PCR-SSP技术对广东汉族人HLA-DR基因分型 被引量：13

1

作者 罗超权 陈汉奎 +1 位作者 杨英浩 伍新尧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1998年第1期87-91,共5页

探索具有高分辨率、高特异性和简捷快速的方法对ＨＬＡ－ＤＲ基因分型，为临床器官移植配型和疾病相关性分析提供实用的方法和基础资料．利用ＤＲ１～ＤＲｗ１８序列特异性的１９组引物及１对内参照引物进行ＰＣＲ扩增即ＰＣＲ－ＳＳＰ... 探索具有高分辨率、高特异性和简捷快速的方法对ＨＬＡ－ＤＲ基因分型，为临床器官移植配型和疾病相关性分析提供实用的方法和基础资料．利用ＤＲ１～ＤＲｗ１８序列特异性的１９组引物及１对内参照引物进行ＰＣＲ扩增即ＰＣＲ－ＳＳＰ对ＨＬＡ－ＤＲ进行基因分型，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳，溴乙锭染色，在紫外光下观察分型结果．每个被检个体的ＤＲ型别可由特异引物扩增出现的电泳谱带直接判断．双盲检测２２例的结果１００％正确．在１０２例中国广东地区汉族人中，ＤＲ９和ＤＲ２的基因频率最高，分别为０．２２０５和０．１９１２，ＤＲ１０为最低（０．００９８）．与用ＰＣＲ－ＳＳＯ方法分型获得的结果比较，基因型别分布基本一致，但一些等位基因的频率有差异，表明ＨＬＡ－ＤＲ基因频率的分布在不同地区、不同种族的人群间存在着差异．ＰＣＲ－ＳＳＰ法分辨率和特异性虽不及ＰＣＲ－ＳＳＯ法但比血清学方法精细，分型的全过程只需２～４ｈ能满足临床器官移植配型的要求．基因频率调查结果为器官移植配型和疾病相关性分析提供了基础资料． 展开更多

关键词 HLA pcr 基因分型 基因频率 器官移植

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HCVE＿2／NS＿1基因的PCR检测克隆与序列分析 被引量：1

2

作者 郭建平 陶其敏 冯百芳 《北京医科大学学报》 CSCD 1994年第3期163-167,共5页

本文报道了利用ＰＣＲ技术检测了３４例丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因的ｃＤＮＡ并与５’非编码区基因的ｃＤＮＡ检测技术进行了比较，应用ｐＵＣ１８质粒对此扩增片段进行了克隆与序列分析，结果表明克隆片段ＨＣＶ－Ｓ１为我国主要流... 本文报道了利用ＰＣＲ技术检测了３４例丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因的ｃＤＮＡ并与５’非编码区基因的ｃＤＮＡ检测技术进行了比较，应用ｐＵＣ１８质粒对此扩增片段进行了克隆与序列分析，结果表明克隆片段ＨＣＶ－Ｓ１为我国主要流行的ＨＣＶ基围亚型－ＩＩ型，其与ＨＣＶ－ＩＩ型的核苷酸与氨基酸的同源性均在９０％以上，序列分析表明该片段富含脯氨酸和胱氨酸，可能具有复杂的空间构型，且与４个糖基化位点一样保持稳定，另外，在ＨＣＶ－Ｓ１片段的３’端有一３６个核苷酸的区域。 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 丙型肝炎 基因克隆

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聚合酶链式反应扩增甘蔗钙调蛋白基因及其序列分析 被引量：9

3

作者 林俊芳 陈如凯 +1 位作者 金志强 郑学勤 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第1期28-33,共6页

从甘蔗茎顶端分生组织提取总RNA,反转录合成CDNA第一条链,以此为模板,参考大麦钙调蛋白基因序列设计并合成5′端和3′端引物,PCR扩增甘蔗钙调蛋白基因,与克隆载体PGEM—3Zf(十)重组,转化E.coli HB101得到重组克隆.DNA序列分析结果表明;... 从甘蔗茎顶端分生组织提取总RNA,反转录合成CDNA第一条链,以此为模板,参考大麦钙调蛋白基因序列设计并合成5′端和3′端引物,PCR扩增甘蔗钙调蛋白基因,与克隆载体PGEM—3Zf(十)重组,转化E.coli HB101得到重组克隆.DNA序列分析结果表明;甘蔗钙调蛋白基因由450个核甘酸组成,编码148个氨基酸;在核甘酸序列上与迄今知道的几种植物的钙调蛋白基因有很高的同源性,同源率在80%以上;编码的氨基酸序列同源性更高,同源率高达90%以上. 展开更多

关键词 甘蔗 钙调蛋白基因 聚合酶链式反应 DNA序列

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内脂素基因多态性与2型糖尿病的关系 被引量：4

4

作者 王玉环 闫丽丽 +5 位作者 吴娟娟 董鹏 张春虹 王俊宏 丁石梅 张敏 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期453-457,共5页

目的探讨内脂素(visfatin)rs11977021、rs12537455、rs2110385位点单核苷酸多态性与2型糖尿病易感性的关系。方法收集陕西西安地区汉族人群192例受试对象,其中106例单纯2型糖尿病(T2DM)患者和86例健康对照者,采用标准化的聚合酶链反应-... 目的探讨内脂素(visfatin)rs11977021、rs12537455、rs2110385位点单核苷酸多态性与2型糖尿病易感性的关系。方法收集陕西西安地区汉族人群192例受试对象,其中106例单纯2型糖尿病(T2DM)患者和86例健康对照者,采用标准化的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)方法,分别检测内脂素(visfatin)rs11977021/DdeⅠ、rs12537455/AluⅠ和rs2110385/AluⅠ基因型并进行比较。结果 rs2110385位点的T等位基因频率和GT基因型频率在T2DM组均高于健康对照组(分别为28.3、14.0和14.2、7.0,P均<0.05);两组的rs11977021位点和rs12537455位点C、T等位基因及基因型频率分布均无统计学差异(P>0.05);单倍型分析显示T-C-T和T-T-T单倍型在T2DM组均显著高于健康对照组(分别为0.066、0.026和0.029、0.012,P均<0.05)。结论 Visfatin基因rs2110385位点在陕西西安汉族地区人群中存在遗传变异,其rs2110385多态性位点的T等位基因可能与T2DM的发病风险有一定的关系。 展开更多

关键词 内脂素 2型糖尿病 基因 单核苷酸多态性 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(pcr-RFLP)

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宫颈癌组织表皮生长因子受体对TKI敏感性相关的基因突变研究 被引量：5

5

作者 薛琴琴 张菊 +4 位作者 俞青苗 金雯 杨梅 刘宁侠 高艳娥 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期583-586,592,共5页

目的研究宫颈癌组织表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因中是否存在与EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)药物敏感性相关的18、19及21外显子突变,为本地区宫颈癌的靶向治疗提供依据。方法收... 目的研究宫颈癌组织表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因中是否存在与EGFR酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)药物敏感性相关的18、19及21外显子突变,为本地区宫颈癌的靶向治疗提供依据。方法收集70例宫颈癌患者的新鲜癌组织标本,提取DNA,以特异性引物PCR扩增EGFR基因外显子18、19及21,进行DNA测序并分析序列相似性。结果 70例宫颈癌组织提取质量良好的DNA中,均未检测到EGFR基因18、19及21外显子突变。结论宫颈癌组织EGFR基因外显子18、19及21突变罕见。 展开更多

关键词 宫颈癌 表皮生长因子受体 基因突变 多聚酶链式反应 DNA测序

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霍乱弧菌JS94484株CTX^(EVC)_φ和nct-CTX^(new)_φ基因组变异区序列分析 被引量：4

6

作者 芮勇宇 阚飙 +2 位作者 高守一 刘延清 祁国明 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第11期1361-1364,共4页

目的对霍乱弧菌JS94484株CTXEVCφ和nct-CTXnewφ基因组变异区进行序列分析。方法采用聚合酶链反应、基因测序及序列分析。结果JS94484株CTXEVCφ基因组的ig1、rstR、ig2和ctxAB基因与EVC标准株N16961的高度同源。JS94484株nct-CTXnew... 目的对霍乱弧菌JS94484株CTXEVCφ和nct-CTXnewφ基因组变异区进行序列分析。方法采用聚合酶链反应、基因测序及序列分析。结果JS94484株CTXEVCφ基因组的ig1、rstR、ig2和ctxAB基因与EVC标准株N16961的高度同源。JS94484株nct-CTXnewφ基因组的ig1、rstR和ig2基因,与目前发现的3种类型的同源性均较低,趋异性均较高。CTXEVCφ和nct-CTXnewφ基因组zot基因末端约60bp的基因序列差别较大,推测的氨基酸序列差别也较大。JS94484株的tcpA基因序列与EVC标准株N16961的完全一致。结论霍乱弧菌nct-CTXnewφ基因组的ig1、rstR和ig2基因为新类型,基因功能有待于进一步研究。 展开更多

关键词 霍乱弧菌 噬菌体 毒力协同调节菌毛A亚单位 聚合酶链反应 序列分析

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HLA-DR位点基因分型在肾移植配型中的应用研究 被引量：2

7

作者 薛竹 尔秀江 +4 位作者 张玉海 马威然 李哲先 毕如玫 武俊杰 《首都医科大学学报》 CAS 1997年第2期139-142,共4页

应用聚合酶链式反应序列特异性引物（ＰＣＲＳＳＰ）技术，对３３１例肾移植供受者进行ＨＬＡＤＲ位点基因分型，其中１０９例同时与血清学分型进行对比研究。显示血清学方法误差率为２９．７％；而ＰＣＲＳＳＰ法的ＤＲ位点分... 应用聚合酶链式反应序列特异性引物（ＰＣＲＳＳＰ）技术，对３３１例肾移植供受者进行ＨＬＡＤＲ位点基因分型，其中１０９例同时与血清学分型进行对比研究。显示血清学方法误差率为２９．７％；而ＰＣＲＳＳＰ法的ＤＲ位点分型，所有特异性均能显示，无假阴性及假阳性。随机抽取的２０例样本进行重复实验，重复性为１００％。分型结果经ＩＮＮＯＬＩＰＡＰＣＲ反向ＳＳＯ实验确证，符合率为１００％。此方法耗时４ｈ，较血清学方法操作简便、快速、结果准确可靠，适合于临床器官移植ＨＬＡ分型。 展开更多

关键词 聚合酶链反应 基因分型 HLA-DR位点 肾移植 配型

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一个α,β地中海贫血复合家系β珠蛋白基因的进一步研究 被引量：4

8

作者 刘敬忠 吴冠芸 王荣新 《生物化学杂志》 CSCD 1990年第4期306-308,共3页

前文~[1]曾报道广西一个α,β地中海贫血复合家系的血红蛋白组成及α珠蛋白基因分析结果,并讨论了各成员可能的β珠蛋白基因结构情况。本文利用先进的PCR即基因扩增技术,结合特异寡核苷酸探针斑点杂交及扩增后直接测定DNA序列的技术,进... 前文~[1]曾报道广西一个α,β地中海贫血复合家系的血红蛋白组成及α珠蛋白基因分析结果,并讨论了各成员可能的β珠蛋白基因结构情况。本文利用先进的PCR即基因扩增技术,结合特异寡核苷酸探针斑点杂交及扩增后直接测定DNA序列的技术,进一步研究并彻底搞请了该家系各成员的β珠蛋白基因结构情况。结果显示:母亲及两个弟弟都是编码子41—42TTCT四个碱基缺失造成框架位移所致β地中海贫血的杂合子。父亲与先证者的β基因均属正常。前三个成员均为α地贫复合β地贫,其α与β珠蛋白链合成的不均衡状态得到改善,贫血症状也明显轻。 展开更多

关键词 地中海贫血 β珠蛋白基因 pcr

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猪APOBEC3F基因外显子8单核苷酸的多态性及其与猪繁殖和呼吸综合征病毒易感性的关联性 被引量：1

9

作者 朱前明 孟春花 +5 位作者 茆达干 王慧利 李静心 王婧 王亚磊 曹少先 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期1051-1057,共7页

为了研究猪载脂蛋白质B mRNA编辑酶催化多肽3F(APOBEC3F)基因的多态性及其对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)易感性的影响,对猪APOBEC3F基因外显子3、4、8和内含子3序列进行扩增和测序,筛选多态性位点,分析其与PRRSV易感性的相关性。测... 为了研究猪载脂蛋白质B mRNA编辑酶催化多肽3F(APOBEC3F)基因的多态性及其对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)易感性的影响,对猪APOBEC3F基因外显子3、4、8和内含子3序列进行扩增和测序,筛选多态性位点,分析其与PRRSV易感性的相关性。测序结果发现内含子3的16 bp处发生1个A/G突变和外显子8的5 bp处发生1个G/A突变。针对外显子8的5 bp处发生1个G/A突变建立PCR-RFLP方法,检测9个猪种群共193个样本,发现在定远猪和梅山猪中有GG、GA和AA 3种基因型,在二花脸猪中有GG和GA 2种基因型,其他群体均为GG型。AA基因型猪肺泡巨噬细胞中PRRSV拷贝数在接毒后12 h显著高于GG基因型,极显著高于GA基因型。表明APOBEC3F基因外显子8与PRRSV抗性相关,外显子8的5 bp处G等位基因更有利于抵抗PRRSV的感染。 展开更多

关键词 基因多态性 猪繁殖与呼吸综合征病毒 易感性

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牛分枝杆菌广西分离株MPB70基因的克隆及序列分析

10

作者 谢志勤 谢芝勋 +2 位作者 刘加波 黄小武 张振荣 《中国奶牛》 2010年第11期1-4,共4页

利用牛分枝杆菌MPB70基因特异性引物,以2株牛分枝杆菌广西分离株的染色体DNA为模板,扩增MPB70基因,产物经纯化后与载体PMD18-T连接,然后转化至大肠杆菌DH5α。提取转染后大肠杆菌的质粒进行双酶切和PCR鉴定,鉴定为阳性的质粒进行序列测... 利用牛分枝杆菌MPB70基因特异性引物,以2株牛分枝杆菌广西分离株的染色体DNA为模板,扩增MPB70基因,产物经纯化后与载体PMD18-T连接,然后转化至大肠杆菌DH5α。提取转染后大肠杆菌的质粒进行双酶切和PCR鉴定,鉴定为阳性的质粒进行序列测定。测序后通过序列分析软件DNAstar MegAlign对MPB70基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,并与GenBank上已发表的8株牛分枝杆菌的MPB70基因参考序列进行比较。结果显示广西分离株mt359、mt370与已发表的7株参考株序列比较,其核苷酸序列和氨基酸同源性在77.4%~95.9%之间。这一结果表明广西奶水牛分枝杆菌分离株与参考的其他牛分枝杆菌毒株的MPB70基因没有太大的差异,说明牛分枝杆菌分泌蛋白MPB70基因十分保守,从而为检测跟踪毒株的变异,研制牛分枝杆菌亚单位疫苗提供基础。 展开更多

关键词 牛分枝杆菌 MPB70基因 pcr 序列分析

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利用二代测序数据判定SNP基因型 被引量：2

11

作者 陈科 李凯 +1 位作者 周宇荀 肖君华 《东华大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2017年第3期370-376,共7页

通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex po... 通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)对91个样本进行19个SNP位点的扩增,扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应的SNP位点进行检测,将其分型结果作为二代测序数据判定SNP基因型的标准,确定了二代测序数据判定SNP基因型的阈值:测序深度≥6X,等位基因比率在15%~85%的位点为杂合子,在范围之外的为纯合子,该阈值准确度达到99.6%;针对等位基因频率分布在阈值边缘的数据,结合聚类分析可将正确率提升至100%.研究结果为利用二代测序数据判定SNP基因型提供了一个准确、快捷和经验性的阈值与方案. 展开更多

关键词 单核苷酸多态性(SNP) 二代测序 多重聚合酶链式反应(multiplex pcr)

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抗CD_3鼠/人嵌合抗体基因的构建及表达 I.CD_3单抗重链可变区基因的克隆及序列测定 被引量：1

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作者 刘建国 李以莞 +7 位作者 杨治华 王璘 沈德诚 段世利 佘鸣 田海梅 赵志辉 刘宝印 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 1992年第2期131-136,共6页

以人工合成的小鼠免疫球蛋白重链可变区(V_H)基因特异的寡核苷酸片段为引物,用PCR法成功地进行了HIT_3a(抗CD_3单克隆抗体)V_H基因的扩增,并将扩增片段克隆进了pGEM-7Zf(+)质粒DNA中,重组质粒序列测定的结果表明,片段大小为353 bp,基因... 以人工合成的小鼠免疫球蛋白重链可变区(V_H)基因特异的寡核苷酸片段为引物,用PCR法成功地进行了HIT_3a(抗CD_3单克隆抗体)V_H基因的扩增,并将扩增片段克隆进了pGEM-7Zf(+)质粒DNA中,重组质粒序列测定的结果表明,片段大小为353 bp,基因重排方式为VDJ_4。 展开更多

关键词 免疫球蛋白 pcr 单克隆抗体

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聚合酶链反应-单链构象多态性技术鉴别结核分枝杆菌利福平耐药基因 被引量：1

13

作者 李晓荣 华树成 《海南医学院学报》 CAS 2007年第6期527-529,534,共4页

目的:采用PCR-SSCP技术检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,并探讨其在结核分枝杆菌对RFP耐药性测定方面的临床价值。方法:应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术分别检测48株RFP药物敏感和耐药结核分支杆菌临床分离株,先用PCR扩增rpoB基因,... 目的:采用PCR-SSCP技术检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,并探讨其在结核分枝杆菌对RFP耐药性测定方面的临床价值。方法:应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术分别检测48株RFP药物敏感和耐药结核分支杆菌临床分离株,先用PCR扩增rpoB基因,随后用SSCP方法鉴定其扩增产物有无突变,并与药敏结果做对照分析。结果:48株结核临床分离株中11株RFP敏感株SSCP带谱均与对照相同,37株RFP耐药株中有3株带谱与对照相同,另34株SSCP带谱与对照有不同程度的差异。48株临床分离株的L-J药敏法与SSCP的平行分析结果对比,PCR-SSCP方法检测RFP耐药结核菌的敏感性为91.90%,特异性为90.90%。结论:PCR-SSCP技术可快速准确检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,此技术可用于临床结核分枝杆菌RFP药物敏感性的直接快速检测,以及时指导临床合理选用敏感抗结核药物。 展开更多

关键词 分枝杆菌 结核 基因 突变 利福平 药物耐受性 聚合酶链反应

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