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应用反向斑点杂交技术进行脐血HLA-DRB基因分型方法的建立 被引量:4
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作者 黄以宁 廖灿 +3 位作者 汤雪薇 李焱 谢杏梅 曾瑞萍 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2002年第2期148-152,共5页
HLA分子的多态性对于移植有十分重要的意义。常用的HLA基因分型方法中SSOP基因分型方法有较高分辨率 ,但操作过程复杂 ,仅适于大样本的HLA分型。PCR SSP基因分型方法分辨率较低 ,但操作过程简单 ,适于临床要求。有必要建立一种简便、快... HLA分子的多态性对于移植有十分重要的意义。常用的HLA基因分型方法中SSOP基因分型方法有较高分辨率 ,但操作过程复杂 ,仅适于大样本的HLA分型。PCR SSP基因分型方法分辨率较低 ,但操作过程简单 ,适于临床要求。有必要建立一种简便、快速、价廉、高分辨率的基因分型方法。本研究取 6 3份已知HLA DRB型的脐血标本 ,经盐酸胍方法提取DNA用于反向斑点杂交 (RDB)基因分型 ,同时采用SSOP和PCR SSP方法进行比较。结果表明 ,所有样本用RDB方法基因分型均获得成功 ,可准确地分辨 6 0个HLA DRB等位基因 ,且结果与用SSOP和PCR SSP方法的结果完全一致。结论提示 ,RDB方法可准确地分辨HLA DRB等位基因 ,分辨率高 ,操作简单 。 展开更多
关键词 反向斑点杂交技术 hla-drb基因分型 脐血 特异性序列引物PCR 序列特异性寡核苷酸探针 白细胞抗原
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妊娠患者ABO疑难血型基因分型及输血策略探讨
2
作者 冯晨晨 陈青 +4 位作者 韦晓 史丽莉 张若洋 赵芳 肖建宇 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期538-545,共8页
目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方... 目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方法鉴定血型表型及基因型。结果:36例样本共检出ABO亚型20例,包括10例BA/O,3例cisAB/O,2例A/Bw,1例A2/B,1例Aw/B,1例BA/B,1例BA/A,1例Bw/O;12例ABO基因测序后未发现与异常表型相关的特异性变异;检出4例类孟买血型。结论:ABO亚型干扰妊娠患者的ABO血型鉴定,同时妊娠状态也会影响血型表型。利用基因检测技术精准确定血型基因型能够指导妊娠患者临床输血,保障母婴安全。 展开更多
关键词 ABO亚型 基因分型 输血安全 产前筛查
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新疆巴州地区某奶牛场隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子分型、耐药特征和毒力基因检测
3
作者 蔡依龙 吴自豪 +2 位作者 池昊明 刘士哲 陈伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第2期10-17,共8页
为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其... 为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其药物敏感性、毒力基因携带情况和生物被膜形成能力。结果显示,从40份乳样中得到34株金黄色葡萄球菌,MLST分型共18种,spa分型共7种,其主要流行克隆为ST5405-t189和ST5406-t705。34株金黄色葡萄球菌分离株对红霉素的耐药率最高(50.0%,17/34),并检测到4株(11.8%)耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,6株(17.6%)金黄色葡萄球菌具有多重耐药表型;34株金黄色葡萄球菌携带14种毒力基因,其中,clfB(94.1%,32/34)、clfA(88.2%,30/34)、hlb(85.3%,29/34)、cna(79.4%,27/34)和hla(67.6%,23/34)的检出率较高;23株(67.6%)金黄色葡萄球菌具有生物被膜形成能力。结果表明,本试验分离到的34株金黄色葡萄球菌分子分型多样,部分菌株具有多重耐药性和生物被膜形成能力,并携带多种毒力基因,提示应加强对奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的检测和监管。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 分子分型 耐药性 生物被膜 毒力基因
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黄淮麦区小麦品种(系)品质与抗性基因的KASP分型检测
4
作者 王志 李寒冰 +3 位作者 王伟 张玉杰 田蜜 王伟伟 《湖北农业科学》 2025年第4期51-57,121,共8页
为解析黄淮麦区小麦(Triticum aestivum L.)主导品种的品质与抗性遗传基础,利用12个小麦品质、抗病、抗旱和抗穗发芽相关的KASP标记对该区99个小麦品种(系)进行检测。结果显示,品质方面,发现33份携带Glu-D1d基因编码的优质麦谷蛋白亚基5... 为解析黄淮麦区小麦(Triticum aestivum L.)主导品种的品质与抗性遗传基础,利用12个小麦品质、抗病、抗旱和抗穗发芽相关的KASP标记对该区99个小麦品种(系)进行检测。结果显示,品质方面,发现33份携带Glu-D1d基因编码的优质麦谷蛋白亚基5+10类型材料及39份含有Glu-A1基因编码的Ax1/Ax2*强筋单倍型材料;抗病性方面,仅12份具备Lr68叶锈病抗性基因,所有参试材料中均未检出抗赤霉病Fhb1基因;抗穗发芽检测中,TaSdr-B1a、Rio Blanco型及Hap-H抗穗发芽单倍型分别见于9份、73份及13份材料中;抗旱性方面,53份材料为COMT-3B基因的3Ba抗旱单倍型,45份为TaDREB-B1a抗旱单倍型,而89份材料为TaSST-4A基因的A2a抗旱单倍型。由此可知,黄淮麦区小麦品种中,所检测的抗旱基因分布广泛且占比较高,而抗病性方面优异单倍型占比较少,在育种策略上迫切需要强化抗病基因的引入与利用。 展开更多
关键词 小麦(Triticum aestivum L.) 品质 抗病 抗旱 抗穗发芽 基因检测 KASP分型技术 黄淮麦区
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深度学习和磁共振图像辅助脑胶质瘤基因分型的研究进展
5
作者 崔少国 陈俊杉 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第14期1557-1567,共11页
脑胶质瘤的基因型状态是评估患者预后和生存周期的重要指标,其基因分型具有显著的临床价值。虽然生物分子标志物是脑胶质瘤分型的重要依据,但依然存在检测成本高、效率低的问题。近年来,人工智能技术的快速发展为脑胶质瘤的自动分型提... 脑胶质瘤的基因型状态是评估患者预后和生存周期的重要指标,其基因分型具有显著的临床价值。虽然生物分子标志物是脑胶质瘤分型的重要依据,但依然存在检测成本高、效率低的问题。近年来,人工智能技术的快速发展为脑胶质瘤的自动分型提供了新的解决方案,其中基于磁共振图像(MRI)和深度学习技术的基因状态预测已成为研究热点。目前的研究通过整合多模态MRI数据,构建了从监督学习到非监督学习的技术体系,通过多任务联合优化和迁移学习,在单基因分型中取得了较高的预测精度。同时,多基因联合分析作为新兴方向,已取得了初步探索成果。未来,开发多基因同步预测模型、基于生成数据增强提高小样本泛化能力、采用多源异构数据和大模型提升预测精度,以及引入可视化技术提升可解释性等,将成为脑胶质瘤基因分型研究的关键突破方向。 展开更多
关键词 深度学习 脑胶质瘤 基因分型 磁共振图像
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奶牛粪源大肠埃希氏菌血清分型、系统进化分群及毒力基因分布
6
作者 亓爱杰 《中国乳业》 2025年第6期80-86,92,共8页
[目的]为研究奶牛腹泻粪源大肠埃希氏菌血清分型、系统分群及毒力基因分布。[方法]试验采集自山东部分奶牛场有腹泻症状的奶牛新鲜粪便147份,采用细菌常规分离培养、生化试验和细菌16S rDNA的PCR扩增分子生物学技术,证实分离菌株为致病... [目的]为研究奶牛腹泻粪源大肠埃希氏菌血清分型、系统分群及毒力基因分布。[方法]试验采集自山东部分奶牛场有腹泻症状的奶牛新鲜粪便147份,采用细菌常规分离培养、生化试验和细菌16S rDNA的PCR扩增分子生物学技术,证实分离菌株为致病性大肠埃希氏菌,并进一步对分离菌株进行血清型、系统进化分群和毒力基因检测,分析毒力基因在系统进化分群中的分布情况。[结果]鉴定出62株大肠埃希氏菌,9种致病性血清分型,其中,肠侵袭性(EIEC)、肠致病性(EPEC)、肠产毒性(ETEC)大肠埃希氏菌血清型,分别占17.74%、24.19%、19.35%,优势血清型为O125∶K70(B15)和O124∶K72。18株属于A群,12株属于B1群,15株属于B2群,9株属于D群,8株未确定系统进化分群。毒力基因ibeB、mat和fimC的分布率较高,分别为100.00%、95.16%、91.94%,所有菌株至少分布4种毒力基因、9种毒力基因组合形式。毒力基因与系统进化分群关联分析显示,在4种分群中ibeB分布率均为100%,在B1群中均能检测出17种毒力基因。[结论]山东省部分地区奶牛场奶牛粪源大肠埃希氏菌血清分型和系统进化分群具有多样性,携带多种毒力基因,应引起重视,加强监测和防控。 展开更多
关键词 奶牛粪源 大肠埃希氏菌 血清分型 系统进化分群 毒力基因
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HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较 被引量:5
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作者 肖家全 谭建明 +4 位作者 李成涛 李瑶 沈瑾 康敏华 方燕红 《复旦学报(医学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第1期68-70,共3页
目的 比较基因芯片和PCR SSP用于汉族南方人群HLA DRB1基因分型的结果 ,评价分型芯片的准确性。方法  77份待分型样本 ,分别用等位基因特异的PCR SSP和基因分型芯片对DRB1分型。芯片分型通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光... 目的 比较基因芯片和PCR SSP用于汉族南方人群HLA DRB1基因分型的结果 ,评价分型芯片的准确性。方法  77份待分型样本 ,分别用等位基因特异的PCR SSP和基因分型芯片对DRB1分型。芯片分型通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记。扩增标记后的产物与分型芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号确定样品的HLA DRB1基因亚型 ,比较两种方法分型所获得的结果 ,不吻合的样本全部经第三方验证或测序。结果  77份样本 ,两种方法分型全部成功。分型结果的吻合率为 93 %。不吻合样本 6份 ,其中SSP定型纯合子 4份 ,芯片分型全部为杂合子。经第三方验证 ,证实芯片对纯合子和杂合子的分型全部正确。另外 2份不吻合的样本经测序 ,证实SSP分型错误 1份 ,芯片分型错误 1份。芯片的重复率为 96%。结论 基因芯片是一种理想的分型方法 ,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少。 展开更多
关键词 hla-drb1 基因芯片 PCR-SSP 器官移植 排斥反应 基因分型
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HLA-DRB1基因分型芯片的法医物证学应用价值研究 被引量:13
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作者 李莉 李成涛 +5 位作者 柳燕 李荣宇 康敏华 林源 阙庭志 李瑶 《法医学杂志》 CAS CSCD 2004年第2期81-84,87,i010,共6页
目的对HLA-DRB1基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据HLA-DRB1基因座不同等位基因的独特序列设计探针,制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了CY5的引物进行PCR扩增,产物与芯片进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确... 目的对HLA-DRB1基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据HLA-DRB1基因座不同等位基因的独特序列设计探针,制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了CY5的引物进行PCR扩增,产物与芯片进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在HLA-DRB1位点的基因型。将这一方法应用于561份样本的HLA-DRB1基因分型,根据基因型分布统计分析其法医学应用价值。同时,进行了家系调查和方法灵敏度分析,并应用于部分案例。结果利用微量检材,HLA-DRB1基因芯片可检测DRB1位点等位基因26个,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,该位点的观察杂合度(Ho)为0.888,期望杂合度(He)为0.902,多态信息含量(PIC)为0.893,平均非父排除率(PE)为0.801。家系调查和案例运用的结果表明,HLA-DRB1位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论HLA-DRB1为高度多态位点,其基因分型芯片可在亲子鉴定和个体识别中发挥重要作用。 展开更多
关键词 hla-drbl基因分型芯片 法医 物证学 亲子鉴定
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系膜增生性IgA肾病患者HLA-DRB1基因分型的研究 被引量:7
9
作者 赖寒 甘华 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1528-1531,共4页
目的:探讨HLA-DRB1基因多态性与系膜增生性IgA肾病(Ms PGN)的临床相关性。方法:164例IgA Ms PGN患者和164例健康受试者常规检查肾功能,采用PCR法测定HLA-DRB1基因分型,比较IgA Ms PGN患者和健康受试者的肾功能及HLA-DRB1基因分型,并且分... 目的:探讨HLA-DRB1基因多态性与系膜增生性IgA肾病(Ms PGN)的临床相关性。方法:164例IgA Ms PGN患者和164例健康受试者常规检查肾功能,采用PCR法测定HLA-DRB1基因分型,比较IgA Ms PGN患者和健康受试者的肾功能及HLA-DRB1基因分型,并且分析IgA Ms PGN患者HLA-DRB1基因分型与肾功能的关系。结果:(1)IgA Ms PGN患者和健康受试者24 h尿蛋白、血清肌酐和血清尿素氮差异具有统计学意义(P<0.01);(2)在IgA Ms PGN患者中,HLA-DRB1高频等位基因为DRB1*04、DRB1*07、DRB1*09、DRB1*11、DRB1*14和DRB1*15;(3)与健康受试者相比,DRB1*09和DRB1*11在IgA Ms PGN患者的分布频率显著升高(P<0.01或P<0.05);(4)DRB1*09和DRB1*11类型患者24 h蛋白尿、血清肌酐及血清尿素氮较HLA-DRB1其他基因类型的患者显著升高(P<0.01)。结论:HLA-DRB1基因多态性与系膜增生性IgA肾病相关,DRB1*09和DRB1*11类型可增加系膜增生性IgA肾病的风险,并且与患者肾小球肾炎严重程度有关。 展开更多
关键词 系膜增生性IgA肾小球肾病 人类白细胞抗原 基因分型 临床相关性
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HLA-DRB_1基因快速分型在眼库中的应用 被引量:1
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作者 谢立信 李绍伟 +1 位作者 董晓光 袁凤波 《眼科研究》 CSCD 1998年第3期215-216,共2页
目的建立一种快速准确的眼库HLA基因分型方法。方法取眼库中新鲜或冷冻保存的供体眼球的球结膜、眼外肌、视神经、角巩膜缘、巩膜、虹膜、晶状体、玻璃体及视网膜等组织各约10mg,快速提取DNA,然后利用针对HLADRB1... 目的建立一种快速准确的眼库HLA基因分型方法。方法取眼库中新鲜或冷冻保存的供体眼球的球结膜、眼外肌、视神经、角巩膜缘、巩膜、虹膜、晶状体、玻璃体及视网膜等组织各约10mg,快速提取DNA,然后利用针对HLADRB1区13种抗原的组织特异性DNA引物进行PCR扩增,琼脂糖电泳基因分型。结果除晶状体、玻璃体、虹膜组织外,利用其它眼部组织都准确地进行了HLADRB1区的基因分型,而且同一供体的不同组织分型结果完全一致,全部过程仅需5h左右。结论HLA基因分型方法快速、准确、特异性强,所需标本量少,眼库易得。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 眼库 角膜移植 基因分型 PCR
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异基因骨髓移植中PCR-SSP和RFLP对HLA-DRB、DPB1分型的应用
11
作者 林祥华 陈志哲 +1 位作者 林敏辉 吕联煌 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期558-561,共4页
目的:探讨序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)和聚合酶链反应限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)对HLA-DRB、DPB1分型在异基因骨髓移植中应用的可行性。方法:应用19对不同的DRB抗原所对应等位基因序列特异性的引物,PCR扩增供受者... 目的:探讨序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)和聚合酶链反应限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)对HLA-DRB、DPB1分型在异基因骨髓移植中应用的可行性。方法:应用19对不同的DRB抗原所对应等位基因序列特异性的引物,PCR扩增供受者各20个样本DRB,产物直接琼脂糖凝胶电泳分析;同时用另一对引物PCR扩增DPB1第二外显子,产物10种限制性内切酶酶切分析。结果:各DRB带清晰可辨,直接确定为该型;DPB1的多态性片段编码转换后确定其基因型;4例找到供者。结论:它们是异基因骨髓植前快速、精确和可靠的基因分型手段。 展开更多
关键词 基因骨髓移植 PCR-SSP RFLP hla-drb DPB1 分型
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江苏省2016-2023年A族链球菌耐药特征和全基因组多态性分析
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作者 洪捷 黄昊頔 +4 位作者 许可 谈忠鸣 钱慧敏 彭杰夫 孔筱筱 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第1期40-46,共7页
目的研究2016-2023年江苏省A族链球菌耐药表型及全基因组特征。方法收集了2016-2023年江苏省149株A族链球菌,采用微量肉汤稀释法测定13种抗生素的最低抑菌波度值,采用emm分型和全基因组测序技术,获得GAS耐药基因的携带情况和进化关系。... 目的研究2016-2023年江苏省A族链球菌耐药表型及全基因组特征。方法收集了2016-2023年江苏省149株A族链球菌,采用微量肉汤稀释法测定13种抗生素的最低抑菌波度值,采用emm分型和全基因组测序技术,获得GAS耐药基因的携带情况和进化关系。结果149株GAS对红霉素、四环素和克林霉素耐药率超过90%,对青霉素等8种抗生素敏感。且红霉素、四环素和克林霉素的耐药率呈逐年上升的趋势。所有菌株共分为9个emm型别,emm 12型占比最高(77/149,51.68%),不同emm型别在耐药率、耐药种数、耐药基因携带率等方面存在统计学差异。通过SNP进化树分析发现,GAS菌株根据emm分型被分为3个簇,分别是emm12型、emm1型和其他emm型。结论江苏省的GAS以emm12型和emm1型为主,对红霉素、四环素和克林霉素表现出较高的耐药率,且不同emm型别的菌株在表型和全基因组特征等方面存在差异。 展开更多
关键词 A族链球菌 耐药性 emm分型 基因组序列
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毛细管参考链介导的构象分析法在HLA-DRB1等位基因分型中的应用
13
作者 毕颎 陈规划 +2 位作者 刘泽寰 徐安龙 黄丽英 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期326-327,340,共3页
目的 :探讨应用参考链构象分析法对HLA DRB1等位基因分型的准确性及实用性。方法 :应用毛细管参考链介导的构象分析法建立 31个等位基因的标准迁移率 ,对 5 0例样本进行分型 ,并与SBT法检测结果进行比较。结果 :5 0例样本中 4 7 5 0与... 目的 :探讨应用参考链构象分析法对HLA DRB1等位基因分型的准确性及实用性。方法 :应用毛细管参考链介导的构象分析法建立 31个等位基因的标准迁移率 ,对 5 0例样本进行分型 ,并与SBT法检测结果进行比较。结果 :5 0例样本中 4 7 5 0与测序法测得的等位基因一致 ,以DRB1 0 80 32、DRB1 0 90 12为参考链无法检测出DRB1 110 1、DRB1 14 0 3。结论 :毛细管参考链介导的构象分析法具有准确性高、分辨率高、成本低、高通量的特点 。 展开更多
关键词 参考链介导的构象 等位基因 HLA—DRB1分型
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应用PCR-SSP技术对云南拉祜族人HLA-DRB1进行基因分型 被引量:7
14
作者 洪坤学 何勤 +4 位作者 单西云 俞建昆 林克勤 史磊 褚嘉佑 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期389-392,共4页
目的了解云南拉祜族健康人HLA-DRB1基因的遗传多态性。方法应用PCR-SSP技术对110名无亲缘关系的云南拉祜族健康人进行HLA-DRB1基因分型。结果鉴定了拉祜族群体HLA-DRB1位点的16种等位基因,包括DRB1位点目前已知的全部血清学特异性,经检... 目的了解云南拉祜族健康人HLA-DRB1基因的遗传多态性。方法应用PCR-SSP技术对110名无亲缘关系的云南拉祜族健康人进行HLA-DRB1基因分型。结果鉴定了拉祜族群体HLA-DRB1位点的16种等位基因,包括DRB1位点目前已知的全部血清学特异性,经检验DRB1位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.75)。结论提供了一套比较完整准确的云南拉祜族群体DRB1等位基因的基因频率,对群体遗传和疾病关联研究具有参考意义。 展开更多
关键词 PCR-SSP技术 云南 拉祜族人 hla-drb1 基因分型 群体遗传学
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联合应用基因分型和DH3检测406例女性子宫颈HPV感染分析与临床意义 被引量:1
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作者 姜朋飞 沈思环 印洪林 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2024年第3期325-326,共2页
HPV属于球形无包膜的双链DNA病毒,能特异性引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖,可导致多种良恶性病变。HPV高危型持续感染是导致子宫颈癌发生的主要原因,其检测方法多种、多样,各有优缺点。本科室联合应用基因分型和第三代杂交捕获技术定... HPV属于球形无包膜的双链DNA病毒,能特异性引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖,可导致多种良恶性病变。HPV高危型持续感染是导致子宫颈癌发生的主要原因,其检测方法多种、多样,各有优缺点。本科室联合应用基因分型和第三代杂交捕获技术定量分型(daltonbio hybrid capture 3,DH3),可以准确检测子宫颈中HPV型别和病毒载量的高低,对子宫颈癌的筛查进行精准分流,现作简要介绍。1材料与方法1.1材料收集2021~2022年我院妇产科门诊和健康管理中心406例女性子宫颈标本,患者年龄18~76岁,中位年龄34岁。 展开更多
关键词 子宫颈 HPV 基因分型 DH3 联合应用
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基于连接酶链式反应的EML4-ALK融合基因分型检测
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作者 钱丽君 胡珊珊 +2 位作者 肖君华 李凯 周宇荀 《东华大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第5期69-77,共9页
针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针,优化连接探针长度及其浓度,建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案,并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明... 针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针,优化连接探针长度及其浓度,建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案,并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明:基于连接酶链式反应的qPCR法能对EML4-ALK融合基因进行有效分型;连接探针长度在30 nt(nucleotide)时检测灵敏度、特异性最高;连接探针终浓度在0.1~1.0 nmol/L较为合适;设计的引物、探针特异性好,只扩增靶RNA,对其他RNA无扩增;对EML4-ALK融合基因变异体V1、V2的检出限为10 copies/μL,变异体V3a、V3b的检出限为100 copies/μL;在EML4-ALK融合基因RNA标准品检测过程中加入100 ng的肺癌样本RNA作为干扰,检测结果未受到明显干扰。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EML4-ALK融合基因 连接酶链式反应 基因分型检测 荧光定量PCR
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新疆驼乳源金黄色葡萄球菌MLST分型与毒力基因检测 被引量:1
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作者 吴自豪 蔡依龙 +1 位作者 池昊明 陈伟 《塔里木大学学报》 2024年第2期12-18,共7页
为了解驼乳源金黄色葡萄球菌多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)与毒力基因携带情况,本试验对新疆驼乳源分离得到的金黄色葡萄球菌进行MLST、药物敏感性检测、生物被膜形成能力和溶血性检测以及毒力基因检测。结果表明,... 为了解驼乳源金黄色葡萄球菌多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)与毒力基因携带情况,本试验对新疆驼乳源分离得到的金黄色葡萄球菌进行MLST、药物敏感性检测、生物被膜形成能力和溶血性检测以及毒力基因检测。结果表明,金黄色葡萄球菌在健康生驼乳中的分离率为5%(4/80);4株金黄色葡萄球菌分别属于ST8114、ST8119、ST2073和ST130(其中ST8114和ST8119为新的序列型),对12种抗菌药物全部敏感;在4株驼乳源金黄色葡萄球菌中可检测到sei、hla、hlb、clfA和clfB等毒力基因,并且均具有生物被膜形成能力和溶血活性。说明新疆驼乳源金黄色葡萄球菌分型丰富,在宿主致病和食品生产安全等方面存在隐患。本研究可为新疆驼乳源金黄色葡萄球菌的相关研究提供基础试验数据。 展开更多
关键词 驼乳 金黄色葡萄球菌 MLST分型 毒力基因 生物被膜
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南美白对虾多密度高通量液相分型技术芯片设计与评估
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作者 刘名扬 刘平平 +5 位作者 曾启繁 徐振媛 杨志辉 王师 胡景杰 包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2025年第1期175-184,共10页
针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记... 针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记开发,并设计了12k、46k和92k三种密度规格的高通量液相分型技术芯片。对三款芯片性能进行评估的结果显示,三款芯片分别覆盖了11618、20055和20056个基因,基因覆盖度分别为43.50%、75.08%和75.09%;位于基因区位点分别为11618、35071和65138,占芯片总位点93.15%、76.24%和70.80%。次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)分别为0.27±0.11、0.34±0.12和0.27±0.12。三款芯片的位点在染色体上均匀分布,其中51.11%、76.63%和93.87%的位点平均间距范围为1~50 kB,均覆盖了MAPK、mTOR、Wnt和NOD-like受体等多个参与生长免疫功能的信号通路。本研究为南美白对虾HD-Marker体系建立提供了基础,从而为全基因组选择育种、种质资源评估、数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(Genome-wide association study,GAWS)提供技术支持。 展开更多
关键词 南美白对虾 高通量液相分型技术 靶向分型 基因组选择 单核苷酸多态性
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朱鹮源大肠埃希氏菌的耐药性及毒力基因与种系分型检测分析
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作者 吴滨滨 冯航 +4 位作者 刘英 张域琪 丁敬茹 王娟 杨增岐 《动物医学进展》 北大核心 2024年第6期57-63,共7页
为了解陕西圈养朱鹮源大肠埃希氏菌耐药性、系统进化分群、毒力基因及耐药基因携带情况,对采集自陕西省周至县32份朱鹮源肛拭子进行肠道细菌分离鉴定,采用微量肉汤稀释法测定9种抗菌药物对分离株的最小抑菌浓度(MIC),PCR检测毒力基因、... 为了解陕西圈养朱鹮源大肠埃希氏菌耐药性、系统进化分群、毒力基因及耐药基因携带情况,对采集自陕西省周至县32份朱鹮源肛拭子进行肠道细菌分离鉴定,采用微量肉汤稀释法测定9种抗菌药物对分离株的最小抑菌浓度(MIC),PCR检测毒力基因、耐药基因携带情况,采用三重PCR鉴定分离菌株的系统进化分群,并进行小鼠致病性试验。结果显示,在32份朱鹮源肛拭子中分离到大肠埃希氏菌15株,分离率为46.87%;分离菌株对氨苄西林100%耐药,对多西环素、恩诺沙星、头孢噻夫耐药率较高,对美罗培南、替加环素、黏菌素表现较高敏感,耐2种以上抗菌药物的菌株达100%;从分离菌株中检测到blaTEM、blaSHV、blaCTX-M等耐药基因的检出率分别为100%、93.3%、33.3%,phop、tetx3占比较高(66.67%、53.33%),未检测到cfr、tetx4耐药基因;分离菌株携带10种不同的毒力基因,未检测到hlyA、saf、cnf1、iutB、stx1、stx2、papC、FasA等8种毒力基因,其中etrA、aer、hlyE、ompA的检出率最高,均达到93.33%,其他依次为iutA(80%)、fimC(73.33%)、rfc(60%)、ompT(53.33%)、hlyF(46.67%)、Tsh(20%),且检测到9株分离菌株携带的rfc毒力基因。该批朱鹮源大肠埃希氏菌以B2型为主(占53.33%),其次为D型(占33.34%),A型仅占比13.33%,未检测到B1型;小鼠致病性试验表明,小鼠表现较轻的临床症状。结果表明,该批朱鹮源大肠埃希氏菌耐药现象较为严重,毒力基因与耐药基因在该批朱鹮中较流行,与其他动物相比,其种系分型较特殊。研究结果可为朱鹮源大肠杆菌病的防控、治疗及圈养朱鹮的放飞提供参考依据。 展开更多
关键词 朱鹮 大肠埃希氏菌 耐药性 毒力基因 种系分型
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12株桑源克雷伯菌属细菌耐药性、毒力基因及分子分型分析
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作者 张雪吟 罗龙辉 刘吉平 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期823-831,共9页
目的为了解不同来源的人类条件病原体的特征和耐药机制,预防环境病原体和医院病原体交叉感染,对桑树中分离的克雷伯菌进行耐药性、毒力基因、分子分型特点的探究。方法从广东和广西两地采集桑树和桑树根际土壤样本,其中共分离得到12株... 目的为了解不同来源的人类条件病原体的特征和耐药机制,预防环境病原体和医院病原体交叉感染,对桑树中分离的克雷伯菌进行耐药性、毒力基因、分子分型特点的探究。方法从广东和广西两地采集桑树和桑树根际土壤样本,其中共分离得到12株克雷伯菌,对其采用纸片扩散法(K-B法)检测菌株耐药性表征;采用PCR技术对6类9个抗生素相关耐药基因和毒力基因进行检测;采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术进行遗传分析。结果12株桑源克雷伯菌检测到bla_(SHV)、tet(D)、tet(A)和aadA14种耐药基因,其中携带氨基糖苷类相关基因aadA1的有5株(41.67%);12株桑源克雷伯菌均对氨基糖苷类抗生素红霉素和链霉素表现出耐药,对6种以上抗生素耐药的菌株有6株(50%),对7种抗生素耐药的菌株有2株(16.67%);8株(66.67%)携带脂多糖相关的wabG毒力基因;MLST分析显示12株桑源克雷伯菌划分为3大类,包括产酸克雷伯菌复合体(Klebsiella oxytoca species complex,KoSC)、肺炎克雷伯菌复合体(K.pneumoniae species complex,KpSC)以及产气克雷伯菌(K.aerogenes);可分成7个序列型(sequence typing,ST),ST260为优势序列型,有5株(41.67%)。结论12株桑源克雷伯菌对氨基糖苷类抗生素耐药情况严峻,氨基糖苷类aadA1耐药基因检出率最高;ST260是主要的序列型,菌株之间存在遗传多样性,为环境中桑树来源的克雷伯菌病原体致病机制提供理论依据。 展开更多
关键词 克雷伯菌属 条件致病菌 耐药性 毒力基因 ST分型
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