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马铃薯G6PDH基因家族鉴定及其在损伤块茎的表达分析
被引量：
2
1
作者
宋兵芳
柳宁
+5 位作者
程新艳
徐晓斌
田文茂
高悦
毕阳
王毅
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期104-112,共9页
【目的】葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用,鉴定马铃薯中G6PDH基因家族,并分析其在损伤块茎的表达模式,为深入研究马铃薯G6PDH基因在损伤胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对马铃薯G6PDH基因...
【目的】葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用,鉴定马铃薯中G6PDH基因家族,并分析其在损伤块茎的表达模式,为深入研究马铃薯G6PDH基因在损伤胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对马铃薯G6PDH基因家族进行鉴定,并对该基因家族成员编码蛋白的染色体分布、蛋白理化性质和二级结构、进化关系、基因结构、保守基序和启动子顺式作用元件,以及在不同器官和损伤块茎中的表达模式进行分析。【结果】在马铃薯基因组中共鉴定到4个StG6PDHs家族成员,分别分布在4条染色体上,命名为StG6PDH1-StG6PDH4。根据亚细胞定位和系统进化分析,StG6PDH1、StG6PDH3和StG6PDH4位于叶绿体,属于质体型;StG6PDH2位于细胞质,属于胞质型。马铃薯G6PDH蛋白的氨基酸个数介于511-596 aa,分子量为58.48-66.65 kD,等电点为5.83-8.57,不稳定系数为39.79-47.53。蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲占比最多,β-转角最少。此外,StG6PDHs启动子含大量植物激素、光和胁迫响应元件。4个StG6PDHs在马铃薯根、茎、叶和块茎均有表达,且在叶片中的表达高于其他组织。StG6PDHs各成员共同参与马铃薯块茎对损伤胁迫的响应,其中,StG6PDH1、StG6PDH2和StG6PDH3在块茎损伤后36 h内上调表达,StG6PDH4在损伤后下调表达。【结论】在马铃薯中共鉴定出4个StG6PDHs基因家族成员,不均匀地分布于4条染色体上,其中,1个为胞质型,3个为质体型。StG6PDHs启动子区有光、激素和胁迫响应元件。损伤块茎中StG6PDHs的表达具有差异性,各成员协同调控了马铃薯块茎对损伤胁迫的应答。
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关键词
马铃薯
g6pdh基因家族
生物信息学分析
损伤胁迫
表达分析
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职称材料
小麦G6PDH基因家族的鉴定与表达分析
被引量：
1
2
作者
车卓
张沛沛
+5 位作者
陈涛
刘媛
马靖福
田甜
王鹏
杨德龙
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期947-957,共11页
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖途径中的关键限速酶,在植物生长发育及非生物胁迫响应中发挥重要作用。本研究利用生物信息学对小麦G6PDH基因家族成员进行鉴定,并对该家族基因编码蛋白的理化性质、进化关系、亚细胞定位、基因复...
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖途径中的关键限速酶,在植物生长发育及非生物胁迫响应中发挥重要作用。本研究利用生物信息学对小麦G6PDH基因家族成员进行鉴定,并对该家族基因编码蛋白的理化性质、进化关系、亚细胞定位、基因复制事件以及在不同组织和不同胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,在小麦基因组中共鉴定到14个G6PDH基因家族成员,分布在小麦2A、2B、2D、4A、4B、4D、6A、6B和6D染色体上,其中5个基因编码的蛋白为胞质型,9个为质体型。亚细胞定位预测表明,胞质型G6PDH蛋白主要定位于细胞质上,而质体型G6PDH蛋白主要定位于叶绿体上。根据系统进化和保守结构域特征,可将14个小麦G6PDH蛋白分为Cy、P0、P1和P2四个亚组。共线性分析表明,小麦G6PDH基因家族成员存在17对片段重复基因。RNA-seq分析结果表明,小麦G6PDH基因家族成员在不同组织中存在明显的表达差异,其中TaG6PDH1-2A/2B/2D基因在根中的表达量最高;TaG6PDH2-2A和TaG6PDH2-2B基因在干旱胁迫后1 h以及热胁迫后6 h均上调表达。进一步利用qRT-PCR检测6个小麦G6PDH基因在干旱和盐胁迫下的表达模式,发现分别有5个基因在小麦根中均上调表达,推测小麦G6PDH基因在非生物胁迫响应过程中发挥着重要功能。
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关键词
小麦
g6pdh基因家族
全
基因
组鉴定
表达分析
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职称材料
题名
马铃薯G6PDH基因家族鉴定及其在损伤块茎的表达分析
被引量：
2
1
作者
宋兵芳
柳宁
程新艳
徐晓斌
田文茂
高悦
毕阳
王毅
机构
甘肃农业大学食品科学与工程学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期104-112,共9页
基金
甘肃省高等学校创新基金(2021A-051)
国家自然科学基金项目(32160592)
甘肃农业大学“伏羲青年英才培养计划”(Gaufx-02Y03)。
文摘
【目的】葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用,鉴定马铃薯中G6PDH基因家族,并分析其在损伤块茎的表达模式,为深入研究马铃薯G6PDH基因在损伤胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对马铃薯G6PDH基因家族进行鉴定,并对该基因家族成员编码蛋白的染色体分布、蛋白理化性质和二级结构、进化关系、基因结构、保守基序和启动子顺式作用元件,以及在不同器官和损伤块茎中的表达模式进行分析。【结果】在马铃薯基因组中共鉴定到4个StG6PDHs家族成员,分别分布在4条染色体上,命名为StG6PDH1-StG6PDH4。根据亚细胞定位和系统进化分析,StG6PDH1、StG6PDH3和StG6PDH4位于叶绿体,属于质体型;StG6PDH2位于细胞质,属于胞质型。马铃薯G6PDH蛋白的氨基酸个数介于511-596 aa,分子量为58.48-66.65 kD,等电点为5.83-8.57,不稳定系数为39.79-47.53。蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲占比最多,β-转角最少。此外,StG6PDHs启动子含大量植物激素、光和胁迫响应元件。4个StG6PDHs在马铃薯根、茎、叶和块茎均有表达,且在叶片中的表达高于其他组织。StG6PDHs各成员共同参与马铃薯块茎对损伤胁迫的响应,其中,StG6PDH1、StG6PDH2和StG6PDH3在块茎损伤后36 h内上调表达,StG6PDH4在损伤后下调表达。【结论】在马铃薯中共鉴定出4个StG6PDHs基因家族成员,不均匀地分布于4条染色体上,其中,1个为胞质型,3个为质体型。StG6PDHs启动子区有光、激素和胁迫响应元件。损伤块茎中StG6PDHs的表达具有差异性,各成员协同调控了马铃薯块茎对损伤胁迫的应答。
关键词
马铃薯
g6pdh基因家族
生物信息学分析
损伤胁迫
表达分析
Keywords
potato
g
6
pdh
g
ene family
bioinformatics analysis
dama
g
e stress
expression analysis
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S532 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
小麦G6PDH基因家族的鉴定与表达分析
被引量：
1
2
作者
车卓
张沛沛
陈涛
刘媛
马靖福
田甜
王鹏
杨德龙
机构
甘肃农业大学生命科学技术学院
甘肃省种子总站
干旱生境作物学国家重点实验室
出处
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期947-957,共11页
基金
甘肃省自然科学基金项目(21JR7RA828)
国家自然科学基金项目(32160487)
+2 种基金
甘肃高等学校创新基金项目(2021B-125)
甘肃省高等学校产业支撑计划项目(2022CY2C-44)
甘肃省农业重点研发计划项目(21YF5NA089)。
文摘
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖途径中的关键限速酶,在植物生长发育及非生物胁迫响应中发挥重要作用。本研究利用生物信息学对小麦G6PDH基因家族成员进行鉴定,并对该家族基因编码蛋白的理化性质、进化关系、亚细胞定位、基因复制事件以及在不同组织和不同胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,在小麦基因组中共鉴定到14个G6PDH基因家族成员,分布在小麦2A、2B、2D、4A、4B、4D、6A、6B和6D染色体上,其中5个基因编码的蛋白为胞质型,9个为质体型。亚细胞定位预测表明,胞质型G6PDH蛋白主要定位于细胞质上,而质体型G6PDH蛋白主要定位于叶绿体上。根据系统进化和保守结构域特征,可将14个小麦G6PDH蛋白分为Cy、P0、P1和P2四个亚组。共线性分析表明,小麦G6PDH基因家族成员存在17对片段重复基因。RNA-seq分析结果表明,小麦G6PDH基因家族成员在不同组织中存在明显的表达差异,其中TaG6PDH1-2A/2B/2D基因在根中的表达量最高;TaG6PDH2-2A和TaG6PDH2-2B基因在干旱胁迫后1 h以及热胁迫后6 h均上调表达。进一步利用qRT-PCR检测6个小麦G6PDH基因在干旱和盐胁迫下的表达模式,发现分别有5个基因在小麦根中均上调表达,推测小麦G6PDH基因在非生物胁迫响应过程中发挥着重要功能。
关键词
小麦
g6pdh基因家族
全
基因
组鉴定
表达分析
Keywords
Wheat
g
6
pdh
g
ene family
g
enome-wide identification
Expression analysis
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
S330 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
马铃薯G6PDH基因家族鉴定及其在损伤块茎的表达分析
宋兵芳
柳宁
程新艳
徐晓斌
田文茂
高悦
毕阳
王毅
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
小麦G6PDH基因家族的鉴定与表达分析
车卓
张沛沛
陈涛
刘媛
马靖福
田甜
王鹏
杨德龙
《麦类作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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