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雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较
被引量：
2
1
作者
董薇
杜雄明
赖童飞
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2008年第6期418-424,共7页
利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度...
利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。
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关键词
雷蒙德氏棉
亚洲棉
est拼接
SSR丰度
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题名
雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较
被引量：
2
1
作者
董薇
杜雄明
赖童飞
机构
中国农业科学院棉花研究所
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2008年第6期418-424,共7页
基金
国家973计划项目(2004CB117301)
"十五"国家重点科技攻关计划项目(2004BA525B05)
文摘
利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的EST序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。
关键词
雷蒙德氏棉
亚洲棉
est拼接
SSR丰度
Keywords
Gossypium raimondii
Gossypium arboreum
est
assembly
SSR abundance
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较
董薇
杜雄明
赖童飞
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2008
2
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