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Fosmid基因组文库构建及应用现状 被引量：4
1
作者 李昂 张安 +3 位作者 唐君 周志林 赵东兰 曹清河 《江苏农业科学》 北大核心 2013年第6期28-30,共3页
稳定的大片段基因组文库是生物基因组学研究的基础材料平台。近年来Fosmid载体由于其插入片段大小适中、易于构建、稳定性好、拷贝数可诱导等优点,越来越广泛地被应用于物理作图、基因挖掘、辅助测序等工作。本文就Fosmid克隆载体发展... 稳定的大片段基因组文库是生物基因组学研究的基础材料平台。近年来Fosmid载体由于其插入片段大小适中、易于构建、稳定性好、拷贝数可诱导等优点,越来越广泛地被应用于物理作图、基因挖掘、辅助测序等工作。本文就Fosmid克隆载体发展历程、Fosmid文库的功能及其在各领域的应用现状、发展前景等方面展开论述,主要呈现构建Fosmid基因组文库的作用及应用现状。 展开更多
关键词 fosmid克隆载体 基因组文库 发展史 应用现状
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家猪Fosmid基因组文库的构建 被引量：5
2
作者 李冰 闫守庆 孙金海 《中国畜牧兽医》 CAS 2007年第10期53-55,共3页
本研究采用蛋白酶K和苯酚抽提法提取基因组DNA，通过物理方法随机剪切DNA，经T4DNA聚合酶和T4多聚核苷酸激酶末端修饰，琼脂糖凝胶电泳回收大小为25-40kb的片段，与pCC1FOS载体连接，噬菌体包装蛋白体外包装，转染大肠杆菌EP1300，构建... 本研究采用蛋白酶K和苯酚抽提法提取基因组DNA，通过物理方法随机剪切DNA，经T4DNA聚合酶和T4多聚核苷酸激酶末端修饰，琼脂糖凝胶电泳回收大小为25-40kb的片段，与pCC1FOS载体连接，噬菌体包装蛋白体外包装，转染大肠杆菌EP1300，构建了家猪Fosmid基因组文库。文库容量为8．50×10^9CFU／ml，平均插入片段大小约25kb，用家猪MC1卫星DNA做探针对文库进行初步筛选，获得含该卫星DNA的阳性克隆，该文库的构建为进一步筛选并研究猪卫星DNA序列奠定了基础。 展开更多
关键词 猪 fosmid文库 卫星DNA
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杂色鲍Fosmid基因组文库构建与血蓝蛋白基因筛选
3
作者 姜敬哲 张彬彬 +2 位作者 张远 苏友禄 王江勇 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期192-196,202,共6页
以杂色鲍Haliotis diversicolor肌肉组织为材料,按照CopyControlTM Fosmid Library Production Kit中方法构建了杂色鲍Fosmid全基因组文库.从文库中随机挑取50个克隆进行NotⅠ酶切鉴定发现,阳性率达到100%,插入片段大小分布在32～48 kb... 以杂色鲍Haliotis diversicolor肌肉组织为材料,按照CopyControlTM Fosmid Library Production Kit中方法构建了杂色鲍Fosmid全基因组文库.从文库中随机挑取50个克隆进行NotⅠ酶切鉴定发现,阳性率达到100%,插入片段大小分布在32～48 kb之间,平均长度约37.6 kb.随机挑取8个克隆进行正、反向末端测序,获得了全部16个测序结果,其中8条序列确定为鲍来源基因序列.进一步根据杂色鲍血蓝蛋白(Hemocyanin)基因3'端序列设计特异引物,用PCR方法对基因组文库进行筛选,获得一个阳性克隆,经Primer-Walking测序、Blast比对和进化分析证实,该序列为杂色鲍血蓝蛋白Ⅱ型基因克隆. 展开更多
关键词 杂色鲍 fosmid 基因组文库 血蓝蛋白 文库筛选
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基于CRISPR/Cas9技术的牛乳腺上皮细胞全基因组敲除文库的构建
4
作者 高林娜 蒋影影 +6 位作者 王悦 史倩倩 安振江 王慧利 沈阳阳 陈坤琳 张乐颖 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第6期2711-2723,共13页
旨在构建奶牛乳腺CRISPR/Cas9全基因组敲除细胞文库,用于筛选与奶牛泌乳、应激及疾病等相关的功能基因。本研究靶向牛全基因组蛋白编码基因,利用CRISPR/Cas9技术设计合成转录sgRNAs文库,克隆至慢病毒载体LentiCRISPR-V2,建立牛全基因组C... 旨在构建奶牛乳腺CRISPR/Cas9全基因组敲除细胞文库,用于筛选与奶牛泌乳、应激及疾病等相关的功能基因。本研究靶向牛全基因组蛋白编码基因,利用CRISPR/Cas9技术设计合成转录sgRNAs文库,克隆至慢病毒载体LentiCRISPR-V2,建立牛全基因组CRISPR/Cas9敲除质粒文库,并进行gEditing ScreeningTM文库测序验证;然后将敲除质粒文库进行慢病毒包装和滴度测定,感染牛乳腺上皮细胞(bovine mammary epithelial cells,bMECs)后经嘌呤霉素抗性筛选及RT-qPCR、Western blot技术确定最佳感染效果,最终通过高通量测序验证敲除细胞库中sgRNA覆盖率确定细胞文库质量。本研究构建的全基因组敲除质粒文库共靶向20545个蛋白编码基因,包含61237条sgRNA和3062条牛基因组上无靶点的sgRNA;gEditing ScreeningTM质粒文库测序结果显示,全基因组质粒文库覆盖率为100%,均一性为2.35,测序深度为577×;进一步对质粒文库进行慢病毒包装,获得滴度为7.01×10^(8) TU·mL^(-1)的病毒液并感染bMECs,嘌呤霉素筛选14 d得到MOI=0.2、0.3、0.4、0.5的稳转细胞株,RT-qPCR、Western blot结果表明,MOI=0.2时感染效果最佳;高通量测序结果显示,细胞文库覆盖率为78.74%,碱基稳定、序列质量较高。综上所述,牛全基因组质粒文库、全基因组敲除细胞文库符合质量标准和试验需求,能为挖掘调控牛泌乳性状及乳腺健康的关键基因研究提供重要的细胞筛选平台。 展开更多
关键词 牛 CRISPR/Cas9 全基因组 敲除质粒文库 牛乳腺上皮细胞 敲除细胞文库
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荷斯坦奶牛瘤胃微生物元基因组Fosmid文库的构建与分析 被引量：10
5
作者 李旦 王加启 +2 位作者 卜登攀 刘开朗 李发弟 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2009年第6期1-4,共4页
采用包埋法提取荷斯坦奶牛瘤胃微生物大片段总DNA,纯化后脉冲场电泳回收大小为36-48 kb,与pcc2FOS vector连接,转染至大肠埃希菌EPI 300宿主细胞,构建瘤胃微生物Fosmid基因组文库。对文库进行鉴定,该文库平均插入片段大小约35 kb,共保存... 采用包埋法提取荷斯坦奶牛瘤胃微生物大片段总DNA,纯化后脉冲场电泳回收大小为36-48 kb,与pcc2FOS vector连接,转染至大肠埃希菌EPI 300宿主细胞,构建瘤胃微生物Fosmid基因组文库。对文库进行鉴定,该文库平均插入片段大小约35 kb,共保存30 000个克隆,空载体率小于2%,库容达1050 Mb。 展开更多
关键词 元基因组 瘤胃微生物 包埋法 fosmid文库
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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析 被引量：10
6
作者 程洁 张玲玲 +4 位作者 黄晓婷 张灿 王师 胡景杰 包振民 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期78-88,共11页
研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池... 研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E<e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 CHLAMYS FARRERI fosmid文库构建 序列分析
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活性污泥宏基因组Fosmid文库的构建 被引量：3
7
作者 苟敏 曲媛媛 +2 位作者 周集体 许炳雯 曹湘禹 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第1期120-124,共5页
大插入片段宏基因组文库的构建是开发大片段目的基因及分析其结构与功能的基础.文中分别采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、试剂盒及琼脂糖包埋法提取活性污泥宏基因组DNA,其中琼脂糖包埋法获得的DNA片段大于23kbp,利用此DNA成功构建了... 大插入片段宏基因组文库的构建是开发大片段目的基因及分析其结构与功能的基础.文中分别采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、试剂盒及琼脂糖包埋法提取活性污泥宏基因组DNA,其中琼脂糖包埋法获得的DNA片段大于23kbp,利用此DNA成功构建了以pCC1FOS为载体的Fosmid文库,该文库含有5280个克隆,平均插入片段长度为35～40 kbp,共包含约200 Mbp的宏基因组DNA.从此文库中随机挑选200个克隆,利用活性筛选方法快速筛选到了1个含有淀粉酶的阳性克隆,表明活性污泥Fosmid文库可用于功能基因的活性筛选,具有开发新基因的潜力. 展开更多
关键词 活性污泥 宏基因组DNA fosmid文库 活性筛选 淀粉酶
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雷蒙德氏棉叶绿体基因组Fosmid文库构建 被引量：5
8
作者 李朋波 薛龙飞 +3 位作者 王彦霞 张曦 李召虎 华金平 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期10-14,共5页
采用高盐、低pH值法提取雷蒙德氏棉叶绿体DNA;通过物理剪切法获得随机断裂的DNA片段;剪切片段末端、补平修饰后与pCC1FOS载体连接;用噬菌体包装蛋白包装重组DNA,侵染大肠杆菌EPI300,构建了雷蒙德氏棉叶绿体基因组文库。对于叶绿体DNA剪... 采用高盐、低pH值法提取雷蒙德氏棉叶绿体DNA;通过物理剪切法获得随机断裂的DNA片段;剪切片段末端、补平修饰后与pCC1FOS载体连接;用噬菌体包装蛋白包装重组DNA,侵染大肠杆菌EPI300,构建了雷蒙德氏棉叶绿体基因组文库。对于叶绿体DNA剪切,以1 mL注射器中等速度吸打18次为最佳参数。叶绿体基因组Fosmid文库滴度为1×104 cfu.mL-1,插入片段大小平均为38 kb,最终筛选出39个克隆用于后续研究,覆盖叶绿体基因组9.2倍。以叶绿体特异标记筛选出能够覆盖雷蒙德氏棉叶绿体全基因组的6个克隆:F66,F46,F28,F8,F55和F3,为基因组结构和功能基因分析提供了良好的基础。 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 叶绿体DNA fosmid文库
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甘薯近缘种Ipomoea trifida (Kunth) G.Don基因组Fosmid文库构建及PCR筛选体系建立 被引量：2
9
作者 李昂 吴志明 +6 位作者 周志林 赵冬兰 张安 马代夫 李亚栋 唐君 曹清河 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期45-50,共6页
为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida（2x,编号DLP4597）基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平... 为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida（2x,编号DLP4597）基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33-48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS（Epicentre）上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I.trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101 952个单克隆,保存于1 062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛出率达到99.88%。以20个96孔板为一组构建三维PCR筛选体系,共分为53个组（第53组包含22个96孔板）,每组包含1个超级池,20个板池,12个列池,8个行池,理论上最多通过93个PCR反应即可筛选到1个阳性单克隆。随机选择来自I.trifida的10个基因进行文库克隆筛选,平均阳性克隆数为8.2个,最少阳性克隆数为3个,最多为16个。 展开更多
关键词 甘薯近缘野生种 基因组 fosmid文库 文库筛选体系
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云南大额牛瘤胃宏基因组Fosmid文库的构建与分析 被引量：4
10
作者 李碧凤 朱雅新 +5 位作者 苟潇 冷静 毛华明 李清 冯励 杨舒黎 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第12期61-65,共5页
为研究云南大额牛瘤胃中丰富的降解纤维素类物质的基因，采用包埋法和脉冲场电泳技术直接从云南大额牛瘤胃内容物提取总DNA，经不完全酶切获得DNA片段，大小为23-48 kb，与pcc2 FOS vector连接，转化至E.coli EPI 300宿主细胞，构建瘤... 为研究云南大额牛瘤胃中丰富的降解纤维素类物质的基因，采用包埋法和脉冲场电泳技术直接从云南大额牛瘤胃内容物提取总DNA，经不完全酶切获得DNA片段，大小为23-48 kb，与pcc2 FOS vector连接，转化至E.coli EPI 300宿主细胞，构建瘤胃微生物宏基因组Fosmid文库。该文库共保存38400个克隆，平均插入片段大小约35.5 kb，空载率小于2%，库容达1363 Mb。通过对该文库进行部分纤维素酶活力筛选，获得具有羧甲基纤维素酶活性的克隆95个，木聚糖酶活性的克隆52个，同时具有这2种酶活性的克隆23个，这为进一步研究大额牛瘤胃内纤维素酶基因奠定了基础。 展开更多
关键词 大额牛 瘤胃微生物 fosmid文库 筛选
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合成生物学视角下的基因功能探索与酵母工程菌株文库构建 被引量：1
11
作者 章益蜻 刘高雯 《合成生物学》 北大核心 2025年第3期685-700,共16页
合成生物学作为一门通过设计、构建和改造生物系统来实现其特定功能的学科,被广泛应用于生物制造、环境保护和药物合成等领域。基因功能的系统性探索和工程菌株文库的构建是推动合成生物学发展的重要手段。本文重点介绍了不同酵母文库... 合成生物学作为一门通过设计、构建和改造生物系统来实现其特定功能的学科,被广泛应用于生物制造、环境保护和药物合成等领域。基因功能的系统性探索和工程菌株文库的构建是推动合成生物学发展的重要手段。本文重点介绍了不同酵母文库在合成生物学中的构建方法及其应用前景。随着基因组测序和高通量技术的快速进展,酿酒酵母和裂殖酵母等微生物文库在系统性研究中发挥了关键作用。基因缺失文库、过表达文库、转座子插入文库等多种类型的酵母文库为基因组合优化和代谢路径设计提供了重要工具,促进了代谢工程和合成生物学的创新应用。这些文库在工业生产中支持高产菌株的构建,如用于生物燃料和化学品的高效生产;在环境领域,通过基因改造筛选,生成具备污染物降解能力的菌株,为生态修复提供解决方案;在药物合成方面,文库帮助构建高效合成药用化合物的菌株,推动生物制药的发展。然而,当前文库构建和应用仍面临诸如构建成本、基因组编辑的精确度及筛选效率等技术瓶颈。未来,自动化、数字化和新型筛选技术的进步有望突破这些瓶颈,推动酵母文库的快速构建和高效筛选,从而加速合成生物学在可持续发展和生态工程中的应用。 展开更多
关键词 酵母 文库 功能基因组学 定向进化 合成生物学
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基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因及其表达验证
12
作者 杨凯尧 刘功炜 +3 位作者 李林芳 王智伟 崔雯元 杨雨鑫 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2024年第4期28-38,共11页
【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根... 【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根据基因丰度结果确定后续研究的功能基因。利用大肠杆菌BL21(DE3)对功能基因进行诱导表达,对表达产物进行酶活性测定。通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,将密码子优化后的功能基因分别敲入枯草芽孢杆菌C6基因组ctc位点并进行表达验证。【结果】从Fosmid文库1700个克隆子中筛选到1个具有蛋白酶活性的阳性克隆Pro4-C5。通过二代测序技术,鉴定出3个潜在的蛋白酶基因gene0833(内肽酶,EC编号:EC3.4.21.53)、gene0196(金属内肽酶,EC编号:EC3.4.24)和gene0585(羧肽酶,EC编号:EC3.4.17.14)以及1个L-天冬酰胺酶基因(gene0683,EC编号:EC3.5.1.1)。以pET-28a(+)为表达载体,通过大肠杆菌BL21(DE3)原核诱导表达发现,gene0585和gene0196未表达;gene0833表达的蛋白分子质量为87 ku,蛋白酶活性为10.45 U/mL;gene0683表达的蛋白分子质量为37 ku,L-天冬酰胺酶活性为88.52 U/mL,同时发现该蛋白也具有蛋白酶活性,酶活性为5.25 U/mL。将密码子优化后的gene0683和gene0833定点敲入枯草芽孢杆菌C6基因组中表达发现,gene0833未表达,gene0683表达的蛋白酶活性为109.72 U/mL,相比原始菌株(100.97 U/mL)显著提高了8.67%(P<0.01);L-天冬酰胺酶活性为31.63 U/mL,相比原始菌株(22.79 U/mL)显著提高了30.06%(P<0.01)。【结论】从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选和鉴定出了2个具有蛋白酶活性的功能基因(gene0833和gene0683),均来源于微小杆菌属(Exiguobacterium),其中gene0683在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的表达产物具有较高的蛋白酶和L-天冬酰胺酶酶活性。 展开更多
关键词 fosmid文库 蛋白酶 L-天冬酰胺酶 原核表达 基因筛选 菌株生产
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半滑舌鳎雌鱼基因组Fosmid文库构建及分析 被引量：5
13
作者 孙晓华 张全启 +5 位作者 王旭波 翟腾 齐洁 王志刚 王兴莲 王亚楠 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期88-92,共5页
半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）是我国的大型经济鱼类,其养殖发展迅速。有关半滑舌鳎的基因组文库构建和分析等方面的研究,目前尚未见报道。用流式细胞仪检测雌性半滑舌鳎基因组大小。从半滑舌鳎雌鱼肌肉提取基因组DNA,选取大小合... 半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）是我国的大型经济鱼类,其养殖发展迅速。有关半滑舌鳎的基因组文库构建和分析等方面的研究,目前尚未见报道。用流式细胞仪检测雌性半滑舌鳎基因组大小。从半滑舌鳎雌鱼肌肉提取基因组DNA,选取大小合适的DNA片段,经末端修复并回收后,再以Fosmid作为载体,构建半滑舌鳎雌鱼基因组文库。经检测,雌性半滑舌鳎基因组大小约为606.36 Mb。所构建的Fosmid文库含有49 920个克隆,重组率为96.88%;插入片段长度分布在33-45 kb之间,平均为39.2 kb;覆盖雌性半滑舌鳎基因组3.12倍;从文库中筛选得到单拷贝DNA序列的概率为95.6%。对培养第1天和第6天的克隆进行比较,结果表明文库稳定性高,培养过程中没有发生变化。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 Cynoglossusse milaevis 雌鱼 fosmid文库 基因组大小
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对虾养殖水环境宏基因组Fosmid文库的构建 被引量：2
14
作者 李会琴 林炜铁 +2 位作者 蔡小龙 李敬源 唐水水 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期112-115,126,共5页
采用包埋法提取大片段基因组DNA，通过低熔点琼脂糖酶法回收40kb左右的DNA，经补平磷酸化、与pCC2FOS载体连接、体外包装和转染EP1300-T1R，构建对虾养殖水环境Fosmid文库。对文库进行鉴定，该文库平均插入片段大小约35kh，共保存8000... 采用包埋法提取大片段基因组DNA，通过低熔点琼脂糖酶法回收40kb左右的DNA，经补平磷酸化、与pCC2FOS载体连接、体外包装和转染EP1300-T1R，构建对虾养殖水环境Fosmid文库。对文库进行鉴定，该文库平均插入片段大小约35kh，共保存8000个克隆，包括了大概8×10^8个微生物细胞。用几丁质酶筛选平板对文库进行初步筛选，筛选到4个阳性克隆子。本试验构建Fosmid文库，初步获取了对虾养殖生态系统的微生物遗传信息，对于从虾池原位环境鉴定并筛选具有潜在益生作用的功能微生物意义重大。 展开更多
关键词 养殖水体 fosmid文库 几丁质酶
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深海沉积物宏基因组文库构建及淀粉酶筛选 被引量：2
15
作者 黄雅丽 张炯 +3 位作者 曹理想 谭红铭 陆勇军 周世宁 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期144-148,共5页
深海环境通常具有高盐,高压,高/低温,无光照等特点,使得海洋微生物存在一套独特的生理代谢机制和分子细胞结构,然而迄今绝大部分深海微生物不能在实验室条件下被分离培养,深海微生物资源开发遇到很大挑战。本研究通过不依赖培养的方法... 深海环境通常具有高盐,高压,高/低温,无光照等特点,使得海洋微生物存在一套独特的生理代谢机制和分子细胞结构,然而迄今绝大部分深海微生物不能在实验室条件下被分离培养,深海微生物资源开发遇到很大挑战。本研究通过不依赖培养的方法研究海洋微生物的基因资源,构建了南海深海沉积物fosmid宏基因组文库,共获得约39 600个克隆,插入片段范围在24～45kb之间,平均插入片段大小为33kb,克隆片段的总库容达到1 320Mb。通过功能筛选获得3个具有淀粉酶活性的克隆子,选取其中最适温度较低的amy7作为进一步研究对象。构建amy7插入片段的重组质粒文库,获得一个同样有淀粉酶活性的克隆子amy7—6。经测序,克隆子amy7—6含有3 291bp插入片段,序列比对分析后发现其中一个大小为1 920bp的ORF,其编码的蛋白质序列(AmyS)与各种来源的糖苷酶有着较高的相似性。 展开更多
关键词 深海沉积物 fosmid宏基因组文库 海洋微生物 淀粉酶
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中国对虾部分基因组文库构建和微卫星DNA序列的筛选 被引量：14
16
作者 刘萍 孟宪红 +2 位作者 孔杰 李健 王清印 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第2期87-90,共4页
以中国对虾为实验材料，提取肌肉的基因组DNA。经Bsp143Ⅰ酶切后，回收500～1000bp的DNA片段，与经BamHⅠ酶切并去磷酸化的PUC19重组，将重组载体转入大肠杆菌DH5α中。然后将其涂布于含氨苄青霉素的LB平板上，过夜培养后，经蓝白斑筛... 以中国对虾为实验材料，提取肌肉的基因组DNA。经Bsp143Ⅰ酶切后，回收500～1000bp的DNA片段，与经BamHⅠ酶切并去磷酸化的PUC19重组，将重组载体转入大肠杆菌DH5α中。然后将其涂布于含氨苄青霉素的LB平板上，过夜培养后，经蓝白斑筛选，构建对虾部分基因组文库。采用载体质粒的通用引物进行PCR检测插入片段的大小，对基因组文库进一步进行筛选。从建立的文库中选取100个片段大小合适的克隆进行测序，其中54个克隆的DNA插入片段含有微卫星序列，共获得了111个微卫星序列，在GenBank中注册了12个微卫星序列。本实验中还发现1个含有23bp的小卫星序列。 展开更多
关键词 中国对虾 基因组文库 微卫星DNA DNA标记
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极大节旋藻（Arthrospiramaxima）高分子量基因组文库构建及其应用 被引量：4
17
作者 茅云翔 凌娜 +2 位作者 王广策 隋正红 张学成 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期191-196,共6页
构建了极大节旋藻fosmid文库。该文库含有4300个克隆，重组率是100％，插入片段集中在30～36kh之间，平均为33kb，覆盖率为节旋藻基因组的25．8倍。随机挑选100个克隆进行双末端测序，得到110个序列，经生物信息学分析筛查到67条功能基... 构建了极大节旋藻fosmid文库。该文库含有4300个克隆，重组率是100％，插入片段集中在30～36kh之间，平均为33kb，覆盖率为节旋藻基因组的25．8倍。随机挑选100个克隆进行双末端测序，得到110个序列，经生物信息学分析筛查到67条功能基因序列。选取了14对特异的末端序列作为序列标签位点并设计引物，采用STS-PCR反应池法通过多轮筛选，得到127个阳性克隆，按照相互位置关系，绘制了4个连续的克隆重叠群。该研究为深入了解极大节旋藻分子遗传特性和绘制物理图谱奠定了基础。 展开更多
关键词 极大节旋藻 fosmid文库 序列标签位点(SIS) 功能基因 重叠群 物理图谱
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稻曲病菌基因组DNA提取方法比较与小文库构建 被引量：6
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作者 伏荣桃 王剑 +4 位作者 陈诚 龚学书 卢代华 罗曦 郑爱萍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期102-106,共5页
水稻稻曲病是由稻曲病菌引起的真菌病害,现已成为水稻重要的病害之一。旨在寻找一种最佳的稻曲病菌基因组DNA提取方法,并构建基因组小文库。采用CTAB、SDS和真菌DNA试剂盒3种提取方法提取稻曲病菌基因组DNA,并用Illumina系统测序分析,... 水稻稻曲病是由稻曲病菌引起的真菌病害,现已成为水稻重要的病害之一。旨在寻找一种最佳的稻曲病菌基因组DNA提取方法,并构建基因组小文库。采用CTAB、SDS和真菌DNA试剂盒3种提取方法提取稻曲病菌基因组DNA,并用Illumina系统测序分析,构建基因组小文库。结果显示,CTAB提取法能得到高质量的基因组DNA,小文库测序组装共得29 350288碱基(bp)和17 908 Scaffold,总碱基的GC含量为49.79%。CTAB提取法是稻曲病菌基因组DNA最佳的提取方法,基因组小文库成功的构建为稻曲病菌的基因组gap的填补和致病相关基因的鉴定提供了数据资源。 展开更多
关键词 稻曲病菌 CTAB SDS 基因组小文库
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灰树花总DNA的制备及基因组文库的构建 被引量：10
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作者 徐志祥 程度 李宝健 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期711-713,共3页
灰树花是一种珍贵的药用真菌,因为多糖含量较高,较难获得高质量的总DNA,本文提出了一种制备高质量灰树花总DNA及构建灰树花基因组文库的方法。该方法制备的灰树花总DNA,经Sau3AⅠ酶切后,用于构建基因组文库,可得到2×105个转化子/50... 灰树花是一种珍贵的药用真菌,因为多糖含量较高,较难获得高质量的总DNA,本文提出了一种制备高质量灰树花总DNA及构建灰树花基因组文库的方法。该方法制备的灰树花总DNA,经Sau3AⅠ酶切后,用于构建基因组文库,可得到2×105个转化子/50mg,平均插入片段为14kb。为下一步克隆灰树花中的基因以及进行其他分子生物学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 灰树花 DNA提取 基因组文库
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土壤宏基因组文库的构建及格尔德霉素类PKS基因的初步筛选 被引量：5
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作者 林灵 陈菲菲 +2 位作者 王以光 赫卫清 王相晶 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期426-430,共5页
目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌... 目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌落PCR方法直接筛选所获得的宏基因组文库。结果成功构建了土壤宏基因组文库,获得约6800个克隆子,其平均插入片段在25kb以上,覆盖至少170Mb的基因组信息。通过PKS基因筛选,获得了新的PKS基因片段。结论本文报道了土壤宏基因组文库的成功构建,并为利用宏基因组技术寻找新的聚酮类次级代谢产物的生物合成基因,以便于其异源表达或组合生物合成新的聚酮类次级代谢产物奠定基础。 展开更多
关键词 宏基因组文库 PKS 土壤
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