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一种基于Gene Ontology注释信息的基因选择算法 被引量:3
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作者 马宁 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期696-700,706,共6页
基因选择算法是辅助生物学分析最重要的方法之一,但这类统计学算法受样本量相对基因数目过少的困扰。提出一种结合Gene Ontology(GO)注释信息的基因选择算法,用GO注释接近基因的方差的加权平均进行修正,增强小样本量下对总体的估计,进... 基因选择算法是辅助生物学分析最重要的方法之一,但这类统计学算法受样本量相对基因数目过少的困扰。提出一种结合Gene Ontology(GO)注释信息的基因选择算法,用GO注释接近基因的方差的加权平均进行修正,增强小样本量下对总体的估计,进而寻找差异表达基因。将该算法与其他5种常见算法对比,以选择出的基因为特征构建分类器,以分类器的可靠性作为衡量算法的标准。3组芯片实验的结果表明,该算法在小样本情况下具有一定优势。亦有Pubmed文献证明,该算法可以鉴别出其他算法未曾发现的致病基因。该方法所建立起来的框架,是把生物学注释信息引入算法改进的一种有效尝试。 展开更多
关键词 基因芯片 基因选择 T检验 置换检验 GO
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DENGENE:一种高精度的基于密度的适用于基因表达数据的聚类算法 被引量:1
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作者 孙亮 赵芳 王永吉 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2007年第4期58-61,共4页
根据基因表达数据的特点,提出一种高精度的基于密度的聚类算法DENGENE。DENGENE通过定义一致性检测和引进峰点改进搜索方向,使得算法能够更好地处理基因表达数据。为了评价算法的性能,选取了两组广为使用的测试数据,即啤酒酵母基因表达... 根据基因表达数据的特点,提出一种高精度的基于密度的聚类算法DENGENE。DENGENE通过定义一致性检测和引进峰点改进搜索方向,使得算法能够更好地处理基因表达数据。为了评价算法的性能,选取了两组广为使用的测试数据,即啤酒酵母基因表达数据集对算法来进行测试。实验结果表明,与基于模型的五种算法、CAST算法、K-均值聚类等相比,DENGENE在滤除噪声和聚类精度方面取得了显著的改善。 展开更多
关键词 基因表达数据 聚类分析 基于密度的聚类 一致性检测 峰点
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去分化黑色素瘤1例
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作者 尹海波 赵紫琴 王瑞琳 《临床与实验病理学杂志》 北大核心 2025年第4期558-560,共3页
去分化黑色素瘤(dedifferentiated melanoma,DM)是指黑色素瘤中经典成分向去分化成分的转变。本文报道1例37岁男性,2011年背部原位黑色素瘤术后行干扰素治疗;2021年肝转移检出BRAF V600E突变,接受靶向联合化疗;2022年胸椎转移灶病理呈... 去分化黑色素瘤(dedifferentiated melanoma,DM)是指黑色素瘤中经典成分向去分化成分的转变。本文报道1例37岁男性,2011年背部原位黑色素瘤术后行干扰素治疗;2021年肝转移检出BRAF V600E突变,接受靶向联合化疗;2022年胸椎转移灶病理呈肉瘤样形态,黑色素标志物(S-100等)阴性,但与原发灶共享BRAF V600E突变,证实克隆关联,确诊为DM。研究表明靶向治疗可能诱导表型转化,进而导致免疫标志丢失,提示需联合分子检测与病史分析以鉴别罕见去分化病例,并谨慎评估BRAF抑制剂持续治疗的临床价值。 展开更多
关键词 去分化黑色素瘤 基因检测 病例报道
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胚胎植入前单基因遗传学检测在遗传性癫痫家系中的应用
4
作者 张文香 陈大蔚 +1 位作者 王田娟 曹云霞 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第9期1725-1729,共5页
目的探讨胚胎植入前单基因遗传学检测(PGT-M)在遗传性癫痫家系中的临床应用价值。方法基于全外显子组测序(WES)及家系共分离分析,对2例单基因遗传性癫痫家系(PCDH19 c.1031C>G及LGI1 c.856T>G)进行致病性评估,并实施PGT-M技术,建... 目的探讨胚胎植入前单基因遗传学检测(PGT-M)在遗传性癫痫家系中的临床应用价值。方法基于全外显子组测序(WES)及家系共分离分析,对2例单基因遗传性癫痫家系(PCDH19 c.1031C>G及LGI1 c.856T>G)进行致病性评估,并实施PGT-M技术,建立临床路径模型,并追踪助孕结局。结果家系1(PCDH19杂合可能致病变异)经2个周期促排卵活检13枚囊胚,筛选出3枚未受累整倍体胚胎(23.1%),第3次冻胚移植后成功分娩1个健康男婴,产前诊断确认胎儿未携带PCDH19致病变异。家系2(LGI1杂合意义未明变异)活检14枚囊胚,筛选2枚未受累整倍体胚胎(14.3%),首次移植未孕,第2次解冻移植后早期妊娠中。结论PGT-M可精准阻断单基因遗传性癫痫致病变异传递,为遗传性癫痫家系提供有效的生殖干预策略。 展开更多
关键词 遗传性癫痫 全外显子组测序 PCDH19基因 LGI1基因 胚胎植入前单基因遗传学检测 家系研究
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江苏地区汉族人群6812例亲子鉴定案例中39个STR基因座突变特征分析
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作者 叶琴 居晓斌 +2 位作者 吴蕾 陈群 徐婷 《南京医科大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第9期1293-1300,共8页
目的:分析江苏省汉族人群亲子鉴定中39个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座的突变特征。方法:选取2019年1月—2024年12月南京医科大学第一附属医院司法鉴定所受理的6812例亲子鉴定案例,采用GoldenEye^(TM) DNA身份鉴定系... 目的:分析江苏省汉族人群亲子鉴定中39个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座的突变特征。方法:选取2019年1月—2024年12月南京医科大学第一附属医院司法鉴定所受理的6812例亲子鉴定案例,采用GoldenEye^(TM) DNA身份鉴定系统检测39个STR基因座的突变情况,对突变率、突变来源和步数进行统计分析。结果:在6812例认定亲子关系的案例中,三联体1680例,二联体5132例。共发现214例突变案例,总突变率2.52%。其中,D12S391基因座突变率最高,达0.3297%(28/8492),其次为Penta E、FGA、D21S11、D18S51、D3S1358基因座,突变率均在0.20%以上。突变来源分析中,父源突变189例,母源突变20例,不明原因突变5例,父源突变显著高于母源(P<0.001)。203例(94.86%)突变为一步突变,二步突变9例,FGA和D21S11基因座三步突变各1例。结论:亲子鉴定中39个STR基因座总突变率较高,达2.52%,具有性别和地区差异,在亲子鉴定实践中需加以重视,该结果为江苏地区汉族人群STR基因座突变情况提供数据支撑,有助于提升复杂亲缘关系鉴定的准确性。 展开更多
关键词 亲子鉴定 短串联重复序列 基因突变 法医遗传学
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鸡源携带多黏菌素耐药基因mcr-1大肠杆菌耐药性与毒力基因相关性分析 被引量:1
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作者 戴婷婷 陈海玉 +10 位作者 段楚楚 刘荣昌 李宇蓉 严淑涵 陈梦诗 刘露薇 包银莉 程艳青 林炜明 黄翠琴 郑新添 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1393-1404,共12页
【目的】分析福建省鸡源携带多黏菌素耐药基因mcr-1大肠杆菌的耐药性与毒力基因之间的相关性,并对mcr-1耐药基因质粒转移特性进行研究。【方法】以临床分离的87株鸡源携带mcr-1基因大肠杆菌为研究对象,通过微量肉汤稀释法检测其对6大类1... 【目的】分析福建省鸡源携带多黏菌素耐药基因mcr-1大肠杆菌的耐药性与毒力基因之间的相关性,并对mcr-1耐药基因质粒转移特性进行研究。【方法】以临床分离的87株鸡源携带mcr-1基因大肠杆菌为研究对象,通过微量肉汤稀释法检测其对6大类11种抗菌药物的敏感性,利用PCR方法检测分离株耐药基因、毒力基因和质粒类型,分析mcr-1基因阳性菌耐药表型和耐药基因以及耐药基因和毒力基因之间的相关性;利用质粒接合试验,探究mcr-1基因的转移情况。【结果】药敏试验结果显示,96.55%(85/87)分离株为多重耐药菌,其中对四环素类的耐药最严重,多西环素和四环素耐药率分别为88.51%(77/87)和82.76%(72/87)。分离株中检出11种耐药基因,其中以四环素类耐药基因tet(A)检出率最高,为95.40%(83/87);共检测出18种毒力基因,其中侵袭素类mat为优势毒力基因,检出率为85.06%(74/87);部分耐药基因和耐药表型、耐药基因与毒力基因之间具有相关性。分离株携带12种质粒,主要类型为IncFIB(77.01%,67/87)。接合试验结果显示,共有42株分离菌接合成功,接合转移率为48.28%(42/87),IncI2、IncHI2、IncX4质粒均成功转移至接合子中,其中IncI2质粒检出率最高(57.14%)。【结论】87株鸡源携带mcr-1基因大肠杆菌多重耐药严重,其耐药基因检出率高,毒力基因种类多样,且部分耐药基因和耐药表型、毒力基因之间存在相关性;48.28%(42/87)菌株的mcr-1基因可以利用IncI2、IncHI2、IncX4质粒作为载体进行传播。研究结果为深入了解福建省鸡源mcr-1基因阳性大肠杆菌的多重耐药情况、毒力特性以及传播机制提供了科学依据。 展开更多
关键词 大肠杆菌 多黏菌素 mcr-1基因 耐药性 毒力基因 接合试验
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新疆部分地区奶牛源大肠杆菌的流行性与耐药性分析 被引量:2
7
作者 马洪鹏 邵伟 +5 位作者 娄肖肖 高姣姣 马宪兰 陈贺 郑楠 赵艳坤 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期470-480,共11页
[目的]探明新疆部分地区奶牛养殖场患病奶牛乳和环境中大肠杆菌流行情况及耐药性,为该地区大肠杆菌的临床合理用药提供依据。[方法]试验采用平板划线法对新疆部分地区的4个集约化养殖场171份样本(55份患病奶牛乳样本、116份环境样本)进... [目的]探明新疆部分地区奶牛养殖场患病奶牛乳和环境中大肠杆菌流行情况及耐药性,为该地区大肠杆菌的临床合理用药提供依据。[方法]试验采用平板划线法对新疆部分地区的4个集约化养殖场171份样本(55份患病奶牛乳样本、116份环境样本)进行细菌分离纯化,采用形态学观察、革兰染色镜检、生化鉴定及分子生物学方法对大肠杆菌分离株进行鉴定,并利用微量肉汤稀释法及PCR法对大肠杆菌分离株进行16种抗菌药物的耐药表型及耐药基因分析。[结果]从171份样本中共分离出45株大肠杆菌,其中8株来自患病奶牛乳样本,分离率为14.55%(8/55),37株来自环境样本,分离率为31.90%(37/116)。所有分离株均呈粉红色圆形菌落,革兰染色镜检呈红色、短杆的革兰阴性菌。生化鉴定结果显示,分离菌乳糖、甘露醇、靛基质与MR检测呈阳性,氧化酶、H_2S、VP和西蒙氏柠檬酸盐检测呈阴性,符合大肠杆菌生化特点。药敏试验结果显示,大肠杆菌分离株对头孢噻吩、氨苄西林、链霉素和四环素表现不同程度的耐药性,耐药率分别为82.22%、48.89%、33.33%和33.33%,而对美罗培南、卡那霉素、庆大霉素、环丙沙星和复方新诺明表现较高的敏感性,敏感率均在85.00%以上,其中有16株大肠杆菌为多重耐药菌,多重耐药率为35.56%。耐药基因检测结果显示,大肠杆菌分离株β-内酰胺类耐药基因bla_(TEM)的阳性率为13.33%,氨基糖苷类耐药基因addA1和strA的阳性率分别为6.66%和11.11%,四环素类耐药基因tetA和tetC的阳性率分别为13.33%和33.33%。[结论]新疆部分地区奶牛养殖场分离的大肠杆菌主要对β-内酰胺类抗生素高度耐药,且多重耐药情况严重。 展开更多
关键词 奶牛乳房炎 大肠杆菌 药敏试验 耐药基因
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一株海南坡鹿源化脓隐秘杆菌的分离鉴定及生物学特性分析 被引量:1
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作者 萨家祺 曾繁文 +5 位作者 翟俊琼 黄康 陈绚姣 王国蒨 陈兴永 张马龙 《野生动物学报》 北大核心 2025年第1期178-185,共8页
为确定广东省某动物园1只患病海南坡鹿(Rucervus eldii hainanus)的致病菌并探究其主要生物学特性,采集患病坡鹿脓汁,通过细菌分离纯化、形态学观察、16S rRNA基因测序分析和生化试验鉴定对分离株进行种属鉴定;通过药敏试验和毒力基因... 为确定广东省某动物园1只患病海南坡鹿(Rucervus eldii hainanus)的致病菌并探究其主要生物学特性,采集患病坡鹿脓汁,通过细菌分离纯化、形态学观察、16S rRNA基因测序分析和生化试验鉴定对分离株进行种属鉴定;通过药敏试验和毒力基因检测对分离菌进行生物学特性分析。结果显示:该菌株菌落形态呈微弱β溶血、光滑湿润、乳白色、中间凸起且边缘整齐;革兰氏染色呈圆形革兰氏阳性短杆状菌。16S rRNA基因测序分析显示,该菌与10株化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)参考菌株同源性在98.81%以上;生化试验鉴定显示,分离菌对蔗糖、麦芽糖和葡萄糖等呈阳性,对乳糖、鼠李糖和甘露醇等呈阴性。综合以上结果确定该分离株为化脓隐秘杆菌。药敏试验结果显示,该菌对青霉素、头孢曲松和头孢克肟等抗菌药物耐药。毒力基因检测结果显示,分离株携带Plo-g2、Plo-g1、NanP、NanH、FimA、FimE和FimC七种毒力基因。研究结果可为野生动物源化脓隐秘杆菌的防治提供参考依据,为化脓隐秘杆菌的进一步研究提供素材。 展开更多
关键词 海南坡鹿 化脓隐秘杆菌 分离鉴定 药敏试验 毒力基因
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tNGS在儿童肺炎支原体肺炎诊治中的应用 被引量:2
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作者 徐东 舒赛男 +1 位作者 罗小平 黄永建 《华中科技大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期95-100,共6页
目的探讨病原靶向二代测序技术(targeted next-generation sequencing test,tNGS)检测病原体及耐药基因在儿童肺炎支原体肺炎诊治中的应用。方法分析2022年7月至2023年12月在华中科技大学同济医学院附属同济医院住院确诊为肺炎支原体肺... 目的探讨病原靶向二代测序技术(targeted next-generation sequencing test,tNGS)检测病原体及耐药基因在儿童肺炎支原体肺炎诊治中的应用。方法分析2022年7月至2023年12月在华中科技大学同济医学院附属同济医院住院确诊为肺炎支原体肺炎患儿的临床资料,比较不同性别、年龄、病程、临床特征患儿之间通过tNGS检出肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)病原序列数的差异;以是否难治作为标准,验证tNGS检测大环内酯类耐药基因的性能;利用ROC曲线探索MP耐药基因检测的最佳预测界值。结果共纳入497例病例,其中男性257例(51.7%),女性240例(48.3%),年龄分布为3月~13岁[平均年龄(6.08±2.68)岁],平均发热病程为(6.04±3.42)d,平均咳嗽病程为(7.46±5.54)d。所有患儿用tNGS方法均检测出MP序列,不同性别或年龄患儿检出的MP序列数无明显差异,病程在1周以内的患儿MP序列数显著高于病程超过1周的患儿,MP核酸阳性患儿MP序列数显著高于核酸阴性患儿。下呼吸道标本检出的MP序列数显著高于上呼吸道标本,重症患儿检出的MP序列数显著高于非重症患儿,而是否存在肺内并发症及是否难治的患儿之间检出的MP序列数无明显差异。tNGS检测MP耐药基因的总体诊断灵敏度为92.8%,特异度为27.8%,阳性预测值48.3%,阴性预测值84.2%,突变位点均为23S rRNA:A2063G。MP病原序列数与耐药基因序列数的比值为6.83是预测是否耐药的最佳界值,比值>6.83时,具有更大的阴性预测价值。结论tNGS具有肺炎支原体肺炎的早期诊断价值,检出的MP序列数在预测病情轻重方面可能具有指导意义,耐药基因检测的阴性预测价值更高。 展开更多
关键词 肺炎支原体 tNGS 耐药基因
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罕见β-珠蛋白基因簇3.5 kb缺失突变的鉴定
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作者 番云华 段翠琳 +5 位作者 罗赛丽 葛世军 禹崇飞 席珏敏 褚嘉佑 杨昭庆 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第1期175-179,共5页
目的:明确云南4例疑似β地中海贫血患者的基因突变类型,并对基因型与血液学表型特征进行分析。方法:对4例来自云南地中海贫血流行区傣族、血液学表型与常见地中海贫血基因突变检测结果不符的疑似β地中海贫血样本进行全基因组测序,利用... 目的:明确云南4例疑似β地中海贫血患者的基因突变类型,并对基因型与血液学表型特征进行分析。方法:对4例来自云南地中海贫血流行区傣族、血液学表型与常见地中海贫血基因突变检测结果不符的疑似β地中海贫血样本进行全基因组测序,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger DNA测序技术对β-珠蛋白基因簇的突变进行确认。结果:4例患者存在3.5 kb的β-珠蛋白基因簇罕见大片段缺失性突变(NC_000011.10:g.5224302-5227791del3490bp),其中1例检测出合并HbE突变,1例合并CD17突变,这2例突变杂合子患者呈现中度贫血表型,另外2例单纯3.5 kb缺失突变杂合子患者呈现轻度贫血表型。结论:罕见β-珠蛋白基因簇3.5 kb缺失的杂合子携带者可产生轻度贫血,若合并其他β-珠蛋白基因点突变会导致贫血症状加重。在地中海贫血高发区,可疑患者需要进行基因检测以避免漏诊或误诊。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 遗传疾病 基因突变 基因检测
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内蒙古地区犊牛腹泻奇异变形杆菌的分离鉴定及耐药性分析
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作者 顾珂瑞 刘大程 +5 位作者 樊宏亮 李澳龙 赵小军 丁瑞 夏东旭 赵红霞 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5454-5464,共11页
【目的】了解内蒙古地区犊牛腹泻奇异变形杆菌的流行情况、药物敏感性及毒力基因携带情况。【方法】试验采集89份犊牛腹泻样本并对其进行细菌分离培养,通过革兰染色镜检、生化鉴定和特异性基因ureR的PCR扩增等方法对分离株进行鉴定,并... 【目的】了解内蒙古地区犊牛腹泻奇异变形杆菌的流行情况、药物敏感性及毒力基因携带情况。【方法】试验采集89份犊牛腹泻样本并对其进行细菌分离培养,通过革兰染色镜检、生化鉴定和特异性基因ureR的PCR扩增等方法对分离株进行鉴定,并进行小鼠致病性试验;采用K-B法对分离株进行药敏试验,通过PCR法检测分离株毒力基因和耐药基因携带情况。【结果】分离株在SS琼脂培养基上呈现中心为黑色、外围为无色的菌落,在BHIA培养基上均能表现迁徙性生长,从89份犊牛腹泻样本中分离出14株疑似菌株。生化鉴定结果显示,分离株与硫化氢、赖氨酸和鸟氨酸等反应呈阳性,与侧金盏花醇、吲哚和棉子糖等反应呈阴性。通过奇异变形杆菌特异性基因ureR引物进行PCR扩增获得片段大小约225 bp的条带,扩增产物测序拼接后进行比对分析,结果表明14株分离株均为奇异变形杆菌,分离率为15.7%。小鼠致病性试验和毒力基因检测结果显示,分离株均有致病性,毒力基因zapA、urec、pmfA、rsbA、ucaA和atfA检出率为64.3%~100%,其中携带6种毒力基因的分离株有9株,占比为64.3%。药敏试验结果显示,分离株呈现多重耐药,多重耐药率高达92.9%;分离株对四环素、多黏菌素B和复方新诺明等耐药率较高,耐药率均≥78.6%,对阿米卡星和头孢曲松表现敏感,敏感率≥71.4%。耐药基因检测结果显示,分离株中检出氨基糖苷类耐药基因aadA 25、strA和strB,喹诺酮类耐药基因qnrA和qnrS,β-内酰胺类耐药基因bla TEM和bla OXA-1,四环素类耐药基因tetA和tetB,氯霉素类耐药基因floR,以及磺胺类耐药基因Sul 1和Sul 3,其中addA 25和Sul 1基因检出率最高,为100%。【结论】本研究从内蒙古地区犊牛腹泻样本中分离获得14株奇异变形杆菌,分离株均有致病性且携带多种毒力基因,其耐药表型与耐药基因存在一定相关性,临床上推荐使用阿米卡星和头孢曲松治疗奇异变形杆菌感染引起的犊牛腹泻。 展开更多
关键词 犊牛腹泻 奇异变形杆菌 毒力基因 药敏试验 耐药基因
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基于深度神经网络的隐私保护基因检测
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作者 黄颖 唐敏 《计算机工程与科学》 北大核心 2025年第2期265-275,共11页
深度神经网络(DNN)功能强大,被广泛应用于生物医学中的基因检测。构建可靠的DNN模型需要大量有效医疗样本,而现实中生物数据通常分散存储且具有高度隐私。现有方案在处理此类分布式大规模的复杂学习任务时,难以在实现数据安全的同时保证... 深度神经网络(DNN)功能强大,被广泛应用于生物医学中的基因检测。构建可靠的DNN模型需要大量有效医疗样本,而现实中生物数据通常分散存储且具有高度隐私。现有方案在处理此类分布式大规模的复杂学习任务时,难以在实现数据安全的同时保证DNN模型的高精度。为此,提出一个基于DNN的隐私保护方案,联合多方数据快速构建起精确的基因检测模型。首先,使用盲化矩阵结合内积函数加密消除全同态、秘密共享等方案中需要的近似替换策略,确保在隐私保护的同时,实现与明文集中式训练一致的效果。其次,构造非交互式训练模式抵抗全局模型参数泄漏造成的推断攻击,保证数据安全。在真实医疗数据集上的实验结果表明了所提方案的正确性、有效性和高精度。 展开更多
关键词 深度神经网络 基因检测 隐私保护 盲化矩阵 内积函数加密
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联合临床病理特征和基因检测结果分析左右半结直肠癌差异的真实世界研究 被引量:1
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作者 尚文颖 龙蝶 陈海辉 《实用医学杂志》 北大核心 2025年第1期48-52,共5页
目的探讨左右半结直肠癌(CRC)在临床病理特征和基因表达层面的异质性,为个体化治疗提供依据。方法回顾性分析广西医科大学第四附属医院在2020年7月至2023年8月收治的186例左右半CRC患者的临床资料、二代测序(NGS)技术检测结果及治疗方案... 目的探讨左右半结直肠癌(CRC)在临床病理特征和基因表达层面的异质性,为个体化治疗提供依据。方法回顾性分析广西医科大学第四附属医院在2020年7月至2023年8月收治的186例左右半CRC患者的临床资料、二代测序(NGS)技术检测结果及治疗方案,依照解剖学部位,分为左半CRC(134例)和右半CRC(52例),采用SPSS24.0软件进行临床病理特征数据分析,采用Kaplan-Meier法绘制左右半CRC患者的生存曲线,总生存期比较采用Log-rank检验。比较左半结直肠癌与右半结直肠癌患者临床病理特征、二代测序技术检测结果及预后差异。结果(1)在临床病理特征方面:左、右半CRC患者在性别、是否远处转移、ECOG评分、TNM分期和CEA、CA19-9中差异无统计学意义(P>0.05),但在年龄上差异有统计学意义(P<0.05)。左半CRC男性患者占比更多,而右半CRC患者在年龄上更大。(2)在基因突变特征方面:NRAS、BRAF及APC基因突变频率在左右半CRC中差异无统计学意义(P>0.05);然而,右半CRC患者中PIK3CA、SMAD4基因突变频率及MSI状态显著高于左半CRC患者且差异有统计学意义(P<0.05),而左半CRC患者的TP53基因突变频率高于右半CRC且差异有统计学意义(P<0.05)。(3)在预后分析中,对患者进行3年随访两组患者的总体生存率(OS)无显著差异。结论左右半结直肠癌在临床病理特征不尽相同尤其是基因表达方面存在显著差异,提示应在临床诊治中采用差异化策略,以实现个体化、精准化治疗。这一差异化管理策略有助于更全面地理解疾病的异质性,并为精准医学在结直肠癌中的应用提供理论支持和实践指导。 展开更多
关键词 左右半结直肠癌 临床病理特征 基因检测 异质性分析
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一株鸭源粪肠球菌的分离鉴定和致病性检测 被引量:1
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作者 王海龙 鞠诗婷 +4 位作者 马佰贺 王紫苇 路振香 李文超 郭伟娜 《北京农学院学报》 2025年第1期54-61,共8页
【目的】对送检的病死麻鸭进行粪肠球菌的分离鉴定,并对分离菌的毒力基因、耐药基因和致病性进行检测,为了解该菌的致病机理及防治措施提供参考。【方法】无菌条件下从病死鸭肝脏组织中分离细菌,进行纯化培养、染色镜检、16S rRNA基因... 【目的】对送检的病死麻鸭进行粪肠球菌的分离鉴定,并对分离菌的毒力基因、耐药基因和致病性进行检测,为了解该菌的致病机理及防治措施提供参考。【方法】无菌条件下从病死鸭肝脏组织中分离细菌,进行纯化培养、染色镜检、16S rRNA基因序列分析,并对20种抗菌药物的敏感性检测。使用PCR方法扩增其6个毒力基因和11个耐药基因,昆明小鼠攻毒试验检测菌株的致病性。【结果】分离菌为1株革兰阳性、短链状或成对排列的球菌,在血琼脂培养基上为灰白色、α溶血、半透明、圆形、边缘整齐的小菌落。通过16S rRNA基因序列比对,分离菌与粪肠球菌菌株LMG 7937的相似度为99.73%,鉴定为粪肠球菌。分离菌的耐药性强,仅对氨苄西林、青霉素、米诺环素、强力霉素敏感,同时检测到氨基糖苷类耐药基因aac(6')/aph(2″)、ant(6)-I、aph(3')-III、大环内酯类耐药基因ermB、林可酰胺类耐药基因lsa(E),以及心内膜抗原基因efaA和胶原蛋白黏附素基因ace两个毒力基因。致病性试验显示,小鼠在注射高剂量菌液后于24 h内出现死亡,剖检发现脾脏肿胀、肝脏表面有白色纤维素渗出物覆着、肠道出血等,从病变组织中再次分离到粪肠球菌。【结论】成功从病死鸭中分离出1株粪肠球菌,该菌株高剂量可导致小鼠死亡,并携带有5个耐药基因和2个毒力基因,临床治疗可选择氨苄西林和米诺环素等药物。 展开更多
关键词 粪肠球菌 分离鉴定 药敏试验 耐药基因 毒力基因
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非小细胞肺癌靶向药物治疗相关基因检测的临床意义
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作者 朱慧娟 汤惠 +1 位作者 彭会贞 丁伟 《临床与实验病理学杂志》 北大核心 2025年第5期644-647,共4页
目的探讨非小细胞肺腺癌中10个驱动基因EGFR、ALK、ROS1、RET、KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA、HER2和MET的突变情况,探索10个基因联合检测的临床意义。方法收集133例非小细胞肺腺癌,提取DNA和RNA后,运用探针扩增阻碍系统PCR(ARMS-PCR)法对... 目的探讨非小细胞肺腺癌中10个驱动基因EGFR、ALK、ROS1、RET、KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA、HER2和MET的突变情况,探索10个基因联合检测的临床意义。方法收集133例非小细胞肺腺癌,提取DNA和RNA后,运用探针扩增阻碍系统PCR(ARMS-PCR)法对标本进行基因检测。结果非小细胞肺癌中10个驱动基因联合检测的总突变阳性率为74.44%(99/133),各基因突变频率为EGFR 49.62%(66/133),KRAS 9.77%(13/133),ALK融合4.51%(6/133),ROS1融合1.50%(2/133),RET融合1.50%(2/133),MET 14号外显子跳跃3.00%(4/133),HER23.76%(5/133),NRAS 0.75%(1/133),PIK3CA 0.75%(1/133),BRAF基因突变未检测出。结论非小细胞肺腺癌中除EGFR基因突变频率较高外,KRAS及ALK融合突变频率也相对较高,EGFR和KRAS基因突变与性别有关,且KRAS突变与吸烟有关,MET 14号外显子跳跃与年龄密切相关。10个驱动基因联合检测可一次性获得更多基因突变信息,对于临床穿刺样本意义重大,指导非小细胞肺癌靶向药物治疗,NSCLC总生存率获得持续改善。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 驱动基因 基因检测 双突变 分子靶向治疗
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11株禽源大肠杆菌的分离及耐药基因和毒力基因检测 被引量:1
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作者 鞠诗婷 王海龙 +5 位作者 张航 徐洁 马佰贺 王紫苇 李文超 郭伟娜 《北京农学院学报》 2025年第3期39-47,共9页
【目的】分离禽源大肠杆菌及其耐药基因和毒力基因检测旨在有效防控禽大肠杆菌病。【方法】无菌采集肝脏组织样品11份(鸡2份、鸭2份、鹅7份),用麦康凯培养基进行细菌的分离纯化,之后进行染色镜检和16S rRNA的PCR扩增及测序分析;测定分... 【目的】分离禽源大肠杆菌及其耐药基因和毒力基因检测旨在有效防控禽大肠杆菌病。【方法】无菌采集肝脏组织样品11份(鸡2份、鸭2份、鹅7份),用麦康凯培养基进行细菌的分离纯化,之后进行染色镜检和16S rRNA的PCR扩增及测序分析;测定分离菌株对19种抗菌药物的敏感性,以及17种耐药基因和14种毒力基因的检测,最后进行小鼠致病性试验。【结果】从肝脏组织样品中分离出11个不同菌株,革兰染色呈红色的短杆菌,麦康凯选择性培养基上为红色菌落;PCR扩增16S rRNA均有1500 bp的目的条带,测序结果与大肠杆菌参考菌株的相似性介于97.93%~100%之间;药敏试验结果显示,分离菌株对林可霉素、强力霉素、四环素、链霉素均表现耐药(100%),对多粘菌素的耐药率最低(9%)。分离菌株耐药基因的PCR检测结果显示,耐药基因bla CMY-2(100%)的检出率最高,其次为tetA(72.73%)。毒力基因检测发现10种毒力基因,其中fimC基因(81.8%)检出率最高。小鼠致病性试验显示携带毒力基因较多的7个分离菌株在攻毒后24 h内均有4只或5只小鼠死亡,致病性较强。【结论】分离得到11株禽源大肠杆菌,其多重耐药现象较严重,且携带不同种类的耐药基因和毒力基因,其中7个菌株致病性较强。 展开更多
关键词 大肠杆菌 分离 鉴定 药敏试验 耐药 毒力 基因 检测
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DiGeorge综合征致甲状旁腺功能减退症合并低钙性心力衰竭一例
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作者 连惜如 张良 +4 位作者 郑春妃 赵文萍 贾辛未 王占启 李向欣 《中国循环杂志》 北大核心 2025年第2期186-189,共4页
DiGeorge(DGS)综合征是由22q11.2微缺失引起,多为儿童期起病。TBX1基因已被证实是22q11.2缺失综合征中最重要的候选基因,突变类型以该基因单倍体缺失为主。本文报道1例DGS综合征所致甲状旁腺功能减退症(甲旁减)合并低钙性心力衰竭的青... DiGeorge(DGS)综合征是由22q11.2微缺失引起,多为儿童期起病。TBX1基因已被证实是22q11.2缺失综合征中最重要的候选基因,突变类型以该基因单倍体缺失为主。本文报道1例DGS综合征所致甲状旁腺功能减退症(甲旁减)合并低钙性心力衰竭的青年患者,基因检测发现与患者临床表型相关的致病性拷贝数变异,检出22号染色体q11.21位置约2674 kb的缺失变异,该染色体区间包含TBX1基因,为致病变异。本文探讨了DGS综合征临床特征、发病机制及目前相关治疗,强调了甲旁减的早期筛查、早期诊治、定期随访的重要性,以引起临床及遗传学医师重视。 展开更多
关键词 TBX1基因 甲状旁腺功能减退症 低钙血症 心力衰竭 基因检测
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新疆驼乳源克雷伯菌分离鉴定及耐药性与耐药基因分析
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作者 徐晓炜 高姣姣 +4 位作者 马宪兰 阿丽亚·吐尔迪 邵伟 郑楠 赵艳坤 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第10期4941-4951,共11页
【目的】探明新疆地区生鲜驼乳中克雷伯菌流行情况及耐药风险隐患,为该地区生鲜驼乳中克雷伯菌的监测提供理论依据。【方法】采用平板划线法对新疆地区生鲜驼乳进行细菌分离纯化,通过形态学观察、革兰染色镜检、生化鉴定及PCR技术对分... 【目的】探明新疆地区生鲜驼乳中克雷伯菌流行情况及耐药风险隐患,为该地区生鲜驼乳中克雷伯菌的监测提供理论依据。【方法】采用平板划线法对新疆地区生鲜驼乳进行细菌分离纯化,通过形态学观察、革兰染色镜检、生化鉴定及PCR技术对分离株进行鉴定,并利用微量肉汤稀释法对其耐药性进行分析,采用PCR方法对分离菌进行17种关键耐药基因检测。【结果】从新疆地区采集的95份生鲜驼乳样本中共分离出58株克雷伯菌,分离率为61.05%。所有分离株均呈隆起的粉红色圆形菌落,革兰染色镜检呈红色、短杆的革兰阴性菌。生化鉴定结果显示,分离菌尿素酶、枸橼酸盐、葡萄糖、乳糖、甘氨酸、鸟氨酸及赖氨酸检测均呈现阳性;硫化氢、甲基红试验及V-P试验结果均为阴性。PCR扩增结果显示,分离株khe特异性基因、16S rDNA PCR扩增分别获得大小为428和1476 bp目的条带,测序结果显示分离菌16S rDNA序列与NCBI数据库中克雷伯菌的参考序列相似性均≥99.0%,综合判定分离菌均为克雷伯菌。药敏试验结果显示,分离菌对氨苄西林、磺胺异噁唑耐药率分别为27.59%和15.52%,对阿莫西林/克拉维酸、美罗培南、链霉素、庆大霉素、四环素、多四环素、氟苯尼考、环丙沙星、复方新诺明敏感率为100%,对卡那霉素敏感率为98.28%。其中有1株克雷伯菌为多重耐药菌。耐药基因检测结果显示,β-内酰胺类耐药基因中,bla_(CTX-M-14)、bla_(SHV)、bla_(CTX-M-123)、bla_(CTX-M)阳性率分别为28.0%、24.0%、24.0%和4.0%。未检出多肽类耐药基因mcr-1、mcr-2、mcr-3和磺胺类耐药基因sul 1、sul 2、sul 3。【结论】新疆地区生鲜驼乳中克雷伯菌流行情况较严重,且存在部分耐药现象,因此,对生鲜驼乳中克雷伯菌耐药性的监测具有重要意义。 展开更多
关键词 驼乳 克雷伯菌 药敏试验 耐药基因
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稻米内生贝莱斯芽孢杆菌BR-1的安全性评估
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作者 张鑫宇 赖泽萍 +4 位作者 石鸿辉 王婷 于雅君 朱军莉 赵艳 《食品与生物技术学报》 北大核心 2025年第2期112-121,共10页
【目的】对从稻米中分离的一株稻米内生贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis,B.velezensis)BR-1进行安全性评估。【方法】在全基因组测序的基础上,应用综合抗生素耐药数据库(CARD)和毒力因子数据库(VFDB)对BR-1的抗生素耐药基因和毒力... 【目的】对从稻米中分离的一株稻米内生贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis,B.velezensis)BR-1进行安全性评估。【方法】在全基因组测序的基础上,应用综合抗生素耐药数据库(CARD)和毒力因子数据库(VFDB)对BR-1的抗生素耐药基因和毒力基因进行注释,同时对BR-1进行抗生素药敏试验和溶血试验,并利用KEGG数据库注释贝莱斯芽孢杆菌BR-1与益生菌相关的基因。【结果】该稻米内生贝莱斯芽孢杆菌BR-1总碱基对为1071550432 bp,平均GC占比46.3%,包含4027个蛋白质编码基因,含有14个CRISPR-Cas;不含有编码溶血素BL(Hbl)、非溶血性肠毒素(Nhe)、肠毒素(细胞毒素K)和催吐毒素(cereulide-Ces)等毒素基因;KEGG数据库注释到可耐酸、耐高温、耐胆盐等具有良好的胃肠耐受性、抗氧化活性和优异益生菌特性的基因;预测到菌株BR-1含有2个耐药基因vmlR和clbA,对9种抗生素高度敏感且不含有耐药质粒。【结论】贝莱斯芽孢杆菌BR-1不含有编码毒素的基因,不具有广谱耐药性,不具有溶血活性,含有益生菌特性相关的基因,符合GB/T 41728—2022《微生物肥料质量安全评价通用准则》的安全性要求,可以作为微生物肥料。 展开更多
关键词 稻米内生贝莱斯芽孢杆菌BR-1 全基因组测序 毒力基因 抗生素耐药基因 抗生素药敏试验 溶血试验
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法布雷病患者耳聋及眩晕的临床特征分析
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作者 翟梓羽 王宜旭 +5 位作者 王乐 张园 李玲 彭际霖 袁思洁 叶放蕾 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第1期4-7,共4页
目的探讨13例罕见病法布雷病(fabry disease,FD)患者耳聋及眩晕的临床特征。方法回顾性收集2019年7月至2023年10月就诊于郑州大学第一附属医院的13例确诊法布雷病患者的一般临床资料,其中男性8例,女性5例,年龄范围在7~59岁。对所有患者... 目的探讨13例罕见病法布雷病(fabry disease,FD)患者耳聋及眩晕的临床特征。方法回顾性收集2019年7月至2023年10月就诊于郑州大学第一附属医院的13例确诊法布雷病患者的一般临床资料,其中男性8例,女性5例,年龄范围在7~59岁。对所有患者进行GLA基因检测、耳内镜检查、听力学检查及前庭功能检查。听力学检查包括纯音测听(pure tone audiometry,PTA)及声导抗。前庭功能检查包括冷热试验(caloric test)、耳蜗电图(electrocochleography,ECochG)、颈肌前庭诱发肌源性电位(cervical vestibular evoked myogenic potentials,cVEMP)及眼肌前庭诱发肌源性电位(ocular vestibular evoked myogenic potentials,oVEMP)检测。结果临床资料示13例患者中8例(61.5%)首发症状为四肢末端疼痛,3例(23.1%)首发症状为蛋白尿、下肢水肿,1例(7.7%)首发症状为听力减退,1例(7.7%)首发症状为眩晕;13例患者均携带GLA基因突变;13例患者中6例(46.2%)合并听力损失,其中5例(38.5%)表现为感音神经性耳聋,1例(7.7%)表现为传导性耳聋;7例(53.8%)合并耳鸣;7例(53.8%)合并眩晕且冷热试验结果均异常;13例患者耳蜗电图、oVEMP、cVEMP波形均可引出,其中耳蜗电图阳性6例(46.2%),oVEMP阳性6例(46.2%),cVEMP阳性5例(38.5%)。结论法布雷病患者常常伴有听觉和前庭觉临床症状,为耳科医师参与法布雷病多学科诊疗提供了良好的医学证据。 展开更多
关键词 法布雷病 GLA基因 耳聋 眩晕 前庭功能检测
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