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基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法
被引量：
1
1
作者
周丰丰
张亚琪
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023年第3期651-657,共7页
针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ...
针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ.该算法利用生命体语言与文本语言在组成上的共性,将氨基酸序列类比句子,通过整合ProtBert预训练模型、BiLSTM编码和注意力机制的网络结构优势,对HLA-Ⅰ序列和多肽序列进行特征提取,从而实现HLA-Ⅰ独立于位点的多肽结合预测.实验结果表明,该模型在两组独立测试集中均取得了最优性能.
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关键词
hla-ⅰ结合肽预测
自然语言处理
注意力机制
BERT模型
双向长短期记忆模型(BiLSTM)
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职称材料
题名
基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法
被引量：
1
1
作者
周丰丰
张亚琪
机构
吉林大学计算机科学与技术学院
吉林大学符号计算与知识工程教育部重点实验室
出处
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023年第3期651-657,共7页
基金
国家自然科学基金(批准号:62072212,U19A2061)
吉林省中青年科技创新创业卓越人才(团队)项目(创新类)(批准号:20210509055RQ)
吉林省大数据智能计算实验室项目(批准号:20180622002JC).
文摘
针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ.该算法利用生命体语言与文本语言在组成上的共性,将氨基酸序列类比句子,通过整合ProtBert预训练模型、BiLSTM编码和注意力机制的网络结构优势,对HLA-Ⅰ序列和多肽序列进行特征提取,从而实现HLA-Ⅰ独立于位点的多肽结合预测.实验结果表明,该模型在两组独立测试集中均取得了最优性能.
关键词
hla-ⅰ结合肽预测
自然语言处理
注意力机制
BERT模型
双向长短期记忆模型(BiLSTM)
Keywords
hla-
ⅰ
binding peptide prediction
natural language processing
attention mechanism
BERT model
bi-long short-term memory(BiLSTM)model
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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作者
出处
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被引量
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1
基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法
周丰丰
张亚琪
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2023
1
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