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野生二粒小麦AP2家族基因鉴定与表达模式分析
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作者 刘涛 曹启彬 +3 位作者 卫科旭 张艳 聂小军 童维 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期24-36,共13页
AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位... AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统进化树、保守结构域、基因扩增、顺式作用元件、密码子偏好性、表达模式和遗传多样性分析。结果表明,在野生二粒小麦中共鉴定到265个AP2基因,主要定位在细胞核和叶绿体中。根据系统进化树将其分为3个亚族,各亚族之间的保守结构域和基因结构存在保守性与多样性。AP2含有多个与生长发育和非生物胁迫相关的顺式作用元件。AP2基因的密码子偏好性可能受到压力选择作用。从AP2基因的表达模式看,该家族成员可能发生了亚功能化,且对盐胁迫响应有重要作用。通过对不同小麦群体中核酸多样性和分化指数分析,AP2基因部分成员在野生二粒小麦中具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 野生二粒小麦 AP2基因 进化分析 表达模式 遗传多样性
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花苜蓿Dof家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析
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作者 袁小淞 隋超 +3 位作者 罗栋 王召明 刘志鹏 闫龙凤 《中国草地学报》 北大核心 2025年第7期1-12,共12页
Dof转录因子是植物特有的一种转录调控因子,在植物响应环境胁迫过程中发挥重要作用。本研究基于花苜蓿全基因组数据进行MrDofs基因鉴定,对Dof家族成员进行共线性分析、系统发育分析、染色体定位等,并结合花苜蓿在干旱胁迫下的转录组数据... Dof转录因子是植物特有的一种转录调控因子,在植物响应环境胁迫过程中发挥重要作用。本研究基于花苜蓿全基因组数据进行MrDofs基因鉴定,对Dof家族成员进行共线性分析、系统发育分析、染色体定位等,并结合花苜蓿在干旱胁迫下的转录组数据和qRT-PCR分析该家族基因在响应干旱胁迫中的潜在功能。结果表明,花苜蓿中共鉴定出了33个MrDof基因,这些基因编码的氨基酸数目在157~492 aa之间;通过花苜蓿、蒺藜苜蓿和拟南芥之间的进化关系分为8类,分别为A、B1、B2、C1、C2.1、C2.2、D1和D2;33个基因在9条染色体上呈不规则分布;表达模式分析发现,MrDof11、MrDof13、MrDof22、MrDof27和MrDof30这5个基因的表达受干旱胁迫显著诱导。 展开更多
关键词 花苜蓿 Dof基因家族 干旱胁迫 系统发育分析 基因表达分析
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牦牛BTG2基因CDS区克隆分析及组织表达研究
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作者 申金伟 赵雪 +4 位作者 路建卫 扎老 杨树猛 梁春年 成述儒 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第6期20-28,共9页
[目的]克隆牦牛BTG2基因编码区(CDS区),对其进行生物信息学分析和组织表达分析,为后续深入研究牦牛BTG2基因的生物学功能奠定基础。[方法]以美仁牦牛为研究对象,采集其心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织。提取脂肪组织总RNA,反转... [目的]克隆牦牛BTG2基因编码区(CDS区),对其进行生物信息学分析和组织表达分析,为后续深入研究牦牛BTG2基因的生物学功能奠定基础。[方法]以美仁牦牛为研究对象,采集其心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织。提取脂肪组织总RNA,反转录获得cDNA。PCR克隆牦牛BTG2基因的CDS区,测序后进行生物信息学分析。利用RT-qPCR技术,分析BTG2基因在心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中的表达水平。[结果]牦牛BTG2基因的CDS区全长453 bp,共编码150个氨基酸;BTG2蛋白的分子式为C748H1190N208O213S8,分子质量为16 761.42 ku,原子总数为2 367个;不稳定性指数为48.51,是不稳定蛋白;理论等电点为9.14;主要分布于细胞核(占56.5%)和线粒体(占26.1%);氨基酸序列的1~108位有1个BTG1域;总平均亲水系数为-0.123,是亲水蛋白;共有15个磷酸化位点;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主;无跨膜结构且无信号肽区域;与10个蛋白存在互作关系。系统进化分析结果显示,美仁牦牛与野牦牛亲缘关系最近,与间蜂猴亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,BTG2在成年公牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有表达,其中在脂肪组织和脾脏组织中表达水平较高,在肌肉和睾丸组织中表达水平较低。[结论]克隆了牦牛BTG2基因,对其进行了生物信息学分析,明确了其组织表达情况。 展开更多
关键词 美仁牦牛 BTG2基因 生物信息学分析 组织表达分析 系统进化
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茶树TRB基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 龚钰涵 陈兰 +2 位作者 尚方慧子 郝灵颖 刘硕谦 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期214-225,共12页
【目的】端粒结合蛋白(telomere repeat binding,TRB)是一类端粒双链DNA结合蛋白,对植物生长发育起着重要作用。通过鉴定茶树[Camellia sinensis(L.)O.Kuntze]TRB基因家族,克隆关键基因CsTRB1并解析其分子特性,研究CsTRBs在非生物胁迫... 【目的】端粒结合蛋白(telomere repeat binding,TRB)是一类端粒双链DNA结合蛋白,对植物生长发育起着重要作用。通过鉴定茶树[Camellia sinensis(L.)O.Kuntze]TRB基因家族,克隆关键基因CsTRB1并解析其分子特性,研究CsTRBs在非生物胁迫下的表达模式,为揭示茶树TRB的功能提供分子基础。【方法】对茶树CsTRB基因家族进行全基因组鉴定,通过生物信息学分析保守基序、基因结构、染色体定位、基因共线性以及顺式作用元件,预测蛋白质理化性质及结构。以‘碧香早’为材料,克隆CsTRB1基因CDS序列。结合转录组数据和RT-qPCR对CsTRB基因家族成员在不同组织部位、低温胁迫和激素处理下的表达模式进行分析。【结果】鉴定出7个CsTRBs基因,成功克隆获得CsTRB1基因,其编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,包含典型的TRB结构域。家族成员分布在6条染色体上。根据系统发育分析,将CsTRBs分为2个亚家族。共线性分析表明,CsTRB基因在茶树基因组内发生了基因复制事件,茶树TRB家族与拟南芥(Arabidopsis thaliana)的TRB家族之间有7对直系同源基因。RT-qPCR结果表明,在低温胁迫下,CsTRB1、CsTRB2、CsTRB6、CsTRB7显著下降,CsTRB3、CsTRB4、CsTRB5显著上升。除CsTRB5外,茶树CsTRB家族成员皆在ABA处理下高度表达。CsTRB1、CsTRB4、CsTRB5的表达量受到IAA处理的诱导而显著上调。【结论】CsTRBs基因的表达可能受光、低温、激素等顺式作用元件影响,在茶树的生长发育和非生物胁迫响应中发挥重要作用。CsTRB1的成功克隆及其分子特性解析,为后续蛋白互作和功能验证研究提供了关键材料。 展开更多
关键词 茶树 TRB家族 生物信息学 系统进化 顺式作用元件 表达分析 非生物胁迫 基因组鉴定
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家驴TGF-β基因家族成员的鉴定、表达及多态分析
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作者 黄恩泽 赵舒悦 +4 位作者 王雨数 张欢 殷杰 张翔鳞 党瑞华 《畜牧兽医杂志》 2025年第3期10-19,共10页
转化生长因子-β(TGF-β)基因家族在细胞生长、分化、凋亡以及细胞外基质合成与沉积等多种生物学过程中发挥着关键作用。为了探究该基因家族在驴上的表达情况,本研究对驴TGF-β基因家族进行了系统的调查分析,包括基因鉴定、表达分析及... 转化生长因子-β(TGF-β)基因家族在细胞生长、分化、凋亡以及细胞外基质合成与沉积等多种生物学过程中发挥着关键作用。为了探究该基因家族在驴上的表达情况,本研究对驴TGF-β基因家族进行了系统的调查分析,包括基因鉴定、表达分析及其功能和进化关系的探讨。使用HMMER软件包和BLAST工具对驴TGF-β基因家族成员进行鉴定,并结合多种生物信息学工具对其序列进行了深入分析。此外,运用转录组数据分析该基因家族在不同组织中的表达模式。结果表明,家驴TGF-β基因家族共包含33个成员,编码蛋白质的氨基酸数目为153~507 aa,分子质量在16.19~55.67 kD之间,等电点分布为4.84~11.66,所有成员均为亲水性蛋白。蛋白质二级结构预测表明,TGF-β基因家族成员二级结构以无规则卷曲为主,其次是α-螺旋,最后是β-折叠。亚细胞定位结果显示,31个成员定位于细胞外基质、BMP2位于内质网上、BMP10位于细胞质膜上、BMP7位于线粒体。系统发育分析表明,TGF-β基因家族分为两个亚类,其中驴和人的基因家族成员分别聚集,表明其具有较近的进化关系。转录组数据进一步显示,大多数TGF-β基因家族成员在成年驴的13种组织中均有表达,其中NODAL基因在所有组织中均表现出较高的表达水平。该研究结果为深入解析驴TGF-β基因家族的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 TGF-β基因家族 系统进化 表达分析
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向日葵热激转录因子基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析
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作者 宋慧芳 薛宏宇 +3 位作者 王茜 卢俊洁 李晨雨 刘阿克 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第2期303-317,共15页
热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF)广泛分布于植物中,参与多种转录调控途径,特别是热应激信号传导和其他应激反应。本研究利用生物信息学方法研究HSF基因家族,对其系统发育关系、基因结构和表达模式等进行了分析。结... 热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF)广泛分布于植物中,参与多种转录调控途径,特别是热应激信号传导和其他应激反应。本研究利用生物信息学方法研究HSF基因家族,对其系统发育关系、基因结构和表达模式等进行了分析。结果表明:在向日葵中共鉴定到39个HSF家族成员(HaHSF),并将其分为3个组、8个亚家族;全基因组重复和转座重复是向日葵HSF家族扩增的主要原因。由于功能约束强烈,大多重复基因经历了纯化选择。转录组分析明确了HaHSF基因在不同组织中和激素或非生物胁迫条件下的表达模式。HaHSF12、HaHSF22、HaHSF27和HaHSF33基因能响应脱落酸、水杨酸等外源植物激素;而HaHSF17、HaHSF18和HaHSF33基因可能参与向日葵幼苗的多种非生物抗逆性。高温胁迫下基因的共表达网络分析发现,HaHSF23、HaHSF18和HaHSF29基因处于网络的核心,与其共表达的基因主要参与响应高温、响应活性氧、促分裂原活化的蛋白质激酶信号通路以及次生代谢物生物合成等功能。通过对向日葵HSF基因家族的系统研究,可为后期向日葵HSF基因功能和分子育种研究提供参考。 展开更多
关键词 向日葵 HSF基因家族 系统进化分析 基因重复 基因表达
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多基因遗传表达分析系统检测rhIL-24诱导人卵巢癌细胞凋亡相关基因的应用 被引量:4
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作者 王少慧 郭锦锦 +3 位作者 唐艳丽 郑锐青 宋明英 孙万邦 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1312-1316,共5页
目的:探讨重组人白细胞介素24(recombinant human interleukin-24,rhIL-24)诱导人卵巢癌SKOV3细胞株、SKOV3/ddp人卵巢癌耐顺铂细胞株的凋亡相关6个基因表达的变化。方法:体外培养人卵巢癌SKOV3细胞株、人卵巢癌耐顺铂SKOV3/ddp细胞株,... 目的:探讨重组人白细胞介素24(recombinant human interleukin-24,rhIL-24)诱导人卵巢癌SKOV3细胞株、SKOV3/ddp人卵巢癌耐顺铂细胞株的凋亡相关6个基因表达的变化。方法:体外培养人卵巢癌SKOV3细胞株、人卵巢癌耐顺铂SKOV3/ddp细胞株,用rhIL-24单独及其联合顺铂作用于两种不同的细胞株,提取RNA,经逆转录和聚合酶链反应,应用多基因遗传表达分析系统(GeXP)同时检测6个凋亡基因。结果:rhIL-24诱导上调人卵巢癌SKOV3细胞株Bax、Rb、P53基因,激活Caspase-3,下调Bcl-2、Birc5基因;rhIL-24诱导上调人卵巢癌耐顺铂SKOV3/ddp细胞株Bax、Rb基因,激活Caspase-3,下调Bcl-2基因;rhIL-24联合DDP组其上述基因表达变化更加显著。结论:rhIL-24诱导人卵巢癌细胞凋亡主要通过上调Bax、Rb、P53,激活Caspase3,下调Bcl-2,Birc5等凋亡相关基因。 展开更多
关键词 gexp分析系统 白细胞介素24 卵巢癌细胞 凋亡 基因
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肾型传染性支气管炎病毒M基因的遗传分析及其在杆状病毒表达系统中的表达 被引量:2
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作者 唐应华 吴培培 +3 位作者 宫玉珍 王永伟 何家惠 侯继波 《中国家禽》 北大核心 2010年第24期20-23,共4页
对肾型鸡传染性支气管炎病毒分离株Ck/Jiangsu/DS10/2008株(DS10株)膜蛋白(M)基因进行扩增、克隆和序列测定,并与GenBank中的其它25株参考株的M基因进行比对分析并构建进化树,研究其遗传进化关系。另将M基因克隆至杆状病毒表达系统pFast... 对肾型鸡传染性支气管炎病毒分离株Ck/Jiangsu/DS10/2008株(DS10株)膜蛋白(M)基因进行扩增、克隆和序列测定,并与GenBank中的其它25株参考株的M基因进行比对分析并构建进化树,研究其遗传进化关系。另将M基因克隆至杆状病毒表达系统pFastBac1载体并转染Sf9昆虫细胞进行表达,经间接免疫荧光鉴定,用琼扩试验验证表达产物的反应性,以研究M基因表达产物的生物学活性。测序结果表明DS10的M基因全长为678bp,编码225个氨基酸。遗传进化分析表明,DS10病毒与其它不同致病型的传染性支气管炎病毒共属同一大分支。间接免疫荧光检测表明,M蛋白在Sf9细胞中得到表达,琼扩试验验证表达产物具有良好的反应性,以上结果表明所表达的M蛋白具有良好的生物学活性。本研究表达的M蛋白可为其生物学活性研究及其诊断抗原、新型疫苗开发提供基础材料。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 M基因 遗传进化 杆状病毒表达系统 表达
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薄壳山核桃CiSPL2基因克隆、亚细胞定位及表达分析
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作者 王敏 席东 +2 位作者 莫正海 张仕杰 朱灿灿 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期47-56,共10页
【目的】克隆薄壳山核桃SQUAMOSA启动子结合蛋白(SPL)转录因子基因CiSPL2,并对其进行亚细胞定位及表达分析,为探究该基因在薄壳山核桃雌花发育过程的分子机制提供理论依据。【方法】根据薄壳山核桃基因组数据,采用RT-PCR方法克隆CiSPL2... 【目的】克隆薄壳山核桃SQUAMOSA启动子结合蛋白(SPL)转录因子基因CiSPL2,并对其进行亚细胞定位及表达分析,为探究该基因在薄壳山核桃雌花发育过程的分子机制提供理论依据。【方法】根据薄壳山核桃基因组数据,采用RT-PCR方法克隆CiSPL2基因编码区(CDS)序列,利用生物信息学软件分析其序列特征和蛋白理化性质,构建pCAMBIA1300-CiSPL2-GFP融合表达载体,瞬时转化烟草后观察荧光信号确定亚细胞定位情况。基于转录组数据和实时荧光定量PCR检测CiSPL2基因在不同组织及不同雌花芽分化时期的表达模式。【结果】薄壳山核桃CiSPL2基因CDS长度为1398 bp,共编码465个氨基酸残基,相对分子量为51.78 kD,理论等电点(p I)为8.28,不稳定系数为49.89,脂肪酸氨基酸指数为64.62,平均亲水性平均值(GRAVY)为-0.617,为不稳定的亲水性蛋白,含有SBP结构域(位于第183~257位氨基酸),亚细胞定位于细胞核。CiSPL2蛋白的二级结构主要由α-螺旋(17.42%)、延伸链(13.55%)、β-转角(1.72%)和无规则卷曲(67.31%)组成。薄壳山核桃CiSPL2蛋白与核桃JrSPL2蛋白氨基酸序列的相似性最高,为95.05%,其次是光皮桦BlSPL2蛋白,相似性为70.83%。CiSPL2蛋白与核桃JrSPL2蛋白亲缘关系最近。CiSPL2基因启动子中含有植物激素响应、干旱胁迫响应和分生组织表达元件。CiSPL2基因在雌花和果实中的表达水平显著高于其他组织(P<0.05),在雌花芽分化各阶段均有表达,在雌花序形成期表达水平最高。【结论】CiSPL2基因含有SPL转录因子家族典型的SBP保守结构域,推测其参与调控薄壳山核桃雌花芽分化和发育过程。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 CiSPL2基因 系统发育分析 亚细胞定位 基因表达
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向日葵MLO基因家族全基因组鉴定及分析
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作者 张晶晶 李新月 +3 位作者 张抗萍 郭建忠 李林 卜鹏佳 《现代园艺》 2025年第19期3-7,共5页
MLO(Mildew resistance Locus O)基因家族是一类重要的植物抗病性基因,在抗白粉病方面发挥着重要作用。本研究旨在运用生物信息学技术对向日葵MLO基因家族进行系统的鉴定分析。结果表明,向日葵MLO基因家族含有41个基因,分布在13条染色体... MLO(Mildew resistance Locus O)基因家族是一类重要的植物抗病性基因,在抗白粉病方面发挥着重要作用。本研究旨在运用生物信息学技术对向日葵MLO基因家族进行系统的鉴定分析。结果表明,向日葵MLO基因家族含有41个基因,分布在13条染色体上;亚细胞定位预测结果显示,大部分MLO蛋白位于质膜上;系统发育分析将MLO基因分为6个亚家族(Class A-Class F);外显子-内含子结构和保守基序分析显示,MLO蛋白含有较多外显子,每个蛋白的保守基序不尽相同;组织表达模式分析显示,MLO基因可能在向日葵生长发育过程中发挥不同作用。通过对向日葵MLO基因家族进行系统性分析,为深入探究MLO基因参与调控植物非生物胁迫提供了参考。 展开更多
关键词 向日葵 MLO基因 基因结构 系统发育 表达分析
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桑树光合系统ⅡMPsbR基因的克隆及在不同部位表达分析 被引量:6
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作者 扈东青 林强 +6 位作者 戴瑞强 赵卫国 张英华 刘赵越 刘利 张林 潘刚 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期560-565,共6页
根据桑树表达序列标签(ESTs),采取RT-PCR方法克隆了一个编码桑树光合系统ⅡPsbR基因的全长cDNA序列,以期为从分子水平上揭示桑树高效光合作用的机制奠定基础。序列分析表明,该基因全长623 bp,存在56 bp的5’-UTR和306 bp的3’-UTR,其开... 根据桑树表达序列标签(ESTs),采取RT-PCR方法克隆了一个编码桑树光合系统ⅡPsbR基因的全长cDNA序列,以期为从分子水平上揭示桑树高效光合作用的机制奠定基础。序列分析表明,该基因全长623 bp,存在56 bp的5’-UTR和306 bp的3’-UTR,其开放阅读框(ORF)长261 bp,编码86个氨基酸,预测蛋白质分子质量为8.95 kD,等电点为11.09。同源分析表明,桑树光合系统ⅡMPsbR基因与花生、大豆编码氨基酸具有较高的同源性;根据MPsbR基因的氨基酸序列与其他20个物种的氨基酸同源序列构建的系统进化树表明,桑树与花生、海桑、梨、大豆的亲缘关系较近。半定量RT-PCR研究表明,桑树光合系统MPsbR基因在桑树不同部位的表达水平有一定差异,在幼叶(刚展开第一张叶)和顶芽表达量最高,其作用机理有待于进一步研究之中。 展开更多
关键词 桑树 光合系统 基因克隆 序列分析 基因表达
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冬瓜WRKY基因家族鉴定及表达分析 被引量:3
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作者 赵添悦 蔡金森 +4 位作者 王敏 谢大森 杨松光 崔晓娟 高苏娟 《广东农业科学》 CAS 2024年第2期39-52,共14页
【目的】WRKY转录因子家族在植物生长发育、抵御胁迫等过程起着至关重要的作用。挖掘参与冬瓜(BenincasahispidaCogn.)非生物胁迫的WRKY基因家族成员,探究其生物学功能。【方法】基于冬瓜基因组数据库鉴定冬瓜WRKY成员,利用生物信息学... 【目的】WRKY转录因子家族在植物生长发育、抵御胁迫等过程起着至关重要的作用。挖掘参与冬瓜(BenincasahispidaCogn.)非生物胁迫的WRKY基因家族成员,探究其生物学功能。【方法】基于冬瓜基因组数据库鉴定冬瓜WRKY成员,利用生物信息学的方法系统分析其WRKY基因家族成员的蛋白理化性质、系统发育、保守基序、顺式作用元件,通过qPCR分析冬瓜WRKY的表达情况。【结果】冬瓜WRKY基因家族有57个成员,氨基酸数目在126~650之间,相对分子质量在13.92~71.68 kD之间;蛋白等电点在4.61~9.69之间。根据系统进化树将该家族分为3个类群,第二类群又分为5个亚组。冬瓜WRKY外显子有2~6个。染色体定位分析发现,有56个基因定位在12条染色体上,1个基因未定位在染色体上。保守基序分析显示,Motif1和Motif3存在于56个基因,且同一类群具有类似的保守基序结构。同时,冬瓜WRKY基因的启动子上均含有应激反应相关元件、激素响应元件。WRKY在冬瓜不同组织和果实发育时期特异表达。RT-PCR结果表明非生物胁迫和激素处理冬瓜可诱导部分WRKY基因的表达。【结论】共鉴定出57个冬瓜WRKY基因,同亚组的成员具有类似的保守基序结构。冬瓜WRKY基因在不同组织中的表达存在差异,其中,BhWRKY2、BhWRKY5、BhWRKY39、BhWRKY11、BhWRKY31、BhWRKY53参与不同的胁迫响应。 展开更多
关键词 冬瓜 WRKY基因家族 生物信息学 系统发育分析 表达分析
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63株IBV分离株M基因的遗传变异与系统进化分析 被引量:4
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作者 郑俏伟 龚军 +6 位作者 刘大伟 何琴 王建华 郭露铰 徐成刚 廖明 任涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第1期122-127,共6页
对1993-2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IB... 对1993-2010年从中国不同地区分离的63株传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)野毒株,采用RT-PCR方法克隆测定所分离野毒株的M基因核苷酸序列,并与GenBank中公布的部分国内外IBV毒株的M基因序列进行比较分析,研究中国IBV的分子流行病学特点和分子遗传变异规律。结果显示,所测毒株M基因具有6种不同长度的开放阅读框,这些长度的差异是由于5′端的核苷酸插入或缺失造成的;N端含有1~2个N-糖基化位点,其中1个糖基化位点"Asn-Cys-Thr"(NCT)是高度保守的。63个IBV分离株间氨基酸序列相似性为88.9%~100%,分离株与参考株间相似性为87.2%~100%。系统进化分析结果显示,本研究的63个IBV分离株可分为9个基因型,2005-2010年IBV中国流行株大部分与Mass型疫苗株处于不同的基因型,而且氨基酸序列相似性都小于94%。 展开更多
关键词 IBV M基因 遗传变异 系统进化分析
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析 被引量:5
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作者 董占鹏 柴春利 +4 位作者 代方银 潘敏慧 杜周和 胡海 鲁成 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期743-753,共11页
B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫... B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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茉莉花TCP基因家族全基因组鉴定及其表达分析 被引量:5
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作者 齐香玉 李新茹 +5 位作者 陈双双 冯景 陈慧杰 金玉妍 苗艳华 邓衍明 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期63-71,共9页
为探讨茉莉花TCP基因家族在其生长发育过程中的作用,基于茉莉花的基因组数据,利用生物信息学方法对茉莉花TCP(JsTCP)基因进行了全基因组鉴定及分析,并分析了TCP基因家族在花发育不同时期和花粉-柱头互作中的表达水平。结果显示,茉莉花... 为探讨茉莉花TCP基因家族在其生长发育过程中的作用,基于茉莉花的基因组数据,利用生物信息学方法对茉莉花TCP(JsTCP)基因进行了全基因组鉴定及分析,并分析了TCP基因家族在花发育不同时期和花粉-柱头互作中的表达水平。结果显示,茉莉花全基因组中共鉴定出27个TCP基因家族成员,命名为JsTCP1~JsTCP25,其蛋白包含208~539个氨基酸残基,分子量为22.95~56.96 ku,等电点为5.70~9.97,均为不稳定的亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果显示,JsTCPs均位于细胞核内。染色体定位结果显示,JsTCPs不均匀分布在10条染色体上。基因结构分析结果显示,JsTCPs具有1~5个外显子以及0~4个内含子。蛋白保守基序和系统进化分析结果显示,JsTCPs均含保守的TCP结构域,可分为ClassⅠ和ClassⅡ2个亚类。启动子顺式作用元件的分析结果显示,JsTCPs启动子上含有多个植物激素响应、胁迫响应和生长发育相关等元件。表达模式分析结果显示,24个JsTCPs基因在茉莉花花发育不同时期表达,22个基因在花粉-柱头互作中表达。总之,本研究鉴定了27个茉莉花TCP基因家族成员,并发现家族成员在花发育不同时期和授粉后不同时期特异表达。 展开更多
关键词 茉莉花 TCP基因家族 基因组鉴定 系统进化分析 表达分析
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红莲型水稻不育系统花粉发育不同时期MADS-box基因家族的表达分析 被引量:11
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作者 孙清萍 汪莉 +1 位作者 易平 朱英国 《武汉植物学研究》 CSCD 2002年第5期325-328,共4页
以红莲型水稻不育系、保持系、恢复系和杂种为材料 ,根据 MADS- box的保守序列设计特异引物 ,并分别以 Oligo d T1 2 GC和 Oligo d T1 2 CG为锚定引物对花粉发育单核期和二核期的花药进行了差异展示分析。扩增共得到 382条带 ,其中有组... 以红莲型水稻不育系、保持系、恢复系和杂种为材料 ,根据 MADS- box的保守序列设计特异引物 ,并分别以 Oligo d T1 2 GC和 Oligo d T1 2 CG为锚定引物对花粉发育单核期和二核期的花药进行了差异展示分析。扩增共得到 382条带 ,其中有组成型表达带 2 2× 8=176条。对差异带的统计分析表明 :MADS- box基因家族参与了水稻CMS和育性恢复的核质互作。最后 ,对这些差异带与 CMS和育性恢复之间的关系以及特异引物在研究复杂生物学现象中的应用进行了讨论。 展开更多
关键词 红莲型水稻不育系统 花粉发育 时期 MADS-box基因家族 表达分析 细胞质雄性不育 育性恢复 差异展示
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基因表达模式分析及软件系统 被引量:4
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作者 谢建明 孙啸 +1 位作者 谢雪英 陆祖宏 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第2期201-204,共4页
研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据... 研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能 .对于同一组基因表达数据 ,可通过不同的聚类算法的组合 ,提供更多的基因分类信息 。 展开更多
关键词 基因表达模式 聚类分析 软件系统 模糊聚类 生物信息学软件 两两平均连锁聚类法 系统聚类法 自组织特征映射法
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机器学习模型对猪基因表达量预测准确性的评估
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作者 周天乐 滕金言 +1 位作者 徐志婷 张哲 《华南农业大学学报》 北大核心 2025年第4期549-557,共9页
【目的】对比不同机器学习模型利用基因顺式单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)预测猪的基因表达量的效果,探究基因顺式遗传力(cis-heritability,cis-h^(2))和顺式SNP(cis-SNP)数量与不同模型预测准确性的关系。【方... 【目的】对比不同机器学习模型利用基因顺式单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)预测猪的基因表达量的效果,探究基因顺式遗传力(cis-heritability,cis-h^(2))和顺式SNP(cis-SNP)数量与不同模型预测准确性的关系。【方法】基于PigGTEx项目猪肌肉组织样本的蛋白编码基因,使用18种不同机器学习模型,将基因转录起始位点±1 Mb范围内的cis-SNP用于训练,评估每种模型的预测准确性。【结果】机器学习模型的预测准确性与基因cis-h^(2)呈正相关,弹性网络回归模型和Lasso回归模型整体预测准确性最高,R^(2)平均值分别为0.0362和0.0358;一定范围内,模型预测准确性与基因cis-SNP数量呈正相关。【结论】使用机器学习模型预测猪基因表达的准确性受基因cis-h^(2)和cis-SNP数量影响较大,根据不同基因的cis-h^(2)和cis-SNP数量选择合适的机器学习模型预测猪的基因表达量有利于提高预测准确性。 展开更多
关键词 机器学习 基因表达 全转录组关联分析 顺式遗传 顺式SNP
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蓖麻LEA基因家族的鉴定和铝胁迫响应分析
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作者 李凯月 邓晓霞 +5 位作者 殷缘 杜亚彤 徐元静 王竞红 于耸 蔺吉祥 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期128-138,共11页
【目的】从蓖麻全基因组范围内鉴定RcLEA基因家族成员,分析其基因特征和潜在功能,为揭示LEA在调控蓖麻铝胁迫耐受性中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法对蓖麻LEA家族基因进行鉴定,并对其理化性质、系统进化关系、基因结构、... 【目的】从蓖麻全基因组范围内鉴定RcLEA基因家族成员,分析其基因特征和潜在功能,为揭示LEA在调控蓖麻铝胁迫耐受性中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法对蓖麻LEA家族基因进行鉴定,并对其理化性质、系统进化关系、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件,以及该家族部分成员在铝胁迫处理后的表达情况进行分析。【结果】从蓖麻基因组中共鉴定到52个LEA家族基因成员,根据系统发育分析,其可分为RcLEA_1、RcLEA_2、RcLEA_3、RcLEA_4、RcLEA_5、RcLEA_6、Rc_DHN和Rc_SMP 8个亚族,分布于10条染色体上;家族成员氨基酸数量在91-406 aa之间;等电点介于4.54-10.29之间;分子量在9951.42-44515.78 Da之间;大多数LEA蛋白为亲水性蛋白;基序分析显示不同亚家族之间的motif有很大差异,但在同一亚类中是相似的。基因结构分析显示,多数基因有1个或1个以上的内含子;52个基因启动子区域均存在1种或多种与植物激素和逆境响应相关的顺式作用元件;共线性分析显示,鉴定到8对复制基因。另外,实时荧光定量PCR结果显示,RcLEA基因在铝胁迫处理下,与对照相比基因表达量发生变化,推测该家族基因参与铝胁迫应答。【结论】从蓖麻基因组中共鉴定出52个RcLEA基因,分为8个亚族。对8个亚族部分RcLEA基因进行铝胁迫表达分析,发现大部分基因表达量变化显著,表明这些基因在蓖麻响应铝胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 蓖麻 LEA基因家族 生物信息学 基因组鉴定 系统进化 铝胁迫处理 表达分析 铝胁迫应答基因
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接合转移诱动系统在遗传分析和体内基因操作中的应用 被引量:1
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作者 赵巍 张成刚 蔺继尚 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1994年第2期1-11,共11页
接合转移诱动系统在遗传分析和体内基因操作中的应用赵巍,张成刚,蔺继尚(中国科学院沈阳应用生态研究所,110015)细菌间DNA的转移主要有转化、转导、接合和原生质体融合等几种形式。接合是通过供体菌和受体菌完整细胞间的... 接合转移诱动系统在遗传分析和体内基因操作中的应用赵巍,张成刚,蔺继尚(中国科学院沈阳应用生态研究所,110015)细菌间DNA的转移主要有转化、转导、接合和原生质体融合等几种形式。接合是通过供体菌和受体菌完整细胞间的直接接触,而传递大段DNA的方法,... 展开更多
关键词 接合 转移 诱动系统 遗传分析 基因操作 细菌
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