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Molecular Cloning and Expression Analysis of a Cys2/His2 Type Zinc Finger Protein Gene in Upland Cotton
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作者 YANG Yu-wen,NI Wan-chao,ZHANG Bao-long,SHEN Xin-lian(Jiangsu Academy of Agriculture Sciences,48 Zhonglinjie Street,Nanjing,Jiangsu 210014,China) 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第S1期73-,共1页
The zinc finger proteins belong to the largest family of transcription factors.But there is little research of Cys2/His2 type zinc finger proteins in cotton,and there is no submission of correlating
关键词 CYS Molecular Cloning and Expression Analysis of a Cys2/His2 type Zinc Finger Protein gene in Upland Cotton
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Preliminary study of single nucleotide polymorphisms of PRPS2 gene in overproducing type of gouty patients 被引量:2
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作者 YIN Yan hui,ZHU Xun (Department of Immunology, School of Basic Medical Sciences, Jilin University,Changchun 130021 China) 《白求恩医科大学学报》 CSCD 北大核心 2001年第3期229-231,共3页
目的 :探讨编码人磷酸核糖焦磷酸合成酶亚单位 2的基因 PRPS2单核苷酸多态性与产生过剩型痛风患者的关系。方法 :利用聚合酶链反应扩增健康人和产生过剩型痛风患者 PRPS2基因全部外显 (包括外显子与内含子交界区 )的片段 ,采用多荧光标... 目的 :探讨编码人磷酸核糖焦磷酸合成酶亚单位 2的基因 PRPS2单核苷酸多态性与产生过剩型痛风患者的关系。方法 :利用聚合酶链反应扩增健康人和产生过剩型痛风患者 PRPS2基因全部外显 (包括外显子与内含子交界区 )的片段 ,采用多荧光标记的 PCR单链构象多态性分析技术对扩增的片段进行了筛选 ,对筛选到的片段进行序列测定 ,并与正常序列进行对照分析。结果 :在 PRPS2基因的第一个外显子区发现了一个 SNP( exon1+45A/G) ,第六个内含子区发现了一个 SNP ( intron6+12G/A) ,健康人与患者间的频率比较分别为 P =0 .0 96和 P =0 .2 73。结论 :提供了 PRPS2基因 SNP的数据库信息 ,为研究痛风发病机制提供了新的途径。 展开更多
关键词 痛风 发病机制 PRPS2基因 基因多态性 DNA MF-PCR-SSCP
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棉花P-type ATPases基因的克隆及表达分析 被引量:2
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作者 陈菲 杨郁文 +5 位作者 何冰 陈天子 袁洪波 连梓伊 张保龙 刘蔼民 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期1192-1197,共6页
为了探明棉花P-type ATPases基因在植物不同组织和多种逆境条件下的表达情况,利用棉花黄萎病菌的P-type ATPases蛋白序列,在GenBank中搜索棉花EST序列,得到2个同源的棉花EST片段,结合RACE和Genome walking获得了这个基因的完整读码框序... 为了探明棉花P-type ATPases基因在植物不同组织和多种逆境条件下的表达情况,利用棉花黄萎病菌的P-type ATPases蛋白序列,在GenBank中搜索棉花EST序列,得到2个同源的棉花EST片段,结合RACE和Genome walking获得了这个基因的完整读码框序列,其开放阅读框长度为3 570 bp,编码1 190个氨基酸,与毛果杨、蓖麻的同源性达86%左右,将其命名为Gbpatp。洋葱表皮亚细胞定位观察结果显示,Gbpatp编码的蛋白分布在细胞膜上。RT-PCR技术检测组织表达特异性分析表明,P-type ATPases在茎和棉絮中的表达量较高,在种子中低水平表达,在叶片和花蕾中表达量极低,说明Gbpatp可能与棉花较成熟的器官茎、棉絮和种子的生长发育密切相关。在逆境胁迫中发现,干旱处理后Gbpatp的表达强烈,并且随处理时间延长表达量逐渐增加;重金属Cu2+处理24 h后Gbpatp表达量升高,但48 h急剧下降;Gbpatp在低温处理下也有轻微表达。激素诱导后发现,Gbpatp对赤霉素和脱落酸均有响应,随胁迫时间延长其表达量仍能维持在一定水平。 展开更多
关键词 棉花 P-type ATPases基因 基因表达 克隆
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基于血小板HLA基因库配型治疗血小板输注无效的临床实践
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作者 刘艳 刘丽丽 +2 位作者 邵静茹 聂向民 翟培聪 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第7期644-648,共5页
目的探讨利用血小板供者资料库开展供、患者人类白细胞抗原(HLA)基因匹配的血小板输注在治疗HLA抗原抗体不相和导致的严重血小板输注无效(PTR)中的疗效。方法通过实时荧光定量PCR的方法获取患者的HLA-Ⅰ类基因型,在血小板供者资料库中... 目的探讨利用血小板供者资料库开展供、患者人类白细胞抗原(HLA)基因匹配的血小板输注在治疗HLA抗原抗体不相和导致的严重血小板输注无效(PTR)中的疗效。方法通过实时荧光定量PCR的方法获取患者的HLA-Ⅰ类基因型,在血小板供者资料库中检索与患者HLA分型相匹配的献血者,选择配合级别高的血小板推荐输注。结果19名患者中有7名患者检索到B2U以上的供者,6名患者检索到BX级以上的供者,6名患者没有检索到合适的供者。通过对输注后24 h血小板增加量(CCI)的计算评估输注效果,发现输注均有效。结论对于严重的PTR患者,在血小板供者资料库中查询HLA基因分型相匹配的供者,通过供患者的基因匹配来选择合适的血小板进行输注来达到良好输血效果是治疗PTR的最有效手段。 展开更多
关键词 血小板输注无效(PTR) 血小板供者资料库 HLA基因配型 精准输血
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芒果细菌性黑斑病病原菌Ⅲ型分泌系统hrpF基因功能分析
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作者 喻群芳 张贺 +2 位作者 漆艳香 曾凡云 蒲金基 《中国热带农业》 2025年第4期38-45,共8页
柑橘黄单胞菌芒果致病变种引起的芒果细菌性黑斑病是芒果生产上的重要病害之一。为明确芒果细菌性黑斑病病原菌Ⅲ型分泌系统(Type Ⅲ Secretion System,T3SS)中的hrpF基因的功能,通过构建柑橘黄单胞菌芒果致病变种菌株XcmL5的hrpF基因... 柑橘黄单胞菌芒果致病变种引起的芒果细菌性黑斑病是芒果生产上的重要病害之一。为明确芒果细菌性黑斑病病原菌Ⅲ型分泌系统(Type Ⅲ Secretion System,T3SS)中的hrpF基因的功能,通过构建柑橘黄单胞菌芒果致病变种菌株XcmL5的hrpF基因缺失突变体及互补菌株,研究了该基因对病原菌致病力、烟草过敏性反应、运动能力及T3SS相关基因表达的影响。结果表明,hrpF基因缺失显著降低了病原菌在芒果上的致病力,而互补菌株则恢复了致病力。hrpF基因的缺失对病原菌在烟草上引起过敏性反应的能力无显著影响;该基因缺失导致病原菌运动能力下降,但对生长能力无显著影响。荧光定量PCR分析表明,hrpF基因缺失后,T3SS相关基因hrpB1、hpa2表达下调,hrcJ、hrcD、hpaP表达上调,而趋化性基因cheA、cheY表达显著下降,鞭毛基因fliQ、fliP表达显著增强。该研究揭示了hrpF基因在芒果细菌性黑斑病致病过程中的重要作用,为深入解析该病害致病机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 芒果细菌性黑斑病 柑橘黄单胞菌芒果致病变种 hrpF基因 Ⅲ型分泌系统 基因表达
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西藏高海拔地区成年女性HPV阳性情况调查分析:单中心横断面研究
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作者 益西晋巴 王高雪 +6 位作者 巴桑次仁 嘎松卓嘎 普芝 次仁央金 边珍 刘治娟 杜娟 《协和医学杂志》 北大核心 2025年第5期1325-1331,共7页
目的探究西藏高海拔地区成年女性人群人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)检出现况。方法对2019年3月-2023年7月西藏自治区人民医院门诊、住院患者及健康体检的成年女性人群HPV基因检测结果进行回顾性总结。比较不同民族、年龄组女... 目的探究西藏高海拔地区成年女性人群人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)检出现况。方法对2019年3月-2023年7月西藏自治区人民医院门诊、住院患者及健康体检的成年女性人群HPV基因检测结果进行回顾性总结。比较不同民族、年龄组女性HPV阳性率,并分析HPV阳性率随时间的变化趋势。结果共纳入行HPV检测的成年女性6498人,平均年龄(39.5±9.8)岁;藏族5440人,汉族1058人。整体HPV阳性率为19.58%(1272/6498),且以单一阳性为主(14.99%),双重阳性(3.71%)、三重及以上的多重阳性率(0.88%)较为少见。汉族女性HPV阳性率显著高于藏族女性[29.30%(310/1058)比17.68%(962/5440),P<0.001]。藏族女性中,高危型HPV阳性率居前5位的型别分别是HPV 52(3.27%)、HPV 16(2.68%)、HPV 58(2.35%)、HPV 53(1.64%)和HPV 31(1.18%),汉族女性中分别为HPV 52(6.24%)、HPV 16(5.39%)、HPV 58(3.40%)、HPV 53(2.27%)、HPV 68(1.89%)。整体人群中,<25岁和60~64岁年龄组HPV阳性率最高,分别为36.76%和32.41%;且随年龄升高,藏族女性HPV阳性率呈“U”形趋势,而汉族女性中无此种变化趋势。不论是整体人群,还是按藏、汉民族进行分别统计,2019-2023年西藏高海拔成年女性HPV阳性率整体均呈下降趋势,但2023年出现一定回升。结论西藏高海拔地区成年女性HPV阳性率较高,且藏族女性与汉族女性在不同年龄组的HPV阳性率及高发型别存在显著差异。应重点加强西藏高海拔地区年轻女性HPV疫苗接种及年轻女性、绝经后女性人群的HPV筛查和诊治工作。 展开更多
关键词 高海拔 人乳头瘤病毒 藏族 宫颈癌 基因型别
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江苏省南通地区虾源弧菌的分子流行病学分析
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作者 张鹏 吉星 +3 位作者 孙利厂 朱树娇 何涛 王冉 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第9期1791-1802,共12页
为探明南通地区虾源弧菌的分子流行病学特征,本研究对在南通地区规模化虾养殖场中采集的560份病虾样本进行弧菌分离和鉴定,使用微量肉汤稀释法对分离株进行抗菌药物敏感性测试,基于全基因组测序技术分析分离株的耐药基因、毒力基因携带... 为探明南通地区虾源弧菌的分子流行病学特征,本研究对在南通地区规模化虾养殖场中采集的560份病虾样本进行弧菌分离和鉴定,使用微量肉汤稀释法对分离株进行抗菌药物敏感性测试,基于全基因组测序技术分析分离株的耐药基因、毒力基因携带情况,并通过多位点序列分型(MLST)和系统发育树分析南通地区虾源弧菌的流行病学特征。结果表明,560份病虾样本中共分离出119株弧菌,检出率为21.25%,其中,溶藻弧菌为优势亚型,占比达73.95%。弧菌分离株对氨苄西林、头孢氨苄和多西环素的耐药率较高,分别为73.11%、58.82%、45.38%。弧菌分离株中共检测到47种耐药基因,其中tet(34)、tet(35)、bla ampC检出率较高,分别为97.48%、88.24%、61.34%。分离株平均携带33个毒力基因,携带可编码细胞毒性的关键外毒素基因hlyA和rtxA的分离株分别为1株和7株。分离株ST型具有多样性,其中ST388为相对流行的ST型。溶藻弧菌分离株划分为1个进化分支,不同来源菌株之间的遗传进化关系较近;分离株85和分离株4与人类医疗临床来源的溶藻弧菌菌株有着高度同源性。本研究结果可为南通地区水产弧菌的有效防治提供科学依据。 展开更多
关键词 弧菌 耐药基因 毒力基因 进化分型
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江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征分析 被引量:1
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作者 苏韦赫 吉星 +3 位作者 张莉莉 王佳芸 何涛 王冉 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第6期1188-1196,共9页
为明确江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征,本研究通过采集江苏省8市规模化养鸡场病鸡粪便样本1641份,分离沙门菌,并使用微量肉汤稀释法测定沙门菌分离菌株对抗菌药物的敏感性,基于全基因组测序技术分析分离菌株的耐药基因、毒力基因... 为明确江苏省鸡源沙门菌的分子流行病学特征,本研究通过采集江苏省8市规模化养鸡场病鸡粪便样本1641份,分离沙门菌,并使用微量肉汤稀释法测定沙门菌分离菌株对抗菌药物的敏感性,基于全基因组测序技术分析分离菌株的耐药基因、毒力基因的携带情况,通过鉴定沙门菌的抗原结构式判断分离菌株的血清型,通过多位点序列分型(MLST)和系统发育树分析江苏省沙门菌的流行特征。结果表明,从1641份鸡粪样品中共分离出266株沙门菌,分离率为16.21%;分离菌株对氨苄西林和磺胺甲口恶唑的耐药率较高,分别为56.39%和55.64%;多重耐药菌占比为53.38%。携带sul2、bla_(TEM-1)和tetA等耐药基因的菌株比例较高,分别为59.40%、56.77%和39.10%。分离菌株的多位点序列分型(MLST)共鉴定出21种ST型,其中ST11型占比高达49.62%。血清型以肠炎、鸡白痢、鼠伤寒和印第安纳为主。分离得到的沙门菌共分为5个遗传进化分支,相同的养殖场分离株之间遗传进化关系比较接近,不同养殖场分离株的遗传关系较远。本研究结果为江苏省鸡源沙门菌的精准防治提供了依据。 展开更多
关键词 鸡源沙门菌 流行病学 血清型 多位点序列分型 耐药基因 毒力基因
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白斑狗鱼LADD 2基因克隆及其组织表达特征分析
9
作者 刘祎 王顺哲 +5 位作者 刘璎慧 杨倩 汪泳昌 孙浩然 李胜忠 张俊杰 《南方农业学报》 北大核心 2025年第1期305-313,共9页
【目的】克隆白斑狗鱼(Esox lucius)LADD 2基因并分析其组织表达特征,为揭示LADD 2基因在白斑狗鱼性腺发育中的作用提供理论依据。【方法】利用白斑狗鱼性腺转录组数据,筛选得到126日龄雌性白斑狗鱼高表达基因LADD 2。克隆LADD 2基因编... 【目的】克隆白斑狗鱼(Esox lucius)LADD 2基因并分析其组织表达特征,为揭示LADD 2基因在白斑狗鱼性腺发育中的作用提供理论依据。【方法】利用白斑狗鱼性腺转录组数据,筛选得到126日龄雌性白斑狗鱼高表达基因LADD 2。克隆LADD 2基因编码区(CDS)序列,利用DNAMAN 9.0、NCBI ORF finder、BLAST、ClustalX、ExPASy、ProtParam、PSORT Ⅱ、SOMPA、SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。基于鱼类梯型凝集素同源物及C型凝集素受体的氨基酸序列,使用MEGA 5.1中的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树。采用实时荧光定量PCR检测LADD 2基因在126日龄、188日龄和320日龄白斑狗鱼性腺、肠道、肌肉、肝脏、鳃、脑、肾脏及头肾中的相对表达量。【结果】成功克隆获得白斑狗鱼LADD 2基因CDS序列,全长609 bp,编码85个氨基酸残基,蛋白分子量为9.78 kD,理论等电点(pI)为7.30,分子式为C_(8635)H_(13504)N_(2334)O_(2404)S_(115),为亲水性蛋白。LDDA 2蛋白中亮氨酸(11.86%)含量最高,色氨酸(2.28%)含量最低。蛋白磷酸化位点预测结果显示,LADD 2蛋白含有147个丝氨酸位点,98个苏氨酸位点,44个酪氨酸位点。蛋白结构预测结果显示,LADD 2蛋白主要由β-转角、α-螺旋和β-折叠构成,存在2个保守的PRT1结构域。氨基酸序列同源比对分析结果显示,白斑狗鱼与阿拉斯加黑鱼(Dallia pectoralis)LADD 2蛋白的相似性最高为99%。系统发育进化树显示,白斑狗鱼LADD 2蛋白与鱼类梯型凝集素同源物聚为一支,与大西洋鲑(Salmo salar)、银大麻哈鱼(Oncorhynchus kisutch)及鲱形白鲑(Coregonus clupeaformis)的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果显示,随着发育时间延长,LADD 2基因在白斑狗鱼卵巢中的相对表达量逐渐降低,与精巢中LADD 2基因相对表达量差异越来越小,且在鳃和脑中也有一定表达。【结论】LADD 2基因在进化过程中具有一定的保守性和稳定性,其在白斑狗鱼早期卵巢发育过程中发挥重要作用。LADD 2蛋白可能在白斑狗鱼发育后期鳃和脑中具有免疫活性。LADD 2蛋白可能具有免疫功能,进而对白斑狗鱼肝胰腺发育具有保护作用。 展开更多
关键词 白斑狗鱼 LADD 2基因 梯型凝集素 组织表达特征
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全基因组选择信号筛选和田羊异质被毛相关候选基因
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作者 张彦威 徐新明 +6 位作者 于丽娟 田月珍 谢梦婉 唐丽苹 郑培宇 宋楠楠 狄江 《新疆农业科学》 北大核心 2025年第3期766-774,共9页
【目的】被毛类型是绵羊重要的品种特征之一,但是其形成的分子基础目前仍不清楚。筛选出与和田羊异质被毛有关的基因和通路,为进一步解析和田羊异质被毛的分子调控机制提供理论依据。【方法】对异质被毛和田羊和同质被毛中国美利奴羊的... 【目的】被毛类型是绵羊重要的品种特征之一,但是其形成的分子基础目前仍不清楚。筛选出与和田羊异质被毛有关的基因和通路,为进一步解析和田羊异质被毛的分子调控机制提供理论依据。【方法】对异质被毛和田羊和同质被毛中国美利奴羊的基因组信息进行选择信号分析,研究筛选出与和田羊被毛类型相关的候选基因。选取健康和田羊和中国美利奴羊成年母羊各15只,颈静脉采血,提取基因组DNA进行基因组重测序,基于全基因SNPs进行选择信号检测分析。将Fst和θπRatio的top1%作为阈值,筛选出SNPs位点进行注释,并对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定与和田羊异质被毛性状相关的候选基因和生物学通路。【结果】Fst和θπRatio两种方法共鉴别出732个受选择基因,这些基因被显著富集到多个与羊毛性状有关的KEGG通路和1条与毛囊发育有关的生物学过程通路。【结论】筛选出多个羊毛性状有关的通路和5个(BMPR2、LPAR6、RARA、CDC6和BNC1)可能与和田羊异质被毛相关的关键候选基因。 展开更多
关键词 和田羊 被毛类型 候选基因 选择信号
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6株野生羊肚菌的分子鉴定及高活力菌株筛选
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作者 向雨萌 吴琦 +4 位作者 任海伟 田亚琴 郭晓鹏 刘前逵 王雅钰 《食品科学》 北大核心 2025年第13期86-93,共8页
为筛选具有高生物活性及稳定出菇特性的优质羊肚菌菌株,采用单基因与多基因联合鉴定技术,结合酶活力综合评价体系,对6株野生羊肚菌进行系统的分子生物学鉴定及功能特性分析。通过测定液体培养条件下菌丝体的过氧化氢酶(catalase,CAT)、... 为筛选具有高生物活性及稳定出菇特性的优质羊肚菌菌株,采用单基因与多基因联合鉴定技术,结合酶活力综合评价体系,对6株野生羊肚菌进行系统的分子生物学鉴定及功能特性分析。通过测定液体培养条件下菌丝体的过氧化氢酶(catalase,CAT)、多酚氧化酶(polyphenol oxidase,PPO)、过氧化物酶(peroxidase,POD)等抗氧化酶活力以及丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量,并采用隶属函数法对各项指标进行量化评估,最终筛选出一株适宜栽培的优质菌株。结果表明,所收集的6株野生羊肚菌均归属于六妹羊肚菌(Morchella sextelata),隶属黑色羊肚菌(Elata Clade)类群。菌丝形态观察显示,其颜色由白色逐渐转变为微黄色,菌丝排列紧密,末端较钝,且存在粗细不均和部分区域球状体分布特征,菌丝生长速度介于0.40~0.45 mm/d。交配型基因检测结果表明,菌株LM1、LM3和LM4同时携带MAT1-1与MAT1-2两种交配型基因,具备进行有性生殖的潜能。其中,LM4菌株的PPO、POD、CAT及2,3,5-三苯基氯化四氮唑-脱氢酶的活性均显著高于其他菌株,且MDA含量最低;同时LM4菌株各项评价指标的平均隶属函数值最高,可达0.9647,证明其优良的生物活性和栽培适应性,可推荐作为后续栽培实验候选菌株。本研究将多基因联合鉴定与酶活力综合评价相结合,筛选出高活力、高适应性的优质羊肚菌菌株,为羊肚菌种质资源的精准鉴定与高效选育提供了新方法。 展开更多
关键词 羊肚菌 分子鉴定 交配型基因 生物量 抗氧化酶活力
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花椰菜抗感品种响应黑腐病侵染的转录组分析及抗病基因挖掘
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作者 李子雨 姚玉荣 +6 位作者 郝永娟 霍建飞 贲海燕 王旭东 王万立 姚星伟 李二峰 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期161-172,共12页
为探究花椰菜抗病品种与感病品种在接种黑腐病菌后的转录组差异,挖掘与花椰菜抗黑腐病相关的基因,以花椰菜感病品种Y1-2和抗病品种EC-247为研究对象,分别提取接种黑腐病菌0,1,3,5 d的花椰菜叶片总RNA,利用Illumina RNA-Seq测序平台进行... 为探究花椰菜抗病品种与感病品种在接种黑腐病菌后的转录组差异,挖掘与花椰菜抗黑腐病相关的基因,以花椰菜感病品种Y1-2和抗病品种EC-247为研究对象,分别提取接种黑腐病菌0,1,3,5 d的花椰菜叶片总RNA,利用Illumina RNA-Seq测序平台进行高通量无参转录组测序,采用实时荧光定量PCR技术对部分差异表达基因进行验证,筛选抗病相关的差异基因并对其表达量进行分析。结果显示,4个时间点与感病品种相比,抗病品种共有6355个基因表现出显著差异;KEGG富集分析发现,在这些差异表达基因富集通路中,与植物抗病性紧密相关的通路受到关注,其中47个基因与植物-病原菌互作相关,61个基因参与植物激素信号传导途径;对这些相关基因的表达量进行聚类分析发现,植物-病原菌互作途径中1个CDPK基因、4个CML基因、1个PTK基因、1个CaM基因、1个RLK基因和1个SGT1基因,植物激素信号传导途径中3个生长素响应蛋白基因、1个TIFY基因、1个吲哚-3-乙酸酰胺合成酶基因、2个油菜素唑抗性蛋白基因和1个Shaggy相关的蛋白激酶zeta基因,在抗病品种中的表达量显著高于感病品种,并且抗感品种不同时间点的表达模式表明其积极响应病原菌侵染。综上,这些差异基因可能与花椰菜抗病相关,为花椰菜抗病分子育种提供了重要的基因资源和科学依据。 展开更多
关键词 花椰菜 黑腐病 转录组 差异表达基因 抗病型 敏感型
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东北黑土剖面硝化和反硝化基因的空间分布特征
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作者 孙沐尧 王歆 +2 位作者 刘株秀 刘俊杰 王光华 《中国生态农业学报(中英文)》 北大核心 2025年第8期1619-1631,共13页
土壤微生物在氮循环过程中扮演着关键角色,对作物生产和生态平衡具有重要影响。土壤氮循环的相关研究多针对表层土壤,而对于深层土壤的氮转化过程了解相对不足。本研究基于诊断层特征采集了两个均腐土亚纲——干润和湿润均腐土各4个剖... 土壤微生物在氮循环过程中扮演着关键角色,对作物生产和生态平衡具有重要影响。土壤氮循环的相关研究多针对表层土壤,而对于深层土壤的氮转化过程了解相对不足。本研究基于诊断层特征采集了两个均腐土亚纲——干润和湿润均腐土各4个剖面的腐殖质层(A)、淀积层(B)和母质层(C)土壤样品,利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术解析了土壤剖面氮循环相关功能基因的分布特征及驱动因素。结果表明,随着诊断层深度增加,土壤硝化(Comammox、AOA amoA和AOB amoA基因)和反硝化(nirK、nirS和nosZ基因)相关基因的丰度显著降低。与干润均腐土相比,湿润均腐土的A层Comammox、nirK、nirS和nosZ基因丰度分别增加23.1%、46.3%、871.9%和98.9%(P<0.05),而AOA amoA和AOB amoA基因丰度分别降低48.2%和44.6%(P<0.05)。对于B层和C层,除了AOA amoA和Comammox基因(C层差异不显著)外,其余氮循环相关基因的丰度在两个均腐土亚纲间没有显著差异。本研究发现土壤硝化和反硝化基因丰度分别和硝化潜势、反硝化潜势呈显著正相关关系(P<0.05)。冗余分析和结构方程模型结果显示,土壤速效磷含量和pH是土壤硝化和反硝化过程的主要调控因子。研究系统阐明了均腐土剖面氮循环功能基因的空间分布规律及其关键影响因素,为深入理解均腐土氮循环机制、优化土壤氮管理策略提供了坚实的理论支撑。 展开更多
关键词 氮循环 硝化基因 反硝化基因 土壤诊断层 土壤类型 均腐土
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从基因演化到细胞类型演化的理论思考
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作者 张力 李川昀 《遗传》 北大核心 2025年第2期172-182,共11页
在生命演化过程中,突变随机产生并被选择固定。同时物种逐步形成,产生各种生命形式。在传统演化理论体系中,突变被默认为遗传突变,体细胞突变仅在肿瘤、免疫和衰老等特定场景使用。选择在生命系统的多个层面发挥作用,包括基因、细胞、... 在生命演化过程中,突变随机产生并被选择固定。同时物种逐步形成,产生各种生命形式。在传统演化理论体系中,突变被默认为遗传突变,体细胞突变仅在肿瘤、免疫和衰老等特定场景使用。选择在生命系统的多个层面发挥作用,包括基因、细胞、组织器官、个体、群体、物种,乃至生态系统。现代生命科学主流研究观点将遗传突变表述为基因型,将细胞类型及其他层面特征表述为表型,并发现表型由基因型和环境因素共同决定。目前,尚不清楚基因型和环境因素在细胞层面的作用机制,以及新细胞类型的产生和固定机制。本文从基因演化研究出发,依托现有演化理论体系,初步论述了细胞类型演化的理论定位和潜在的研究方向。 展开更多
关键词 随机突变 自然选择 基因演化 细胞类型演化
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糜子PmDEP1和PmEP3基因的克隆与表达特征分析
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作者 许圆梦 毛娇 +7 位作者 王梦瑶 王数 任江陵 刘宇涵 刘思辰 乔治军 王瑞云 曹晓宁 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期150-162,共13页
【目的】穗型是影响作物产量和机械化收割的重要因素,DEP1(Dense Erect Panicles 1)和EP3(Erect Panicle 3)基因是控制穗型形成的关键基因。旨在探究糜子(Panicum miliaceum L.)PmDEP1和PmEP3基因的结构与表达特征。【方法】以散穗型糜... 【目的】穗型是影响作物产量和机械化收割的重要因素,DEP1(Dense Erect Panicles 1)和EP3(Erect Panicle 3)基因是控制穗型形成的关键基因。旨在探究糜子(Panicum miliaceum L.)PmDEP1和PmEP3基因的结构与表达特征。【方法】以散穗型糜子笤帚糜子(ZM)、密穗型糜子M278和侧穗型糜子M350为材料,克隆获得PmDEP1和PmEP3,并对其开展生物信息学分析。采用RT-qPCR检测不同穗型糜子PmDEP1和PmEP3的表达模式。【结果】序列结果分析显示,PmDEP1 cDNA全长为1044 bp,编码347个氨基酸,蛋白结构域预测为PAT1,二级结构以无规则卷曲为主,三级结构与水稻DEP1蛋白高度相似,预测定位于细胞核,与柳枝稷具有较高的同源性,拥有28个磷酸化位点,不具有跨膜结构和信号肽。PmEP3 cDNA全长1215 bp,编码358个氨基酸,编码的蛋白属于F-box家族,二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,三级结构与水稻Os02g0260200蛋白高度相似,预测定位于细胞质,与柳枝稷具有较高的同源性,不含信号肽,拥有32个磷酸化位点,具有少量的跨膜结构。RT-PCR结果显示,PmDEP1和PmEP3在不同时期的不同部位中表达,PmDEP1在拔节期的根中表达量最高,在抽穗期的笤帚糜子和M278中的叶部表达量最高,在M350中的茎部表达量最高。PmEP3在拔节期的叶中表达量最高,在笤帚糜子和M278抽穗期的叶部表达量最高,在M350的穗部表达量最高。【结论】PmDEP1和PmEP3为穗型基因,可能参与调控糜子穗型形成。 展开更多
关键词 糜子 穗型基因 PmDEP1 PmEP3 基因克隆 表达分析
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新疆巴州地区某奶牛场隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子分型、耐药特征和毒力基因检测 被引量:1
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作者 蔡依龙 吴自豪 +2 位作者 池昊明 刘士哲 陈伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第2期10-17,共8页
为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其... 为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其药物敏感性、毒力基因携带情况和生物被膜形成能力。结果显示,从40份乳样中得到34株金黄色葡萄球菌,MLST分型共18种,spa分型共7种,其主要流行克隆为ST5405-t189和ST5406-t705。34株金黄色葡萄球菌分离株对红霉素的耐药率最高(50.0%,17/34),并检测到4株(11.8%)耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,6株(17.6%)金黄色葡萄球菌具有多重耐药表型;34株金黄色葡萄球菌携带14种毒力基因,其中,clfB(94.1%,32/34)、clfA(88.2%,30/34)、hlb(85.3%,29/34)、cna(79.4%,27/34)和hla(67.6%,23/34)的检出率较高;23株(67.6%)金黄色葡萄球菌具有生物被膜形成能力。结果表明,本试验分离到的34株金黄色葡萄球菌分子分型多样,部分菌株具有多重耐药性和生物被膜形成能力,并携带多种毒力基因,提示应加强对奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的检测和监管。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 分子分型 耐药性 生物被膜 毒力基因
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猪腺病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立
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作者 解佳 刘静宜 +4 位作者 孙彤 郭伟强 俞赵荣 陈鸿军 陈立功 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期106-111,共6页
猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别P... 猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别PAdV-3与其他猪病病毒,最低检测限为10 copies/μL,敏感性高于常规PCR 100倍。该检测方法的建立为PAdV-3的快速诊断提供了重要的分子诊断工具。 展开更多
关键词 猪腺病毒3型 hexon基因 TAQMAN探针 实时荧光定量PCR
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牛病毒性腹泻病毒1型SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立与应用
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作者 刘飞飞 杨澳飞 +7 位作者 贾东鹭 韩新雨 陈慧敏 陈建 魏颖 丁轲 张春杰 陈松彪 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第4期363-369,共7页
为建立牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1)荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参考GenBank中的不同BVDV-1序列,设计并合成Npro基因保守区域特异性引物,以重组质粒标准品作为模板对反应体系进行优化,初步建立一种BVDV-1特异性SYBR GreenⅠ... 为建立牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1)荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参考GenBank中的不同BVDV-1序列,设计并合成Npro基因保守区域特异性引物,以重组质粒标准品作为模板对反应体系进行优化,初步建立一种BVDV-1特异性SYBR GreenⅠRT-qPCR方法,结果显示,RT-qPCR方法的最适退火温度为55℃,最佳引物终浓度为0.4μmol/L;质粒标准品浓度在5.46×10^(1)拷贝/μL~5.46×10^(7)拷贝/μL之间与各自的Ct值具有良好的线性关系,线性方程为:y=-3.2011x+33.6,R^(2)=0.9975,熔解曲线为单一峰值;以BVDV-1、牛病毒性腹泻病毒2型、牛病毒性腹泻病毒3型、边界病毒、猪瘟病毒、牛轮状病毒和牛冠状病毒等的RNA反转录所得cDNA以及大肠杆菌和鼠伤寒沙门菌总DNA为模板,采用本研究建立的RT-qPCR方法检测,评估该方法的特异性;分别以10倍倍比稀释(10^(1)~10^(9))的pMD19-T-Npro重组质粒标准品作为模板,利用本研究建立的方法与普通RT-PCR方法检测,比较所建方法的敏感性;以5个不同浓度的重组质粒标准品pMD19-T-Npro作为模板,利用RT-qPCR方法分别于同一时间和不同时间分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。特异性试验结果显示,该方法仅对BVDV-1有特异性扩增曲线,牛病毒性腹泻病毒2型、牛病毒性腹泻病毒3型、边界病毒、猪瘟病毒、牛轮状病毒、牛冠状病毒、大肠杆菌、鼠伤寒沙门菌均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为5.46×10^(1)拷贝/μL,敏感性高;对重组质粒标准品的批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%,具有良好的重复性和稳定性。采用本研究建立的RT-qPCR方法和文献中的BVDV-1 RT-qPCR方法分别对50份腹泻牛粪便样品检测,结果显示,两种方法的阳性检出率均为16%(8/50),总符合率达100%。本研究建立的RT-qPCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的优点,为BVDV临床快速检测、流行病学调查及疫病防控工作提供了新的技术支撑和思路。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒1型 Npro基因 荧光定量RT-PCR 应用
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第三代测序技术实现肿瘤患者类孟买血型深入鉴定
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作者 王娜 余秀蓉 陈玉娟 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第2期148-153,共6页
目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进... 目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进一步采用Pacific Biosciences(PacBio)单分子实时测序与Sanger测序分析ABO、FUT1和FUT2基因型。结果血清学和分子生物学方法证实8例类孟买血型,FUT1基因型分别是:5例h1h1(551_552delAG纯合突变)、3例h1h2(551_552delAG和880_882delTT杂合突变);FUT2基因型分别是:2例Se^(357)/Se^(357),716,4例Se^(357)/Se^(357)。其中1例样本ABO基因第7外显子中发现818C>T是杂合新变异,PacBio测序确认显示该突变位于O单倍体上。结论PacBio测序技术突显其在分析类孟买血型基因单倍体上的优势,将有利于疑难血型鉴定体系,为肿瘤患者精准输血提供新依据。 展开更多
关键词 类孟买血型 PacBio测序 FUT1基因
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4株CAMP阴性无乳链球菌的全基因测序分析
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作者 王秀 姚杰 +2 位作者 冷贵云 唐伟 周强 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第4期707-711,共5页
目的探讨4株CAMP阴性无乳链球菌(S.agalactiae)的全基因组测序分子特征。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选可疑菌株。对于确认为S.agalactiae的菌株,进一步开展CAMP试验。针对CAMP阴性菌株,利用MGI DNBSEQ-T... 目的探讨4株CAMP阴性无乳链球菌(S.agalactiae)的全基因组测序分子特征。方法应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选可疑菌株。对于确认为S.agalactiae的菌株,进一步开展CAMP试验。针对CAMP阴性菌株,利用MGI DNBSEQ-T7和MinION Flow Cell测序平台进行全基因组测序。测序结果重点分析多位点序列分型(MLST)、毒力基因和耐药基因。采用全自动Phoenix M50药敏仪对CAMP阴性菌株进行药敏检测。结果4株CAMP阴性S.agalactiae被纳入研究。全基因组测序分析显示,4株CAMP阴性菌株均为ST862型;携带22种与荚膜多糖、β-溶血素和透明质酸酶相关的毒力基因,以及7种与大环内酯类、林可酰胺类、多肽类和氨基糖苷类相关的耐药基因。药敏结果显示,4株CAMP阴性菌株对青霉素G、头孢吡肟、头孢噻肟、万古霉素、利奈唑胺、左氧氟沙星、莫西沙星和氯霉素均敏感;其中3株对红霉素耐药;1株对克林霉素耐药。结论4株CAMP阴性S.agalactiae均为ST862型,携带多种毒力基因及耐药基因,对红霉素耐药率高,应引起临床重视。 展开更多
关键词 无乳链球菌 CAMP阴性 全基因组测序 多位点序列分型 毒力基因 耐药基因
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