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微小隐孢子虫含EF-hand结构域蛋白家族的生物信息学研究 被引量:1
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作者 郭志云 杨光 +5 位作者 荆春霞 付芹芹 孙小会 王穗湘 李月琴 周天鸿 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期653-658,663,共7页
目的对微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum,Cp)含EF-hand结构域家族蛋白进行生物信息学研究,探讨该家族蛋白的EF-hand结构域与Ca2+信号的关系以预测该家族蛋白的功能,为隐孢子虫病的诊断和治疗提供新的方向。方法首先通过数据收集,获... 目的对微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum,Cp)含EF-hand结构域家族蛋白进行生物信息学研究,探讨该家族蛋白的EF-hand结构域与Ca2+信号的关系以预测该家族蛋白的功能,为隐孢子虫病的诊断和治疗提供新的方向。方法首先通过数据收集,获得EF-hand结构域家族蛋白的序列信息,接着对每个蛋白进行CDD结构域搜索和NCBI BLAST的比对分析,确证为EF-hand结构域家族蛋白,最后进行结构域分析和功能预测。结果搜索到了C.parvumIowa II中18个含有EF-hand结构域的蛋白,它们之间的氨基酸长度,分子量大小以及等电点等都有很大的区别,通过结构域分析把EF-hand家族分成了含一个EF-hand结构域、二个EF-hand结构域、同时含EF-hand和STKc-AGC两种结构域和同时含EF-hand和PKC两种结构域四大类。结论 EF-hand结构域蛋白家族与重要的钙离子信号作用有着密切的关系,而C.parvum对宿主细胞的侵袭能力与胞内的Ca2+水平密切相关,所以EF-hand蛋白家族很有可能成为隐孢子虫病治疗的一个新的突破点。 展开更多
关键词 微小隐孢子虫 EF—hand结构域 CA2+ 生物信息学分析 功能预测
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益生菌对大鼠热性惊厥发作及海马组织中NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3炎症小体活化的影响
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作者 何南 王亚龙 《首都医科大学学报》 北大核心 2025年第3期538-544,共7页
目的探究益生菌对大鼠热性惊厥(febrile seizure,FS)发作及海马组织中NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor pyrin domain-containing protein 3,NLRP3)炎症小体活化的影响。方法将120只大鼠按随机数法分为空白组、模型组... 目的探究益生菌对大鼠热性惊厥(febrile seizure,FS)发作及海马组织中NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NOD-like receptor pyrin domain-containing protein 3,NLRP3)炎症小体活化的影响。方法将120只大鼠按随机数法分为空白组、模型组和益生菌治疗组3组,每组各40只。模型组与益生菌组构建FS大鼠模型,益生菌组灌胃给予微生态制剂,模型组及空白组给予同样溶剂蒸馏水喂养。干预后对模型组和益生菌组再次热水浴刺激诱发二次FS发作,记录相关指标并采集样本进行检测分析。结果空白组海马区神经细胞结构完整、形态规则、大小均匀;模型组海马带宽窄不一、神经细胞数目减少、排列不规则;益生菌治疗组海马区神经细胞数目较模型组多,细胞结构改变较模型组少。益生菌治疗组FS发作潜伏时间较模型组明显延长,持续时间较模型组明显缩短、发作等级较模型组明显降低(P<0.05)。益生菌治疗组海马组织和血清中NLRP3、白细胞介素-1β、白细胞介素-18蛋白相对表达水平较模型组明显降低,但较空白组明显升高,组间差异均有统计学意义(P<0.05);空白组、益生菌治疗组、模型组双歧杆菌、乳酸杆菌数量依次明显降低,大肠杆菌、粪肠球菌数量依次明显升高,组间差异均有统计学意义(P<0.05);益生菌治疗组血清中二胺氧化酶、D-乳酸、NO浓度较模型组降低,但较空白组升高,组间差异均有统计学意义(P<0.05)。结论益生菌可有效改善FS发作,可能与其能够抑制NLRP3炎症小体活化、降低炎症因子水平、调节肠道有益菌含量以及维护肠黏膜屏障功能有关。 展开更多
关键词 益生菌 热性惊厥 大鼠 海马组织 3NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3 炎症小体
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核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3与非瓣膜性心房颤动患者心房重构的关系 被引量:1
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作者 马航 李谧 +2 位作者 张杰 王维雯 李琳 《中华老年心脑血管病杂志》 北大核心 2025年第1期4-8,共5页
目的探讨血浆核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(nucleotide-binding oligomerized domain-like receptor protein 3,NLRP3)炎性小体与非瓣膜性心房颤动(non-valvular atrial fibrillation,NVAF)患者心房重构的相关性。方法选择2019年... 目的探讨血浆核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(nucleotide-binding oligomerized domain-like receptor protein 3,NLRP3)炎性小体与非瓣膜性心房颤动(non-valvular atrial fibrillation,NVAF)患者心房重构的相关性。方法选择2019年7月至2020年10月昆明医科大学第一附属医院心内科住院的老年NVAF患者199例,采用酶联免疫法检测血浆NLRP3、白细胞介素1β(interleukin-1beta,IL-1β)等炎性因子水平,收集患者临床资料和超声心动图指标。根据左心房内径(left atrial diameter,LAD)第一四分位数分为LAD≤36mm组52例和LAD>36 mm组147例。以血浆NLRP3均值97ng/L分为NLRP3低水平组95例(NLRP3<97ng/L)和NLRP3高水平组104例(NLRP3≥97ng/L)。以IL-1β第一四分位数49ng/L和第三四分位数106ng/L分为IL-1β低水平组40例(IL-1β≤49ng/L)、IL-1β中间水平组82例(49ng/L<IL-1β<106ng/L)和IL-1β高水平组77例(IL-1β≥106 ng/L)。分析血浆NLRP3、IL-1β水平与心房重构的相关性,多因素logistic回归分析NLRP3炎性小体是否为NVAF患者心房重构的独立影响因素。结果与LAD≤36mm组比较,LAD>36mm组IL-1β和NLRP3水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。与NLRP3低水平组比较,NLRP3高水平组右心房中部横径明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。IL-1β高水平组LADI较低水平组和IL-1β中间水平组明显升高,右心房长径较IL-1β低水平组明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。血浆NLRP3水平与LAD、右心房中部横径呈正相关(r=0.143,P=0.044;r=0.180,P=0.011)。血浆IL-1β水平与LAD、LADI、右心房长径呈正相关(r=0.153,P=0.031;r=0.148,P=0.037;r=0.142,P=0.046)。多因素logistic回归分析显示,持续性心房颤动、肌酐、肺动脉收缩压、NLRP3是左心房扩张的独立危险因素(P<0.05,P<0.01)。结论NLRP3炎性小体与老年NVAF患者心房重构关系密切,血浆NLRP3水平升高是左心房重构的独立危险因素。 展开更多
关键词 心房颤动 心房重构 NLR家族 热蛋白结构域包含蛋白3
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WW结构域E3泛素连接酶1调控卵巢癌肿瘤微环境中的免疫浸润
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作者 郭晓娟 杜瑞娟 +4 位作者 陈丽平 郭克磊 周彪 卞华 韩立 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第5期1063-1073,共11页
目的探讨WW结构域E3泛素连接酶1(WWP1)表达与卵巢癌肿瘤微环境(TME)免疫浸润调控的关系。方法从TCGA获取卵巢癌患者数据,以中位值为截断值分为WWP1高表达和低表达组。生物信息学方法分析WWP1表达与卵巢癌预后关系;TISCH2比较WWP1在卵巢... 目的探讨WW结构域E3泛素连接酶1(WWP1)表达与卵巢癌肿瘤微环境(TME)免疫浸润调控的关系。方法从TCGA获取卵巢癌患者数据,以中位值为截断值分为WWP1高表达和低表达组。生物信息学方法分析WWP1表达与卵巢癌预后关系;TISCH2比较WWP1在卵巢癌转移和化疗后TME不同免疫细胞亚型的差异;TIMER分析WWP1表达对TME免疫细胞浸润和体细胞拷贝数变异的影响;TIGER分析WWP1表达与卵巢癌不同免疫细胞亚型演化的关系;深度学习模型分析TCGA病理染色图像,确定WWP1对卵巢癌患者TME的影响;WWP1高表达前后的SKOV3细胞进行转录组测序,比较差异基因并进行免疫浸润验证分析;在SKOV3和SKOV3/DDP裸鼠肿瘤组织中采用多色免疫荧光比较分析免疫标志物差异。结果WWP1高表达卵巢癌患者的整体生存率低于WWP1低表达患者(P=0.0012)。高表达WWP1、Stage IV等与卵巢癌不良预后相关(P<0.05)。卵巢癌转移或化疗后,TME中恶性肿瘤细胞、肿瘤相关成纤维细胞比例明显升高,WWP1表达比例亦明显增高(P<0.05)。WWP1表达与TME中促肿瘤免疫抑制性细胞正相关(r=0.1323~0.3955,P<0.05),与抑制肿瘤的免疫浸润细胞负相关(r=-0.1949~-0.1333,P<0.05)。CD8^(+)T细胞浸润水平与WWP1的深度缺失和染色体水平缺失有关,中性粒细胞浸润水平与WWP1高度扩增有关(P<0.05)。随着WWP1表达升高,TME中CD8^(+)、NK T细胞比例逐渐减少,髓样细胞和B细胞逐渐演化为不同细胞亚型。TCGA患者病理标本HE染色、高表达WWP1的SKOV3细胞转录组测序和裸鼠肿瘤组织多色免疫荧光分析确认了与生信分析相似的TME免疫细胞浸润结果。结论WWP1可能是卵巢癌的一个预后预测因子和潜在的TME免疫调控靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 WW结构域E3泛素连接酶1 免疫浸润 肿瘤微环境
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C端非催化免疫球蛋白样结构域对假交替单胞菌κ-卡拉胶酶的酶学性质与结构的影响
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作者 吴婷 朱艳冰 +4 位作者 李鹤宾 陈艳红 洪涛 姜泽东 倪辉 《食品科学》 北大核心 2025年第9期156-164,共9页
目的:分析假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis)来源κ-卡拉胶酶的结构域,构建结构域截短突变体,探究非催化结构域对假交替单胞菌κ-卡拉胶酶的酶学性质与结构的影响。方法:利用大肠杆菌异源表达假交替单胞菌κ-卡拉胶酶WT和仅... 目的:分析假交替单胞菌(Pseudoalteromonas tetraodonis)来源κ-卡拉胶酶的结构域,构建结构域截短突变体,探究非催化结构域对假交替单胞菌κ-卡拉胶酶的酶学性质与结构的影响。方法:利用大肠杆菌异源表达假交替单胞菌κ-卡拉胶酶WT和仅包含糖苷水解酶催化结构域的κ-卡拉胶酶截短体GH(缺失免疫球蛋白(immunoglobulin,Ig)样结构域),利用3,5-二硝基水杨酸法研究κ-卡拉胶酶WT和GH的酶学性质,利用分子对接和分子动力学模拟研究酶微观结构的变化。结果:成功对假交替单胞菌κ-卡拉胶酶WT及其截短体GH进行体外表达,WT和GH的分子质量分别为44.0 kDa和35.0 kDa,均能专一性地酶解κ-卡拉胶底物。酶学性质研究发现,假交替单胞菌κ-卡拉胶酶的Ig样结构域不影响酶的底物特异性、最适反应温度、最适反应pH值和κ-卡拉胶酶解产物的组成,但降低了酶的热稳定性、强酸(pH 4.0)和强碱(pH 11.0)稳定性、酶对底物的亲和力。酶的分子对接及分子动力学模拟分析结果表明,Ig样结构域截短后,κ-卡拉胶酶与κ-卡拉胶四糖底物的相互作用增强,酶结构的刚性增强,κ-卡拉胶酶F1、F3和F5指状区环状结构柔性降低,F2和F6指状区β片层结构柔性升高,这些结构的改变可能是截短体GH催化活性和热稳定性提高的原因。结论:本研究解析了假交替单胞菌κ-卡拉胶酶的非催化Ig样结构域与酶性质的构效关系,可为该酶结构与功能研究及酶的应用提供理论基础。 展开更多
关键词 假交替单胞菌 κ-卡拉胶酶 免疫球蛋白样结构域 酶学性质 结构稳定性
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纤维连接蛋白额外结构域B(FN-EDB)在肿瘤微环境中的作用及其靶向免疫治疗研究进展
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作者 蔡军雨 李霞 +2 位作者 冯健男 李慧 王晶 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第7期1647-1655,1664,共10页
肿瘤细胞与肿瘤微环境(TME)间错综复杂的相互作用是肿瘤发展和转移的重要推动因素。近年调控TME以逆转肿瘤进程作为治疗策略备受关注。为精准评估肿瘤患者治疗效果并协助临床方案决策,急需准确有效的TME标志物与相关预测模型。纤维连接... 肿瘤细胞与肿瘤微环境(TME)间错综复杂的相互作用是肿瘤发展和转移的重要推动因素。近年调控TME以逆转肿瘤进程作为治疗策略备受关注。为精准评估肿瘤患者治疗效果并协助临床方案决策,急需准确有效的TME标志物与相关预测模型。纤维连接蛋白是一种具有多个结构域的细胞外基质(ECM)蛋白,在生理和病理过程扮演关键角色。其中,纤维连接蛋白额外结构域B(FN-EDB)在调控ECM与细胞间相互作用中具有重要功能。在活跃的组织重塑过程中,尤其在血管生成中,FN-EDB表达上调。研究显示,FN-EDB还参与调控肿瘤发生的多个关键环节,包括促进肿瘤细胞侵袭和转移、影响免疫逃逸机制发展、促进肿瘤血管生成以及导致化疗耐药性产生等。因此,将FN-EDB作为潜在的肿瘤治疗靶点开发相关治疗药物具有重要意义和广阔临床应用前景。本文综述了近年FN-EDB在TME中的作用以及针对该靶点的肿瘤免疫治疗研究进展,旨在为肿瘤治疗领域提供新的思路和策略。 展开更多
关键词 肿瘤微环境 纤维连接蛋白额外结构域B 细胞外基质 靶向免疫治疗
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SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合结构域编码基因的体外转录及其在293T细胞中的表达
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作者 周雪 高磊 +3 位作者 张瑾宬 袁思凌 操蓉 刘丽娜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期123-129,共7页
为获得能表达严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白受体结合结构域(RBD)的体外转录mRNA,将设计、优化并合成的RBD基因片段插入真核表达载体pcDNA3.1(+),构建重组表达质粒pcDNA3.1(+)-RBD;重组质粒转染哺乳动物细胞293T后,We... 为获得能表达严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白受体结合结构域(RBD)的体外转录mRNA,将设计、优化并合成的RBD基因片段插入真核表达载体pcDNA3.1(+),构建重组表达质粒pcDNA3.1(+)-RBD;重组质粒转染哺乳动物细胞293T后,Western blot检测重组蛋白RBD的表达;以表达RBD的重组质粒为模板,PCR扩增包含T7启动子的RBD基因片段作为体外转录模板,之后利用T7转录试剂盒体外转录获得修饰的RBD mRNA,添加多聚腺苷酸尾后使用RNA纯化试剂盒进行纯化,纯化后的RBD mRNA转染至293T细胞中,利用Western blot进行目的蛋白表达鉴定。结果显示,编码RBD的重组质粒构建成功并能在293T细胞中表达外源蛋白,体外转录获得修饰的RBD mRNA能在哺乳动物细胞中翻译,表达的RBD蛋白能与抗RBD的单克隆抗体反应,具有免疫反应原性,为SARS-CoV-2 RBD mRNA疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 刺突蛋白 受体结合结构域 体外转录 真核表达
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拟南芥受体激酶At CERK1胞外结构域互作蛋白的筛选与验证
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作者 史文炯 付振超 曾洪梅 《植物保护》 北大核心 2025年第3期113-121,134,共10页
几丁质激发子受体激酶1(chitin elicitor receptor kinase 1,CERK1)是一种含有溶素基序(lysin motif,LysM)的模式识别受体(pattern recognition receptor,PRR),在植物免疫响应过程中起重要作用。目前发现CERK1识别的激发子主要为碳水化... 几丁质激发子受体激酶1(chitin elicitor receptor kinase 1,CERK1)是一种含有溶素基序(lysin motif,LysM)的模式识别受体(pattern recognition receptor,PRR),在植物免疫响应过程中起重要作用。目前发现CERK1识别的激发子主要为碳水化合物,是否识别蛋白类配体还不清楚。禾谷镰刀菌Fusarium graminearum是众所周知的真菌病原体,可以侵染谷物也可以侵染拟南芥。为了确定CERK1的新功能并筛选获得新的激发子,我们以拟南芥几丁质激发子受体激酶胞外结构域(Arabidopsis thaliana chitin elicitor receptor kinase 1 extra cellular domain,At CERK1-ECD)为诱饵,通过酵母双杂交(yeast-two-hybrid,Y2H)筛选禾谷镰刀菌cDNA文库,获得候选互作蛋白内切葡聚糖酶5(Fg-endoglucanase-5)。内切葡聚糖酶是一类参与植物免疫反应及微生物侵染、定殖、共生的蛋白,Fg-endoglucanase-5是其中的一种。进一步,通过谷胱甘肽S-转移酶下拉(GST pull-down)和双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation,BiFC)试验验证了At CERK1-ECD与Fg-endoglucanase-5的相互作用,并分析了Fg-endoglucanase-5的功能。本研究获得了At CERK1-ECD的互作蛋白Fg-endoglucanase-5并阐明了它们在植物-微生物相互作用中的功能,有助于开发新型激发子并找到植物病害防治的新策略。 展开更多
关键词 拟南芥 几丁质激发子受体激酶胞外结构域 酵母双杂交 互作蛋白
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急性冠状动脉综合征PCI患者激酶插入结构域受体rs2305948多态性与氯吡格雷抵抗的关系 被引量:1
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作者 师淼 常建亮 +3 位作者 朱星宇 冯倩 陈素艳 李森林 《介入放射学杂志》 北大核心 2025年第2期170-175,共6页
目的探讨急性冠状动脉综合征经皮冠状动脉介入治疗(PCI)患者激酶插入结构域受体(KDR)rs2305948多态性与氯吡格雷抵抗(CR)的关系。方法选取2022年9月至2023年9月张家口市第一医院收治的468例急性冠状动脉综合征患者为研究对象。所有患者... 目的探讨急性冠状动脉综合征经皮冠状动脉介入治疗(PCI)患者激酶插入结构域受体(KDR)rs2305948多态性与氯吡格雷抵抗(CR)的关系。方法选取2022年9月至2023年9月张家口市第一医院收治的468例急性冠状动脉综合征患者为研究对象。所有患者均接受PCI治疗,术后服用氯吡格雷。统计CR发生情况,分析影响PCI患者CR发生的因素,KDR rs2305948多态性预测PCI患者发生CR的价值。结果468例急性冠状动脉综合征患者中有116例(24.79%)发生CR。Logistic回归分析结果显示,高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)(95%CI=1.420~8.390,OR=3.452)、血管内皮细胞生长因子受体(VEGFR)-2(95%CI=1.374~8.118,OR=3.340)、KDR rs2305948 T/T基因型(95%CI=1.677~9.905,OR=4.076)和T等位基因(95%CI=1.390~8.207,OR=3.377)是影响PCI患者CR的独立因素(均P<0.05)。受试者工作特征曲线(ROC)分析结果显示,KDR rs2305948 T/T基因型预测PCI患者发生CR的灵敏度、特异度、曲线下面积(AUC)分别为75.86%、70.45%、0.773(95%CI=0.666~0.880)。结论PCI患者发生CR风险高。KDR rs2305948多态性与PCI患者CR相关。KDR rs2305948多态对PCI患者发生CR有一定的预测价值。 展开更多
关键词 激酶插入结构域受体 rs2305948 经皮冠状动脉介入治疗 氯吡格雷抵抗
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金黄色葡萄球菌内溶素AEJ-CHAP结构域重组表达及活性分析
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作者 邓婧婧 殷慧 +3 位作者 李婉儿 李展鹏 李建 吕鸿周 《食品工业科技》 北大核心 2025年第16期163-172,共10页
本研究聚焦于金黄色葡萄球菌噬菌体内溶素LysAEJ79809.1的酶活性域CHAP的克隆与表达,旨在探索内溶素酶活域的酶活性条件,本研究比较了CHAP及CHAP-Amidase在常温下裂解金黄色葡萄球菌的酶活性,并检验CHAP作为潜在食品抗菌剂在牛奶样品中... 本研究聚焦于金黄色葡萄球菌噬菌体内溶素LysAEJ79809.1的酶活性域CHAP的克隆与表达,旨在探索内溶素酶活域的酶活性条件,本研究比较了CHAP及CHAP-Amidase在常温下裂解金黄色葡萄球菌的酶活性,并检验CHAP作为潜在食品抗菌剂在牛奶样品中对金黄色葡萄球菌的裂解活性。实验通过无缝克隆技术将CHAP基因插入表达载体,并在大肠杆菌中诱导表达CHAP蛋白。蛋白纯化采用镍亲和层析法,并通过SDS-PAGE验证了蛋白的表达和纯度。随后,通过浊度法测定CHAP蛋白在不同条件下的裂解活性,具体包括在不同金属离子、NaCl浓度、pH及温度条件下的活性变化。此外,研究还探讨了CHAP蛋白在牛奶基质中裂解金黄色葡萄球菌的效果。结果表明,相较于CHAP-Amidase,CHAP不仅分子量小好表达,而且它显示出更高活性。CHAPAmidase蛋白在0.5 mg/mL浓度下裂解效果最佳,CHAP蛋白在0.3 mg/mL浓度下裂解效果最佳并降低金黄色葡萄球菌的OD_(600 nm)值,裂解率高达70%。在金属离子的影响下,Mg^(2+)和Ca^(2+)增强了CHAP的裂解活性,而Mn^(2+)、Zn^(2+)和Cu^(2+)则表现出抑制作用,特别是Zn^(2+)和Cu^(2+)几乎完全抑制了其活性。NaCl浓度方面,100 mmol/L时活性增强,而300 mmol/L时则下降至一半活性。pH实验显示,CHAP蛋白在碱性环境中活性最高,尤其在pH9时效果最佳,甚至在酸性条件下(pH3)仍保持40%以上的活性。温度实验表明,CHAP在40℃以下活性良好,但在50℃以上几乎失活。此外,CHAP在牛奶基质中也表现出良好的裂解活性,显示出其在食品中的应用潜力。本研究结果为内溶素在食品工业中的应用提供了实验依据,显示出其作为抗菌剂的广泛前景。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 噬菌体内溶素 CHAP 催化结构域 克隆与表达 酶活性条件
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天然产物调控核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3介导细胞焦亡抗肿瘤的研究进展
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作者 赫名扬 王成志 +3 位作者 杨振耀 许宇飞 李东东 刘培民 《世界中医药》 北大核心 2025年第6期1043-1051,共9页
细胞焦亡是近年来发现的新型细胞死亡方式,与炎症小体密切相关,在肿瘤治疗领域具有重要意义。核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)是最常见的炎症小体,可通过上调胱天蛋白酶-1(Caspase-1)和消皮素D(GSDMD)的表达,启动经典途径激... 细胞焦亡是近年来发现的新型细胞死亡方式,与炎症小体密切相关,在肿瘤治疗领域具有重要意义。核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)是最常见的炎症小体,可通过上调胱天蛋白酶-1(Caspase-1)和消皮素D(GSDMD)的表达,启动经典途径激活细胞焦亡。天然产物具有来源广泛、结构多样等特点,大量研究证明,天然产物具有良好的抗肿瘤活性,如皂苷类化合物柴胡皂苷-D、重楼皂苷VI等;黄酮类化合物木犀草素、黄芩苷等;生物碱类化合物苦参碱、紫杉醇等;多糖类化合物香菇多糖、茯苓多糖等;酚类化合物姜黄素、大黄酚;萜类化合物葫芦素B以及天花粉蛋白、黄独素B等均具有通过调节NLRP3抑制肿瘤发展的作用。 展开更多
关键词 天然产物 核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3 细胞焦亡 肿瘤 胱天蛋白酶-1 消皮素D 皂苷类 黄酮类
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HOTAIR通过5'结构域上调GATM促进胃癌EMT进展的机制研究
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作者 宋玥 李晓晴 +2 位作者 邓怡林 司怡然 李鸿立 《中国肿瘤临床》 北大核心 2025年第2期64-70,共7页
目的:通过HOX转录反义RNA(HOX transcript anti-sense RNA,HOTAIR)的结构域角度分析其促进胃癌侵袭转移的机制。方法:回顾性收集2010年12月至2012年12月在天津医科大学肿瘤医院接受手术治疗的60例胃癌患者的临床资料,分别构建HOTAIR 3&#... 目的:通过HOX转录反义RNA(HOX transcript anti-sense RNA,HOTAIR)的结构域角度分析其促进胃癌侵袭转移的机制。方法:回顾性收集2010年12月至2012年12月在天津医科大学肿瘤医院接受手术治疗的60例胃癌患者的临床资料,分别构建HOTAIR 3'或HOTAIR 5'端结构域的突变体HOT△P、HOT△L,用Transwell实验检测胃癌细胞侵袭转移,Western blot检测上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关蛋白表达;RNAseq分析NC组与HOT△L组的差异基因,收集临床组织提取RNA进行基因表达与临床信息的相关性分析。结果:HOT△L较HOT△P更为明显促进了胃癌细胞侵袭转移能力。机制研究显示HOT△L较HOT△P更为明显地促进胃癌细胞EMT过程,且通过数据分析发现与HOT△L特异性上调甘氨酸氨基转移酶(glycine amidinotransferase,GATM)表达密切相关,临床分析提示HOTAIR及GATM均高表达组与胃癌患者远端转移相关(P=0.02),进一步证实HOTAIR及GATM高表达预示胃癌预后差;分子实验提示GATM在胃癌细胞中通过促进EMT进展促进胃癌细胞侵袭转移能力。回补实验证明GATM对胃癌EMT的影响是HOT△L促进胃癌侵袭转移的关键。结论:HOTAIR 5'结构域通过特异性上调GATM调控EMT过程从而促进胃癌的侵袭转移。 展开更多
关键词 胃癌 HOTAIR结构域 上皮-间充质转化 GATM
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三结构域蛋白质37蛋白生物学特征和功能及与疾病发生的关系
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作者 罗俊蕊 刘志强 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第7期967-978,共12页
三结构域蛋白质37(tripartite motif-containing protein,TRIM37)是一种具有E3泛素连接酶活性的蛋白质,定位于过氧化物酶体膜与中心体,是调节中心体组装的关键蛋白质。TRIM37参与多种生物学过程:TRIM37利用E3泛素连接酶活性泛素化多种... 三结构域蛋白质37(tripartite motif-containing protein,TRIM37)是一种具有E3泛素连接酶活性的蛋白质,定位于过氧化物酶体膜与中心体,是调节中心体组装的关键蛋白质。TRIM37参与多种生物学过程:TRIM37利用E3泛素连接酶活性泛素化多种底物蛋白质,调节泛素化途径影响多条关键信号通路;通过调控中心体的组装,影响纺锤体的形成和染色体分离的准确性,干扰细胞分裂;不仅可以激活雷帕霉素靶蛋白复合物1(mechanistic target of rapamycin complex 1,mTORC1)信号通路,还能通过激活的mTORC1信号通路磷酸化转录因子EB(transcription factor EB,TFEB)调控自噬;通过激活核因子κB(nuclear factor kappa B,NF-κB)信号通路,在炎症反应、免疫反应、细胞增殖及细胞凋亡中发挥重要作用;TRIM37还参与调节Wnt/β-catenin、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(hosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)等癌症进程关键信号通路,促进胆囊癌、肾细胞癌、脑胶质瘤等肿瘤细胞的增殖、转移与侵袭的能力,并且还与某些抗癌化学药物耐药性有关。总之,TRIM37作为一种多功能蛋白质,在机体中的功能复杂多样,各有不同。本文从TRIM37蛋白质的结构和功能、细胞自噬以及主要参与的信号通路出发,针对TRIM37发挥的生物学作用及与疾病发生的关系等方面进行综述,期望深入对涉及TRIM37相关疾病发病机制的理解,能够为后续相关疾病的治疗与研究提供新的靶点。 展开更多
关键词 结构域蛋白质37 泛素化 中心体 自噬 癌症
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Fas相关死亡结构域蛋白促进头颈部鳞状细胞癌细胞增殖能力的机制研究
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作者 陈怡楠 郑旸 +1 位作者 曾汉林 雷鸣 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期404-414,共11页
目的·检测Fas相关死亡结构域蛋白(Fas-associated protein with death domain,FADD)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达水平,并探究FADD促进HNSCC细胞增殖的分子机制。方法·利用GEPIA ... 目的·检测Fas相关死亡结构域蛋白(Fas-associated protein with death domain,FADD)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达水平,并探究FADD促进HNSCC细胞增殖的分子机制。方法·利用GEPIA 2数据库分析肿瘤组织中FADD表达水平及其与预后的关系;通过对HNSCC组织进行免疫组织化学染色(immunohistochemistry staining,IHC),探究FADD在正常、不典型增生和肿瘤组织中的表达水平变化;构建稳定低表达FADD的人HNSCC Fadu、HSC3细胞株,并通过蛋白印迹实验和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)方法进行验证;使用LiveCyte活细胞追踪系统、克隆形成、细胞活力检测等方法探究FADD对HNSCC细胞增殖水平的调控作用;使用免疫共沉淀串联质谱(co-immunoprecipitation mass spectrum,Co-IP/MS)鉴定与FADD发生相互作用的蛋白,并应用CRISPR/Cas9技术、LiveCyte活细胞追踪系统、蛋白印迹实验等方法对与FADD相互作用的蛋白进行进一步机制研究。结果·数据库分析显示FADD在头颈鳞癌中显著高表达,并与患者不良预后相关。免疫组化染色表明FADD在HNSCC患者正常组织、不典型增生及肿瘤组织中的表达水平呈现递增趋势。在HNSCC细胞中敲低FADD后,与对照组相比,细胞的增殖能力显著降低,形成克隆数减少。Co-IP/MS结果显示,FADD与CUT样同源盒1(CUT-like homeobox 1,CUX1)蛋白存在相互作用,敲低FADD后CUX1表达水平升高。同时,在HNSCC细胞中敲除CUX1能够显著促进肿瘤细胞增殖能力。敲除CUX1可部分逆转FADD低表达引起的增殖抑制。结论·FADD在HNSCC中具有显著促癌作用,并与不良预后相关。FADD可通过与CUX1发生相互作用降低其表达水平进一步调控肿瘤细胞的增殖能力。 展开更多
关键词 FAS相关死亡结构域蛋白 CUT样同源盒1 头颈部鳞状细胞癌 细胞增殖
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YTH结构域家族蛋白2对亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化的影响
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作者 熊文晓 赵田禾 +1 位作者 龙科言 张遵真 《中国医学科学院学报》 北大核心 2025年第3期333-342,共10页
目的探究YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)液-液相分离(LLPS)对亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化的影响,为亚砷酸钠致癌的防控提供新的干预靶点。方法使用1μmol/L亚砷酸钠连续处理22周构建YTHDF2蛋白正常发生LLPS(YTHDF2-wt)及抑制YTHDF2蛋白发... 目的探究YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)液-液相分离(LLPS)对亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化的影响,为亚砷酸钠致癌的防控提供新的干预靶点。方法使用1μmol/L亚砷酸钠连续处理22周构建YTHDF2蛋白正常发生LLPS(YTHDF2-wt)及抑制YTHDF2蛋白发生LLPS(YTHDF2-mut)的HaCaT恶性转化细胞模型。采用共聚焦显微镜观察并表征亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化过程中YTHDF2蛋白形成的LLPS液滴,并通过细胞增殖、划痕愈合及克隆形成实验检测细胞恶性表型。采用蛋白免疫印迹、定量逆转录PCR与免疫荧光实验检测YTHDF2蛋白LLPS在亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化中对第10号染色体缺失的磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)mRNA和蛋白表达的影响。结果亚砷酸钠处理4周后,YTHDF2-wt细胞内出现YTHDF2蛋白LLPS液滴,且液滴数随着亚砷酸钠处理时间的延长逐渐增多(F=35.252,P<0.001),而YTHDF2-mut细胞没有观察到LLPS液滴。与YTHDF2-mut细胞比较,YTHDF2-wt细胞在亚砷酸钠处理22周时的增殖能力在48(t=3.654,P=0.006)、72 h(t=5.458,P<0.001)显著增高;YTHDF2-wt细胞在亚砷酸钠处理8、22周时的划痕愈合率显著增加(t=12.137,P<0.001;t=4.484,P=0.011);YTHDF2-wt细胞在亚砷酸钠处理4(t=3.365,P=0.027)、8(t=5.580,P=0.005)、22周(t=3.328,P=0.029)的克隆形成数显著增加。与YTHDF2-mut细胞比较,亚砷酸钠处理22周时,YTHDF2-wt细胞PTEN蛋白含量(t=-3.119,P=0.036)和mRNA翻译率(t=4.051,P=0.015)显著降低。免疫荧光结果显示,亚砷酸钠处理4周后,YTHDF2-wt细胞内YTHDF2蛋白LLPS液滴定位于翻译相关无膜细胞器的应激颗粒中。结论在亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化中,YTHDF2蛋白发生LLPS,定位于翻译相关无膜细胞器应激颗粒中。YTHDF2蛋白LLPS通过抑制关键抑癌因子PTEN mRNA的翻译参与亚砷酸钠诱导皮肤细胞恶性转化。 展开更多
关键词 YTH结构域家族蛋白2 相分离 第10号染色体缺失的磷酸酶和张力蛋白同源物 亚砷酸钠 恶性转化
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海洋链霉菌酮合成酶结构域基因的克隆及分析 被引量:1
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作者 薛永常 许佳 +1 位作者 刘永亮 刘长斌 《微生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期50-57,共8页
海洋链霉菌通过聚酮合酶(PKS)合成许多结构和功能多样且具有药用价值的聚酮化合物(PKs),酮合成酶结构域(KS)作为PKS的核心结构域,可催化底物与伸长的聚酮之间的脱羧缩合,在聚酮化合物生物合成中起着重要作用。本文通过对从海洋链霉菌Str... 海洋链霉菌通过聚酮合酶(PKS)合成许多结构和功能多样且具有药用价值的聚酮化合物(PKs),酮合成酶结构域(KS)作为PKS的核心结构域,可催化底物与伸长的聚酮之间的脱羧缩合,在聚酮化合物生物合成中起着重要作用。本文通过对从海洋链霉菌Streptomyces sp.X66基因组DNA克隆获得的ks基因的生物信息学分析表明,该ks基因序列长945 bp,BLAST序列比对显示其具有典型的酮合酶结构域的功能区域。理化分析显示其拟编码309个氨基酸,理论等电点为6.60,原子组成为C1401H2239N425O419S8,不稳定指数为42.11,平均亲水系数为0.112,编码产物为酸性疏水不稳定蛋白,且不含信号肽和跨膜结构,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,SDS-PAGE显示其分子量约为55 kDa。通过对ks基因的研究,为进一步解析聚酮化合物合成代谢中的调控机制及组合生物学和体外酶系合成聚酮化合物提供参考。 展开更多
关键词 海洋链霉菌 聚酮合酶 酮合成酶结构域 基因克隆 生物信息学
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Stat3蛋白氨基端转录激活结构域的鉴定
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作者 张浩 陶无凡 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期845-849,共5页
Stat3是一个在调控胚胎发育、细胞增殖、凋亡、炎症反应和血管生成等多种生理过程发挥关键作用的重要转录因子。Stat3蛋白有Stat3α和缺少羧基端转录激活结构域的Stat3β两个剪接异构体。Stat3基因纯合缺失突变的小鼠在早期胚胎死亡。表... Stat3是一个在调控胚胎发育、细胞增殖、凋亡、炎症反应和血管生成等多种生理过程发挥关键作用的重要转录因子。Stat3蛋白有Stat3α和缺少羧基端转录激活结构域的Stat3β两个剪接异构体。Stat3基因纯合缺失突变的小鼠在早期胚胎死亡。表达Stat3β可逆转Stat3纯合缺失突变小鼠的胚胎致死表型,并可诱导其下游基因的短期表达,然而其潜在的转录激活结构域一直没有被测定和证实。为进一步解析Stat3蛋白的结构和功能,本研究构建并在酵母中表达了一系列Stat3蛋白的截短体,利用酵母双杂交和双荧光素酶报告基因实验,在酵母和哺乳动物细胞中证实了Stat3蛋白的第2~11位短肽(aa2-11)具有转录激活的作用。这一发现为表达Stat3β逆转Stat3基因缺失引起小鼠胚胎致死表型提供了一种可能的解释,也进一步加深了对Stat3蛋白结构和功能的了解和认识。 展开更多
关键词 Stat3α Stat3β 氨基端转录激活结构域 胚胎发育
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基于语言模型的蛋白质结构域边界预测方法
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作者 张贵军 汪乾梁 彭春祥 《浙江工业大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期521-529,共9页
蛋白质结构域对于蛋白质结构和功能研究具有重要意义。针对目前从头预测蛋白质结构域的方法普遍存在精度不高、耗费资源多等问题,提出了一种基于语言模型的蛋白质结构域边界预测方法DomTransformer,该方法基于蛋白质结构分类数据库(CATH... 蛋白质结构域对于蛋白质结构和功能研究具有重要意义。针对目前从头预测蛋白质结构域的方法普遍存在精度不高、耗费资源多等问题,提出了一种基于语言模型的蛋白质结构域边界预测方法DomTransformer,该方法基于蛋白质结构分类数据库(CATH)、蛋白质结构预测关键评估(CASP)竞赛数据,以及在AFDB(AlphaFold protein structure database)基础上建立的域数据库等共同构建数据集,搭建了基于Transformer网络架构和稀疏多头自注意力机制的网络模型,引入了新的特征、接触数和域级MSA(Domain multiple sequence alignment),通过直接预测结构域边界来解决数据不平衡等问题。在独立测试集上的测试结果表明了DomTransformer的有效性。 展开更多
关键词 蛋白质结构域 语言模型 从头预测
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基于碳水化合物结合结构域的香菇多糖特异性荧光探针的构建与应用 被引量:2
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作者 李静敏 薛长湖 +3 位作者 梅轩玮 刘冠辰 韩瑾 常耀光 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第19期240-246,共7页
为构建得到香菇多糖特异性荧光探针以实现香菇多糖的原位可视化观察,本研究利用生物信息学技术从β-1,3-D-葡聚糖酶TlGluA中挖掘得到一个潜在具有香菇多糖结合能力的碳水化合物结合结构域,并对其进行了重组表达及分离纯化,重组蛋白命名... 为构建得到香菇多糖特异性荧光探针以实现香菇多糖的原位可视化观察,本研究利用生物信息学技术从β-1,3-D-葡聚糖酶TlGluA中挖掘得到一个潜在具有香菇多糖结合能力的碳水化合物结合结构域,并对其进行了重组表达及分离纯化,重组蛋白命名为LBM,进一步利用微量滴定板法研究了LBM的结合特异性。结果表明LBM能够结合香菇多糖,但未表现出对大麦β-葡聚糖、凝结多糖或魔芋葡甘露聚糖的结合能力,这证实该蛋白对香菇多糖具有良好的结合特异性。此外,通过将LBM与绿色荧光蛋白EmGFP融合表达构建得到首个香菇多糖特异性荧光探针,命名为EmGFP-LBM,基于该探针实现了香菇多糖在香菇中的原位可视化观察。研究发现,香菇多糖不仅存在于菌丝细胞壁中,还以散在状态分布于菌丝细胞间隙与细胞内部。本研究成功构建得到首个香菇多糖特异性荧光探针,为香菇多糖的原位可视化观察提供了关键工具。 展开更多
关键词 香菇 香菇多糖 碳水化合物结合结构域 荧光探针 原位可视化
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环糊精葡萄糖基转移酶my20结构域删除突变体的表达和酶学性能
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作者 孙腾腾 王伟 +2 位作者 孙晶晶 江承程 郝建华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第20期154-160,共7页
本实验以海洋来源的环糊精葡萄糖基转移酶(cyclodextrin glycosyltransferase,CGTase)my20为研究对象,构建了D、E以及DE结构域截短突变体,通过pET-24a载体和宿主菌E.coli BL21(DE3)进行异源表达,并利用镍亲和层析柱纯化得到纯酶。以my2... 本实验以海洋来源的环糊精葡萄糖基转移酶(cyclodextrin glycosyltransferase,CGTase)my20为研究对象,构建了D、E以及DE结构域截短突变体,通过pET-24a载体和宿主菌E.coli BL21(DE3)进行异源表达,并利用镍亲和层析柱纯化得到纯酶。以my20环化比活力为100%计,my20ΔD、my20ΔE、my20ΔDE相对环化活力分别约为197%、22%、17%,表明E结构域是CGTase催化环化反应的重要结构域,D结构域的存在可能降低了底物分子进入催化结构域的能力。my20为耐热酶,3种截短突变酶相较之下耐热性均有不同程度的降低,说明D、E结构域在CGTase耐热性方面具有重要的作用。my20在缺失了DE结构域后,催化产物中α-环糊精占比相较其他截短酶提升约8%,表明缺失DE结构域影响其产物的特异性。本实验结果可为CGTase通过结构域改造在工业生产方面发挥作用提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 环糊精葡萄糖基转移酶 结构域 环化活力 酶学性质
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