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闽楠PbHSP70基因家族成员的鉴定及表达分析
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作者 谢始群 黄磊 +1 位作者 欧雪婷 金云峰 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第5期1256-1270,1348,共16页
【目的】系统鉴定闽楠热激蛋白70(HSP70)基因家族成员,分析其结构特性及高温胁迫下的表达模式,为功能研究提供依据。【方法】基于闽楠全基因组数据,采用生物信息学方法鉴定PbHSP70基因,分析其理化性质、系统进化、基因结构、保守基序、... 【目的】系统鉴定闽楠热激蛋白70(HSP70)基因家族成员,分析其结构特性及高温胁迫下的表达模式,为功能研究提供依据。【方法】基于闽楠全基因组数据,采用生物信息学方法鉴定PbHSP70基因,分析其理化性质、系统进化、基因结构、保守基序、染色体分布、共线性及启动子顺式元件;结合RNA-seq与RT-qPCR技术分析组织特异性与高温胁迫表达特征。【结果】共鉴定56个PbHSP70基因家族成员,编码蛋白多为亲水性不稳定蛋白,主要定位于细胞质,分为DnaK和HSP110/SSE2个亚家族。基因结构保守但内含子数目差异大,成员在8条染色体上不均匀分布。共线性分析发现10对片段重复基因,家族扩张可能主要源于片段复制,Ka/Ks均小于1,表明受到纯化选择。启动子区域富含激素、光响应及非生物胁迫相关元件。表达模式显示该家族具有组织特异性,高温胁迫下12个代表基因均显著诱导表达,其中PbHSP70-40基因响应最为显著。【结论】PbHSP70基因家族在闽楠中进化保守、序列多样,可能积极参与高温胁迫响应过程,PbHSP70-40为关键候选基因,对其深入研究有助于揭示闽楠耐热分子机制。 展开更多
关键词 闽楠 hsp70基因家族 高温胁迫 表达分析
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小麦及其祖先物种Hsp70基因家族鉴定与表达分析 被引量:2
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作者 吴毅 冯雅岚 +4 位作者 王添宁 琚吉浩 肖慧淑 马超 张均 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期53-67,共15页
热激蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)在植物发育过程以及响应生物和非生物胁迫中起着重要作用。为探究小麦Hsp70基因家族进化关系、功能以及表达模式,本研究对乌拉尔图小麦、拟斯卑尔脱山羊草、二粒小麦、粗山羊草以及普通小麦的Hs... 热激蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)在植物发育过程以及响应生物和非生物胁迫中起着重要作用。为探究小麦Hsp70基因家族进化关系、功能以及表达模式,本研究对乌拉尔图小麦、拟斯卑尔脱山羊草、二粒小麦、粗山羊草以及普通小麦的Hsp70基因进行全面的生物信息学分析,并通过RT-qPCR方法分析其部分Hsp70基因在不同外源激素和环境胁迫条件下的表达模式。结果表明,从乌拉尔图小麦、拟斯卑尔脱山羊草、二粒小麦、粗山羊草和普通小麦5个物种中,分别鉴定出30、41、60、28和94个Hsp70基因;系统发育分析表明5个物种Hsp70家族成员分为5个亚家族组,每组成员数量不相等,其中大部分成员分布在第Ⅰ组,且同一亚家族中大多数的Hsp70成员具有相似的基因结构和保守基序;进一步综合分析5个物种Hsp70基因的染色体定位和重复事件,发现Hsp70基因在5个物种的各染色体上分布不均匀,此外从5个物种中共发现12个串联重复事件和110个片段复制事件,表明片段复制事件促进了小麦Hsp70基因家族的扩张;顺式作用元件分析表明,5个物种Hsp70基因的启动子区域存在多种光响应元件、逆境响应元件、激素响应元件以及生长发育调节元件;此外RT-qPCR结果表明,5个物种部分Hsp70基因在不同激素处理和逆境胁迫下具有不同程度的响应,在高温和干旱胁迫下,所选8个Hsp70基因均上调表达。小麦及其祖先物种Hsp70基因的鉴定及其进化过程为进一步研究Hsp70基因在小麦生长发育过程中的功能以及在逆境胁迫下的响应机制提供理论基础。 展开更多
关键词 小麦 hsp70基因家族 生物信息学分析 表达模式
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烟草Hsp70基因家族的鉴定及NtHsp70Chl基因的表达分析 被引量:18
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作者 陈二龙 范志勇 +5 位作者 王松峰 王德勋 朱凯 孙军伟 苏家恩 宋朝鹏 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期8-16,共9页
为探明烟草热激蛋白70(Hsp70)基因家族的特征及烟叶主脉中NtHsp70Chl基因在烘烤条件下的表达模式,对Hsp70基因家族进行了亚细胞定位、系统进化、基因结构、染色体定位,并对NtHsp70Chl基因进行了烘烤条件下实时荧光定量表达PCR分析。结... 为探明烟草热激蛋白70(Hsp70)基因家族的特征及烟叶主脉中NtHsp70Chl基因在烘烤条件下的表达模式,对Hsp70基因家族进行了亚细胞定位、系统进化、基因结构、染色体定位,并对NtHsp70Chl基因进行了烘烤条件下实时荧光定量表达PCR分析。结果表明,烟草基因组中Hsp70基因家族共有61个成员,蛋白序列长度不等,等电点在4.52~9.75范围内,各成员蛋白分别定位于细胞质、内质网、细胞外基质、叶绿体和线粒体中;烟草Hsp70基因家族分为6组,定位于叶绿体的成员均存在Ⅵ-a亚组;61个NtHsp70基因分布于18条染色体上,经亚细胞定位于叶绿体的基因分别位于6、17和19号染色体上;烟草Hsp70家族中具有10个基因重复和5个旁系同源基因;经RT-q PCR检测分析,定位于烟草叶绿体中的NtHsp70Chl基因对高温诱导的敏感性较弱。本研究为深入研究烟草Hsp70的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草 主脉组织 hsp70基因家族 生物信息学 Nthsp70Chl 高温诱导
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野生花生Hsp70基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量:5
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作者 陈湘瑜 徐日荣 +1 位作者 熊发前 唐兆秀 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期572-581,共10页
热激蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)是细胞应对高温和其它胁迫环境时所产生的一类分子伴侣类型应激蛋白。本研究以Arachis duranensis和Arachis ipansis基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对Hsp70基因家族进行鉴定分析。结... 热激蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)是细胞应对高温和其它胁迫环境时所产生的一类分子伴侣类型应激蛋白。本研究以Arachis duranensis和Arachis ipansis基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对Hsp70基因家族进行鉴定分析。结果表明,A.duranensis含有34个Hsp70基因成员,A.ipansis含有35个Hsp70基因成员,两者的直系同源基因大部分分布于两套染色体相近的位置。Ad Hsp70和Ai Hsp70基因家族根据亚细胞定位结果可分4种类型,各类型的Hsp70基因结构相对保守。根据系统进化分析Hsp70基因家族可分为ClassⅠ(Hsp70)和ClassⅡ(Hsp110)两个亚家族,其中ClassⅠ亚家族进一步分为3个小家族,同时揭示Hsp70基因家族成员产生于单双子叶分化之前。GO分析预测表明,Ad Hsp70和Ai Hsp70基因家族功能类别完全一致,各功能类别数目比例变化相似。本研究结果有助于了解花生属植物Hsp70基因家族功能,以期为深入研究花生逆境生理过程中的分子调控机理提供基础。 展开更多
关键词 野生花生 hsp70基因家族 生物信息学 系统发育 抗高温
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中国辣椒热激蛋白HSP70基因家族分析 被引量:8
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作者 丁亚东 舒黄英 +4 位作者 高崇伦 郝园园 成善汉 朱国鹏 汪志伟 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期152-162,共11页
以中国辣椒(Capsicum chinense Jacq.)基因组数据为基础,采用生物信息学方法对中国辣椒HSP70基因家族进行全基因组鉴定分析。结果显示,中国辣椒全基因共鉴定得到20个HSP70基因,编码蛋白序列长度为516~854 aa,分子量大小为56.21~94.26 k... 以中国辣椒(Capsicum chinense Jacq.)基因组数据为基础,采用生物信息学方法对中国辣椒HSP70基因家族进行全基因组鉴定分析。结果显示,中国辣椒全基因共鉴定得到20个HSP70基因,编码蛋白序列长度为516~854 aa,分子量大小为56.21~94.26 kD。系统进化分析结果表明,中国辣椒HSP70基因可分为A、B、C 3个亚家族。比较转录组分析结果显示,有16个HSP70基因对热胁迫有不同程度的响应。 展开更多
关键词 中国辣椒 hsp70基因家族 生物信息学
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鸡HSP70家族基因鉴定及功能分析
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作者 朱淼 李欣燃 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期770-776,共7页
热激蛋白70(HSP70)是一类广泛存在于动植物体内的分子伴侣,并在各类生物或非生物胁迫过程中发挥重要作用。目前多种动植物体内的HSP70已经得到系统鉴定,但对于鸡HSP70尚缺乏全面分析,鉴于此,本研究采用生物信息学方法对鸡基因组进行挖... 热激蛋白70(HSP70)是一类广泛存在于动植物体内的分子伴侣,并在各类生物或非生物胁迫过程中发挥重要作用。目前多种动植物体内的HSP70已经得到系统鉴定,但对于鸡HSP70尚缺乏全面分析,鉴于此,本研究采用生物信息学方法对鸡基因组进行挖掘、鉴定和分析。结果表明,在鸡基因组中鉴定出17个HSP70基因家族成员,它们分散在7条染色体上,出现6次串联重复,且无共线性。HSP70家族蛋白质理化性质差异较大,氨基酸序列长度为472~998 aa,包含15个酸性蛋白质和2个碱性蛋白质,仅HSPA13(rna-NM_001030793.4)出现1次跨膜。同一进化分支上,各成员的保守结构域具有一定相似性,且所有成员均具有Motif1。进化树分析结果表明,鸡、人、鼠3个物种HSP70中相同亚家族成员聚集在一起,表明HSP70家族在不同物种间具有一定的保守性。新城疫病毒感染鸡的转录组数据分析结果表明,在新城疫病毒感染过程中,多数HSP70基因家族成员表达量发生不同程度下调,其中HSPA8(rna-NM_205003.3)和HSPA2(rna-NM_001006685.1)表达量下调明显,二者有望成为新城疫防治的新靶点。本研究结果不仅为鸡HSP70生物学功能研究奠定基础,还为其他物种相关研究提供理论参考。 展开更多
关键词 hsp70家族基因 生物信息学 功能分析
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甲基安非他命(冰毒)诱导基因表达变化研究进展 被引量:1
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作者 杨静 王晔 刘敏 《法医学杂志》 CAS CSCD 2004年第3期185-188,共4页
甲基安非他命进入机体后,其最根本的变化是引起了成瘾者许多基因转录和表达改变。这些基因包括与神经元损害有关的基因、与日节律有关的基因、与行为异常有关的基因及其它一些无法分类的基因。它们基因转录和表达水平增高或者降低引起... 甲基安非他命进入机体后,其最根本的变化是引起了成瘾者许多基因转录和表达改变。这些基因包括与神经元损害有关的基因、与日节律有关的基因、与行为异常有关的基因及其它一些无法分类的基因。它们基因转录和表达水平增高或者降低引起了甲基安非他命成瘾者各种临床表现。研究这些基因表达可以为法医学鉴定提供依据。 展开更多
关键词 甲基安非他命 冰毒 基因表达 hsp70基因家族 arc基因 C-FOS
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