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3~6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究 被引量:12
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作者 李晓斌 赵国栋 +4 位作者 刘振 吴婷婷 何周瑞 邓海峰 杨开伦 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1535-1544,共10页
本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进... 本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P>0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。 展开更多
关键词 伊犁马 ILLUMINA hiseq测序技术 肠道微生物群落 多样性
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饲粮中性洗涤纤维/淀粉比值对荷斯坦公牛瘤胃古菌和甲烷排放量的影响 被引量:2
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作者 侯路钊 王增林 +6 位作者 孙雪丽 刘桃桃 李秋凤 曹玉凤 李建国 高艳霞 陈攀亮 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期358-371,共14页
本试验旨在通过Illumina HiSeq测序技术和实时定量PCR研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)/淀粉比值对荷斯坦公牛瘤胃古菌和甲烷排放量的影响。选取36头体重[(282±37)kg]相近、健康的荷斯坦奶公牛,随机分为3组,每组12头。各组分别饲喂NDF/... 本试验旨在通过Illumina HiSeq测序技术和实时定量PCR研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)/淀粉比值对荷斯坦公牛瘤胃古菌和甲烷排放量的影响。选取36头体重[(282±37)kg]相近、健康的荷斯坦奶公牛,随机分为3组,每组12头。各组分别饲喂NDF/淀粉比值为1.13(Ⅰ组)、1.38(Ⅱ组)、1.63(Ⅲ组)的全混合日粮(TMR)。预试期7 d,正试期90 d。结果表明:1)Ⅰ组甲烷排放量较Ⅱ、Ⅲ组极显著降低了33.13%、67.89%(P<0.01)。2)Alpha多样性分析发现,Ⅲ组Chao1指数显著高于Ⅰ组(P<0.05),系统发育树极显著高于Ⅰ组(P<0.01)。3)各组甲烷短杆菌属在瘤胃古菌中占绝对优势,其相对丰度≥97%。Ⅲ组甲烷短杆菌属相对丰度显著高于Ⅰ、Ⅱ组(P<0.05)。4)Beta多样性分析和基于功能基因的主成分分析(PCA)发现,Ⅰ、Ⅱ组样品瘤胃古菌菌群相似度和功能组成比较接近,与Ⅲ组样品有差异。5)由PICRUSt基因预测发现,各组甲烷产生途径存在差异。6)各组之间反刍兽甲烷短杆菌数量存在极显著差异(P<0.01)。综上所述,降低饲粮NDF/淀粉比值能够减少甲烷排放量,降低瘤胃古菌丰富度指数,降低甲烷短杆菌属相对丰度和反刍兽甲烷短杆菌数量,并减少了荷斯坦公牛瘤胃甲烷菌生成甲烷途径。 展开更多
关键词 Illumina hiseq测序技术 实时定量PCR 中性洗涤纤维/淀粉比值 瘤胃古菌 甲烷排放量
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妊娠后期与泌乳期母猪肠道微生物多样性研究 被引量:4
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作者 王仁杰 贺宇 +4 位作者 张云常 雷燕 吕继蓉 王晓龙 武振龙 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期537-545,共9页
本试验旨在研究妊娠后期和泌乳期母猪肠道微生物多样性。选取6头健康、背膘厚与分娩日期相近的第2胎次大白母猪,分别于妊娠期第93天(G93)和第100天(G100)以及泌乳期第14天(L14)和第21天(L21)取其直肠粪样,用Illumina HiSeq测序技术分析... 本试验旨在研究妊娠后期和泌乳期母猪肠道微生物多样性。选取6头健康、背膘厚与分娩日期相近的第2胎次大白母猪,分别于妊娠期第93天(G93)和第100天(G100)以及泌乳期第14天(L14)和第21天(L21)取其直肠粪样,用Illumina HiSeq测序技术分析微生物多样性。结果显示:1)从6头母猪的24份样品中共获得875732条有效序列、1298个操作分类单元(OTU),分别有1181个和429个OTU可以注释到门和属水平。2)在alpha多样性方面,与G93和G100时相比,L14和L21时的OTU数显著下降(P<0.05);L21时的Chao1、Observed species和Shannon指数显著低于G100时(P<0.05);与G93时相比,L21时的Simpson指数显著降低(P<0.05)。3)在beta多样性方面,G93和G100时的微生物组成相似,L14和L21时的微生物组成相似,但妊娠后期与泌乳期肠道微生物组成差异较大。4)4个时间点共有微生物OTU 809个,可分别注释到13个门和69个属。5)在门水平上,4个时间点的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋菌门,这3个门的菌数占各时间点总菌数的93.20%以上;与G93时相比,L21时广古菌门的相对丰度显著降低(P<0.05)。6)在属水平上,4个时间点的优势菌属均是普雷沃氏菌属、乳酸菌属和密螺旋体属;乳酸菌属的相对丰度在L21时显著高于G93时(P<0.05);梭状芽胞杆菌属ⅩⅣa的相对丰度在L14和L21时显著低于G93时(P<0.05)。由此可见,与妊娠后期相比,泌乳期母猪肠道微生物多样性下降;妊娠后期与泌乳期母猪肠道的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋菌门,其微生物组成相对稳定。 展开更多
关键词 母猪 Illumina hiseq测序技术 肠道微生物 多样性
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中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响 被引量:3
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作者 买占海 崔耀成 +4 位作者 沙娅·奴尔兰 卢亚宾 姚伟涛 张耀 况玲 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第8期2634-2642,共9页
为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响,本试验选取45只SPF级昆明小鼠,分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL,对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL,每天灌胃2次... 为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响,本试验选取45只SPF级昆明小鼠,分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL,对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL,每天灌胃2次,间隔8 h,连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示,中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数(Chao1和Shannon)呈波动性变化,试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著(P<0.01);通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物,在门水平上,有9大优势菌门,其中与对照A组相比,试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低(P<0.05);而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加(P<0.05;P<0.01);在科水平上,有19大优势菌科,其中与对照组相比,试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,有18大优势菌属,其中与对照A组相比,试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低(P<0.05),而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加(P<0.05)。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长,从而抑制Proteobacteria有害菌的生长,增强糖和脂肪代谢,最终通过改善肠道微生物多样性的结构,使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。 展开更多
关键词 小鼠 肠道微生物菌群 Illumina hiseq测序技术
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