棉铃虫幼虫唾液腺cDNA文库的构建及EST分析 被引量：8

1

作者 张帅 崔金杰 +2 位作者 王春义 雒珺瑜 吕丽敏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期625-633,共9页

棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)幼虫唾液中的各种酶类及各种生化组分在棉铃虫与植物相互作用及协同进化中起到重要作用;唾液腺是棉铃虫唾液成分的合成器官。本研究通过构建棉铃虫幼虫唾液腺全长cDNA文库,测序得到1502条EST序... 棉铃虫Helicoverpa armigera(Hübner)幼虫唾液中的各种酶类及各种生化组分在棉铃虫与植物相互作用及协同进化中起到重要作用;唾液腺是棉铃虫唾液成分的合成器官。本研究通过构建棉铃虫幼虫唾液腺全长cDNA文库,测序得到1502条EST序列,聚类分析后获得821个unigenes,为筛选棉铃虫与寄主互作信号因子提供基因信息资源。使用Blast2GO软件对821个unigenes进行了比对和功能注释,初步获得棉铃虫幼虫唾液腺中mRNA的构成特征。结果显示,在棉铃虫唾液腺ESTs文库中,鉴定得到脂类相关消化酶基因17个,糖类相关消化酶基因5个,半胱氨酸蛋白酶基因1个,丝氨酸蛋白酶基因20个(其中16个为新发现),提示唾液腺的主要功能是分泌消化酶进行预消化;还发现在棉铃虫幼虫唾液腺中存在表皮蛋白、气味结合蛋白和化学感受蛋白基因。结果为研究棉铃虫预消化系统打下基础。 展开更多

关键词 棉铃虫 唾液腺 CDNA文库 消化酶 表达谱 est分析

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水分胁迫柠条锦鸡儿叶片均一化全长cDNA文库的构建及EST分析 被引量：5

2

作者 郭九峰 孙国琴 乔慧蕾 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第3期67-71,共5页

柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN... 柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现了脱水素、抗旱相关转录因子等多个抗旱相关基因。 展开更多

关键词 柠条锦鸡儿 干旱处理 均一化全长cDNA文库 est分析

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黄萎病菌诱导海岛棉全长cDNA文库构建及EST分析

3

作者 张艳 丁泽国 +5 位作者 王省芬 张桂荣 李志坤 张桂寅 吴立强 马峙英 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2014年第3期274-278,共5页

采用SMART技术构建了海岛棉黄萎病菌诱导下根全长cDNA文库,并进行了质量鉴定和EST序列分析。结果表明,文库的重组率为92.3%,库容量为1.1×106pfu·mL-1,平均插入片段大于1.5 kb。生物信息学分析表明该文库包含大量抗病调节基因... 采用SMART技术构建了海岛棉黄萎病菌诱导下根全长cDNA文库,并进行了质量鉴定和EST序列分析。结果表明,文库的重组率为92.3%,库容量为1.1×106pfu·mL-1,平均插入片段大于1.5 kb。生物信息学分析表明该文库包含大量抗病调节基因和抗病防御基因。COG功能分类发现了多个参与信号转导、防御反应、细胞骨架以及次生代谢产物合成与分解等不同功能类别的基因成员。文库中出现的高丰度表达基因主要有病程相关蛋白(PR蛋白)、谷胱甘肽硫转移酶基因(GST)、亲环素蛋白、短链乙醇脱氢酶、抗坏血酸过氧化物酶及转录因子等。文库的构建为深入研究棉花抗黄萎病分子机制奠定基础。 展开更多

关键词 海岛棉 黄萎病 CDNA文库 est分析

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刺参管足SMART cDNA文库构建及EST分析 被引量：1

4

作者 李栋 常亚青 +1 位作者 王玉丹 丁君 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期193-198,共6页

以大连广鹿岛野生刺参的管足mRNA为材料,利用SMART cDNA Construction Kit构建了表达型cDNA文库。初始文库的滴度为1.3×106PFU/mL,蓝白斑估测重组率合格。扩增后获得96 mL文库,滴度为1.8×1010PFU/mL,从扩增文库中随机挑取200... 以大连广鹿岛野生刺参的管足mRNA为材料,利用SMART cDNA Construction Kit构建了表达型cDNA文库。初始文库的滴度为1.3×106PFU/mL,蓝白斑估测重组率合格。扩增后获得96 mL文库,滴度为1.8×1010PFU/mL,从扩增文库中随机挑取200个噬菌斑进行PCR检测,电泳检测结果表明重组率大于90%,片段大小在0.25-2.0 kb之间的插入片段占80.4%,文库构建成功。随机选择122个噬菌斑转化为质粒pTriplEx2并测序,测序成功率83.6%,软件处理后100 bp以上的clean ESTs有72条,测通的为65条,占成功测序样品的63.7%。72条序列经SeqMan软件拼接,获得48条contig/singletons,在线Blast比对发现其中26条具有同源序列并获得注释,另外20条可能为新基因,其功能和结构有待进一步利用生物信息学的方法进行分析和研究。 展开更多

关键词 刺参 管足 CDNA文库 est分析

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喜旱莲子草花序正反向SSH cDNA文库的构建及EST分析

5

作者 王兰英 陈洁 刘卫 《中国科学院研究生院学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期767-774,共8页

利用SSH技术构建了喜旱莲子草雌雄同花和雄蕊心皮化花序的正反向基因表达的cDNA文库.对文库部分克隆分析发现,EST功能涉及花性别发育、细胞代谢、生长发育、抗性适应、转录调控、酶调节、叶绿体和胞质基因、细胞内组件等8种不同功能类型... 利用SSH技术构建了喜旱莲子草雌雄同花和雄蕊心皮化花序的正反向基因表达的cDNA文库.对文库部分克隆分析发现,EST功能涉及花性别发育、细胞代谢、生长发育、抗性适应、转录调控、酶调节、叶绿体和胞质基因、细胞内组件等8种不同功能类型.共筛选到8类与已知调控花性别发育相关的EST,如HD基因家族、MADS-box基因家族、线粒体基因、CCLS4家族蛋白等. 展开更多

关键词 喜旱莲子草 雄蕊心皮化 SSH文库 est分析

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牛乳腺EST分析和牛基因索引功能的注释

6

作者 TedS Sonstegard 姚平 《中国畜牧兽医》 CAS 2003年第1期55-55,共1页

乳腺功能基因组学研究需要收集一些合适的c DNA序列来对各种亚细胞不同发育和运作阶段的基因表达形式进行评估。为了更好的捕捉基因表达的范围 ,我们用混合的牛乳腺细胞建立了 1个标准化的 c DNA文库 ,产生了 2 3 2 0 2个 EST,存放在基... 乳腺功能基因组学研究需要收集一些合适的c DNA序列来对各种亚细胞不同发育和运作阶段的基因表达形式进行评估。为了更好的捕捉基因表达的范围 ,我们用混合的牛乳腺细胞建立了 1个标准化的 c DNA文库 ,产生了 2 3 2 0 2个 EST,存放在基因库中。这些在牛基因索引中带有序列的 EST集形成当前 2 3 883个试验性分析序列中的 5 75 1个。 5 75 1个中的 87%仅含有 1～ 3个乳腺来源 EST。相反 ,1 8%的乳腺 EST有 1 2个基因与 TC序列相似。这些结果说明标准化文库仅有部分作用。因为EST中 ,能在泌乳过程中大量转录的基因的减少可能是由于合并引起的。为了更好的评价乳腺文库中的新内容 ,并把它们增加到现存的注释中 (包括牛序列元件、基因一致性序列和人类基因组序列 ) ,我们对人和鼠基因诱变和在 TOGA的基因非线性化进行测试。并把其结果增加到现有 Bt GI注释中。 3 5 0 0 0多个牛元件明显超过了人类基因组序列 ,而且一些与人类表达序列相关的排列 (3 %)的位置是独立的。由于 3 44 5 TC序列与任何数据无明显相似性 ,代表这些元件中的 2 3种乳腺来源 c DNA克隆被进一步进行分析用于表达和新异。其中仅有一个克隆符合标准 ,这个相应基因是一个分化的异端或表达对牛来说是特异的。结果说明 。 展开更多

关键词 牛乳腺est分析 CDNA文库 乳腺功能基因组学 基因表达 反刍动物

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青杄均一化cDNA文库构建及EST序列分析 被引量：17

7

作者 张盾 刘亚静 +2 位作者 李长江 曹一博 张凌云 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期71-76,共6页

以青杄花粉和针叶为材料,将青杄全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了其非剪切型全长cDNA原始文库,利用基因组DNA饱和杂交技术对原始cDNA文库进行均一化处理,构建青杄的均一化全长cDNA文库。文库的总库容量为1.1×106CFU/... 以青杄花粉和针叶为材料,将青杄全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了其非剪切型全长cDNA原始文库,利用基因组DNA饱和杂交技术对原始cDNA文库进行均一化处理,构建青杄的均一化全长cDNA文库。文库的总库容量为1.1×106CFU/mL,平均插入片段长度大于1.0 kb,重组率大于95%。定量RT-PCR检测表明,青杄高丰度表达基因EF1-α在均一化cDNA文库中的表达量下降了约41倍。接着对文库中随机的5 144个克隆进行了测序,获得高质量的有效EST(expressedsequence tag)序列为5 144条,经拼接共获得单一基因(unigene)为2 717个,其中包括片段重叠群(contig)628个和单一EST序列(singlet)2 089个。NCBI同源比对分析表明,其中1 887个序列unigenes获得分子功能注释,这些EST涉及细胞生长、信号转导、转录、抗逆、能量代谢等功能。这些数据有助于对青杄的相关功能蛋白及分子机制开展进一步的研究。 展开更多

关键词 青杄 均一化 CDNA文库 est序列分析

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萝卜胞质雄性不育正常花蕾与败育花蕾DD-PCR及EST序列分析 被引量：4

8

作者 贾晋 张鲁刚 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期426-431,共6页

提取了萝卜雄性不育系BT-18败育花蕾和正常花蕾的DNA,并且采用DD-PCR技术研究了败育花蕾与正常花蕾的mRNA差异表达。败育花蕾DNA表现有规则的Ladder,而正常花蕾只有单一DNA条带,该结果为萝卜败蕾发生了细胞程序化死亡提供了生化证据;DD-... 提取了萝卜雄性不育系BT-18败育花蕾和正常花蕾的DNA,并且采用DD-PCR技术研究了败育花蕾与正常花蕾的mRNA差异表达。败育花蕾DNA表现有规则的Ladder,而正常花蕾只有单一DNA条带,该结果为萝卜败蕾发生了细胞程序化死亡提供了生化证据;DD-PCR得到107个差异表达片段,其中败育花蕾差异表达片段94个,正常花蕾差异表达片段13个。BLAST结果显示,与功能蛋白同源的差异序列50%以上来源于叶绿体,推测萝卜败蕾与叶绿体有很大关系;叶绿体Mat K在不同的引物组合扩增中出现3次,序列分析后发现长度为282bp和283bp的为同一片段,长度为396bp的片段与长度为282bp和283bp的片段无同源性,可能为编码Mat K的不同亚基。Mat K参与叶绿体中RNA转录本Ⅱ型内含子剪切,通过对内含子剪接的影响来调节基因的表达,推测Mat K等叶绿体基因上调表达使其蛋白质的合成发生变化,导致萝卜叶绿体代谢紊乱,最终导致败蕾;而甲基转移酶可能通过DNA甲基化调控萝卜发育,使其发育异常表现花蕾败育。对BLASTx比对分值小于80及无同源性的片段进行BLASTn分析,根据比对结果推测:细胞程序化死亡可能是萝卜败蕾、植物衰老和植物受逆境胁迫时普遍发生的一种生理生化现象。 展开更多

关键词 萝卜败蕾 DD-PCR est序列分析 MATK DNA甲基转移酶 细胞程序化死亡

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枣结果枝cDNA文库的构建与部分ESTs分析 被引量：11

9

作者 孟玉平 曹秋芬 +2 位作者 孙海峰 周慧 张春芬 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第5期102-106,共5页

用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性... 用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序列注释的未知蛋白,有41个ESTs是NCBI中没有的未知序列(新基因)。将已知基因进行功能分类,其中包含有参与基础代谢的基因46个,蛋白质合成与转运基因27个,光合作用基因24个,细胞结构基因22个,信号转导基因19个,细胞生长基因19个,抗病防御基因11个,花发育基因6个,膜运输基因4个,金属转运基因2个。抗逆基因的表达可能与枣树本身耐寒、耐旱、耐瘠薄、耐重金属等抵抗不良环境能力强的性状有关。 展开更多

关键词 壶瓶枣 结果枝 CDNA文库 ests分析

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枣结果枝核糖体蛋白的生物信息学分析 被引量：1

10

作者 戎宏立 王长彪 +2 位作者 李倩 孟玉平 曹秋芬 《山西农业科学》 2013年第2期110-114,145,共6页

应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在... 应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在了解其结构特征,进而发掘枣树的优良基因。结果表明,625个ESTs中,有397个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复ESTs 77个);将320条ESTs通过KEGG数据库进行代谢分析,得到123条ESTs的62个代谢途径。对获得的枣树24个核糖体蛋白进行分析发现,其分子量在6 931.12～32 764.44之间,α-螺旋和无规则卷曲是其主要的结构元件,多肽链都表现为亲水性,磷酸化潜在位点普遍存在于核糖体蛋白多肽链中;并构建了24个核糖体蛋白的进化树,对其分子进化进行了探讨。 展开更多

关键词 枣结果枝 est分析 核糖体蛋白 生物信息学

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穴蚁蛉幼虫全长均一化cDNA文库的构建 被引量：4

11

作者 杨展 李广宏 +3 位作者 邱壮伟 王欢歌 苏志坚 黄亚东 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期102-107,共6页

通过构建穴蚁蛉幼虫(俗称蚁狮)全长均一化cDNA文库,以期了解蚁狮的抗菌肽、毒素蛋白以及其它药用蛋白种类,为日后筛选、克隆表达和分离纯化这些药用蛋白奠定基础。用针刺诱导蚁狮产生抗菌物质后,分离纯化总RNA,结合SMART全长文库与DSN(d... 通过构建穴蚁蛉幼虫(俗称蚁狮)全长均一化cDNA文库,以期了解蚁狮的抗菌肽、毒素蛋白以及其它药用蛋白种类,为日后筛选、克隆表达和分离纯化这些药用蛋白奠定基础。用针刺诱导蚁狮产生抗菌物质后,分离纯化总RNA,结合SMART全长文库与DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术,构建全长均一化cDNA文库,并通过平板计数和菌落PCR方法鉴定文库。随机挑选192个单克隆进行5′端测序,并与NCBI数据库进行比对分析。结果显示,构建出的文库平均插入片段长度为1 200 bp,原始文库的滴度达到7.5×105CFU/mL,而扩增文库则为1.95×1011CFU/mL。在所挑选的单克隆中,共获得190条有效序列,平均读长1 340 bp,文库重组率达到98.96%。与NCBI数据库比对后发现,这些序列可能是一些编码蚁狮免疫、消化及毒性蛋白的基因。 展开更多

关键词 穴蚁蛉 蚁狮 全长CDNA文库 均一化 est分析

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基于甾体皂苷的襄麦冬块根抑制性差减杂交文库的构建 被引量：1

12

作者 余海忠 王海燕 +1 位作者 赵慧君 孙永林 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期245-252,共8页

【目的】甾体皂苷是襄麦冬块根主要活性成分之一,为了能在分子水平上实现对相关基因的表达调控,从而使甾体皂苷含量的提高成为可能,筛选参与甾体皂苷合成的蛋白或酶就非常必要。【方法】本实验以襄麦冬始见期块根和采收期块根作为实验样... 【目的】甾体皂苷是襄麦冬块根主要活性成分之一,为了能在分子水平上实现对相关基因的表达调控,从而使甾体皂苷含量的提高成为可能,筛选参与甾体皂苷合成的蛋白或酶就非常必要。【方法】本实验以襄麦冬始见期块根和采收期块根作为实验样品,构建了不同生育期襄麦冬块根抑制性差减杂交(SSH)文库。【结果】构建的始见期和采收期块根差减文库的外源片段,有效基因序列308条,长度主要分布在250~1000 bp左右,片段平均长度586.99 bp;文库样本序列注释上NR、SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM库的基因分别有65.26%、34.42%、63.96%、26.30%、14.94%;样本中分别有23和103个Unigene可注释上12个COG分类与19个KOG分类中;样本中有81个预测基因,可以注释到48种酶与映射到92个代谢通路上;样本基因功能在Biological Process分类中聚集于cellular process和metabiolic process,在Cellular Component主要聚集于cell、cell part和intracellular,在Molecular Function分类中主要聚集于catalytic activity,binding和transferase activity。【结论】本实验成功构建了基于甾体皂苷的襄麦冬块根抑制性差减杂交文库,筛选出一批差异表达目的基因。 展开更多

关键词 襄麦冬 SMART法 甾体皂苷 抑制性差减杂交 est序列分析

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