含缩氨基脲结构的4-苯氧基喹啉类c-Met激酶抑制剂的合成与抗肿瘤活性

1

作者 吴霜 林思雨 +5 位作者 李楠 林艺涵 丁实 陈烨 刘举 沈继伟 《高等学校化学学报》 北大核心 2025年第4期35-44,共10页

基于4-苯氧基喹啉类Type II型小分子c-Met激酶抑制剂的结构特点,设计并合成了13个含缩氨基脲结构的4-苯氧基喹啉类化合物.采用迁移率改变法(MTS)测试了目标化合物对c-Met激酶的抑制活性.采用噻唑蓝(MTT)法测试了目标化合物对A549,PC-3,... 基于4-苯氧基喹啉类Type II型小分子c-Met激酶抑制剂的结构特点,设计并合成了13个含缩氨基脲结构的4-苯氧基喹啉类化合物.采用迁移率改变法(MTS)测试了目标化合物对c-Met激酶的抑制活性.采用噻唑蓝(MTT)法测试了目标化合物对A549,PC-3,AGS和MKN45细胞的体外抗增殖活性.体外抗肿瘤活性实验结果表明,大部分化合物对c-Met激酶和4种肿瘤细胞株均具有较好的抑制活性.其中化合物6f和6k具有优秀的抑制c-Met激酶活性[c-Met的半数抑制浓度(IC_(50))分别为14.50和15.68 nmol/L].化合物6f对A549,PC-3,AGS和MKN45细胞的IC_(50)值分别为0.93,7.81,12.88和2.58μmol/L;化合物6k对A549,PC-3,AGS和MKN45细胞的IC_(50)值分别为0.67,6.60,3.04和0.88μmol/L.抗肿瘤作用机制研究结果表明,化合物6k可诱导MKN45和A549细胞发生细胞凋亡,并能够抑制2种肿瘤细胞的迁移能力. 展开更多

关键词 药物分子设计 c-Met抑制剂 4-苯氧基喹啉 缩氨基脲 抗肿瘤活性

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AIDD与CADD提升药物成功率的思考

2

作者 陈柏宇 吕泸楠 +3 位作者 徐小迪 张滎 李炜 付伟 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期284-294,共11页

随着人工智能(AI)和计算科学的迅速发展,特别是人工智能药物设计(AIDD)与计算机辅助药物设计(CADD)技术的引入,自然语言处理、图像识别、深度学习和机器学习等多种技术为新药开发提供了革命性的新途径,大幅提升了研发流程的效率和成功... 随着人工智能(AI)和计算科学的迅速发展,特别是人工智能药物设计(AIDD)与计算机辅助药物设计(CADD)技术的引入,自然语言处理、图像识别、深度学习和机器学习等多种技术为新药开发提供了革命性的新途径,大幅提升了研发流程的效率和成功率。在药物发现过程中,AI技术加速了药物靶点的识别、候选药物的筛选、药理评估及质量检验,有效降低了研发风险和成本。本文深入探讨AIDD和CADD技术在药物研发中的应用,分析它们在提升药物设计成功率和药物研发效率方面的思考与探索,并探讨这些技术的未来发展趋势及可能面临的挑战。 展开更多

关键词 人工智能药物设计 计算机辅助药物设计 药效团 分子生成 基于片段的药物设计

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分子对接方法的应用与发展 被引量：87

3

作者 段爱霞 陈晶 +2 位作者 刘宏德 刘秀辉 卢小泉 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期473-477,共5页

分子对接方法加快了药物开发周期,具有快速、准确度高等优点。本文详述了分子对接方法的基本原理,及分子对接空间和能量的匹配要求和优化时的各种方法。综述了该方法在药物设计、药理分析和探测生命体系等方面的应用。

关键词 分子对接 蛋白质 抑制剂 药物设计

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4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物的3D-QSAR及分子对接研究 被引量：5

4

作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第3期397-405,共9页

采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Top... 采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多

关键词 4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物 三维定量构效关系(3D-QSAR) Topomer CoMFA 分子设计 分子对接

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菜豆凝集素抑制剂的设计与凝血活性 被引量：3

5

作者 刘琴 喻艳华 +3 位作者 陈伟达 陈禅友 赵蕴杰 曾辰 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1185-1191,共7页

针对菜豆凝集素二聚体复合物的结构特征,利用计算机辅助药物设计的方法设计抑制剂以破坏复合物结构;进一步采用标准的Fomc保护氨基酸NT氨基的固相法合成纯化了小肽抑制剂.体外兔血红细胞凝集实验结果表明,该小肽对菜豆凝集素的凝血能力... 针对菜豆凝集素二聚体复合物的结构特征,利用计算机辅助药物设计的方法设计抑制剂以破坏复合物结构;进一步采用标准的Fomc保护氨基酸NT氨基的固相法合成纯化了小肽抑制剂.体外兔血红细胞凝集实验结果表明,该小肽对菜豆凝集素的凝血能力有一定的抑制效果.该方法为植物凝集素凝血研究及菜豆相关的食品安全问题提供了一个新思路. 展开更多

关键词 菜豆凝集素 分子动力学 药物设计 抑制剂设计 凝血活性

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用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式 被引量：8

6

作者 胡建平 柯国涛 +2 位作者 常珊 陈慰祖 王存新 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1432-1437,共6页

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的... 用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合. 展开更多

关键词 HIV-1整合酶 病毒DNA 分子对接 结合模式 药物分子设计

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神经氨酸酶与三羟基甲氧基黄酮衍生物相互作用的分子模拟 被引量：2

7

作者 武菲 杨志伟 袁晓辉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第4期931-938,共8页

以5,7,4'-三羟基-8-甲氧基黄酮(MF)为先导物,以现有的神经氨酸酶(NA)抑制剂类药物的结构特征为参考,设计了一系列的三羟基甲氧基黄酮衍生物,并运用分子对接与分子动力学相结合的方法进行了筛选及作用机制分析.分子对接结果表明,功能... 以5,7,4'-三羟基-8-甲氧基黄酮(MF)为先导物,以现有的神经氨酸酶(NA)抑制剂类药物的结构特征为参考,设计了一系列的三羟基甲氧基黄酮衍生物,并运用分子对接与分子动力学相结合的方法进行了筛选及作用机制分析.分子对接结果表明,功能团(羧基及胍基/氮-乙酰氨基)的引入并未影响衍生物在酶活性腔中的结合位置,衍生物的结构与相互作用能之间存在一定的联系.将羧基和胍基作为替代基团引入到MF的C7及C5位上所得的新化合物(9)在所合成的衍生物中具有最好的结合能力(-1172.52 kJ/mol),远远优于现有先导药物4-(氮-乙酰氨基)-5-胍基-3-(3-戊氧基)安息香酸(BA)和MF与NA的结合能力(-672.12和-347.44 kJ/mol).进一步的作用机制分析发现,在神经氨酸酶活性腔中,化合物9的羧基和胍基的空间取向与现有药物中这两个基团的空间取向一致,且化合物9与先导药物MF一样,能与活性腔内保守残基Asp151和Glu227发生较强的相互作用.因此可认为化合物9是一种具有应用潜质的新型神经氨酸酶抑制剂.本研究结果为实验研究和设计抗流感药物提供了可行性思路. 展开更多

关键词 流感 神经氨酸酶 三羟基甲氧基黄酮 分子对接 合理药物设计

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灵芝酸抗癌机制的分子模拟研究 被引量：6

8

作者 王健 杨元帅 +3 位作者 王钢 谭深鹏 程卯生 容士宏 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期887-892,共6页

目的分析灵芝酸与肿瘤靶酶的相互作用模式,研究灵芝酸的抗肿瘤机制。方法根据灵芝酸结构寻找可能的肿瘤靶点,并基于靶点结构,利用分子对接,探讨灵芝酸与靶酶的相互作用模式以及作用强度。结果与结论预测了灵芝酸与肿瘤靶标的结合方式,... 目的分析灵芝酸与肿瘤靶酶的相互作用模式,研究灵芝酸的抗肿瘤机制。方法根据灵芝酸结构寻找可能的肿瘤靶点,并基于靶点结构,利用分子对接,探讨灵芝酸与靶酶的相互作用模式以及作用强度。结果与结论预测了灵芝酸与肿瘤靶标的结合方式,有助于理解灵芝酸的抗肿瘤机制。 展开更多

关键词 灵芝酸 靶标预测 分子对接 抗肿瘤药物开发 计算机辅助药物设计

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天然无序蛋白质：序列-结构-功能的新关系 被引量：26

9

作者 黄永棋 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期2061-2072,共12页

天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能&q... 天然无序蛋白质是一类新发现的蛋白质,它们在天然条件下没有确定的三维结构,却具有正常的生物学功能,广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂和蛋白质聚集等重要的生理与病理过程.无序蛋白质的发现是对传统的蛋白质"序列-结构-功能"范式的挑战.在这篇综述里,我们首先回顾了蛋白质的传统范式以及无序蛋白质的发现过程,然后介绍无序蛋白质在结构、序列、功能等方面的特征与相互作用,并以分子识别过程为例,进一步阐述目前国际上对无序蛋白质所具有优势的一些认识与观点.我们还分析了无序蛋白质研究在生命科学和医学等领域的应用前景,并介绍了国内在无序蛋白质领域的研究现状. 展开更多

关键词 天然无序蛋白质 蛋白质折叠 蛋白质相互作用 分子识别 蛋白质结构预测 药物设计

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HIV-1逆转录酶的分子对接及运动功能相关性分析 被引量：1

10

作者 杜文义 胡建平 +3 位作者 左柯 梁立 刘嵬 苟小军 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期963-972,共10页

目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别... 目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别.结果 DNA的结合对p66各区域的运动方向影响不大,但其运动的幅度大大降低.分子对接结果发现Y115和M184的疏水结构在识别的过程中起到重要作用.结论基于各个区域的运动方向分析,推测手指区和RNase H区的开合运动可能是逆转录酶发挥逆转录功能的重要原因.并且,N-乙酰基-β-芳基-1。 展开更多

关键词 HIV-1逆转录酶 高斯网络模型 各向异性网络模型 分子对接 新药设计

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化合物脂水分配系数计算软件及比较研究 被引量：10

11

作者 苏笠 杨劲 +1 位作者 王友群 王广基 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期178-182,共5页

目的:介绍几种常用的化合物脂水分配系数计算软件,并比较它们的准确度和适用范围等。方法:从分子结构出发,运用CLOGP、ACD/LogP、Pallas和Molinspiration 4种计算软件获得logP值,比较其计算准确度。结果:本文选择的4种计算软件均能比较... 目的:介绍几种常用的化合物脂水分配系数计算软件,并比较它们的准确度和适用范围等。方法:从分子结构出发,运用CLOGP、ACD/LogP、Pallas和Molinspiration 4种计算软件获得logP值,比较其计算准确度。结果:本文选择的4种计算软件均能比较准确的计算出化合物的logP值。结论:运用软件计算的方法得到大批量化合物的logP值,有助于计算机辅助药物设计。 展开更多

关键词 定量构效关系 计算机辅助药物设计 脂水分配系数 分子结构 CLOGP PALLAS ACD/LogP Molinspiration

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分子亲脂-亲水性的量子化学描述(Ⅰ)——分子的亲脂和亲水表面 被引量：2

12

作者 杜奇石 魏冬青 李爱秀 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1706-1710,共5页

给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造... 给出基于分子结构的“启发式”亲脂 -亲水势 HMLP ( Heuristic molecular lipophilicity-hydrophilicitypotential)的理论分析和有说服力的算例 .用量子化学计算其分子表面的静电势 V( r)的分布 ,通过与周围原子表面静电势的比较 ,构造表达分子静电势的极性和大小的函数 L( r) .亲脂势 L( r)保留了静电势 V( r)描述分子静电作用的能力 ,并把应用范围扩展到疏水性的描述 .HMLP不使用原子的经验参数 ,但在 L( r)的构造中使用了经验的函数形式 .经参数化和指标化后 ,HMLP有望用于蛋白质结构与功能的研究和药物分子配体与生物大分子受体结合自由能的估算 . 展开更多

关键词 亲脂-亲水势(HMLP) 分子模拟 生物信息学 药物分子设计 量子化学

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用神经网络法预测药物在体透过人皮肤的渗透性 被引量：6

13

作者 傅旭春 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 2003年第2期152-154,158,共4页

目的 :预测药物在体透过人皮肤的渗透性。方法 :以正辛醇 /水分配系数 (log P)、分子体积 (V)、氢键酸度(Σα2 H )和氢键碱度 (Σβ2 H )等理化参数作为输入层神经元 ,以药物在一定时间内在体透过人皮肤的透过比的对数值(R,透过量 /未... 目的 :预测药物在体透过人皮肤的渗透性。方法 :以正辛醇 /水分配系数 (log P)、分子体积 (V)、氢键酸度(Σα2 H )和氢键碱度 (Σβ2 H )等理化参数作为输入层神经元 ,以药物在一定时间内在体透过人皮肤的透过比的对数值(R,透过量 /未透过量 )作为输出层神经元 ,建立起合适的 BP(Back- propagation)神经网络。结果 :17个药物在一定时间内在体透过人皮肤的透过比的神经网络计算值和实测值均相当符合。结论 :用 展开更多

关键词 神经网络法 预测 药物 在体透过人皮肤 渗透性 药物设计 分配系数

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基于信息论遗传算法药物分子对接设计

14

作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《大连大学学报》 2004年第2期75-79,共5页

本文建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩 本算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制... 本文建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩 本算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛 利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率 数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速 展开更多

关键词 信息论 遗传算法 药物设计 分子对接 信息熵 小种群 计算机应用

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抗耐药性HIV-1蛋白酶抑制剂的分子设计策略

15

作者 缪有盼 李爱秀 +1 位作者 刘涛 吴可柱 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期279-283,共5页

在抗艾滋病化学治疗中,HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要的作用,但是随着HIV-1病毒不断变异产生的耐药性,如何开发出抗耐药性的HIV-1蛋白酶抑制剂已成为抗艾滋病药物研发的热点。同时,多种抗耐药性HIV-1蛋白酶抑制剂的分子设计策略被提出并... 在抗艾滋病化学治疗中,HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要的作用,但是随着HIV-1病毒不断变异产生的耐药性,如何开发出抗耐药性的HIV-1蛋白酶抑制剂已成为抗艾滋病药物研发的热点。同时,多种抗耐药性HIV-1蛋白酶抑制剂的分子设计策略被提出并用于抗艾滋病药物研究,这些策略包括:基于"底物包膜"假说的设计策略、最大限度增加抑制剂与HIV-1蛋白酶的亲和力和寻找新作用部位的抑制剂。本文对这些分子设计策略在艾滋病药物研究与开发上的应用进行综述,以期为药物研究工作者提供思路与方法。 展开更多

关键词 抗耐药性 HIV-1蛋白酶抑制剂 分子设计

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基于受体的合理药物设计在α_1-肾上腺素能受体拮抗剂中的应用 被引量：1

16

作者 李敏勇 夏霖 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期99-104,共6页

在本实验室研究工作的基础上,结合近年来国外研究成果,综述了基于受体的合理药物设计在α1-肾上腺素能受体(α1-AR)拮抗剂设计领域的研究进展。介绍了基于α1-AR受体分子生物学与结构生物学的受体结构构建及其拮抗剂的设计,并对该技术... 在本实验室研究工作的基础上,结合近年来国外研究成果,综述了基于受体的合理药物设计在α1-肾上腺素能受体(α1-AR)拮抗剂设计领域的研究进展。介绍了基于α1-AR受体分子生物学与结构生物学的受体结构构建及其拮抗剂的设计,并对该技术的发展进行了展望。 展开更多

关键词 基于受体的合理药物设计 Α1-肾上腺素能受体 拮抗剂 分子对接 虚拟筛选

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吲哚衍生物类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的从头设计 被引量：5

17

作者 康从民 赵绪浩 +1 位作者 于玉琪 吕英涛 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期550-554,共5页

以血管内皮生长因子受体-2(VEGFR-2)酪氨酸激酶的晶体结构为基础,采用从头药物设计方法,设计了一系列吲哚类化合物,并用类药性和分子对接进行了筛选,最后得到10个对接能量较低的化合物分子,对具有最低结合能的化合物与VEGFR-2酪氨酸激... 以血管内皮生长因子受体-2(VEGFR-2)酪氨酸激酶的晶体结构为基础,采用从头药物设计方法,设计了一系列吲哚类化合物,并用类药性和分子对接进行了筛选,最后得到10个对接能量较低的化合物分子,对具有最低结合能的化合物与VEGFR-2酪氨酸激酶的复合物进行了10 ns的分子动力学模拟,并对其结合模式进行了分析.这些化合物结构新颖,可能作为抗肿瘤的先导化合物或候选药物.本文结果为VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的进一步改造、设计及合成提供了理论基础,并有助于开发高活性和高选择性的抗肿瘤药物. 展开更多

关键词 血管内皮生长因子受体-2 酪氨酸激酶抑制剂 从头药物设计 类药性 分子对接

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基于多靶点分子对接筛选金银花治疗非酒精性脂肪肝成分研究 被引量：6

18

作者 陈成龙 郑明明 +4 位作者 王玲娜 刘兰玲 张永清 李佳 赵东升 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1341-1348,共8页

整合多靶点分子对接和反向靶点预测技术探究金银花治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)物质基础及潜在机制。借助TCMSP、ETCM数据库并挖掘文献收集金银花成分,以PPARα、PPARδ及FXR受体为靶标,运用分子对接筛选金银花中活性化合物,反向靶点预测... 整合多靶点分子对接和反向靶点预测技术探究金银花治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)物质基础及潜在机制。借助TCMSP、ETCM数据库并挖掘文献收集金银花成分,以PPARα、PPARδ及FXR受体为靶标,运用分子对接筛选金银花中活性化合物,反向靶点预测活性化合物潜在靶点,构建蛋白互作网络并进行生物功能和通路富集。11种金银花活性成分对3个靶标的亲和力高于阳性对照,野漆树苷与PPARα的结合能力最强,3,5-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯与PPARδ和FXR结合能力最强。初步获得金银花治疗NAFLD主要成分为黄酮类和酚酸类,其中野漆树苷、3,4-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯、3,5-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯、异绿原酸B发挥主要作用。筛选出的成分主要通过PI3K-Akt、MAPK和胰岛素信号通路特异地作用于肝、脂肪细胞和肝癌细胞发挥治疗NAFLD的作用。本研究基于多靶点分子对接技术筛选金银花治疗NAFLD活性成分,提示金银花酚酸类成分具有进一步开发成药物的潜力,为后续进一步研究开发治疗NAFLD的创新药物提供一定的理论基础。 展开更多

关键词 多靶点药物设计 反向靶点预测 分子对接 金银花 非酒精性脂肪肝

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磷脂酶A_2及其复合物的分子动力学研究

19

作者 骆兆文 邓巧临 +2 位作者 来鲁华 徐筱杰 唐有祺 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1995年第7期622-626,共5页

本文运用分子动力学方法对磷脂酶A2的自由态以及有机小分子形成的复合物进行了研究．通过模型构建分子动力学模拟得到了磷脂酶A2与配体结合的模型，与磷脂酶A2的自由态相比，其口袋更为宽松，组成口袋的残基的结构趋于稳定，但催化残基... 本文运用分子动力学方法对磷脂酶A2的自由态以及有机小分子形成的复合物进行了研究．通过模型构建分子动力学模拟得到了磷脂酶A2与配体结合的模型，与磷脂酶A2的自由态相比，其口袋更为宽松，组成口袋的残基的结构趋于稳定，但催化残基的柔性变大．研究结果为药物分子设计提供了有用的信息． 展开更多

关键词 磷脂酶A_2 分子动力学 复合物 药物分子设计

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计算机分子模拟技术及人工智能在药物研发中的应用 被引量：15

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作者 刘景陶 柳耀花 《科技创新与应用》 2018年第2期46-47,共2页

通过计算机模拟手段进行分子对接、药物筛选、先导物的优化、定量构效关系和药效团模型等药物设计方法,可以揭示药物与受体靶标的作用机制,探索药物靶点的空间结构,最终目标是设计具有能选择性地与某一靶标结合的分子;利用分子模拟技术... 通过计算机模拟手段进行分子对接、药物筛选、先导物的优化、定量构效关系和药效团模型等药物设计方法,可以揭示药物与受体靶标的作用机制,探索药物靶点的空间结构,最终目标是设计具有能选择性地与某一靶标结合的分子;利用分子模拟技术来构造、显示、分析和储存复杂的分子模型,在三维空间中观测药物小分子的结构特征,更改小分子形状和方位,并探测小分子与受大分子靶点的作用机制,判断药物小分子与受体大分子结合的可能活性位点,还能对药物小分子的结构进行修正,提出改善药物的药效学和动力学性质的方案,在"三维空间"中实现直观、可视化的药物分子设计。人工智能利用大数据和机器学习方法,根据已有的药物研发数据自动设计出上百万种与特定靶标相关的小分子化合物,并根据药效、选择性、ADME等其他条件对化合物进行筛选。而后筛选出来的化合物会被合成并且进行实验检测,然后实验数据会被反馈到AI系统中用于改善下一轮化合物的选择。 展开更多

关键词 分子模拟 药物设计 人工智能

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