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重楼δ-双分病毒1号的首次报道及其近全长基因组序列分析
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作者 穆爱秋 何鹏 +4 位作者 向秋利 杨韵琪 廖然倩 李凡 兰平秀 《云南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第3期20-27,共8页
【目的】明确在滇重楼(Paris yunnanensis)上发现的双分病毒科(Partitiviridae)δ-双分病毒属(Deltapartitivirus)新成员的分类地位及其发生情况。【方法】采用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)技术,对2020年采自云南省丽江... 【目的】明确在滇重楼(Paris yunnanensis)上发现的双分病毒科(Partitiviridae)δ-双分病毒属(Deltapartitivirus)新成员的分类地位及其发生情况。【方法】采用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)技术,对2020年采自云南省丽江市疑似病毒病感染的滇重楼叶片样品进行检测,获取疑似δ-双分病毒属新成员的近全长基因组序列,并将其暂时命名为Paris deltapartitivirus 1(ParDPV1)。利用RT-PCR技术对ParDPV1进行扩增,并基于核苷酸和氨基酸序列一致性、CP和RdRp的系统发育分析,验证其分类地位。通过对2020年、2023年和2024年采集的798份样品进行检测,评估ParDPV1在田间的发生情况。【结果】从表现为轻度斑驳的滇重楼叶片中获得1570 bp(dsRNA1)和1522 bp(dsRNA2)的ParDPV1近全长基因组序列。序列分析显示这2个片段分别编码病毒的RdRp和CP,与δ-双分病毒属成员RdRp和CP的氨基酸一致性分别为34.80%~62.18%和17.51%~29.19%,均显著低于该属新病毒的分类标准(RdRp氨基酸一致性≤90%,CP氨基酸一致性≤80%)。基于RdRp和CP氨基酸序列构建的系统进化树显示:ParDPV1与δ-双分病毒属成员聚为一支。在798份样品的RT-PCR检测中,仅在3份无明显症状或表现轻度斑驳的样品中检测到ParDPV1的侵染。【结论】ParDPV1为δ-双分病毒属未经报道的成员,在田间仅零星发生,不引起或仅引起感病植株较轻的症状。建议Paris deltapartitivirus 1(ParDPV1)为该病毒的通用名,Deltapartitivirus paris为病毒的种名。 展开更多
关键词 滇重楼 病毒病害 重楼δ-双分病毒1 序列分析 种类鉴定
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湖羊Lrh-1基因cDNA序列及组织表达谱分析 被引量:4
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作者 王利红 高勤学 +1 位作者 张伟 王锋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1360-1368,共9页
本研究以湖羊肝脏为材料对肝受体类似物-1(Liver receptor homolog-1,Lrh-1;NR5A2)基因序列进行RT-PCR和RACE测定,并用DNAman、Tmpred、Signal P 3.0、Expasy等生物信息学分析软件和在线工具,对Lrh-1cDNA序列及其蛋白的理化特性、跨膜... 本研究以湖羊肝脏为材料对肝受体类似物-1(Liver receptor homolog-1,Lrh-1;NR5A2)基因序列进行RT-PCR和RACE测定,并用DNAman、Tmpred、Signal P 3.0、Expasy等生物信息学分析软件和在线工具,对Lrh-1cDNA序列及其蛋白的理化特性、跨膜结构、信号肽和二级结构进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR方法检测湖羊Lrh-1基因的组织表达谱。结果表明,湖羊Lrh-1基因cDNA序列全长1 488bp,与牛的核酸序列相似度最高,为98%,编码区共编码495个氨基酸,氨基酸序列与牛、人、马、猴、犬、小鼠、褐鼠的氨基酸同源性分别为98%、97%、96%、97%、97%、86%和86%;Lrh-1mRNA在湖羊脑、消化及生殖系统组织中均有表达且具有组织特异性,其中在下丘脑组织中的表达量相对最高。 展开更多
关键词 湖羊 肝受体类似物-1(Lrh-1) RACE 序列分析 组织表达
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马鹿β-防御素-1cDNA全长克隆、序列信息及表达分析 被引量:3
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作者 田巧珍 金鑫 +4 位作者 张曼 蔡硕 刘骄 王云鹤 杨银凤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期225-234,共10页
为了研究马鹿β-防御素-1(Red deerβ-defensin-1,redBD-1)基因的结构与功能,揭示该基因的组织表达规律。本研究利用PCR结合RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从马鹿舌黏膜中克隆redBD-1基因的cDNA全长序列并对其进行了生物... 为了研究马鹿β-防御素-1(Red deerβ-defensin-1,redBD-1)基因的结构与功能,揭示该基因的组织表达规律。本研究利用PCR结合RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从马鹿舌黏膜中克隆redBD-1基因的cDNA全长序列并对其进行了生物信息学分析,同时采用Real-time quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测该基因在各组织的表达情况。结果表明,redBD-1基因的cDNA全长序列为455bp,开放阅读框(ORF)为192bp,编码64个氨基酸。生物信息学分析表明,redBD-1蛋白的理论分子量为6.94ku,有10个带正电荷的氨基酸残基,无带负电荷的氨基酸残基,理论等电点为10.85。预测redBD-1蛋白有一个分泌信号肽结构,无跨膜区,主要在细胞外发挥生理功能;6个保守的半胱氨酸残基分别以Cys1-Cys5、Cys2-Cys4和Cys3-Cys6连接形成3个分子内二硫键;成熟蛋白的三级结构是由β-折叠、延伸和无规则卷曲构成。redBD-1基因编码的氨基酸序列同源性最高的是梅花鹿β-防御素(siBD-1)为98.4%,其次是水牛肠β-防御素(BEBD)为92.2%,与人β-防御素-2(HBD-2)同源性最低仅为35.9%。RT-qPCR结果得出,redBD-1在被检器官中均有表达,在消化系统、呼吸系统以及生殖系统的大部分器官表达量较高,肝、肾和脾等实质性器官表达量相对较低。本试验为今后深入研究防御素基因功能以及马鹿黏膜免疫系统提供理论依据。 展开更多
关键词 马鹿β-防御素-1 RACE 基因克隆 序列分析 定量表达
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牦牛α_1-珠蛋白基因的克隆和序列分析 被引量:2
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作者 袁青妍 黄治国 +2 位作者 谢庄 殷甫路 赵永华 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期134-137,共4页
根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编... 根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较,发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.71%和98.58%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96.03%、95.57%、68.55%和51.13%;氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.29%和96.45%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92.90%、91.49%、87.23%和87.23%,说明牛亚科α-珠蛋白基因在进化上高度保守。同时发现第254位的碱基A为牦牛α1-珠蛋白基因所特有。牦牛的两个α-珠蛋白基因长度相等,都为706 bp,且间距为2.47 kb,距离比山羊的远。 展开更多
关键词 牦牛 α1-珠蛋白基因 序列分析
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HIV-1基因限制性显示片段的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 李凌 马文丽 +3 位作者 宋艳斌 吴清华 郭秋野 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2001年第11期815-818,共4页
目的 克隆并分析经限制性显示-聚合酶链反应(RD-PCR)扩增的HIV-1基因片段。方法 将所有HIV-1基因片段 分成10组并进行RD-PCR扩增,纯化各组PCR产物后将之克隆至T载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取... 目的 克隆并分析经限制性显示-聚合酶链反应(RD-PCR)扩增的HIV-1基因片段。方法 将所有HIV-1基因片段 分成10组并进行RD-PCR扩增,纯化各组PCR产物后将之克隆至T载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取质粒,扩 增靶片段并测序。结果 序列分析表明,所扩增的片段均属于HIV基因。结论 改良了一种多片段的克隆及鉴定方法并 用于限制性显示扩增片段的克隆。 展开更多
关键词 HIV-1 基因片段 克隆 序列分析 限制性显示-聚合酶链反应 艾滋病
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Balb/C小鼠金属硫蛋白-1 cDNA的克隆及序列分析 被引量:1
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作者 林琳 丁文勇 赵宝昌 《吉林大学自然科学学报》 CSCD 北大核心 2001年第1期85-87,共3页
以 RNA一步提取法 ,采用 RT-PCR技术成功地将 Balb/ C小鼠金属硫蛋白 -1 c DNA基因片段克隆于质粒 p UC-1 9上 ,并对克隆片段 c
关键词 BALB/C小鼠 逆转录聚合梅链式反应 序列分析 基因克隆 核苷酸 RT-PCR技术 金属硫蛋白-1CDNA
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鸡β-防御素Gal-1 cDNA的克隆及序列分析 被引量:1
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作者 吴静 李玉峰 +3 位作者 黄兵 马秀丽 李峰 宋敏训 《家禽科学》 2006年第12期11-14,共4页
利用细胞总RNA提取试剂盒,从1月龄SPF鸡白细胞中分离提取总RNA,经过反转录PCR(RT-PCR)扩增出鸡β-防御素(Gal-1)cDNA片段。PCR产物经凝胶回收纯化后与pMD18-T载体连接,转化感受态JM109细胞,在含X-gal、IPTG的LB平板上筛选阳性克隆,经菌... 利用细胞总RNA提取试剂盒,从1月龄SPF鸡白细胞中分离提取总RNA,经过反转录PCR(RT-PCR)扩增出鸡β-防御素(Gal-1)cDNA片段。PCR产物经凝胶回收纯化后与pMD18-T载体连接,转化感受态JM109细胞,在含X-gal、IPTG的LB平板上筛选阳性克隆,经菌落PCR与质粒限制性酶切鉴定后,对目的片段进行测序。结果表明RT-PCR扩增出的cDNA片段ORF大小为198bp,用Blast程序进行检索比较表明该序列与Genbank中发表的鸡Gal-1 cDNA编码区序列同源性高达99.5%。该cDNA序列编码65个氨基酸,包括信号肽、前片段和成熟肽,成熟肽由40个氨基酸残基组成。 展开更多
关键词 β-防御素1(Gal-1) 基因克隆 序列分析
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绵羊TTF-1基因分子克隆及序列分析 被引量:1
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作者 韩芬霞 张利平 +2 位作者 吴建平 万红玲 李丽娟 《湖南农业科学》 2009年第1期131-133,共3页
以经产小尾寒羊母羊基因组DNA为模板,利用特异性引物对P1和P2对绵羊甲状腺转录因子-1(TTF-1)基因进行扩增,克隆入pGEM-T载体,转化后挑取阳性克隆进行酶切与测序鉴定,并对获得的TTF-1基因序列及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结... 以经产小尾寒羊母羊基因组DNA为模板,利用特异性引物对P1和P2对绵羊甲状腺转录因子-1(TTF-1)基因进行扩增,克隆入pGEM-T载体,转化后挑取阳性克隆进行酶切与测序鉴定,并对获得的TTF-1基因序列及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,扩增的绵羊TTF-1基因序列长度为1459bp,包括部分外显子1、外显子2序列以及内含子,共编码174个氨基酸。该基因与GeneBank报道牛、狗、猪、人、和小鼠的基因序列同源性分别为98.7%、98.3%、97.5%、96.6%和96.6%,内含子与猪、人、鼠的内含子同源性为83.7%、74.9%和59.5%。 展开更多
关键词 绵羊 甲状腺转录因子-1基因 分子克隆 序列分析
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犬源贾第虫EF1α基因的克隆及序列分析
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作者 李结 王培园 +4 位作者 张萍 刘远佳 郭建超 孟祥龙 李国清 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第1期53-56,共4页
以广州某宠物医院临床犬源贾第虫为研究对象,根据GenBank TM中登录的贾第虫EF1α基因序列(AF069575),设计1对引物EF/ER,采用PCR方法从贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段,纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对其进... 以广州某宠物医院临床犬源贾第虫为研究对象,根据GenBank TM中登录的贾第虫EF1α基因序列(AF069575),设计1对引物EF/ER,采用PCR方法从贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段,纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对其进行序列测定及分析,旨在对广州犬源贾第虫进行分子鉴定。结果显示,该犬源贾第虫EF1α序列长为288bp,与预期目的片段一致,该序列构建的分子进化树表明该犬源贾第虫分离株为蓝氏贾第虫D型。说明EF1α适合做分子标记,可准确地对贾第虫进行基因分型,为贾第虫分子分类学及分子遗传学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 犬源贾第虫 ef1α基因 克隆 PCR技术 序列分析
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人共刺激分子B7-1/CD80胞外编码区cDNA的克隆及序列分析
10
作者 杨章民 张进安 +1 位作者 王剑利 司履生 《陕西师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期101-103,共3页
用RT PCR法从人外周血单核细胞克隆了编码共刺激分子B7 1 /CD80胞外区的cDNA ,并用Sanger链终止法进行测序 .结果表明 ,所获cDNA片段的序列与GenBank中已报道的人B7 1 /CD80cDNA序列的对应部分仅有两个碱基存在差异( 6 58位A→T ,773位A... 用RT PCR法从人外周血单核细胞克隆了编码共刺激分子B7 1 /CD80胞外区的cDNA ,并用Sanger链终止法进行测序 .结果表明 ,所获cDNA片段的序列与GenBank中已报道的人B7 1 /CD80cDNA序列的对应部分仅有两个碱基存在差异( 6 58位A→T ,773位A→G) ,这为探讨B7 1 展开更多
关键词 人共刺激分子 B7-1/CD80 胞外编码区 CDNA 序列分析 RT-PCR法 基因克隆 免疫球蛋白
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B型产气荚膜梭菌C58-1株ε毒素基因序列分析与可溶性表达
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作者 林初文 张松林 +3 位作者 刘磊 马永彪 沈志强 韩文瑜 《动物医学进展》 北大核心 2015年第5期29-32,共4页
利用PCR技术从B型产气荚膜梭菌扩增出ε毒素基因,然后用限制性核酸内切酶BamHⅠ和SalⅠ对其进行酶切,回收984bp的ε毒素基因片段,将其定向克隆在载体PET-32a中,获得重组质粒pETε984。将pETε984转化至受体菌BL21(DE3)中。重组菌株经IPT... 利用PCR技术从B型产气荚膜梭菌扩增出ε毒素基因,然后用限制性核酸内切酶BamHⅠ和SalⅠ对其进行酶切,回收984bp的ε毒素基因片段,将其定向克隆在载体PET-32a中,获得重组质粒pETε984。将pETε984转化至受体菌BL21(DE3)中。重组菌株经IPTG诱导后,其表达产物经SDS-PACE分析。结果表明,重组目的蛋白在大肠埃希菌成功表达,融合蛋白大小为51ku,存在于细菌培养上清中,可溶性蛋白占菌体总蛋白相对含量的67.8%。序列分析表明C58-1株ε毒素蛋白序列与目前公布的所有B型和D型产气荚膜梭菌同源性均在99.7%以上,但ε毒素蛋白序列第321位出现了S→Y突变。研究结果为ε毒素蛋白的亚单位疫苗研究奠定了基础。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌B型C58-1 ε毒素基因 表达 序列分析
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鹅Caspase-1基因的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 刘文俊 邱金辉 +3 位作者 阳佑天 黄运茂 许丹宁 田允波 《广东农业科学》 CAS 2017年第12期144-150,共7页
为系统了解鹅炎症系统,用Trizol法提取马岗鹅脾脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了马岗鹅Caspase-1基因并进行了系统的生物信息学分析。测序结果显示,go-Caspase-1基因完整ORF区长813 bp,编码270个氨基酸(Gen Bank序列号为MG463109)... 为系统了解鹅炎症系统,用Trizol法提取马岗鹅脾脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了马岗鹅Caspase-1基因并进行了系统的生物信息学分析。测序结果显示,go-Caspase-1基因完整ORF区长813 bp,编码270个氨基酸(Gen Bank序列号为MG463109)。同源性分析显示,go-Caspase-1基因序列与鸭、鸡等禽类的同源性较高,与其他物种的差异较大。蛋白质功能结构域分析显示,不同物种间Caspase-1蛋白的Caspase结构域高度相似。蛋白三维结构预测比较显示,go-Caspase-1蛋白空间结构与鸡和人的Caspase-1主体结构相似。 展开更多
关键词 半胱氨酸蛋白酶-1 基因克隆 序列分析 同源性分析 分子进化
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落叶松-杨栅锈菌MlpNHA1-like基因的克隆及序列分析 被引量:1
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作者 刘亦菲 杨冰 +2 位作者 周显臻 李嘉雯 于丹 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期129-134,共6页
落叶松-杨栅锈菌引起的杨树叶锈病是杨树的一种重要病害。通过系统发育分析和序列相似性比对确定落叶松-杨栅锈菌标准菌株基因ID 45128为酿酒酵母NHA1直系同源基因以及基因ID 116278为NHA1相关基因,分别命名为MlpNHA1和MlpNHA1-like。... 落叶松-杨栅锈菌引起的杨树叶锈病是杨树的一种重要病害。通过系统发育分析和序列相似性比对确定落叶松-杨栅锈菌标准菌株基因ID 45128为酿酒酵母NHA1直系同源基因以及基因ID 116278为NHA1相关基因,分别命名为MlpNHA1和MlpNHA1-like。以夏孢子cDNA为模板,运用RT-PCR技术,同源克隆获得中国菌株MlpNHA1-like基因的ORF片段,即MlpNHA1-like(wh03),长度为1545 bp,编码514个氨基酸。结果表明,生物信息学预测分析显示MlpNHA1-like(wh03)蛋白具有与酿酒酵母NHA1蛋白相同的保守结构域c_cpa1,且同样具有系列疏水跨膜结构,亚细胞定位预测结果表明目的蛋白分布在质膜区域。通过克隆落叶松-杨栅锈菌中国菌株MlpNHA1-like基因并开展序列分析,为解析该锈菌MlpHOG1蛋白介导通路在病原菌侵染致病及响应外界胁迫中的作用提供帮助。 展开更多
关键词 落叶松-杨栅锈菌 NHA1基因 同源克隆 序列分析
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棉花GhFAD2-1基因5’UTR内含子的克隆与序列分析
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作者 孙亮 文凤 +2 位作者 刘峰 张新宇 孙杰 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期1-8,共8页
【目的】对棉花^(Δ12)-油酸去饱和酶基因Gh FAD2-1 5'UTR区的内含子进行克隆和序列分析,为研究Gh FAD2-1的表达调控奠定基础。【方法】利用5'RACE技术,克隆Gh FAD2-1的5'UTR序列,结合棉花基因组序列,克隆Gh FAD2-1 5'... 【目的】对棉花^(Δ12)-油酸去饱和酶基因Gh FAD2-1 5'UTR区的内含子进行克隆和序列分析,为研究Gh FAD2-1的表达调控奠定基础。【方法】利用5'RACE技术,克隆Gh FAD2-1的5'UTR序列,结合棉花基因组序列,克隆Gh FAD2-1 5'UTR内含子,并利用PLACE等生物信息学软件对其顺式作用原件进行分析。【结果】棉花A、D基因组的Gh FAD2-1 5'UTR中各含一内含子序列,全长分别为1 103 bp、1 111 bp;Gh FAD2-1成熟mRNA的5'UTR为77bp,转录的起点碱基为T;5'UTR内含子两个剪切位点分别AA-GG、CA-GC。该内含子包括一些典型的与光响应相关的作用元件,以及与激素和胁迫因素相关的应答元件等。【结论】克隆获得了棉花A、D基因组的Gh FAD2-1基因5'UTR内含子序列;明确其转录的起点碱基及5'UTR内含子的剪切位点,为进一步在分子水平上研究Gh FAD2-1功能及其表达调控规律,为植物的遗传改良奠定了基础。 展开更多
关键词 棉花 GhFAD2-1基因 5'UTR内含子 克隆 序列分析
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日本蟾蜍MCL-1 cDNA的克隆及生物信息学分析 被引量:6
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作者 张姝芳 袁进强 +3 位作者 黄慧 诸葛慧 徐跃 杨仙玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期179-184,共6页
克隆日本蟾蜍(Bufo japonicus formosus)髓细胞白血病基因-1(myeloid cell leukemia-1,mcl-1),并进行序列分析。通过菌落PCR对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库筛选获得目的基因。运用生物信息学方法对该基因进行分析,预测其编码蛋白的结构和... 克隆日本蟾蜍(Bufo japonicus formosus)髓细胞白血病基因-1(myeloid cell leukemia-1,mcl-1),并进行序列分析。通过菌落PCR对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库筛选获得目的基因。运用生物信息学方法对该基因进行分析,预测其编码蛋白的结构和功能。序列分析表明mcl-1基因(GenBank登录号为JX219482)的cDNA全长为1 090 bp,5′端和3′端非翻译区域分别为19bp和432 bp,ORF由639个碱基组成,编码由212个氨基酸残基组成的蛋白质。经氨基酸序列同源性比对发现,日本蟾蜍与非洲爪蟾(Xenopus laevis)的同源性为60%,与其他7种动物的同源性在38%-55%之间。MCL-1氨基酸序列构建的进化树与传统动物分类学相符。日本蟾蜍MCL-1与人类同源蛋白具有相似的结构特征,对其cDNA序列的进一步分析,将为研究其生物学功能和药物研发奠定基础。 展开更多
关键词 日本蟾蜍 髓细胞白血病基因-1 基因克隆 序列分析
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茶树1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因CsDXS1的克隆与表达分析 被引量:8
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作者 郭亚飞 王君雅 +1 位作者 郭飞 倪德江 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期144-152,共9页
1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,DXS)是MEP萜类合成途径的第一个关键酶,在植物萜类物质的生物合成过程中发挥重要的作用。以福鼎大白茶为实验材料,在课题组前期转录组数据的基础上,运用RT-PCR... 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,DXS)是MEP萜类合成途径的第一个关键酶,在植物萜类物质的生物合成过程中发挥重要的作用。以福鼎大白茶为实验材料,在课题组前期转录组数据的基础上,运用RT-PCR技术克隆了茶树Cs DXS1基因的完整开放阅读框(ORF)。该ORF长度为2 154 bp,编码717个氨基酸。生物信息学分析结果表明,茶树Cs DXS1蛋白与其他植物的同源蛋白相似性高达85%-90%,属于DXS基因家族的I类基因,该蛋白是不稳定的亲水蛋白,不存在信号肽和跨膜结构域,有15个可信度高的磷酸化位点,具有典型的转酮醇酶亚家族功能域。利用实时荧光定量PCR对Cs DXS1基因在茶树不同组织和不同激素处理下的表达谱进行检测,结果显示:不同组织中,Cs DXS1基因的表达水平在第三叶中最高,嫩叶中的表达量显著高于茎和老叶,表达水平从高到低依次为第三叶>第四叶>第二叶>第一叶>嫩茎>老茎>老叶。在不同激素处理中,Cs DXS1的表达量受到不同程度的诱导,且表达量峰值的出现时间存在差异。Cs DXS1在IAA和ABA激素处理下的表达量峰值最高(4 h),均为对照的1.5倍,在Me JA处理下表达量峰值最低(24 h),仅为对照的1.1倍。 展开更多
关键词 茶树 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 萜类化合物 序列分析 表达分析
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脂肪酸Bacillus pumilus羟基化调控基因fadD-like的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 王岩 沈锡权 +1 位作者 吴祖芳 张锐 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期66-70,共5页
利用短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的ω-1-羟基脂肪酸高产突变菌株M-F641、M-F81、M-F8272及B.pumilus20075的总DNA为模板,通过Primer Premier5.0软件设计引物,对决定长链脂肪酸无效降解途径中的关键酶基因fadD-like基因进行克隆,得到... 利用短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的ω-1-羟基脂肪酸高产突变菌株M-F641、M-F81、M-F8272及B.pumilus20075的总DNA为模板,通过Primer Premier5.0软件设计引物,对决定长链脂肪酸无效降解途径中的关键酶基因fadD-like基因进行克隆,得到4条长约1 720 bp的fadD-like基因全序列;利用MEGA3.1、DNAStar等软件进行序列分析结合脂酰辅酶A合成酶系统进化分析,结果表明其与fadD基因具有较高的相似性,克隆得到的核苷酸为编码脂酰辅酶A合成酶的fadD基因序列;研究结果为长链脂肪酸高效转化生产ω-1-羟基脂肪酸提供基础。 展开更多
关键词 短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus) ω-1、ω-2、ω-3-羟基脂肪酸 fadD基因 序列分析
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丝羽乌骨鸡β-防御素基因的克隆和序列分析 被引量:2
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作者 张祥斌 谢青梅 +4 位作者 马静云 陈燕珊 冀君 陈俊伟 毕英佐 《广东畜牧兽医科技》 2008年第4期22-24,44,共4页
用设计的特异性引物,采用RT-PCR技术特异性地扩增到丝羽乌骨鸡β-防御素基因Gal-1(Gallinacin-1),Gal-1(a)(Gallinacin-1(a)),Gal-2(Gallinacin-2),Gal-4(Gallinacin-4)~Gal-13(Gallinacin-13)基因共13个基因编码区全长片段。通过克隆... 用设计的特异性引物,采用RT-PCR技术特异性地扩增到丝羽乌骨鸡β-防御素基因Gal-1(Gallinacin-1),Gal-1(a)(Gallinacin-1(a)),Gal-2(Gallinacin-2),Gal-4(Gallinacin-4)~Gal-13(Gallinacin-13)基因共13个基因编码区全长片段。通过克隆、测序获得13个基因的cDNA核苷酸序列,并提交到GenBank,丝羽乌骨鸡β-防御素Gal-1,Gal-1(a),Gal-2,Gal-4~Gal-13基因的登录号为:DQ677632 ̄DQ677644。将丝羽乌骨鸡13种β-防御素Gal-1~Gal-13基因分别与GenBank中收录的防御素基因比对分析,其氨基酸序列的相似性均在95.5%~100%之间。利用DNAStar软件对所获得的13种丝羽乌骨鸡β-防御素基因进行系统发育树分析,结果Gal-1、5、12在同一分支上,Gal-1(a)、4、8在同一分支上,Gal-1、2、9在同一分支,Gal-6、7在同一分支,Gal-13独在一分支上。 展开更多
关键词 丝羽乌骨鸡 Β-防御素 Gal-1~Gal-13基因 序列分析
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藏羚羊血红素氧合酶-1基因编码区的克隆及序列分析
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作者 曹学锋 杨应忠 +2 位作者 马兰 马燕 格日力 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1461-1465,共5页
目的:克隆藏羚羊血红素氧合酶-1基因编码区,并进行序列分析。方法:从藏羚羊肝组织中提取总RNA,利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增出血红素氧合酶-1(HO-1)基因编码区cDNA片段,与载体连接构建重组质粒,经转化、扩增培养、鉴定后测序... 目的:克隆藏羚羊血红素氧合酶-1基因编码区,并进行序列分析。方法:从藏羚羊肝组织中提取总RNA,利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增出血红素氧合酶-1(HO-1)基因编码区cDNA片段,与载体连接构建重组质粒,经转化、扩增培养、鉴定后测序,测序结果利用生物信息学的方法进行分析。结果:藏羚羊HO-1基因编码区长度为897,编码298个氨基酸(GenBank登录号为:JQ809687);序列分析表明,藏羚羊HO-1基因的编码区序列与脊椎动物山羊和牛的相似性分别达到98%和96%,氨基酸序列相似性分别达到92%和97%,与其它脊椎动物HO-1基因的核苷酸及氨基酸序列相似性达到86%和87%以上,显示出高度保守性。构建的基于氨基酸序列的分子系统进化树聚类结果表明,藏羚羊与山羊的进化距离最近。结论:本研究成功地克隆出藏羚羊HO-1基因编码区序列,为从低氧细胞保护角度探讨青藏高原土著物种适应高原的分子生物学机制研究提供实验依据。 展开更多
关键词 藏羚羊 血红素氧合酶-1 低氧适应 cDNA克隆 序列分析
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多鳞[鱼喜]fih-1基因克隆及其低氧胁迫的mRNA表达
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作者 黄志棚 林星桦 +7 位作者 王耀嵘 江东能 陈华谱 邓思平 朱春华 李广丽 黄洋 田昌绪 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期744-748,共5页
为研究多鳞[鱼喜](Sillago sihama)低氧诱导因子抑制因子-1(factor inhibiting hypoxia inducible factor 1,fih-1)在低氧胁迫后的表达机制,实验通过PCR扩增技术克隆出多鳞[鱼喜]fih-1基因cDNA全长1280 bp,开放阅读框(ORF)1065 bp,编码... 为研究多鳞[鱼喜](Sillago sihama)低氧诱导因子抑制因子-1(factor inhibiting hypoxia inducible factor 1,fih-1)在低氧胁迫后的表达机制,实验通过PCR扩增技术克隆出多鳞[鱼喜]fih-1基因cDNA全长1280 bp,开放阅读框(ORF)1065 bp,编码353个氨基酸,具有JmjC保守结构域。多序列比对与聚类分析显示,多鳞[鱼喜]与大黄鱼和尖吻鲈的亲缘关系最近,与哺乳动物、两栖类和禽类的亲缘关系较远。fih-1基因mRNA在多鳞[鱼喜]多个组织中有不同表达,在精巢、卵巢和肌肉中的表达水平最高,在鳃、心脏和肝脏组织表达水平较高,在脑组织的表达水平较低。实时荧光定量PCR分析fih-1基因在低氧胁迫处理前后鳃和心脏组织中mRNA的表达情况,结果显示fih-1基因在两个组织均随低氧胁迫处理时间延长表达量显著升高(P<0.05)。研究表明fih-1基因在多鳞[鱼喜]低氧信号传导通路中扮演重要角色,为开展并解释多鳞[鱼喜]低氧胁迫遗传机制提供候选基因。 展开更多
关键词 多鳞[鱼喜] 低氧诱导因子抑制因子-1 低氧胁迫 克隆表达 序列分析
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