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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析
被引量：
1
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作者
尹明华
李文婷
+9 位作者
欧阳茜
王美暄
徐子林
张钦荣
张牧彤
黄添慧
何凡凡
乐芸
张嘉欣
柴桑雪
《草业科学》
北大核心
2025年第1期101-118,共18页
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plo...
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。
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关键词
苏丹草
叶绿体基因组
简单序列重复
ir区边界结构
中性绘图分析
ENC-plot分析
PR2-plot分析
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职称材料
题名
苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析
被引量：
1
1
作者
尹明华
李文婷
欧阳茜
王美暄
徐子林
张钦荣
张牧彤
黄添慧
何凡凡
乐芸
张嘉欣
柴桑雪
机构
上饶师范学院生命科学学院
出处
《草业科学》
北大核心
2025年第1期101-118,共18页
基金
国家自然科学基金项目(31860084、31960079、32060092)
江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13-赣东站)。
文摘
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。
关键词
苏丹草
叶绿体基因组
简单序列重复
ir区边界结构
中性绘图分析
ENC-plot分析
PR2-plot分析
Keywords
Sorghum sudanense
chloroplast genome
simple-sequence repetition
boundary structure of the
ir
region
neutral graphic analysis
ENC-plot analysis
PR2-plot analysis
分类号
S514 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
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1
苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析
尹明华
李文婷
欧阳茜
王美暄
徐子林
张钦荣
张牧彤
黄添慧
何凡凡
乐芸
张嘉欣
柴桑雪
《草业科学》
北大核心
2025
1
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