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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选 被引量：153
1
作者 余艳 陈海山 葛学军 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期15-19,共5页
以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 豆科 issr 引物筛选 沙冬青
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甜槠种群遗传多样性的简单重复序列区间初步分析 被引量：4
2
作者 金则新 李钧敏 潘冠琼 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期672-678,共7页
应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为9... 应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为98．02％．各种群多态位点百分率在60．40％～70．30％，平均为65．29％．甜槠物种水平的Shannon信息指数（I）为0．5322、Nei指数（h）为0．3597．各种群J平均为0．3635、h平均为0．2468．AMOVA分子差异分析表明，65．96％的变异存在于种群内，34．04％的变异存在于种群间，种群间的基因分化系数（GST）为0．3138．甜槠种群间的基因流（Nm）为1．0933．9个种群的平均遗传距离为0．1849，遗传距离与地理距离呈显著正相关．利用UPGMA法对9个种群进行聚类，结果显示浙江省内的8个种群聚成一类，庐山种群单独成一类． 展开更多
关键词 甜槠 遗传多样性 遗传分化 简单重复序列区间(issr)
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应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2
3
作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页
目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多
关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性
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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析
4
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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尖孢镰刀菌胡麻专化型(Fusarium oxysporum f.sp.lini)ISSR标记聚类分析 被引量：10
5
作者 苑琳 刘姗姗 +3 位作者 路福平 李子钦 张辉 陈佩文 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期193-200,共8页
结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12... 结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12条引物共扩增出800个条带,多态率条带数为797条,多态率为99.62%;在相似性系数为0.88处,96株供试菌株被分为5个类群。聚类结果表明,胡麻枯萎病菌种内存在明显的多态性,且ISSR类群与地理来源存在相关性。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌胡麻专化型 issr(简单重复序列区间) 聚类分析 ITS
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正交设计优化果梅ISSR反应体系 被引量：44
6
作者 桂腾琴 孙敏 +1 位作者 乔爱民 王心燕 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期108-112,共5页
以果梅（Prunus mume Sieb．et Zucc．）品种鸳鸯梅为试材，采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA，利用正交设计L16（4^5）探讨Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR—PCR反应的影响，正交试验的结果采用直观分析和... 以果梅（Prunus mume Sieb．et Zucc．）品种鸳鸯梅为试材，采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA，利用正交设计L16（4^5）探讨Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR—PCR反应的影响，正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了果梅的ISSR—PCR优化反应体系，在20μL反应体系中含2μL 10×Buffer，2．5mmol·L^-2 Mg^2＋，0．2mmol·L^-1 dNTPs，0．32μmol·L^-1引物，20—80ng模板DNA，0．75U Taq DNA聚合酶。在此基础上探讨了引物UBC840的最适退火温度、最佳循环次数及延伸时间，引物UBC840的最适退火温度为50．6℃。应用该优化反应体系，用2个不同引物对19份果梅资源DNA进行ISSR—PCR扩增，结果显示优化的反应体系具有较高的稳定性。 展开更多
关键词 果梅 简单序列重复区间(issr) 正交设计 反应体系
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石蒜属植物种质资源ISSR-PCR反应体系的建立 被引量：14
7
作者 张雷凡 高燕会 +3 位作者 朱玉球 刘志高 童再康 黄华宏 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期156-161,共6页
为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体... 为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体系:在20μL反应体系中,含1×Buffer,模板DNA 50 ng,2.5 mmol.L-1氯化镁(MgCl2),0.15 mmol.L-1dNTP,25.05 nkatTaq聚合酶,0.5μmol.L-1引物。进一步进行梯度退火试验,确定最适宜退火温度为57℃。 展开更多
关键词 植物学 石蒜属 简单序列重复区间(issr) 正交设计 PCR聚合酶链反应体系
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几种江蓠属海藻的ISSR标记分析 被引量：22
8
作者 孙雪 张学成 +4 位作者 茅云翔 刘金姐 隋正红 秦松 费修绠 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第9期89-93,共5页
用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条... 用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条可扩增出清晰可辨条带。这6条引物在7种材料中共扩增出151条带,其中117条(77.48％)表现出多态性。根据Nei等的遗传相似性系数(S)对7种材料进行分析,结果显示青岛产龙须菜与其选育种的相似性最高(S为0.939)。在3株不同产地龙须菜中,青岛龙须菜与南非龙须菜的遗传距离最近(S为0.643),委内瑞拉龙须菜与前两者的S分别为0.167和0.192,因此初步推断委内瑞拉龙须菜不属于龙须菜种。包括龙须菜(产自青岛或南非)在内的4种江蓠间的相似性系数在0～0.143之间。 展开更多
关键词 江蓠属海藻 龙须菜 issr标记 遗传多样性 遗传相似性 简单串联重复序列 DNA
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我国不同生态类型桑树地方品种遗传多样性的ISSR分析 被引量：17
9
作者 赵卫国 汪伟 +2 位作者 杨永华 黄勇平 潘一乐 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期1-5,共5页
利用ISSR分子标记评价了我国不同生态类型的66个桑树地方品种的遗传多样性。12个ISSR引物总扩增条带数为83条，其中50条为多态性条带，多态性比例为60．24％，平均PIC值为0．1469；平均遗传相似系数为0．8456，8个生态群体间的遗传相似... 利用ISSR分子标记评价了我国不同生态类型的66个桑树地方品种的遗传多样性。12个ISSR引物总扩增条带数为83条，其中50条为多态性条带，多态性比例为60．24％，平均PIC值为0．1469；平均遗传相似系数为0．8456，8个生态群体间的遗传相似系数变异范围为0．8441～0．9640，不同地方品种间的遗传多样性存在差异。根据ISSR标记遗传相似系数，按UPGMA法对66个地方桑树品种进行聚类分析，聚类结果与生态型有一定相关性。研究结果提示：保护不同生态类型的桑树群体，对丰富桑树种质资源具有重要意义。 展开更多
关键词 桑树 生态类型 地方品种 遗传差异 简单重复序列区间
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果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化 被引量：15
10
作者 桂腾琴 乔爱民 +2 位作者 孙敏 王心燕 孙雪梅 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期124-128,共5页
以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／... 以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／LMgCl2，0．2mmol／LdNTPs，0．32μmol／L引物，20～80ng模板DNA，1UTaq DNA聚合酶．利用优化的反应体系，对19个果梅品种进行体系稳定性检测，结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好． 展开更多
关键词 果梅 简单序列重复间区(issr) 反应体系优化 稳定性
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ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用 被引量：13
11
作者 申彦晶 严萍 +2 位作者 赵翾 庞启华 赵树进 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期128-132,共5页
采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例... 采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733-0.4213.ITS序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系. 展开更多
关键词 白木香 简单序列重复区间 转录间隔区 遗传变异
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11份山茶属植物亲缘关系的ISSR分析 被引量：18
12
作者 刘海龙 马锦林 +4 位作者 张日清 王东雪 覃子海 汪灵丹 叶航 《经济林研究》 北大核心 2012年第4期87-90,共4页
为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距... 为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.42时,11份山茶属植物可分为4类,第1类为5个普通油茶的无性系,即:湘林27、桂无5号、赣190、岑软2号和岑软24号;第2类为宛田红花油茶;第3类为陆川大果和博白大果油茶;第4类为香花油茶。根据研究结果可以推测香花油茶不属于普通油茶。 展开更多
关键词 山茶属 亲缘关系 简单重复序列区间(issr) 扩增多态性
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17份蔷薇属植物的亲缘关系的形态学和ISSR分析 被引量：9
13
作者 杨帆 曾丽 +5 位作者 叶康 赵子刚 张嫔 龚霄雯 尹勤 孙强 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期193-198,共6页
利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三... 利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三类,第一类包括‘宝岛玫瑰’、‘索菲之常花种’、‘凯拉伯爵夫人’、‘索菲的玫瑰’、‘藤神奇’、‘大富贵’、‘美人鱼’、‘金瓯泛绿’、‘金粉莲’和‘一季粉’;第二类包括‘绿萼’、‘湖中月’、‘羽士妆’、‘杨基歌’、‘四面镜’和‘匍匐红’;‘法国变色蔷薇’为第三类。根据ISSR聚类分析,在相似系数为0.66时可分为四类,第一类为‘宝岛玫瑰’;第二类为‘绿萼’、‘匍匐红’、‘凯拉伯爵夫人’、‘美人鱼’、‘四面镜’、‘湖中月’和‘羽士妆’;第三类为‘索菲的玫瑰’和‘杨基歌’;第四类为‘法国变色蔷薇’、‘金瓯泛绿’、‘藤神奇’、‘索菲之常花种’、‘一季粉’、‘大富贵’和‘金粉莲’。形态学聚类与ISSR聚类结果基本一致。 展开更多
关键词 蔷薇属 亲缘关系 简单重复序列区间扩增多态性(issr)
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应用ISSR技术分析苦瓜种质资源的多态性 被引量：13
14
作者 康建坂 朱海生 +3 位作者 李大忠 李永平 汪伟裁 温庆放 《福建农业学报》 CAS 2010年第5期597-601,共5页
运用ISSR分子标记,对48个苦瓜样品的遗传多样性进行研究。从96条随机引物中筛选出14条ISSR引物,共扩增出181条带,其中多态性谱带为113条,多态性比率为60.32%。聚类分析结果表明:48个苦瓜品种之间的遗传相似系数在0.685～0.865。
关键词 苦瓜 简单重复序列区间 遗传多样性 聚类分析
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云南疣粒野生稻34个居群遗传多样性的ISSR分析 被引量：10
15
作者 万亚涛 阿新祥 +5 位作者 樊传章 徐福荣 谭学林 余腾琼 汤翠凤 戴陆园 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期596-602,共7页
应用13个ISSR引物对云南省分布的疣粒野生稻(Oryza meyerianaBaill.)34个居群的遗传多样性进行了分析。检测到135个多态性位点,多态性位点百分率(PPB)为80.36%。在居群水平上,基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.2666和0.402... 应用13个ISSR引物对云南省分布的疣粒野生稻(Oryza meyerianaBaill.)34个居群的遗传多样性进行了分析。检测到135个多态性位点,多态性位点百分率(PPB)为80.36%。在居群水平上,基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.2666和0.4028。把云南疣粒野生稻34个居群分别按照行政区、经纬度、河流流域和海拔划分成不同类型,计算它们的Na、Ne、H、I和PPB各项数值,发现疣粒野生稻遗传多样性以思茅市最高,临沧、西双版纳次之,保山、德宏最低;太平洋水系澜沧江中下游海拔较高的疣粒野生稻居群多样性较丰富。可将云南疣粒野生稻分为两大群,一大群是思茅地区的材料,另一大群包含德宏、临沧、西双版纳地区的材料。最后讨论了疣粒野生稻种质资源保护的相关问题。 展开更多
关键词 疣粒野生稻 居群 遗传多样性 简单重复序列区间标记 种质资源
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ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用 被引量：22
16
作者 刘华晶 许修宏 +1 位作者 李春艳 黄晓梅 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期94-100,共7页
利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带... 利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量（PIC）变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。 展开更多
关键词 黑木耳 简单重复序列间扩增多态性(issr) 内转录间隔区(ITS) 遗传多样性
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通直型巨龙竹不同地理种源遗传分化的ISSR分析 被引量：11
17
作者 杨汉奇 阮桢媛 +2 位作者 田波 杨宇明 孙茂盛 《浙江林学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期81-86,共6页
通直型巨龙竹Dendrocalamus sinicus是云南重要的经济竹种资源之一。为了保护和开发通直型巨龙竹种质资源,应用简单序列重复区间扩增(ISSR)标记对通直型巨龙竹核心分布区不同地理种源的遗传变异进行了研究。从80个引物中筛选出7个用于... 通直型巨龙竹Dendrocalamus sinicus是云南重要的经济竹种资源之一。为了保护和开发通直型巨龙竹种质资源,应用简单序列重复区间扩增(ISSR)标记对通直型巨龙竹核心分布区不同地理种源的遗传变异进行了研究。从80个引物中筛选出7个用于正式扩增,在所研究的4个居群共54个个体中检测到54个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率为9.59%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.036 3和0.053 6;在物种水平上,多态位点百分率为73.97%,H和I分别为0.260 0和0.392 1。居群间的遗传分化系数(Gst)达0.863 4,显示不同居群间遗传分化很大。造成通直型巨龙竹不同地理种源遗传分化的主要原因可能是生境片断化和自然条件下花而不实造成的种子传播困难。 展开更多
关键词 林木育种学 巨龙竹 遗传分化 简单序列重复区间扩增
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菜心ISSR-PCR反应体系的优化 被引量：10
18
作者 孙雪梅 乔爱民 +1 位作者 孙敏 桂腾琴 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期129-133,共5页
以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料，对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨，确立了... 以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料，对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨，确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数：在25pL反应体系中含10×buffer 2．5μL，2．0mmol／LMg^2＋，0．5U Taq DNA聚合酶，0．2mmol／LdNTPs，0．5μmol／L引物，30ng模板DNA．PCR扩增程序：94℃预变性3min；94℃变性1min，49．7～56℃退火（退火温度随引物不同而定）1min，72℃延伸45s，40个循环；72℃延伸5min． 展开更多
关键词 菜心 简单序列重复间区(issr) 反应体系
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山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较 被引量：12
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作者 李元春 沈林 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期505-512,共8页
以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mm... 以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。 展开更多
关键词 经济林学 山核桃 相关序列扩增多态性(SRAP) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 简单序列重复区间(issr)
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山枇杷基因组DNA的提取及自然群体内ISSR遗传多样性分析 被引量：6
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作者 赖瑞联 徐洋 +3 位作者 赖恭梯 钟春水 林玉玲 赖钟雄 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期53-59,共7页
为探究山枇杷基因组DNA提取方法及群体内个体之间的遗传多样性,以采自福建省戴云山脉九仙山山枇杷(Garcinia multiflora)自然群体的41份叶片样品为材料,比较2种改良十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)对其基因组DNA的提取效果,并通过简单序... 为探究山枇杷基因组DNA提取方法及群体内个体之间的遗传多样性,以采自福建省戴云山脉九仙山山枇杷(Garcinia multiflora)自然群体的41份叶片样品为材料,比较2种改良十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)对其基因组DNA的提取效果,并通过简单序列重复区间—聚合酶链式反应(ISSR-PCR)扩增反应体系分析其群体内遗传多样性。结果表明,CTAB-2法通过适当提高CTAB浓度,添加聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和酚—氯仿—异戊醇,获得的基因组DNA纯度和质量较好;筛选的11条ISSR引物共扩增85个条带,其中多态性条带61条,占71.76%;NTSYS 2.10e软件设定阈值(GS)为0.78,该山枇杷样品归为4个类群,样品遗传相似系数介于0.588-0.929,平均为0.779,说明该群体的遗传基础较宽;利用STRUCTURE 2.2软件将样品分为4个类群,结合后验概率(Q值)分布表表明部分个体之间存在较丰富的遗传信息交流。 展开更多
关键词 山枇杷 自然群体 改良十六烷基三甲基溴化铵法 简单序列重复区间 聚类分析
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