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高丹草超低氢氰酸含量ISSR特征片段的克隆及序列分析 被引量:6
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作者 周亚星 于肖夏 +1 位作者 于卓 李造哲 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2012年第6期75-80,共6页
为明确高丹草超低氢氰酸含量ISSR特征片段的DNA分子特征,以散穂高粱×黑壳苏丹草杂种F2的3个超低氢氰酸含量ISSR特征片段H-1、H-2、H-3和散穂高粱×白壳苏丹草杂种F2的3个超低氢氰酸含量ISSR特征片段B-1、B-2、B-3为材料,对6个... 为明确高丹草超低氢氰酸含量ISSR特征片段的DNA分子特征,以散穂高粱×黑壳苏丹草杂种F2的3个超低氢氰酸含量ISSR特征片段H-1、H-2、H-3和散穂高粱×白壳苏丹草杂种F2的3个超低氢氰酸含量ISSR特征片段B-1、B-2、B-3为材料,对6个不同的ISSR特征片段进行了克隆和测序分析。结果表明:克隆的特征片段H-1序列全长为1377bp,序列包含1个357bp的完整编码区(ORF),位于743~1099bp区域,共编码119个氨基酸,片段与小麦亚种蛋白b的同源性为60%。片段H-2序列全长2268bp,序列包含1个279bp的ORF,位于735~1013bp区域,共编码93个氨基酸,片段与高粱假设蛋白SORBIDRAFT_05g027190同源性为63.9%,与水稻粳稻组假设蛋白OsJ_07776同源性为62%。片段H-3序列全长2614bp,序列包含1个339bp的ORF,位于1024~1362bp区域,共编码113个氨基酸。片段B-1序列全长1432bp,序列包含1个300bp的ORF,位于700~999bp区域,共编码100个氨基酸。片段B-2序列全长1363bp,序列包含1个228bp的ORF,位于603~830bp区域,共编码76个氨基酸。片段B-3序列全长2751bp,序列包含1个186bp的ORF,位于2534~2719bp区域,共编码62个氨基酸。片段H-3、B-1、B-2、B-3与现有已知的植物碱基序列和氨基酸序列没有同源性,可能是与高丹草超低氢氰酸含量关系更为密切的DNA新序列。 展开更多
关键词 高丹草 超低氢氰酸含量 issr特征dna片段 克隆 测序
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DNA片段拼接中基于定长特征子串的重复序列信息屏蔽方法 被引量:4
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作者 张博锋 王正华 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第6期67-70,共4页
包含重复序列(repeats)的DNA序列的重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。在考虑片段数据所隐含的位置信息的基础上,提出了一种基于定长特征子串的屏蔽片段数据中重复序列信息的方法,即在进行序列相互比对前利用独特子串标识... 包含重复序列(repeats)的DNA序列的重构是大规模DNA片段拼接所面临的实际困难之一。在考虑片段数据所隐含的位置信息的基础上,提出了一种基于定长特征子串的屏蔽片段数据中重复序列信息的方法,即在进行序列相互比对前利用独特子串标识大多数片段,从而减少可能的错误重叠,讨论了方法中几个参数的确定问题并用计算结果说明了方法的有效性。 展开更多
关键词 重复序列 信息屏蔽 生物信息学 片段拼接 重复片段 定长特征子串 dna序列
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人衰老相关DNA片段的筛选及特征分析 被引量:1
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作者 杨东丽 刘新文 +1 位作者 张宗玉 童坦君 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期167-170,共4页
目的 :探索衰老相关新基因。方法 :采用RAPD法筛选衰老相关的DNA片段 ,采用Southernblot分析基因状态 ,Northernblot分析mRNA水平。结果 :筛选出衰老特异的DNA片段 ,长 894bp ,命名为sad。将sad片段克隆、测序 ,查询GenBank ,确认为一... 目的 :探索衰老相关新基因。方法 :采用RAPD法筛选衰老相关的DNA片段 ,采用Southernblot分析基因状态 ,Northernblot分析mRNA水平。结果 :筛选出衰老特异的DNA片段 ,长 894bp ,命名为sad。将sad片段克隆、测序 ,查询GenBank ,确认为一种新的衰老相关序列 ,基因登录号为AQ32 410 4。Southernblot分析表明 ,sad基因可能是一种单拷贝基因 ;sad在衰老 2BS细胞中的Southernblot图谱不同于年轻细胞 ,而与人胃癌细胞系BGC 82 3类似。Northernblot分析显示 ,sad基因具有表达活性 ,其RNA长约 0 .5kb ,相对水平在各代龄的细胞间差异无显著性。结论 :sad是一种新的与衰老相关的DNA片段 ,sad基因可能为单拷贝基因 ,具有表达活性。 展开更多
关键词 衰老 dna片段 筛选 特征 分析
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睾丸酮丛毛单胞菌的分离和鉴定及3α-羟类固醇脱氢酶在大肠杆菌中的克隆表达 被引量:2
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作者 张国华 丛爱日 +3 位作者 徐国宾 孙立颖 严岩 夏铁安 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期203-206,共4页
目的:从自然界中分离鉴定产 3α 羟类固醇脱氢酶(3α hydroxysteroiddehydrogenase, 3α HSD)的睾丸酮丛毛单胞菌,并在大肠杆菌(E.coli.)中克隆表达 3α HSD。方法:将池塘泥浆样品接种到以雄酮为唯一碳源的培养基中,对分离到的菌株根据... 目的:从自然界中分离鉴定产 3α 羟类固醇脱氢酶(3α hydroxysteroiddehydrogenase, 3α HSD)的睾丸酮丛毛单胞菌,并在大肠杆菌(E.coli.)中克隆表达 3α HSD。方法:将池塘泥浆样品接种到以雄酮为唯一碳源的培养基中,对分离到的菌株根据形态学和生理生化特征进行初步鉴定。为进一步鉴定该菌株,根据睾丸酮丛毛单胞菌中的 3α HSD的基因设计引物,PCR扩增细菌基因组DNA,将扩增片段插入到载体pET15b中,构建重组质粒pET15b,并在E.coli. BL21 (DE3 )pLysS中进行诱导表达,对表达得到的蛋白进行鉴定并测定其酶活力。结果:一系列生化反应和培养特征证实,该菌与睾丸酮丛毛单胞菌的符合率为 85%,最适生长pH值为 7. 0,最佳生长温度为 30℃。在E.coli. BL21 (DE3 )pLysS中经诱导表达得到了相对分子质量约为 29×103具有酶活性的融合蛋白,可催化雄酮(3α 羟类固醇)脱氢。结论:从池塘泥浆中分离到一株产 3α HSD的睾丸酮丛毛单胞菌,并在E.coli.中表达得到了具有酶活性的融合 3α HSD。这为利用金属螯和亲和层析纯化融合 3α HSD,并进一步建立以其为工具酶的血清总胆汁酸酶循环测定方法奠定了基础。 展开更多
关键词 睾丸酮丛毛单胞菌 3α-羟类固醇脱氢酶 克隆表达 大肠杆菌 基因组dna 相对分子质量 亲和层析纯化 诱导表达 PCR扩增 分离鉴定 初步鉴定 生化特征 设计引物 扩增片段 重组质粒 培养特征 生化反应 融合蛋白 测定方法 酶活性
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运用蛋白质组学研究三氧化二砷诱导K562细胞凋亡过程中核基质蛋白的变化
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作者 王子慧 于鼎 +1 位作者 郑杰 陈燕 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期163-166,共4页
目的:探讨三氧化二砷 (As2O3 )在体外对慢性粒细胞性白血病细胞系K562细胞核基质蛋白的影响。方法:用DNA梯度电泳观察As2O3 作用后K562细胞凋亡的情况。单向、双向电泳观察As2O3 对K562细胞核基质蛋白分布影响。结果: 2. 5μmol/LAs2O3... 目的:探讨三氧化二砷 (As2O3 )在体外对慢性粒细胞性白血病细胞系K562细胞核基质蛋白的影响。方法:用DNA梯度电泳观察As2O3 作用后K562细胞凋亡的情况。单向、双向电泳观察As2O3 对K562细胞核基质蛋白分布影响。结果: 2. 5μmol/LAs2O3 处理 72h后,DNA电泳已能检测到发生凋亡的K562细胞,但早在As2O3 处理 48h时, 即能观察到核基质蛋白分布的改变,此时尚不能观察到凋亡特征性的DNA片段梯形条带。双向电泳可检测出 200多个核基质蛋白点,其中约 18个点与As2O3 处理相关。结论:As2O3 对K562细胞的影响是时间和剂量依赖性的。双向电泳检测As2O3 对K562核基质蛋白分布的影响较DNA梯度电泳检测更为敏感。核基质蛋白成分可能是砷作用的靶蛋白,并且可能是药物发挥抗癌作用的关键点之一。 展开更多
关键词 K562细胞凋亡 蛋白质组学研 细胞核基质蛋白 砷诱导 As2O3 白血病细胞系 慢性粒细胞性 电泳观察 电泳检测 三氧化二砷 mol/L dna电泳 dna片段 剂量依赖性 72h后 双向电泳 蛋白成分 抗癌作用 分布 特征 靶蛋白 关键点
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具有5+12优质亚基节节麦的低分子量谷蛋白基因序列分析 被引量:7
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作者 黄卓 龙海 +2 位作者 颜泽洪 魏育明 郑有良 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期67-72,共6页
根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物,对具优质高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)5+12的节节麦材料AS63进行扩增,得到长度约为900bp和1000bp的DNA片段,克隆测序后获得3个LMW-GS基因序列LMWD-1(GenBank登录号AY841013)、... 根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物,对具优质高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)5+12的节节麦材料AS63进行扩增,得到长度约为900bp和1000bp的DNA片段,克隆测序后获得3个LMW-GS基因序列LMWD-1(GenBank登录号AY841013)、LMWD-2(GenBank登录号AY841014)和LMWD-3(GenBank登录号AY841015).它们具有小麦低分子量谷蛋白基因的典型结构特征.其中,LMWD-1和LMWD-2具有完整编码区,长度分别为1065 bp和972 bp,可分别编码333和302个氨基酸残基的成熟蛋白,且第一个半胱氨酸残基均出现在重复区第13位.在重复区,LMWD-1的两个疏水单元为PIIIL和PVIIL,而LMWD-2的两个疏水单元为PIIIL和SVIIL.LMWD-1的重复区中还存在一个连续13个Q组成的短肽.LMWD-3由于编码区内存在提前终止密码子,为不表达的假基因.氨基酸序列比较发现,LMW-GS基因的N-末端区序列具有位点特异性,且LMWD-1和LMWD-2与普通小麦Glu-D3位点的LMW-GS基因有很高的一致性. 展开更多
关键词 低分子量 基因序列分析 节节麦 优质亚基 LMW-GS基因 高分子量谷蛋白亚基 基因编码区 dna片段 氨基酸残基 终止密码子 位点特异性 序列设计 克隆测序 结构特征 蛋白基因 成熟蛋白 半胱氨酸 序列比较 普通小麦 登录 假基因
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猪瘟病毒疫苗株与欧洲田间野毒的鉴别 被引量:1
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作者 邱昌庆 《畜牧兽医科技信息》 1999年第7期7-8,共2页
瑞典学者S.Vilcek等建立了一种实用简便的方法,用于猪瘟病毒(SFV)疫苗株(分别来自法国、德国、匈牙利、波兰、捷克、日本和墨西哥)与欧洲田间野毒(分别来自荷兰、德国、意大利、英国、法国、比利时、匈牙利、斯洛维尼亚、波兰)的鉴别。... 瑞典学者S.Vilcek等建立了一种实用简便的方法,用于猪瘟病毒(SFV)疫苗株(分别来自法国、德国、匈牙利、波兰、捷克、日本和墨西哥)与欧洲田间野毒(分别来自荷兰、德国、意大利、英国、法国、比利时、匈牙利、斯洛维尼亚、波兰)的鉴别。他们的作法是:将SFV基因组5′-端非编码区(5′- 展开更多
关键词 猪瘟病毒 疫苗株 匈牙利 基因组 内切酶 特征性带 意大利 比利时 欧洲 dna片段
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