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陆川猪IGFBP5基因克隆及其差异表达分析
被引量：
4
1
作者
焦迪
潘鹏丞
+6 位作者
谢婉
张其伟
曾令湖
孙甜甜
陈宝剑
关志惠
谢炳坤
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1347-1355,共9页
【目的】克隆陆川猪胰岛素生长因子结合蛋白5(IGFBP5)基因,并明确其在不同猪种中的表达情况,为今后揭示IGFBP5基因在陆川猪肌肉发育中的作用机理提供理论依据。【方法】通过TRIzol法提取陆川猪背最长肌总RNA,反转录合成cDNA后进行PCR扩...
【目的】克隆陆川猪胰岛素生长因子结合蛋白5(IGFBP5)基因,并明确其在不同猪种中的表达情况,为今后揭示IGFBP5基因在陆川猪肌肉发育中的作用机理提供理论依据。【方法】通过TRIzol法提取陆川猪背最长肌总RNA,反转录合成cDNA后进行PCR扩增,将正确的测序结果采用在线生物信息软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测分析IGFBP5基因在陆川猪和杜洛克猪背最长肌中的表达差异。【结果】陆川猪IGFBP5基因编码区(CDS)序列全长816bp,编码271个氨基酸,与NCBI上已公布的野猪IGFBP5基因(NM_214099.1)CDS序列相比,存在3处碱基差异,其核苷酸同源性为99.6%。陆川猪IGFBP5氨基酸序列与NCBI上已公布的野猪(NM_214099.1)、牛(NM_001105327.2)、水牛(NM_001290940.1)、马(NM_001308603.2)、人类(NM_000599.3)、猕猴(NM_001284032.1)、小鼠(NM_010518.2)和大鼠(NM_012817.1)IGFBP5氨基酸序列同源性分别为98.9%、98.2%、98.9%、97.4%、96.7%、97.4%、95.2%和95.2%;基于IGFBP5氨基酸序列同源性构建的系统发育进化树也显示,陆川猪与野猪的遗传距离最近。陆川猪IGFBP5蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,其中无规则卷曲占比最高,为65.68%;陆川猪IGFBP5蛋白不存在跨膜结构,在第1~20位氨基酸残基存在1个信号肽序列;蛋白修饰结构预测结果表明,陆川猪IGFBP5蛋白存在2个O糖基化位点、2个N糖基化位点和多个潜在磷酸化位点,包含IB保守结构域和Thyroglobulin-1保守结构域。IGFBP5基因在杜洛克猪背最长肌中的相对表达量极显著高于其在陆川猪背最长肌中的相对表达量(P<0.01)。【结论】IGFBP5基因保守性较强,其在不同猪种间的差异表达可能是导致猪肉瘦肉率差异的主要原因,可作为陆川猪胴体重和瘦肉率等生长性状的遗传标记予以开发利用。
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关键词
陆川猪
igfbp5基因
背最长肌
生物信息学
生长发育
差异表达
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职称材料
题名
陆川猪IGFBP5基因克隆及其差异表达分析
被引量：
4
1
作者
焦迪
潘鹏丞
谢婉
张其伟
曾令湖
孙甜甜
陈宝剑
关志惠
谢炳坤
机构
广西大学动物科学技术学院
广西畜牧研究所/广西家畜遗传改良重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1347-1355,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31360544)
广西自然科学基金项目(2018GXNSFBA281105)
文摘
【目的】克隆陆川猪胰岛素生长因子结合蛋白5(IGFBP5)基因,并明确其在不同猪种中的表达情况,为今后揭示IGFBP5基因在陆川猪肌肉发育中的作用机理提供理论依据。【方法】通过TRIzol法提取陆川猪背最长肌总RNA,反转录合成cDNA后进行PCR扩增,将正确的测序结果采用在线生物信息软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测分析IGFBP5基因在陆川猪和杜洛克猪背最长肌中的表达差异。【结果】陆川猪IGFBP5基因编码区(CDS)序列全长816bp,编码271个氨基酸,与NCBI上已公布的野猪IGFBP5基因(NM_214099.1)CDS序列相比,存在3处碱基差异,其核苷酸同源性为99.6%。陆川猪IGFBP5氨基酸序列与NCBI上已公布的野猪(NM_214099.1)、牛(NM_001105327.2)、水牛(NM_001290940.1)、马(NM_001308603.2)、人类(NM_000599.3)、猕猴(NM_001284032.1)、小鼠(NM_010518.2)和大鼠(NM_012817.1)IGFBP5氨基酸序列同源性分别为98.9%、98.2%、98.9%、97.4%、96.7%、97.4%、95.2%和95.2%;基于IGFBP5氨基酸序列同源性构建的系统发育进化树也显示,陆川猪与野猪的遗传距离最近。陆川猪IGFBP5蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,其中无规则卷曲占比最高,为65.68%;陆川猪IGFBP5蛋白不存在跨膜结构,在第1~20位氨基酸残基存在1个信号肽序列;蛋白修饰结构预测结果表明,陆川猪IGFBP5蛋白存在2个O糖基化位点、2个N糖基化位点和多个潜在磷酸化位点,包含IB保守结构域和Thyroglobulin-1保守结构域。IGFBP5基因在杜洛克猪背最长肌中的相对表达量极显著高于其在陆川猪背最长肌中的相对表达量(P<0.01)。【结论】IGFBP5基因保守性较强,其在不同猪种间的差异表达可能是导致猪肉瘦肉率差异的主要原因,可作为陆川猪胴体重和瘦肉率等生长性状的遗传标记予以开发利用。
关键词
陆川猪
igfbp5基因
背最长肌
生物信息学
生长发育
差异表达
Keywords
Luchuan pig
igfbp
5
gene
longissimus dorsi
bioinformatics
growth and development
differentialexpression
分类号
S828.89 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆川猪IGFBP5基因克隆及其差异表达分析
焦迪
潘鹏丞
谢婉
张其伟
曾令湖
孙甜甜
陈宝剑
关志惠
谢炳坤
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
4
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