基于eDNA宏条形码技术的巢湖夏季鱼类群落结构及多样性

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作者 刘成凤 严云志 +4 位作者 韩胜盼 张家赫 谢平 陈隽 夏午来 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第4期229-237,共9页

应用eDNA宏条形码技术探究鱼类群落结构与环境因子的关系,为水生生物监测以及生态保护提供新的技术手段。2022年8月在巢湖湖区设置了15个采样点进行水样采集,利用eDNA宏条形码技术探究巢湖夏季鱼类群落结构,分析生物多样性,并采用冗余分... 应用eDNA宏条形码技术探究鱼类群落结构与环境因子的关系,为水生生物监测以及生态保护提供新的技术手段。2022年8月在巢湖湖区设置了15个采样点进行水样采集,利用eDNA宏条形码技术探究巢湖夏季鱼类群落结构,分析生物多样性,并采用冗余分析(RDA)探讨其与环境因子的关系。结果共检测到鱼类48种,隶属于7目13科39属,以鲤形目鱼类为主(35种),约占检测鱼类总数的72.92%;鳙(Aristichthys nobilis)和刀鲚(Coilia na-sus)等为优势种;检测到了2种近十年文献报道中传统调查方法没有采集到的物种,分别为赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)和唇䱻(Hemibarbus labeo)。15个采样点的Shannon-Wiener、Simpson、Pielou均匀度指数的平均值分别为1.710±0.375、0.696±0.140、0.504±0.112,3个湖区鱼类的3种多样性指数分布趋势基本相同,差异均不显著。主坐标分析(PCoA)和置换多元方差分析(PERMANOVA)检验结果表明,巢湖不同湖区鱼类群落结构差异不显著(R^(2)=0.13,P=0.53)。冗余分析(RDA)显示,氨氮、水温和溶解氧对巢湖鱼类群落结构变化具有显著影响(P<0.05)。研究表明eDNA宏条形码技术在巢湖鱼类资源监测中具有可行性,在长江流域禁捕环境下可作为一种新的技术手段对鱼类资源进行监测和保护,为今后长江流域开展鱼类资源调查提供新思路。 展开更多

关键词 edna宏条形码技术 鱼类多样性 群落结构 环境因子 巢湖

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对虾养殖池塘沉积物中IHHNV DNA检测方法的评估与应用

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作者 吕若萱 王秀华 +6 位作者 王美凤 连新宇 李晨 许华 尹伟力 贾鹏 杨冰 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期160-169,共10页

对虾传染性皮下和造血组织坏死病毒(IHHNV)是虾类疫病重要病原之一,对对虾养殖业造成危害,其主要检测方法通常通过捕获个体进行分子生物学检测。环境DNA(eDNA)技术可直接从环境样本中快速、经济地监测到目标病原,在水生动物病原检测方... 对虾传染性皮下和造血组织坏死病毒(IHHNV)是虾类疫病重要病原之一,对对虾养殖业造成危害,其主要检测方法通常通过捕获个体进行分子生物学检测。环境DNA(eDNA)技术可直接从环境样本中快速、经济地监测到目标病原,在水生动物病原检测方面的应用得到快速发展。为了评估eDNA技术检测虾类疾病病原IHHNV的有效性和可行性,本研究以不同粒径底质池塘沉积物作为研究对象,结合3种试剂盒进行提取条件优化,评估不同底质下eDNA的提取效果,利用荧光定量PCR检测方法检测IHHNV最低核酸检出量。结果显示,优化的方法对于沙底沉积物中IHHNV的检测灵敏度可达1.52×10^(2)copies/μL,泥底沉积物中IHHNV的检测灵敏度为1.32×10^(2)copies/μL,该方法灵敏度较高,方便可行,不同的池塘沉积物成分最低检测限浓度相差不到一个数量级,对提取效果差异不明显,可用于沉积物中IHHNV的检测。应用优化的eDNA技术和养殖对虾组织样品qPCR方法对养殖环境中IHHNV的存在情况进行调查。结果显示,调查点养殖池塘沉积物和养殖对虾样品中均有IHHNV检出,且存在一定对应关系。该研究对对虾养殖池塘沉积物中IHHNV DNA检测方法的评估与应用提供了可靠的技术手段,为监测养殖动物健康状态提供了科学依据,同时丰富并完善了eDNA方法在虾类病原监测中的应用。 展开更多

关键词 IHHNV 环境dna 沉积物

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基于环境DNA宏条形码技术的大洋河下游鱼类多样性研究

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作者 朱春月 杨培民 +3 位作者 刘忠航 张伯序 胡宗云 张健 《安徽农业科学》 2025年第12期59-64,共6页

为了解大洋河下游水域主要鱼类群落的种类组成和保护其多样性,利用环境DNA宏条形码技术对大洋河下游鱼类进行物种多样性分析。通过对大洋河下游环境DNA(eDNA)样品的采集和高通量测序分析,从大洋河下游水域环境DNA样品中共检测到61种鱼类... 为了解大洋河下游水域主要鱼类群落的种类组成和保护其多样性,利用环境DNA宏条形码技术对大洋河下游鱼类进行物种多样性分析。通过对大洋河下游环境DNA(eDNA)样品的采集和高通量测序分析,从大洋河下游水域环境DNA样品中共检测到61种鱼类,隶属于9目21科52属,其中以鲤形目(Cypriniformes)最多,有34种;其次为虾虎鱼目(Gobiiformes),有10种。在所有鱼类中,相对丰度较高的为白鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鮻(Planiliza haematocheilus)和刀鲚(Coilia nasus),相对丰度共83.85%。总体来看,河口(K)鱼类多样性和丰度较低,岭东段(S)鱼类多样性和丰度较高。与传统捕捞法相比,环境DNA宏条形码技术具有测定灵敏性高等优点,可作为传统渔业资源调查的补充。该研究可以丰富大洋河下游水域鱼类资源的结构功能信息,为系统开展该水域鱼类资源的管理与修复工作提供基础信息支持。 展开更多

关键词 环境dna(edna)技术 鱼类多样性 大洋河

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基于环境DNA技术的珠江中下游鱼类多样性初步研究 被引量：4

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作者 朱书礼 陈蔚涛 +4 位作者 武智 夏雨果 杨计平 李跃飞 李捷 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期120-129,共10页

通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗... 通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗传标记扩增及测序和数据库比对分析等流程检测鱼类多样性。结果表明,6个采样点共检测出30种鱼类,隶属于4目10科27属,其中土著鱼类26种,外来种4种。较已有传统调查数据新检出2种鱼类:美丽沙鳅(Botia pulchra)和齐氏罗非鱼(Oceochromis zillii)。鱼类优势种为子陵吻鰕虎鱼(Rhinogobius giurinus)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、尼罗罗非鱼(O.nilotica)、齐氏罗非鱼、南方波鱼(Rasbora steineri)和鲤(Cyprinus carpio)。根据Shannon指数和Simpson指数显示,eDNA检测九江和桂平站点的鱼类多样性最高,藤县的最低。作为一种新的检测方法,eDNA技术可用于快速检测珠江中下游鱼类的多样性及分布,在实际应用中可将eDNA技术与传统的监测方法相结合,以提供更全面的鱼类生物多样性数据信息。 展开更多

关键词 环境dna(edna) 鱼类多样性 珠江中下游

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基于环境DNA的夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析 被引量：1

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作者 王丹丹 李欣 +1 位作者 宋洁 王旭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1549-1560,共12页

【目的】基于环境DNA(eDNA)进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析,以验证eDNA技术应用于鱼类物种多样性监测的可行性,为鱼类群落动态监测、水域生态健康评估及鱼类物种多样性保护提供技术支持,同时为鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性... 【目的】基于环境DNA(eDNA)进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析,以验证eDNA技术应用于鱼类物种多样性监测的可行性,为鱼类群落动态监测、水域生态健康评估及鱼类物种多样性保护提供技术支持,同时为鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性保护提供基础资料。【方法】于2022年5—8月在鸭绿江流域(丹东段)设5个采样站点,进行4次环境样本采集,经eDNA抽提、PCR扩增、高通量测序和数据库对比注释后,通过R语言(4.1.2)、Tableau 2019.4和PRIMER 6.0等进行夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类多样性分析。【结果】在夏季鸭绿江流域(丹东段)5个采样站点共检测到67种鱼类,隶属于14目30科65属,其中,松江鲈和细鳞鲑已列入《国家重点保护水生野生动物名录》,鲤、鲫、鳙、鲢、草鱼、鮻、武昌鱼、小黄鱼、光泽黄颡鱼、棘头梅童鱼和乌鳢等11种被列入《国家重点保护经济水生动植物资源名录》,香鱼和东北七鳃鳗被列入《国家濒危动物名录》和《辽宁省重点保护野生动物名录》,石川哲罗鲑、鸭绿江茴鱼和花羔红点鲑被列入《中国东北地区珍稀濒危动物志》。鲤、鲫、鲢、草鱼、辽宁棒花鱼、马口鱼、东北雅罗鱼、泥鳅、香鱼、公鱼、大银鱼和杂色杜父鱼等在鸭绿江流域(丹东段)各采样站点组成相似,且均为相对丰度较高的优势物种,是夏季鸭绿江流域(丹东段)的优势鱼类群体。5个采样站点中,以东港站点的Chao1指数、Pielou指数、Shannon指数和Simpson指数最高,丹东站点的Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数最低。【结论】基于eDNA技术检测夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类物种组成及多样性具有可行性和有效性。夏季鸭绿江流域(丹东段)鱼类的生态结构复杂且有波动,尤其是野生珍稀鱼类种质资源保护已迫在眉睫,亟待开展鸭绿江珍稀鱼类资源恢复工作,包括实施禁渔制度,重点研究特有濒危鱼类的人工繁殖技术,以及加强水体生态系统健康监测等。 展开更多

关键词 环境dna(edna) 鱼类 生物多样性 鸭绿江流域(丹东段)

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AeDNA:水生生物eDNA数据库 被引量：8

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作者 陈凯 方成池 +17 位作者 吴志刚 熊凡 俞丹 崔永德 张琪 王宝强 姜传奇 宋立荣 王洪铸 刘焕章 陈晓飞 凌海波 蔡俊雄 李涛 何舜平 缪炜 熊杰 曾宏辉 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1741-1747,共7页

环境DNA (eDNA)技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段,完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前,不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题,如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散,部分参... 环境DNA (eDNA)技术是一种生态和生物多样性监测和评价的新手段,完整和准确的参考序列库是eDNA技术应用于水生生物多样性调查的基础。当前,不同水生生物eDNA参考序列还存在诸多问题,如不同类群使用的标记基因不同且资源较为分散,部分参考序列分类不准确,以及针对我国各类水体中水生生物eDNA参考序列不多等。针对上述问题,研究构建了水生生物eDNA数据库(AeDNA, http://aedna.ihb.ac.cn/)。AeDNA整合了DNA条形码和基因组两种类型参考序列。其中18S、28S、ITS、COΙ、12S、rbcL等各类DNA条形码60余万条,涉及2万余种鱼类、1万余种水生植物、1万余种底栖动物、1万余种浮游动物和1万余种浮游植物;基因组包含线粒体、叶绿体等细胞器基因组6199个及万种鱼类基因组计划和万种原生生物基因组计划所产生的物种基因组。涉及的生境有江、河、湖、海、冰川和温泉等各类水环境,尤其数据库构建团队贡献的6万余条参考序列,具有我国丰富的各类水体生境信息。总体来说, AeDNA是一个数据量大、类群覆盖全、准确性高且具有我国水生生物特色的综合性eDNA参考序列库,是水生态和水生生物多样性监测的重要基础资源。 展开更多

关键词 edna数据库 dna条形码 基因组 edna技术

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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量：12

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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页

水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多

关键词 环境dna技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 edna数据库

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基于环境DNA方法探究巢湖两栖动物多样性及分布特征 被引量：5

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作者 孙晓萱 肖能文 +3 位作者 郭宁宁 高晓奇 张硕 储昭升 《环境科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2310-2323,共14页

两栖动物在食物链和生态系统中具有重要地位,有效评估和监测两栖动物多样性是保护生物多样性的重要环节。该研究于2023年5月在巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境各选取10个调查点位,使用环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术探究两栖... 两栖动物在食物链和生态系统中具有重要地位,有效评估和监测两栖动物多样性是保护生物多样性的重要环节。该研究于2023年5月在巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境各选取10个调查点位,使用环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术探究两栖动物多样性,旨在摸清两栖动物多样性本底数据,探索两栖动物生境偏好与影响分布格局的环境因素。结果表明:①巢湖40个调查点位共检测出两栖动物4科5属7种,泽陆蛙在优势度指数(Y=0.303)和条带数占比(33%)上均表现出一定的优势。②池塘和湿地生境的群落结构相较于河流和农田生境差异性较大,河流生境内的物种丰富度低于其他生境。③泽陆蛙(Fejervarya multistriata)在池塘、农田和湿地生境中都具有一定的优势度,镇海林蛙(Rana zhenhaiensis)偏好池塘生境。④广义加性模型结果表明物种丰富度与海拔、水深均呈显著负相关(P<0.05)。冗余分析表明水宽、水温和pH均显著影响两栖动物的分布格局(P<0.05)。研究显示,巢湖池塘、河流、农田、湿地4种生境间群落结构和优势种存在差异,两栖动物的多样性和分布格局受到多种环境因子的作用,证明了环境DNA可作为调查巢湖两栖动物的有效方法。 展开更多

关键词 两栖动物 环境dna(edna) 环境因子 分布格局

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基于eDNA宏条形码技术的喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性分析 被引量：2

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作者 许龙飞 姚邓雕 +6 位作者 杨原伟 郭星辰 李君轶 姜海波 安苗 董响红 邵俭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2725-2735,共11页

【目的】利用eDNA宏条形码技术探究喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性,并综合评估环境因子对鱼类分布的影响,为喀斯特地区水域鱼类多样性评估提供新方法、新思路,也为红枫湖和阿哈湖鱼类保护管理措施的制定积累基础资料。【方法】以红枫湖... 【目的】利用eDNA宏条形码技术探究喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性,并综合评估环境因子对鱼类分布的影响,为喀斯特地区水域鱼类多样性评估提供新方法、新思路,也为红枫湖和阿哈湖鱼类保护管理措施的制定积累基础资料。【方法】以红枫湖和阿哈湖为代表采集水样,以Tele 02硬骨鱼类通用引物PCR扩增e DNA,在Illumina NovaSeq 6000测序平台完成高通量测序;对优质序列按照98%相似性进行OTU聚类,生成OTUs表格,通过基因注释获得鱼类物种信息,并以R语言分别进行PerMANOVA分析和冗余分析(RDA)。【结果】在红枫湖鉴定出鱼类32种,隶属于5目11科27属,其中鲤形目鱼类18种,红枫湖南、北湖鱼类群落结构差异不显著(R2=0.08,P=0.562>0.05);在阿哈湖鉴定到鱼类33种,隶属于6目12科28属,其中鲤形目鱼类18种,各采样点检出鱼类总数差异不明显,保持在28~32种。现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。红枫湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数(R2)排序为溶解氧(DO)>总溶解固体(TDS)=水温(WT)>pH>离子氨(NH4+),DO(P=0.034)是引起红枫湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子;阿哈湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数(R2)排序为TDS>WT>Tra>NH4+>DO,TDS(P=0.005)是引起阿哈湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子。【结论】现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。eDNA宏条形码技术在喀斯特高原水域鱼类多样性评估方面具有较好的适应性,可快速监测到鱼类群落结构和空间分布,但通用引物可能对某些鱼类存在扩增偏好性;此外,不同人工湖泊水质理化因子特异性较强,研究环境因子与湖泊鱼类群落的关系时应对每个湖泊单独进行评估。 展开更多

关键词 鱼类多样性 edna宏条形码技术 群落结构 环境因子 喀斯特高原人工湖泊

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基于环境DNA的长江中华鲟分布特征探究 被引量：5

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作者 周权 杜浩 +2 位作者 王洁 邵芸 闫振广 《环境工程技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期71-78,共8页

中华鲟(Acipenser sinensis)是我国长江流域的旗舰物种,在长江十年禁渔的大背景下,研究中华鲟无损化检测技术具有重要意义。环境DNA(eDNA)技术是一种环境友好型生物监测技术,可以在不直接观察或捕获生物体的情况下对物种进行检测。从文... 中华鲟(Acipenser sinensis)是我国长江流域的旗舰物种,在长江十年禁渔的大背景下,研究中华鲟无损化检测技术具有重要意义。环境DNA(eDNA)技术是一种环境友好型生物监测技术,可以在不直接观察或捕获生物体的情况下对物种进行检测。从文献中筛选出可以用于检测中华鲟eDNA的特异性引物,于2020年9月在长江中下游选取4个中华鲟常出现的区域,进行各断面立体式采样;提取16个点位的e DNA,使用筛选得到的引物对中华鲟进行eDNA的检测,以探究中华鲟的分布特征。结果显示,成功筛选到1组可以检测中华鲟eDNA的引物,使用该引物成功检测到包括中华鲟在内的长江4种鲟类的eDNA,共计测得约300万条鲟类序列。依据测序结果分析不同断面检测到的中华鲟eDNA的差异,发现宜昌江段断面的中华鲟eDNA最多,洞庭湖口断面最少,且表层和底层水体的中华鲟eDNA检出也有显著差异。筛选得到的引物可以用于中华鲟eDNA的检测,中华鲟e DNA的检测结果与中华鲟的历史调查和洄游特征较为吻合。不同水深条件中华鲟eDNA的检出量有显著差异,表明在今后的调查中采用混合或者立体采样可以更加全面地进行中华鲟eDNA的检测。 展开更多

关键词 中华鲟 特异性引物 环境dna 操作分类单元 长江

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基于环境DNA的涠洲岛周围海域布氏鲸种群分布初探 被引量：1

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作者 郑若丹 陈炳耀 +4 位作者 张帅 麦俊晓 蒋佩文 王文欣 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期36-46,共11页

鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视... 鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视监测难以进行稳定跟踪调查。基于此,结合环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术,监测了不同时期(2022年4月和2023年1月)涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状。研究发现,4月在布氏鲸的热点分布海域(涠洲岛—斜阳岛之间)目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=3),同时在涠洲岛西南海域也发现布氏鲸存在(n=2),其中有1个站位仅eDNA检测到;1月在布氏鲸的热点分布海域目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=1),涠洲岛东部海域仅eDNA检测到布氏鲸存在(n=1)。结果表明,eDNA技术相比目视具有更高的灵敏度,可用于验证布氏鲸的分布,同时发现涠洲岛东部和西南部海域是布氏鲸的潜在热点分布海域。该研究验证了eDNA技术在涠洲岛布氏鲸分布监测上的可行性,进一步明确了涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状,为其种群的高效监测和科学保护提供了基线信息。 展开更多

关键词 环境dna 布氏鲸 种群分布 涠洲岛

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基于环境DNA技术的宜宾江段秋季鱼类多样性研究

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作者 党莹超 李莎 +2 位作者 苏巍 胡凡旭 姜伟 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期894-905,共12页

为探索适用于宜宾江段鱼类多样性研究的新方法,2021年10月25—27日采集金沙江下游向家坝坝下2km至宜宾市李庄古镇的干流区段(简称“宜宾江段”)7个采样断面的水样,使用环境DNA技术检测宜宾江段秋季鱼类多样性。通过环境DNA样品的采集和... 为探索适用于宜宾江段鱼类多样性研究的新方法,2021年10月25—27日采集金沙江下游向家坝坝下2km至宜宾市李庄古镇的干流区段(简称“宜宾江段”)7个采样断面的水样,使用环境DNA技术检测宜宾江段秋季鱼类多样性。通过环境DNA样品的采集和高通量测序分析,从宜宾江段环境DNA样品中共检测出30种鱼类(不包括未鉴定到种水平的2属),隶属于5目12科29属,其中1种为国家级保护鱼类,3种为长江上游特有鱼类;铜鱼属、吻虾虎鱼属、黑鲈属和■属在各个采样的断面均被检测到且为优势属。结果表明,环境DNA技术目前虽还无法完全取代传统鱼类调查方法,但其具有工作效率高、灵敏度高、非侵入性等特点,可作为一种重要的补充工具,适用于相关流域鱼类的多样性研究。本调查结果丰富了宜宾江段鱼类群落的结构功能信息,也为禁渔效果评估奠定了基础数据。 展开更多

关键词 环境dna技术(edna) 宜宾江段 物种检测 鱼类多样性

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环境DNA技术在鱼类资源研究中的应用 被引量：13

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作者 郝雅宾 张爱菊 +1 位作者 刘金殿 顾志敏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期56-62,共7页

环境DNA(Environmental DNA,eDNA)是指从生物体生活环境中直接提取到的不同物种DNA片段的总和,eDNA在鱼类资源研究上越来越热,主要是在鱼类的特异性基因识别片段的基础上,与利用分子手段检测eDNA所获得的识别片段进行比对,进而确定水环... 环境DNA(Environmental DNA,eDNA)是指从生物体生活环境中直接提取到的不同物种DNA片段的总和,eDNA在鱼类资源研究上越来越热,主要是在鱼类的特异性基因识别片段的基础上,与利用分子手段检测eDNA所获得的识别片段进行比对,进而确定水环境中鱼类是否存在的一种技术,是一种新型的生物资源调查手段。与传统方法相比,eDNA技术具高灵敏、低成本、无损伤等优点,能够快速的检测出入侵种、濒危种及稀有种等种类,但也存在一些不足之处,如不能获得目标物种存在或不存在的实时数据、不能获得物种各生长阶段等的生物学特征以及种群结构、不能将"纯种"与杂交种区分开来。eDNA技术对于鱼类资源研究具有颠覆性意义,并展现出良好的发展势头。主要综述了基于eDNA技术在鱼类物种多样性研究、资源量估算和种群分布等研究中的应用进展,以期为渔业资源研究提供一些思考。可以预期,eDNA技术与传统调查方法相结合将成为鱼类资源研究的一个发展趋势。 展开更多

关键词 环境dna edna技术 鱼类资源

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3个树种叶片提取液对木麻黄种子萌发和幼苗生长的影响

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作者 吴东洋 陈灿 +3 位作者 陈桂信 何叶 陈增焰 林晗 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第3期73-82,共10页

探讨木麻黄防护林环境DNA(eDNA)对木麻黄种子萌发和幼苗生长的影响,为林下天然林更新提供理论依据。从木麻黄、台湾相思和湿地松新鲜叶片获得不同质量浓度浸提液(0.01、0.1、0.5 g/mL)和DNA提取液(20、200、2000μg/mL),以及经DnaseⅠ... 探讨木麻黄防护林环境DNA(eDNA)对木麻黄种子萌发和幼苗生长的影响,为林下天然林更新提供理论依据。从木麻黄、台湾相思和湿地松新鲜叶片获得不同质量浓度浸提液(0.01、0.1、0.5 g/mL)和DNA提取液(20、200、2000μg/mL),以及经DnaseⅠ处理的2000μg/mL DNA降解液,观察温室培养皿中3类溶液处理木麻黄种子萌发和幼苗生长情况。1)自体叶片0.1 g/mL浸提液对木麻黄种子萌发产生抑制,并随质量浓度增加而加剧;0.5 g/mL可能为他感物质限制木麻黄种子萌发的阈值,具有低促高抑效应。2)高质量浓度的自体叶片DNA溶液显著抑制木麻黄种子萌发与幼苗生长,2000μg/mL可能为木麻黄种子和幼苗生长的自毒作用阈值。3)非自体叶片DNA溶液对木麻黄种子萌发无显著影响,其叶片浸提液和DNA溶液对木麻黄幼苗根系的伤害均显著高于茎和叶。自体叶片浸提液和高质量浓度DNA溶液均对木麻黄种子萌发和幼苗生长产生显著抑制,化感自毒物质和自体eDNA可能是阻碍木麻黄林天然更新的重要因素。 展开更多

关键词 自毒作用 木麻黄 种子萌发 环境dna 提取液

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环境DNA技术在长江口水生生物监测中的应用潜力 被引量：11

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作者 王学昉 孟维钊 +6 位作者 王丛丛 张云飞 田思泉 高春霞 韩东燕 陈锦辉 吴建辉 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期547-554,共8页

环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术是一种正在蓬勃发展的生物采样监测技术,可以根据需要同时监测特定对象或多种水生生物,因其便利快捷,对检测对象和生态环境友好等优点而在水生生物资源监测中具有广阔的应用潜力。长江口水域作为我... 环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术是一种正在蓬勃发展的生物采样监测技术,可以根据需要同时监测特定对象或多种水生生物,因其便利快捷,对检测对象和生态环境友好等优点而在水生生物资源监测中具有广阔的应用潜力。长江口水域作为我国最大的河口,是诸多水生生物季节性洄游、觅食和栖息的重要场所,因此对该水域水生生物资源的动态变化进行准确监测是开展相应生态保护的必要基础。本文归纳分析了环境DNA技术的监测原理,以及在濒危珍稀物种、入侵物种、生物多样性、资源量和遗传多样性监测方面的应用现状及限制条件,并结合长江口水域监测工作的具体需求,展望了在该水域应用环境DNA技术进行水生生物资源监测的应用前景和研究方向,并提出相关建议。 展开更多

关键词 海洋环境科学 环境dna技术 水生生物资源 监测技术 应用展望 长江口

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基于底栖动物完整性指数的京津冀河流水生态健康评价 被引量：1

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作者 孙梓橦 黄适尔 +2 位作者 唐清文 曹晓峰 李艳红 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第4期208-217,共10页

为评估京津冀地区河流水生态健康状况,采用环境DNA宏条形码技术于2020年9、10、12月对该地区主要河流开展底栖动物监测,并构建底栖动物完整性指数(B-IBI)对水生态健康状况开展综合评价。研究区域涵盖滦河、潮白河、永定河、大清河、子... 为评估京津冀地区河流水生态健康状况,采用环境DNA宏条形码技术于2020年9、10、12月对该地区主要河流开展底栖动物监测,并构建底栖动物完整性指数(B-IBI)对水生态健康状况开展综合评价。研究区域涵盖滦河、潮白河、永定河、大清河、子牙河五大流域,共设置36个监测点位。通过环境DNA技术,监测到京津冀地区河流底栖动物隶属于3门6纲14目30科53属,主要门类为节肢动物、软体动物和环节动物,其中以节肢动物门的昆虫纲检出最多。通过箱线图比较和相关性分析,筛选出总分类单元数、双翅目分类单元数与前二优势分类单元相对丰度总和作为核心指标,形成底栖动物生物完整性(B-IBI)评价指标体系。评价结果显示,京津冀地区河流有11.1%的点位处于健康状态,主要分布在西部和北部山区;58.3%的点位处于较差和差状态,主要分布在东部与南部平原。筛选的3个核心指标可较好地对参照点及受损点进行区分,在京津冀地区有较好的适用性。IBI指数与水体中氨氮浓度呈显著负相关,表明氨氮是影响底栖动物完整性的关键环境因子。研究结果可为京津冀地区河流水环境治理与生态修复提供参考。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码技术 生物完整性指数 底栖动物 水生态健康评价 京津冀地区

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水生生物环境DNA检测技术及其应用 被引量：4

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作者 吴昀晟 唐永凯 +4 位作者 李建林 刘凯 李红霞 王钦 俞菊华 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2018年第4期48-52,58,共6页

水生生物环境DNA(environmental DNA,eDNA)检测技术通过采集、提取、分析水环境中的DNA来检测调查物种的存在,评估调查物种的生物量及其分布,是一种新兴的水生生物资源调查方法。本文综述eDNA检测技术的概念、发展历史,讨论水生生物eDN... 水生生物环境DNA(environmental DNA,eDNA)检测技术通过采集、提取、分析水环境中的DNA来检测调查物种的存在,评估调查物种的生物量及其分布,是一种新兴的水生生物资源调查方法。本文综述eDNA检测技术的概念、发展历史,讨论水生生物eDNA检测技术的应用现状、优势与挑战,并展望其应用前景。 展开更多

关键词 水生生物 环境dna 检测技术 应用

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基于环境DNA宏条形码技术的北京地区鱼类多样性调查和外来鱼种入侵风险评估 被引量：9

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作者 刘波 王浩 +3 位作者 秦斌 范仲儒 熊薇 陈义永 《生物安全学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期220-229,共10页

【目的】调查北京地区鱼类多样性和群落分布及评估外来鱼种的入侵风险。【方法】选取北京地区水库、湖泊和河流3种水体类型共33个采样点,于2020年6月10—17日开展水生态监测,利用环境DNA宏条形码技术对各样点的鱼类多样性和群落结构进... 【目的】调查北京地区鱼类多样性和群落分布及评估外来鱼种的入侵风险。【方法】选取北京地区水库、湖泊和河流3种水体类型共33个采样点,于2020年6月10—17日开展水生态监测,利用环境DNA宏条形码技术对各样点的鱼类多样性和群落结构进行监测和分析,对目前北京地区水生态系统中本地鱼种和外来鱼种进行分类汇总,并评估典型外来入侵鱼种的入侵风险。【结果】本次调查共检测到52种淡水鱼类,隶属于7目22科43属。首先,物种多样性和群落结构(主坐标PCOA分析和相似性ANOSIM分析)结果表明,水库、湖泊和河流3种水体类型的所有鱼类物种多样性和群落结构没有显著差异,不同水体类型中鱼类物种存在同质化现象。优势度分析结果显示,3种水体类型的优势种绝大部分是交叠的,不同水体类型特有的优势种较少。山区自然水体样点的鱼类物种多样性和生物量高于城区各样点,表明人类活动和城市化进程等可能对北京市河流鱼类多样性和群落空间分布产生影响。其次,通过与历史记载比较,北京地区的本地鱼类多样性呈下降趋势。本次检测到39种北京地区的本地原生鱼种,远远低于历史记载(83种)。此外,本次调查发现北京地区外来鱼种的比例大大增加,共检测到13种外来鱼种。其中,尼罗罗非鱼、大口黑鲈、蟾胡鲶、加蓬胡鲶、饰妆铠弓鱼和坦噶尼喀口孵非鲫6种属于外来入侵鱼种。最后,借助FISK V2指标体系对外来入侵鱼类入侵风险进行评估,结果表明,上述6种外来入侵鱼种在北京地区均具有高入侵风险,可对当地物种多样性产生严重影响,需密切关注其种群动态。【结论】本研究利用环境DNA宏条形码技术对北京地区的鱼类多样性开展调查,有助于了解现阶段北京地区鱼类资源的本底数据,同时为原生鱼类的保护和外来入侵鱼类的监管提供科学指导。 展开更多

关键词 环境dna宏条形码技术 物种多样性 群落结构 本地鱼种 外来入侵鱼种 入侵风险

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0~#柴油对斑马鱼基因组DNA和环境DNA遗传毒性的RAPD比较

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作者 张雪 张海波 +4 位作者 苏荣国 汪靖超 佘定懿 宋修涵 沙珍霞 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期764-773,共10页

研究利用随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)技术,以斑马鱼基因组DNA和其养殖水体中的环境DNA(environmental DNA,eDNA)为模板,检测0~#柴油可溶性组分对斑马鱼(Danio rerio)遗传毒性的影响。结果显示,通过基因组... 研究利用随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)技术,以斑马鱼基因组DNA和其养殖水体中的环境DNA(environmental DNA,eDNA)为模板,检测0~#柴油可溶性组分对斑马鱼(Danio rerio)遗传毒性的影响。结果显示,通过基因组DNA和eDNA扩增的RAPD图谱均可检测到0~#柴油对斑马鱼的遗传毒性。在未受到柴油暴露时,斑马鱼基因组DNA和水环境中eDNA在96h内的RAPD图谱均无明显变化;在不同浓度的柴油暴露下,随着暴露时间(0、24h、48h、72h、96h)延长,基因组DNA和eDNA的多态性位点减少,模板稳定性降低;随着柴油浓度(15%、50%、100%)的增加,基因组DNA和eDNA的多态性位点也减少,模板稳定性降低。这表明0~#柴油对斑马鱼基因组DNA和eDNA的遗传毒性均呈现时间-效应和浓度-效应关系,并且无论以斑马鱼基因组DNA还是eDNA为模板,柴油暴露组和未进行暴露的对照组的RAPD扩增图谱条带变化趋势一致。研究结果为通过RAPD技术检测柴油对水生生物的遗传毒性提供了新的研究思路和技术手段。 展开更多

关键词 柴油 斑马鱼 基因组dna edna RAPD 遗传毒性

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基于环境DNA的进口凡纳滨对虾携带水传播虾肝肠胞虫风险评估 被引量：4

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作者 张娜 刘荭 +6 位作者 廖金湾 郑晓聪 郑枢 刘骁 谢艳辉 李家侨 李红权 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期219-228,共10页

【目的】基于环境DNA(eDNA)分析进口凡纳滨对虾携带水传播和运输虾肝肠胞虫(EHP)的风险性,为环境水中疫病监测和风险评估提供参考依据。【方法】取60批进口亲虾携带水用0.45μm硝酸纤维素膜过滤并提取eDNA,挑取10个携带水样滤膜eDNA用... 【目的】基于环境DNA(eDNA)分析进口凡纳滨对虾携带水传播和运输虾肝肠胞虫(EHP)的风险性,为环境水中疫病监测和风险评估提供参考依据。【方法】取60批进口亲虾携带水用0.45μm硝酸纤维素膜过滤并提取eDNA,挑取10个携带水样滤膜eDNA用于凡纳滨对虾物种特异性鉴定,采用实时荧光定量PCR对所有携带水样滤膜进行EHP检测;同时以EHP阳性进口亲虾携带水开展人工感染试验,感染10 d后分别取养殖水样及虾体进行EHP检测;对进口亲虾携带水EHP阳性滤膜进行宏基因组测序分析,采用Krona对物种注释结果进行可视化展示,并将宏基因组测序分析结果与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对分析。【结果】进口亲虾携带水检测结果显示,成功从10个携带水滤膜eDNA扩增出凡纳滨对虾347 bp的特异目的片段,与原始序列片段的相似性达100%;在60批进口亲虾携带水样品中有2批携带水呈EHP阳性。EHP阳性进口亲虾携带水能成功感染虾苗组,且在虾苗肝胰腺组织分离获得成熟的EHP孢子,但亲虾组的虾体EHP检测呈阴性。宏基因组测序得到EHP的物种相对丰度值占真核动物物种的0.7%;与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对,结果获得213个同源EHP氨基酸序列;从进口亲虾携带水样品中分离鉴定获得的EHP与已报道物种黄道蟹肠孢虫(Enterospora canceri)和毕氏肠胞虫(Enterocytozoon bieneusi)的亲缘关系较近,对应的氨基酸序列相似性为别为83%和81%。【结论】进口凡纳滨对虾亲虾携带水具有传播EHP的可能性,即仅针对亲虾虾体进行EHP检测具有不完全性。eDNA检测可用来补充传统的虾体疫病监测方法,作为水环境疫病检测和风险评估的重要手段。 展开更多

关键词 凡纳滨对虾 亲虾 携带水 虾肝肠胞虫(EHP) 环境dna(edna) 风险评估

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