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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发 被引量：1
1
作者 贺涵 刘传和 +7 位作者 喻梦凡 袁梦萍 魏岳荣 杨敏 邝瑞彬 周陈平 吴夏明 徐泽 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物... 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 重测序 indel标记 遗传多样性分析
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兼容双平台的玉米糯质基因InDel功能标记开发与应用
2
作者 朱维佳 王蕊 +11 位作者 薛英杰 田红丽 范亚明 王璐 李松 徐丽 卢柏山 史亚兴 易红梅 陆大雷 杨扬 王凤格 《作物学报》 北大核心 2025年第9期2330-2340,共11页
为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分... 为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分子检测平台验证糯质功能标记的特异性和有效性。结果显示,4种Waxy功能标记在KASP平台和荧光毛细管电泳平台均能够实现特异性基因分型,且能够有效区分普通玉米与糯质玉米,并确定糯玉米中Waxy基因的变异类型。针对玉米自交系,当检出特异性糯质功能标记时,可依据4种糯质变异类型确定待测样品的糯质基因单倍型并判断其糯质表型,对于未检测到4种糯质变异的玉米种质则为非糯性或糯质稀有突变。当待测样本为玉米杂交种时,可能存在隐性纯合基因型、隐性等位糯性杂合基因型、糯/非糯杂合基因型及显性纯合基因型等4种情况,依据糯质单倍型结果判定。在检测出的糯玉米中85%以上为wx-D7变异类型,表明wx-D7为我国当前糯玉米育种中主要的应用类型。同时,在糯玉米杂交种中发现有D7/D10两种糯质变异类型同时存在的现象,但糯质自交系中仅存在单一的糯质变异类型,意味着在糯玉米杂交育种中可通过聚合不同类型的糯质变异实现遗传改良。本研究为糯质基因设计了一套适用于多种分子检测平台的功能标记组合,为鉴定、筛选玉米糯质性状提供了有效的方案。 展开更多
关键词 糯玉米 糯质基因 功能标记 indel KASP 荧光毛细管电泳
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基于重测序紫花苜蓿高蛋白、高产关联InDel分子标记开发
3
作者 冯雅琪 陈嘉慧 +5 位作者 张静妮 隋超 陈基伟 刘志鹏 周强 刘文献 《草业学报》 北大核心 2025年第4期137-149,共13页
随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)... 随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)多态性标记因其分布广泛、密度高、遗传稳定以及重复性强等优点而受到关注,然而目前其在紫花苜蓿中的研究及应用仍十分有限。本研究基于国内外80份紫花苜蓿材料的基因组重测序数据,通过与紫花苜蓿“中苜1号”参考基因组序列比对挖掘InDel变异位点,开发与高蛋白和高产性状相关的InDel标记。结果表明,在全基因组范围内设计的40个标记中,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证后,成功开发出29个多态性标记,多态性比率达到72.5%。其中,已开发的InDel_25和InDel_39标记可分别用于高产和优质紫花苜蓿材料的鉴定。本研究开发的InDel标记可结合传统育种方法,有望加速高产、优质紫花苜蓿新品种的培育。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 indel分子标记 产量 品质
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基于转录组测序数据的蚕豆InDel标记开发和应用
4
作者 周瑶 周恩强 +10 位作者 姚梦楠 赵娜 李宗迪 朱宇翔 王永强 李波 王学军 缪亚梅 汪凯华 顾春燕 魏利斌 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第8期35-41,共7页
我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种... 我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种质资源,拟开展7份蚕豆材料的转录组测序,并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明,成功挖掘出2666个InDel位点,其中插入、缺失位点分别有841、1825个,且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外,根据InDel位点信息,从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增,共筛选到有效InDel标记20对,多态性信息含量均值为0.32,平均每对标记中检测到2.85个等位基因,香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明,江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布,可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用,从而打破了地域限制,增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析,不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型,而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。 展开更多
关键词 蚕豆 转录组 indel 分子标记 遗传多样性
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玉米氮吸收性状相关NPF家族基因挖掘及InDel分子标记开发
5
作者 罗春梅 赵晨旭 +2 位作者 余海兵 赵涵 周玲 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第3期445-456,共12页
玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环... 玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环保高效的解决方法。本研究对硝态氮吸收转运相关的NPF家族进行分析,通过全基因组关联分析挖掘出与玉米氮吸收性状紧密关联的15个候选基因,根据已报道的功能位点设计插入缺失(InDel)分子标记,以期设计出与玉米硝酸盐含量积累性状显著关联的功能标记。共设计了69对InDel分子标记,经过亲本多态性检验,发现特异性良好的有32对标记。在609份玉米自交系组成的自然群体中对这些InDel分子标记进行功能验证,结果表明,在玉米ZmNPF6.2、ZmNPF6.4、ZmNPF6.8、ZmNPF8.12、ZmNPF8.14基因附近的7对InDel分子标记与氮素吸收性状紧密关联。本研究开发的氮高效吸收相关InDel分子标记可为分子标记辅助育种提供理论基础,为培育氮高效利用的玉米新品种指引了方向。 展开更多
关键词 玉米 氮高效吸收 功能标记 indel分子标记
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利用InDel分子标记鉴定新乡小包23大白菜种子纯度
6
作者 徐世静 王晓玲 +3 位作者 肖艳 原让花 杨晨 姬可盈 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第7期49-53,共5页
为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定... 为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定。结果表明,有3对引物表现出共显性,其中1对引物能够将新乡小包23与另外3个相似品种有效区分开。将该引物在108个杂交后代中进行验证,纯度鉴定结果为93.5%,与田间鉴定结果基本一致。综上,研究筛选的InDel标记BrID90105可用于新乡小包23种子纯度的快速鉴定,促进种业良性发展。 展开更多
关键词 大白菜 新乡小包23 indel分子标记 种子纯度鉴定
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
7
作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP indel
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依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
8
作者 张浩 田金红 +1 位作者 王大玮 李菊彩 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期52-57,74,共7页
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76... 依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR SNP indel
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基于InDel标记的辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子纯度鉴定
9
作者 高升华 周克贵 +8 位作者 尹延旭 李宁 徐凯 王小迪 詹晓慧 陈卫芳 袁伟玲 姚明华 王飞 《蔬菜》 2025年第4期26-32,共7页
辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5... 辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5114及其母本THI-P-10、父本P5114为材料,利用THI-P-10、P5114基因组重测序数据筛选具有多态性明显、条带清晰且PCR扩增稳定的InDel标记,利用筛选出的InDel标记对杂交组合THI-P-10×P5114种子进行纯度鉴定,并结合田间形态鉴定验证分子标记鉴定的准确性。结果表明:InDel标记InDel-Chr02-12和InDel-Chr11-09在亲本间具有多态性,在杂交后代中兼具双亲条带,属于共显性标记;利用开发的标记对164个THI-P-10×P5114杂交种子进行纯度鉴定,种子纯度鉴定结果为92.07%,与传统田间形态学纯度鉴定结果完全吻合。综上,辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子可以利用新开发的2个InDel标记快速、准确地进行纯度鉴定,能为该杂交组合的制种和推广提供技术支持。 展开更多
关键词 辣椒 indel 分子标记 种子纯度 鉴定 杂交一代 基因组
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艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：1
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作者 阴志刚 陈培育 +3 位作者 周晓静 曹双 鞠乐 粱慧珍 《种子》 北大核心 2025年第6期51-57,共7页
为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点2198... 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%。SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间。12个转录组样品中,有228066~275556个SNP位点,平均每个样品含有247114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30729~41330个之间,每个样品平均含有33967个InDel位点。艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑。 展开更多
关键词 艾草 转录组 SSR SNP indel
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杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析
11
作者 焦云 高中山 +3 位作者 汪国云 陈方永 姚小映 周超超 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期575-588,共14页
InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的... InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的InDel变异频率介于1/11297~1/8903;其中,CM025856.1染色体上发生InDel变异频率最高。通过注释分析发现有1312个InDel分布在基因外显子区域,另有21055和6659个InDel分别分布在基因间区和内含子区域。经GO注释,上述InDel生物过程主要涉及细胞过程(Cellular process)和代谢过程(Metabolic process);分子功能主要包括结合(Binding)和催化活性(Catalyticactivity)。经KEGG通路分析发现,InDel所在的基因区域的功能主要为次生代谢、碳代谢和核质运输等。通过全基因组关联分析,获得20个与杨梅果实成熟期性状显著关联的InDel,其功能注释主要涉及线粒体、质体结构基因,三磷酸核苷水解酶和细胞分裂素信号蛋白等。进一步验证显示InDelEP-18标记对杨梅果实成熟期性状鉴定准确率较高,达89.25%;通过基因预测结果发现该位点注释为早期结瘤素家族(Early nodulin)基因。本研究筛选获得的InDel EP-18标记将为杨梅分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 杨梅 indel 重测序 关联分析 成熟期
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基于二代测序技术的玉米InDel分子标记开发及品种鉴定
12
作者 刘霁虹 包劲松 +2 位作者 朱碧云 颜韶兵 应逸宁 《核农学报》 北大核心 2025年第8期1630-1639,共10页
插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分... 插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)和InDel,开发InDel分子标记,并用于杭糯玉21杂交玉米品种鉴定。结果表明,在12份玉米样品的共同测序标签上筛选出19539984个SNP位点和2124876个InDel位点。经过筛选,共得到36个覆盖玉米10条染色体的高质量InDel分子标记,并建立了6个InDel引物的多重组合。上述标记在12份玉米材料中的扩增结果显示,不同标记的主要等位基因频率(MAF)变化范围为0.417~0.875,平均值为0.708;多态性信息含量(PIC)变化范围为0.195~0.583,平均值为0.327。基于二代测序和开发的InDel标记位点的聚类分析可以将杭糯玉21与其他品种分开。本研究将基于二代测序技术开发的InDel标记与多重PCR技术结合并应用到玉米品种鉴定中,不仅提高了玉米品种检测的效率,也为今后杭糯玉21种质资源的合理利用和玉米遗传改良提供了科学依据。 展开更多
关键词 糯玉米 二代测序 indel 品种特异性 多重PCR
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基于基因组重测序技术开发特定地区黄鳝品系InDel标记
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作者 李目岩 赵一帆 +6 位作者 黄伟伟 袁泉 杨航 张禹宁 李名友 吕巍巍 周文宗 《上海农业学报》 2025年第5期9-15,共7页
黄鳝是我国重要的经济型淡水鱼类。以22个不同地理来源的255条野生黄鳝为样本,利用Illumina NovaSeq 6000平台开展全基因组重测序。结果表明:平均测序深度达5.52×,共获得了1073.87 GB的高质量数据。通过对比基因组数据挖掘插入缺失... 黄鳝是我国重要的经济型淡水鱼类。以22个不同地理来源的255条野生黄鳝为样本,利用Illumina NovaSeq 6000平台开展全基因组重测序。结果表明:平均测序深度达5.52×,共获得了1073.87 GB的高质量数据。通过对比基因组数据挖掘插入缺失(InDel)位点,结合引物设计与PCR验证,筛选出8对具有地域特异性的InDel分子标记,分别用于西南、两广与江西三大区域品系的分子鉴定。其中,西南地区4对标记条带差异为21~30 bp,两广地区2对标记条带差异为23~25 bp,江西地区2对标记条带差异为21~23 bp。电泳结果显示,这些标记具有良好的多态性、稳定性和实用性,可通过20~30 bp的条带差异(插入或缺失)实现不同地区黄鳝品系间的稳定判别。该研究可为黄鳝种质资源的区域鉴定、溯源管理和良种选育提供有力的技术支撑,为其他淡水鱼类基因组分型研究提供范例。 展开更多
关键词 黄鳝 重测序 indel标记 品系判别
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德州驴IGF1R基因InDel检测及其与生长性状的关联分析
14
作者 郭佳俊 杨媛哲 +3 位作者 崔励柏 卢美轩 拓少华 党瑞华 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第8期12-17,共6页
为了探究德州驴生长性状与IGF1R InDel变异位点不同基因型之间的关系,对426头德州驴IGF1R基因的3个位点进行DNA测序和基因分型,随后进行群体遗传参数的计算以及表型和基因型的关联分析。结果表明:3个位点PIC(多态性信息含量)值位于0.25... 为了探究德州驴生长性状与IGF1R InDel变异位点不同基因型之间的关系,对426头德州驴IGF1R基因的3个位点进行DNA测序和基因分型,随后进行群体遗传参数的计算以及表型和基因型的关联分析。结果表明:3个位点PIC(多态性信息含量)值位于0.25和0.5之间,属于中度多态,且均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。P2-Del_(13bp)和P3-Del_(14bp)位点分别与德州驴尻长和胸宽、体高、胸围、管围显著相关(P<0.05)。该研究提示,IGF1R基因的多态与德州驴生长性状密切相关,可以作为潜在的分子标记用于家驴新品种的选育。 展开更多
关键词 IGF1R 德州驴 indel 生长性状
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基于Indel标记的新疆色素辣椒杂交种纯度鉴定 被引量：1
15
作者 李辉玲 张建文 +1 位作者 叶远荣 曾卫东 《现代园艺》 2025年第1期28-30,共3页
为充分利用Indel分子标记技术,建立新疆色素辣椒杂交种室内纯度快速鉴定体系,为后续的群体构建、QTL定位、杂交子代遗传多样性分析等相关研究提供依据,提高育种效率。利用251对Indel引物对10个品种的父母本共11个杂交组合的F_(1)杂交代... 为充分利用Indel分子标记技术,建立新疆色素辣椒杂交种室内纯度快速鉴定体系,为后续的群体构建、QTL定位、杂交子代遗传多样性分析等相关研究提供依据,提高育种效率。利用251对Indel引物对10个品种的父母本共11个杂交组合的F_(1)杂交代共96份材料的基因组DNA进行PCR扩增,寻找有扩增差异的引物,并对F_(1)杂交代进行鉴定。结果表明,最终检测出33对特异性引物能扩增出清晰的差异条带,其中12对引物能够区别10个父母本材料及其F_(1)代,最终在11个杂交组合86份子代中,检测出真杂交种67份,杂交成功率达77.9%。Indel分子标记技术在对新疆色素辣椒杂交种纯度鉴定中具有快速、准确等优点,在后续种质资源创新及育种工作中具有一定的应用价值。 展开更多
关键词 色素辣椒 indel分子标记 杂交子代 纯度
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基于简化基因组的花生InDel标记开发和功能解析 被引量：9
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作者 王娟 刘宇 +3 位作者 李春娟 闫彩霞 赵小波 单世华 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期179-187,共9页
InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过... InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1～14 bp范围内的10401个InDels。染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个。参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域。经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalytic activity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolic process)、单组织过程(single-organism process)和细胞过程(cellular process)。经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关。本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源。 展开更多
关键词 indels检测 indels分布 功能分析
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基于重测序的桃InDel功能解析及成熟期分子标记筛选
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作者 陈妙金 陈克明 +3 位作者 李罗飞 孙奇男 楼安其 焦云 《中国果树》 2025年第8期29-37,共9页
基于100份桃种质全基因组重测序结果进行InDel位点鉴定及功能解析。结果表明:共获得1~50 bp长度范围内的20983个InDel;桃基因组InDel发生频率为10799 bp,不同染色体的InDel变异频率范围为9680~12166 bp;其中,NC_034009.1染色体上发生In... 基于100份桃种质全基因组重测序结果进行InDel位点鉴定及功能解析。结果表明:共获得1~50 bp长度范围内的20983个InDel;桃基因组InDel发生频率为10799 bp,不同染色体的InDel变异频率范围为9680~12166 bp;其中,NC_034009.1染色体上发生InDel变异频率最高。InDel分布在基因间区内数量最多(12446个),其次为内含子区域(8986个);GO注释分析表明,生物过程类目(Biological process)中占比最多的是细胞过程(Cellular process);分子功能(Molecular function)主要包括蛋白结合(Binding)和催化活性(Catalytic activity);然而,在细胞组分(Cellular component)中仅发现有细胞结构组件(Cellular anatomical entity)与含蛋白质的复合物(Protein-containing complex)两类功能基因。KEGG通路分析结果表明,TOP 20富集通路中以次生代谢物的生物合成(Biosynthesis of secondary metabolites)连通度为最大,其次还包括淀粉蔗糖代谢(Starch and sucrose metabolism)和类胡萝卜素生物合成(Carotenoid biosynthesis)两个中心通路。此外,从上述InDel位点中鉴定筛选获得InDel PP4.3标记,其果实成熟期性状鉴定准确率达84.62%;该位点功能注释为核糖核酸酶H超家族基因。总之,关于桃基因组InDel的功能解析结果与成熟期分子标记将为后续桃分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 桃 种质资源 indel 功能 成熟期
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基于黄瓜基因组重测序的InDel标记开发及其应用 被引量：40
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作者 李斯更 沈镝 +5 位作者 刘博 邱杨 张晓辉 张忠华 王海平 李锡香 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期278-283,共6页
基于黄瓜基因组重测序结果,搜索InDel位点,按照每隔1～3M个碱基对的距离选择并设计遍布全基因组的代表性InDel引物134对,以16份黄瓜典型种质检测其有效性。结果显示,134对引物均获得扩增产物,其中具有多态性的引物116对,占引物总数的86... 基于黄瓜基因组重测序结果,搜索InDel位点,按照每隔1～3M个碱基对的距离选择并设计遍布全基因组的代表性InDel引物134对,以16份黄瓜典型种质检测其有效性。结果显示,134对引物均获得扩增产物,其中具有多态性的引物116对,占引物总数的86.6%。116对引物充分揭示出16份种质的多样性和特异性。本研究所开发的InDel分子标记将为黄瓜种质资源和分子遗传育种研究提供有力的遗传工具。 展开更多
关键词 黄瓜 重测序 indel标记 种质鉴定
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利用InDel标记鉴定水稻育种材料的籼粳属性 被引量：29
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作者 王林友 张礼霞 +3 位作者 勾晓霞 祁永斌 金庆生 王建军 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期913-921,共9页
准确高效鉴定水稻材料的籼粳属性对于开展水稻籼粳亚种间杂种优势利用有着重要意义。利用19对基于籼稻(9311)和粳稻(日本晴)全基因组DNA序列比对获得的差异片段而设计的特异插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)引物,对48份育种上常用... 准确高效鉴定水稻材料的籼粳属性对于开展水稻籼粳亚种间杂种优势利用有着重要意义。利用19对基于籼稻(9311)和粳稻(日本晴)全基因组DNA序列比对获得的差异片段而设计的特异插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)引物,对48份育种上常用的籼稻、粳稻和中间型材料(品种)进行了InDel标记的籼粳属性分析,利用DNA样品在这19对InDel位点上的籼型或粳型基因频率,结合聚类分析和主成分分析,确定了这些材料的籼粳属性,通过比对程氏指数法的籼粳鉴定结果检验了InDel分子标记法在水稻籼粳属性鉴定上的有效性。结果表明,InDel分子标记法与传统的程氏指数法的总体吻合率为89.58%,在典型籼稻或典型粳稻材料上两者的吻合率为100%;在具有复杂遗传背景的中间型材料上,InDel分子标记法比程氏指数法具有更高的准确性。因此,InDel分子标记法是真正鉴定籼粳的特异方法,比传统方法具有更高的灵敏性和准确度,可以用于籼粳属性鉴定及遗传分化研究。 展开更多
关键词 indel 分子标记 籼粳鉴定 水稻
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基于InDel标记快速检测黄瓜津优38种子纯度 被引量：28
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作者 兰青阔 张桂华 +4 位作者 王永 赵新 朱珠 杜胜利 程奕 《种子》 CSCD 北大核心 2011年第6期19-23,共5页
以黄瓜品种津优38中插入缺失(InDel)标记为研究对象,筛选获得能够区分津优38父本、母本及其杂交种的[TT]缺失位点;应用焦磷酸测序技术检测该位点,初步建立基于InDel标记的津优38种子纯度鉴定方法并检测8批种子样品。结果表明,应用焦磷... 以黄瓜品种津优38中插入缺失(InDel)标记为研究对象,筛选获得能够区分津优38父本、母本及其杂交种的[TT]缺失位点;应用焦磷酸测序技术检测该位点,初步建立基于InDel标记的津优38种子纯度鉴定方法并检测8批种子样品。结果表明,应用焦磷酸测序技术检测[TT]缺失位点能明显区分出津优38父本、母本及杂交种;基于InDel标记的津优38种子纯度鉴定方法具有高准确性、高通量、操作简单、易于自动化等优点;8批种子样品平均种子纯度为97.08%,与SSR鉴定结果(95.83%)基本相符。 展开更多
关键词 indel标记 焦磷酸测序技术 黄瓜 种子纯度
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