造血干细胞移植中供受体配型选择新标准──HLA分子模拟三维结构匹配 被引量：3

1

作者 韩红星 孔繁华 +4 位作者 奚永志 金荔 刘楠 屠敏 郭斯启 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2001年第4期354-355,共2页

为了确定人类白细胞抗原 (HLA)三维结构配型的标准 ,总结出主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因 ,我们采用分子模拟技术模拟了HLA分子的三维结构 ,用计算机软件比较模拟结构间的差异大小。结果表明 ,HLA分子模拟结构间的差异不同 ,... 为了确定人类白细胞抗原 (HLA)三维结构配型的标准 ,总结出主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因 ,我们采用分子模拟技术模拟了HLA分子的三维结构 ,用计算机软件比较模拟结构间的差异大小。结果表明 ,HLA分子模拟结构间的差异不同 ,在大量统计分析基础上可以认为 ,HLA A和 B分子整体相对均方差 (relativemeansquaredeviation ,RMSD ,单位nm)大于 0 .0 4nm为差异显著 ,小于 0 .0 2nm为差异不显著 ;DRB1位点间RMSD大于 0 .0 2nm为差异显著 ,小于 0 .0 1nm为差异不显著 ,据此进一步总结了主要的可允许错配和免疫原性错配等位基因情况。本研究提示 ,HLA三维结构配型是移植配型领域的新观点 ,值得进一步深入研究。 展开更多

关键词 造血干细胞移植 供-受体选择 人类白细胞抗原 hla分子模拟 三维结构

在线阅读 下载PDF 职称材料

Web上的三维分子结构模拟 被引量：5

2

作者 陈明旦 刘建文 +2 位作者 焦毓才 刘明宏 罗海彬 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期175-179,共5页

介绍几种基于Web上的三维分子结构模拟技术:VRML及Chime、Chem3D、HyperChem插件,并讨论它们的优缺点.这些模拟技术具有可操作的特点,可以进行旋转、缩放、平移等实时交互操作,并改变其形状和颜色的表现形式.三维分子结构模拟可以增强... 介绍几种基于Web上的三维分子结构模拟技术:VRML及Chime、Chem3D、HyperChem插件,并讨论它们的优缺点.这些模拟技术具有可操作的特点,可以进行旋转、缩放、平移等实时交互操作,并改变其形状和颜色的表现形式.三维分子结构模拟可以增强化学网络课程的表现能力,提高教学效果,是发展远程教育的重要技术. 展开更多

关键词 三维分子结构模拟 WEB VRML chime chem3D Hyperchem插件 远程教育 网络课程 化学教学

在线阅读 下载PDF 职称材料

核磁共振和分子模拟法研究三萜皂苷Anemoside A_3在溶液中的三维结构

3

作者 李茜 施燕红 +2 位作者 郜永光 叶文才 姚新生 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期123-126,共4页

目的:研究三萜皂苷anemoside A3在溶液中的三维结构。方法:利用NMR结果和分子模拟方法研究了该皂苷在溶液中的构象,测定了anemoside A3的一系列1D和2D核磁共振谱。结果:对该皂苷的质子和碳信号进行了完整归属,计算出1组结构收敛的anemos... 目的:研究三萜皂苷anemoside A3在溶液中的三维结构。方法:利用NMR结果和分子模拟方法研究了该皂苷在溶液中的构象,测定了anemoside A3的一系列1D和2D核磁共振谱。结果:对该皂苷的质子和碳信号进行了完整归属,计算出1组结构收敛的anemoside A3在溶液中的构象。结论:所得结果可应用于三萜皂苷的构效关系研究。 展开更多

关键词 分子模拟 NMR 三萜皂苷 anemoside A3 三维结构

在线阅读 下载PDF 职称材料

三维介孔分子筛微观结构及X射线模拟

4

作者 韩培德 梁建 +3 位作者 余愿 刘旭光 许并社 彭练矛 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期605-606,共2页

关键词 三维介孔分子筛 微观结构 X射线模拟 热稳定性 x射线衍射谱图 一维孔道结构 可通性 笼结构

在线阅读 下载PDF 职称材料

不完全相合造血干细胞移植中GVHD的预测研究:模拟HLA抗原结构的比较与应用 被引量：2

5

作者 韩红星 孔繁华 +5 位作者 奚永志 金荔 刘楠 屠敏 孙玉英 陈兴国 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期314-316,共3页

采用通用的微量淋巴细胞毒实验和序列测定方法对拟进行造血干细胞移植的患者及供体进行HLA分型 ;用计算机分子模拟手段 ,从HLA分子三维结构方面探讨预测移植物抗宿主病 (GVHD)发生程度 ,以预测移植后GVHD的发生情况。结果发现 ,8例供受... 采用通用的微量淋巴细胞毒实验和序列测定方法对拟进行造血干细胞移植的患者及供体进行HLA分型 ;用计算机分子模拟手段 ,从HLA分子三维结构方面探讨预测移植物抗宿主病 (GVHD)发生程度 ,以预测移植后GVHD的发生情况。结果发现 ,8例供受体中 ,3例为半匹配移植 ,其中 2例发生了Ⅳ度GVHD ,1例发生了Ⅱ度GVHD ;3例为两个抗原不相合移植 ,其中 1例发生了Ⅱ度GVHD ,2例发生了Ⅱ度GVHD ;2例患者为一个抗原不相合移植 ,分别发生了Ⅰ度、Ⅱ度GVHD ;GVHD的发生程度与HLA不相合抗原RMSD差异的大小呈正相关。提示异基因造血干细胞移植时 ,GVHD发生程度与HLA分子三维结构的差异有密切关系 。 展开更多

关键词 移植物抗宿主病 分子模拟 造血干细胞移植 三维结构 hla抗原

在线阅读 下载PDF 职称材料

栗钙土胡敏酸分子三维结构模型构建及其优化 被引量：1

6

作者 吕贻忠 郑殷恬 赵楠 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期848-853,共6页

本研究的目的在于确定胡敏酸的分子结构,探究其结构与性质的关系。综合应用了元素分析、红外光谱、13C核磁共振波谱等仪器分析方法对内蒙古草原样地栗钙土土壤的胡敏酸分子结构特征进行比较分析,并基于实验结构数据构建了土壤胡敏酸结... 本研究的目的在于确定胡敏酸的分子结构,探究其结构与性质的关系。综合应用了元素分析、红外光谱、13C核磁共振波谱等仪器分析方法对内蒙古草原样地栗钙土土壤的胡敏酸分子结构特征进行比较分析,并基于实验结构数据构建了土壤胡敏酸结构单元模型,通过模拟光谱与实际光谱比较验证了构建的二维结构有很大的可适性。借助Hyperchem软件,在MM+、AMBER、OPLS三种力场下应用分子模拟方法对三维单体结构进行分子力学、分子动力学结构优化。结果表明土壤胡敏酸的三维结构单体在AMBER力场下生成热最小,等于-1638.87 kJ/mol,所以其构象最为稳定。同时模拟其处于水环境下的分子结构,总势能及各种能量在优化前后有变化,但总体来说各种状态都较稳定。 展开更多

关键词 胡敏酸 分子模拟 三维结构 AMBER力场

在线阅读 下载PDF 职称材料

分子模拟用于HLA-A2.1限制性CTL表位的高通量筛选 被引量：1

7

作者 林治华 全学军 周跃钢 《重庆工学院学报》 2003年第2期6-9,共4页

应用SiliconGraphics图像工作站及InsightⅡ软件,分别建立MART 1的6个CTL预测表位与HLA A2.1结合的三维结构,并进行分子动力学模拟,通过对各结合特征性参数的计算,对各表位肽与HLA A2.1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合... 应用SiliconGraphics图像工作站及InsightⅡ软件,分别建立MART 1的6个CTL预测表位与HLA A2.1结合的三维结构,并进行分子动力学模拟,通过对各结合特征性参数的计算,对各表位肽与HLA A2.1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合成技术合成上述小肽,通过HLA A2.1与各肽亲和力分析试验,证实分子模拟结果的可靠性。结果发现通过分子模拟手段计算所得6个表位与HLA A2.1结合特性结果,基本与通过实验手段所得结果相符。故计算机分子模拟在CTL表位与MHC Ⅰ类分子的亲合力研究中,具有简单、直观、快速、准确等优点,该方法在筛选MHC Ⅰ类分子高亲合性CTL表位的研究中具有诱人的应用前景。 展开更多

关键词 分子动力学模拟 MART-1 三维结构 CTL表位 hla-A2.1 肽 亲和力 MHC-I类分子 细腻毒性T细腻 肿瘤特异性免疫治疗 抗原

在线阅读 下载PDF 职称材料

PAMAM树状大分子的合成及其计算机模拟 被引量：5

8

作者 唐静成 叶玲 +1 位作者 彭亚光 张亮仁 《首都医科大学学报》 CAS 2005年第2期156-158,共3页

目的　利用分子模拟确定G3、G4和G5PAMAM树状大分子精确的3D结构。方法　在SGI Octane2计算机工作站下,用Insight II 2000软件模拟了真空条件下树状大分子的空间结构。结果　G3 到G5PAMAM树状大分子结构从开放、不对称结构向闭合、对称... 目的　利用分子模拟确定G3、G4和G5PAMAM树状大分子精确的3D结构。方法　在SGI Octane2计算机工作站下,用Insight II 2000软件模拟了真空条件下树状大分子的空间结构。结果　G3 到G5PAMAM树状大分子结构从开放、不对称结构向闭合、对称结构转变,因此,G5PAMAM树状大分子内部有空腔外部有氨基活性官能团。结论　计算机模拟研究表明:G5PAMAM树状大分子是一类具有空间三维结构且高度有序的球状高分子化合物,其内部空腔和外表面官能团为结合大量和不同种类的药物分子提供了可能。 展开更多

关键词 PAMAM树状大分子 INSIGHT 计算机模拟研究 合成 计算机工作站 2000软件 高分子化合物 大分子结构 分子模拟 空间结构 三维结构 药物分子 官能团 不对称 G3 空腔 内部

在线阅读 下载PDF 职称材料

阳离子捕收剂及其分子结构设计理论研究进展 被引量：10

9

作者 刘文宝 刘文刚 +1 位作者 段浩 彭祥玉 《金属矿山》 CAS 北大核心 2019年第9期15-21,共7页

阳离子捕收剂在硅酸盐、碳酸盐、钾盐、金属氧化矿等矿物的分选中表现出巨大的应用潜力,因此,新型阳离子捕收剂的研发一直是浮选药剂领域的研究热点。综述了国内外阳离子捕收剂的研究进展,与国外相比,我国阳离子浮选研究的起步较晚,尽... 阳离子捕收剂在硅酸盐、碳酸盐、钾盐、金属氧化矿等矿物的分选中表现出巨大的应用潜力,因此,新型阳离子捕收剂的研发一直是浮选药剂领域的研究热点。综述了国内外阳离子捕收剂的研究进展,与国外相比,我国阳离子浮选研究的起步较晚,尽管近年来国内已开发出多种新型的阳离子捕收剂,但阳离子捕收剂设计研发及工业化应用缓慢,仍制约着阳离子浮选工艺的推广。概述了计算机辅助浮选药剂分子结构设计的发展,详细介绍了浮选药剂研究过程中常用的3种计算机辅助技术方法:密度泛函数理论、定量构效关系和分子动力学模拟;综述了分子动力学模拟技术在浮选药剂研发中的应用。在此基础上,分析了目前浮选药剂分子结构设计方法的不足,结合密度泛函数理论和分子动力学模拟技术,介绍了一种基于能量判据的高效浮选药剂设计方法,探讨了该方法在阳离子捕收剂分子结构设计中的应用前景,提出并阐述了提高该方法适用性的建议,为新型高效阳离子捕收剂的针对性设计提供参考。 展开更多

关键词 阳离子捕收剂 分子结构设计 密度泛函数理论 三维定量构效关系 分子动力学模拟

在线阅读 下载PDF 职称材料

HLA-DQB1*02:106鉴定和相关单体型分析及蛋白三级结构分析 被引量：1

10

作者 王天菊 齐珺 +2 位作者 李恒新 王满妮 王小芳 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第19期2385-2390,2395,共7页

目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探... 目的:鉴定分析1例携带人类白细胞抗原(HLA)罕见等位基因DQB1*02:106,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构的影响并分析其家系遗传单体型。方法:应用直接测序(PCR-SBT)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)对1例急性髓细胞白血病患者进行异基因造血干细胞移植前HLA-A/B/C/DQB1/DRB1高分辨确认分型时发现DQB1位点存在模棱两可,应用下一代测序技术(NGS)确定HLA-DQB1分型;分析其与同源性最高的HLA-DQB1等位基因氨基酸差异和位置,用Swiss-Model分析差异氨基酸位置,Phyre2软件进行同源建模后FATCAT在线软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:该个体HLA-DQB1位点的结果为HLA-DQB1*02:106;与同源性最高的HLADQB1*02:01:01:01相比,在第3外显子619位置G突变为A,并导致相应的175位密码子由GTG变为ATG,编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸。该突变位置为β2链β片层,DQB1*02:106和DQB1*02:01分子β1和β2链均方根偏差(RMSD)为1.65。经家系分析,DQB1*02:106相关的单体型为A*31:01-B*15:18-C*04:01-DRB1*03:01-DQB1*02:106。结论:确认并分析了1个能够稳定遗传的HLA-DQB1罕见等位基因及家系单体型,经同源建模显示罕见等位基因HLA-DQB1*02:106与常见基因型存在氨基酸三维结构差异,提示移植医生应予以关注。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 单体型 hla分子三维结构模拟分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

在骨髓移植中人类白细胞抗原三维结构的差异引发移植物抗宿主病的研究

11

作者 孔繁华 孙玉英 +6 位作者 任素萍 奚永志 金荔 陈兴国 屠敏 刘楠 郭斯启 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第5期344-347,共4页

为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因... 为进一步探索移植物抗宿主病（ＧＶＨＤ）的发病机制，提高临床移植疗效。采用人类白细胞抗原（ＨＬＡ）分型方法，包括血清－细胞学、基因和基因亚型分型。血清－细胞学分型采用国际通用的微量淋巴细胞毒试验和混合淋巴细胞培养；基因分型采用ＰＣＲ－ＳＳＰ方法，对基因亚型进行ＤＮＡ测序，再进行ＨＬＡ三维结构模拟。结果：①供－受体间ＨＬＡ－Ｉ、ＩＩ类血清学相合，组基因相合，基因亚型不同，但ＨＬＡ 三维结构模拟两者差别不明显，骨髓移植后仅发生了ＩＩ度ＧＶＨＤ； ②供－受体间ＨＬＡ－ＤＲ分子只差１ 个氨基酸，但基因亚型不同，供－受体间抗原三维结构差别明显，导致骨髓移植后发生ＩＶ度ＧＶＨＤ；③受体为ＨＬＡ－Ａ０２０１，供体为Ａ６８０１，二者血清学呈强交叉反应，其它位点均相合，移植后发生ＩＶ 度ＧＶＨＤ，后经ＨＬＡ三维结构模拟，两者差别明显。结论：当异基因骨髓移植供－受体间ＨＬＡ 基因亚型不同时，移植后ＧＶＨＤ的发生程度与ＨＬＡ分子三维结构差别大小有密切关系；三维结构的差别又与差异氨基酸所处的位置有关； 展开更多

关键词 hla GVHD 三维结构模拟 骨髓移植

在线阅读 下载PDF 职称材料

HLA高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族髓系白血病的关联性研究 被引量：8

12

作者 齐珺 王天菊 +3 位作者 陈利萍 王满妮 武君华 杜丹 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-41,共10页

目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,... 目的:探讨HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(AML)和慢性髓系白血病(CML)的相关性。方法:以1241例健康非亲缘造血干细胞捐献者为对照,采用PCR-SBT、-SSO和-SSP方法对259例髓系白血病患者进行HLA-A,B,DRB1高分辨分型,运用Arleguin 3.5.2软件计算基因频率及单体型频率,病例对照研究计算疾病比值比(ocld ratio,OR);用Swiss-Model对差异HLA分子进行同源建模,Swiss-Pdb Viewer v4.1软件对分子间三维结构进行差异比对。结果:经χ~2检验、连续校正显示,AML组(n=189)的A*02:07(8.47%vs 5.28%,P=0.013)、A*29:01(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*07:02(5.29%vs 3.10%,P=0.029)、B*07:05:01G(1.85%vs 0.68%,P=0.044)、B*35:02(1.06%vs 0.20%,P=0.023)的基因频率高于对照组,而AML组的A*02:03频率则低于对照组(0.79%vs 3.10%,P=0.011)。CML组(n=70)的B*46:01频率低于对照组(2.86%vs 7.82%,P=0.031),但上述等位基因经Bonferroni校正后,均显示无统计学差异。经Fisher精确概率检验和Bonferroni校正,DRB1*11:28及其单体型A*24:02-B*15:01-DRB1*11:28频率在陕西籍CML患者中显著升高(1.43%vs 0.00%,Pc'=0.015;1.43%vs 0.00%,P=0.003)。Swiss-Pdb Viewer v 4.1软件计算DRB1*11:28和DRB1*11:01分子肽结合区主链间均方根偏差(RMSD)为0.09 nm。经Bonferroni校正单体型A*03:01-B*50:01-DRB1*07:01和A*11:01-B*40:06-DRB1*09:01分别在AML和CML患者中频率显著升高(1.06%vs 0.00%,Pc=0.000;2.86%vs 0.07%,Pc=0.000),与白血病呈正相关(OR=59.66,95%CI=3.21-1110.39;OR=42.91,95%CI=7.07-260.32)。结论:北方汉族AML和CML患者携带有特定的易感单体型,DRB1*11:28与CML发病呈正相关,可能不能有效结合并提呈bcr-abl肽段给CD4^+T细胞,是北方汉族尤其陕西籍发生CML的易感基因(OR=89.62,95%CI=4.28-1875.87),并与其特定单体型关联。 展开更多

关键词 髓系白血病 人类白细胞抗原 北方汉族 单体型 基因频率 比值比 hla分子三维结构模拟

在线阅读 下载PDF 职称材料

中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15组基因多态性的PCR-SBT分型研究 被引量：7

13

作者 齐珺 刘孟黎 +2 位作者 张艳 刘晟 沈春梅 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2008年第2期429-434,共6页

为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例... 为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例HLA-B*15阳性样本和另外附加17例样本进行HLA-B位点DNA测序分析,并应用同源模建分子模拟技术对所有结果模拟出三维结构,用计算机软件Swiss-PdbViewer比较模拟结构间的差异大小。结果表明:随机抽取的815例样本HLA-A、B、DRB1基因分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,HLA-B*15基因频率为0.1379,总共检出16种HLA-B*15等位基因,分属7种血清学特异性,以B*1501、B*1511、B*1502和B*1518为主,频率分别为0.0485、0.0215、0.0178和0.0160,累计频率构成比占全部B*15的75.11%,其余12种B*15等位基因频率均<0.0100。19例HLA-B*15,-测序分析表明,其中10例中低分辨水平上的纯合子中仅4例为真正意义上的B*15xx,-纯合子,且均由各自优势基因构成。三维结构模拟分析发现同一血清型中既存在结构差异微小的等位基因,如B*1501、1505、1507、1525、1527、1532(RMSD≤0.02nm),也存在差异较大的等位基因,如B*1502、1511、1521之间以及B*1503、1546之间(RMSD均为0.29nm),而一些分属不同血清型的等位基因之间结构却近似(RMSD值≤0.02nm)。结论:本研究应用PCR-SBT,首次取得了中国北方汉族样本量最大的高分辨水平HLA-B*15基因多态性分布特征,这将有助于临床患者寻找合适供者,并为移植免疫及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据,且对于临床选择最适供者,像HLA-B*15这样血清学特异性及基因亚型高度多态性的家族进行准确的高分辨分型是必要的。 展开更多

关键词 hla—B＊15基因 中国北方汉族 骨髓供者 PCR—SBT 基因频率 基因多态性 hla分子三维结构模拟

在线阅读 下载PDF 职称材料

运用计算的方法来理解激动剂与多巴胺受体3的结合

14

作者 赵亚雪 黄志敏 张键 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2045-2045,共1页

关键词 激动剂 多巴胺受体 药效团模型 药物靶标 分子对接 动力学模拟 药物设计 三维结构 同源建模 比对实验

在线阅读 下载PDF 职称材料