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从棉花ESTs数据库中筛选微卫星标记的初步研究 被引量：22
1
作者 李华盛 范术丽 沈法富 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2005年第4期211-216,共6页
利用生物信息学方法在含有94709条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选,共发现微卫星序列4396个,占整个EST数据库的4.64%。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个,分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的29.27%和54.8%。... 利用生物信息学方法在含有94709条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选,共发现微卫星序列4396个,占整个EST数据库的4.64%。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个,分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的29.27%和54.8%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物25对,其中24对引物有扩增产物,17对产物条带比较清晰,对这些条带比较清晰的产物作了一系列的分析。 展开更多
关键词 微卫星标记 ests 棉花 EST数据库 微卫星序列 EST序列 生物信息学 标记筛选 重复序列 碱基序列 序列设计 扩增产物 引物 清晰 条带
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仿刺参体壁、肠和呼吸树全长cDNA文库的构建及部分ESTs初步分析 被引量：4
2
作者 周遵春 赫崇波 +4 位作者 杨爱馥 陈仲 高祥刚 姜北 胡景杰 《水产科学》 CAS 北大核心 2009年第2期55-58,共4页
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库。检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%;插入片段平均长度均大于1kb。证明所建cDNA文库的质量符合... 利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库。检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%;插入片段平均长度均大于1kb。证明所建cDNA文库的质量符合要求。对随机选取的6240个克隆进行5’端测序,得到5913条有效序列(体壁:2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589bp。经过软件拼接,共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列。通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类。为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选奠定了基础。 展开更多
关键词 仿刺参 CDNA文库 构建 ests
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茶树新梢cDNA文库的构建和ESTs测序成功率初步分析 被引量：21
3
作者 陈亮 赵丽萍 高其康 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期18-22,共5页
报道了国内第一个茶树cDNA文库的构建及其EST测序成功率分析。以Trizol一步法从龙井43春茶新梢中提取总RNA,分离纯化富含Poly (A)的mRNA,LD-PCR反转录合成双链cDNA,以λTripEX2为载体,构建了龙井43新梢cDNA文库。以XL1-Blue为受体菌测... 报道了国内第一个茶树cDNA文库的构建及其EST测序成功率分析。以Trizol一步法从龙井43春茶新梢中提取总RNA,分离纯化富含Poly (A)的mRNA,LD-PCR反转录合成双链cDNA,以λTripEX2为载体,构建了龙井43新梢cDNA文库。以XL1-Blue为受体菌测定原始文库的滴度为6.8×105 pfu/ml,总克隆数为3.5×105个,重组率为98.05%,扩增后文库总滴度为7.2×109 pfu/ml。对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5-2.0 kb之间,绝大部分在1.0-1.5 kb左右。文库质量鉴定结果表明,构建的茶树新梢cDNA文库具有较好的库容量、较高的重组率以及较大的插入片段。对4320个克隆的序列测定表明,获得有用序列2963个,测序成功率为68.5%,剔除短序列后,首批共获得1687个茶树ESTs。 展开更多
关键词 茶树 新梢 CDNA文库 ests 测序成功率 基因克隆 序列分析
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基于比较基因组学的玉米ESTs定位方法 被引量：3
4
作者 张祖新 张绍鹏 郑用琏 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期339-344,共6页
描述了以水稻基因组数据和玉米与水稻的比较遗传图谱为桥梁,基于水稻和玉米间存在的标记和序列水平上的广泛的共线性,对大量的玉米ESTs初步定位于玉米连锁群上新方法,为对ESTs开展进一步的基因组学研究和基因克隆提供参考信息。对139条... 描述了以水稻基因组数据和玉米与水稻的比较遗传图谱为桥梁,基于水稻和玉米间存在的标记和序列水平上的广泛的共线性,对大量的玉米ESTs初步定位于玉米连锁群上新方法,为对ESTs开展进一步的基因组学研究和基因克隆提供参考信息。对139条玉米ESTs的定位发现,96条玉米ESTs(69%)可在水稻基因组中找到同源序列,77条ESTs(55%)可使用该策略进行定位,证实了该方法的可行性和有效性。 展开更多
关键词 表达序列标签(ests) 比较作图 基因组 分子标记
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梅花鹿鹿茸尖端组织ESTs分析 被引量：2
5
作者 郝丽 李和平 严历 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期371-377,共7页
文章通过对东北梅花鹿(Cervus nippon hortulorum)鹿茸尖端组织cDNA文库随机测序获得了906条高质量ESTs,906条ESTs拼接后代表了701个Unigenes,其中包括重叠群86个,单拷贝615个。Blast分析显示具已知和推测功能的基因580个(82.7%),通过Ge... 文章通过对东北梅花鹿(Cervus nippon hortulorum)鹿茸尖端组织cDNA文库随机测序获得了906条高质量ESTs,906条ESTs拼接后代表了701个Unigenes,其中包括重叠群86个,单拷贝615个。Blast分析显示具已知和推测功能的基因580个(82.7%),通过Gene Ontology(GO)分类对获得的580个功能基因进行了包括分子功能、生物过程和细胞组分在内的3个层次的功能注释,并根据BLAST的注释结果及进一步的筛选与分析,共得到39条与鹿茸尖端组织生长发育相关的基因。cDNA文库的构建和ESTs分析填补了鹿科动物在NCBI公共数据库上基因组信息的空白,并为科学的开发和利用梅花鹿资源提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 梅花鹿 鹿茸 CDNA文库 表达序列标签(ests) 基因本体论
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圆斑星鲽肌肉和脾脏组织cDNA文库构建及部分ESTs分析 被引量：1
6
作者 李云峰 贺凌 +5 位作者 史晓明 高祥刚 傅立元 王健 刘星 赫崇波 《水产科学》 CAS 北大核心 2010年第5期299-301,共3页
构建了圆斑星鲽肌肉和脾脏组织的cDNA文库,2个文库的库容量分别为5.0×106和1.1×106,重组率为97.3%和93.2%,平均插入片断长度大于800 bp。进行了1002个(肌肉541个,脾脏461个)ESTs测序,得到621个(肌肉192个,脾脏429个)单基因簇... 构建了圆斑星鲽肌肉和脾脏组织的cDNA文库,2个文库的库容量分别为5.0×106和1.1×106,重组率为97.3%和93.2%,平均插入片断长度大于800 bp。进行了1002个(肌肉541个,脾脏461个)ESTs测序,得到621个(肌肉192个,脾脏429个)单基因簇,其中包括110个(肌肉87个,脾脏23个)重叠群和511个(肌肉105个,脾脏406个)单拷贝。BLASTX分析的结果显示,318(51.2%)个基因簇有相关同源性,其他的303个EST(48.8%)无明显的同源性(E值≤E-5)。 展开更多
关键词 圆斑星鲽 CDNA文库 ests
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反向Northern Blotting对小梅山猪下丘脑发育差异表达ESTs的鉴定 被引量：1
7
作者 周春宝 潘孝青 +1 位作者 李霖 丁家桐 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期22-24,共3页
用mRNA差异显示技术从小梅山猪下丘脑不同发育阶段,分离并筛选出3个差异表达ESTs,分别命名为MS01、MS02、MS03。利用地高辛DNA标记与检测技术反向Northern斑点杂交,对分离出来的ESTs进行鉴定结果理想。此法避免了同位素放射性污染,操作... 用mRNA差异显示技术从小梅山猪下丘脑不同发育阶段,分离并筛选出3个差异表达ESTs,分别命名为MS01、MS02、MS03。利用地高辛DNA标记与检测技术反向Northern斑点杂交,对分离出来的ESTs进行鉴定结果理想。此法避免了同位素放射性污染,操作简单,可防止DDRT-PCR过程中假阳性的出现,提高了试验准确性,是一种鉴定差异显示ESTs简单而有效的方法。 展开更多
关键词 小梅山猪 反向Northern BLOTTING 下丘脑 ests 鉴定
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大豆表达序列标签(ESTs)研究进展 被引量：1
8
作者 崔佳欣 孟军 朱荣胜 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期123-126,共4页
大豆是重要的粮油作物,研究大豆基因组结构与功能对于揭示大豆的遗传发育机理及培育高产优质大豆新品种具有重要意义。文章综述了近年来ESTs数据在基因图谱绘制、基因识别、发现SNPs等方面的研究。
关键词 大豆 ests 基因组
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利用荧光mRNA差异显示技术克隆短芒大麦盐胁迫相关基因的ESTs
9
作者 陆一鸣 李彦舫 +3 位作者 白杰英 颜宏利 贺艳 孙树汉 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期203-206,共4页
目的 :获取短芒大麦盐胁迫相关基因的 ESTs。 方法 :应用荧光 m RNA差异显示技术进行筛选 ,并利用反向 North-ern杂交方法对差异片段进行快速鉴定以排除假阳性。结果 :共获得 32个与盐胁迫相关的 c DNA序列 ,并获得 Gen Bank注册号。BL ... 目的 :获取短芒大麦盐胁迫相关基因的 ESTs。 方法 :应用荧光 m RNA差异显示技术进行筛选 ,并利用反向 North-ern杂交方法对差异片段进行快速鉴定以排除假阳性。结果 :共获得 32个与盐胁迫相关的 c DNA序列 ,并获得 Gen Bank注册号。BL AST同源性分析结果表明 ,1 3个与已知基因序列有同源性 ,1 9个为未知 ESTs。其类型分别为 :诱导表达型 ,2 2个 ;增强表达型 ,7个 ;抑制表达型 ,3个。 结论 :通过荧光 m RNA差异显示技术获得了短芒大麦盐胁迫相关基因的 ESTs。 展开更多
关键词 荧光mRNA差异显示技术 克隆 短芒大麦 盐胁迫相关基因 ests 基因表达
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中国蛇岛蝮蛇毒腺cDNA文库ESTs序列测定及生物信息学分析
10
作者 郭春梅 孙明忠 +2 位作者 郑体花 任一鑫 刘淑清 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1522-1527,1553,共7页
前期我们构建了中国蛇岛蝮蛇(Gloydius shedaoensis shedaoensis,GSS)毒腺(GSSG)的cDNA(GSSG-cD-NA)文库。本文从构建的GSSG-cDNA文库阳性重组子中随机挑选了216个单克隆进行5'端表达序列标签(EST)单向测序,获得了211条高质量的EST... 前期我们构建了中国蛇岛蝮蛇(Gloydius shedaoensis shedaoensis,GSS)毒腺(GSSG)的cDNA(GSSG-cD-NA)文库。本文从构建的GSSG-cDNA文库阳性重组子中随机挑选了216个单克隆进行5'端表达序列标签(EST)单向测序,获得了211条高质量的ESTs。生物信息学序列比对分析结果表明84个克隆为已知功能基因,29个克隆为未知功能基因,98个克隆为新基因,分别占总ESTs的39.8%、13.7%和46.5%。成功获得了GSSG的部分ESTs序列,为GSS蛋白活性组分基因的克隆、表达和功能研究奠定了一定基础。 展开更多
关键词 蛇岛蝮 CDNA ests
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反向 Northern Blotting 对绵羊卵巢组织差异表达ESTs的鉴定
11
作者 朱靖 杨娜娜 +1 位作者 柳淑芳 杜立新 《生物技术通报》 CAS CSCD 2005年第2期44-46,共3页
利用地高辛DNA标记与检测技术反向Northern斑点杂交,对小尾寒羊和滩羊卵巢组织差异显示ESTs进行鉴定,避免同位素放射性污染,安全性很高且操作简单,提高了实验的准确性,一种鉴定差异显示ESTs简单而有效的方法。在研究基因表达、比较不同... 利用地高辛DNA标记与检测技术反向Northern斑点杂交,对小尾寒羊和滩羊卵巢组织差异显示ESTs进行鉴定,避免同位素放射性污染,安全性很高且操作简单,提高了实验的准确性,一种鉴定差异显示ESTs简单而有效的方法。在研究基因表达、比较不同环境条件下动物组织的mRNA差异表达等方面具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 Northern ests 差异表达 鉴定 反向 卵巢 绵羊 差异显示 DNA标记 放射性污染 斑点杂交 检测技术 小尾寒羊 基因表达 mRNA 动物组织 环境条件 地高辛 同位素 安全性 准确性
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枣结果枝cDNA文库的构建与部分ESTs分析 被引量：11
12
作者 孟玉平 曹秋芬 +2 位作者 孙海峰 周慧 张春芬 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第5期102-106,共5页
用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性... 用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序列注释的未知蛋白,有41个ESTs是NCBI中没有的未知序列(新基因)。将已知基因进行功能分类,其中包含有参与基础代谢的基因46个,蛋白质合成与转运基因27个,光合作用基因24个,细胞结构基因22个,信号转导基因19个,细胞生长基因19个,抗病防御基因11个,花发育基因6个,膜运输基因4个,金属转运基因2个。抗逆基因的表达可能与枣树本身耐寒、耐旱、耐瘠薄、耐重金属等抵抗不良环境能力强的性状有关。 展开更多
关键词 壶瓶枣 结果枝 CDNA文库 ests分析
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草鱼肠道cDNA文库构建及部分ESTs分析 被引量：18
13
作者 张学俊 屈刚 +6 位作者 朱文漓 张黎 王娟 吴江 刘汉元 陈放 徐恒 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期251-258,共8页
本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料,采用非均一化的Oligo-dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的cDNA文库,对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量至少为2.3×105,重组率达95%,平均插入片断长度大于1000bp。挑取cDNA克隆进行... 本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料,采用非均一化的Oligo-dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的cDNA文库,对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量至少为2.3×105,重组率达95%,平均插入片断长度大于1000bp。挑取cDNA克隆进行5’端测序,总共进行了1571个成功反应,其中1411条ESTs长度大于100bp,初步拼接得到939个单基因簇(Unigene),其中包括188个重叠群(Contigs),751个单拷贝EST(Singletons)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、查询和注释,结果显示418条序列有相关同源性,其他的521(55.5%)条序列没有明显的同源性(E-valu 1.00E-10),但是也同时揭示出在这些ESTs中能够发现新功能基因的相当可能性。本研究结果对草鱼以及其他鲤科鱼类的消化系统功能基因的筛选和发现具有指导意义。此外,草鱼肠道cDNA文库的构建和EST测序工作将为草鱼基因组计划的实施奠定基础。 展开更多
关键词 草鱼 肠道 CDNA文库 EST 测序
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脊尾白虾血细胞ESTs的生物信息学与微卫星序列特征分析 被引量：3
14
作者 段亚飞 张喆 +2 位作者 李吉涛 李健 刘萍 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期562-567,共6页
对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes,包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST分析表明,593(56.3%)条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢... 对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes,包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST分析表明,593(56.3%)条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢途径分析表明,181条Unigenes映射到120条代谢途径。通过EST-SSR分析,共得到416条微卫星序列,检出率为14.58%。其中,两碱基重复序列374条,占89.90%,AG重复类型最多;三碱基35条,占8.41%,AAT重复类型最多;四碱基7条,占1.68%,AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾白虾功能基因资源挖掘及分子标记筛选提供有效数据。 展开更多
关键词 脊尾白虾 血细胞 EST 生物信息学 微卫星
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鳜肌肉组织cDNA文库构建及其ESTs分析 被引量：3
15
作者 蒙涛 丁峰 +4 位作者 褚武英 周瑞雪 宾石玉 胡松年 张建社 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2009年第4期29-33,共5页
以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个... 以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列与NCBI数据库中的其它物种已知序列存在显著的相似性,剩余的634条非冗余序列(占所有非冗余序列的39%)为在鳜中新发现的未找到同源序列的序列。740个基因为能够注释到Gene ontology(Go)中的序列数目。 展开更多
关键词 鳜(Siniperca chutasi) 肌肉 CDNA文库 EST
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烟草ESTs资源的SSR信息分析 被引量：7
16
作者 胡重怡 蔡刘体 陈兴江 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期82-85,93,共5页
烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元。其... 烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元。其中三核苷酸重复类型的SSR占主导地位,占总SSR的50.34%,其次为二核苷酸和单核苷酸,分别为23.00%,16.48%,其余重复类型所占比例均不足5%。在所有重复基元中,A/T重复为主要类型,占所有重复14.68%,其次为AT/TA、AG/TC、AAG/TTC,分别为10.49%、9.48%、6.85%。随机设计10对EST-SSR引物,对6个品种烟草进行扩增,10对EST-SSR引物均能扩增出产物,其中1对引物在6个品种有多态性。本研究为烟草EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草 EST—SSR 重复基元
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基于白木香ESTs的沉香属SSR分子标记引物筛选 被引量：5
17
作者 杨云 张争 +1 位作者 陈波 孟慧 《江西农业学报》 CAS 2014年第5期76-79,共4页
通过对白木香样品的454GS FLX Titanium高通量测序,获取了大量白木香EST序列,从中搜索出956个SSR,根据引物设计标准,设计了44对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,以海南白木香样品的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有22... 通过对白木香样品的454GS FLX Titanium高通量测序,获取了大量白木香EST序列,从中搜索出956个SSR,根据引物设计标准,设计了44对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,以海南白木香样品的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有22对EST-SSR引物能较好地扩增出产物。在沉香属3个种9份样品中进一步对这些可扩增的引物进行多态性初步验证,所筛选引物均可在所有沉香属样品中使用,为后续白木香居群及沉香属植物遗传多样性分析奠定基础。 展开更多
关键词 白木香 EST—SSR标记 多态性引物 筛选
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日本通草蛉cDNA文库构建及部分ESTs分析 被引量：4
18
作者 聂瑞娥 杨星科 刘志琦 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期792-797,共6页
本研究以日本通草蛉Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据。对该文库质量分... 本研究以日本通草蛉Chrysoperla nipponensis(Okamoto)为材料,采用Oligo(dT)引物定向克隆构建cDNA文库并进行EST序列测定,旨在以基因库的形式进行种质资源的保存,为其遗传改良奠定基础,并为探讨其分类地位提供分子依据。对该文库质量分析表明:库容量为1.0×106,重组率为80.0%,平均插入片段为512bp。测序后最终成功得到323条表达序列标签(expressed sequencetags,ESTs)序列,经Phrap程序聚类拼接后得到236条单基因簇(unigene),包括86个重叠群(congtigs)和150个单拷贝(singlets)。使用NCBI中的BlastN和BlastX程序对236条ESTs进行本地化搜索,BlastN的结果表明:180条ESTs(76.3%)没有注解,56条ESTs(23.7%)与GenBank上公布的序列有较高的同源性,其中一条序列被确定为该种的16SrRNA基因,利用MEGA软件构建了基于该16SrRNA序列草蛉科的系统发育树,结果显示通草蛉属Chrysoperla与叉草蛉属Dichochrysa、玛草蛉属Mallada、草蛉属Chrysopa的亲缘关系比较近,这与传统分类相吻合。BlastX的比对结果为197条ESTs(83.5%)有功能注解,39条ESTs(16.5%)无注解或score值小于100。使用GO(geneontology)数据库对236条ESTs序列进行功能注释,结果表明:142条ESTs(59.7%)有注解,并表达出40多种基因产物。 展开更多
关键词 日本通草蛉 CDNA文库 表达序列标签(EST) 序列分析 系统树
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苎麻茎皮表达序列标签(ESTs)分析 被引量：3
19
作者 佘玮 邢虎成 +2 位作者 秦占军 罗中钦 揭雨成 《热带作物学报》 CSCD 2008年第2期198-201,共4页
以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基... 以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基因的EST91条,已知EST37条,新的EST147条,具已知或推测功能的ESTs大致分为9类,其中与蛋白质合成有关的ESTs所占比例最大。cDNA文库的构建和ESTs分析为苎麻功能基因组学研究提供了一条方便快捷的途径。 展开更多
关键词 苎麻 茎皮 表达序列标签(EST)
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基于胡鲇科和鲇科ESTs序列初步筛选兰州鲇EST-SSR分子标记 被引量：3
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作者 魏大为 连总强 +4 位作者 吴旭东 王发新 李力 俞兆曦 杨忠礼 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2015年第5期19-23,共5页
利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目（Siluriformes）中胡鲇科（Clariidae）和鲇科（Siluridea）共2002条EST（Expressed Sequence Tag）序列筛选兰州鲇（Silurus lanzhouensis）微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现20... 利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目（Siluriformes）中胡鲇科（Clariidae）和鲇科（Siluridea）共2002条EST（Expressed Sequence Tag）序列筛选兰州鲇（Silurus lanzhouensis）微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现209个微卫星序列,占整个ESTs数据库的10.44%;其中三碱基重复序列数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的35.62%;二、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的28.31%、25.57%、7.76%、2.74%。根据侧翼序列,设计125对引物,随机选取58对进行扩增鉴定及多态性筛选。结果显示29对引物能稳定扩增,16对引物具有多态性,每个位点等位基因数2-7个（平均3.75）,观测杂合度（Ho）0.133 2-0.732 2（平均0.405 1）,期望杂合度（He）0.198 2-0.848 3（平均0.560 2）,多态信息含量（PIC）0.124 1-0.794 5（平均0.506 5）。研究表明,借用已有鲇形目鱼类ESTs数据库筛选到的兰州鲇微卫星标记质量较好,可为兰州鲇种质资源保护、微卫星连锁图谱构建、经济性状的QTL定位及分子标记辅助育种奠定基础。 展开更多
关键词 兰州鲇(Silurus lanzhouensis) 微卫星标记 表达序列标签(EST) 特征分析
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