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Myocardin-Related Transcription Factor A Mediates OxLDL-Induced Endothelial Injury 被引量:12
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作者 Fang, Fei Yang, Yuyu +4 位作者 Yuan, Zhibin Gao, Yuqi Zhou, Jiliang Chen, Qi Xu, Yong 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期842-842,共1页
关键词 动脉粥样硬化 内皮损伤 低密度脂蛋白 细胞反应
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原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析 被引量:15
2
作者 翟亚男 许泉 +1 位作者 郭亚 吴强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期323-336,共14页
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)... 哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。 展开更多
关键词 原钙粘蛋白基因簇 转录因子CTCF CTCF结合位点 染色质拓扑结构域CCD 基因表达调控
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p27^(Kip1)基因启动子区的生物信息学分析 被引量:15
3
作者 管晓翔 陈巍魏 +1 位作者 陈龙邦 王靖华 《医学研究生学报》 CAS 2010年第10期1029-1032,共4页
目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测... 目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果该基因启动子序列全长为3568 bp,核苷酸数据库(Gen-Bank)登录号为E26053。p27Kip1启动子序列中CpG岛存在于2544~2845 bp、2876~3511 bp处,CpG岛的存在会抑制p27Kip1启动子的转录。p27Kip1启动子共有16个转录因子。结论基因启动子相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 展开更多
关键词 p27Kip1启动子区 DNA甲基化 转录因子结合部位 生物信息学分析
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关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选 被引量:4
4
作者 张雯 许厚强 +4 位作者 陈伟 陈祥 桓聪聪 夏丹 周迪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1259-1267,共9页
本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利... 本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。 展开更多
关键词 MyoDI基因 转录因子结合位点 启动子 细胞核提取物 生物信息学分析
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生物信息学在基因转录调控研究中的应用 被引量:10
5
作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期668-672,共5页
Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of com... Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of computational methods and related databases. The current computational approaches in promoter prediction, transcription factor binding site identification, composite elements prediction, co-regulation of gene expression analysis and phylogenetic footprinting in the regulatory region analysis are discussed in this review. 展开更多
关键词 生物信息学 转录因子结合部位 基因 调节
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牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测 被引量:2
6
作者 苏红 侯晓慧 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期75-80,共6页
利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了... 利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明,牛Gtl2基因与绵羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测,在线软件对牛Gtl2基因的5′侧翼序列进行分析,得出了潜在的启动子区域,这些区域含有TATA,CAAT框和GC框,并存在一些转录因子结合位点,而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调控有关。 展开更多
关键词 牛Gtl2基因 生物信息学分析 启动子 转录因子结合位点
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雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶(bkt)启动子功能分析(英文) 被引量:2
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作者 魏炜 梁成伟 秦松 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期747-751,共5页
单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(... 单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(-617/-309)启动子区域的转录因子结合位点并发现在-396/-338的59bp探针存在特异的核蛋白结合位点。通过序列分析,发现此59bp区域并不包含TATA或者CAAT-box,而是存在对光、缺氧、p-香豆酸及激素反应的G-box。 展开更多
关键词 凝胶阻滞 雨生红球藻 bkt 启动子 转录因子结合位点
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利用转录因子结合位点识别人类肿瘤特异性启动子研究 被引量:1
8
作者 王琦 李伟鹏 +1 位作者 黄仲曦 杨琳 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第11期1323-1325,共3页
目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识... 目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识别特征,进行肿瘤特异性启动子的识别。结论该方法具有较高的准确性,在保证对训练集合90%以上的识别率的情况下,对测试集合的识别率达到80%以上。 展开更多
关键词 转录因子结合位点 肿瘤 特异性启动子 真核基因
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非编码DNA序列的功能及其鉴定 被引量:5
9
作者 秦丹 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1253-1264,共12页
非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机... 非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述,介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术,并对非编码DNA未来的研究进行了展望。 展开更多
关键词 非编码DNA序列 基因表达调控 功能元件 转录因子结合位点 非编码RNA 表观遗传学
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鸡NLRC5启动子区转录调控序列的初步研究
10
作者 张莘 郭晓敏 +6 位作者 常国斌 朱鹏飞 徐璐 仇玲玲 张扬 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期395-400,共6页
为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSF... 为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSFAC,JASPAR和Meth Primer预测该区域的转录因子结合位点和CpG岛。结果显示,NLRC5启动子有2个核心区域,分别是1—617和1448—2108。第一个核心区域内存在3个SNPs,其中SNP1影响转录因子Hic1的结合序列,但SNPs对CpG岛不产生影响,表明NLRC5基因的启动子区的调控可能受不同因素的影响,但SNPs并不在甲基化的水平上影响启动子的活性。 展开更多
关键词 NLRC5启动子 SNPS 转录因子结合位点 CPG岛
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鸡Lpin1基因5'侧翼区微卫星变异的鉴定
11
作者 张建宏 张淑平 +2 位作者 陈文 康相涛 黄艳群 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期61-67,共7页
为了掌握鸡Lpin1基因组内微卫星的分布特性,采用SSR hunter软件搜索位于鸡Lpin1基因组序列内的微卫星序列,并采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合克隆测序的方法对位于预测的启动子区域的复合微卫星进行了研究.结果表明,从鸡Lpin1基因组... 为了掌握鸡Lpin1基因组内微卫星的分布特性,采用SSR hunter软件搜索位于鸡Lpin1基因组序列内的微卫星序列,并采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合克隆测序的方法对位于预测的启动子区域的复合微卫星进行了研究.结果表明,从鸡Lpin1基因组内搜索到9个微卫星,其分布频率为每5.5 kb 1个微卫星;对位于鸡Lpin1基因的5'侧翼区(预测的启动子区域附近)的复合微卫星(命名为CLP532)进行多态性研究,共检测到7个等位基因,其序列长度变异在25 bp.从6个鸡品种(固始鸡、河南斗鸡、卢氏鸡、白洛克、来航鸡、丝毛乌骨鸡)中检测到CLP532微卫星的6种等位基因.TFSEARCH软件预测CLP532微卫星长度的变异可引起鸡Lpin1基因转录因子结合位点的改变.研究结果显示,鸡Lpin1基因组内存在丰富的微卫星,CLP532微卫星具有丰富的多态,CLP532微卫星长度变异对鸡Lpin1基因的表达调控具有潜在重要的作用. 展开更多
关键词 Lpin1基因 微卫星变异 转录因子结合位点
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鱼类基因启动子的研究进展 被引量:8
12
作者 杜小溪 高祥刚 +2 位作者 陈潘海 汪洋 赫崇波 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期12-16,共5页
启动子是基因的一个重要组成部分,控制基因的转录和表达。人们已经普遍认识到可以通过研究基因启动子来改变生物的特征,提高其优良性状。所以近年来,随着对启动子研究的不断深入,人们对鱼类基因启动子的分子结构、功能及其应用有了更多... 启动子是基因的一个重要组成部分,控制基因的转录和表达。人们已经普遍认识到可以通过研究基因启动子来改变生物的特征,提高其优良性状。所以近年来,随着对启动子研究的不断深入,人们对鱼类基因启动子的分子结构、功能及其应用有了更多地了解。重点介绍鱼类启动子的特点,阐述启动子在鱼类代谢,生长发育和免疫中的应用以及双向启动子在转基因鱼研究中的应用。 展开更多
关键词 鱼类 基因 启动子 转录因子结合位点 转录因子
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牛Meg8基因5′末端的克隆及生物信息学分析 被引量:2
13
作者 侯晓慧 苏红 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期81-86,共6页
利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马... 利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列(GenBank登录号:HQ407410~HQ407413),序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现:在人、绵羊、鼠、猪、狗和马这几个物种中,牛Meg8基因5′侧翼区与绵羊相似性最高,为80.45%;该区域内存在2个SINEs、1个Si mple repeat,未发现CpG岛;可能存在2个启动子位点,位于牛Meg8基因的Exon1前3 402~4 118 bp和1 200~1 367 bp处,并富含Sp1、SRY、CdxA、GATA-1、MZF1等多个潜在的转录因子位点。Meg8基因5′侧翼区密集存在的转录因子可能与基因的转录起始有关。可变剪接体及侧翼区域的诸多转录因子可能是Meg8基因行使调控功能的原因,本研究结果将为阐明该基因的功能及其调控机理提供分子基础。 展开更多
关键词 Meg8基因 5′RACE 可变剪接 启动子 转录因子结合位点
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哺乳动物细胞POLK、POLH、POLI基因对甲基硝基亚硝基胍的应答反应及其启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析 被引量:2
14
作者 蒋余圣 钱羽力 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1249-1255,共7页
目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位。方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变。利用在线生物信... 目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位。方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变。利用在线生物信息学软件,确定它们的启动子区,然后,用转录因子预测软件并结合进化足迹法检出包括启动子区在内的3000bp碱基上游序列中的转录因子结合部位。结果:0.2μmol·L-1MNNG导致细胞POLH和POLI表达水平在处理后6-24h间逐渐上升,升高约1倍;而POLK则呈下降;通过转录因子预测软件分析,在POLK、H和I启动子区分别检出了384个、413个和689个推断的转录因子结合部位;通过进化足迹法分析有效地降低了假阳性率,推断的转录因子结合部位分别下降到158个、80个和40个。结论:低浓度MNNG导致POLH、POLI表达水平升高,而POLK表达水平降低;通过在线软件,我们成功地在POLK,POLH,POLI启动子区分别检出。158、80和40个推断的转录因子结合部位;进化足迹法分析能够有效降低预测软件的假阳性率。 展开更多
关键词 DNA聚合酶类 转录因子结合部位 基因 POLK 基因 POLH 基因 POLI 甲硝基亚硝胍
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hsa-miR-1908上游启动子区的生物信息学分析 被引量:2
15
作者 匡仟卉柠 李景云 +3 位作者 季晨博 郭锡镕 倪毓辉 徐美玉 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期379-383,共5页
目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果... 目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果获取hsa-miR-1908上游启动子序列全长1458bp。miR-1908启动子序列中CpG岛位于(438~756)bp、(836937)bp、(979~1374)bp处,CpG岛的存在会抑制miR-1908启动子的转录。miR-1908有15个转录因子的结合位点。结论miRNA启动子相关生物信息学的研究,提高对启动子的研究效率,为进一步研究miR-1908的转录调控机制提供了重要的信息。 展开更多
关键词 miR-1908启动子区 生物信息学分析 转录因子结合部位
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原核生物转录调控研究技术及进展 被引量:1
16
作者 陈臣 黄芝阳 +2 位作者 于海燕 袁海彬 田怀香 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期54-65,共12页
原核生物基因表达调控主要发生在转录水平,研究原核生物的转录调控有利于了解其基因表达调节机制。近年来,随着分子生物学及相关技术的突破,转录调控研究技术也不断发展,因此主要综述了原核生物转录调控的技术方法及其新进展,包括凝胶... 原核生物基因表达调控主要发生在转录水平,研究原核生物的转录调控有利于了解其基因表达调节机制。近年来,随着分子生物学及相关技术的突破,转录调控研究技术也不断发展,因此主要综述了原核生物转录调控的技术方法及其新进展,包括凝胶电泳迁移率实验、DNase I足迹技术、染色质免疫共沉淀技术、微量热泳动技术、等温滴定量热法及细菌单杂交系统,以期系统地了解这些方法的优缺点和适用性,帮助研究者更好的利用原核生物转录调控为人类造福。 展开更多
关键词 转录调控 相互作用 启动子 转录因子 转录因子结合位点
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