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基于16S rRNA高通量测序的驻岛人员肠道菌群分析
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作者 吴浩 谢沛 +4 位作者 张菂 黄文 李兆申 薛芊 鞠金涛 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第3期400-405,共6页
目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道... 目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道菌群多样性及菌群组成差异。结果肠道菌群alpha多样性分析显示驻岛人员肠道菌群丰度较沿海地区人员升高,beta多样性分析提示驻岛人员肠道微生物群落构成与沿海地区人员相比差异有统计学意义(P=0.001)。驻岛人员肠道内拟杆菌门丰度低于沿海地区人员(30.8%vs 48.3%,P<0.001),而肠道内变形菌门丰度高于沿海地区人员(28.3%vs 10.2%,P<0.001)。经多重假设检验校正后发现,驻岛人员肠道内拟杆菌属、罗斯氏菌属、另枝菌属、副拟杆菌属丰度显著下降,普雷沃氏菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、柠檬酸杆菌属、产粪甾醇真杆菌属丰度显著提升。结论海岛特殊环境影响驻岛人员肠道菌群特征,肠道微生态健康亟需精准保障。 展开更多
关键词 驻岛人员 海岛 肠道菌群 16s rrna 高通量测序
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基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化 被引量:2
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作者 朱继伟 卢曼路 +5 位作者 焦倩倩 孙运良 刘璐 丁红红 于燕 潘磊 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期146-155,共10页
目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16... 目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16SrRNA高通量测序分析其微生物组成,分析两组人群肠道菌群之间的Alpha多样性、Beta多样性、物种差异与标志物种和差异生物功能代谢通路功能预测分析。结果Alpha多样性分析显示,OSA组的物种多样性指数Shannon和Simpson、物种丰度指数Observedspecies及菌群均匀度指数Pielou均低于对照组(P<0.05);Beta多样性分析显示,两组间群落结构存在差异(P<0.05)。OSA组肠道菌群群落结构上与对照组存在差异,潜在致病菌属如假单胞菌属、巨单胞菌属等菌群丰度增加(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,与对照组相比,OSA组假单胞菌属、巨单胞菌属、梭杆菌属丰度升高(P<0.05)。关联网络分析结果显示,影响宿主稳态的为差异标志菌群;随机森林分析和ROC曲线结果显示,假单胞菌属是具有重要鉴别意义的生物标志菌属。差异代谢通路预测功能显示,维持肠道菌群稳态起主要作用功能的是生物合成功能,假单胞菌属参与了芳香族生物胺降解和酮葡萄糖酸代谢。结论OSA患者存在肠道菌群紊乱,肠菌中假单胞菌属可能通过参与物质代谢影响OSA发生发展,可望作为防治OSA的潜在肠菌靶标。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 肠道菌群 16srrna 多样性 高通量测序
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基于16S rRNA全长高通量测序分析桶子鸡中细菌多样性
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作者 许妍妍 董宇 《安徽农业科学》 CAS 2024年第20期148-154,共7页
[目的]研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。[方法]采用PacBio三代全长高通量测序技术,对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。[结果]共获得67287条有效序列,2300个OTU数目,不同加工环... [目的]研究不同加工过程桶子鸡所携带的微生物多样性及菌落组成。[方法]采用PacBio三代全长高通量测序技术,对桶子鸡样本所携带细菌的16S rRNA的V1-V9区进行测序后进行统计分析。[结果]共获得67287条有效序列,2300个OTU数目,不同加工环节的桶子鸡中细菌群落存在差异。在门水平上,共获得15个细菌门,优势菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)、疣微菌门(Verrucomicrobia);在属水平上,共获得250个细菌属,优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、环丝菌属(Brochothrix)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、Janthinobacterium、黄杆菌属(Flavobacterium)、希万氏菌属(Shewanella)、Kaistella、冷杆菌属(Psychrobacter);在种水平上,共获得621个细菌种,优势菌种为Sediminibacterium magnilacihabitans、慢生根瘤菌sp011516665、Bradyrhizobium sp011516665、Pseudomonas fragi、干酪巨球菌(Macrococcus caseolyticus)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)等。[结论]同一加工环境中获得的老汤复煮桶子鸡、放置12 h桶子鸡和老汤3个样本中携带的优势菌群组成存在一定相似性,但相对丰度存在一定差异。生鲜鸡及另一加工场所制作的刚出锅桶子鸡的优势菌组成与其他样本有很大差异。 展开更多
关键词 桶子鸡 细菌 16s rrna 三代全长 高通量测序 微生物多样性
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16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展 被引量:58
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作者 李东萍 郭明璋 许文涛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期71-77,共7页
16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需... 16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需要选择测序方案;二是面对高通量测序得到的海量数据,如何进行生物信息学分析,以得到具有生物学意义的结果。从测序平台、测序片段、测序数据量的选择3个方面讨论了如何选择测序方案,并从序列聚类与注释、群落结构分析、关键分类单位的筛选与功能分析等方面对目前常用的生物信息学分析手段进行综述。 展开更多
关键词 肠道微生物 16srrna 高通量测序
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基于16s rRNAs高通量测序分析糖尿病足骨髓炎感染骨组织中的病原微生物 被引量:9
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作者 胡萍 邹梦晨 +5 位作者 曹瑛 潘彦伶 罗祥蓉 蒋娅 薛耀明 高方 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1448-1455,共8页
目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16... 目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月~2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定,分析16s rRNA测序结果中DFO的菌群特点,并与培养结果相比较。结果 16s rRNA测序显示DFO骨组织病原微生物多样性较大,分布较为均匀,共获得优势菌属20种,占所有菌属的87.00%,其中Prevotella是丰度最大的菌属。两种鉴定方法结果均显示DFO病原菌以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序阳性率较高(100%vs 88.24%),平均每个样本病原菌数较多(12.56 vs 1.50),革兰氏阴性菌所占的比例较高(67.16% vs 50.00%)。此外,16s rRNA测序结果覆盖了除Escherichia coli、Serratia marcescens及Enterobacter cloaca外的所有培养病原菌结果,甚至有高达13种菌属不存在于培养结果,其中Anaerococcus、Veillonella、Bacteroides、Fusobacterium、Porphyromonas、Finegoldia、Prevotella、Peptostreptococcus、Parvimonas、Peptoniphilus和Bulleidia均为专性厌氧菌或严格厌氧菌,而培养结果中并无厌氧菌的出现。但培养结果显示,DFO中多重耐药菌的比例高达58.33%。结论 16s rRNA高通量测序能较好展示DFO骨组织中菌群微生态的多样性及丰度特点。DFO骨组织病原微生物多样性大,分布均匀,但优势菌属分布离散,以革兰氏阴性菌为主。与培养法相比,16s rRNA测序对病原菌的鉴定简单而准确,尤其在对革兰氏阴性菌和厌氧菌鉴定方面有显著的优势,可快速而准确地指导DFO感染治疗。 展开更多
关键词 糖尿病足骨髓炎 16s rrna基因 高通量测序技术 培养 病原菌
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基于16S rRNA高通量测序的西藏农、牧区牦牛酸奶菌群多样性分析 被引量:20
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作者 刘怡萱 许国琪 +3 位作者 曹鹏熙 金彦龙 李小燕 刘星 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第18期92-97,共6页
运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧... 运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)及链球菌属(Streptococcus),上述3个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著差异(P<0.05);对环境因子的回归分析和基于距离的冗余分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年平均气温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。 展开更多
关键词 青藏高原 牦牛酸奶 微生物多样性 高通量测序技术 16s rrna
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基于16S rRNA高通量测序技术的肠道菌群多样性推断死亡时间 被引量:6
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作者 曹洁 李文晋 +5 位作者 王一飞 安国帅 卢晓军 杜秋香 李晋 孙俊红 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第5期621-626,共6页
目的采用16S rRNA高通量测序技术探究大鼠肠道菌群变化与死亡时间(postmortem interval,PMI)之间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃,提取死后0、1、2、3、5、7、9、12、15、18、21、24、27和30 d共14个时间点的盲肠内容物DNA,采用... 目的采用16S rRNA高通量测序技术探究大鼠肠道菌群变化与死亡时间(postmortem interval,PMI)之间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃,提取死后0、1、2、3、5、7、9、12、15、18、21、24、27和30 d共14个时间点的盲肠内容物DNA,采用16S rRNA高通量测序技术,检测大鼠盲肠内容物中的肠道菌群,对数据进行多样性及差异性分析。结果死后30 d内大鼠肠道微生物菌群总数未发生明显变化,但菌群多样性呈上升趋势。在死后13个时间点共筛选出119个具有显著差异的细菌群落。构建全部时间点、9 d前、12 d后PMI推断的偏最小二乘(partial least squares,PLS)回归模型,其决定系数(R2)分别为0.795、0.767和0.445;交叉验证均方根误差分别为6.57、1.96和5.37 d。结论利用16S rRNA高通量测序技术探究死后30 d内肠道菌群的变化规律,其组成和结构出现了明显的变化,且建立的PLS回归模型表明PMI与肠道菌群之间高度相关,呈一定时序性变化。 展开更多
关键词 法医病理学 16s rrna 死亡时间推断 肠道菌群 高通量测序 大鼠
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基于16S rRNA技术分析石珍安神汤对脱髓鞘小鼠肠道菌群多样性的影响 被引量:12
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作者 马超 贺毅 +7 位作者 孙作厘 刘鑫垚 冯正田 陈沛 宁艳哲 朱虹 尹冬青 贾竑晓 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第1期64-70,共7页
目的基于16S rRNA技术研究石珍安神汤(Shi-Zhen-An-Shen-Tang,SZAST)对脱髓鞘模型小鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法SPF级5周龄雄性C57BL/6小鼠30只,采用数字表法随机分为普通饲料对照组、模型组、... 目的基于16S rRNA技术研究石珍安神汤(Shi-Zhen-An-Shen-Tang,SZAST)对脱髓鞘模型小鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法SPF级5周龄雄性C57BL/6小鼠30只,采用数字表法随机分为普通饲料对照组、模型组、中药低剂量组、中药中剂量组、中药高剂量组、喹硫平组,每组5只。适应性喂养2周后,对照组正常饮食,其他组食用混合了0.2%(质量分数)双环乙酮草酰二腙(cuprizone,CPZ)的特殊饲料。食用特殊饲料4周后,SZAST组给予SZAST灌胃2周(低浓度组5.5 g·kg^-1·d^-1,中浓度组11.0 g·kg^-1·d^-1,高浓度组16.5 g·kg^-1·d^-1),模型组以0.9%(质量分数)氯化钠注射液灌胃2周(10 mL·kg^-1·d^-1),喹硫平组按10 mg·kg^-1·d^-1给予喹硫平溶液灌胃。2周后小鼠麻醉取盲肠内容物。以Illumina MiSeq为测序平台,对其16S rRNA V3-V4区的肠道菌群可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数量,alpha与beta多样性,丰富度指数与多样性指数以及差异菌与菌属进行综合性分析与评价。结果石珍安神汤可改善脱髓鞘小鼠OTUs数量及alpha与beta多样性的失调,对脱髓鞘小鼠的β-变形菌纲、伯克菌目、拟杆菌科、产碱杆菌科、毛螺菌属-NK4A136等差异菌分布结构均产生回调作用。结论石珍安神汤对脱髓鞘模型小鼠的异常菌群多样性起到调节作用,并通过16S rRNA技术揭示了肠道菌群在白质损害导致精神分裂症中的相关病理机制。 展开更多
关键词 精神分裂症 石珍安神汤 双环己酮草酰二腙 肠道菌群 高通量测序 16s rrna技术 可操作分类单元
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福建华溪蟹线粒体DNA COI和16S rRNA基因序列的遗传多样性 被引量:6
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作者 石林波 张小燕 +3 位作者 汪雁 王云龙 周宪民 邹节新 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期671-675,共5页
目的探讨福建华溪蟹(Sinopotamon fukienense)的遗传多样性。方法采用PCR结合DNA测序技术,测定S.fukienense的线粒体COI和16SrRNA基因序列的组成。经比对获得639bp长度的COI基因序列和526bp的16SrRNA基因序列,以对比分析S.fukienense的... 目的探讨福建华溪蟹(Sinopotamon fukienense)的遗传多样性。方法采用PCR结合DNA测序技术,测定S.fukienense的线粒体COI和16SrRNA基因序列的组成。经比对获得639bp长度的COI基因序列和526bp的16SrRNA基因序列,以对比分析S.fukienense的遗传多样性。结果 S.fukienense基于COI基因核苷酸多样性(Pi)为0.048 4,高于其基于16SrRNA基因核苷酸多样性(Pi)为0.021 6。同时,S.fukienense基于COI基因单倍型间的平均遗传距离(P)为0.048,大于其基于16SrRNA基因单倍型间的平均遗传距离(P)0.026。结论 COI序列在分析S.fukienense遗传异变时的作用更优于16SrRNA基因序列。 展开更多
关键词 福建华溪蟹 COI基因序列 16s rrna基因序列 遗传多样性
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5种经济海胆线粒体16S rRNA基因片段的序列分析 被引量:8
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作者 刘晓慧 黄佳琪 +1 位作者 周遵春 董颖 《水产科学》 CAS 北大核心 2007年第6期331-334,共4页
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信... 对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。 展开更多
关键词 光棘球海胆 中间球海胆 海刺猬 马粪海胆 紫海胆 线粒体DNA 16s rrna基因 序列分析
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石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定 被引量:2
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作者 张满效 杨轩 +4 位作者 张威 周茹宝 陈拓 刘光琇 高天鹏 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期242-247,共6页
针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%~10... 针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%~10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源. 展开更多
关键词 石化污泥 优势菌群 高通量分析 16s rrna基因鉴定 生物修复
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16S rRNA高通量测序研究柴芪汤对代谢综合征大鼠肠道菌群的影响 被引量:12
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作者 彭龙 张立平 《世界中医药》 CAS 2021年第5期758-764,共7页
目的:采用16S rRNA高通量测序技术分析柴芪汤对代谢综合征(MS)大鼠肠道菌群的影响。方法:通过Illumina Miseq PE300型高通量测序仪对大鼠粪便肠道菌群进行16S rRNA基因V3-V4可变区检测,运用Usearch、Mothur、LEfSe分析肠道菌群的组成结... 目的:采用16S rRNA高通量测序技术分析柴芪汤对代谢综合征(MS)大鼠肠道菌群的影响。方法:通过Illumina Miseq PE300型高通量测序仪对大鼠粪便肠道菌群进行16S rRNA基因V3-V4可变区检测,运用Usearch、Mothur、LEfSe分析肠道菌群的组成结构及不同菌属相对丰度变化。结果:柴芪汤能够逆转MS大鼠肠道菌群物种多样性的下降,并纠正MS导致的菌群组成结构改变。研究发现MS大鼠的肠道菌群在菌属水平有57个菌属相对丰度发生显著变化,而柴芪汤能将其中的54个菌属恢复至正常水平。结论:从肠道微生态角度阐释了MS的可能病机,柴芪汤可以通过调节肠道菌群防治MS。 展开更多
关键词 代谢综合征 柴芪汤 健脾疏肝 肠道菌群 16s rrna高通量测序 炎症反应 短链脂肪酸 脂多糖
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基于16S rRNA高通量测序技术分析生鲜水牛乳在加工前的细菌多样性 被引量:2
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作者 谢芳 谢华德 +2 位作者 李孟伟 唐振华 杨承剑 《中国奶牛》 2021年第9期52-58,共7页
本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性。分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序... 本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性。分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序及BLAST比对。结果显示,在属水平,刚挤出30min~冷藏5h组中的优势菌属为金黄杆菌属(39.28%)、巨型球菌属(16.47%)、乳球菌属(9.61%),而在冷藏12~24h组中则以不动杆菌属(34.95%)、芽孢杆菌属(11.2%)、库特氏菌属(9.01%)为优势菌属。葡萄球菌属在刚挤出组中未检出,但随着冷藏时间的延长,其丰度呈上升趋势。可以得出,生鲜水牛乳从刚挤出至冷藏24h内,其微生物群落结构和组成呈动态变化,且此次测序中条件致病菌检出率较高,冷藏12h后样本组中细菌多样性显著高于其他组,由此可知生鲜水牛乳从挤出至加工前,低温贮藏时间越短越好,最好控制在5h内。 展开更多
关键词 16s rrna高通量测序 生鲜水牛乳 冷藏 细菌多样性
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两种大眼蟹线粒体16S rRNA基因序列分析 被引量:3
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作者 徐敬明 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期57-61,共5页
测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体16SrRNA基因部分片段的序列,其长度均为517bp。二者的核苷酸序列A,T,G,C的含量相似:宽身大眼蟹分别为33.3%,35.6%,19.9%,11.2%;日本大眼蟹分别为35.2%,35.4%,18.4%,11.0%。不包括6处插入/缺失位点,... 测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体16SrRNA基因部分片段的序列,其长度均为517bp。二者的核苷酸序列A,T,G,C的含量相似:宽身大眼蟹分别为33.3%,35.6%,19.9%,11.2%;日本大眼蟹分别为35.2%,35.4%,18.4%,11.0%。不包括6处插入/缺失位点,两序列间有63个变异位点,核苷酸差异率为12.26%,其中转换32个、颠换31个,转换与颠换比约为1.0。对国内外大眼蟹的24条长度为415bp的16SrRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为71.7%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点171个,简约信息位点137个。中国和日本的日本大眼蟹之间的核苷酸差异率为4.42%,表明二者已有明显的遗传分化;中国的日本大眼蟹与日本的万岁大眼蟹之间的核苷酸差异率仅为0.21%,表明二者有可能为同一物种。上述结果得到了系统发生树拓扑结构的支持。 展开更多
关键词 宽身大眼蟹 日本大眼蟹 16s rrna 序列 系统发生
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南疆维吾尔族儿童龋病及16S rRNA高通量测序菌斑微生物群落结构
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作者 仵楠 代海涛 徐江 《口腔医学研究》 CAS 北大核心 2018年第12期1307-1311,共5页
目的:分析南疆维吾尔民族儿童患龋情况及微生物学角度研究龋病可能高发的原因。方法:通过分层整群抽样随机抽取南疆第三师51团5个连队幼儿园3~5岁维吾尔族儿童296名调查患龋情况及充填率,应用Illumina Miseq高通量测序技术分析高龋儿... 目的:分析南疆维吾尔民族儿童患龋情况及微生物学角度研究龋病可能高发的原因。方法:通过分层整群抽样随机抽取南疆第三师51团5个连队幼儿园3~5岁维吾尔族儿童296名调查患龋情况及充填率,应用Illumina Miseq高通量测序技术分析高龋儿童、无龋儿童口腔微生物群落结构及多样性。结果:南疆第三师51团维吾尔族3~5岁儿童总患龋率83.4%、龋均(3.07±3.22)、龋补充填率2.07%。5岁组儿童患龋率、龋均明显高于3岁组,不同性别儿童患龋率和龋均之间差异均无统计学意义。无龋组与高龋组口腔菌斑呈微生物多样性,共98个outs,归属于12个门、18个纲、25个目、34个科、60个属。无龋组微生物多样性较高龋组丰富,Streptococcaceae,Porphyromonadaceae、Fusobacteria、Veillonellaceae、peptostreptococcaceae在两组所有样本中均存在,在高龋组中构成比高于无龋组。结论:南疆维吾尔族儿童患龋率明显高于国内平均水平,应加强对南疆地区群众的口腔资源投入,当地维吾尔族儿童中高龋和无龋人群口腔微生物群落结构存在一定的差异,高龋组中优势菌(Streptococcaceae,Porphyromonadaceae、Fusobacteria、Veillonellaceae、peptostreptococcaceae)对龋病发生发展的作用还有待进一步的研究。 展开更多
关键词 龋病 菌斑 微生物群落结构 16s rrna 高通量测序
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基于16S rRNA测序分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化
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作者 张涛 林月月 +7 位作者 陈灿 陈兰 丁浩 张跟喜 谢恺舟 王金玉 戴国俊 潘志明 《中国家禽》 北大核心 2021年第12期50-55,共6页
为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7 d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属。结果显示:冰鲜... 为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7 d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属。结果显示:冰鲜鸡腐败过程中微生物丰富度和均匀度均显著下降,保存5 d和7 d样本与保存1 d和3 d样本微生物组成存在显著差异,4 d可能为冰鲜鸡腐败变质的临界点;筛选到27个冰鲜鸡腐败相关的候选菌属,其中肉食杆菌属、沙雷氏菌属和发光杆菌属可能为引起冰鲜鸡腐败变质的优势菌属。研究结果有助于加深对冰鲜鸡腐败变质机理的理解。 展开更多
关键词 冰鲜鸡 腐败菌 16 S rrna测序 多样性 物种组成
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基于16S rRNA高通量测序技术的生态学实验教学
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作者 何磊 张乃方 +1 位作者 程磊 陈欣 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2021年第3期167-171,共5页
利用微生物16S基因特定区域的通用引物对16S rRNA进行扩增,采用高通量二代测序技术,结合QIIME数据处理软件进行序列的筛选、比对和微生物鉴定,从而获得土壤中大量微生物物种OTU(Operational Taxonomic Unit)的分布信息。结果表明,该实... 利用微生物16S基因特定区域的通用引物对16S rRNA进行扩增,采用高通量二代测序技术,结合QIIME数据处理软件进行序列的筛选、比对和微生物鉴定,从而获得土壤中大量微生物物种OTU(Operational Taxonomic Unit)的分布信息。结果表明,该实验激发了学生的实验操作兴趣,拓展了本科生态学实验教学内容,有助于学生了解高通量测序技术在生态学研究领域的应用,提高学生综合实验能力。 展开更多
关键词 16s rrna 高通量测序技术 微生物多样性
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基于16S rRNA高通量测序技术分析安格斯牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究 被引量:21
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作者 吴琼 王思珍 +3 位作者 张适 尤欢 胡宗福 牛化欣 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2020年第2期49-56,共8页
本研究旨在系统探索和分析安格斯牛瘤胃微生物多样性及其基因功能。选用体重550 kg左右的安格斯牛6头分成2组,利用基于16S rRNA高通量测序技术检测牛瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,2组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得86298条... 本研究旨在系统探索和分析安格斯牛瘤胃微生物多样性及其基因功能。选用体重550 kg左右的安格斯牛6头分成2组,利用基于16S rRNA高通量测序技术检测牛瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,2组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得86298条高质量优质序列,聚类为346个操作分类单元(OUT),经分类学鉴定分属13个门,21个纲,24个目,40个科,123个属。拟杆菌门(Bacteroidetes)43.16%和厚壁菌门(Firmicutes)36.29%为优势菌群。基于属的组成,依次为普雷沃氏菌属_7(Prevotella_7)29.28%、琥珀酸弧菌科_UCG-001(Succinivibrionaceae_UCG-001)11.30%、琥珀酸菌属(Succiniclasticum)11.10%、普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)6.65%、瘤胃球菌属_1(Ruminococcus_1)5.17%、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)2.75%等。16S功能预测和COG、KEGG代谢通路数据库对比发现,功能集中在氨基酸运输和代谢、碳水化合物转运及代谢的相关基因上,可能含有丰富的蛋白分解、转运及代谢酶相关基因和大量的纤维素以及木质素降解酶基因。经碳水化合物活性酶(CAZymes)注释和KEGG代谢酶数据库比对显示,预测的功能基因糖苷水解酶和糖基转移酶所占比例较高;产乙酸和丁酸相关酶基因丰度较高。安格斯牛瘤胃内含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解和挥发性脂肪酸生成菌群及酶系,为展示瘤胃微生物多样性,发现和筛选新的功能酶基因提供参考。 展开更多
关键词 16s rrna高通量测序 安格斯牛 瘤胃 微生物多样性 功能预测
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16S rRNA序列分析技术对临床标本中疑难细菌的鉴定 被引量:7
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作者 叶乃芳 凌华志 +3 位作者 黄颖 沈继录 徐元宏 王中新 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2015年第7期1000-1003,共4页
目的应用16S rRNA序列分析技术鉴定临床少见或疑难细菌,提高细菌鉴定的准确性。方法收集临床少见或疑难细菌44株,提取DNA,采用通用引物进行PCR扩增及目的片段基因测序,并将测序结果在核酸数据库中比对分析以确定菌种。结果 44株临床少... 目的应用16S rRNA序列分析技术鉴定临床少见或疑难细菌,提高细菌鉴定的准确性。方法收集临床少见或疑难细菌44株,提取DNA,采用通用引物进行PCR扩增及目的片段基因测序,并将测序结果在核酸数据库中比对分析以确定菌种。结果 44株临床少见或疑难细菌均扩增到16S rRNA目的基因片段并成功测序,40株(90.9%)鉴定到"种",4株(9.1%)鉴定到"属";其中常规方法与测序方法在"属"水平一致的有34株(77.3%),不一致的有10株(22.7%)。结论 16S rRNA序列分析技术可以准确、快速地鉴定临床少见或疑难细菌,可以作为临床细菌鉴定的重要方法之一。 展开更多
关键词 16s rrna基因 序列分析 细菌 鉴定
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分析方法对细菌群落16S rRNA基因扩增测序分析结果的影响 被引量:6
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作者 钟辉 刘亚军 +2 位作者 王滨花 和梦洁 吴兰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期81-92,共12页
细菌16S rRNA基因扩增测序是当前环境微生物组学研究中应用最为广泛的方法之一。然而,测序序列最小分类单元的划分有多种方式,其对微生物多样性下游分析结果的影响还有待进一步探究。本研究通过提取5组环境样本(森林、农田、湿地土壤、... 细菌16S rRNA基因扩增测序是当前环境微生物组学研究中应用最为广泛的方法之一。然而,测序序列最小分类单元的划分有多种方式,其对微生物多样性下游分析结果的影响还有待进一步探究。本研究通过提取5组环境样本(森林、农田、湿地土壤、湖泊沉积物和水体)的DNA进行16S rRNA基因扩增测序,对测序结果同时采用5种最小分类单元的划分方式(基于97%、98%、99%和100%序列相似性聚类的OTU以及基于DADA2算法得到的ASV)进行划分,比较分析最小分类单元划分方法对微生物群落多样性、组成、以及其与环境因子关联性分析造成的影响。结果表明,提高分类分辨率,能够获得更高的群落α多样性(Chao1和Shannon)和β多样性(P < 0.05),而相对于按序列相似性聚类的OTU,ASV方法会在一定程度上降低Chao1和PD指数。对于群落组成,分类单元的划分方式主要影响微生物组一些低丰度属(< 0.2%)的占比,而对较高的分类学水平(门水平)组成的影响较小。此外,冗余分析的结果表明,提高分类分辨率水平,能够使得环境因子对微生物群落能够获得更高的解释度,同时也会影响各环境因子对群落组成的解释度排序。总之,本研究明晰了最小分类单元的不同划分方式会对微生物组多样性、组成以及与环境因子的关联性造成的影响,为后续环境微生物组学研究提供了理论指导。 展开更多
关键词 环境微生物组 高通量测序 16s rrna基因 最小分类单元 细菌多样性
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