用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式 被引量：8

1

作者 胡建平 柯国涛 +2 位作者 常珊 陈慰祖 王存新 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1432-1437,共6页

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的... 用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合. 展开更多

关键词 hiv-1整合酶 病毒DNA 分子对接 结合模式 药物分子设计

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羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

2

作者 杜文义 胡建平 +3 位作者 左柯 刘嵬 梁立 代田洋 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期551-559,共9页

为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。... 为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用。 展开更多

关键词 羟基异吲哚酮类衍生物 分子对接 分子动力学模拟 hiv-1整合酶 构象分析

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HIV-1整合酶抑制剂的研究进展

3

作者 陈晓芳 刘浚 +1 位作者 金洁 武燕彬 《四川生理科学杂志》 2003年第3期106-108,共3页

关键词 hiv-1整合酶抑制剂 分类 咪唑羧酰胺类 二酮酸类 二咖啡因酸酯类 寡聚核苷酸

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用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用 被引量：9

4

作者 刘春莉 李春华 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1229-1234,共6页

用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活... 用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用.当侧链基团为没食子酰基时,可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力.采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,预测值与实验值相吻合,均方根偏差RMSD为1.39kJ·mol-1,以上结果可为基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计提供有用的信息. 展开更多

关键词 hiv-1整合酶抑制剂 整合酶 分子动力学模拟 咖啡酰基 没食子酰基

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二酮酸类HIV-1整合酶抑制剂的定量构效关系 被引量：4

5

作者 石雅玮 刘振明 +2 位作者 金宏威 张亮仁 张礼和 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1393-1398,共6页

应用遗传函数分析法（GFA）和分子场分析法（MFA）对一系列二酮酸类整合酶抑制剂分别进行了二维和三维定量构效关系研究,并对随机选择的5个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的rpred^2值分别达到0.987和0.759,表明模型具有良好的... 应用遗传函数分析法（GFA）和分子场分析法（MFA）对一系列二酮酸类整合酶抑制剂分别进行了二维和三维定量构效关系研究,并对随机选择的5个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的rpred^2值分别达到0.987和0.759,表明模型具有良好的预测能力,同时利用药效团分析的方法,验证了QSAR（quantitave structure- activity relationship）模型,并概括了疏水作用对抑制剂活性的重要影响.研究结果表明,电性描述符（Apol）对活性有重要影响,意味着抑制剂与金属离子的螯合作用,同时空间和结构因素特别是疏水作用也对活性有重要作用.利用这些规律进行了分子设计,在理论上获得了一些具有较高抑制剂活性的新的二酮酸类衍生物,并期待实验证实. 展开更多

关键词 hiv-1整合酶抑制剂 二酮酸 遗传函数分析法 分子场分析法 药效团

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HIV-1整合酶酶联免疫吸附试验的建立和应用

6

作者 郭志敏 陈鸿珊 《四川生理科学杂志》 2000年第4期7-7,共1页

目的：建立一种检测人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶的酶联免疫吸附试验(ELISA)方法，用于筛选HIV-1整合酶抑制剂。方法：将质粒F185K／C2280SIN1—288转化到大肠杆菌中，经IPTG诱导表达，柱亲和层析纯化，获得HIV-1整合酶融合蛋白。... 目的：建立一种检测人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶的酶联免疫吸附试验(ELISA)方法，用于筛选HIV-1整合酶抑制剂。方法：将质粒F185K／C2280SIN1—288转化到大肠杆菌中，经IPTG诱导表达，柱亲和层析纯化，获得HIV-1整合酶融合蛋白。建立酶联免疫吸附试验(ELISA)方法。与^3H同位素标记方法比较， 展开更多

关键词 酶联免疫吸附试验(ELISA) hiv-1整合酶抑制剂 人类免疫缺陷病毒1型 同位素标记 亲和层析 融合蛋白 质粒 IPTG 诱导表达 纯化

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双金属存在下整合酶和抑制剂5CITEP的分子对接研究 被引量：4

7

作者 郑喜亮 张红星 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1298-1302,共5页

在H IV-1整合酶(IN)和5C ITEP复合物晶体结构的基础上,用分子对接程序(A ffin ity)将含有单Mg2+和双Mg2+的H IV-1 IN核心区与抑制剂5C ITEP进行对接,获得了能形成复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间的相互作用能和结构分析给出此... 在H IV-1整合酶(IN)和5C ITEP复合物晶体结构的基础上,用分子对接程序(A ffin ity)将含有单Mg2+和双Mg2+的H IV-1 IN核心区与抑制剂5C ITEP进行对接,获得了能形成复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间的相互作用能和结构分析给出此种抑制剂的结合模式,并与晶体结构进行比较,揭示出引入的第二个Mg2+原子在整合过程中所起的重要作用.前后相互作用能的变化趋势很明显,配体和受体的作用模式比单Mg2+体系更加清晰.由单Mg2+体系的4种作用方式改变到双Mg2+体系的两种作用方式,相互作用能提高了将近40 kJ/mol.为基于整合酶结构的药物设计提供了参考信息. 展开更多

关键词 hiv-1整合酶(IN) 分子对接 双金属

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杯[4]芳烃单取代1,3-二酮衍生物的合成及生物活性研究

8

作者 徐雪梅 沈宏芳 +4 位作者 张锦 杨宇雁 王丹丹 李享 罗再刚 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期520-523,共4页

以杯[4]芳烃为原料经醚化和克莱森缩合两步反应首次合成杯[4]芳烃单取代1,3-二酮衍生物,其结构经1H NMR、13C NMR及MS表征。初步的HIV-1整合酶链转移反应活性测试结果表明,该杯[4]芳烃单取代1,3-二酮衍生物在测试浓度为25μM时其抑制率... 以杯[4]芳烃为原料经醚化和克莱森缩合两步反应首次合成杯[4]芳烃单取代1,3-二酮衍生物,其结构经1H NMR、13C NMR及MS表征。初步的HIV-1整合酶链转移反应活性测试结果表明,该杯[4]芳烃单取代1,3-二酮衍生物在测试浓度为25μM时其抑制率为12.67%。 展开更多

关键词 芳烃单取代1 3-二酮衍生物 合成 hiv-1整合酶抑制剂

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2018年1～3月FDA批准新药

9

《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期278-278,共1页

1.HIV治疗药物Biktarvy 2月初,吉利德科学的三联复方产品Biktarvy获得批准,这款日用1次的口服片剂药物由3种成分组成,它们是新型的HIV-1整合酶抑制剂Bictegravir、已上市的双核苷逆转录酶抑制剂（NRTI）恩曲他滨及替诺福韦艾拉酚胺。Bik... 1.HIV治疗药物Biktarvy 2月初,吉利德科学的三联复方产品Biktarvy获得批准,这款日用1次的口服片剂药物由3种成分组成,它们是新型的HIV-1整合酶抑制剂Bictegravir、已上市的双核苷逆转录酶抑制剂（NRTI）恩曲他滨及替诺福韦艾拉酚胺。Biktarvy有望成为2018年上市的重点品种之一,它将最大程度地提升吉利德科学的增长,该药物2022年的销售额预计超过50亿美元。 展开更多

关键词 FDA批准 hiv-1整合酶抑制剂 核苷逆转录酶抑制剂 新药 治疗药物 复方产品 成分组成 片剂药物

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Raltegravir的合成工艺研究(英文) 被引量：4

10

作者 郭涤亮 刘冠男 +4 位作者 李建 周宇 徐进宜 蒋华良 柳红 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期297-301,共5页

目的:研究治疗获得性免疫缺陷综合症药物raltegravir的合成工艺。方法:经过成氨基腈,苄氧羰基保护氨基,从腈成氨肟,环合成二羟基嘧啶,氮甲基化,微波催化成酰胺,脱保护,再经酰化缩合成酰胺等8步反应制备raltegravir。结果:经过对合成工... 目的:研究治疗获得性免疫缺陷综合症药物raltegravir的合成工艺。方法:经过成氨基腈,苄氧羰基保护氨基,从腈成氨肟,环合成二羟基嘧啶,氮甲基化,微波催化成酰胺,脱保护,再经酰化缩合成酰胺等8步反应制备raltegravir。结果:经过对合成工艺的改进得到了目标产物,其结构经1H NMR,13C NMR,LR-MS和HR-MS确证,总收率为12.0%。结论:此方法原料易得、操作简单、成本低。 展开更多

关键词 hiv-1整合酶 RALTEGRAVIR 合成 工艺研究

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Lamellarin H(LMH)的研究进展 被引量：1

11

作者 廖少寒 李德鹏 +1 位作者 刘冉 王爱玲 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期961-966,共6页

Lamellarin及其类似物是一类从海洋软体动物中分离出来的具有生物活性的吡咯生物碱,截至2008年已发现70多种,其中Lamellarin H(LMH)具有高效的抑制拓扑异构酶1,抑制HIV-1整合酶等活性,而且对各种肿瘤细胞特别是人类宫颈癌传代细胞(HeLa... Lamellarin及其类似物是一类从海洋软体动物中分离出来的具有生物活性的吡咯生物碱,截至2008年已发现70多种,其中Lamellarin H(LMH)具有高效的抑制拓扑异构酶1,抑制HIV-1整合酶等活性,而且对各种肿瘤细胞特别是人类宫颈癌传代细胞(HeLa)具有很好的细胞毒性,从而在医学上有很大的价值。本文综述了LMH的提取与分离,合成及生物活性。 展开更多

关键词 Lamellarin H 抑制拓扑异构酶 抑制hiv-1整合酶 细胞毒性 合成

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雷特格韦的药物动力学及临床应用

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作者 苏蕾 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第35期11-11,共1页

关键词 药物动力学 临床应用 美国食品药品管理局 hiv-1整合酶 hiv-1感染 抗hiv-1 复制过程 药物靶点

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