类群,其中C群可划分为5个亚群,进一步明确了各自交系间的遗传亲缘关系。 展开更多
关键词 玉米 热带亚热带 自交系 SNP分子标记 遗传多样性
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基于全基因组重测序的不结球白菜KASP分子标记开发与应用
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作者 张艳 沈卓 +3 位作者 杨易 周轩 吴增祥 黎庭耀 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期613-621,共9页
【目的】基于全基因组重测序数据开发不结球白菜KASP分子标记,以期丰富该物种的遗传信息,为不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】对2份不结球白菜高代自交系C40和JY70进行全基因组及DNA重测序及... 【目的】基于全基因组重测序数据开发不结球白菜KASP分子标记,以期丰富该物种的遗传信息,为不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】对2份不结球白菜高代自交系C40和JY70进行全基因组及DNA重测序及比对分析,挑选出差异SNP位点用于KASP分子标记开发,并对55份不结球白菜种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建。【结果】C40和JY70之间基因型不一致、测序深度大于10X且等位基因纯合的SNP位点有460849个。每条染色体上选择分布相对均匀的15个SNP位点设计成KASP引物,利用150对KASP引物对C40和JY70进行基因型分型检测,发现有86对引物成功分型,基于其对55份不结球白菜种质资源的基因型分型结果,筛选获得41个在不结球白菜中扩增质量高的KASP分子标记。41个KASP分子标记对55份不结球白菜种质资源的遗传多样性分析结果显示,其主要等位基因频率为0.5000~0.9273,平均为0.6643;基因多样性指数为0.1349~0.5000,平均为0.4257;多态性信息含量(PIC)为0.1258~0.3750,平均为0.3322,PIC>0.2500的位点占所有位点的94.5%,多态性较高。55份不结球白菜种质资源分为三大类群,相同类型的种质资源聚类在一起,其中地理来源相同的资源又聚类在一起,有效地反映了种质间的亲缘关系。利用PIC最高的15个KASP分子标记构建了55份不结球白菜种质资源的DNA指纹图谱。【结论】开发获得41个不结球白菜KASP分子标记,可用于不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 不结球白菜 KASP分子标记 遗传多样性分析 DNA指纹图谱
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水稻物理-生物协同诱变联合分子标记辅助育种技术体系的构建与应用
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作者 李俊华 姬汉轩 +9 位作者 关世丽 桑世飞 朱红彩 王思维 王棋文 丰柳春 袁金红 郑阳阳 王书玉 姬生栋 《种业导刊》 2025年第2期33-37,共5页
传统育种技术因遗传基础狭窄、周期长等问题,难以满足高产、优质、抗逆协同提升的需求。通过整合物理诱变、生物诱变及分子标记辅助育种技术,成功构建了物理-生物协同诱变联合分子标记辅助育种技术体系。基于该体系成功培育出宏稻59、玉... 传统育种技术因遗传基础狭窄、周期长等问题,难以满足高产、优质、抗逆协同提升的需求。通过整合物理诱变、生物诱变及分子标记辅助育种技术,成功构建了物理-生物协同诱变联合分子标记辅助育种技术体系。基于该体系成功培育出宏稻59、玉稻518等4个新品种,为解决水稻种质资源“卡脖子”问题提供了新途径。 展开更多
关键词 水稻 物理诱变 生物诱变 分子标记辅助育种 复合诱变
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基于ISSR分子标记的羊肚菌山东主栽菌株遗传多样性分析 被引量：1
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作者 姚强 张元祺 +9 位作者 李文刚 韩建东 苏敬红 孙铂森 黄春燕 王前翔 杨鹏 谢业水 何立坤 武彬 《食用菌》 CAS 2024年第4期21-24,共4页
目的:为羊肚菌种质资源的合理利用和生产菌株选择提供参考,消除同一菌种连作对生产的影响。方法:以山东省不同地区15个羊肚菌菌株为材料,采用ISSR分子标记技术,对100条引物进行扩增、电泳,并从中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引... 目的:为羊肚菌种质资源的合理利用和生产菌株选择提供参考,消除同一菌种连作对生产的影响。方法:以山东省不同地区15个羊肚菌菌株为材料,采用ISSR分子标记技术,对100条引物进行扩增、电泳,并从中筛选出条带清晰、重复性高和特异性强的引物,在供试羊肚菌菌株中进行扩增,利用软件对电泳结果进行聚类分析。结果:22条引物共扩增出223条DNA片段,其中多态性片段94条,占总扩增片段数的42.15%,供试羊肚菌遗传相似系数介于0.8550~0.9750,平均遗传相似系数0.9172;供试羊肚菌菌株主要分为3个类群,同一地区的羊肚菌菌株间有一定差别,但不同地区的不同羊肚菌菌株间遗传关系较为接近,其原因可能是由于引入的种源相同或者相近。该结果为羊肚菌生产及其种质资源的分类和遗传进化研究提供一定的理论和技术支持。 展开更多
关键词 羊肚菌 亲缘关系 遗传多样性 分子标记
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黄淮稻区水稻抽穗期基因Hd1多态性分析及关键位点分子标记开发
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作者 李凡 陈春 +2 位作者 郭新亚 王飞飞 陈卫军 《大麦与谷类科学》 2025年第4期1-9,共9页
抽穗期是水稻关键农艺性状之一。为明确黄淮稻区水稻品种关键穗期调控基因Hd1变异类型多态性及不同基因型对抽穗期的调控效应,本研究对黄淮稻区54个水稻品种的Hd1基因全序列进行测序及突变位点比对分析,并对携带不同Hd1基因型的水稻抽... 抽穗期是水稻关键农艺性状之一。为明确黄淮稻区水稻品种关键穗期调控基因Hd1变异类型多态性及不同基因型对抽穗期的调控效应,本研究对黄淮稻区54个水稻品种的Hd1基因全序列进行测序及突变位点比对分析,并对携带不同Hd1基因型的水稻抽穗期及成熟期进行测量分析。结果表明:参试品种中共检测到与参照品种Ginbouzu基因型存在差异的12处变异位点,组成Type A—H共8种不同的基因型。Type A基因型在3个粳稻品种中被检测到;Type B基因型在10个粳稻品种中被检测到;Type C基因型在2个日本引进粳稻品种中被检测到;Type D基因型在3个粳稻品种中被检测到;Type E基因型仅在1个粳稻品种中被检测到;Type F、Type G、Type H基因型仅在籼稻品种中被检测到;其余28个品种携带Ginbouzu Hd1基因型。Type A基因型对水稻成熟期有显著提前作用,但对抽穗期提前效果不显著;Type B基因型对水稻抽穗期及成熟期均有显著延迟作用;Type C和Type D基因型对水稻抽穗期及成熟期均有显著提前作用。针对促进提前抽穗的Type D基因型开发分子标记并验证,Type D基因型扩增条带107 bp,Ginbouzu基因型扩增条带150 bp,可实现2种不同功能基因型的有效检测区分。 展开更多
关键词 抽穗期 Hd1 等位基因 调控效应 分子标记
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水稻核心种质耐盐鉴定与分子标记开发应用 被引量：2
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作者 王世壮 聂亚敏 +11 位作者 黄婧芬 张巧玲 郑崇珂 谢先芝 王艳艳 邢梦 陈文熹 陈子易 郑晓明 王文生 杨庆文 乔卫华 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期470-480,I0002-I0013,共23页
水稻是盐敏感植物,土壤盐渍化对水稻产量影响巨大。发掘并聚合耐盐基因的优异单倍型,创制耐盐种质,对于水稻耐盐品种选育及我国盐碱地的高效利用都具有重要意义。本研究首先对水稻3K数据库的236份核心种质进行苗期及大田耐盐鉴定,筛选... 水稻是盐敏感植物,土壤盐渍化对水稻产量影响巨大。发掘并聚合耐盐基因的优异单倍型,创制耐盐种质,对于水稻耐盐品种选育及我国盐碱地的高效利用都具有重要意义。本研究首先对水稻3K数据库的236份核心种质进行苗期及大田耐盐鉴定,筛选出一份来自澳大利亚的强耐盐种质‘71011’,其在150mmol/LNaCl处理条件下存活天数25.5d,耐盐等级5.2,大田盐胁迫浓度为0.3%~0.5%条件下耐盐存活率100%;利用236份核心种质对已报道的、功能清晰的20个耐盐基因进行单倍型分析,筛选出AKT1、CPK12、MYB48、P5CS1、SIK1、SKC1、SNAC1、HKT1共8个与耐盐性状相关联的基因单倍型。然后利用耐盐品种‘盐丰47’与普通品种‘农垦57’作为亲本,分析序列差异、验证表达量并构建重组自交系,最终开发出AKT1、MYB48以及HKT1三个耐盐相关基因的分子标记,并利用分子标记聚合耐盐基因优异单倍型,创制出强耐盐的新品系。研究结果为水稻耐盐育种提供了可利用的分子标记、耐盐品种资源与创新种质。 展开更多
关键词 水稻种质资源 耐盐鉴定 单倍型分析 分子标记
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性别特异分子标记在斑鳢全雄育种上的应用 被引量：1
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作者 杨慧荣 张淑瓶 +5 位作者 曾芳 李水生 刘云 杨菁 黄晓声 叶树才 《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS 北大核心 2025年第1期125-132,共8页
为了快速筛选培育出全雄斑鳢,本研究结合性别特异分子标记和三系配套育种技术,开发了全雄斑鳢的育种方法。将健康的七日龄斑鳢幼鱼随机分成3组进行雌化处理,在饲料中分别添加雌二醇(E2)100、300、600 mg/kg,饲养60 d。利用性别特异分子... 为了快速筛选培育出全雄斑鳢,本研究结合性别特异分子标记和三系配套育种技术,开发了全雄斑鳢的育种方法。将健康的七日龄斑鳢幼鱼随机分成3组进行雌化处理,在饲料中分别添加雌二醇(E2)100、300、600 mg/kg,饲养60 d。利用性别特异分子标记引物M12、P2鉴定筛选出决定型为XY型斑鳢,将XY型正常雄鱼与XY型伪雌鱼交配,获得的子代分为两组,一组为投喂正常饲料,另一组进行雌激素投喂,利用MX1和MX3引物筛选出YY超雄鱼,最后将YY超雄鱼和正常雌鱼作为亲本交配生产出全雄斑鳢子代。结果显示,600 mg/kg激素浓度组的性逆转率最高,达75%,从508尾经雌激素E2投喂的家系中筛选获得235尾具有XY基因型斑鳢。XY伪雌鱼与正常雄鱼交配获得的子代在2月龄时检测到22尾YY超雄鱼,7月龄时检测到14尾YY超雄鱼,筛选获得YY超雄鱼个体用于生产全雄子代。本研究方法显著提高了全雄化斑鳢育种效率,缩短了育种周期,展现出巨大的经济潜力和应用价值,为其他鱼类开展性别特别分子标记辅助育种提供借鉴或参考。 展开更多
关键词 斑鳢 生长二态性 性别特异性分子标记 全雄育种
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基于KASP标记的芥菜种质资源分子身份证构建 被引量：1
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作者 朱海峰 王天鹏 +6 位作者 全瀚仪 陈海旭 蔡旭 梁建丽 武剑 李梅兰 王晓武 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第3期34-45,共12页
利用由588份芥菜材料重测序分析获得9000个SNP的数据集,开发了覆盖芥菜全基因组的111个KASP标记。在对187份不同类型芥菜种质资源分子标记和表型分析的基础上,剔除了21份基因型重复,表型高度相似的材料。基于“用最少标记区分最多品种... 利用由588份芥菜材料重测序分析获得9000个SNP的数据集,开发了覆盖芥菜全基因组的111个KASP标记。在对187份不同类型芥菜种质资源分子标记和表型分析的基础上,剔除了21份基因型重复,表型高度相似的材料。基于“用最少标记区分最多品种”的原则,筛选出61个能够用于芥菜材料鉴定的KASP标记,利用这些标记的分型数据,构建了芥菜的基因型数字编码——指纹码;同时,对芥菜生产上重要的形态学性状(叶色、叶形、叶缘缺刻、包心情况、株高和膨大部位)进行调查,结合芥菜类型信息,构建了芥菜的表型数字编码——性状码。综合指纹码和性状码,构建166份芥菜材料的分子身份证二维码,为芥菜种质资源和品种的数字化管理奠定了重要基础。 展开更多
关键词 芥菜 种质资源 KASP标记 指纹图谱 分子身份证
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G3BP1基因在鸡肌内前脂肪细胞增殖与分化中的作用及其分子标记鉴定 被引量：1
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作者 李远方 吴冉 +6 位作者 李帅浩 魏千然 王亚东 王丹丹 李智 李国喜 刘翘铭 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期159-167,共9页
旨在利用721只固始鸡F2代鸡群,鉴定影响肌内脂肪沉积的候选基因G3BP1的SNPs位点,用于肉质性状的分子标记开发,并利用固始鸡肌内前脂肪细胞深入探究其功能。本研究首先鉴定了G3BP1基因上的SNPs位点,发现3个突变位点处于强连锁不平衡状态... 旨在利用721只固始鸡F2代鸡群,鉴定影响肌内脂肪沉积的候选基因G3BP1的SNPs位点,用于肉质性状的分子标记开发,并利用固始鸡肌内前脂肪细胞深入探究其功能。本研究首先鉴定了G3BP1基因上的SNPs位点,发现3个突变位点处于强连锁不平衡状态,尤其是13588667G>A位点的不同基因型与固始鸡F_2资源群的皮脂、皮脂率和肌内脂肪等肉质性状显著相关(P<0.05)。因此,G3BP1基因13588667G>A位点可以作为影响肌内脂肪沉积的一个重要的分子标记。此外,本研究利用qRT-PCR、CCK-8、流式细胞术、甘油三酯含量测定和油红O染色等方法,评价了G3BP1基因对固始鸡肌内前脂肪细胞增殖与分化的影响。结果表明,过表达G3BP1后,肌内前脂肪细胞中增殖标志基因CDK1、CCNB2、PCNA和CCND1表达水平均极显著上升(P<0.001),并显著促进了细胞周期进程。过表达G3BP1后也显著促进了肌内前脂肪细胞分化标志基因LPL的表达(P<0.05),极显著促进了CEBPA的表达(P<0.001),肌内前脂肪细胞内脂滴生成和甘油三酯含量也极显著增加(P<0.01)。本研究明确了G3BP1在促进肌内前脂肪细胞增殖与脂肪细胞生成中的作用,并鉴定了影响肌内脂肪沉积的分子标记,为我国优质肉鸡培育提供重要的理论依据和应用价值。 展开更多
关键词 固始鸡 肌内脂肪 G3BP1 分子标记
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