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一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
被引量：
12
1
作者
陈嘉茵
方苓
+4 位作者
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期332-337,共6页
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus geneg...
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。
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关键词
逆转录微滴数字聚合酶链式反应
一步法
gii型诺如病毒
生菜
回收率
在线阅读
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职称材料
常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用
被引量：
17
2
作者
钱明明
许海燕
+5 位作者
宗晴
阴甜甜
杨文彬
宋召军
黄金林
焦新安
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第7期602-606,611,共6页
目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与...
目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。
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关键词
常规RT-PCR
荧光定量RT-PCR
GI、
gii型诺如病毒
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职称材料
题名
一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
被引量：
12
1
作者
陈嘉茵
方苓
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
机构
暨南大学理工学院食品科学与工程系
广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所
香港中文大学生命科学学院食品及营养学部
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期332-337,共6页
基金
2015年度广东省公益研究与能力建设专项(2015A030401042)
2015年广东省国际合作项目(2015A050502030)
2016年广东省前沿与科技创新专项粤港联合创新项目(2016A050503031)
文摘
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。
关键词
逆转录微滴数字聚合酶链式反应
一步法
gii型诺如病毒
生菜
回收率
Keywords
reverse transcription droplet digital PCR(RT-ddPCR)
one-step procedure
norovirus genogroup II(NoV
gii
)
lettuce
recovery rate
分类号
R155.5 [医药卫生—营养与食品卫生学]
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职称材料
题名
常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用
被引量：
17
2
作者
钱明明
许海燕
宗晴
阴甜甜
杨文彬
宋召军
黄金林
焦新安
机构
扬州大学人畜共患病重点实验室
南通市疾病预防控制中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第7期602-606,611,共6页
基金
国家"863计划"(2012AA101601)~~
文摘
目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。
关键词
常规RT-PCR
荧光定量RT-PCR
GI、
gii型诺如病毒
Keywords
conventional RT-PCR
real-time RT-PCR
norovirus GI and
gii
分类号
R450 [医药卫生—治疗学]
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下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
陈嘉茵
方苓
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019
12
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用
钱明明
许海燕
宗晴
阴甜甜
杨文彬
宋召军
黄金林
焦新安
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
17
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职称材料
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