Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结...Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示:该检测方法的Ct值与标准品模板线性关系良好,相关系数为0.9989;利用该方法检测CBoV、FBoV、AGV2这几种病毒的基因组均没有出现非特异性扩增;敏感性比普通PCR检测方法高100倍;组内和组间重复性试验的变异系数小于1%;通过60份样本检测发现LIPyV阳性率为6.67%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于LIPyV的快速检测。展开更多
为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,本研究从GenBank数据库中获取PEDV N基因序列,扩增出PEDV N基因标准质粒,并在N基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。...为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,本研究从GenBank数据库中获取PEDV N基因序列,扩增出PEDV N基因标准质粒,并在N基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。经过一系列试验表明,该检测方法线性关系良好,R^(2)值为0.99;特异性强,敏感性高,最低可检测至2.23 copies/μL,比普通PCR灵敏约100倍;重复性好,组内变异系数为0.25%~0.43%,组间变异系数为0.67%~0.97%;对于各地区96份临床样品检测出PEDV阳性率为25%。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法为PEDV的临床诊断、流行病学调查以及定量研究提供了有效的检测工具。展开更多
【目的】建立基于SYBR Green I嵌合染料法的灌溉水源中沙门氏菌实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)检测方法。【方法】以沙门氏菌侵袭蛋白A(invA)基因为靶基因,设计1对特异性qPCR检测引物,在对qPCR反应体系和反应条件进...【目的】建立基于SYBR Green I嵌合染料法的灌溉水源中沙门氏菌实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)检测方法。【方法】以沙门氏菌侵袭蛋白A(invA)基因为靶基因,设计1对特异性qPCR检测引物,在对qPCR反应体系和反应条件进行优化后,通过特异性实验和灵敏度实验对qPCR方法进行验证,并制作灌溉水源中沙门氏菌qPCR定量标准曲线,最后与国标方法对比检测灌溉水源中沙门氏菌污染来验证该方法的准确性。【结果】经过优化的qPCR检测方法灵敏度检测结果显示最低检测限量为1×10^(−1)pg·μL^(−1),特异性检测结果显示具有良好的特异性,干扰菌株对本qPCR检测方法无影响,所制作的qPCR扩增标准曲线在2×100~2×10^(5)cfu·mL^(−1)有较好的线性关系,相关系数为0.9996,能对沙门氏菌进行准确的定量分析。该方法在与国标方法对比检测灌溉水源中沙门氏菌污染时具有同等准确性。【结论】本研究建立的基于SYBR Green I嵌合荧光法的实时荧光定量PCR检测方法,可以满足灌溉水源中沙门氏菌的定量检测要求。展开更多
仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法...仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。展开更多
文摘Lyon IARC多瘤病毒(LIPyV)是2017年于人类皮肤样本中新发现的病毒,为更加了解其致病性和流行病学状况,本试验拟建立一种灵敏度高、可快速检测LIPyV的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示:该检测方法的Ct值与标准品模板线性关系良好,相关系数为0.9989;利用该方法检测CBoV、FBoV、AGV2这几种病毒的基因组均没有出现非特异性扩增;敏感性比普通PCR检测方法高100倍;组内和组间重复性试验的变异系数小于1%;通过60份样本检测发现LIPyV阳性率为6.67%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于LIPyV的快速检测。
文摘【目的】建立基于SYBR Green I嵌合染料法的灌溉水源中沙门氏菌实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)检测方法。【方法】以沙门氏菌侵袭蛋白A(invA)基因为靶基因,设计1对特异性qPCR检测引物,在对qPCR反应体系和反应条件进行优化后,通过特异性实验和灵敏度实验对qPCR方法进行验证,并制作灌溉水源中沙门氏菌qPCR定量标准曲线,最后与国标方法对比检测灌溉水源中沙门氏菌污染来验证该方法的准确性。【结果】经过优化的qPCR检测方法灵敏度检测结果显示最低检测限量为1×10^(−1)pg·μL^(−1),特异性检测结果显示具有良好的特异性,干扰菌株对本qPCR检测方法无影响,所制作的qPCR扩增标准曲线在2×100~2×10^(5)cfu·mL^(−1)有较好的线性关系,相关系数为0.9996,能对沙门氏菌进行准确的定量分析。该方法在与国标方法对比检测灌溉水源中沙门氏菌污染时具有同等准确性。【结论】本研究建立的基于SYBR Green I嵌合荧光法的实时荧光定量PCR检测方法,可以满足灌溉水源中沙门氏菌的定量检测要求。
文摘仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。
