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3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析
1
作者
崔明仙
王星博
+5 位作者
黄彦铭
卞希一
冯梦珂
颜焰
董伟仁
周继勇
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期4116-4122,共7页
旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒(AIV)的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%(71/923);共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,...
旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒(AIV)的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%(71/923);共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,其HA和NA基因相似性分别为93.4%~100%和94.0%~99.9%,分离株内部基因片段来源复杂,与H1N2、H1N4、H10N7等亚型亲缘关系密切;遗传进化分析显示,H3N2亚型AIV主要流行于华东地区,鸭是其主要宿主,3株H3N2亚型分离株HA和NA基因均属于禽源进化分支;分离株HA蛋白裂解位点均为PEKQTR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒特征,HA蛋白与受体结合相关位点为226Q和228G,PB2蛋白与哺乳动物适应性相关的氨基酸位点为627E,均不同于人流感病毒对应蛋白的相关位点(226L、228S和627K),推测其跨种传播至人的潜力较低;分离株PB1蛋白的66位氨基酸突变为S,提示其对哺乳动物的致病性可能增强。综上所述,本研究分离的H3N2亚型AIV符合低致病性禽流感病毒特征,基因片段来源复杂,跨种传播至人的潜力较低,但是否影响对宿主的致病性仍需进一步探究。
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关键词
h3n2亚型禽流感
病毒
浙江地区
遗传进化
氨基酸变异
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职称材料
H3 、 N2和N8亚型禽流感病毒三重RT-LAMP检测方法的建立与应用
2
作者
黄青红
谢芝勋
+5 位作者
李孟
李丹
罗思思
张民秀
谢丽基
余丹
《动物医学进展》
北大核心
2025年第2期1-9,共9页
为快速鉴别检测H3、N2和N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV),建立了一种可同时检测H3、N2、N8亚型AIV的三重RT-LAMP(triplex reverse transcript loop-mediated isothermal amplification,tRT-LAMP)方法。根据NCBI中H3、N2和N...
为快速鉴别检测H3、N2和N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV),建立了一种可同时检测H3、N2、N8亚型AIV的三重RT-LAMP(triplex reverse transcript loop-mediated isothermal amplification,tRT-LAMP)方法。根据NCBI中H3、N2和N8亚型AIV的NA基因保守序列分别设计3套LAMP引物,同时还设计了与FIP的F1c反向互补的荧光探针(FD),并通过退火的方式将FD结合到标记淬灭基团的FIP(FIP)上,形成FIP-FD复合探针后的荧光被淬灭,当FD与FIP分离后,可检测到荧光信号。通过优化反应温度、特异性、敏感性、干扰性和临床样品检测等成功建立了同时检测H3、N2、N8亚型AIV的tRT-LAMP方法。该方法只需要67℃恒温条件就能准确检测和鉴别AIV的3种不同目的基因,且检测其他相关的禽类病原时不产生非特异性扩增;每反应管检测H3、N2和N8亚型AIV最低限度分别为756、735、790 copies/μL,不同浓度模板之间互不干扰;临床样品检测结果显示,tRT-LAMP结果与RT-qPCR及测序结果完全一致。结果表明该方法具有快速、经济、灵敏和特异的优点,扩增结果还可直接肉眼观察,可应用于临床同时检测H3、N2和N8亚型禽流感病毒。
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关键词
三重荧光RT-LAMP
h
3
n
8
亚型
禽流感
h3n2亚型禽流感
复合探针
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职称材料
题名
3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析
1
作者
崔明仙
王星博
黄彦铭
卞希一
冯梦珂
颜焰
董伟仁
周继勇
机构
浙江大学动物医学中心农业农村部动物病毒学重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期4116-4122,共7页
基金
国家自然科学基金重大项目(32192454)
现代农业产业技术体系岗位专家项目(CARS-40-K13)。
文摘
旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒(AIV)的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%(71/923);共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,其HA和NA基因相似性分别为93.4%~100%和94.0%~99.9%,分离株内部基因片段来源复杂,与H1N2、H1N4、H10N7等亚型亲缘关系密切;遗传进化分析显示,H3N2亚型AIV主要流行于华东地区,鸭是其主要宿主,3株H3N2亚型分离株HA和NA基因均属于禽源进化分支;分离株HA蛋白裂解位点均为PEKQTR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒特征,HA蛋白与受体结合相关位点为226Q和228G,PB2蛋白与哺乳动物适应性相关的氨基酸位点为627E,均不同于人流感病毒对应蛋白的相关位点(226L、228S和627K),推测其跨种传播至人的潜力较低;分离株PB1蛋白的66位氨基酸突变为S,提示其对哺乳动物的致病性可能增强。综上所述,本研究分离的H3N2亚型AIV符合低致病性禽流感病毒特征,基因片段来源复杂,跨种传播至人的潜力较低,但是否影响对宿主的致病性仍需进一步探究。
关键词
h3n2亚型禽流感
病毒
浙江地区
遗传进化
氨基酸变异
Keywords
h
3
n
2-subtype avia
n
i
n
flue
n
za virus
Z
h
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n
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n
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ge
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n
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n
分类号
S852.659.5 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
H3 、 N2和N8亚型禽流感病毒三重RT-LAMP检测方法的建立与应用
2
作者
黄青红
谢芝勋
李孟
李丹
罗思思
张民秀
谢丽基
余丹
机构
广西大学动物科学技术学院
广西壮族自治区兽医研究所
出处
《动物医学进展》
北大核心
2025年第2期1-9,共9页
基金
广西重点研发计划项目(桂科AB21076004)
广西自然科学基金项目(2022GXNSFAA035445,2021GXNSFBA196031)
+1 种基金
广西八桂学者专项(2019-A50)
广西基本科研业务费(桂科专项24-8)。
文摘
为快速鉴别检测H3、N2和N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV),建立了一种可同时检测H3、N2、N8亚型AIV的三重RT-LAMP(triplex reverse transcript loop-mediated isothermal amplification,tRT-LAMP)方法。根据NCBI中H3、N2和N8亚型AIV的NA基因保守序列分别设计3套LAMP引物,同时还设计了与FIP的F1c反向互补的荧光探针(FD),并通过退火的方式将FD结合到标记淬灭基团的FIP(FIP)上,形成FIP-FD复合探针后的荧光被淬灭,当FD与FIP分离后,可检测到荧光信号。通过优化反应温度、特异性、敏感性、干扰性和临床样品检测等成功建立了同时检测H3、N2、N8亚型AIV的tRT-LAMP方法。该方法只需要67℃恒温条件就能准确检测和鉴别AIV的3种不同目的基因,且检测其他相关的禽类病原时不产生非特异性扩增;每反应管检测H3、N2和N8亚型AIV最低限度分别为756、735、790 copies/μL,不同浓度模板之间互不干扰;临床样品检测结果显示,tRT-LAMP结果与RT-qPCR及测序结果完全一致。结果表明该方法具有快速、经济、灵敏和特异的优点,扩增结果还可直接肉眼观察,可应用于临床同时检测H3、N2和N8亚型禽流感病毒。
关键词
三重荧光RT-LAMP
h
3
n
8
亚型
禽流感
h3n2亚型禽流感
复合探针
Keywords
Triplex fluoresce
n
t RT-LAMP
h
3
n
8 AIV
h
3
n
2 AIV
composite probe
分类号
S852.659.5 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析
崔明仙
王星博
黄彦铭
卞希一
冯梦珂
颜焰
董伟仁
周继勇
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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下载PDF
职称材料
2
H3 、 N2和N8亚型禽流感病毒三重RT-LAMP检测方法的建立与应用
黄青红
谢芝勋
李孟
李丹
罗思思
张民秀
谢丽基
余丹
《动物医学进展》
北大核心
2025
0
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