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‘满天红’ב红香酥’杂种鉴定及遗传变异Genic-SSR分析 被引量:6
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作者 薛华柏 王芳芳 +6 位作者 王磊 杨健 王龙 王苏珂 苏艳丽 乔玉山 李秀根 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期925-934,共10页
【目的】对授粉时未做去雄处理的‘满天红’ב红香酥’组合进行杂种鉴定和遗传变异分析,排除非双亲杂种单株,为利用该组合进行连锁分析奠定基础。【方法】用9对从转录组数据开发的在双亲间表现多态性的genic-SSR引物和1对自交不... 【目的】对授粉时未做去雄处理的‘满天红’ב红香酥’组合进行杂种鉴定和遗传变异分析,排除非双亲杂种单株,为利用该组合进行连锁分析奠定基础。【方法】用9对从转录组数据开发的在双亲间表现多态性的genic-SSR引物和1对自交不亲和基因检测引物对‘满天红’ב红香酥’组合所有单株进行杂种鉴定、标记偏分离分析和群体聚类分析。【结果】348个杂交单株中,有339株同时拥有母本和父本来源的特征片段,真正为‘满天红’和‘红香酥’的杂种,其余9株在部分位点未见父本条带,排除为双亲杂种的可能。卡方检验发现6个位点符合孟德尔分离定律,4个出现偏分离现象。双亲和339个真正杂种后代经遗传聚类分析分为3组:一组包含77个后代,与‘满天红’聚在一起;另一组包含183个后代,与‘红香酥’聚到一起。另有79个后代,单独聚在一起。【结论】利用Genic-SSR分析成功地对‘满天红’ב红香酥’组合梨杂种后代进行了鉴定,表明外来花粉污染是造成杂交群体中非双亲杂种污染的主要原因,产生自交后代污染的概率较低,聚类分析表明S-RNAse和部分SSR位点在该杂交群体中发生偏分离,半数以上的单株与父本‘红香酥’聚为一类。 展开更多
关键词 杂种鉴定 genic-ssr 自交不亲和 偏分离
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基于陆地棉茎尖转录组序列genic-SSR标记的开发与评价 被引量:2
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作者 高阳 王芙蓉 +3 位作者 刘国栋 张景霞 张传云 张军 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期815-822,共8页
利用软件MISA和SSR Locator对陆地棉(Gossypium hirsutum L.)Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析,查找到4507个SSR位点,分布于4039条转录本序列中,SSR位点出现频率为5.5%,非编码区的SSR位点要显著高于编码区(28... 利用软件MISA和SSR Locator对陆地棉(Gossypium hirsutum L.)Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析,查找到4507个SSR位点,分布于4039条转录本序列中,SSR位点出现频率为5.5%,非编码区的SSR位点要显著高于编码区(2853/1654)。SSR重复基元中,三核苷酸重复基元占主导地位(51.03%),且AAG/CTT(20.08%)类型最多;其次是二核苷酸重复基元(28.76%),主要为AG/CT(55.47%)。利用引物批量设计软件共开发1569对SSR引物,在陆地棉TM-1、海岛棉3-79(G.barbadense L.)、阿非利加棉(G.herbaceum L.)、雷蒙德氏棉(G.raimondii Ulbrich.)4个棉种中进行初步评价,其中1117对引物能在4个棉种间扩增出稳定的条带,扩增率为71.2%。选择650对能稳定扩增出条带的引物,在涉及5个棉种(增加了亚洲棉(G.arboreum L.))的13份材料中进一步筛选,83对引物能在13份材料中扩增出特异性条带,PIC变幅在0.121~0.648之间,平均值为0.422,其中80对引物能在7份陆地棉材料中扩增出特异性条带,平均PIC值为0.336;挑选5对在本实验室作图亲本鲁棉研22和鲁原343间有明显多态的引物进行连锁分析,其中4对成功连锁到本实验室构建的遗传图谱上。本研究丰富了棉属genic-SSR的数量,为棉属遗传作图、性状关联分析提供了更多引物选择。 展开更多
关键词 陆地棉 茎尖转录组 genic-ssr 多态性
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基于genic-SSR标记的MCID法鉴定浙江白沙枇杷地方种质资源 被引量:10
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作者 孙钧 李晓颖 +2 位作者 徐红霞 张林 陈俊伟 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期539-547,共9页
【目的】建立基于genic-SSR分子标记的鉴定白肉枇杷种质资源的方法,为白肉枇杷资源的品种审定与产业化利用提供依据。【方法】利用10对多态性枇杷genic-SSR引物对新收集的14份浙江地方白沙枇杷种质进行分子鉴定,并应用人工绘制品种鉴别... 【目的】建立基于genic-SSR分子标记的鉴定白肉枇杷种质资源的方法,为白肉枇杷资源的品种审定与产业化利用提供依据。【方法】利用10对多态性枇杷genic-SSR引物对新收集的14份浙江地方白沙枇杷种质进行分子鉴定,并应用人工绘制品种鉴别示意图的方法(MCID法)与12个现有白沙枇杷品种建立品种鉴定图(CID)。【结果】仅用5对SSR引物就可将新收集的白沙枇杷新种质与现有品种区分。应用MCID法,依据扩增的多态性核酸片段与对应的引物构建了26份白沙枇杷资源的CID图。从CID图上可找出区分任意2个品种的引物。随机选择各亚组内、亚组间或小组内、小组间的6份种质进行验证,结果与得到的CID图谱一致。聚类结果表明,26个白沙枇杷种质与品种的聚类模式基本符合这些种质的地理起源与遗传背景信息。【结论】基于genic-SSR的MCID法是一种能有效鉴定白沙枇杷种质资源的方法,可应用于枇杷品种鉴定与品种指纹图谱构建。 展开更多
关键词 枇杷 genic-ssr 标记 MCID 多态性
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基于荧光检测的糜子Genic-SSR PCR体系优化 被引量:1
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作者 李耀深 曹鑫 +5 位作者 段明 王俊杰 张彬 李红英 侯思宇 韩渊怀 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 2016年第7期477-482,共6页
[目的]本研究基于Fragment Analyzer全自动毛细管电泳荧光检测系统,以期建立一个最优的糜子GenicSSR分子标记PCR反应体系。[方法]试验采用L16(44)正交设计,设计了Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs和引物的不同浓度组合,并用Pragment Analyze... [目的]本研究基于Fragment Analyzer全自动毛细管电泳荧光检测系统,以期建立一个最优的糜子GenicSSR分子标记PCR反应体系。[方法]试验采用L16(44)正交设计,设计了Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs和引物的不同浓度组合,并用Pragment Analyzer全自动毛细管电泳荧光检测系统检测PCR产物。[结果]Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物浓度对PCR反应效应为:Mg2+>引物>dNTPs>Taq DNA聚合酶。通过正交实验设计确立了糜子Genic-SSR荧光PCR检测体系的最佳反应组分:20μL的反应体系中包含0.2 mmol·L-1的dNTPs,0.2μmol·L-1引物,1.5mmol·L-1的Mg2+和0.5U的Taq DNA聚合酶。[结论]本研究建立了糜子的Genic-SSR分子标记的最佳荧光PCR反应体系,为糜子种质资源遗传多样性分析中分子标记开发、验证和辅助育种奠定了基础。 展开更多
关键词 糜子 genic-ssr 体系优化 正交试验设计
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Genic-SSR对中国兰的遗传背景分析 被引量:6
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作者 金凤 李小白 +2 位作者 金亮 马广莹 曾庆韬 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期183-188,共6页
本研究利用本实验室开发的62个genic-SSR标记分析5个中国兰种的43个品种,其中52个标记呈多态性,其多态性指数(PIC)从0.054到0.824不等,平均为0.415,遗传多样性分析显示这43个材料之间的遗传距离平均为0.358,范围为0.016-0.600。对这... 本研究利用本实验室开发的62个genic-SSR标记分析5个中国兰种的43个品种,其中52个标记呈多态性,其多态性指数(PIC)从0.054到0.824不等,平均为0.415,遗传多样性分析显示这43个材料之间的遗传距离平均为0.358,范围为0.016-0.600。对这些材料进行聚类分析和主成分分析,结果表明大多数来自一个物种的中国兰品种聚类在一起,而春兰分别聚类于几个系统树分支上,具有多起源性。与地理分布信息交叉分析发现:同一物种的品种往往聚类于一个大的系统树分支,但来自于不同地区的品种分别聚类于不同小分支;一些来自临近地域的品种往往聚类在一起,而这些品种有时不属于同一物种。这些结果说明遗传背景和地理环境存在一定的联系。 展开更多
关键词 中国兰 基因内部SSR 遗传背景 地理背景
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日本落叶松EST-SSR标记挖掘及特征分析 被引量:2
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作者 刘超 张力鹏 +2 位作者 王春国 宋文芹 陈成彬 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2013年第F10期60-68,共9页
基于日本落叶松转录组测序(RNA-seq)结果,利用SSRIT工具查找SSR位点,检测到1788个EST—SSR位点,平均长度是17.5bp。进一步统计分析发现在落叶松中重复类型SSR位点出现次数最多的是六、三核苷酸,其余依次是五、二、四核苷酸重复... 基于日本落叶松转录组测序(RNA-seq)结果,利用SSRIT工具查找SSR位点,检测到1788个EST—SSR位点,平均长度是17.5bp。进一步统计分析发现在落叶松中重复类型SSR位点出现次数最多的是六、三核苷酸,其余依次是五、二、四核苷酸重复类型;同时检测到656种重复基元类型,种类丰富。用PrimerPremier5.0设计500对引物,随机合成102对,以红豆杉科、柏科、松科材料为模板进行检测,结果显示在红豆杉科和柏科里的扩增率分别为95%、50%;在松科不同属的通用性为落叶松属99.01%、黄杉属67.4%、雪松属63.8%、冷杉属67.4%、云杉属70.2%和松属75.7%。利用101对SSR引物对7种不同落叶松品种亲缘关系进行了分析,获得79个多态性位点,在遗传相似系数0.69处将其区分为4个类群。 展开更多
关键词 日本落叶松 转录组测序 SSR 通用性
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甘蓝型油菜隐性核不育种质的SSR遗传多样性分析 被引量:4
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作者 李德文 王瑞 +4 位作者 魏忠芬 李加纳 王军 李大雄 张太平 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期415-422,共8页
为辅助油菜育种中合理选配亲本以及加快遗传改良进程提供可靠依据,采用SSR标记对37份甘蓝型油菜隐性核不育系和59份不同来源的恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:62对SSR引物共扩增出177条多态性条带,平均每对引物为2.9条。材料间的... 为辅助油菜育种中合理选配亲本以及加快遗传改良进程提供可靠依据,采用SSR标记对37份甘蓝型油菜隐性核不育系和59份不同来源的恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:62对SSR引物共扩增出177条多态性条带,平均每对引物为2.9条。材料间的遗传相似系数为0.57~0.93;以0.62为阀值,将96份材料划分为7个类群。除了2365AB及2149AB外,其余35份隐性核不育系聚在类群Ⅱ和类群Ⅲ中,恢复系聚在类群Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ中;虽然隐性核不育系间的遗传差异较小,但是有14份隐性核不育系与19份恢复系间的遗传距离大于0.7,这对育种工作有重要参考价值。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 隐性核不育 SSR标记 遗传多样性
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籼稻与热带粳稻渗入系间的分子标记差异性和杂种优势分析 被引量:4
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作者 廖惠红 李容柏 +7 位作者 张向军 杨新庆 韦燕萍 李小勇 邓智年 吕维利 魏源文 李杨瑞 《西南农业学报》 CSCD 2005年第1期5-10,共6页
利用3个籼稻温敏核雄性不育系与9个热带粳稻基因渗入恢复系组配27个杂交稻组合,对杂种优势和产量构成主要因素与亲本间的SSR和SSR RAPD分子遗传距离的关系进行偏相关分析,筛选强优势杂交稻组合。研究结果表明,在籼稻与热带粳稻渗入系的... 利用3个籼稻温敏核雄性不育系与9个热带粳稻基因渗入恢复系组配27个杂交稻组合,对杂种优势和产量构成主要因素与亲本间的SSR和SSR RAPD分子遗传距离的关系进行偏相关分析,筛选强优势杂交稻组合。研究结果表明,在籼稻与热带粳稻渗入系的杂种后代中,多数组合的每穗实粒数、总粒数和穗长呈现正竞争优势;杂种比对照的产量竞争优势主要是依靠每穗结实粒数的增加。在产量构成要素中,每穗实粒数与亲本间的SSR和SSR RAPD分子遗传距离显著相关,而有效穗数和千粒重与之不显著相关,表明在籼稻与热带粳稻渗入系间的杂交稻组合中可以通过增加亲本间的遗传距离增加杂种的每穗粒数,提高杂种的产量优势。通过分子标记辅助选择获得的"桂118S×T511"和"T1S×R138"两个杂交水稻组合示范产量分别比对照特优63增16 3%和6 7%,其亲本间的SSR遗传距离分别为0 83和0 71,亲本间分子多态性分别达到51 4%和42 8%,表明适当应用分子标记辅助选择有助于选育强优势杂交水稻组合。 展开更多
关键词 热带粳稻 分子标记辅助选择 遗传距离 杂种优势 恢复系 温敏核雄性不育系 基因渗入 SSR RAPD
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甘蓝型油菜隐性核不育系ZWAB的遗传差异分析
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作者 李德文 王瑞 +2 位作者 张太平 魏忠芬 王军 《种子》 CSCD 北大核心 2012年第10期13-18,共6页
利用50对多态性位点丰富的SSR引物对甘蓝型油菜隐性上位互作核不育系ZWAB与21份不同来源的甘蓝型油菜隐性核不育两系材料进行遗传差异分析。50对引物在22份材料间共检测到139个多态性位点,每对引物检测到1~6个多态性位点,平均2.8个,多... 利用50对多态性位点丰富的SSR引物对甘蓝型油菜隐性上位互作核不育系ZWAB与21份不同来源的甘蓝型油菜隐性核不育两系材料进行遗传差异分析。50对引物在22份材料间共检测到139个多态性位点,每对引物检测到1~6个多态性位点,平均2.8个,多态性比率为51.3%。聚类分析表明ZWAB与国内来源于S45 AB、117 AB的隐性核不育两系材料间的遗传差异较大,遗传背景来源于国外的甘蓝型油菜,属一种新型的甘蓝型油菜隐性核不育材料。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 隐性上位互作核不育 SSR分子标记 遗传差异
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