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大豆FAR1/FHY3基因家族鉴定与表达分析
被引量：
1
1
作者
唐晓飞
薛永国
+6 位作者
曹旦
孙建强
刘琦
朱梓菲
栾晓燕
王秀君
刘鑫磊
《大豆科学》
北大核心
2025年第2期40-52,共13页
FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY...
FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY3基因进行全基因组鉴定,对该基因家族的编码蛋白特征、系统发育关系、基因结构、染色体位置、启动子顺式元件以及基因表达模式进行分析。结果表明:在大豆中共鉴定出72个FAR1/FHY3成员,分布在19条染色体上。系统发育分析将其与拟南芥和玉米的FRS蛋白分为5个亚组,保守蛋白质基序和基因结构分析说明蛋白质之间存在进化关系。共线性分析鉴定表明,共有24对基因存在共线性关系。对启动子中的顺式作用元件以及大豆FAR1/FHY3在不同胁迫处理下的表达谱的分析表明,FAR1/FHY3可能在逆境胁迫反应中具有潜在作用。对低温胁迫下表达量差异显著的6个家族成员(A.Glyma.09G012900;B.Glyma.11g088700;C.Glyma.12g052000;D.Glyma.13g211200;E.Glyma.15g125400;F.Glyma.20G156100)进行qRT-PCR分析表明,其表达情况与转录组分析的结果一致。本研究结果可为进一步解析大豆FAR1/FHY3在大豆生长发育及胁迫应答中的功能奠定理论基础。
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关键词
大豆
far1/fhy3
基因家族
表达模式
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职称材料
棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析
被引量：
8
2
作者
袁娜
王彤
+5 位作者
刘廷利
杨郁文
郭月
刘静
张保龙
杜建厂
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2018年第1期1-11,共11页
【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物...
【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物信息学方法对亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich)和陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中的FAR1/FHY3基因进行了全基因组鉴定和分析。【结果】共鉴定出88个FAR1/FHY3基因,其中陆地棉中数量最少。聚类分析将所有成员分为3个亚组。Ka/Ks值表明大部分基因都经历了负选择过程。转录组数据分析发现,大部分FAR1/FHY3基因在棉花叶片中表达,少数在茎、花瓣和花托中表达。陆地棉中的Gh FAR14在4种组织中均有较高水平的表达,且与拟南芥FHY3具有较高的同源性,推测其在陆地棉phyA信号通路的启动过程中可能起到关键作用。【结论】该研究结果有助于了解棉花FAR1/FHY3基因家族的进化与功能,为下一步深入研究该基因家族在棉花生长发育和响应红光信号通路中的分子调控机理提供基础。
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关键词
亚洲棉
雷蒙德氏棉
陆地棉
far1/fhy3
生物信息学
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职称材料
油桃花芽自然休眠诱导期FAR1/FHY3基因的表达分析
3
作者
郇蕾
王旭旭
+2 位作者
刘文海
李玲
高东升
《山东农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
2017年第2期229-235,共7页
FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3(FHY3)和它的同源基因FAR-RED-IMPAIREDRESPONSE 1(FAR1)参与远红光、脱落酸(Abscisic acid,ABA)对拟南芥种子休眠的调节,然而FHY3/FAR1在木本植物花芽休眠中的表达尚不清楚。本研究以八年生‘中油四号’...
FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3(FHY3)和它的同源基因FAR-RED-IMPAIREDRESPONSE 1(FAR1)参与远红光、脱落酸(Abscisic acid,ABA)对拟南芥种子休眠的调节,然而FHY3/FAR1在木本植物花芽休眠中的表达尚不清楚。本研究以八年生‘中油四号’油桃花芽为材料,利用NCBI找出桃树上的FAR1/FHY3同源基因,测定了同源性最高的5个基因在休眠诱导期的表达,并在休眠诱导期分别用脱落酸及远红光处理桃树,荧光定量检测了基因的表达量变化。结果表明,桃中同源性最高的Prupe.3G186100、Prupe.3G186200、Prupe.4G115100、Prupe.3G186000 4个基因在休眠诱导期均有上调,且受ABA诱导表达上调,受远红光诱导表达下调,而Prupe.2G327900在休眠诱导期表达下调,受ABA诱导下调,受远红光诱导上调。我们推测,Pp FRSs基因可能通过不同的模式参与油桃花芽休眠诱导的调控。
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关键词
ABA
花芽休眠诱导
表达分析
远红光
fhy
3
/
far
1
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职称材料
题名
大豆FAR1/FHY3基因家族鉴定与表达分析
被引量：
1
1
作者
唐晓飞
薛永国
曹旦
孙建强
刘琦
朱梓菲
栾晓燕
王秀君
刘鑫磊
机构
黑龙江省农业科学院大豆研究所
黑龙江省农业科学院作物资源研究所
出处
《大豆科学》
北大核心
2025年第2期40-52,共13页
基金
黑龙江省农业科学院科研项目(2020FJZX009)
黑龙江省科研业务费(CZKYF2022-1-B022)。
文摘
FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY3基因进行全基因组鉴定,对该基因家族的编码蛋白特征、系统发育关系、基因结构、染色体位置、启动子顺式元件以及基因表达模式进行分析。结果表明:在大豆中共鉴定出72个FAR1/FHY3成员,分布在19条染色体上。系统发育分析将其与拟南芥和玉米的FRS蛋白分为5个亚组,保守蛋白质基序和基因结构分析说明蛋白质之间存在进化关系。共线性分析鉴定表明,共有24对基因存在共线性关系。对启动子中的顺式作用元件以及大豆FAR1/FHY3在不同胁迫处理下的表达谱的分析表明,FAR1/FHY3可能在逆境胁迫反应中具有潜在作用。对低温胁迫下表达量差异显著的6个家族成员(A.Glyma.09G012900;B.Glyma.11g088700;C.Glyma.12g052000;D.Glyma.13g211200;E.Glyma.15g125400;F.Glyma.20G156100)进行qRT-PCR分析表明,其表达情况与转录组分析的结果一致。本研究结果可为进一步解析大豆FAR1/FHY3在大豆生长发育及胁迫应答中的功能奠定理论基础。
关键词
大豆
far1/fhy3
基因家族
表达模式
Keywords
soybean
far1/fhy3
genetic family
expression pattern
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析
被引量：
8
2
作者
袁娜
王彤
刘廷利
杨郁文
郭月
刘静
张保龙
杜建厂
机构
江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2018年第1期1-11,共11页
基金
江苏省自然科学基金(BK20170604)
江苏省农业科技自主创新(CX(14)2007)
转基因生物新品种培育重大专项(2014ZX0800501B)
文摘
【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物信息学方法对亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich)和陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中的FAR1/FHY3基因进行了全基因组鉴定和分析。【结果】共鉴定出88个FAR1/FHY3基因,其中陆地棉中数量最少。聚类分析将所有成员分为3个亚组。Ka/Ks值表明大部分基因都经历了负选择过程。转录组数据分析发现,大部分FAR1/FHY3基因在棉花叶片中表达,少数在茎、花瓣和花托中表达。陆地棉中的Gh FAR14在4种组织中均有较高水平的表达,且与拟南芥FHY3具有较高的同源性,推测其在陆地棉phyA信号通路的启动过程中可能起到关键作用。【结论】该研究结果有助于了解棉花FAR1/FHY3基因家族的进化与功能,为下一步深入研究该基因家族在棉花生长发育和响应红光信号通路中的分子调控机理提供基础。
关键词
亚洲棉
雷蒙德氏棉
陆地棉
far1/fhy3
生物信息学
Keywords
Gossypium arboretum L.
Gossypium raimondii Ulbrich
Gossypium hirsutum L.
far1/fhy3
bioinformatics
分类号
S562.03 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
油桃花芽自然休眠诱导期FAR1/FHY3基因的表达分析
3
作者
郇蕾
王旭旭
刘文海
李玲
高东升
机构
山东农业大学园艺科学与工程学院
潍坊工程职业学院
作物生物学国家重点实验室
出处
《山东农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
2017年第2期229-235,共7页
基金
山东省自然科学基金(NO.ZR2014CM015)
文摘
FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3(FHY3)和它的同源基因FAR-RED-IMPAIREDRESPONSE 1(FAR1)参与远红光、脱落酸(Abscisic acid,ABA)对拟南芥种子休眠的调节,然而FHY3/FAR1在木本植物花芽休眠中的表达尚不清楚。本研究以八年生‘中油四号’油桃花芽为材料,利用NCBI找出桃树上的FAR1/FHY3同源基因,测定了同源性最高的5个基因在休眠诱导期的表达,并在休眠诱导期分别用脱落酸及远红光处理桃树,荧光定量检测了基因的表达量变化。结果表明,桃中同源性最高的Prupe.3G186100、Prupe.3G186200、Prupe.4G115100、Prupe.3G186000 4个基因在休眠诱导期均有上调,且受ABA诱导表达上调,受远红光诱导表达下调,而Prupe.2G327900在休眠诱导期表达下调,受ABA诱导下调,受远红光诱导上调。我们推测,Pp FRSs基因可能通过不同的模式参与油桃花芽休眠诱导的调控。
关键词
ABA
花芽休眠诱导
表达分析
远红光
fhy
3
/
far
1
Keywords
ABA
bud dormancy induction
expression analysis
far
-red
fhy
3
/
far
1
分类号
S662.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆FAR1/FHY3基因家族鉴定与表达分析
唐晓飞
薛永国
曹旦
孙建强
刘琦
朱梓菲
栾晓燕
王秀君
刘鑫磊
《大豆科学》
北大核心
2025
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析
袁娜
王彤
刘廷利
杨郁文
郭月
刘静
张保龙
杜建厂
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2018
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
油桃花芽自然休眠诱导期FAR1/FHY3基因的表达分析
郇蕾
王旭旭
刘文海
李玲
高东升
《山东农业大学学报（自然科学版）》
CSCD
2017
0
在线阅读
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职称材料
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