热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析

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作者 苏群 赵家惠 +7 位作者 王虹妍 喇燕菲 方明雅 盛威 石林 唐毓玮 田敏 王凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期407-415,共9页

【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以... 【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。 展开更多

关键词 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 Survey测序 K-mer分析

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X线对舌鳞癌细胞系Tca8113端粒长度影响的动态观察 被引量：4

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作者 谢谦 黄洪章 +3 位作者 魏菁 毛永林 胡晓文 余东升 《中山大学学报（医学科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期454-457,共4页

【目的】探讨放射线对人舌鳞癌细胞系Tca8113端粒长度变化的影响。【方法】采用流式原位杂交法(FLOW-FISH)检测Tca8113细胞的端粒相对长度(RTL)。【结果】与未照射细胞相比,经X线处理后,Tca8113细胞RTL值明显下降(P<0.05);在照射后1h... 【目的】探讨放射线对人舌鳞癌细胞系Tca8113端粒长度变化的影响。【方法】采用流式原位杂交法(FLOW-FISH)检测Tca8113细胞的端粒相对长度(RTL)。【结果】与未照射细胞相比,经X线处理后,Tca8113细胞RTL值明显下降(P<0.05);在照射后1h至3h间,不同照射剂量的细胞RTL值均有一定程度上升;5h时,除2Gy组外,其它各照射剂量组的RTL值均下降。【结论】经X线照射后,Tca8113细胞端粒明显缩短。端粒缩短可能是放射损伤的机制之一。 展开更多

关键词 TCA8113细胞 舌鳞癌细胞 X线照射 端粒长度 动态观察 照射剂量 原位杂交法 相对长度 放射线 变化

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荧光原位杂交技术和流式细胞仪在菌斑中致龋性变形链球菌定量检测中的应用 被引量：16

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作者 姜云涛 梁景平 +1 位作者 李超伦 叶冬霞 《口腔医学研究》 CAS CSCD 2006年第1期1-4,共4页

目的：建立快速定量检测菌斑中主要致龋菌变形链球菌的方法，为龋齿活跃性评估提供参考数据。方法：收集无龋（caries free，CF）和高龋（caries susceptible，CS）儿童牙菌斑各15例，将不同荧光素标记的寡核苷酸探针：细菌通用探针和... 目的：建立快速定量检测菌斑中主要致龋菌变形链球菌的方法，为龋齿活跃性评估提供参考数据。方法：收集无龋（caries free，CF）和高龋（caries susceptible，CS）儿童牙菌斑各15例，将不同荧光素标记的寡核苷酸探针：细菌通用探针和变形链球菌特异性探针进行荧光原位杂交，结合流式细胞仪检测菌斑中变形链球菌所占的比例。结果：在无龋儿童菌斑中，变形链球菌在总菌中所占比例数是1．24％～3．4％（2．25±0．71），而在高龋儿童菌斑中比例为5．04％-9．7％（7．37±1．34），两组比较有着明显的统计学差异（P〈0．01）。结论：流式细胞仪结合荧光原位杂交技术，可作为一种细菌定量检测方法应用于致龋性变形链球菌的定量分析中。 展开更多

关键词 荧光原位杂交 流式细胞仪 寡核苷酸探针 变形链球菌 激光共聚焦显微镜

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流式细胞术检测活性污泥中微生物的群落结构 被引量：4

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作者 赵现方 陈林海 +1 位作者 李宗义 王振河 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期124-127,共4页

为了进一步了解活性污泥菌群结构及其功能,为污水处理的正常运转提供理论参考,本实验采用荧光原位杂交技术和流式细胞术对活性污泥细胞悬浊液进行微生物细胞检测分析,结果发现污泥中α-,β-和γ-变形杆菌亚纲和丛毛单胞菌属的微生物相... 为了进一步了解活性污泥菌群结构及其功能,为污水处理的正常运转提供理论参考,本实验采用荧光原位杂交技术和流式细胞术对活性污泥细胞悬浊液进行微生物细胞检测分析,结果发现污泥中α-,β-和γ-变形杆菌亚纲和丛毛单胞菌属的微生物相对含量分别为15.09%,20.50%,12.00%和8.37%;这表明β-变形杆菌亚纲的含量最高,为活性污泥中的优势菌群. 展开更多

关键词 流式细胞术 活性污泥 荧光原位杂交

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五联综合诊断技术对骨髓增生异常综合征诊断价值的临床研究 被引量：5

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作者 刘灵 杨再林 +1 位作者 陈洁平 张勇 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1208-1212,共5页

目的探讨骨髓涂片、骨髓活检、染色体核型显带分析、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)及流式细胞术(flow cytometry,FCM)五联综合诊断技术单用和联用对骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)的诊断... 目的探讨骨髓涂片、骨髓活检、染色体核型显带分析、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)及流式细胞术(flow cytometry,FCM)五联综合诊断技术单用和联用对骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)的诊断价值。方法收集2010年10月至2013年11月在我院经细胞形态学、免疫学、细胞遗传学及分子生物学(morphologie,immunophenotypie,cytogenetic,molecular,MICM)联合检测,并根据WHO造血组织和淋巴系统肿瘤分类的标准确诊为MDS的患者情况,并分析单项(骨髓涂片)、双联(骨髓涂片+活检)、三联(骨髓涂片+活检+染色体)、四联(骨髓涂片+活检+染色体+FISH)和五联(骨髓涂片+活检+染色体+FISH+FCM)诊断符合率及其在分型、预后评估中的作用。结果在248例确诊的MDS患者中,双联诊断符合率为79.44%,三联和四联诊断符合率分别为87.10%、88.71%,五项联合诊断符合率可高达93.15%,均高于骨髓涂片单项诊断符合率(59.27%,P<0.05)。在MDS亚型分型及预后评估方面,五项联合应用辅以骨髓纤维组织的有无及增生程度、染色体核型情况及其复杂程度、抗原异常表达这3个参数均有助于提高MDS诊断及预后评估的准确性。结论应用MICM五联综合诊断技术能有效提高MDS诊断水平,对其亚型分型、预后治疗评估具有重要的临床价值。 展开更多

关键词 骨髓增生异常综合征 骨髓涂片 骨髓活检 染色体分析 荧光原位杂交 流式细胞术

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利用流式荧光原位杂交法测定细胞端粒长度 被引量：4

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作者 黄馨 石桂英 +1 位作者 陈显达 鞠振宇 《中国比较医学杂志》 CAS 2010年第7期67-71,共5页

目的建立利用流式荧光原位杂交法检测细胞端粒长度的技术方法。方法以端粒酶敲除的G3小鼠和同龄野生型小鼠为检测对象,分离其外周血中的单个核细胞后与肽核酸荧光探针杂交,用流式细胞仪采集和分析其端粒长度,分别用荧光原位杂交方法和SY... 目的建立利用流式荧光原位杂交法检测细胞端粒长度的技术方法。方法以端粒酶敲除的G3小鼠和同龄野生型小鼠为检测对象,分离其外周血中的单个核细胞后与肽核酸荧光探针杂交,用流式细胞仪采集和分析其端粒长度,分别用荧光原位杂交方法和SYBR Green荧光定量PCR方法验证其准确性。结果流式荧光原位杂交法测定G3小鼠细胞端粒相对长度与C57BJ/6野生型小鼠相比为0.5345,荧光定量PCR测定端粒相对长度为0.5717,结果基本一致。结论流式细胞术与原位杂交方法结合起来检测细胞端粒的平均长度可靠易行,对单个核细胞端粒平均长度的检测有较高的实用性。 展开更多

关键词 流式荧光原位杂交法 端粒 PNA探针

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流式-荧光原位杂交技术在骨髓增生异常综合征患者骨髓CD34^+细胞相对端粒长度检测中的应用 被引量：4

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作者 郭天姣 孙婉玲 +4 位作者 张维 马晓彩 刘聪艳 贺景娟 徐娟 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期1195-1199,共5页

本研究旨在初步探讨流式-荧光原位杂交(Flow-FISH)技术在骨髓增生异常综合征(MDS)患者骨髓细胞亚群端粒长度测定中的可行性。7例初治低危MDS患者为实验组,7例年龄、性别匹配的营养性贫血患者为对照组。收集肝素抗凝骨髓,以Molt-4细胞株... 本研究旨在初步探讨流式-荧光原位杂交(Flow-FISH)技术在骨髓增生异常综合征(MDS)患者骨髓细胞亚群端粒长度测定中的可行性。7例初治低危MDS患者为实验组,7例年龄、性别匹配的营养性贫血患者为对照组。收集肝素抗凝骨髓,以Molt-4细胞株为内对照细胞,以CD34-Alexa Fluor647标记细胞表面抗原,高温变性DNA后与FITC标记端粒探针进行荧光原位杂交,DNA复染后,采用四色流式细胞术检测骨髓有核细胞和CD34+细胞的相对端粒长度(RTL)。结果显示:实验组和对照组骨髓有核细胞经变性、杂交后,可进行细胞亚群的端粒长度检测。检测结果显示MDS患者骨髓CD34+细胞RTL显著短于骨髓有核细胞(P=0.001);与对照组相比,MDS患者骨髓有核细胞RTL及CD34+细胞RTL均显著缩短(P分别为0.020和0.002)。结论:通过耐热荧光抗体对特定细胞进行标记,Flow-FISH技术可用于细胞亚群RTL检测,值得进一步探索。 展开更多

关键词 流式-荧光原位杂交 相对端粒长度 骨髓增生异常综合征 CD34+细胞

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流式-原位杂交方法在中国骨髓衰竭综合征患者端粒长度检测中的应用 被引量：5

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作者 刘博 崔巍 +3 位作者 韩冰 汪玄 林洁 赵永强 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期547-550,共4页

目的评估流式-原位杂交(Flow-FISH)方法在中国骨髓衰竭综合征(BMF)患者端粒长度检测中的应用价值。方法采用Flow-FISH方法检测8例中国BMF患者外周血单个核细胞端粒长度和其中3例再生障碍性贫血(AA)患者的粒细胞端粒长度,并分别与相应年... 目的评估流式-原位杂交(Flow-FISH)方法在中国骨髓衰竭综合征(BMF)患者端粒长度检测中的应用价值。方法采用Flow-FISH方法检测8例中国BMF患者外周血单个核细胞端粒长度和其中3例再生障碍性贫血(AA)患者的粒细胞端粒长度,并分别与相应年龄、性别的正常对照值进行比较。采用Southern blot方法检测3例患者外周血有核细胞端粒长度,并与其Flow-FISH检测结果进行比较。结果8例患者中,有5例患者的外周血单个核细胞端粒长度较正常人缩短;其中3例AA患者外周血单个核细胞和粒细胞端粒长度较正常人的缩短程度均不一致。3例同时行Flow-FISH和Southern blot检测的患者中有2例检测结果一致。结论Flow-FISH方法可用于中国BMF患者端粒长度的检测。 展开更多

关键词 骨髓衰竭综合征 端粒长度 流式-原位杂交

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AIB1基因在卵巢癌中的扩增与蛋白表达及其临床意义 被引量：3

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作者 蒋林芳 谢丹 +2 位作者 杨国奋 徐方平 肖柳珍 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期559-561,共3页

目的:探讨AIB1基因在卵巢癌中的基因扩增与蛋白表达及其临床意义。方法:运用荧光原位杂交、免疫组化和流式细胞学方法,对80例卵巢癌组织中AIB1基因的扩增与表达和DNA倍性进行检测,结合肿瘤的临床病理学资料,分析其相关性。结果:80例卵... 目的:探讨AIB1基因在卵巢癌中的基因扩增与蛋白表达及其临床意义。方法:运用荧光原位杂交、免疫组化和流式细胞学方法,对80例卵巢癌组织中AIB1基因的扩增与表达和DNA倍性进行检测,结合肿瘤的临床病理学资料,分析其相关性。结果:80例卵巢癌中,有28例(35%)出现AIB1蛋白的过度表达,而且与肿瘤的Silverberg氏分级和FIGO分期均有显著的相关性(P<0.05),其中44%的Silverberg氏G2～3级和46%的FIGOⅢ～Ⅳ期卵巢癌出现AIB1蛋白的过度表达,其阳性率明显高于G1级(13%)和FIGOⅠ～Ⅱ期(14%)的肿瘤;在FISH检测中,9%的卵巢癌出现AIB1基因扩增。另外,89%的AIB1蛋白过度表达的卵巢癌表现为非整倍体的DNA含量。结论:卵巢癌中AIB1蛋白过度表达与肿瘤的病理分级、临床分期和染色体不稳定性密切相关。 展开更多

关键词 卵巢肿瘤 AIB1基因 荧光原位杂交 免疫组织化学 流式细胞学

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基于流式细胞术与基因组Survey分析白及基因组大小及特征 被引量：5

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作者 杨渊 黄明进 +5 位作者 王大昌 阮宝丽 杨秋悦 杨洋 罗影子 覃玉强 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3677-3682,共6页

目的研究白及的核型、基因组大小等特征信息。方法双色荧光原位杂交分析白及的染色体核型;以番茄为内参,流式细胞术检测白及基因组大小;基因组Survey分析获得白及基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息。结果DAPI荧光染色及端粒荧光... 目的研究白及的核型、基因组大小等特征信息。方法双色荧光原位杂交分析白及的染色体核型;以番茄为内参,流式细胞术检测白及基因组大小;基因组Survey分析获得白及基因组大小、杂合率、GC含量等生物学信息。结果DAPI荧光染色及端粒荧光原位杂交发现白及染色体为二倍体,染色体类型为sm和st型,核型类型为2C。rDNA荧光原位杂交发现白及染色体有1对显示较强的5S rDNA位点和1对18S rDNA位点,5S rDNA位点位于2个同源染色体间隙,18S rDNA位点位于染色体短臂的次缢痕部位。白及基因组大小为2.37 Gb,同时全基因Survey分析得到有效数据60.11 Gb,经过K-mer分析修正及Genomescope评估,白及基因组大小约为2.53 Gb,杂合率约为1.099%,重复序列约占67.45%,GC含量为36.11%,总测序深度为23.73。结论本研究首次获得白及基于5S rDNA和18S rDNA荧光原位杂交核型及增补了白及属植物的基因组大小数据,为白及后续的物种分类、种群进化研究及全基因组测序、组装及去冗余处理等工作提供基础参考数据。 展开更多

关键词 白及 基因组调查 流式细胞术 K-mer分析 双色荧光原位杂交

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QUARTET突变四倍体拟南芥的获得与表型分析 被引量：1

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作者 何硕康 罗泽伟 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期119-125,共7页

为了将四分子分析应用于多倍体遗传重组的研究,本研究从qrt1基因突变的二倍体Columbia(Col)与Landsberg erecta(Ler)生态型拟南芥出发,利用秋水仙素诱导核基因组加倍,利用流式细胞技术及荧光原位杂交技术筛选出成功加倍的qrt1基因突变... 为了将四分子分析应用于多倍体遗传重组的研究,本研究从qrt1基因突变的二倍体Columbia(Col)与Landsberg erecta(Ler)生态型拟南芥出发,利用秋水仙素诱导核基因组加倍,利用流式细胞技术及荧光原位杂交技术筛选出成功加倍的qrt1基因突变的四倍体Col与Ler生态型拟南芥。并对其进行营养及生殖相关表型分析。首先qrt1突变抑制了侧根数量、基部侧枝数量以及莲座叶片面积。其次,四倍体莲座叶片面积、花粉、花药以及种子更大,侧根及茎基部分枝减少,抽薹时间推迟,每株果荚数与每果荚种子数更少,但种子发芽率都接近100%。倍性还对某些表型的影响具有背景依赖性,如对主茎分支数量、最终株高以及果荚长度的影响在Col与Ler生态型中表现不同。 展开更多

关键词 拟南芥 Quartet1 四分子分析 流式细胞技术 荧光原位杂交 表型分析

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