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整合卵巢癌染色体拷贝数变异与差异表达基因的生物信息学分析
被引量：
5
1
作者
邓祯祥
王文辉
李金明
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期813-817,共5页
目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;...
目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;并利用GSEA等工具进行生物信息学分析。结果 GISTIC发现45个拷贝数扩增区域;SAM和Fisher's exact test发现拷贝数扩增区域中有40个拷贝数变异的基因能引起表达差异;GSEA富集分析发现这些拷贝数变异基因主要富集在多个有关癌症基因集的研究报告中。结论利用生物信息学方法综合分析拷贝数变异数据和基因表达数据,能充分有效地获取信息,为确定卵巢癌的早期诊断和治疗靶点提供新的思路。
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关键词
卵巢癌
拷贝数变异
基因差异表达
SAM
方法
gistic方法
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职称材料
题名
整合卵巢癌染色体拷贝数变异与差异表达基因的生物信息学分析
被引量：
5
1
作者
邓祯祥
王文辉
李金明
机构
南方医科大学基础医学院生物信息学系
中山大学附属第六医院网络信息中心
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期813-817,共5页
基金
国家自然科学基金(31371290)
广东省高校引进人才专项(YCJ2011-430)~~
文摘
目的从分子的遗传变异和表达水平综合探讨卵巢癌的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法从TCGA数据门户上下载大样本的高浆液性卵巢癌DNA拷贝数数据和mRNA表达数据,使用GISTIC对拷贝数变异进行分析,利用SAM软件包samr筛选差异表达基因;并利用GSEA等工具进行生物信息学分析。结果 GISTIC发现45个拷贝数扩增区域;SAM和Fisher's exact test发现拷贝数扩增区域中有40个拷贝数变异的基因能引起表达差异;GSEA富集分析发现这些拷贝数变异基因主要富集在多个有关癌症基因集的研究报告中。结论利用生物信息学方法综合分析拷贝数变异数据和基因表达数据,能充分有效地获取信息,为确定卵巢癌的早期诊断和治疗靶点提供新的思路。
关键词
卵巢癌
拷贝数变异
基因差异表达
SAM
方法
gistic方法
Keywords
ovarian cancer
copy number variation
differentially expressed genes
SAM method
gistic
method
分类号
R737.31 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
整合卵巢癌染色体拷贝数变异与差异表达基因的生物信息学分析
邓祯祥
王文辉
李金明
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
5
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