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克氏原螯虾源弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及ERIC-PCR指纹分析
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作者 卢冰霞 陈婷婷 +10 位作者 许艺兰 周英宁 梁家幸 黄广杰 江新华 李斌 秦毅斌 赵硕 曾家家 陈忠伟 何颖 《水产学杂志》 2025年第3期14-23,71,共11页
为了解广西壮族自治区淡水养殖克氏原螯虾体内弗氏柠檬酸杆菌的感染情况,从广西各地养殖场采集克氏原螯虾,取肝胰腺进行细菌分离,利用形态学观察、生理生化试验、细菌16S rRNA和gyrB基因序列分析对分离到的菌株进行鉴定,并进行耐药性试... 为了解广西壮族自治区淡水养殖克氏原螯虾体内弗氏柠檬酸杆菌的感染情况,从广西各地养殖场采集克氏原螯虾,取肝胰腺进行细菌分离,利用形态学观察、生理生化试验、细菌16S rRNA和gyrB基因序列分析对分离到的菌株进行鉴定,并进行耐药性试验和ERIC-PCR指纹分析。分离获得40株弗氏柠檬酸杆菌。耐药性试验结果表明:40株弗氏柠檬酸杆菌对β-内酰胺类的抗菌药物青霉素、阿莫西林和头孢拉定等具有较强的耐药性,对四环素类抗菌药物已呈现不同程度的耐药性,而对氟喹诺酮类的氧氟沙星(禁用兽药)、环丙沙星,磺胺类的复方新诺明,林可霉素类的林可霉素、多磷类的磷霉素和氯霉素类的氟苯尼考均具有较高的敏感性。ERIC-PCR指纹分析结果表明,这40株弗氏柠檬酸杆菌共分为16个基因型,不同基因型空间分布存在一定差异,同一地区克氏原螯虾源弗氏柠檬酸杆菌也具有显著的遗传多样性。本研究结果可为克氏原螯虾弗氏柠檬酸杆菌病的有效防控提供理论依据。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 弗氏柠檬酸杆菌 分离鉴定 耐药性分析 eric-pcr
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Characterization of early maturing elite genotypes based on MTSI and MGIDI indexes:an illustration in upland cotton(Gossypium hirsutum L.) 被引量:1
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作者 D S RAJ Supritha PATIL Rajesh S. +2 位作者 PATIL Bhuvaneshwara R. NAYAK Spurthi N. PAWAR Kasu N. 《Journal of Cotton Research》 CAS 2024年第3期253-265,共13页
Background Globally,the cultivation of cotton is constrained by its tendency for extended periods of growth.Early maturity plays a potential role in rainfed-based multiple cropping system especially in the current era... Background Globally,the cultivation of cotton is constrained by its tendency for extended periods of growth.Early maturity plays a potential role in rainfed-based multiple cropping system especially in the current era of climate change.In the current study,a set of 20 diverse Gossypium hirsutum genotypes were evaluated in two crop seasons with three planting densities and assessed for 11 morphological traits related to early maturity.The study aimed to identify genotype(s)that mature rapidly and accomplish well under diverse environmental conditions based on the two robust multivariate techniques called multi-trait stability index(MTSI)and multi-trait genotype-ideotype distance index(MGIDI).Results MTSI analysis revealed that out of the 20 genotypes,three genotypes,viz.,NNDC-30,A-2,and S-32 accomplished well in terms of early maturity traits in two seasons.Furthermore,three genotypes were selected using MGIDI method for each planting densities with a selection intensity of 15%.The strengths and weaknesses of the genotypes selected based on MGIDI method highlighted that the breeders could focus on developing early-maturing genotypes with specific traits such as days to first flower and boll opening.The selected genotypes exhibited positive genetic gains for traits related to earliness and a successful harvest during the first and second pickings.However,there were negative gains for traits related to flowering and boll opening.Conclusion The study identified three genotypes exhibiting early maturity and accomplished well under different planting densities.The multivariate methods(MTSI and MGIDI)serve as novel approaches for selecting desired genotypes in plant breeding programs,especially across various growing environments.These methods offer exclusive benefits and can easily construe and minimize multicollinearity issues. 展开更多
关键词 COTTON MTSI MGIDI genotype environment interaction Early maturity Multi-trait Multi-environment
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三代测序技术在弱D表型家系调查分析中的应用
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作者 马玲 刘太香 +3 位作者 史丽莉 冯晨晨 张若洋 赵芳 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第4期1199-1202,共4页
目的:对一例表型为弱D的标本及家系成员进行分子机制研究。方法:常规血清学方法鉴定Rh表型;对先证者及家系成员RHD外显子1-10进行一代测序并检测其RHD合子型;进一步采用三代测序技术进行RHD基因单倍型分析。结果:先证者血清学表现为弱D... 目的:对一例表型为弱D的标本及家系成员进行分子机制研究。方法:常规血清学方法鉴定Rh表型;对先证者及家系成员RHD外显子1-10进行一代测序并检测其RHD合子型;进一步采用三代测序技术进行RHD基因单倍型分析。结果:先证者血清学表现为弱D,一代测序发现外显子5存在c.787G>A点突变。家系调查结果显示,先证者与其妹具有相同的血清学表型及分子机制,其父携带该基因突变,其母与其弟均正常。RHD合子型分析未检测到杂合box,提示家系成员不存在RHD基因全缺失的单倍型。三代测序结果显示,先证者与其妹分别遗传来自父亲的弱D等位基因及母亲的非功能性等位基因RHD-CE(3-9)-D。结论:三代测序技术能对RHD基因进行单倍型分析,适用于RHD/RHCE大片段基因杂交合并其他突变等复杂基因型检测。 展开更多
关键词 三代测序 弱D 基因型
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妊娠患者ABO疑难血型基因分型及输血策略探讨
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作者 冯晨晨 陈青 +4 位作者 韦晓 史丽莉 张若洋 赵芳 肖建宇 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期538-545,共8页
目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方... 目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方法鉴定血型表型及基因型。结果:36例样本共检出ABO亚型20例,包括10例BA/O,3例cisAB/O,2例A/Bw,1例A2/B,1例Aw/B,1例BA/B,1例BA/A,1例Bw/O;12例ABO基因测序后未发现与异常表型相关的特异性变异;检出4例类孟买血型。结论:ABO亚型干扰妊娠患者的ABO血型鉴定,同时妊娠状态也会影响血型表型。利用基因检测技术精准确定血型基因型能够指导妊娠患者临床输血,保障母婴安全。 展开更多
关键词 ABO亚型 基因分型 输血安全 产前筛查
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旱地与补灌条件下不同基因型小麦耐旱性评价
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作者 孙宪印 吕广德 +9 位作者 亓晓蕾 徐加利 孙盈盈 米勇 牟秋焕 尹逊栋 张继波 王瑞霞 钱兆国 高明刚 《干旱地区农业研究》 北大核心 2025年第1期13-20,共8页
为在干旱胁迫条件下从不同小麦品系中筛选耐旱性强且具有高产稳产特性的基因型,采用随机区组设计,于2022—2023年在泰安市农业科学院马庄试验农场开展田间试验,以14个不同基因型小麦品系为材料,设置自然干旱和补灌条件2个处理,以旱地与... 为在干旱胁迫条件下从不同小麦品系中筛选耐旱性强且具有高产稳产特性的基因型,采用随机区组设计,于2022—2023年在泰安市农业科学院马庄试验农场开展田间试验,以14个不同基因型小麦品系为材料,设置自然干旱和补灌条件2个处理,以旱地与补灌条件下产量为基础,采用平均产量(MP)、几何平均产量(GMP)、抗旱系数(DRC)、抗旱指数(DRI)和干旱耐受指数(STI)共5个抗旱性指标对不同品系进行比较和抗旱性分级。结果表明,对比不同品系的干旱指标数值的大小与位次变化,V7、V14、V2和V12基因型排名靠前,具有高产、稳产特点。同时STI、GMP、MP指标与旱地产量和补灌产量均呈极显著正相关关系且表现出较好的产量一致性;主成分分析和聚类分析结果均进一步明确了这些基因型的耐旱及高产稳产特性。综上,在干旱与补灌条件下,STI、GMP、MP和DRI指标可用于耐旱高产基因型的鉴别和分级,综合利用5种抗旱指标筛选出耐旱高产品系分别为V7、V14、V2和V12,各品系抗旱性级别分别为1、2、2级和1级。 展开更多
关键词 小麦 基因型 干旱胁迫 主成分分析 聚类分析 耐旱性指标
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杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因型和单倍型与干眼病的关系
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作者 刘云霞 王群 +3 位作者 黄靖 杨梁政 彭洁 任桂芳 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第5期1197-1201,共5页
目的:探讨汉族人群中杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因型和单倍体型与干眼病(DED)的相关性。方法:应用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)对106例DED患者和220例健康者进行KIR基因型分析。结果:在DED患者和健康人群中共发现23种KIR... 目的:探讨汉族人群中杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因型和单倍体型与干眼病(DED)的相关性。方法:应用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)对106例DED患者和220例健康者进行KIR基因型分析。结果:在DED患者和健康人群中共发现23种KIR基因型,其中新发现的KIR基因型有10种。与对照组相比,DED患者组KIR基因型G和单倍型4频率显著增加(P=0.025,P=0.004),而单倍型2频率显著下降(P=0.016)。DED患者KIR基因型B/B的频率也显著高于对照组(P=0.027)。KIR单倍型A和B具有独特的着丝粒(Cen)和端粒(Tel)基因基序,DED患者Cen-B/B基因型频率也高于对照组(P=0.037)。结论:在汉族人群中,KIR基因型和单倍体型与DED之间可能存在关联。 展开更多
关键词 杀伤细胞免疫球蛋白样受体 基因型 单倍型 干眼病
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杏仁风味遗传规律的研究
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作者 徐铭 高涵 +4 位作者 刘威生 章秋平 刘家成 马小雪 刘硕 《北方果树》 2025年第3期17-20,共4页
该研究旨在为分子辅助育种和杂交亲本的选配提供理论依据。作者以23个不同杏仁风味组合的2533个F1代群体为试材,连续2年对杏仁甜、苦味进行鉴定和遗传变异分析,并推测参试亲本的基因型。结果表明,杏仁的甜、苦性状是由单基因控制的,甜... 该研究旨在为分子辅助育种和杂交亲本的选配提供理论依据。作者以23个不同杏仁风味组合的2533个F1代群体为试材,连续2年对杏仁甜、苦味进行鉴定和遗传变异分析,并推测参试亲本的基因型。结果表明,杏仁的甜、苦性状是由单基因控制的,甜味是显性性状;甜仁显性纯合体品种为‘赛买提’‘晚熟杏’‘Kabaasi’,而‘沙金红’‘骆驼黄’‘克孜克西米西’、311、09-1-63、‘优一’‘一窝蜂’‘裸仁杏’‘白玉扁’、80D05、‘围选1号’为杂合体;苦仁隐性纯合体品种为‘串枝红’‘极品’‘崂山关爷脸’‘金太阳’‘凯特’及‘海尔考特’。 展开更多
关键词 杏仁风味 种内杂交 亲本选择 基因型
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籼稻资源稻瘟病抗性基因的分子检测与抗性分析
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作者 陈春 李凡 +3 位作者 郭新亚 王飞飞 王磊 陈卫军 《北方农业学报》 2025年第2期1-9,共9页
【目的】探明5个抗稻瘟病基因(Pi2、Pib、Pita、Pigm、Pi9)在86份籼稻资源中的分布及不同基因型组合的抗性效应,为抗稻瘟病品种的选育及稻瘟病抗性基因的有效聚合提供理论依据。【方法】利用5对扩增条带清晰的功能标记,对86份黄淮稻区... 【目的】探明5个抗稻瘟病基因(Pi2、Pib、Pita、Pigm、Pi9)在86份籼稻资源中的分布及不同基因型组合的抗性效应,为抗稻瘟病品种的选育及稻瘟病抗性基因的有效聚合提供理论依据。【方法】利用5对扩增条带清晰的功能标记,对86份黄淮稻区籼稻的稻瘟病抗性基因进行检测,并结合人工接种鉴定,明确5个抗性基因的分布和该地区中、高抗性的基因型组合。【结果】5个抗性基因Pi2、Pib、Pita、Pigm、Pi9在86份籼稻中的分布频率分别为98.80%、46.50%、55.80%、48.80%、1.20%。在86份供试材料中共检测出10种基因组合,分别为不含任何抗性基因、Pi2、Pi2+Pita、Pi2+Pib、Pi2+Pigm、Pi2+Pib+Pita、Pi2+Pi9+Pigm、Pi2+Pib+Pigm、Pi2+Pita+Pigm、Pi2+Pib+Pita+Pigm。接种鉴定为中抗以上的材料共有33份,占比38.37%;含有3种基因型Pi2+Pib+Pita、Pi2+Pita+Pigm、Pi2+Pib+Pita+Pigm的材料中,中抗以上材料占比分别为50%、80%和100%。【结论】Pi2在86份籼稻中的分布频率最高,为98.80%;抗性较好的3个基因型组合分别是Pi2+Pib+Pita、Pi2+Pita+Pigm和Pi2+Pib+Pita+Pigm。 展开更多
关键词 籼稻 稻瘟病 抗性基因 抗性分析 基因型
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ABO血型Ael和Bel亚型的分子生物学分析
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作者 刘欣 谢莹 +2 位作者 董树岭 王书亚 孔永奎 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第5期1422-1428,共7页
目的:通过对两例ABO血型Ael和B el亚型等位基因的分子生物学分析,探讨突变对糖基转移酶结构的影响。方法:采用血清学技术进行ABO表型鉴定,对ABO基因第6、7外显子的核苷酸序列进行扩增测序,结合单倍型分析确定基因型,用Modeller软件分别... 目的:通过对两例ABO血型Ael和B el亚型等位基因的分子生物学分析,探讨突变对糖基转移酶结构的影响。方法:采用血清学技术进行ABO表型鉴定,对ABO基因第6、7外显子的核苷酸序列进行扩增测序,结合单倍型分析确定基因型,用Modeller软件分别对突变的A/B糖基转移酶进行同源分子建模,并用PyMol软件分析突变对糖基转移酶空间结构的影响。结果:两例样本的血清学表型分别为Ael和B el,基因型分别为ABO AW.37/ABO O.01.01和ABO BEL.03/ABO O.01.01。蛋白质三维结构建模显示,与野生型糖基转移酶相比,p.Lys314Glu突变型GTA中,p.Glu314的侧链与周围氨基酸之间的两条氢键消失;p.Arg168Trp突变型GTB中,p.Trp168的侧链与周围氨基酸间的氢键均消失,其主链与p.Gly165之间的氢键缩短为3.3?。结论:ABO基因第7外显子c.940A>G和c.502C>T突变是形成AW.37和BEL.03等位基因的关键,分别导致了A和B抗原表达减弱。 展开更多
关键词 ABO亚型 ABO基因型 α-1 3-N-乙酰半乳糖转移酶 α-1 3-D-半乳糖转移酶
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山东地区屠宰场猪肉污染沙门氏菌菌株毒力基因筛查与ERIC-PCR分型 被引量:15
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作者 黄秀梅 张倩 +9 位作者 盖文燕 曲志娜 李晨阳 赵思俊 赵建梅 赵格 李月华 王玉东 王君玮 王娟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期697-702,共6页
目的了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分... 目的了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分型技术对代表性沙门氏菌分离株进行基因分型,并用NTSYS-pc2.10软件进行聚类分析。结果 1 480份样品共得到298株沙门氏菌菌株,分离率为20.14%;98.32%的分离菌株携带肠毒素stn基因;96%以上的分离菌株携带毒力岛SPI1、SPI5核心蛋白基因mogA、araB以及菌毛基因;选择实验的沙门氏菌遗传相似性在70%~100%之间,共分为9个基因型。结论山东地区屠宰环节猪肉中分离沙门氏菌携带多种耐药基因和毒力基因,德尔卑、鼠伤寒沙门氏菌占试验菌株的45.97%。 展开更多
关键词 猪肉 屠宰 毒力基因 eric-pcr分型
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鲫源嗜水气单胞菌毒力基因多重PCR检测及ERIC-PCR分子分型 被引量:9
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作者 符贵红 肖丹 +1 位作者 胡鲲 杨先乐 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2014年第6期549-556,共8页
为快速了解鲫源嗜水气单胞菌株毒力基因携带情况及与菌株基因型的相关性,建立多重PCR法和ERIC-PCR分子分型,为临床快速检测、菌株分型和菌株致病性分析提供依据。通过单重PCR法检测出标准菌株ATCC7966内5个毒力基因气溶素(aerolysin,aer... 为快速了解鲫源嗜水气单胞菌株毒力基因携带情况及与菌株基因型的相关性,建立多重PCR法和ERIC-PCR分子分型,为临床快速检测、菌株分型和菌株致病性分析提供依据。通过单重PCR法检测出标准菌株ATCC7966内5个毒力基因气溶素(aerolysin,aer)、溶血素(hemolysin,hly)、细胞毒性肠毒素(cytotoxic enterotoxin,alt)、胞外蛋白酶(extracellular protease,ahp)和细胞肠兴奋性肠毒素(intestinal cells of excitatory enterotoxin,act),其扩增产物长度依次为300 bp、592 bp、442 bp、856 bp和500 bp。在此基础上,优化并建立特异性高,敏感度达7.2×102cfu·m L-1多重PCR法,用于检测从江苏射阳地区患病水产动物体内分离的17株嗜水气单胞菌5个毒力基因携带率。结果显示,毒力基因act的携带率为100%,而80%的菌株5个毒力基因均有检出。采用ERIC-PCR分子分型技术,以标准菌株ATCC7966为对照,对17株鲫源致病性嗜水气单胞菌进行基因分型,获得两种基因型,分别描述为A型和B型,其中B型菌株14株,带型与ATCC7966一致,认为是当地的主要流行株。探究菌株基因型与毒力基因分布相关性,携带5个毒力基因的均为B型菌株,而所有A型菌株存在一或多个毒力基因缺失,有可能是此类菌株更易发生毒力基因漂变,但还需进一步研究。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 毒力基因 eric-pcr 分子分型
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利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性 被引量:31
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作者 潘康成 陈正礼 +3 位作者 崔恒敏 冯兴 盛琴 赵爽 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期985-991,共7页
本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGG... 本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性。选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kgBW喂服枯草芽孢杆菌悬液(109CFU/mL),每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序。结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主。结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 肉鸡 肠道菌群 多样性 eric-pcr PCR-DGGE
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大肠杆菌ERIC-PCR分子分型方法的建立及其初步应用 被引量:13
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作者 张辉 杨振泉 +2 位作者 赵隽 魏瑞成 王冉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期1098-1103,共6页
为建立高效、敏感的肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)的分子分型方法,该研究提取大肠杆菌基因组DNA,以此为模板建立和优化ERIC-PCR分型体系,并采用ERIC-PCR方法对62株大肠杆菌进行分子分型和遗传相似性统计分析。结果显示从... 为建立高效、敏感的肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)的分子分型方法,该研究提取大肠杆菌基因组DNA,以此为模板建立和优化ERIC-PCR分型体系,并采用ERIC-PCR方法对62株大肠杆菌进行分子分型和遗传相似性统计分析。结果显示从提取的大肠杆菌基因组中能够扩增到2~8条DNA片段,且大部分片段在100 bp至2 000 bp之间。通过4因素3水平正交试验,建立了较为稳定的ERIC-PCR分型方法。利用ERIC-PCR方法可将62株菌分为20型,其中以A型为优势菌群。遗传相似性结果表明,各菌株之间遗传相似性有较大的变化,但部分菌株高度同源。聚类分析表明,ERIC-PCR的分辨率系数为0.937,具有较高的分辨能力。表明应用ERIC-PCR分型技术在分子水平上对大肠杆菌进行鉴别和分型,具有简便和分辨力高等优点,能够对病原进行溯源分析,在大肠杆菌的分子流行病学研究中具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 大肠杆菌 eric-pcr 分子分型
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新疆牛源大肠杆菌O157∶H7的分离鉴定及ERIC-PCR基因分型研究 被引量:6
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作者 苏战强 张凌 +5 位作者 刘璐瑶 王栋 马晓玉 艾柯代·吐鲁洪 张毅 佟盼盼 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第1期182-189,共8页
为了了解牛源大肠杆菌(E.coli)O157∶H7在新疆地区的污染状况以及遗传多样性,探究不同地区分离菌株的遗传关系,为控制牛源E.coli O157∶H7的传播提供试验依据。将采集的样品在EC肉汤中进行增菌(37℃、180 r/min),接着将增菌液划线接种到... 为了了解牛源大肠杆菌(E.coli)O157∶H7在新疆地区的污染状况以及遗传多样性,探究不同地区分离菌株的遗传关系,为控制牛源E.coli O157∶H7的传播提供试验依据。将采集的样品在EC肉汤中进行增菌(37℃、180 r/min),接着将增菌液划线接种到SMAC平板上,37℃培养箱中过夜培养18 h左右。挑取SMAC平板上白色或无色单菌落接种MUG培养基,37℃培养18 h左右,将无荧光样品接种到SMAC平板上,37℃培养18 h左右,隔天挑取白色或无色单菌落进行PCR鉴定,具有rfbE和fliC基因条带的即为阳性菌株。将阳性菌株进行肠杆菌基因间重复共有序列扩增(ERIC-PCR)指纹图谱聚类分析,分析菌株之间的同源性关系。ERIC-PCR结果显示,相似性100%的菌株有3组。从伊犁地区分离到的菌株差异性最大,具有6种分型;其次是乌鲁木齐,具有4种分型。菌株来源多样性最多的在D簇,由此可见通过ERIC-PCR分型,可以进行溯源观察。ERIC-PCR能够区分特定采样点或物种的分离物,它能够证明从不同来源的菌株之间,存在着某些相似的ERIC特性,并聚集在同一个簇群中。该研究中筛选出的E.coli O157∶H7菌株具有广泛的遗传多样性,该方法对于检测不同物种间的细菌差异非常敏感。由此可见ERIC-PCR可以作为E.coli O157∶H7常规监测和鉴定的一个有效的工具。 展开更多
关键词 E.COLI O157∶H7 eric-pcr 遗传关系 基因分型
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米醋沉淀中Bacillus subtilis DNA提取及ERIC-PCR体系条件优化 被引量:3
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作者 廖永红 任文雅 +3 位作者 孙宝国 徐瑾 沈晗 金志刚 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期212-215,219,共5页
利用稀释平板法从米醋沉淀中分离获得细菌,通过对其进行16S rDNA分子鉴定,表明该细菌为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。以该菌为实验材料,研究了细菌基因组DNA的提取方法,并将ERIC-PCR法首次应用于醋液菌种,对此反应体系的主要因素... 利用稀释平板法从米醋沉淀中分离获得细菌,通过对其进行16S rDNA分子鉴定,表明该细菌为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。以该菌为实验材料,研究了细菌基因组DNA的提取方法,并将ERIC-PCR法首次应用于醋液菌种,对此反应体系的主要因素进行了优化,最终建立了适合于本实验室的ERIC-PCR体系。结果表明,采用改良的传统细菌基因组DNA提取方法,所提取的DNA质量较高,能够满足ERIC-PCR反应的需要;建立的反应体系为:25μL反应体积10×扩增缓冲液(含Mg2+)2.5μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E11.0μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E21.0μL,DNA模板2μL,2.5mmol/LdNTPs混合液1.6μL,taq聚合酶0.9μL,双蒸水补齐;PCR反应程序为:94℃变性4min,1个循环;94℃变性30s,58℃退火40s,72℃延伸1min,30个循环;72℃延伸4min。 展开更多
关键词 细菌 分离 DNA提取 eric-pcr 优化
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规模牛场产气荚膜梭菌耐药性及其ERIC-PCR指纹图谱分型 被引量:5
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作者 钟召兵 王宁 +1 位作者 孙红华 杨夫会 《中国动物检疫》 CAS 2017年第3期87-90,共4页
[目的 ]了解不同规模牛场分离的产气荚膜梭菌耐药性及其耐药基因分型,为临床治疗和感染控制提供依据。[方法 ]收集2014—2016年来自不同规模牛场分离的产气荚膜梭菌25株,采用K-B法检测其对9种常用抗生素的敏感性;应用基因间重复序列聚... [目的 ]了解不同规模牛场分离的产气荚膜梭菌耐药性及其耐药基因分型,为临床治疗和感染控制提供依据。[方法 ]收集2014—2016年来自不同规模牛场分离的产气荚膜梭菌25株,采用K-B法检测其对9种常用抗生素的敏感性;应用基因间重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR),对菌株进行DNA分型及同源性分析。[结果]分离到25株产气荚膜梭菌;在耐药检测的9种药物中,耐药率超过50%的有4种,其中对庆大霉素耐药率最高(92%),其次是对青霉素(84%),而对氨苄青霉素耐药率最低(4%),对其余药物的耐药率在12%~52%之间;ERIC-PCR谱型表现为9个基因型(Ⅰ~Ⅸ),其中大部分来源于不同的克隆株,且有2个克隆株的相似度为100%。[结论 ]奶牛场的产气荚膜梭菌多重耐药现象比较严重,分子多样性复杂;产气荚膜梭菌来源广泛,不同地区、环境和条件下,同一种病原菌的基因型存在一定差异,可能存在多个基因型。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 耐药性 eric-pcr 分型
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ERIC-PCR技术在平菇菌株鉴定中的应用 被引量:5
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作者 何培新 刘伟 +2 位作者 程雁 郭恒 申进文 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期659-663,共5页
研究了ER IC-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用.结果表明,在22个供试平菇菌株和对照香菇菌株中,ER IC-PCR扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高.聚类分析表明,在聚类重新标定距离为15的水平上,23个菌株聚类成8大类群:糙皮侧耳栽培菌株... 研究了ER IC-PCR技术在平菇栽培菌株鉴定中的应用.结果表明,在22个供试平菇菌株和对照香菇菌株中,ER IC-PCR扩增出的条带清晰,重复性好,多态性高.聚类分析表明,在聚类重新标定距离为15的水平上,23个菌株聚类成8大类群:糙皮侧耳栽培菌株分别归属第1和第2大类群;秀珍菇5号、4011、白灵菇2号、杏鲍菇、鲍鱼菇和香菇分别独立地聚类为不同的大类群.在聚类重新标定距离为20时,鲍鱼菇和香菇聚类在一起,其他平菇菌株聚类在一起.这表明ER IC-PCR技术可以应用于平菇栽培菌株的鉴定,但也说明该技术在食用菌分类鉴定应用上的局限性,同时也说明食用菌需要多相分类鉴定. 展开更多
关键词 eric-pcr技术 平菇 菌株鉴定 聚类分析
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ERIC-PCR对山东省东平湖4种常见淡水鱼肠道菌群多样性的分析 被引量:6
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作者 周玉法 刘敬博 +2 位作者 苗增民 蔡玉梅 李代军 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第S1期139-142,共4页
分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山... 分析山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群多样性的差异。采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)技术,得到鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,并用NT-SYS-pc(Version 2.10)软件进行分析。成功建立了山东省东平湖常见4种淡水鱼肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱,了解肠道菌群的差异。草鱼和鲢鱼肠道菌群较为相似,与鲫鱼、鲤鱼肠道菌群差异较大。表明4种淡水鱼类的肠道菌群的组成有明显的差别,食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异更明显。 展开更多
关键词 淡水鱼 肠道菌群 多样性 eric-pcr
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ERIC-PCR技术特点及其应用 被引量:18
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作者 李犹平 倪学勤 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第18期5358-5360,共3页
ERIC序列是近年来发现的存在于原核生物基因组中一类短的重复序列。该序列在染色体上的分布和拷贝数具有种间的特异性,根据序列中心高度保守的44 bp的ERIC核心序列设计反向引物,可扩增出反映细菌基因组结构特征的谱带。由于ERIC-PCR快... ERIC序列是近年来发现的存在于原核生物基因组中一类短的重复序列。该序列在染色体上的分布和拷贝数具有种间的特异性,根据序列中心高度保守的44 bp的ERIC核心序列设计反向引物,可扩增出反映细菌基因组结构特征的谱带。由于ERIC-PCR快速简便,图谱重复性好,能用于细菌分类鉴定、环境监测、污染治理以及人和动物肠道菌群结构研究等方面。 展开更多
关键词 ERIC IRU eric-pcr 特点 应用
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副猪嗜血杆菌野外分离株的ERIC-PCR及其外膜蛋白图谱分析 被引量:4
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作者 彭凌 朱必凤 +2 位作者 杨旭夫 刘博婷 韦昭玉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期423-426,共4页
为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型。结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种... 为了解副猪嗜血杆菌(HPS)现地分离株的流行情况及其进化来源,本研究采用肠杆菌科基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)分型和外膜蛋白(OMP)分型技术对采集自3个猪场的24株HPS分离株进行分型。结果表明,以ERIC-PCR法分析24个分离株共产生10种DNA指纹图谱,依次分别包含5株、3株、1株、7株、1株、2株、1株、1株、2株和1株分离株。其中一个猪场的分离株仅为图谱Ⅰ和Ⅱ,另外两个猪场分别为图谱Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ。试检测结果表明同一猪场存在的菌株有两种或两种以上基因型,并且不同猪场流行的基因型不同。采用OMP分型也表现出与ERIC-PCR分型一致的结果。因此,ERIC-PCR和OMP分型均可以用于HPS的流行病学调查。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 eric-pcr 外膜蛋白
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