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题名长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析
被引量：4
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作者
刘福利
王飞久
邵展茹
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机构
农业部海洋渔业可持续发展重点实验室
中国水产科学研究院黄海水产研究所
中国科学院海洋研究所
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出处
《海洋科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期587-594,共8页
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基金
公益性行业(农业)科研专项--经济海藻良种产业化技术研究与示范(200903030)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(20603022012014)
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文摘
长囊水云(Ectocarpus siliculosus)是一种重要的海洋褐藻,是褐藻研究的模式生物。以其叶绿体全基因组序列为基础,对密码子使用特征进行分析。结果显示,叶绿体基因组的GC尤其是GC3值较低,分别为31.8%和17.32%,偏向使用以A或T碱基结尾的密码子;全基因组具有较小的有效密码子数(ENC)值和较高的密码子适应指数(CAI)值,表明其具有较高的同义密码子使用偏性;密码子使用特征受到基因表达水平上的自然选择以及基因碱基组成中性突变的双重影响,其中选择的作用对高表达基因密码子使用偏性的影响比较突出,而突变是低表达基因密码子使用偏性的主要影响因素。另外,首次确定UUU,GUU,UCA等12个密码子为长囊水云叶绿体基因组的最优密码子。
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关键词
长囊水云
叶绿体基因组
密码子使用偏性
最优密码子
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Keywords
ectocarpus siliculosus chloroplast genome codon usage bias optimal codon
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分类号
S917.3
[农业科学—水产科学]
Q755
[生物学—分子生物学]
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